4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
5KPZA 1GLFO 4CZHA 4CZLA 4PKGA 2FSKA 4XH5A 3VOVA 2Q1NA 4L3QA 1ZC6A 2E2PA 3ZEUB 1XUPO 2VWBA 2V7YA 4IO8A 4BRNA 3DXKB 5AZIA 4BGBA 1JCEA 3WXIA 3CJ9A 3GG4A 2GUPA 5BN9A 1MWKA 3AAQA 2ASPA 3GL1A 3LL3A 2HF3A 2D1KA 1ATRA 4BRMA 5LJWA 5AZJA 4CZKA 5BR9A 4XEIA 1X3MA 2HF4A 3VEZA 4WQ4A 3SLCA 2YJEA 5AQJA 4IZ9A 1RGIA 3R9PA 5JMVA 1WUAA 4JHDB 3ULEB 1GLJO 4Z94A 4BG8A 4BRLA 1X3NA 2E1ZA 3J8AA 4BRQA 1RDWX 5BRFA 1D4XA 4ISFA 2HMPA 4FOEA 4BC5A 2A3ZA 3EO3A 3JS6A 1XC3A 1MDUB 3M6GA 4BRFA 3LDNA 2P9IA 3GDQA 5TKYA 3VEXA 2E8AA 2W41A 2P9UA 3CI5A 4PKIA 4I6MA 5AQQA 3FZLA 3KZBA 4MO5A 4FWRA 2OANA 5KPRA 5KQDA 5AQXA 1QZ6A 2Q0RA 1G99A 2QWOA 3VGMA 2Q31A 4JN4A 4WQ5A 3MN5A 3HBTA 4BQLA 1T44A 1GLEG 1HX1A 4A2AA 2E88A 4AM6A 2QWPA 3MDQA 4E1JA 5AQMA 2EWSA 3P4IA 3L4IA 3MCPA 3ZEUA 3C7NB 2W40A 3FZHA 2P9NB 1ZXOA 3DXKA 5JICA 3WQUA 2A40A 1BU6O 2PBDA 1SZ2A 4J8FA 4BRKA 1IG8A 3KHYA 4DQ8A 3MMVA 2GTDA 3D2EB 3HTVA 3FZFA 4A62A 2GWJA 4HWIA 5AQNA 3VEOA 5BPMA 4BR2A 1IJJA 1BOTO 1GLDG 4H5VA 2YCHA 4JHDA 5EY4A 4CBUA 1OKJA 2E2NA 4BRCA 3ULEA 4BROA 2P9SB 3C0BA 2I7NA 3DJCA 3CJCA 1NM1A 3CHWA 4QS7A 4BC3A 1J6ZA 4CD1A 3VEVA 5F2RA 2NLXA 2NRHA 4FWSA 4H0XB 2QW9A 1QQOA 2ASOA 2V7ZA 1S3XA 2F9WA 2FF6A 3EKSA 3HSCA 4FSVA 4B9QA 2CH6A 3QBWA 4BGAA 4FWKA 5EX5A 5E26A 2CGKA 5BPNA 3UE5A 3ZETB 4B1WB 2P9UB 2GWKA 3DXMB 3CERA 3FGUA 4JD2A 4K25A 5AQKA 4ISGA 5AR0A 3LDQA 3AARA 4EAHD 5AFUH 1Z05A 1LCUA 4H0PA 3O1BA 4GY2B 2D0PA 5LJVA 5AQYA 3C7NA 1CZAN 3M1FA 1SAZA 5AFUA 3VERA 4BRIA 2QWRA 4K43A 5JLHA 5F0XA 5AQZA 3B8AX 2HOEA 4IJAA 3L0QA 1X9JA 3O80A 4A61A 1GLLO 3MK6A 3S41A 3D2EA 1HLUA 1K8KA 3SMPA 3VENA 3AAPA 3QICA 4FPBA 2KHOA 4WYBA 2IVPA 3U9ZA 1DEJA 2P9SA 3W0LA 1SQKA 4RTFD 3HM8A 2BUPA 4PL8A 2P9PA 4BVPA 3VPZA 5FPDA 2ZGZA 3RSEB 5CE3A 4EFHA 1NGHA 3O8MA 2UYTA 4RWTA 1NBWA 5ADXH 3DWLA 1BA1A 1HKGA 3WUHA 4B1YB 1DKGD 2Q97A 5AQHA 3I33A 1ESVA 1NGGA 2A5XA 