4BVPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with heptamolybdate and octamolybdate
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 124
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bvpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bvpA02
2H3GX 1BUPA 4DHYA 3JS6A 3MMVA 4DB3A 4BG8A 1KAYA 3WQTA 4EHUA 1TUUA 1GLEG 2YI1A 3VGMA 1ATSA 3HSCA 4BRCA 4CZJA 3D7EO 3DXKA 4BREA 2BTFA 1GLBG 4A62A 2P9PB 5JICA 3WXJA 2ASOA 4BVPA 3BEXA 1WUAA 2QXLA 3HM8A 3D2EB 1WOQA 1BA1A 2NRHA 3SK3A 2A6AA 3F9MA 3KZBA 2A42A 3A5OC 5KQ8A 4DCHA 3M6GA 3QDKA 4BC3A 5KQDA 4IJNA 2FLOA 3EKSA 4BR4A 4EHTA 2BUPA 2W41A 3A5NC 5JLHA 3GOIA 4M7YA 1RFQA 4BQZA 2E2QA 1SAZA 1T44A 2QM1A 4BR5A 4FOIA 1QQNA 2Q97A 3DXKB 3W3DA 2HMPA 3R9PA 4PKIA 2D0PA 3EN9A 1GLFO 3WEEA 2E8AA 2KHOA 4FWSA 4B1WB 5F2RA 5ADXH 3CJ1A 3VF6A 3FZFA 2PBDA 2ASPA 3VESA 5AQXA 4XH4A 3ATVA 2GWKA 4CZGA 3I33A 3ID8A 1CZAN 2ZWHA 4BRKA 4WQ4A 3ENOA 5BRHA 3A5LC 1IG8A 3DXMA 4B1YB 4Y0WA 2P9PA 4BC5A 3FE1A 3TPQA 1JCEA 3VEXA 4EAHD 3BF1A 5AZJB 2OANA 3A5MC 4E1JA 2VCPA 3J8AA 5AQWA 4A61A 1GLLO 3O1WA 3ULEA 2Q31A 3H3OB 1V4TA 4FL9A 3CJBA 3H46O 5EOYA 4BRGA 1BO5O 3WEEB 5AQKA 3OHRA 4FO0A 3WXLA 4CZLA 4K41A 2D0OA 5I9EB 2E2NA 3W0LA 4PKGA 2NZTA 4MLHA 5AQPA 1HLUA 2YHXA 1TUYA 3H1QA 2F9WA 2D4WA 3UKUB 1BU6O 1JCFA 2P9SB 4LC9B 3IUCA 1NWKA 3UKRB 2AA4A 2CGJA 3C7NB 3D2FB 3WXKA 5BREA 2V7YA 2J4RA 2V51B 2Q2RA 5FPDA 4ISEA 1IJJA 4RWTA 4A2AA 5FPMA 3VENA 3MCPA 1NMDA 1XUPO 3IFRA 4FWMA 4B1ZA 1LOTB 2ZGZA 2VYPA 5AQMA 1QZ6A 1NGIA 5EX5A 4BRIA 3GDQA 4KBOA 2FF6A 4FPAA 1MWKA 2F9TA 5AQIA 3HBTA 3SMPA 3VEYA 4FPBA 2GTDA 4CZIA 4CZFA 2YHYA 1R59O 4HWIA 2FSKA 2EWSA 4FWKA 3LDPA 5AZIA 1SZ2A 4H0PA 4J8FA 5TKYA 3D2EA 3O4WA 4GY2B 3B8AX 1GLJO 1NGHA 2P9LA 2W40A 2QWRA 3HI0A 3U8XA 3MN6A 4CZEA 3MN7A 4XEIA 3LM9A 4I6MB 