4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
2P9LA 1KAXA 3O4WA 2YI1A 2V51B 4DHYA 1KAYA 1TYQA 2QM1A 4JHDA 2QW9A 3DXMA 4FWRA 5LJWA 4CBXA 2P9NB 2D0PA 2QWNA 4FWKA 1GLJO 3LDQA 4WQ4C 5BRDA 1T6DA 3LDPA 1QZ5A 1BUPA 3UKRA 4BR5A 1GLBG 1QQNA 1MWMA 2IVOA 3QDKA 4EHUA 3KHYA 3O1WA 3A8YA 2UYTA 1CZAN 1ZXOA 3FLCO 2P9IA 3QBWA 4HWIA 1NBWA 4IXCA 1BA0A 1NLVA 3O08A 2HMPA 2E2PA 5LJVA 5AQZA 3VOVA 5AZJA 2IVNA 3D7EO 3U9ZA 3IUCA 3MN6A 2Q0UA 2BTFA 3FE1A 4B1YB 3JXUA 2ITMA 5AQGA 3D2FA 4M7YA 4BC3A 2Q1NA 1NGDA 3ZX3A 2Q36A 3WEEA 1GLDG 1ZBSA 2E88A 1BA1A 4WYBA 2GTDA 1HX1A 3LM9A 4M7XA 4XH4A 3TU5A 4FOIA 3JS6A 3CETA 1NMDA 4H5TA 4H03B 4K25A 3AAQA 4BC2A 5EXWA 1IG8A 1GLEG 1H1VA 3HBTA 5LY3A 3U9DA 1BG3A 1ATNA 1GLCG 4QS8A 1X3NA 4BC4A 1U6ZA 2FSNA 3MN7A 2P9SB 3I33A 3MDQA 4BRHA 3SK3A 2VYPA 4CD3A 2I7PA 5F0XA 4ISEA 2QWPA 1V4SA 3FZLA 4Z94A 3ZEUB 5AQMA 2E2NA 4CZIA 3H1VX 4BRFA 5JMVA 2YCHA 3BUZB 3C7NA 1GLLO 1HUXA 1X3MA 1NGGA 3AARA 2ZWHA 3U4LA 1HKBA 4BR4A 2GWJA 1JCGA 3H3NO 4BC5A 4DQ8A 2P9PB 3CI5A 4PL7A 4LC9B 1YVNA 1OKJA 3L4IA 4FWSA 4H0PA 3A5NC 2Q97A 3O5BA 4BRQA 5AR0A 2HOEA 1KAZA 3FZFA 1SQKA 3O1BA 3M6GA 4JD2B 1YAGA 4HTLA 1NWKA 3VENA 5AZIA 1T44A 1WOQA 3ZX0A 4H0OA 4BVPA 3WQTA 4FOEA 5FPDA 2DPNA 3ENHA 5AQFA 3BF3A 4XH1A 1ATSA 2YJEA 5BN8A 1RDWX 5AQKA 3EKSA 3CJ1A 2P9NA 1GLFO 2A41A 3R9PA 4FSVA 5KQDA 2A42A 4BGAA 2VWBA 1SAZA 1HPMA 3EKUA 1Z6RA 5TKYA 1BOTO 2P9KA 3AAPA 2QWLA 4H0TB 1KXPA 1LCUA 4FL9A 5EVZA 3HZ6A 4PKHA 4BR7A 3CQYA 5AQXA 3L0QA 3W0LA 3LM2A 3J8AA 4EAHD 4IWVA 4BG9A 3H45C 5BRHA 4H5WA 4EIAA 5F1XA 3A5LC 3ENOA 4IJNA 5ELZA 2V7YA 1NGJA 3ZETB 4A2AA 2AA4A 2YHWA 3WXJA 4FWPA 4FWMA 3CJAA 3H6EA 4FWNA 4Y0WA 3CJCA 4CD1A 2F9WA 3EZWA 1SZ2A 4IJAA 2QWOA 1GLAG 3DAWA 2GELA 2P9LB 