4BVPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with heptamolybdate and octamolybdate
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 124
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bvpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bvpA02
1BWFO 1S3XA 1V4TA 1ATNA 2ZGYA 2A3ZA 1P8ZA 3DAWA 1TUYA 5LJVA 2CGLA 3WEEB 1XC3A 2P9NB 4BRPA 2E20A 2YHXA 2P9UB 5BRHA 4HWIA 1U2VA 2A6AA 2E2QA 3GG4A 4I6MB 4ISGA 1BOTO 4H0YB 4XH4A 5EX5A 4BC5A 1MWMA 4H5NA 1J6ZA 3RSEA 3W0LA 3FFKB 3HZ6A 3TU5A 4H5VA 4WQ5A 4A2BA 4H5RA 4CBUA 4QS8A 1C0GA 3DXMA 2FSJA 4JAXA 1NM1A 3VEWA 1DEJA 4GNIA 4PKHA 2CH6A 5B8HA 3R6MA 1QZ5A 4CZHA 3ZETB 4BC2A 2Q2RA 4GY2B 3VENA 3D7EO 1ZXOA 4XEIA 3H1QA 5AFUH 4Z94A 1GLFO 3HSCA 3S41A 4B1UB 2QWRA 2P9KA 4XH5A 4BRMA 5JMVA 4BRQA 5F2RA 3LDOA 4DHYA 5CE3A 3TPQA 4EHTA 3QMLA 2W40A 4FWKA 4IJAA 5AQFA 2Q97A 1H1VA 3MCPA 4LC9B 2QW9A 1BA1A 3AARA 3UKRA 5AQHA 3BUZB 4E1JA 1SAZA 4FSVA 4H5TA 4BR9A 2GELA 1TYQA 5E84A 1GLBG 3FR0A 4B1XB 3EKSA 5AQKA 3MK6A 2P9LA 3MN5A 4PKGA 3VF2A 2DPNA 2Q36A 1HJOA 3VEXA 3BP8A 1Y64A 3MN9A 1HUXA 4JD2A 3CJBA 4CZJA 4BRDA 3C7NA 4BRHA 1QQNA 3O1BA 3O4WA 2P9SA 3WXIA 2ZGZA 3DXKA 3C0BA 1NGFA 4IXCA 4WQ4A 2D0PA 3R8EA 4EHUA 1HX1A 3OHRA 3LDLA 1U2VB 4YDUC 2F9TA 2Q0RA 1U6ZA 1QQMA 1T6CA 4FPBA 4BRNA 1MWKA 1GLEG 2QWNA 5AQQA 3CJ7A 5EY4A 3QICA 1QHAA 5ADXH 2QWQA 3J8AA 3VEOA 1S22A 2E88A 1QZ6A 2P9PB 5AQJA 3QB0A 5E26A 4CZKA 2GWKA 3ATVA 4WQ4C 1ATRA 5AQMA 3SJHA 4CI6A 1BA0A 1X9JA 1NWKA 3HI0A 4DB3A 5FPNA 3CQYA 4K43A 3ATUA 4EIAA 3ID8A 5AQPA 3U9ZA 2Q31A 1KAZA 4BREA 4BR0A 3EKUA 3P4IA 2A40A 2E2PA 2D0OA 2ASOA 5EOYA 4JN4A 1GLDG 4B1YB 5TKYA 4BVPA 5BRFA 3GDQA 4FPAA 2NZTA 2I7NA 2IVOA 4CJ7A 3WT0A 4XH1A 4FWNA 2V7YA 3WUHA 3WXLA 1YVNA 3KZBA 4A62A 3QFPA 2CH5A 4FWLA 3ULEB 1HKCA 1XUPO 2P9NA 1HLUA 2AA4A 4CD3A 2AP1A 2V7ZA 2VCPA 4FWMA 4I6MA 2QWOA 2UYTA 4BRCA 2P9SB 2FXUA 5AQXA 2HMPA 2A41A 4O5FA 4BR5A 2E2NA 3FZFA 1X3NA 1ZBSA 3M6GA 1T6DA 2F9WA 3CI5A 3L6QA 5AZJB 3UKUB 3QBWA 1LOTB 4BQLA 2IVNA 4M7YA 3I33A 3GBTA 3ZX0A 1YAGA 3B8AX 3O5BA 5AQZA 5I9EB 4IO8A 5ELZA 4BR4A 5LY3A 2P9IB 3AAQA 4FWQA 4BR2A 3FLCO 4M7XA 1NGJA 4YDUA 3H3NO 4FOEA 1MA9B 4IWVA 