4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
3VEWA 3D2EB 4H5WA 4FWOA 2ASOA 4BRAA 3VEVA 4FWPA 2E2QA 3ZX2A 3UKRB 2D0PA 5F1XA 1S3XA 2BTFA 2YHXA 3C7NB 3C0BA 2QXLA 4IWVA 3EL2A 4WQ5A 5KPZA 3A5MC 1JCEA 1BO5O 2FF3B 2GUPA 3IFRA 3LDPA 1NLVA 2CGKA 4BRHA 3H1VX 3SMPA 4H0PA 4BRPA 3LDLA 3M1FA 5EVZA 1NBWA 5BN8A 4AM7A 1K8KB 2P9UB 4K43A 5BRHA 1BG3A 2P9SB 2P9IB 1NMDA 4H0XB 3BEXA 4HWIA 4BG8A 4KBOA 3TU5A 4I6MB 5EX5A 4FPBA 4BRQA 2P9NB 3MN6A 1DGKN 2P9PB 3ZETB 1S22A 1HJOA 3DXKA 4BVOA 4WQ5C 4CD3A 3JS6A 4BRLA 4NO7A 5LJWA 4IZ9A 4CZEA 2H3GX 2FLOA 1RFQA 3I33A 2E8AA 1R59O 4M63C 4DQ8A 4FOIA 5TKYA 2FF6A 1IJJA 4IO8A 2NRHA 4CZFA 4BRKA 1QHAA 1SAZA 2A41A 1G99A 4O5FA 3ULEB 4B1WB 4M7XA 4BC5A 4A61A 4IJNA 2YJEA 3HBTA 4A2AA 1J6ZA 3FZLA 1NGHA 3CJBA 4LC9B 3SK3A 3EO3A 2GWJA 2WUSA 1ESVA 4RTFD 4WQ4A 3SMSA 3FE1A 3VGMA 3QFPA 3W0LA 2FXUA 3W3DA 5LY3A 5AQYA 5FPMA 1ZC6A 5AQPA 1HUXA 5AQRA 1NGBA 3SLCA 3AAPA 5ADXH 5JLHA 1TUUA 3VF6A 5AQIA 1U2VA 3U4LA 4JNEA 3UE5A 4M7YA 1XQSC 3ZX3A 3CHWA 1HKGA 1V4TA 2P9KB 2ZWHA 3FZFA 4HTLA 5AQOA 3WXLA 4DB3A 3LDNA 4GNIA 3A5LC 3EN9A 2HOEA 1ATRA 1TYQB 2GTDA 3GOIA 3VF2A 4PKIA 1BDGA 3U9ZA 4BR9A 2IIRA 3R9PA 2VWBA 3O6WA 3UKUA 2YI1A 4BRCA 5BRFA 3P4IA 2P9NA 1NGAA 1EQYA 1NWKA 3KZBA 4FWLA 5JLFA 4CBUA 1LOTB 4H5RA 3VERA 1T6DA 1KAXA 3WXKA 1YAGA 2QWQA 5AR0A 4BRDA 3HI0A 2NZTA 3CIPA 3I8BA 3WQTA 3MN7A 4MLHA 1BOTO 4CZIA 4B1YB 2V52B 2GELA 4L3QA 2QWMA 4ISGA 4PKGA 3ATVA 3CETA 1QZ6A 3QICA 3IUCA 3ZX0A 1NGIA 2CH6A 4DCHA 4EHTA 2E1YA 3S41A 5BPMA 3GE1A 3DWLA 4F9OA 3MMVA 1ATNA 2FSJA 3MK6A 1NGDA 3LM2A 1X3NA 3EKUA 3KHYA 4EFHA 5AQVA 1NGEA 3AAQA 1XUPO 3CQXA 5B8HA 1E4FT 1JCGA 2W41A 2P9KA 3HTVA 2A3ZA 3BF1A 4H0TB 2A40A 2V7YA 3L6QA 2E1ZA 5AQHA 1GLJO 2Q36A 4BGAA 