3O08A 4JHDA 3U4LA 1NGDA 4H5RA 4H5VA 2P9IB 2ZGYA 4FOEA 3MK6A 1ESVA 2E88A 2CH5A 3AARA 2Q0RA 4YDUA 5AQJA 4BGAA 5BPLA 1Q18A 3DJCA 3O8MA 1BG3A 1K8KB 1S3XA 5AQQA 3QICA 2ITMA 2D1KA 4I6MA 4EIAA 5AZJA 3HZ6A 4FWLA 3FLCO 4BR9A 5LY3A 4A2BA 2FF3B 2V7ZA 4L3QA 4BRHA 1C0GA 1NGBA 1NGFA 3LDNA 1ATRA 3HTVA 1KAXA 4BR7A 2Q0UA 2QWOA 1E4FT 2HOEA 1NGGA 3VEZA 3S41A 2CGKA 5AFUH 1HKBA 5AQLA 1X3MA 2HF3A 3M1FA 2P9IA 3EZWA 1Y64A 3I8BA 1BDGA 5AFUA 2CGLA 3IMXA 5EXWA 3BP8A 5AQUA 2E2PA 3FZMA 2IIRA 4FSVA 1OKJA 4CBXA 2E20A 5BRFA 3LM2A 4B1XB 3FZHA 2NLXA 4IO8A 5FPNA 3CI5A 3FZLA 4AM6A 4CBUA 4JD2A 2Q1NA 3C7NA 5F0XA 1QHAA 4BRQA 5AQGA 4BRAA 3VEVA 2P9SA 4PL7A 4ISGA 3UKRA 3CIPA 4FWQA 1KXPA 3ZX0A 1Z6RA 4CI6A 4CD1A 5ADXA 3VEWA 4XH1A 3FZKA 3G25A 3ZX2A 4WQ4C 2QWMA 2E1ZA 3CJ7A 1RGIA 3ATUA 3ZETB 3O1BA 4Z94A 3IDHA 5KPRA 1H1VA 5F1XA 1QQOA 3C0BA 2P9KA 5BPMA 4H0XB 3H6EA 2A3ZA 3CJCA 1HJOA 2IVOA 2YCHA 2ZF5O 3DAWA 1ZC6A 5AQOA 3BUZB 3R8EA 4BRLA 4BGBA 3BF3A 1NGEA 3ULEB 1EQYA 2WUSA 3GG4A 1BWFO 3GE1A 2P9NA 4RTFD 1GLDG 3VEOA 1ZBSA 3EO3A 4QS8A 4BRMA 4MLEA 1DKGD 2A41A 2IVNA 4QS7A 2UYTA 1T6DA 3AAPA 3RSEB 1NLVA 1K8KA 4BC2A 3VF4A 3QMLA 5AZIB 5JMVA 4JAXA 2YJEA 3UE5A 1T6CA 4JD2B 2AP1A 3H3NO 1SQKA 1JCGA 2ASMA 3CETA 4O5FA 4IXCA 1C0FA 4F9OA 2P9KB 3ZX3A 4O8KA 5AQYA 5AQSA 3GL1A 4K43A 5LJVA 1HKGA 3QFPA 4EFHA 4B1UB 4H0TB 1RDWX 2DPNA 4BG9A 4CBWA 4FWPA 4BRNA 4BQLA 3H1VX 2E2OA 4B1VA 1S22A 4H0VB 3L0QA 4CZMA 3O80A 5AQTA 1MDUB 5KPZA 5LJWA 4RCHA 3KVGA 4HTLA 2GELA 4H0YB 3P4IA 2GUPA 4MO5A 3JXUA 1NBWA 2IVPA 4MO4A 3VF2A 3A0IX 3UB5A 4BRPA 5E26A 2P9UB 3ENHA 4K42A 4IZ9A 4M63C 4PKHA 4NO7A 4WQ5C 1KAZA 1QZ5A 4QS9A 4M7XA 4YDUC 3M3ZA 5BPNA 3CQXA 1BOTO 3VGLA 5E84A 4BR0A 3LDQA 3LDLA 3QBWA 1YUWA 3UKUA 3FFKB 3MN9A 5AQRA 1G99A 3SJHA 4JHDB 2QWPA 3TU5A 3L6QA 4H03B 3O6WA 3VETA 4NB4A 