4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
1ZXOA 2E1YA 1NM1A 5AQLA 4IO8A 5AQIA 4BQLA 2NRHA 4B1YB 1C0GA 3HI0A 4LC9B 1IG8A 4FO0A 3CETA 2CGJA 4FWOA 1RGIA 2ZGZA 2Q1NA 3ID8A 4ISGA 3CJBA 4CI6A 4FWSA 1NGBA 3CIPA 4XEIA 4MO5A 3EN9A 5AQHA 3VENA 2CGKA 2ASMA 1GLJO 3VGMA 2A6AA 2QWMA 1QQNA 4C23A 2FSNA 4K42A 4JHDB 4FL9A 3VF4A 3O5BA 3SLCA 3ATUA 5I9EB 1U6ZA 3L0QA 3TU5A 3MN6A 3WUHA 1NGIA 3EKUA 4BR4A 4Z94A 2UYTA 2ZF5O 1ATSA 3VGLA 3KHYA 4I6MB 3WXLA 5AZJB 4JHDA 5B8HA 4DQ8A 3FZKA 2Q31A 5ADXH 5BRFA 2Q0UA 1YXQA 1G99A 4PKIA 2A42A 3QDKA 4DHYA 3D2FB 4YDUC 4FSVA 5KQDA 3HZ6A 4BC2A 3FZHA 3MN9A 4NB4A 5AQXA 5KPTA 1ATRA 3M6GA 4I6MA 4O5FA 2QWNA 1BU6O 4E1JA 1NGAA 4CZGA 1E4GT 2E2NA 2IVNA 3D2FA 3D2EB 1NGDA 4CBXA 5AQMA 5AQZA 1TUYA 3WXKA 2P9IB 3KVGA 2YHWA 3MK6A 4BRFA 3L6QA 4H5NA 4BREA 4GNIA 4BRGA 1T44A 2E20A 5BPMA 4FWLA 2IVOA 3R8EA 3D2EA 4WYBA 2VYPA 3VGKA 4CJ7A 4DCHA 1Q18A 2QWLA 3SMSA 1YAGA 5AQGA 3FLCO 4BR2A 3LDNA 2A40A 2P9IA 3CQYA 2YHYA 1LCUA 2D0OA 5AQQA 3LDOA 3FZLA 3L4IA 1NGHA 4BRIA 1NGGA 5AQNA 4A62A 1WOQA 3DWLA 1HX1A 1GLEG 3O1WA 5AQPA 4XH5A 4K41A 1XC3A 4WQ5C 3B8AX 4BG8A 2Q2RA 2P9UA 3CJCA 4H0XB 4HWIA 1KAYA 4H5WA 2ZWHA 1LOTB 3CERA 3FZMA 2KHOA 3VETA 2GUPA 4JD2B 3A5MC 1QQOA 4O8KA 3O08A 5AQOA 3CJ1A 3EKSA 3UKRA 3VERA 1TUUA 1SQKA 4FWRA 1GLLO 2IVPA 3H1VX 3HM8A 3HBTA 4JD2A 3QMLA 3ULEA 1V4TA 3QFPA 1BDGA 5BREA 1S22A 5EY4A 2J4RA 1HPMA 3HTVA 2H3GX 5E26A 1GLCG 1QHAA 5LJVA 2IIRA 5BRHA 3LDPA 3QB0A 2DPNA 3JS6A 3VPZA 4KBOA 1BA1A 3HSCA 4AM6A 4J8FA 4M63C 5JMVA 2A41A 3MMVA 2CH5A 1NGFA 2HOEA 1XUPO 1GLBG 3IFRA 1GLAG 2E2PA 2FLOA 3O80A 5EVZA 2QWPA 2AP1A 4JNEA 5AFUA 3VEYA 3VOVA 4CZJA 2FSJA 2HF4A 3A5OC 1D4XA 2HF3A 5F0XA 3VEZA 4BG9A 2QWRA 4FOIA 4EHUA 4PKGA 4PL8A 3DXMB 1NMDA 2EWSA 5BPNA 1DKGD 3G25A 3CHWA 2ITMA 2QWOA 4Y0WA 3O1BA 1HLUA 4QS7A 4EFHA 1QZ6A 4BROA 2P9SA 3DXMA 4F9OA 1SAZA 3U8XA 3BUZB 5JLFA 2FSKA 3WQUA 4BR7A 1MA9B 3A0IX 5AQFA 3S41A 