5AQKA 3O5BA 2YCHA 3MDQA 4CZGA 1P8ZA 2ASMA 2YJFA 3A8YA 4Z94A 4QS8A 4BR0A 2VYPA 4B1UB 5FPEA 3UB5A 5AQGA 3FZHA 1LCUA 3RSEB 1Z05A 4BREA 1D4XA 2P9SA 3FZKA 3DXMA 2CH5A 1GLCG 3KVGA 4H0OA 1BU6O 4BC4A 3OHRA 5AQJA 4O8KA 2PBDA 2IVNA 3DXMB 2Q0UA 3R8EA 1KXPA 1QQNA 5KPTA 1SQKA 2AP1A 4H0YB 3O8MA 4RWTA 5AQXA 3CERA 4IJAA 1KAZA 3H6EA 5AQQA 1YVNA 2ZGYA 4FWSA 3CJ1A 5AQFA 3H46O 4CZHA 4BGBA 5F2RA 1Q18A 2F9TA 2D4WA 2E88A 5AFUH 3ENOA 2Q97A 2HF3A 2Q31A 3O80A 2W40A 3L0QA 2DPNA 3QDKA 4MO5A 4QS9A 2V7ZA 4BRMA 3G25A 2KHOA 1RGIA 4FWKA 3L4IA 1BA1A 5JMVA 4CI6A 4JAXA 5KQ8A 4WYBA 4H5VA 3EZWA 4BQLA 4FWMA 4K25A 2QWNA 2PAVA 4BROA 4EAHD 1MWMA 3RSEA 3O1WA 5BREA 4FPAA 2UYTA 2Q1NA 1HKBA 3A0IX 3M3ZA 5ELZA 3TPQA 1OKJA 1SZ2A 4BRNA 4BVPA 4FWNA 3C7NA 2E2OA 3VENA 5ADXA 3CJ9A 4BC3A 3CQYA 4B1ZA 4NB4A 4BG9A 3BP8A 5KPRA 1TUYA 3SJHA 3H3NO 3VGLA 3O08A 2P9LB 3EKSA 5EOYA 1QZ5A 1BWFO 3M6GA 1YXQA 3CJ7A 1GLLO 3LDOA 5AQSA 5E84A 5EXWA 3ATUA 1DKGD 5AQNA 4CZJA 4EIAA 1NGGA 3IMXA 3UKUB 4CJ7A 3R6MA 1Y64A 2P9PA 3ZETA 4MO4A 4GY2B 3ZEUA 1TYQA 1QQOA 4CD1A 2A6AA 3VEZA 2QWLA 3VOVA 4CZLA 3VEXA 4BR4A 2E20A 3WXIA 1WUAA 5AZJA 2A5XA 5AQMA 1H1VA 1C0GA 1KAYA 2ZGZA 3GBTA 4XH4A 2FSKA 4FSVA 5BN9A 1NM1A 1YUWA 3O4WA 4ISFA 4ISEA 1U2VB 3VEYA 1V4SA 4AM6A 1X3MA 3DAWA 5AQTA 3VGKA 1XC3A 3WUHA 4EHUA 5AQUA 3VEOA 2I7PA 4B9QA 3CJAA 5AZJB 3CI5A 4FWQA 3QB0A 3WEEB 3QMLA 1C0FA 1ZBSA 4RCHA 2GWKA 1QQMA 3FLCO 4WQ4C 3O1BA 2V51B 3DXKB 4CBXA 3U9DA 4PL8A 2QWRA 3WQUA 4CBWA 2YHWA 2CGJA 4H03B 1BA0A 2VCPA 5AZIA 4B1VA 4A62A 1NGJA 3WEEA 1WOQA 2P9IA 1HKCA 1K8KA 2EWSA 2P9UA 2FSNA 2P9LA 4XEIA 4IXCA 3IDHA 4Y0WA 4BC2A 4QS7A 5BPLA 3DJCA 5AZIB 4H5NA 2HF4A 5FPNA 2D1KA 1DEJA 4JHDA 4XH5A 3BUZB 4K41A 4PKHA 5AFUA 3A5OC 1CZAN 1T6CA 