5AZIA 1K8KA 4CD1A 1G99A 3QFUA 2YCHA 5AQWA 3JXUA 1X3MA 2YJEA 5F0XA 1NGCA 2FSKA 4MO5A 4C23A 2P9UA 1LCUA 5AR0A 3ZEUA 4AM7A 2CGJA 4B1VA 1NBWA 3A5OC 3DWLA 1V4SA 3D2FA 3M1FA 4BC4A 2KHOA 1BG3A 4BGAA 2FSNA 4FWRA 4Y0WA 4H5WA 2WUSA 2YJFA 4DCHA 3MN6A 4H0TB 5KPZA 3VPZA 3WQUA 2A5XA 4K42A 5LJWA 5FPMA 4QS9A 4CBWA 3HM8A 3DJCA 5AQUA 2ASPA 3VGKA 4BRLA 5JLFA 3UB5A 4FO0A 3VOVA 1WUAA 3EO3A 5KPTA 1BO5O 5BREA 1D4XA 1RDWX 1BU6O 3FE1A 3DXKB 5BRDA 5BN9A 3FZMA 3MMVA 4BQZA 3ULEA 1GLJO 1HKBA 2EWSA 3U4LA 3WXKA 2NLXA 5AQSA 4BGBA 3VGLA 1NGAA 4FWPA 3SMSA 1BUPA 4MLHA 3A5NC 5BPNA 3LDNA 2E8AA 3W3DA 1ESVA 4PKIA 4JNEA 1NGHA 4FL9A 4CBXA 1OKJA 2OANA 3O80A 2ITMA 1KAYA 5AZJA 2CGKA 3BEXA 3GE1A 4BRIA 3D2EB 3EN9A 1XQSC 3LDPA 2PBDA 2V51B 4DQ8A 3FZLA 4M63C 5AQGA 3VEZA 3A8YA 1GLCG 1KAXA 3C7NB 4ISEA 4HTLA 1NGBA 3O08A 4PL8A 3CJAA 4K41A 3DXMB 2ZF5O 3IDHA 4H0OA 3MDQA 3H1VX 3O8MA 2YI1A 2D4WA 2HOEA 2HF4A 4H0XB 2QXLA 3ZETA 4J8FA 2NRHA 4JHDB 3HBTA 4RCHA 3VF4A 3CJCA 4FOIA 3ZEUB 4BRFA 3M3ZA 2E1YA 3CHWA 1BDGA 1KXPA 2BUPA 2E2OA 2GWJA 1MDUB 2GTDA 1JCEA 4H03B 4H0PA 1C0FA 4A61A 2P9KB 3GOIA 4A2AA 3ENOA 3BF1A 3WXJA 3UE5A 5JLHA 5F1XA 3A5LC 2P9PA 1QQOA 2W41A 2Q1NA 4IZ9A 4BVOA 3IMXA 4EAHD 3GL1A 5AQYA 2VYPA 3R9PA 2GEMA 5AFUA 1Q18A 4H0VB 3LL3A 2P9IA 4CZFA 3VERA 2IIRA 4B1WB 3JS6A 1GLLO 2FF3B 5AQIA 1HKGA 4RTFD 4CZEA 4BRAA 3L0QA 3VEVA 1RFQA 2E1ZA 4BC3A 4CZMA 4BROA 2VWBA 4EFHA 3CIPA 1DGKN 2HF3A 3FZKA 3WEEA 3U8XA 4NB4A 3UKUA 3VF6A 4B1ZA 3LDQA 3D2FB 1GLAG 3H46O 3H3OB 3RSEB 5AQLA 4K25A 2QWMA 4MO4A 1ZC6A 4KBOA 4CZLA 1EQYA 1Z05A 2V52B 4BRKA 3QBXA 1R59O 1K8KB 1NGDA 2FF6A 5JICA 2H3GX 5EVZA 5KQDA 3UKRB 3VGMA 2BTFA 3FZHA 4AM6A 3KVGA 3LM9A 5AQVA 2I7PA 1WOQA 5BPMA 3O6WA 3FGUA 1NGIA 3SK3A 4BG9A 3LM2A 1TYQB 4CZGA 1NLVA 3EZWA 4NO7A 1JCFA 4FWOA 5KPRA 2P9LB 2A42A 2IVPA 2YHWA 5FPEA 4RWTA 4JD2B 1E4GT 2YHYA 3HTVA 3CJ1A 1TUUA 3ZX3A 5BPLA 5ADXA 3AAPA 2QM1A 4BR7A 3MN7A 3G25A 3EL2A 3H45C 4BRGA 5KQ8A 1JCGA 4O8KA 1NGEA 1RGIA 3BF3A 3QDKA 1CZAN 1SQKA 5EXWA 3VETA 1ATSA 2GUPA 3IFRA 1DKGD 5BN8A 5AZIB 5AQRA 3D2EA 2D1KA 3AY9A 2QWLA 1T44A 1Z6RA 2J4RA 3ENHA 3SMPA 4B9QA 5AQTA 3O1WA 3A0IX 3WQTA 2PAVA 2Q0UA 4BG8A 1YUWA 