5BR9A 3AAQA 5B8HA 4H0OA 5JLFA 2P9LB 3CJAA 1BA0A 3CERA 1HX1A 3QBXA 2E1YA 1YXQA 3SLCA 4XH5A 3LL3A 3SMSA 3R6MA 3VERA 3MDQA 1NGCA 1E4GT 2GWJA 3MN5A 5AR0A 3ZEUB 3VPZA 1X9JA 4ISFA 4IWVA 4JN4A 5BRDA 2P9UA 1P8ZA 2FXUA 5FPEA 2GEMA 3DXMB 1MWMA 3KHYA 1ATNA 3U9ZA 3FR0A 2HF4A 2QWQA 3EL2A 5AQZA 3U9DA 3EKUA 1J6ZA 4BC4A 4C23A 1TYQA 5EVZA 4CD3A 1NGAA 3LDOA 3CJ9A 3QB0A 4DQ8A 5EY4A 1DEJA 3AY9A 1U2VA 4IJAA 1HUXA 2A40A 1LCUA 1YVNA 3DWLA 3CHWA 1YAGA 1U2VB 1XQSC 2I7PA 4WYBA 5AQNA 1GLAG 3QFUA 3RSEA 2YHWA 1V4SA 3CQYA 1GLCG 2QWNA 4JNEA 3VOVA 3WUHA 2I7NA 2Q36A 1ZXOA 4B9QA 2VWBA 4WQ5A 4BRFA 4H5NA 1D4XA 1HPMA 4FWRA 4H5TA 5ELZA 1QQMA 3WXIA 1Z05A 1X3NA 4K25A 4BROA 2QWLA 4FWOA 4AM7A 3H45C 5BN9A 4BRDA 4CZHA 1XC3A 5AQVA 5CE3A 4CJ7A 2FSJA 2V52B 2YJFA 3WQUA 1U6ZA 3D2FA 1MA9B 1TYQB 5AQHA 3L4IA 3VGKA 1NGJA 2QW9A 3O5BA 1NM1A 2A5XA 4BVOA 3A8YA 4H5WA 2CH6A 4FWNA 3ZETA 5KPTA 2P9NB 3WT0A 4PL8A 4BR2A 3FGUA 1HKCA 4GNIA 5AQFA 5BN8A 4CZKA 3GBTA 3ZEUA 2PAVA 1DGKN 2FSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BUPA 1TL3A 1S6QA 3AVCA 1SUQA 2O8BA 1OVYA 4E7IA 1TUUA 5FRNA 1QVFM 3HSCA 3SUOA 4BRCA 3SPYA 2BE2A 3OYEA 3AO5A 3DXKA 4BREA 4J2BA 5JICA 3THXB 3WXJA 4BVPA 1WUAA 1WOQA 5FLXO 1RILA 1SKRA 2NUBA 2A6AA 3LZJA 3F9MA 2UUAK 4CF1A 3HRGA 1Q9YA 3M6GA 4XIUA 2FLOA 5SWMA 4C8KA 4DTUA 1TVRA 4M7YA 1Q82O 3D45A 2RE2A 4CK2A 1SAZA 3NH1A 2QM1A 3SYZA 1QQNA 3W3DA 2HMPA 4DV3K 1S1WA 1LW2A 3NBPA 3R9PA 5HRRA 3KJVA 1NJWA 3RRHA 1HNVA 3K5NA 1K73O 3OTOK 1ASUA 3WEEA 3VQEA 5JS1A 5T7BA 2E4LA 3SCXA 1VQLN 4B8AB 1IKVA 1B9DA 4H4OA 3VESA 5AQXA 1VRUA 3BDPA 1BIZA 4CZGA 3ID8A 1CZAN 3AV9A 4WQ4A 4CJRA 3HXMA 1IG8A 3KK1A 4RW8A 3TAPA 2DFEA 4FJ9A 3FE1A 3SBGA 3O3HA 3BF1A 3SAHA 2OANA 4G1QA 2KFZA 4E1JA 3LWMA 4KHWA 3O1WA 2W6LA 2Q31A 5H1SQ 4NCBA 2YX6A 4FL9A 3H46O 1DTTA 3L3VA 