4BVPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with heptamolybdate and octamolybdate
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 124
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bvpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bvpA02
2OANA 3VF4A 2HMPA 3CJBA 3DAWA 3DXKA 2V7ZA 3R9PA 3UKUA 4Y0WA 3WQUA 2FXUA 3DXMB 4ISGA 2A3ZA 3EKSA 4AM6A 4A2BA 2NRHA 4BR5A 3FGUA 3UKUB 3O4WA 4H5NA 1QQNA 3EZWA 4BGAA 2FSNA 1SAZA 4H0XB 3M3ZA 2E2PA 1BUPA 3QDKA 3QB0A 3GOIA 5CE3A 1V4SA 1MA9B 4YDUA 3O80A 2ITMA 1IG8A 2KHOA 1U2VB 1C0FA 3VGKA 3ZX0A 2H3GX 1JCGA 3O5BA 4K43A 3F9MA 4MLHA 3GBTA 2PBDA 2IVPA 2P9LA 3CQXA 2W40A 1ESVA 3CERA 4CBXA 1KAZA 1BA1A 1ATSA 1QQOA 3AAPA 3MK6A 4FOIA 4O8KA 5TKYA 3LM9A 1X9JA 2CGLA 3CHWA 2Q1NA 5ADXH 4PKHA 3ULEA 3O8MA 5JLHA 5EXWA 3VGMA 4BQZA 1NGJA 5EY4A 5FPNA 2E8AA 3MN7A 5AQTA 4BRMA 4B1VA 4PKGA 4XH1A 3MN6A 3SMPA 4RCHA 3FZKA 4CJ7A 2A40A 5AQOA 4LC9B 1HX1A 2WUSA 4FWRA 4QS8A 4EFHA 3VEOA 4MO5A 5I9EB 3H45C 3MN5A 4NB4A 2YJEA 1NGIA 2ZGYA 4BC3A 1ZBSA 3ZETB 4JHDA 3HI0A 3D2EA 2ZWHA 2FF3B 4CZGA 5AZJA 4MO4A 2AA4A 4GNIA 2I7PA 3IUCA 3ENHA 1KXPA 3JS6A 1NBWA 1QZ6A 3L0QA 3GG4A 1GLDG 3MCPA 3OHRA 3FLCO 3I33A 4M7YA 4YDUC 5AZJB 3WQTA 3LL3A 4FWKA 3VEXA 2HOEA 1QZ5A 2YI1A 5JICA 3FE1A 2E2OA 3ATUA 4FWSA 3U8XA 3VF6A 2UYTA 3AY9A 4K42A 4PL8A 3VEVA 5AFUA 3WXIA 2BUPA 4FL9A 4B1WB 5AZIB 2FF6A 2NZTA 2YCHA 2A5XA 3O1BA 1NGHA 3DJCA 2A41A 3S41A 3WT0A 3LDNA 3CI5A 3C7NA 1SQKA 3WEEA 5KPTA 2IVOA 2CH6A 4BR4A 3EKUA 1S22A 4H0OA 4JD2B 4RTFD 3ID8A 4PL7A 3HSCA 2VWBA 3LM2A 3SK3A 4BRQA 4DB3A 1XC3A 3WXLA 4BGBA 4FWLA 2CGKA 1TYQA 4H0PA 3AARA 3FZMA 1HUXA 3DXMA 3R6MA 4B1XB 2GUPA 5BPMA 2QWRA 2Q31A 3A5LC 1NGDA 1TYQB 4XH5A 4AM7A 5BN8A 3BF1A 3H3OB 2D0OA 5AR0A 1E4FT 2Q2RA 4IO8A 1BU6O 1GLLO 3LDQA 2P9UB 2GWJA 3TU5A 3VGLA 2FSJA 2P9IA 5KPZA 4FPBA 5EOYA 5KQ8A 3VPZA 4H0TB 1U2VA 4DQ8A 4BRPA 2E2QA 1ATRA 5FPMA 2P9IB 2EWSA 5AQFA 3CJ7A 5AQHA 3ENOA 2YHYA 2F9WA 1HKGA 3A8YA 3CJ1A 1ZXOA 