5BRDA 4B1UB 4IJAA 4CD3A 1GLFO 2CH6A 2W40A 3LM2A 3QICA 3ZETB 3H3OB 2F9TA 3I8BA 3GL1A 1RDWX 3LM9A 2P9NB 3P4IA 3D7EO 3H46O 1J6ZA 3FFKB 4MLEA 5AZIB 2PBDA 4IJNA 4MLHA 4H5RA 4DB3A 5EXWA 2NLXA 4A2AA 4BRMA 3FE1A 4FWPA 4MO4A 3ZETA 3LL3A 5FPEA 4XH1A 3A5LC 2P9NA 3ENOA 1MWMA 5AZIA 4L3QA 4HTLA 1YVNA 4BRAA 2D4WA 3VESA 4BGAA 4H0TB 4K43A 3W0LA 1ATNA 4FOEA 3CQXA 2A3ZA 3U4LA 1HUXA 2OANA 5LJWA 4ISFA 2P9UB 4BGBA 5EOYA 1DGKN 5FPDA 3GE1A 3W3DA 2GELA 1ESVA 1OKJA 3GDQA 3DXKB 1DEJA 4EHTA 1C0FA 3UKRB 4H0OA 4H03B 3UKUA 1NGJA 4CZEA 5KPRA 2GWJA 3JXUA 2V51B 4RWTA 4ISEA 4H5TA 3A8YA 2VWBA 2V7YA 3MN5A 4IWVA 3ULEB 3ZX0A 1MDUB 2V52B 1NGEA 3RSEB 3DXKA 1WUAA 2GTDA 3FGUA 2Q97A 4H0PA 4B1ZA 4CBWA 4BRHA 2E1ZA 4JAXA 3LDQA 1Z05A 4CBUA 4EIAA 3H45C 2D1KA 4QS9A 2A5XA 5AQSA 4AM7A 3DJCA 3RSEA 2FXUA 1ZC6A 5BPLA 5LY3A 2YJFA 4BRNA 2FF3B 4CZLA 1IJJA 2PAVA 4WQ4A 4BRQA 4FWKA 3WXIA 5E84A 1RFQA 2YJEA 3VF2A 3VEWA 5ELZA 1S3XA 2ASPA 3H1QA 3UE5A 1CZAN 4GY2B 2GEMA 1HKCA 4RCHA 2YI1A 4QS8A 3OHRA 1U2VB 2YCHA 3LDLA 1NGCA 1HKBA 2E88A 3MN7A 4FWMA 3BF3A 4A61A 5F1XA 4IZ9A 4BC5A 4H5VA 3KZBA 5AQRA 2AA4A 2FF6A 2QXLA 2E8AA 1KAXA 1U2VA 5AR0A 5AQJA 3VEOA 1NLVA 5AFUH 1YUWA 3O8MA 3H6EA 4IXCA 4BVOA 5AQYA 2W41A 4BR5A 2P9SB 4BC4A 4CZMA 3EL2A 3VF6A 2P9KB 1EQYA 4BRKA 5EX5A 4FPBA 2ZGYA 5F2RA 4CZHA 2E2OA 3IDHA 4BC3A 2D0PA 2HMPA 4M7XA 4NO7A 5KQ8A 5AQTA 5BN8A 1K8KB 3DAWA 4M7YA 4H0VB 1NBWA 2P9KA 4B1XB 5AQWA 2ASOA 4CD1A 3FZFA 3F9MA 3GG4A 3QBWA 4EAHD 5ADXA 2QM1A 3J8AA 3VEVA 4CZKA 3VEXA 3R6MA 4JN4A 2E2QA 1TYQB 1JCGA 1K8KA 3QBXA 3QFUA 3WQTA 5JICA 3WT0A 1JCFA 1X3NA 4CZIA 1T6CA 3C7NB 3U9DA 3ENHA 1BWFO 3O4WA 1BA0A 3SJHA 1MWKA 5KPZA 3H3NO 1HKGA 1X3MA 2I7NA 5BR9A 1TYQA 3SK3A 5AZJA 5CE3A 1SZ2A 2CGLA 4BRPA 1QQMA 4BQZA 3ZX2A 3C7NA 3GOIA 1BUPA 3GBTA 1Y64A 3U9ZA 4YDUA 3R9PA 1H1VA 4FPAA 2P9PB 2VCPA 3CJ7A 3C0BA 4BRDA 3M3ZA 3CI5A 3BP8A 3EO3A 4B1WB 1BG3A 3UKUB 4A2BA 1HJOA 3CJ9A 1V4SA 2P9PA 2QWQA 