4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
1NGBA 2D0PA 3QMLA 1WOQA 1V4SA 1E4GT 4FPBA 3L6QA 1QQMA 5ELZA 2FXUA 3KVGA 3MDQA 4FPAA 2GUPA 2YI1A 3BF3A 2OANA 1OKJA 1X3MA 1YUWA 4CZFA 1HPMA 2IVNA 4CBUA 1V4TA 4MLHA 4B1YB 4BR9A 4CJ7A 1TYQB 1Z6RA 1U2VA 5AQKA 3WXIA 2ITMA 3WXJA 2HF4A 1RFQA 3ZEUA 3FZHA 3SK3A 3O8MA 3ID8A 3OHRA 1BWFO 5BPMA 5JICA 2Q31A 5AFUH 3TPQA 4B1VA 2E2PA 1QQNA 3MN9A 1YAGA 2NLXA 3BEXA 3DXMB 3IFRA 4RTFD 2Q0RA 4DCHA 4WYBA 3TU5A 5AQNA 4FWRA 4H5WA 4BROA 1BU6O 3H45C 4CZIA 2D4WA 1GLDG 3AAPA 1NWKA 3W3DA 5AQYA 2FF3B 4FWKA 4B1WB 3UKUB 1GLCG 2P9SB 3O5BA 4B1ZA 2PBDA 3D2EA 1C0GA 5AQPA 5I9EB 1HKGA 1T6CA 3SJHA 5BN8A 2CH5A 2CGKA 4FOIA 5AQIA 2ZGYA 3QICA 5AQQA 1DGKN 4NB4A 3SLCA 4O8KA 1GLFO 2CH6A 4I6MA 3L4IA 3KHYA 3LDLA 2FSJA 4PL8A 3MMVA 2QWOA 2VYPA 4FWLA 2E1YA 4PKIA 3KZBA 2QWRA 2YJFA 1HJOA 1K8KA 2QWNA 1GLJO 2A3ZA 2YHYA 2QXLA 4H03B 4YDUA 2E20A 4O5FA 5JLFA 3ZETA 4CZHA 2W41A 4FL9A 3ULEA 4Z94A 3O6WA 1NLVA 5EOYA 4H0XB 1HLUA 5KPRA 4AM6A 4H0OA 4H0PA 4LC9B 3D2EB 2E2OA 3VEOA 4CBWA 3FLCO 5TKYA 2A40A 4J8FA 4BQZA 5KPTA 2QM1A 1XQSC 4BR4A 3HSCA 2D1KA 1YVNA 3SMSA 5JMVA 4JD2B 1S22A 4MO5A 3HI0A 1BA0A 4XH4A 4WQ4C 1GLAG 2P9PB 2Q36A 3EKUA 1RGIA 3VF6A 1ATRA 2FSNA 2CGLA 4GY2B 4JHDA 1RDWX 2Q1NA 4FWPA 3U9ZA 4DQ8A 2V7ZA 4EIAA 4C23A 1NGCA 2F9TA 2Q0UA 3IDHA 3I33A 4MLEA 1HKCA 1NBWA 1QQOA 3EZWA 4E1JA 3QFUA 1U2VB 4K42A 5AQTA 3DAWA 3DXKB 3UE5A 3FZKA 4HWIA 5F1XA 1T6DA 5AQXA 3MN5A 2P9PA 4QS9A 2ZF5O 1DEJA 3VOVA 4H5VA 2PAVA 2FF6A 2QWMA 3EL2A 4JD2A 4CZGA 3UKRA 3SMPA 4BC3A 4BRPA 4EFHA 4B9QA 4BRLA 4EAHD 1NMDA 3BUZB 3FGUA 3A5LC 1J6ZA 1TYQA 1TUYA 3U4LA 4BRGA 3A0IX 3AAQA 3WUHA 3FFKB 4BRQA 1NGAA 5KPZA 3AY9A 1D4XA 2E8AA 2FLOA 1SQKA 2NZTA 2YCHA 4EHTA 1P8ZA 3FE1A 2FSKA 3CHWA 4FWQA 3CQXA 3UKRB 4BVOA 3UB5A 2E88A 2P9NA 3EKSA 3MN7A 3QBXA 4BRHA 2IIRA 3VEXA 2ASPA 3VGMA 4I6MB 5AQSA 3C7NA 3LM2A 4CD1A 4BVPA 3G25A 3M1FA 3VEYA 3R8EA 2V52B 4FWOA 