3WUHA 3H1QA 4FWNA 3H1VX 3D2FA 4PKIA 1Y64A 2P9PB 3KVGA 4IXCA 1Z05A 2VCPA 4CZJA 4CD1A 3QMLA 3IMXA 4CZLA 3M1FA 1HPMA 1X3MA 4BR0A 3D2FB 1IJJA 5BPLA 1ATNA 4F9OA 4BR7A 3EO3A 1NWKA 4QS9A 4WYBA 4JNEA 3RSEB 4CZMA 1P8ZA 3MMVA 1MWMA 5AQVA 3FR0A 2D0PA 4IJAA 3J8AA 1GLJO 2V7YA 1BDGA 1NGCA 4BRAA 3KZBA 4IJNA 4WQ5A 5LJWA 1DEJA 3ZETA 5AQYA 3VENA 1DGKN 1Z6RA 2Q0RA 2Q36A 1MDUB 1OKJA 3QBWA 4GY2B 2P9NB 4JAXA 1WOQA 2P9SA 4JN4A 5B8HA 5LY3A 4BRHA 1BOTO 1HJOA 3W0LA 3MDQA 1BWFO 5AQNA 4K41A 2P9SB 2E1YA 3IFRA 2QWLA 3VERA 5AQLA 5BN9A 1H1VA 4BRIA 4HWIA 5AFUH 5BREA 1GLBG 3A5MC 1T6CA 1QHAA 4EHUA 4IZ9A 5AZIA 4BVOA 1KAXA 4ISFA 2QXLA 2QWOA 1HKBA 1HKCA 5F2RA 3BF3A 5AQQA 3IDHA 2HF4A 4BVPA 5AQMA 1NM1A 3FZHA 4HTLA 5E84A 3GE1A 4BRKA 2IVNA 1EQYA 2GEMA 2J4RA 3GDQA 4FSVA 2QWMA 1DKGD 4FWQA 4IWVA 4JD2A 5AQRA 2AP1A 4H03B 5FPEA 4EAHD 1CZAN 1BA0A 1RFQA 5BPNA 2ASPA 5AQSA 3TPQA 4CZIA 2QM1A 4KBOA 3L4IA 4BRGA 3HZ6A 3ZEUB 1C0GA 1MWKA 3HM8A 3KHYA 3UKRA 2IIRA 1RDWX 1G99A 4I6MB 3O08A 3WXJA 4CBUA 4A61A 4BC2A 3CETA 2P9UA 1U6ZA 4BROA 1K8KB 3BEXA 2A6AA 3UKRB 4WQ4A 3EN9A 1QQMA 1HLUA 2GELA 5AQGA 3D7EO 1E4GT 2E88A 3HTVA 3QICA 4H5WA 4J8FA 3CIPA 2ASOA 3GL1A 5AQIA 2YJFA 4O5FA 4RWTA 1TUUA 4A62A 4H0VB 3LDOA 5F0XA 1ZC6A 4BC5A 2QWQA 2YHXA 4FWMA 4BG8A 4FOEA 2P9PA 3R8EA 4E1JA 2Q97A 3ATVA 3JXUA 1T6DA 2YHWA 1NGFA 1BG3A 5AQXA 3W3DA 5FPDA 1J6ZA 3DXKB 3CJCA 4B9QA 2F9TA 3EL2A 4BG9A 5JLFA 5LJVA 3VOVA 3DWLA 4CZFA 5BR9A 1NGGA 3L6QA 3RSEA 2BTFA 4BR2A 5BRDA 3VETA 3P4IA 3UE5A 3FZFA 1GLEG 2FSKA 2GWKA 4FPAA 2ASMA 2CGJA 3C0BA 3SLCA 5F1XA 2D4WA 3A0IX 5ELZA 1T44A 4BRNA 4XEIA 4BQLA 2I7NA 1WUAA 2P9NA 4CZKA 5EVZA 2QWNA 3A5NC 1R59O 4EHTA 5AQWA 2V51B 3WXKA 2P9LB 4WQ4C 4BRCA 4CZHA 4K25A 1YUWA 2ZGZA 2D1KA 3O1WA 3H6EA 3CQYA 4FWPA 3SMSA 5JMVA 4CBWA 2GTDA 1TUYA 2E2NA 4FWOA 5AQZA 5ADXA 3ULEB 1GLFO 2P9KA 4CI6A 4XH4A 5BRHA 5AQKA 5KQDA 3FZLA 3U4LA 4ISEA 1JCFA 4Z94A 1LCUA 4BC4A 3B8AX 4L3QA 3M6GA 2P9KB 5AQUA 1XUPO 1GLCG 2ZF5O 4DHYA 5BRFA 4B1UB 3BUZB 