3SMPA 4FWQA 3AAQA 5AQUA 5JLHA 3ZEUB 1T6DA 3WEEB 3ZX3A 2WUSA 3M1FA 5AQVA 3AARA 3AY9A 2QW9A 2BTFA 3I33A 1P8ZA 2Q36A 4CZFA 1KXPA 3ZEUA 3ATVA 3IUCA 1ZBSA 1BOTO 3WEEA 3BF1A 4BRCA 2GWKA 2Q0RA 2P9LB 4WQ4C 1KAZA 2NZTA 4FWNA 3TPQA 3WXJA 4BRLA 2YHXA 1R59O 2BUPA 3IMXA 3O6WA 3FR0A 4BR0A 5FPNA 5BN9A 4XH4A 1E4FT 2P9LA 5AQKA 2F9WA 4BR9A 4PKHA 1JCEA 4WQ5A 4B9QA 4H0YB 4RTFD 5TKYA 1X9JA 1QZ5A 1GLDG 3EZWA 5FPMA 4BVPA 1XQSC 3A5NC 3BEXA 3MCPA 1NWKA 2V7ZA 3UB5A 2I7PA 4PL7A 3AAPA 1BO5O 1Z6RA 3CJAA 3MDQA 4K25A 4B1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TV6A 1ZXOA 3VQ7A 1NM1A 5AQLA 4BQLA 3VQQA 1D9FA 4B1YB 4FK4A 4LC9B 3PO5A 1IG8A 1M1KO 4B3MK 1YT3A 3CETA 3MEGA 4LH5A 1TGOA 2Q1NA 3EEQA 4DV2K 4G9ZA 5KGWA 4JS5A 3CIPA 4MO5A 3VENA 3VN5A 2CGKA 4FLZA 4OKEA 4KPYA 4K42A 4B8CA 1KVCA 1VSLA 3O5BA 2FBXA 3SLCA 2HHHK 4J2EA 3F9KA 3TAMA 1NGIA 4F8RA 3QIOA 5C10A 3KK7A 2VWJA 5LMUK 3KHYA 5AZJB 4JHDA 3KLFA 3TTDA 2Q0UA 4CK1A 1YXQA 1G99A 5J2MA 3VQ6A 3MDQA 5FRMA 4CJFA 5GADP 5AQXA 1CXQA 4AHTA 4E1JA 3C6AA 1NOZA 1B9DA 4ELTA 1FKOA 3TWHA 3D2EB 1J9AA 4IBNA 5AQMA 1TUYA 4AHSA 1HNVA 3CFRA 4BRFA 4H5NA 4BREA 4BRGA 3PX0A 1T44A 1OH8A 4AHVA 3THXB 2XO7A 1N6QA 3SBTA 3VQCA 3T1YK 1Q18A 3C6TA 3BZCA 4RW9A 4QAGA 3K59A 1OVYA 3LDNA 3KIOA 3CQYA 4X64K 3OYBA 1LCUA 3SPYA 5AQQA 4A5BA 3L4IA 4BRIA 3CCLN 1NGGA 4A62A 4I2PA 1HX1A 1VQMN 1GLEG 3G0ZA 2P1JA 5J2QA 4DSIA 4XH5A 1WLJA 4OGCA 1XNQK 2Q2RA 3RRGA 4H0XB 4H5WA 2YNFA 2ZWHA 5CR4A 4FZYA 3CERA 3AO5A 3QEPA 1ASUA 3O08A 3VQ4A 1SL0A 1LW2A 1S6QA 4FWRA 1GLLO 3O4NA 4CGIA 1BDGA 4DTUA 4CECA 5M1NA 2RPIA 3THWA 2G8UA 3HTVA 4B9MA 3RMDA 3TSUA 5E26A 4Q0BA 1BCMA 3EYZA 3SZ2A 1HYZA 3DLBA 5HRRA 3VPZA 4DV7K 5JMVA 4J8FA 2A41A 4CJ3A 3SI6A 2PYLA 2CH5A 4M45A 2UUAK 3HK2A 2HOEA 4CFCA 3O80A 5EVZA 2QWPA 3VOVA 4MFBA 1NK7A 1L3SA 3AO4A 1GOBA 1RTIA 2QWRA 3TI0A 4KHSA 4CF8A 3KKSA 4OJRA 4CEQA 5LL6Z 3DXMB 1KSPA 1JLAA 5BPNA 3WNEA 1RBSA 1QQCA 2Y1JA 