2ASOA 1ZBSA 2P9SA 4FO0A 5FPMA 5E84A 1X9JA 3VF4A 3VESA 3RSEB 1T44A 2GEMA 4BR2A 3EN9A 4JN4A 4IXCA 3U8XA 4FWMA 3VEVA 2KHOA 2DPNA 1KAXA 5BPNA 2Q2RA 4PKGA 5LY3A 5AQRA 1WUAA 3D2FB 3D2FA 3H1QA 4XH1A 3D7EO 5ADXH 1GLEG 3VF2A 3IMXA 3A5NC 3DXKA 4RWTA 3DXMA 1YXQA 3O4WA 3ZX3A 2J4RA 2Q97A 4BGAA 4BRNA 1HX1A 3CJ9A 3ZEUB 3R6MA 3WEEB 3QB0A 1GLLO 4NO7A 3A8YA 3FZFA 3MK6A 3ZX2A 2ZGZA 3B8AX 4CBXA 1LOTB 1EQYA 3S41A 2I7NA 4K25A 4BG9A 2E2QA 4KBOA 4M63C 3ATUA 1S3XA 4L3QA 4BG8A 2P9LB 3I8BA 5AQWA 5JLHA 3O1WA 4XH5A 3GDQA 2A42A 5BPLA 4IJNA 4BREA 1BOTO 2W40A 3U9DA 4PL7A 4JNEA 3LL3A 3MN6A 1NGIA 1MA9B 4K41A 4QS7A 4GNIA 2ASMA 4BRAA 2P9UB 1LCUA 1R59O 2HMPA 4H5TA 3CI5A 1QZ5A 5AQFA 3O08A 4BR7A 4IWVA 1KAYA 5AQVA 2HF3A 1G99A 4DHYA 2CGJA 4BRKA 3C0BA 5EX5A 4B1UB 3VPZA 3LDNA 5AQGA 3CERA 3H3NO 5AQJA 3VENA 4BRCA 3A5MC 1Q18A 4A2BA 2P9KB 4ISGA 3H1VX 4FWNA 4CZMA 1JCEA 2HOEA 5AZJB 2V51B 3J8AA 4WQ5C 5LJVA 3CJ1A 4IO8A 3IUCA 2QWPA 1NGGA 1XC3A 3M6GA 5BRHA 4CI6A 4H0VB 4WQ5A 1GLBG 3P4IA 3VEWA 2P9IA 1QHAA 3GE1A 4H0TB 1CZAN 4H5NA 4BRIA 2ZWHA 4H5RA 1NM1A 4ISEA 1ZC6A 1BA1A 1ZXOA 5BRFA 4JHDB 3GOIA 4A2AA 3GL1A 1KXPA 1ATNA 3EO3A 3DWLA 4CZKA 3A5OC 4XEIA 4BQLA 4BR5A 2IVOA 3CIPA 5EXWA 4BC5A 4M7XA 1IG8A 3QDKA 3H3OB 3RSEA 3L0QA 4QS8A 2D0OA 5AZIB 3W0LA 2IVPA 2P9IB 5B8HA 2UYTA 4A62A 3AARA 3ULEB 4BRMA 1XUPO 1NGFA 4BRDA 3VGKA 2QW9A 1U6ZA 1MWMA 1HKBA 3BP8A 3VERA 2YHXA 2A6AA 2I7PA 3C7NB 3ZETB 2E2NA 2GELA 1JCGA 4FSVA 4BRFA 1MDUB 3CJAA 3CQYA 5BR9A 4BC4A 1NGHA 1IJJA 2VWBA 1BUPA 3ZX0A 2A41A 3O80A 4CZEA 5BREA 5ADXA 1DKGD 3R9PA 3DJCA 3JS6A 3QBWA 3H6EA 1TUUA 3WT0A 2P9LA 3GBTA 3LM9A 5F0XA 4PKHA 4BR0A 1NGEA 2AA4A 4WQ4A 5EVZA 4H0YB 2YHWA 2H3GX 3QFPA 2A5XA 2P9UA 5LJWA 5KQ8A 5AZIA 4DB3A 2AP1A 1MWKA 4BGBA 4JAXA 3VEZA 3WQTA 3UKUA 1QZ6A 4K43A 3CJ7A 1K8KB 2YJEA 1SZ2A 3O1BA 2GWKA 4CZLA 1ATSA 5AR0A 3ATVA 2NRHA 3VETA 4ISFA 3WXKA 5AFUA 5CE3A 4BC2A 1JCFA 3GG4A 1ESVA 1X3NA 4M7YA 3JXUA 