3A5OC 3H46O 4M63C 4FO0A 1X3NA 2DPNA 3HBTA 3QFPA 1NLVA 5KPRA 2W41A 5E26A 4A2AA 1NGBA 1YAGA 4BREA 4H5RA 4BRDA 3H3NO 4M7XA 4JHDB 3D2EB 1S3XA 3UB5A 1D4XA 4NO7A 3BP8A 3VESA 2PAVA 4QS7A 3U9ZA 1JCEA 3ZEUA 1GLAG 2CH5A 3VEYA 4B1YB 4BR9A 5AQPA 3AAQA 2HF3A 4H0YB 4H5VA 4I6MA 1V4TA 5EX5A 3I8BA 4WQ5C 4BRFA 1KAYA 1K8KA 3FFKB 2E1ZA 3CJAA 3O6WA 3U9DA 4MLEA 3SJHA 3QBXA 4CZEA 4BRLA 4CD3A 1RGIA 3VEWA 3VF2A 4C23A 2QWPA 2FLOA 1NGAA 3G25A 1BO5O 2V52B 3C7NB 3ZX2A 1LOTB 4EIAA 4H5TA 3LDLA 3WEEB 1Q18A 1XQSC 1YXQA 1NGEA 2A42A 3MN9A 3LDPA 3VEZA 2QW9A 5AQJA 1NMDA 1SZ2A 2NLXA 1YVNA 4B1ZA 2E20A 3ZX3A 4DCHA 2VYPA 3CJ9A 3QFUA 2Q0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G71N 5M1NA 3MEGA 2OANA 4ELUA 3CJBA 4IDHA 1B92A 4OKKA 3U3GA 4ILGB 3UKUA 3WQUA 1WB9A 4KHSA 1VSMA 3DXMB 3OBWA 4ISGA 3OW2M 3I56N 2OZMA 3U3YA 5I3UA 3EKSA 1K73O 2NUBA 3OTOK 1XC9A 3P83D 1ZYQA 2XO7A 5CYMA 5GAHP 3O4WA 3TSUA 4GV3A 3DRRA 4H0XB 2HHHK 4R5PA 4E89A 3AO2A 1N34K 2Q3SA 5KRTA 1KRPA 5M1OA 3GOIA 4AHRA 1MA9B 1NKEA 3RRHA 1N32K 2H3GX 3ZYYX 1VRUA 4C1NK 4KV8A 2R7YA 3T1AA 2PBDA 3CQXA 4OKEA 1JL2A 5C2DA 5HRPA 1ATSA 1RNHA 3AA2A 2Z1GA 4DV3K 3LM9A 4A59A 3HT3A 2CGLA 3K0SA 3CFPA 2O8EB 1KQSM 4FJMA 1RT1A 3IAYA 4DU4A 5EXWA 3VGMA 1VQKN 5EY4A 1NJXA 1EWRA 2E8AA 3KK2A 3MN7A 4DTPA 3PSFA 3MN6A 4FJ7A 3SMPA 3OYCA 4N47A 4AF1A 2WUSA 3NGIA 4CJUA 3V9XA 3EEQA 5I9EB 1NMNA 1Q82O 3M8PA 2O8CA 3WNFA 1KVAA 2ZGYA 4DSFA 2HHUA 1ZBSA 4FJ8A 3C94A 3S3MA 2FF3B 4CZGA 5AZJA 2B4JA 4MO4A 5A2QO 3OY9A 3CCSN 3HO1A 4FJIA 4GNIA 3P39A 2I7PA 5DMRA 3ENHA 5HP1A 1S5JA 1KXPA 3SQ4A 1NBWA 4WF9L 4IFYA 4YDUC 4LF9K 3VEXA 4B9SA 2NNWA 5JS2A 1SL1A 2RKIA 3VEVA 4B1WB 2HNZA 2NZTA 2YCHA 4JKAA 2A5XA 3O1BA 1NGHA 3LDNA 4QOZB 4LH4A 3C7NA 2OCEA 3T1HK 5CHIA 3I55N 4BR4A 3HM9A 1KVCA 4FM2A 2KFZA 3O3HA 3LM2A 3WXLA 4BGBA 4FK2A 2CGKA 3D6RA 1JKHA 1U47A 5HOOA 3R6MA 5BPMA 2Q31A 3DLRA 3AO1A 4IOAL 2HHVA 1NGDA 1RT7A 2O8DA 5BN8A 5HRSA 3H3OB 3NF6A 3VQAA 4ZTJA 4CEFA 4FJXA 3LDQA 4J2EA 1LWEA 