4PKHA 3I8BA 3ZETA 4BG9A 3ID8A 2PAVA 3DXMA 3QB0A 2A41A 1S22A 3L6QA 1BUPA 2GEMA 2QWLA 1C0GA 2VCPA 4CZGA 4PL7A 2YHYA 4XH4A 2P9KB 2YHXA 4FWLA 2E1YA 3GE1A 1T6CA 4CI6A 3WT0A 4M63C 4JD2B 4RCHA 5FPMA 4BR4A 1NWKA 4EIAA 3BF3A 5EOYA 4AM7A 3FLCO 1Z6RA 2QM1A 5LY3A 2FXUA 2QXLA 3BUZB 3EN9A 3H1QA 3CETA 2QWNA 3UB5A 4BREA 4H0OA 4NO7A 3O5BA 4CZFA 3A5LC 3VEYA 1Y64A 5AQSA 4KBOA 4FWPA 4CZMA 4A2BA 3VF4A 1BDGA 2A42A 2IVOA 1K8KB 4B1XB 4BRPA 3A5OC 2YJFA 4F9OA 1JCFA 4EHUA 5E84A 3GBTA 3HI0A 3SK3A 3GOIA 1HJOA 3QBXA 3ZX3A 1GLCG 1YXQA 2AA4A 4QS8A 3RSEA 1V4TA 1BO5O 2FSNA 4BC4A 1ATNA 1MA9B 2P9PB 3SJHA 3HZ6A 3CJBA 3R8EA 4JAXA 4H5TA 3O4WA 1NGAA 4QS9A 4EHTA 1E4FT 2CGLA 3ATVA 5BRHA 1EQYA 3A0IX 4BRDA 3D7EO 2E2QA 4IWVA 5BREA 3QFPA 3VGKA 2GELA 5AQFA 2P9KA 4MO4A 2I7PA 1NGIA 1WOQA 3LDLA 5KQ8A 5AQPA 5AQWA 5BRDA 1ATSA 4BRAA 1HUXA 2BTFA 4CZEA 2Q0UA 4YDUC 1NGEA 1TUUA 5BN8A 1LOTB 2E20A 1TYQB 3D2FA 4H5NA 4MLEA 3U8XA 4M7XA 4BVOA 4CZIA 1ZBSA 4Y0WA 3R6MA 4GNIA 4K41A 1U6ZA 2H3GX 1NGJA 2IIRA 1TUYA 3WEEA 3VGLA 3BP8A 3FZKA 3WXJA 5I9EB 3WXKA 4CZJA 3ZX0A 3KVGA 4ISEA 1JCGA 3UKRB 4FWQA 3IDHA 1YAGA 3H46O 4NB4A 1V4SA 3WXLA 2ITMA 1NGFA 3EZWA 1HPMA 4JNEA 4H5WA 2VYPA 4H5RA 1BA0A 1T6DA 5JLFA 5BPLA 3IFRA 2Q2RA 3AY9A 5AQRA 4CBWA 4K42A 1C0FA 5ELZA 4O8KA 1MWMA 3QDKA 3CIPA 3VF2A 3CJAA 4BR7A 3FR0A 3EL2A 3ENHA 1U2VB 4WQ4C 2ASMA 2QWMA 5ADXA 3H6EA 3A5MC 4CJ7A 1QHAA 3H3OB 1QQMA 3SMSA 1E4GT 1TYQA 1H1VA 1NLVA 2YHWA 3LM2A 5AQGA 5FPNA 3EKUA 1HKBA 2DPNA 1P8ZA 2V51B 3WQTA 5F1XA 2D0OA 3VF6A 4IJNA 4CBXA 3F9MA 1QQNA 3D2FB 3ENOA 1KXPA 4IXCA 3TU5A 4BR9A 3IUCA 4H0YB 1GLAG 5AQVA 4B1ZA 1QZ5A 2WUSA 4WQ5C 3CJ7A 4BQZA 4M7YA 1KAYA 3UKUB 3UKRA 2D4WA 2ZWHA 3WEEB 4FPAA 2F9TA 3MN6A 3H3NO 4MLHA 4BR0A 4H0VB 2YI1A 5AQLA 2P9LB 3VESA 4BC2A 1NGDA 2A6AA 3CQYA 3FZMA 3IMXA 4FWOA 3M3ZA 4C23A 5KPTA 4O5FA 5AQUA 3DAWA 4DCHA 3BEXA 1BWFO 1DGKN 3U4LA 5AQOA 1NMDA 3O6WA 4CD3A 4BRHA 4HTLA 3TPQA 3CQXA 1U2VA 