3VMFB 4DV5K 3OVNA 5CR4A 4K8XA 3BY5A 4FO0A 3QEIA 1VSLA 4CFBA 2D0OA 3MEDA 3W0LA 3EEQA 4E7LA 3ZSQA 2X74A 4MLHA 4ICLA 3VA3A 1HLUA 4DV7K 2YHAA 3H1QA 2P5OA 2F9WA 4N47A 5K14A 1JCFA 2RF2A 3L2RA 1XNRK 4EP5A 2AA4A 2CGJA 3O9SA 3WXKA 1L5UA 3VTIA 4G9ZA 3KLFA 3DLKA 3THYA 4FLWA 1KVAA 4BACA 4YHHK 1IJJA 5FPMA 3VENA 1Q7YO 3V1OA 3CFPA 4FWMA 4B1ZA 1LOTB 2B6AA 4CEDA 2VYPA 5EX5A 3ZSOA 2G8HA 1RT6A 3GDQA 3PUFA 4BRIA 5HOOA 2QEXN 3SPZA 3OYIA 3LP1A 3VEYA 4FPBA 2GTDA 4O8UA 1C1AA 4KFBA 3T69A 3O3FA 2PZSA 2YHYA 4HWIA 4CIGA 1J54A 2WONA 4FWKA 1UWBA 2WBNA 1SZ2A 4H0PA 4C8NA 3P38A 3O4WA 1GLJO 2OA8A 2KFNA 5C15A 1VQON 4KHNA 4IFEA 2P9LA 4IG0A 4Y1CA 3U8XA 3MN6A 3LM9A 4I6MB 3O08A 3U4LA 4H5RA 1SV5A 4DU4A 4FOEA 2O8BB 3DMJA 3DJCA 3CFOA 4YOTA 1WN7A 1ZBHA 3O8MA 1RBVA 5AQQA 3MWPA 4I6MA 4DMNA 3HP9A 3RTVA 4EIAA 5AZJA 4NYFA 4FWLA 3HT3A 2FF3B 4L3QA 1NGBA 5GAGP 3NH0A 1NGFA 1MU2A 3MAQA 3P1GA 3HTVA 4CGHA 4FJGA 4BR7A 4E1NA 4PUOA 1E4FT 1JJ2M 1J53A 3VEZA 4BE0A 1VQKN 1HKBA 5AQLA 1X3MA 2FC0A 3L3UA 4HCCA 3HPHA 3I8BA 2CGLA 4BE2A 5DMRA 5EXWA 3BP8A 1G15A 2E2PA 1HNXK 3FZMA 3NFAA 4FSVA 5BRFA 5CZ1A 2NLXA 4CEFA 1N6QA 4BY9C 3FZLA 4AM6A 4CBUA 5M1OA 1IKYA 2Q1NA 4JD2A 4BRQA 1RTHA 4O4GA 3ENBA 4PL7A 1ZBLA 1QS4A 3KLGA 1KXPA 5HRPA 5IT9O 4KH4A 3G25A 1LWEA 3KWIA 2F7TA 2QWMA 4ELUA 5HLFA 4ZHRA 3ATUA 1BIUA 4FJNA 5M1KA 3SQ4A 4DUZK 4Z94A 3IDHA 5KPRA 1H1VA 2D5RA 5F1XA 3K2PA 4OJRA 4DV6K 4KTWA 4HUFA 3S3NA 3OYGA 3KIOA 3CMAN 5HRNA 1ZC6A 1ASVA 4BGBA 4F8RA 3F2KA 4DS4A 2WUSA 4OO1J 3VQDA 1S1UA 4CJVA 1GLDG 1SKWA 1VQMN 1ZBSA 3EO3A 4KV8A 3LAMA 1SL0A 2A41A 3C6UA 1KRPA 2O4IA 4DQPA 5KTQA 5CYQA 4KHSA 4CCHA 4IBNA 4BC2A 2VQFK 5JMVA 3CM5A 3UE5A 5GADP 1VHXA 4CEBA 4Z4IA 4JD2B 1D9FA 2GV9A 4CK1A 4DF4A 3CC7N 2ASMA 5IWAK 4OPJA 3TANA 4IEIA 2G8FA 3I0SA 2HB5A 4CJ4A 3GL1A 5BR8K 3AVJA 3TSUA 