3K58A 3VPZA 3DI6A 3BY5A 3SJJA 1UWBA 4DQ8A 3SV4A 3E1YA 2P9IB 5AQFA 3CF5L 2HHWA 4CJLA 4EZ6A 3I8DA 1HMVA 5HROA 1NK5A 1TV6A 4FLYA 5GIOA 1ZBUA 3H1QA 3R3LA 4PKIA 4PUOA 1IO2A 1Y64A 3AVGA 3H08A 1QE1A 2NRWA 1Z05A 2VCPA 4BDZA 2YX6A 4CZLA 1HPMA 4JRQA 2O8FB 4AHTA 3N4QA 1S72N 1ASWA 2G8WA 4CJ3A 1VQNN 4JNEA 3RSEB 1P8ZA 3V9ZA 4Q0BA 5AQVA 4ZTFA 1GLJO 4IKFA 4M45A 4BRAA 4WQ5A 4DTMA 3ZETA 4NYFA 4DR5K 1F21A 3VQBA 1Z6RA 4O4GA 3MCAB 4JAXA 1T8EA 4JN4A 4DTSA 4ELVA 1J54A 1NKCA 4O0JA 1EO1A 2QWLA 3V4IA 5AQLA 3C6AA 5M1FA 4HWIA 1GLBG 5C10A 3K5LA 4BVOA 1CXQA 1S9GA 3NH0A 2QWOA 1BHLA 4GV9A 4V19S 3BF3A 3M8SA 4DLGA 3TAFA 4PWDA 4F8RA 4CF1A 1FKOA 1IBKK 4HTLA 1ZBHA 3LP3A 4Z0UA 5E84A 3GE1A 4BRKA 1TGOA 2HNDA 2ITGA 2KFNA 4FWQA 5AQRA 1BI4A 1S1UA 2NRRA 1BIZA 1TKDA 2F8TA 1VQ8N 5IWAK 2RF2A 4LF5K 4BRGA 3HZ6A 1RT2A 2YNFA 4LSNA 4DTJA 5C24A 3I0RA 3KHYA 3THXA 2KQ2A 2HHXA 1G99A 3WXJA 3OJSA 4CBUA 4CF0A 4BC2A 1NK7A 3RMDA 3CETA 4BROA 3KTQA 3HK2A 4JI6K 3UKRB 4WQ4A 4OVLA 2W6KA 3AO3A 5KRSA 2XRIA 4CHOA 2IC3A 5AQGA 1VQPN 4OJRA 4AQYK 5HLFA 3QICA 3PO4A 1CZBA 3CIPA 1TKZA 3CMEN 2WONA 4JKEA 4LF8K 4O5FA 4RWTA 3VTIA 4A62A 4YOTA 4E19A 4KKOA 4BC5A 4E1NA 4BG8A 3HOSA 3V1OA 3HVRA 4M3RA 3L2UA 2P9PA 4E1JA 3ATVA 3DLEA 4LF4K 2NRXA 4TSXA 1VSLA 1JLBA 3J7YP 3EE8A 4B9QA 2F9TA 3EL2A 3SUOA 3NBPA 5LJVA 3VOVA 2HSTA 2YHBA 1XHXA 4B3MK 4BR2A 3NGYA 1GLEG 4I2QA 2FSKA 3BZKA 4JI3K 3CQ8A 3VQ5A 3NHGA 5C2FA 4BRNA 4FLVA 1VSDA 5EVZA 4Z4GA 5AQWA 3AA5X 1YF5L 4WFNL 2WFBA 2V51B 3P5JA 1X9SA 3AVLA 2E6MA 4K25A 1DTQA 1YUWA 3THVA 2D1KA 3H6EA 4JK8A 4CJ4A 3RTVA 2KZZA 1ZBFA 1RBRA 3ZSYA 2P9KA 4CI6A 1YITN 1NOYA 3P1GA 3OYKA 2HVHA 4K0KK 3MAQA 1LCUA 1RTDA 4L3QA 3VMFB 1EP4A 1XUPO 1HRHA 5FLXO 5BRFA 3VQCA 3L2VA 3B6PA 2FBYA 4B3OA 3H46O 1L3TA 2DPNA 2HBKA 3HBTA 1NK8A 2HBLA 2W41A 2VG7A 4A2AA 1NGBA 4BREA 4H5RA 3ZT2A 4BRDA 1SKRA 2WBNA 1S3XA 4DR3K 3UB5A 4NO7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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