4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
3U8XA 3FZKA 2D4WA 3I8BA 4FPAA 3SJHA 3R9PA 5BRFA 3MMVA 5BR9A 5AQIA 4B1VA 4H5RA 4PKGA 5BN8A 1NGAA 2VCPA 4FWQA 5ADXH 2D0OA 5ELZA 1GLFO 3TPQA 3JXUA 1NGBA 2J4RA 3HBTA 1E4FT 1X3MA 4M7XA 2GTDA 3L6QA 4HTLA 4CD3A 3RSEA 3C7NA 3ZETB 3O1WA 1NGJA 2AA4A 1C0FA 1JCGA 4CZEA 3UB5A 3C0BA 1Z05A 3QICA 5EX5A 2P9PB 1HKBA 3SMPA 4BC3A 1QZ5A 3CERA 4BRDA 3UKRA 1WUAA 2NRHA 3F9MA 1GLDG 3WXLA 4BR7A 5AQYA 3ENOA 3O08A 3MN7A 2FLOA 1U6ZA 5LJVA 3CJ1A 4E1JA 3LM2A 4M7YA 3D2FA 2NZTA 1CZAN 1RFQA 3VESA 5EY4A 1XUPO 4H0VB 3A5OC 3VGLA 2P9LB 1TUUA 1LCUA 2D1KA 5F1XA 3CIPA 2I7NA 2P9IA 3QFUA 3O80A 3WUHA 4JHDB 2FF3B 5FPNA 4AM6A 3VF6A 4EHUA 3HM8A 2VYPA 5AR0A 4BR5A 4CD1A 5KQ8A 5AQXA 4CJ7A 5BPMA 3GOIA 3LDNA 1GLCG 4JAXA 2HF3A 3L0QA 3AAQA 3VENA 5KQDA 5AQGA 2D0PA 2QXLA 1ATNA 2CGJA 2IVPA 4GNIA 1HUXA 5AQVA 2Q31A 1QQMA 2IIRA 4A2BA 2CGKA 3ENHA 3FZFA 1RDWX 2A6AA 2QWQA 1TUYA 3D7EO 3P4IA 2FXUA 5JLFA 3EZWA 4I6MA 2V52B 3FZHA 2ASPA 2YHYA 1DGKN 3CQXA 4JD2B 3MN6A 1NBWA 3EL2A 4CBUA 2E2QA 3CQYA 5LY3A 4BRAA 4FWMA 3HTVA 4RCHA 4A62A 5AQQA 3KHYA 2EWSA 1T6CA 3ZEUA 3H45C 2ZWHA 4WQ4C 2E2PA 3FR0A 1SQKA 3QBXA 1NGIA 4MO4A 1GLAG 4H5WA 1SAZA 4H0PA 4YDUC 4HWIA 1GLJO 4CI6A 1HKGA 3AARA 4QS9A 5AFUH 3QFPA 3WXJA 3VGMA 3MCPA 1QHAA 2YCHA 3LDPA 4FPBA 2V7YA 3ID8A 1RGIA 2ASMA 3DXKB 1LOTB 4FL9A 5AQWA 3U9ZA 4AM7A 1NGDA 5AQKA 2UYTA 3TU5A 1ZXOA 3WEEA 3QMLA 4J8FA 3VEXA 4B1WB 4BR4A 2Q36A 1X9JA 1ZC6A 1BA1A 1JCEA 4CZLA 1YAGA 4JNEA 4RTFD 1NGHA 4DHYA 3QDKA 2P9KA 1QQOA 1T6DA 1BDGA 3HZ6A 4K42A 1JCFA 4WQ5A 2Q0RA 3H3OB 4EAHD 3HI0A 1BG3A 2W41A 4NB4A 2NLXA 3CJBA 2P9SB 2P9NA 2ZGZA 2PBDA 3WQUA 2HMPA 4FWNA 1QQNA 4BG9A 5FPDA 3M6GA 3JS6A 4L3QA 4PL7A 5AQUA 4IZ9A 3FGUA 3VETA 2P9UA 3KVGA 3UKUA 1TYQB 4H0XB 4MLHA 3CI5A 3VEZA 1D4XA 3A8YA 4QS8A 1QZ6A 2E2OA 3ULEB 3WXKA 3FE1A 2F9WA 4FWRA 3FZMA 1GLEG 3D2EA 3R6MA 5BPNA 2GWKA 4BR0A 2ITMA 4GY2B 4BC2A 3WT0A 