2XY8A 3QINA 4BG9A 1KVCA 4Q5VA 4FWPA 3H1VX 4FLTA 1KVBA 4YOUA 1A5WA 4A59A 4FJXA 3O80A 5AJ3K 4B3MK 4DR4K 5KPZA 4B9LA 3KVGA 4HTLA 4B08A 1BQNA 3AO4A 4LF7K 3T1AA 4CGGA 2GUPA 4MO5A 5D3GA 3MCAB 3JXUA 4MO4A 2NNWA 1HQEA 3RVCA 4BRPA 1KQSM 1S1XA 2G8WA 5E26A 2P9UB 5GIPA 4K42A 4M7XA 5BPNA 4YORA 2RPIA 1VSDA 4X66K 1WSJA 3VGLA 1C1BA 3LDQA 1NNEA 3LDLA 1VAZA 3LPUA 1ZBFA 3MN9A 3CCLN 4WFNL 1G99A 3VQCA 4FLUA 3TU5A 4B9UA 4ILHA 1TL1A 1WBBA 5B8HA 4H0OA 4HVJA 1WLJA 3CJAA 4IOAL 4I2PA 4QOZB 1HX1A 3U3GA 4CFCA 3N4PA 4AHRA 4CJUA 4WFBL 3CCQN 4E7JA 5HROA 1VQ9N 4CVNE 3E66A 3HSTB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H3G X;  1BUP A;  4DHY A;  3JS6 A;  3MMV A;  4DB3 A;  4BG8 A;  1KAY A;  3WQT A;  4EHU A;  1TUU A;  1GLE G;  2YI1 A;  3VGM A;  1ATS A;  3HSC A;  4BRC A;  4CZJ A;  3D7E O;  3DXK A;  4BRE A;  2BTF A;  1GLB G;  4A62 A;  2P9P B;  5JIC A;  3WXJ A;  2ASO A;  4BVP A;  3BEX A;  1WUA A;  2QXL A;  3HM8 A;  3D2E B;  1WOQ A;  1BA1 A;  2NRH A;  3SK3 A;  2A6A A;  3F9M A;  3KZB A;  2A42 A;  3A5O C;  5KQ8 A;  4DCH A;  3M6G A;  3QDK A;  4BC3 A;  5KQD A;  4IJN A;  2FLO A;  3EKS A;  4BR4 A;  4EHT A;  2BUP A;  2W41 A;  3A5N C;  5JLH A;  3GOI A;  4M7Y A;  1RFQ A;  4BQZ A;  2E2Q A;  1SAZ A;  1T44 A;  2QM1 A;  4BR5 A;  4FOI A;  1QQN A;  2Q97 A;  3DXK B;  3W3D A;  2HMP A;  3R9P A;  4PKI A;  2D0P A;  3EN9 A;  1GLF O;  3WEE A;  2E8A A;  2KHO A;  4FWS A;  4B1W B;  5F2R A;  5ADX H;  3CJ1 A;  3VF6 A;  3FZF A;  2PBD A;  2ASP A;  3VES A;  5AQX A;  4XH4 A;  3ATV A;  2GWK A;  4CZG A;  3I33 A;  3ID8 A;  1CZA N;  2ZWH A;  4BRK A;  4WQ4 A;  3ENO A;  5BRH A;  3A5L C;  1IG8 A;  3DXM A;  4B1Y B;  4Y0W A;  2P9P A;  4BC5 A;  3FE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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