3LDLA 3B8AX 5AQUA 4BRAA 1MWKA 1QQMA 1TYQB 2E2OA 4MLHA 3A0IX 2NRHA 3DXMB 4RTFD 2ASPA 1IJJA 1QQOA 5AQJA 2HF3A 4DB3A 4O5FA 2W40A 4DCHA 4AM6A 4IZ9A 2YHYA 4K41A 5AFUH 1QHAA 4XH5A 1DKGD 1TUUA 2CGJA 2P9IB 3FGUA 4BRPA 2P9SA 5AQWA 1NGCA 4ISGA 3GBTA 2V7ZA 3RSEA 5KPZA 4BQZA 5EX5A 1C0FA 3H3OB 5BN9A 3I8BA 1K8KB 1P8ZA 3ZEUA 3FZKA 4B1XB 5E84A 2CH6A 3QB0A 2IIRA 1JCEA 5AFUA 4H0XB 3P4IA 4FWQA 3LDOA 2NLXA 3G25A 1S22A 3VEWA 1Y64A 5AQNA 3ZX2A 2ZGYA 4PKGA 4JN4A 4A2BA 4EFHA 3ATVA 3SMSA 3CJBA 3D2FB 3VGLA 4BRCA 2A3ZA 3OHRA 3WT0A 4RWTA 2E1ZA 3CHWA 5FPMA 5AQHA 4CZGA 4BRMA 2FXUA 1R59O 2FSJA 3WEEB 4BRKA 5FPNA 2FLOA 1NM1A 5EOYA 1X9JA 3M1FA 4M63C 4BR2A 4BG8A 2Q31A 4CBUA 4CZJA 5CE3A 4FWLA 4WQ5A 2FF6A 4MO5A 4L3QA 2ASMA 3ULEA 3DWLA 4JD2A 4K42A 1NGHA 4H5NA 3BF1A 2YHXA 1G99A 2PAVA 4H5RA 4GY2B 4E1JA 5BRFA 3FZHA 2EWSA 3VGMA 2E1YA 1NGAA 2Q0RA 3MCPA 1TUYA 2QWRA 2P9UB 5F2RA 2Q2RA 2NZTA 3FR0A 5EY4A 3R8EA 4CZLA 3VESA 5KPRA 1NGIA 1BO5O 4EHTA 1NGFA 4FPBA 3F9MA 2D4WA 4I6MB 3QBXA 3DXKB 1JCFA 2W41A 3CQXA 4CZHA 4QS7A 4A61A 1DEJA 3ATUA 2QWQA 3BP8A 2BUPA 2H3GX 5AQVA 1LOTB 5AQQA 4O8KA 4CJ7A 2IVPA 3KVGA 4B1UB 4JAXA 3HM8A 3WXIA 4WQ5C 3U8XA 3O8MA 3VEXA 1BDGA 4BR0A 1HLUA 3VF4A 4B1ZA 2A6AA 5BREA 5E26A 1Z05A 5AQTA 1WUAA 1XC3A 5AZIB 3CERA 1MDUB 1U2VB 3W3DA 3UKUB 5ADXH 3GE1A 2QWMA 2CGLA 4MLEA 3EN9A 3O6WA 3VERA 3SMPA 4BGBA 5AQYA 3D2EB 2D0OA 2CGKA 3S41A 5BPLA 4BRDA 2GEMA 1D4XA 4PL8A 2F9TA 4MO4A 3VEZA 1E4FT 3IMXA 2ZGZA 3WUHA 1YUWA 4FWOA 4AM7A 1YXQA 3VEVA 5ADXA 3LDNA 3CIPA 2FSKA 2P9KB 4JHDB 5I9EB 5AQIA 2A40A 4K43A 1RGIA 4KBOA 1HKGA 3GDQA 5AQLA 1MA9B 4BREA 4NB4A 4BRGA 4B9QA 3UE5A 3UB5A 3CJ9A 2I7NA 5AQOA 3UKRB 3MK6A 4CZMA 3WQUA 4NO7A 1K8KA 3GOIA 1EQYA 3IFRA 3AY9A 3QICA 5BR9A 