3LDOA 5AZIB 2FF3B 5B8HA 3G25A 2CH5A 1R59O 4FO0A 3VETA 1NGCA 5AQTA 1YUWA 1NGBA 1RFQA 3H45C 1BG3A 2FLOA 3ATUA 3LM9A 5AZJB 3VEWA 3MN9A 2QWQA 3FE1A 4DB3A 4BRGA 5FPEA 4BR5A 4LC9B 3QMLA 1Q18A 3CJ1A 4DHYA 3FFKB 3ZX2A 3W3DA 1GLBG 1XQSC 3A8YA 3U9DA 1KAZA 4YDUA 5AQIA 2V52B 2J4RA 3O1WA 1HKCA 3O08A 4FOIA 1YVNA 4H0TB 4B1UB 2CGJA 2P9IB 4XH1A 2AP1A 3H1VX 4FWNA 3UKUA 5EXWA 2E2OA 4I6MB 2IVNA 4B1VA 3MN7A 3LDPA 2FSJA 2P9LA 2Q36A 2ZGYA 5EVZA 2ZF5O 4H03B 3OHRA 1KAXA 4FL9A 3A5NC 3QFUA 3BF1A 3JXUA 4FWMA 2P9NA 2NZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KI6A 5KPZA 3QEIA 5M1QA 3HVTA 3ZT2A 1FKOA 4XIUA 3PUFA 2E2PA 3K0SA 4IO8A 1LWEA 3ID6A 1JCEA 4E7KA 2RKIA 3GG4A 5BN9A 1NK4A 2O8CA 4FLUA 3TAEA 2IGIA 3CC7N 4DU1A 1UWBA 4F8RA 2O8DA 1TKZA 3TAFA 4KREA 4E7HA 4N76A 4XEIA 4BY9C 1I3AA 1C0TA 3QO9A 4WQ4A 4YOTA 4FVUA 4FCYA 5JMVA 1WBBA 4FZXC 4OPAA 4JI0K 4CGGA 4BG8A 1EETA 1X3NA 1T8EA 4LFAK 4BRQA 2D5RA 1QQCA 4B08A 4KO0A 3T1AA 4OPJA 3I0SA 4CGIA 3EO3A 4RW4A 1XC3A 1DT9A 3LDNA 3LP2A 2X6SA 3V1OA 3G0ZA 3I55N 2JLEA 3RVCA 4KB0A 1RNHA 2IS3A 3JAMO 2UUAK 1VHXA 4BACA 2Q31A 4JN4A 4WQ5A 1JLFA 4YHHK 4BQLA 2NRXA 4RW9A 4CJSA 3MDQA 3J81O 4KHYA 3WNFA 3MCPA 3ZEUA 1YTUA 4B9TA 5JICA 4Y1CA 1DTTA 4B8CA 3MEEA 4B3TK 1IG8A 4QAGA 3KHYA 3MMVA 2GTDA 4ELVA 3FZFA 4LF4K 4A62A 4FLXA 5AQNA 4BR2A 3JSMA 4L8RB 1NK0A 1GLDG 4H5VA 2YCHA 4JHDA 5GAGP 4FLWA 4BROA 3DJCA 2I7NA 1IBKK 3CJCA 3MXIA 1IH7A 4QS7A 5FRMA 1CZ9A 4DV4K 4CD1A 4HUEA 2UXDK 3V9UA 2ATQA 2V7ZA 3EKSA 3HSCA 4FSVA 3RR7A 2CH6A 4GKKK 2D0CA 4FWKA 4DQPA 4IG3A 3PX6A 3LWMA 5BPNA 3UE5A 3DLBA 4WFAL 2NRVA 2P9UB 3FGUA 1RT6A 5AFUH 1LCUA 3KLHA 4FJHA 3E01A 3OA9A 2UXCK 5LJVA 4E7JA 4F3OA 4IKFA 3OTOK 1UA0A 1MU2A 4K43A 3NVKA 5JLHA 2HHWA 3QEVA 2DY4A 2PY5A 1NK5A 4A61A 1IKVA 3D2EA 4WFNL 1HLUA 3SMPA 3VENA 4FJ5A 2KHOA 5J2MA 1RT7A 1B9DA 1QTMA 3NGIA 2HHQA 3V1RA 4FLZA 3U9ZA 1OH7A 3AA3A 3J7ZO 3AVHA 1S72N 2P9SA 1TK8A 3AVMA 4WFBL 