4FWKA 3MDQA 3UE5A 3FZLA 1KAYA 3EN9A 1U2VB 4BRQA 5AZIA 2W40A 1NGCA 3VERA 3LL3A 4CZHA 3IMXA 3BF3A 3SLCA 3WXIA 4BVOA 1NLVA 4XH1A 3GDQA 5EVZA 5AQOA 4H0YB 2BTFA 5AZJA 4FWPA 1KAXA 2HOEA 1Y64A 4O8KA 1Z6RA 1ATRA 4H03B 5KPRA 1GLLO 1KAZA 4H5NA 4H0OA 4H5TA 5AFUA 3VF4A 4B1UB 3CETA 1K8KA 4IO8A 3RSEB 3C7NB 5CE3A 2QWLA 4IJAA 4CZJA 4B1XB 5AQMA 4BGBA 3S41A 3MK6A 4K25A 4A2AA 1NGEA 3UKRB 3DXMA 3LDLA 1V4TA 4BRLA 2Q1NA 1GLBG 4BRGA 5FPEA 3DAWA 2A5XA 4BR2A 1ESVA 1MDUB 3VGKA 4XEIA 3VEVA 4PL8A 2CH5A 4FWLA 1X3NA 2BUPA 4PKIA 4M63C 1P8ZA 4K41A 5AQFA 3D2FB 2I7PA 5ADXA 4BC5A 1G99A 2FSNA 2YHXA 5B8HA 3CJCA 5E26A 3ZX2A 3G25A 5AQSA 5JICA 2AP1A 5F0XA 2E1ZA 1NGGA 2P9IB 1S3XA 1J6ZA 4BRCA 5LJWA 1R59O 3QB0A 3B8AX 3MN5A 2FSKA 4NO7A 1MWKA 5EXWA 3ZETA 3FLCO 1HJOA 5KPZA 3BF1A 3J8AA 4LC9B 5AQNA 4DCHA 3BEXA 1DKGD 1BU6O 2YJFA 1HX1A 3U4LA 3O8MA 5JLHA 2ZGYA 3AAPA 1BO5O 1ATSA 2QM1A 1IJJA 3KZBA 4BRPA 4Y0WA 3VOVA 1MA9B 2H3GX 2A3ZA 2F9TA 4I6MB 4CZKA 5FPMA 2P9LA 5AQJA 4JN4A 2QWRA 4BG8A 4FSVA 3ZX0A 2GUPA 3EKUA 2IVOA 1S22A 3EO3A 2CGLA 3H1VX 1XQSC 4JHDA 1XC3A 2A42A 3FFKB 3CJ7A 3ZX3A 2E20A 3LDOA 3R8EA 3H3NO 3VPZA 4BVPA 5JMVA 3ZEUB 5BRHA 3ATUA 1HKCA 1HLUA 5AQRA 4DQ8A 2V51B 3GL1A 4BRNA 4B1YB 4EHTA 2QW9A 3ATVA 3AY9A 5BPLA 1C0GA 5AQZA 5TKYA 1NGFA 4BRKA 4EIAA 3VF2A 3VEWA 2DPNA 4PKHA 4WQ5C 3WEEB 4FO0A 3IFRA 5KPTA 2IVNA 4KBOA 4K43A 3A5LC 4JD2A 4WYBA 1YXQA 4BR9A 4BQZA 2E8AA 3M1FA 4Z94A 2P9KB 1YUWA 4CZGA 3O4WA 2PAVA 3SK3A 4BQLA 1NMDA 3OHRA 2QWNA 4XH5A 4BROA 4CZIA 1T44A 4RWTA 4A61A 4IWVA 2GELA 2E88A 5AQLA 1EQYA 4EFHA 2GEMA 4BRHA 2P9NB 4FWSA 2CH6A 4ISEA 3CHWA 3IDHA 4FOIA 4CZFA 2YI1A 4BRMA 1YVNA 2KHOA 4FWOA 3DWLA 4BRFA 3DXKA 4BREA 4WQ4A 1V4SA 3EKSA 4ISFA 3H46O 1DEJA 4CBXA 5F2RA 2P9UB 3GBTA 5EOYA 3UKUB 4BRIA 2ZF5O 4XH4A 2YJEA 4BGAA 4YDUA 3LDQA 2QWOA 3VEOA 3O5BA 3U9DA 3IUCA 5AQPA 2Q2RA 1KXPA 1H1VA 4IJNA 3D2EB 2FSJA 1IG8A 3A5MC 3W0LA 3CJ9A 4MLEA 4BC4A 5AQTA 3BUZB 