2A5XA 1E4GT 1NGEA 1Q18A 3GG4A 3SJHA 5AZJB 2J4RA 3SLCA 4JNEA 3VETA 3MMVA 4XEIA 3KZBA 3EO3A 2HF4A 2YJFA 4PKIA 2V52B 2E8AA 5AQRA 2OANA 2E20A 3L6QA 4F9OA 2P9PA 4H0YB 3TPQA 3ID8A 4H5VA 4CI6A 1BU6O 4BRLA 2D1KA 3WXLA 3MN5A 1XUPO 3MN9A 3VEYA 2WUSA 3O80A 4BQLA 2ZF5O 5KQ8A 4BVOA 3DJCA 2GWKA 3RSEB 1NGBA 4FPAA 4FO0A 2P9UA 3QMLA 1HKCA 4C23A 3VF6A 4YDUA 3HSCA 4CZEA 4QS9A 5FPEA 1V4TA 4CZKA 3WXKA 5JLHA 1T6CA 1RFQA 2QXLA 4I6MA 4J8FA 3DXKA 3M3ZA 1BWFO 2VCPA 3VPZA 3VGKA 3VF2A 3HTVA 3HI0A 3QFPA 2E2QA 1ATRA 5BPMA 4WQ4A 1QZ6A 3C7NB 4BROA 2GUPA 1ESVA 3GL1A 3FZMA 2AP1A 3C0BA 1HJOA 1S3XA 3A5OC 4B1WB 4IO8A 1DGKN 3H1QA 2CH5A 3ULEB 3R6MA 4BR9A 3LL3A 3EL2A 5AQPA 5B8HA 3BEXA 4BRNA 5KPTA 3QFUA 3H46O 4CBWA 1J6ZA 4B1VA 1C0GA 4ISFA 4RCHA 1U2VA 3UKUA 3ZETA 2KHOA 4GNIA 5BPNA 2PBDA 1XQSC 2FF3B 3IDHA 3D2EA 4CZFA 4A62A 5JICA 4H0VB 5AQSA 2ASOA 3CJ7A 3A5MC 4BRIA 3FFKB 5JLFA 4YDUC 1ZC6A 3VEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9QA 3T1HK 4OPAA 4DF8A 4CEOA 4W5OA 2BGGA 2YI1A 3ZT0A 4JHDA 3VQCA 3KD1E 4CBXA 2P9NB 5T7BA 1U47A 1QZ5A 1BUPA 3AVJA 3VQQA 4BR5A 1SV5A 3FFIA 3OS1A 4JI5K 2IVOA 5JVGL 4FVMA 4OPHA 3O1WA 3A8YA 3AVNA 1CZAN 3QBWA 4HWIA 4YOTA 1T05A 5HOOA 1VSDA 3CCJN 4OLBA 1JLBA 4B9UA 2E2PA 5AQZA 3VOVA 3OBYA 3AV9A 3ZLJA 1EKEA 3NHGA 4HTUA 3S3NA 1YJNN 4YOXA 1LWFA 2QEXN 3LPTA 4GVMA 4I9LA 1VRUA 4LH4A 3V81A 4B3RK 2G8UA 3FE1A 3V4IA 4B1YB 3PX6A 5AQGA 4JI1K 2HHUA 3B6PA 3S3OA 2KQ2A 4DSJA 2Q1NA 4AF1A 1NGDA 1VHXA 3WEEA 3K5LA 1LAVA 3ZSQA 1T03A 3TU5A 3SAHA 4B3TK 2YHAA 3CETA 5FRNA 4IG0A 4K25A 4BC2A 4CJRA 1GLEG 4CGDA 4DFKA 3DI6A 1KSPA 4KPYA 2P9SB 3I33A 3SK3A 2D0CA 1BHLA 5F0XA 4GV3A 3FZLA 3V9ZA 2X74A 2HHHK 3V1OA 1HQUA 3SJJA 1NG9A 3E9LA 4E7LA 1HUXA 3RMCA 4F3OA 