5FPDA 3TAPA 5CE3A 1KLMA 1XWLA 1SL2A 1NGHA 4E89A 4DV2K 4CFAA 4DV7K 2UYTA 1LAVA 1C1CA 4RWTA 3F5TA 3QEPA 3DWLA 1BA1A 1HKGA 1DKGD 5KRTA 2Q97A 3IAYA 3I33A 4PKHA 4KKOA 3CFRA 3ZETA 3P38A 4BG9A 2O8BA 3F2KA 5JS1A 2P9KB 4FWLA 3GE1A 4A5BA 3WT0A 4BR4A 3TSPA 3LZIA 1NWKA 3HP6A 2FBVA 1RTDA 3BF3A 4G9ZA 4FZYA 4CIGA 2QM1A 2EX3A 3DYAA 3EN9A 1YIJN 4FK4A 4DFJA 3L2QA 2WBNA 4MDAA 2NRTA 3SV3A 3J7AP 2VGMA 4FWPA 4NCBA 5GADP 3VF4A 2G8FA 4CEAA 4YOXA 4B1XB 1NK7A 1Q86O 3CM6A 2YV0X 4CJ5A 3D45A 3GBTA 5SWMA 4DTXA 3OS2A 1HRHA 3GOIA 5C10A 4CESA 4DR1K 4FJ8A 2HMIA 3HO1A 1HPZA 4KHUA 4GVMA 4FM1A 1VSHA 4KV8A 3R3LA 3VQ5A 4QS9A 3CF5L 2KFZA 1VQ7N 2E6MA 3ATVA 3I56N 2YX6A 2E2QA 4F2SA 3VGKA 3KK2A 2KKZA 3NGZA 1HNZK 4MO4A 1S6PA 4ID1A 1ATSA 4BRAA 2ZE2A 3THYA 4CGFA 4C1NK 2KQ2A 2E20A 3EY1A 3C6AA 2IC3A 3K59A 5SZTA 4H5NA 4M7XA 4BWJA 2ZQBA 2O8FA 5KGXA 1ZBSA 3HSTB 1HNWK 2H3GX 4KTZA 2F7TA 3OYIA 4OLAA 3KLFA 4FM2A 2KW4A 3ZX0A 4ISEA 4AF1A 4KFBA 3UKRB 4FWQA 1HQUA 4YORA 3CCUN 3KTQA 3MEDA 4JNEA 4H5WA 4WCEL 4F4KA 5CY4A 4H5RA 1BA0A 1T6DA 5BPLA 3IFRA 4CFCA 1ZBUA 5AQRA 4M3XA 4DTRA 4CHZA 4LF6K 4JRQA 1CXQA 1KVAA 4BR7A 1NK9A 4IOAL 1S1WA 1VK0A 1OH6A 1EWRA 1IKYA 1W97L 4WQ4C 2ASMA 4NYFA 4CJTA 1ZYQA 5E41A 5LMUK 4O8UA 4CJ7A 1W7AA 1QQMA 1SKWA 1XHZA 3QEXA 4W5RA 1WSHA 1TYQA 1NLVA 4IFVA 1N33K 1HKBA 4K8XA 1P8ZA 3WQTA 2OYQA 1IBMK 3V1QA 3OY9A 1JLQA 4M3RA 4KH6A 3TU5A 4H0YB 1JLCA 1RCHA 5AQVA 3CCRN 4WQ5C 2YHBA 1RBVA 3L2RA 2B5JA 1VQ6N 2ZWHA 1T3VA 4FPAA 2HB5A 3MN6A 4A5AA 5C2DA 1VQ9N 1L3VA 4BR0A 3NHGA 3V6DA 4I9QA 5AQLA 3SPZA 5C0YA 2VWKA 4FWOA 4OKKA 3ZSQA 3M3ZA 3MWTA 4GV3A 4Z4IA 4CEQA 3OYAA 2FC0A 3THVA 1NJWA 4OX9K 4DCHA 1U04A 3NH0A 1TV6A 3U4LA 5AQOA 4KHWA 3HPGA 4CD3A 3U6FA 4HTLA 4HCCA 1U2VA 5B8HA 1K73O 2ZJPL 3WNHA 3PV8A 4ILJA 2VQFK 1NGCA 1YUWA 4QOZB 3LAMA 1NJIO 3LM9A 1NKBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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