2OZMA 1QVGM 3O3HA 4F3TA 1RDAA 3O1BA 4BROA 1WSIA 2HBJA 3VTIA 2OPQA 3KWIA 3ZSZA 1QVFM 3VQBA 2FSKA 5FROA 3WQUA 4BR7A 1YIJN 1GOCA 4PQUA 5BRDA 4YOUA 4DQQA 5C2FA 4M3WA 2X78A 4CEFA 4CD3A 4Z4GA 3LM2A 3H3OB 3N4PA 3GL1A 1RDWX 4YOWA 1XWLA 2NUBA 4CHPA 3D7EO 1LWCA 1J6ZA 1LWEA 4MLEA 2KLAA 2PBDA 4FJIA 4MLHA 5C15A 2JWKA 4JV5K 3OBWA 1VAZA 2HBKA 3FE1A 3ZETA 4XH1A 4OPAA 3K58A 3ENOA 4FM0A 1I94K 4HTLA 1YVNA 3LP3A 1FW6A 2HHTA 1VQNN 2PY5A 1YJ9N 4BGAA 1ATNA 2YV0X 3U4LA 3QIPA 2OANA 4BGBA 1O13A 2QA4N 3W3DA 2GELA 2HB5A 3QEVA 3H08A 3ZSWA 1DEJA 1C0FA 4H0OA 4GKJK 2NNWA 4CZEA 2VGNA 2F8SA 4HTUA 3JXUA 3ZX0A 2V7YA 2RN2A 2GV9A 3BDPA 4J2BA 3P1GA 3IRXA 3PV8A 1WUAA 2Q97A 3THWB 4ELVA 2VGMA 1XHXA 3LDQA 4CBUA 3LAKA 4NXNK 1UWBA 2A5XA 1F21A 2FXUA 1D8YA 3O9TA 3AO2A 3SYZA 1RCHA 3AVGA 4BRNA 2BGGA 2FF3B 1LWFA 1XNRK 2PAVA 1RFQA 3UE5A 3QNNA 4C1NK 3LZJA 3NVKA 2A1SA 3KLEA 1T8EA 4QS8A 3CCVN 1U2VB 1NGCA 3TAQA 2FBVA 4CHNA 4HVJA 3V9UA 2HBMA 3CXCM 3C65A 2AA4A 2QXLA 2E8AA 3OJSA 4CGFA 1RDCA 5AR0A 5AQJA 3K9JA 3O8MA 4BVOA 3HXMA 2F8TA 1X9MA 5AQYA 3J7AP 2JWLA 1OVQA 4FLVA 3OYAA 4Z4HA 4N47A 4B9LA 1VSHA 1TVRA 5KI6A 5EX5A 1OH6A 4JK9A 1Q82O 1N33K 2NRWA 2D0PA 3PSFA 2LSNA 4YOVA 3DAWA 3DLGA 4B1XB 3VQ5A 3VQEA 2ASOA 3FZFA 3QBWA 4EAHD 3R6MA 1BQNA 4KH6A 2D0BA 2E2QA 1K8KA 3QFUA 3QBXA 4JI5K 4IOAL 5GAEP 1X3NA 1SKSA 1T6CA 3OYGA 4K0KK 1BA0A 3SJHA 4CGGA 1ITGA 1KFSA 3AVLA 2I7NA 5BR9A 1TYQA 3OYFA 1SZ2A 2CGLA 3IS9A 3CCMN 3C7NA 1NK0A 3R3LA 1RT2A 3LWLA 1Y64A 2ITGA 3NHGA 4DUYK 5KGXA 4KAZA 3R9PA 5CY4A 4FVUA 4PHTX 4JRPA 3SQ2A 1VQ5N 2FC0A 4DTRA 1K6YA 3M3ZA 2DFHA 4BE0A 2F96A 4CJWA 5M1FA 3TAFA 3P83D 3O9RA 4BY9C 1L5UA 2P9PA 5D3GA 5HLFA 4FWQA 1KVBA 3BGRA 1HPZA 5MLCQ 2R7YA 1VSMA 3RMBA 2WUSA 4DS5A 3AARA 2QW9A 2BTFA 3OS0A 3NCIA 3I33A 3ZYYX 2O8CB 1KXPA 4B3TK 3B6OA 1WSEA 2OPPA 4F2RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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