2OANA 1MA9B 2GEMA 3LDQA 4K42A 1GLDG 3JXUA 3J8AA 5AQWA 3ID8A 5BR9A 4I6MA 2BUPA 5BPNA 4H5TA 1T44A 2A42A 3UKRA 4B1XB 4BR5A 2J4RA 4C23A 3D2EA 3QBXA 3GDQA 3CJCA 4BQZA 4JHDB 1U6ZA 2NLXA 3ULEA 4MLEA 4E1JA 1HLUA 1E4GT 2QW9A 3ENHA 4JD2B 5EY4A 2CGLA 2I7NA 3U8XA 4BR2A 2E2PA 4FL9A 2HMPA 3F9MA 2F9WA 3MCPA 1Z6RA 3FFKB 3VESA 1JCFA 4XH1A 4CZMA 3MN9A 1HPMA 3ZEUB 2ITMA 3WT0A 3D7EO 1NGFA 2E2NA 2IVPA 2ZF5O 4FOEA 5E26A 4JN4A 4BR7A 5F0XA 5I9EB 2AA4A 4BRGA 1X9JA 3B8AX 1MWKA 5BRDA 3HM8A 3QFUA 1RDWX 3AARA 5LJVA 2QWOA 1GLFO 4YDUA 3FR0A 3D2FB 4A2BA 5AQLA 4FO0A 3FZMA 5AQZA 3LL3A 1ZXOA 1GLBG 4CZKA 2ASPA 5CE3A 5KQDA 3VF4A 3H1QA 3H45C 2IVOA 2Q0RA 5FPDA 3VETA 5JICA 2D0OA 3GG4A 4PL7A 3BF3A 3A5NC 3GL1A 1ATSA 1NGCA 3WXJA 4DHYA 1GLAG 3D2FA 3FGUA 4FWRA 4YDUC 3HZ6A 3LM9A 4BRFA 1MDUB 4BRIA 2YHYA 3H3OB 2QM1A 2Q2RA 1IG8A 3AY9A 2QWPA 4JD2A 1BUPA 1GLEG 3VPZA 4J8FA 4H0VB 3QBWA 1HX1A 3HSCA 3MN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HNVA 3VEWA 2RPIA 1SV5A 2ASOA 4BRAA 4YY3K 3V9UA 1KVCA 4B9TA 3P5JA 1OH7A 3ZX2A 3UKRB 1BI4A 4E7KA 3AGKA 4AILC 5A2QO 5M1FA 4IWVA 3EL2A 4WQ5A 4FM0A 3A5MC 3VQ8A 2FF3B 3HPGA 3B6PA 1WSHA 2O8BB 4BRPA 1IG9A 4CHYA 3HRGA 3T69A 1RDBA 1K8KB 2IDOA 5BRHA 3SPYA 1GOBA 2RN2A 1K6YA 1NMDA 1U4BA 4HWIA 4OKKA 4NCGA 2UU9K 4FJGA 4BRQA 4JV5K 1DGKN 3ZETB 1U04A 1S22A 4HTUA 3DLLL 4CD3A 3AVNA 4WQ5C 4JKEA 3LAKA 3DLGA 3LALA 3TSPA 5DMRA 2H3GX 1RFQA 4DSLA 4Y1DA 4IG0A 4NXMK 4DQ8A 4AF1A 4YFUA 1U45A 5E41A 1RTIA 4CZFA 4FYDA 3D45A 4FVMA 5J2QA 2WTUA 2IC3A 4I9QA 1XMQK 4FCYA 4BC5A 3IS9A 4A61A 3NVMA 4IJNA 4OLBA 3LP2A 2YNGA 4CJ5A 2O8DB 3EO3A 1S9EA 3TI0A 3RR8A 1ESVA 3KLIA 4RTFD 1XNRK 4DLEA 3QFPA 1C1AA 2Z1IA 5AQYA 5AQPA 4DFKA 3AVCA 2B4JA 3V6DA 4DR4K 3PSFA 4DTNA 