2E2NA 3A0IX 2Q97A 2HF4A 5AZIB 5BREA 3GG4A 2ASOA 2FF6A 3MN9A 1HPMA 2GWJA 2P9SA 2WUSA 2OANA 3QBWA 5AZJB 4H0TB 1E4GT 4H5VA 2QWMA 3HSCA 2P9PA 4CZMA 4B9QA 1NWKA 4B1ZA 5BN9A 3WQTA 2A40A 3BP8A 3M3ZA 2QWPA 3L4IA 3O1BA 3W3DA 3CJAA 5BRDA 1K8KB 1NM1A 3H1QA 1TYQA 3VEYA 3O6WA 3I33A 5AQHA 3A5NC 2VWBA 3ULEA 3LM9A 1BOTO 1Q18A 3H6EA 5E84A 4C23A 3DJCA 4IXCA 2Q0UA 2A41A 4FOEA 4ISGA 4DB3A 5I9EB 1ZBSA 3GE1A 2E1YA 1OKJA 1MWMA 3DXMB 4O5FA 1U2VA 2YHWA 1BWFO 1WOQA 4F9OA 1BUPA 1SZ2A 4CBWA 4MO5A 3SMSA 1BA0A 4QS7A 2V7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T03A 4ELVA 4JK9A 2D4WA 3WXMB 4JKHA 3CC2N 3OYCA 2ETJA 2YHBA 4M3XA 1NGAA 4K0KK 4DTSA 4ZHRA 3HBTA 2JLEA 2Q3SA 1ASUA 1Y97A 4M7XA 3RSEA 3O1WA 4FJ9A 3C6TA 4IO9L 1JCGA 2FBXA 4CZEA 4B3SK 1Z05A 2P9PB 1XNQK 4F2SA 3RRGA 3V6DA 1NK8A 1GLDG 4PHTX 3P38A 3ENOA 4JRQA 3O08A 2FLOA 2Z1IA 4E19A 1NK4A 4G9ZA 1VQKN 3HP9A 3HM9A 4E1JA 4M7YA 4CK1A 1NK9A 3CC7N 4Q5VA 4ILJA 1CZAN 1XNRK 4YORA 3VGLA 4IDHA 2BH1A 3WUHA 4ID1A 2O8CB 3HVRA 4JKEA 4CK3A 1LAVA 4EHUA 3THYA 4LFBK 4FLVA 3KTQA 3WNGA 4LH4A 4CD1A 3I8DA 1VQ7N 1MU2A 4NYNA 3TTFA 4IOAL 1OH6A 5BPMA 5KGXA 1HNWK 4JAXA 2YNGA 3VENA 2EX3A 5KQDA 4JKBA 2D0PA 2QXLA 1ATNA 4CEQA 3OS1A 1SL1A 3DRSA 1QQMA 1XI1A 4JRPA 3HPGA 4A2BA 4JI7K 3FZFA 4CFBA 2VWJA 2KZZA 3P4IA 4ELUA 1G15A 4WE1A 3C6HA 4JS5A 2V52B 3QEVA 4JI3K 1U04A 3MN6A 4B08A 4DQQA 4I9QA 1RNHA 3CQYA 5J1EA 4M45A 5JVHL 4Z0UA 3PLAA 1B9FA 4RCHA 3KHYA 2EWSA 4CHYA 1T6CA 4LH5A 3HYFA 3CCVN 3H45C 4F3TA 1HQUA 3FR0A 1IV0A 3QBXA 4CJ5A 4KHPK 5C24A 5IT9O 4H0PA 3OYKA 1KC8O 1GLJO 3CCLN 2BANA 1YI2N 4DTMA 1KTQA 1D9DA 5AFUH 2QXFA 3WXJA 4FJMA 3ZSXA 2P1JA 3LDPA 5GADP 4DR7K 2YNIA 1D8YA 2V7YA 3ID8A 4HVJA 3IRXA 3E9LA 4FL9A 2E6LA 1FKPA 3RR8A 1RBSA 3QMLA 3TAPA 2HBLA 4JV5K 4B1WB 1BCMA 1X9JA 4CEOA 2KZMA 1JCEA 3Q7CA 3AGRA 4A57A 3AA4A 4CIFA 3ZT1A 3O9RA 5MLCQ 1NKEA 1JLCA 2VQEK 1SL2A 3E9OA 2G8VA 1JCFA 2Q0RA 3H3OB 1HNXK 3HI0A 