3VGLA 5AQHA 3HZ6A 3LDQA 3MCPA 5AQOA 2VCPA 1NGDA 3M3ZA 3LDOA 2BTFA 2QWLA 2BUPA 4HTLA 1C0FA 1BO5O 5AQUA 1Y64A 5AZJA 3ENHA 3WEEA 2WUSA 2E1ZA 2F9WA 5BRDA 3FZMA 1E4FT 3H46O 3FZLA 4MO4A 3F9MA 1BDGA 4F9OA 5AQMA 4Y0WA 4B1XB 4AM7A 1NGJA 4EHUA 5EY4A 4CD3A 1HUXA 1H1VA 2P9NB 3CJCA 3CJBA 2GTDA 4A61A 5FPEA 2V7YA 5FPNA 3LDPA 3WQUA 1Z05A 4FWSA 3CETA 3HBTA 4RCHA 4CZJA 5BN9A 1SAZA 5F2RA 3FR0A 5KQDA 4IZ9A 5AQLA 1BG3A 4YDUC 5E26A 2P9KA 2GWJA 3HTVA 3BF1A 4IJAA 5AQZA 3HM8A 1KAZA 4FOEA 3WXLA 5FPDA 2QWQA 3ENOA 2EWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8HA 1JL2A 2PYLA 1JLBA 3P38A 3KVGA 1NK9A 2HHQA 4CEOA 4FJNA 2GUPA 2YI1A 4IFEA 5KRTA 3TABA 4CEDA 1BQMA 1Z6RA 5CY4A 5AQKA 2HF4A 3FZHA 3VQ6A 2O8CB 3VQ9A 1RDAA 1BWFO 3VQPA 5AFUH 3CQ8A 1YVUA 2KFNA 1LWCA 1BI4A 3KKRA 3TPQA 3VTIA 3MN9A 1YAGA 2NLXA 2G8WA 3IFRA 4CJPA 3AGRA 4WYBA 3SV3A 2WONA 4B8CA 1X9WA 2O8EA 1TL3A 2YKMA 3C6AA 4BROA 3OYDA 3AAPA 3FFIA 3V1OA 3OY9A 2Z1HA 2FF3B 1S9GA 4UY8O 1YIJN 3VN5A 3OS1A 1GLCG 4B1ZA 3M8PA 3T1HK 5AQPA 3I56N 4KB0A 1WNSA 4JS4A 1YTUA 2CH5A 3KK2A 1VQ4N 3DLHA 1X1PA 5AQIA 3V6DA 2OTLN 4KREA 1NOYA 4O8KA 2CH6A 3O3HA 4FK2A 1NKBA 2QWOA 4YOYA 2E1YA 4Y1CA 2QWRA 2UXBK 1HJOA 1K8KA 4UQGA 5C2DA 4JS5A 2F8SA 1GLJO 4OPKA 3G4SN 2YHYA 2QXLA 4H03B 4YDUA 4O5FA 1RTDA 1CLQA 4CIGA 4K8XA 4X62K 4Z94A 3O6WA 4DR7K 5KPRA 4H0XB 4HUFA 5I42A 3LALA 2HBJA 1ZBIA 2E2OA 3ZT1A 1S9EA 1TL1A 3CMEN 3SMSA 1ASUA 4JD2B 4E7HA 2HHWA 1S22A 2QK9A 3AVAA 3DOLA 3ZSOA 3G0ZA 4DTJA 3HP6A 3VF6A 3CPEA 1ATRA 2FSNA 5M1FA 4FWPA 3P83D 2V7ZA 3NVMA 4EIAA 4YORA 2F9TA 3LZIA 2G8UA 3OW2M 1HNXK 4QOZB 3I33A 3IDHA 2A1RA 1NBWA 5M1QA 3MWPA 3AVHA 2LSNA 2ZM6K 2Z1IA 4NCGA 1B92A 4EZ6A 1XHZA 3MN5A 1F21A 5J2NA 2IS3A 4JRPA 3CC4N 3SZ2A 4CGGA 2O8DB 4CCHA 4BRPA 2O4GA 4OGCA 5GAEP 1IV0A 3PX4A 1NMDA 3BUZB 3OYFA 4CHYA 3DRPA 1QVGM 3RTVA 3U4LA 3AAQA 4FK0A 3FFKB 2NZTA 1SQKA 5M1PA 3CHWA 5IT9O 3EE9A 3EZ5A 3E9OA 3UKRB 4YOUA 