1TUUA 2RF2A 4G9ZA 3CHWA 4DKWA 5CR4A 4DB3A 4R5PA 3C95A 5MLCQ 1VQMN 3LDNA 1NNEA 3KTQA 1HQUA 1JL2A 1TYQB 4IDKA 4JKAA 2IIRA 1N32K 3O6WA 3UKUA 2YI1A 5BRFA 3L8BA 5KRTA 1ZBIA 1QS4A 1QSSA 2W6KA 4CBUA 4DV1K 4TSXA 5KGWA 3VERA 1S1TA 1TK8A 1KAXA 3WXKA 1NJIO 3EE8A 4BRDA 3PLAA 4EP4A 4ELUA 3HVRA 3I8BA 1IH7A 3WQTA 2B6AA 4MLHA 3VQ6A 4FZYA 2GELA 3E9OA 2QWMA 4ISGA 2ITGA 2HBJA 4Z4CA 4PKGA 1DLOA 3ZSWA 3ATVA 5C0YA 3ZSRA 3IUCA 1N34K 1NGIA 4LF9K 4IOCL 4EHTA 4BE1A 3S41A 2O8DA 4LF6K 4CF8A 1NGDA 2OTJN 4CESA 4JI6K 4ZTJA 4DTSA 4WCEL 3HM9A 4DQQA 3OYIA 5IWAK 1E4FT 1JCGA 3HTVA 3BF1A 2XY7A 4C8OA 1GLJO 4BGAA 4KPYA 3K0SA 1IBLK 4PA1A 4J2BA 5GINA 4KH5A 1NOZA 5FROA 2ASMA 2YJFA 2P51A 4QS8A 4HCCA 5FPEA 1WBDA 3UB5A 5AQGA 1LCUA 1WNSA 4FK4A 2GV9A 3IKMA 3K9KA 3D0PA 2P9SA 3ASMA 3DXMA 4JKBA 4YOYA 3IAYA 3SNNA 1R0AA 3OHRA 4E1MA 3DMJA 1VSKA 3DXMB 1A5WA 1VQLN 1KXPA 4CJUA 1EWRA 3THXB 4LFBK 3AVFA 4CK2A 4RWTA 3RWUA 4IJAA 4DTJA 3H6EA 3I56N 5JS1A 2ZGYA 3QEVA 3RMAA 3L2QA 3G0ZA 5AQFA 3H46O 3TAEA 5F2RA 4M3RA 3AV9A 4DQRA 1TKTA 2E88A 3DM2A 3KLFA 3MWTA 4BDYA 2HF3A 2W40A 2DPNA 5CYMA 2V7ZA 3J81O 4F2SA 3NAEA 2JLEA 4ELVA 4JAXA 1QQCA 3QEIA 1WSFA 4BROA 4EAHD 2VWKA 4FJKA 1MWMA 1YHQN 4PY5A 2UYTA 3A0IX 1HKBA 3M3ZA 3TPQA 4IKFA 2X78A 4RW7A 4DTRA 1NJXA 2HHTA 4CJTA 1C0UA 2E2OA 4DR5K 1JLEA 1C6VA 5HL7L 3DRRA 4GKKK 3SUPA 1RT5A 1W0HA 3HOTA 1S72N 1BHLA 1T3VA 3SAFA 5EOYA 2BE2A 3ENBA 1C1CA 3M6GA 3TANA 5C25A 4H4MA 3CJ7A 1NK6A 4IEEA 3KWGA 5E84A 2UUBK 4EIAA 5AQNA 2KFZA 3HVTA 1NGGA 3IMXA 4MFBA 3KWIA 4FJXA 2P9PA 4GY2B 4JI3K 1WAFA 3ZEUA 5LMNK 1RTJA 1RBUA 3MCAB 4HUFA 4CD1A 2A6AA 3VEZA 1T8EA 5AZJA 2A5XA 1H1VA 1C0GA 2Z1HA 2ZGZA 2XRIA 4JKHA 3ZT4A 1EX4A 4ISEA 4IFYA 3VEYA 4Z4EA 3VGKA 3OTOK 3ZT1A 3CJAA 