3PIOL 5C2FA 3BZCA 4PQUA 1SV5A 3NVKA 2P9SB 3J7ZO 2PBDA 4JI0K 3V9XA 3WQUA 1RTDA 3P83D 3ZLJA 3HXMA 4FLTA 4BG9A 3CFPA 3THXA 1B92A 3I55N 1Z25A 2RE2A 4IZ9A 1GOCA 3KVGA 4K8ZA 3J7AP 1TYQB 4GVMA 4MLHA 3D45A 1ITGA 3WXKA 3ULEB 2E2OA 2OPSA 4FWRA 3UIQA 3VQ6A 5HP1A 3RR7A 3NF8A 3WT0A 1BISA 5I42A 2HHHK 2VG5A 5AZIA 5KI6A 4CJQA 1SKSA 4CJUA 3CD6N 3MEEA 4GVEA 2YV0X 3QESA 4E1MA 4FWPA 3KD5E 2HOEA 3AVBA 4O8KA 2F4VK 2F8TA 1Z6RA 4ILHA 3L2QA 2OPPA 4DS4A 3L2RA 3VF4A 4OLAA 4DUYK 1WSFA 3P1GA 5CE3A 1NKBA 1VK0A 2GV9A 5CR4A 3SJJA 4CF0A 4CZJA 1OVYA 4B1XB 5CYMA 3S41A 3MK6A 3UKRB 4ICLA 4BRLA 4BRGA 4E3SA 3DLGA 1ESVA 4BR2A 3VGKA 3AA5X 4M63C 3LALA 1TKTA 1G99A 4WFAL 5FLXO 1L5UA 4DR1K 3OW2M 1J6ZA 1BQMA 1BIUA 5LJWA 3MN5A 4NO7A 3ZETA 4GV6A 3SI6A 3G4SN 1ZBIA 3PSIA 3FLCO 5T7BA 4CJVA 4JKDA 4FCYA 1GOAA 3J8AA 2G8HA 1WSGA 4DCHA 5FRMA 1YF5L 1K8AO 3NVMA 2ZGYA 1BO5O 2OCEA 4IEIA 3CM5A 4FJJA 2RPIA 3QEPA 2FBVA 2NRRA 4X65K 3VQAA 4BRPA 4Y0WA 3LP1A 1W0HA 2F9TA 1S1XA 3BGRA 4B9LA 4FSVA 4DF8A 3TWHA 3PX6A 3AO5A 4W5NA 3O4QA 3DI6A 3ZX3A 2D0AA 5CZ1A 4DSFA 3HVTA 1HKCA 4PY5A 1HLUA 3IS9A 3NF7A 1HJRA 1I94K 1UA0A 1XHZA 3PY8A 4NYFA 3VN5A 3GL1A 4AHTA 4B9SA 3ATVA 5A2QO 1IKYA 4BDYA 4FK2A 4MDBA 3L8BA 3SBGA 3VEWA 5FDLA 3I56N 4J2DA 4WQ5C 3DRRA 4CF2A 5KPTA 1W2BM 3PO4A 1IBLK 3AVGA 3SV4A 4BQZA 3P39A 3J81O 4Z94A 5GAEP 3CFRA 4CZGA 3O4WA 4AH9A 5C15A 4JKGB 3OS2A 3DLHA 3RWUA 1Q9YA 4BROA 3PUFA 2OPRA 1FJGK 3MX2A 4DV5K 4A61A 2GELA 3NAEA 1EQYA 3PO5A 4EZ9A 1U49A 1C1AA 4DTXA 2FBTA 5CYQA 1YVNA 1S1TA 2KHOA 4FWOA 2HMIA 4WQ4A 5CZ2A 4BE1A 4N76A 1YJNN 2P9UB 3UKUB 3EY1A 4IG0A 4B9NA 1LAWA 3DOLA 4YDUA 4AILC 3VEOA 4DR5K 4YOUA 3HP6A 3IUCA 2Z1JA 5AQPA 3ZT2A 3D2EB 3W0LA 4BC4A 3BUZB 1S6PA 4FJLA 2HF4A 1ILYA 4DF4A 4E1NA 4RG8A 1NKCA 4DU1A 1T3VA 3OYGA 2PY5A 1HPMA 1RBRA 2WUSA 4FVUA 3V1RA 1X1PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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