4BVOA 2E88A 3L4QA 3EKSA 4DQQA 3MN7A 3C6UA 3QBXA 4DR4K 4JI8K 2W6KA 4FW1A 4FLUA 2HW3A 2G8IA 1L3UA 2YV0X 4ZTJA 3MEGA 4HUEA 3AVJA 4CHNA 3LP3A 4I7FA 4H8KA 3VEYA 2BANA 2V52B 4LSLA 5E84A 3G6EN 4CEEA 3RSEB 4C8OA 4DU4A 1EP4A 3ZT2A 3OYNA 3NAEA 3O9SA 4AHSA 3VEVA 3AVGA 5KGXA 5K14A 1KAXA 3THWB 1R0AA 3NHGA 4PKGA 4CEZA 1RT5A 4FM0A 3D2FA 2O8FB 2QEXN 3O4NA 1ASVA 4BRNA 1K8AO 3ZCMA 1HNVA 3CFPA 3WEEB 1GLLO 4JI5K 1GOBA 1D9FA 3FZFA 3MEDA 2ZGZA 1XC9A 1EQYA 4I2QA 4JKHA 4E7IA 3VQEA 2I7NA 2E2QA 5GINA 4M63C 1O1WA 3ATUA 4CERA 4L3QA 4ZTFA 1RT4A 5MLCQ 3KTQA 3QNNA 3SPYA 1JLFA 4LY7A 2KZZA 3OYHA 4BREA 5HL7L 1NK5A 3BDPA 4PQUA 2W40A 3U9DA 3K5OA 4CJEA 1LAVA 5FDLA 1QE1A 3G10A 3KLHA 4IFVA 4BRAA 2P9UB 3M8QA 1R59O 4F3TA 1JLEA 3IKMA 4A59A 4IWVA 3VQBA 5SWMA 1U49A 5C15A 3ZT4A 1HQEA 2FBTA 3AVIA 4DFJA 2OA8A 1OH7A 2NRTA 4JKAA 1KRPA 3H3NO 4C8KA 1VAZA 2P9KB 3B6OA 3J8AA 2XY8A 1HYZA 5LJVA 1NNEA 2QWPA 3HRGA 4CI6A 3KK3A 1LW2A 5CYMA 4CGJA 5DM7L 4IO9L 4FLZA 1NM1A 4FJGA 1ZC6A 3L2VA 1ZXOA 4WFNL 3GL1A 3NF6A 1NK4A 5C10A 1A5WA 1RBSA 1YJWN 1ATNA 4DTPA 4CZKA 1QSLA 5FRMA 3K0SA 4BR5A 3HPHA 2IVOA 5EXWA 4FCYA 1Q9XA 2D5RA 1U45A 3F2KA 4CIFA 3QDKA 4BACA 3H3OB 5B8HA 3L0QA 4QS8A 4N47A 3OJSA 4CHOA 4DTRA 4C8LA 3AVFA 4EP4A 3L2QA 1S1TA 4DTMA 2ITGA 3CCUN 3CM5A 3V9WA 1OH8A 1J54A 4KHPK 3BP8A 2A6AA 2I7PA 3C7NB 4CJKA 4FSVA 4BC4A 4M3WA 3J7YP 3VQ7A 2HHVA 4CZEA 5ADXA 1SKWA 4O5BA 1KFSA 4J2DA 4KAZA 3JS6A 1DTQA 3RWUA 1TUUA 1WSIA 2P9LA 4CHPA 3V81A 1VSJA 2AA4A 3TAFA 3NH1A 1WBDA 2ZJQL 5EVZA 1RTJA 4OPJA 3LP0A 3T19A 3U3GA 2ZJRL 2PYJA 1FXXA 3K9KA 4DSJA 1ILYA 4O0JA 3VEZA 3UKUA 4CF2A 1QSSA 1K8KB 1TKXA 5DM6L 3RR7A 3O1BA 4JKDA 1BHLA 5LL6Z 3P1GA 4RW9A 1KD1O 4CZLA 2G8VA 5FRNA 4DLEA 4PHTX 3V4IA 3NFAA 1X3NA 3THWA 3JXUA 1TKDA 5SZTA 2DY4A 4DV7K 1SV5A 1U04A 1TK8A 1BO5O 4RW4A 1Y64A 3ENHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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