5AZJB 4DTXA 2A1RA 3VQ5A 4JRPA 4KTWA 1BIUA 3AVGA 1W7AA 3QB0A 3QMLA 1D8YA 3OYJA 4CF0A 1KVAA 3O1BA 3TTFA 1LWCA 1S1WA 4N5SA 4N76A 2YHWA 4OGEA 2CGJA 2HNYA 4H03B 1BA0A 3KIOA 4B1VA 4A62A 3CXCM 4B9SA 4RW4A 2IGIA 1K8KA 3KJVA 2I5JA 2FSNA 4XEIA 4DF4A 3P1GA 4LH5A 1F21A 3OY9A 2DFFA 4LH4A 3DJCA 1ZBFA 2HF4A 5FPNA 4CIGA 3OYBA 4G1QA 4JHDA 3CMEN 4DWIA 2UXDK 1T6CA 1MA9B 2GEMA 4LSNA 4FK0A 5BR9A 5TKWA 4CHPA 1RBRA 5BPNA 2YV0X 4DR6K 2A42A 3UIQA 4AHUA 3UKRA 2ZQBA 3VQ9A 1RT1A 3P38A 3DOKA 3VQCA 3GDQA 3CJCA 4BQZA 4JHDB 2O8BA 1IKYA 4CEDA 4ILJA 1JXEA 2YHBA 3ULEA 3EZ5A 2NNWA 1EETA 4MLEA 1HLUA 4HVJA 1YTUA 3AO3A 3V9XA 4EZ9A 1NKCA 2IS3A 2VG6A 3FFIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HND A;  4KH4 A;  3TAR A;  4BR2 A;  1JXB A;  4FL9 A;  3T1A A;  4K8Z A;  3OYK A;  4E7H A;  3F9M A;  3MCP A;  3FFK B;  4JKC A;  4N47 A;  5GAG P;  4CZM A;  1IKW A;  1YJ9 N;  2ITM A;  4DQP A;  2OPQ A;  4OGC A;  4JI0 K;  3SV4 A;  2ZF5 O;  5E26 A;  1KRP A;  3OYH A;  3AVB A;  3RR7 A;  4K8X A;  2E4L A;  5F0X A;  1LAW A;  4CK1 A;  3LP3 A;  1TKZ A;  3PV8 A;  4C8M A;  3HM8 A;  1BQN A;  3NBP A;  4FLW A;  2PY5 A;  2QWO A;  3OYC A;  4I2Q A;  3C6A A;  3FZM A;  3LL3 A;  1ZXO A;  3O3F A;  4DV6 K;  2QA4 N;  4NYN A;  4KB0 A;  4KHS A;  3VF4 A;  2Q0R A;  4M45 A;  5M1Q A;  3ULD A;  4KB1 A;  3BF3 A;  3GL1 A;  1NGC A;  1TAQ A;  4CVN E;  4JKF A;  2G8I A;  4FWR A;  1IKX A;  3V9W A;  4YDU C;  5LL6 Z;  3O9S A;  3MEE A;  1X9M A;  3ISN C;  4DR7 K;  1IG8 A;  3LZJ A;  4CGJ A;  3C6H A;  1HQE A;  4JD2 A;  4C8K A;  1BUP A;  1LW2 A;  3VPZ A;  4H0V B;  1HX1 A;  4CJQ A;  1IV0 A;  4PKI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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