1D9FA 4BC5A 2HHTA 4DQ8A 4Z4FA 1FJGK 2PZSA 1YVNA 4M3TA 4TSXA 4CF2A 2Q97A 3M8SA 3O5BA 4FZYA 4NYNA 4NYFA 4N41A 3NDKA 5HRNA 3FZFA 4ELTA 4Z4GA 3O1BA 3WNFA 3TAEA 1YAGA 3HOTA 1NWKA 4CGFA 3CC7N 3OYNA 3THYB 3J80O 4BVPA 4FOEA 5FPDA 1L5UA 2HHXA 1C0MA 3M8RA 2DFEA 4FW2A 2PFUA 2YJEA 1RDWX 5AQKA 3EKSA 4DLGA 4F4KA 3CJ1A 3RTVA 1LWEA 3SI6A 2UXBK 3LWMA 2VWBA 3L2UA 3K0SA 1SAZA 2OPQA 1DTQA 3DLLL 4H4MA 2HB5A 4FJ5A 3AAPA 2QWLA 3EYZA 4N5SA 1BL3A 1KXPA 5EVZA 4JV5K 1JLFA 4PKHA 5M1OA 4FW1A 3LM2A 3J8AA 4EAHD 4FJHA 1Q9XA 5F1XA 3A5LC 3ENOA 5ELZA 5C42A 2V7YA 3ZETB 2AA4A 2KTQA 2YHWA 2Z1HA 3QO9A 3T1YK 3EE9A 3H6EA 4O0IA 3V6DA 3O3HA 2XO7A 1BI4B 3EEQA 1SZ2A 1YF5L 4IJAA 4DV1K 2GELA 2EX3A 3THWB 3K5MA 1Q86O 1NK0A 1WSEA 2QI2A 3A2FA 2O8BB 1MWKA 1U45A 3A0IX 4CJUA 2NRHA 3MEGA 2HF3A 3HXMA 4IFEA 4K41A 5AFUH 1WLJA 3OYDA 4IG3A 1QHAA 1U49A 1TUUA 4CJQA 4Q0BA 2W6LA 1D5AA 3FGUA 3V1QA 5JS1A 1C0TA 5AQWA 4LY7A 1TKTA 4DF4A 4CGGA 4FJXA 4DU1A 5BN9A 3LP2A 3WNGA 5C2DA 3LPUA 3FZKA 2CH6A 4DUZK 1JCEA 5AFUA 5HRSA 1KFDA 1VK0A 3NFAA 2NRWA 4PKGA 1VQON 1KVBA 3CJBA 3D2FB 3CHWA 2UU9K 4NCGA 2FXUA 4BRKA 2FSJA 4A5AA 2UXDK 4DV4K 1X9JA 1X9SA 5FLXO 1HJRA 4I9QA 2FF6A 4LF5K 4Q5VA 1NK6A 3OYKA 2UUBK 3ULEA 4DTJA 3CCSN 4K42A 4JD2A 1NGHA 4JLHA 5J2PA 4FJ7A 1IG9A 4AHSA 1G99A 2PAVA 2X6NA 3CPWM 3CC4N 4GY2B 4CF8A 1IKXA 4WE1A 3SBGA 5IWAK 5C0YA 2Z1GA 3ASMA 3HO1A 2HBMA 3VGMA 2QWRA 4CJTA 4JYAK 2VQFK 2NZTA 4B9NA 3SPYA 3PSIA 1TKXA 3PX4A 1NGFA 4L8RB 3CCEN 3NH0A 3TAQA 1VSEA 3QBXA 1BQMA 1RBVA 4CK3A 3VQ9A 4A61A 3LALA 3SZ2A 4AHCA 1RDCA 5AQVA 1LOTB 5AQQA 2A1RA 2PYJA 4B8AB 2IVPA 3KVGA 1TAUA 3TAGA 4DV6K 3VEXA 3L2RA 4NCBA 4BR0A 3QETA 2ETJA 3P38A 4G9ZA 1SUQA 1MU2A 1Z05A 3VQBA 5AQTA 1ZBUA 5GAEP 1XC3A 5AZIB 4PUOA 4DQQA 1W2BM 1J5EK 4I2QA 2JWKA 5K14A 5C15A 4H4OA 2HHQA 1IBMK 4FZZA 2F9TA 4CJVA 4JK7A 2ZGZA 3WUHA 4CEAA 4JK9A 2ZE2A 4FWOA 1VSKA 4Z4EA 3CIPA 3DLRA 4FM2A 4JHDB 3O3FA 4DV5K 5AQIA 2A40A 3THVA 3C6AA 5AQLA 1VQMN 4NB4A 3F2KA 1JL2A 3UB5A 4KI6A 3CJ9A 5AQOA 1X9WA 3WQUA 1JKHA 1K8KA 4AHVA 4CFCA 3DLGA 3K9JA 4FM1A 1Q9YA 4JI0K 4DTXA 1JJ2M 3T3FA 4CIEA 1E4GT 4BE0A 1Q18A 3GG4A 3ZT1A 3OYCA 2J4RA 3SLCA 3VETA 3MMVA 1XNRK 1W7AA 1FKPA 5AQRA 5DK5A 3SV4A 1RTHA 4OLAA 3CPEA 3D45A 4H0YB 3TPQA 4MFBA 4AHTA 4BRLA 5HRPA 4GW6A 3G4SN 4KTZA 3KLIA 4IOCL 1XUPO 3MN9A 3OY9A 3O80A 4BQLA 2ZF5O 4AH9A 4CFAA 5KQ8A 2OTLN 1WBBA 4BVOA 3DJCA 4DTUA 4LD0A 2Z1JA 4FPAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1IH7 A;  1WAF A;  3LP0 A;  3ID8 A;  4CI6 A;  2WBN A;  1BU6 O;  4A57 A;  4LFB K;  3O9U A;  1ZBH A;  3PO4 A;  3VEY A;  3C6H A;  1XWL A;  5FDL A;  3RRG A;  3SUO A;  3H08 A;  4PY5 A;  1RDA A;  1YTU A;  3RVC A;  1KLN A;  4CFB A;  1N32 K;  3AVC A;  3P1G A;  3VF6 A;  4DS4 A;  2NRZ A;  2RPI A;  4C1N I;  3QNN A;  1JLG A;  1ASV A;  4CZK A;  5JS2 A;  2UUC K;  4ID1 A;  1Q7Y O;  1IKV A;  4OJR A;  3OYI A;  4CFD A;  1F21 A;  4JKD A;  2WFB A;  4DU3 A;  3MWT A;  4DLE A;  1QZ6 A;  1LV5 A;  4DSI A;  2GUP A;  4RW8 A;  3FZM A;  3C0B A;  2GX9 A;  1S3X A;  1J53 A;  3A5O C;  4IO8 A;  4DKW A;  3MEC A;  3BY5 A;  2F4V K;  4WFB L;  3ULE B;  5AQP A;  3BEX A;  2KKZ A;  4DQP A;  4X62 K;  3J7Z O;  5KPT A;  3VA0 A;  4B1V A;  1FW6 A;  4YOW A;  3NBP A;  1TV6 A;  3OA9 A;  4DSL A;  2P51 A;  2FF3 B;  3IDH A;  4NXN K;  3LZI A;  4H0V B;  5AQS A;  3CJ7 A;  3A5M C;  5FRO A;  4YDU C;  1P8Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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