3CETA 2FLOA 2ZWHA 3SLCA 5FPDA 3KHYA 1E4FT 1HPMA 3L4IA 3I8BA 1SZ2A 1YXQA 4L3QA 1IG8A 4MLEA 4IJNA 4WYBA 4WQ5C 5AQOA 4F9OA 4PL7A 3CERA 3ZX2A 3IUCA 1NGGA 3CQXA 4ISFA 2ASMA 3VESA 3U9DA 3CJ9A 5BR9A 4FWSA 3F9MA 4QS7A 3H6EA 4JHDA 5AQNA 3VEYA 4CZIA 2QWPA 1NMDA 3A5MC 1IJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWFO 1S3XA 5GIOA 4Z4IA 3DAWA 2Z1IA 1NK6A 1SKRA 4DUZK 1OH8A 2P9NB 4NCGA 3SPYA 3DLRA 2YHXA 3ZSXA 3NF7A 4CJTA 3C65A 1S1VA 2A6AA 5EX5A 2HHHK 4Z4GA 1JLGA 2NRZA 4EP4A 3W0LA 1Q82O 4LFAK 1CZBA 1HMVA 1T3VA 3VQQA 2NRWA 4A2BA 3CXCM 4BWJA 1NM1A 4A5AA 5K14A 3VEWA 3OYNA 4PKHA 3T1AA 3K0SA 1OVQA 1BISA 2BH1A 4JKCA 3OYMA 2O8BA 1BI4A 2WTUA 1HYVA 3DOKA 1U4BA 1N36K 4NCBA 5F2RA 2QEXN 5CE3A 3TPQA 4FWKA 2W40A 4IJAA 5AQFA 3MCPA 4KHUA 1BHLA 3UKRA 3AARA 4AHVA 2GV9A 5AQHA 4W5OA 4AQYK 1EXQA 1RILA 1SAZA 4CESA 3NDKA 5C12A 1WSIA 3IAYA 2IOCA 1GLBG 3AVMA 3VF2A 1HPZA 1Y64A 2G8HA 5M1OA 4CZJA 4BRDA 4BE1A 1KVCA 2UU9K 1QQNA 4DMNA 3SJJA 4IFVA 4JKBA 4EHUA 1HX1A 4DTUA 3M8RA 3OHRA 4K8XA 1J9AA 3E66A 4L8RB 4E3SA 2KW4A 1U6ZA 3VTIA 1JXBA 4BRNA 4BE2A 4FLUA 1CZ9A 5EY4A 1QHAA 3THWB 2O8FA 4DV2K 3NCIA 3O4QA 3NGZA 1RT4A 2GWKA 3ATVA 1ATRA 3KWGA 3TR8A 3SJHA 4CI6A 4BY9C 2X78A 3THYA 3HI0A 5CHIA 4FJ9A 3CQYA 3ATUA 1JLBA 5AQPA 2RN2A 4BREA 3VQCA 3PX4A 3EKUA 4W5TA 1KVAA 5EOYA 4CEZA 2KTQA 3LP0A 1VSLA 4E1NA 4IG3A 1RDUA 1HJRA 3KLHA 3WXLA 5JS1A 4CIEA 3QFPA 3CFPA 1JLAA 1KVBA 2CH5A 1ASWA 2O8DB 5KI6A 3ZT3A 3OYLA 5I3UA 1VSJA 3NGIA 1C0MA 4B9VA 1HLUA 5IT9O 4X65K 2AP1A 4F8RA 4JKGA 3DLLL 1KC8O 1VQON 2P9SB 5AQXA 2HMPA 1U49A 4BR5A 4O4GA 3FZFA 1S6QA 1QHTA 3NE6A 5AZJB 3HOSA 1LOTB 2XY5A 3CC2N 3VQ6A 4BDPA 2IVNA 3ASMA 3VMFB 3L3UA 1QSLA 3B8AX 2BANA 1DLOA 4IO8A 2ZM6K 2HW3A 5ELZA 5BR8K 2P9IB 1GOAA 1A5WA 1RDDA 1VQ5N 1MA9B 4IWVA 3PX0A 3OYHA 2VQFK 4CD1A 2XY6A 4FJ5A 3I0SA 4CHOA 3L2UA 3U3YA 3CC7N 1TK8A 1NGCA 3TSPA 3U3GA 4CIFA 1RTIA 1W97L 5D3GA 3A5OC 4BC4A 1BG3A 4PA1A 1YIJN 3VQAA 2WUSA 4DCHA 2QKBA 3MN6A 5TKWA 5KPZA 2A5XA 4E89A 2RE2A 4DR4K 1B92A 2ASPA 3VGKA 3UB5A 1NU0A 4CE9A 3PV8A 3JYTA 1HQUA 4CEOA 1D4XA 3J7AP 4KH4A 4FJJA 5BN9A 1VAZA 2GUIA 3WXKA 3AVGA 2NLXA 3THXB 3QEIA 2DY4A 2YV0X 4B8AB 5BPNA 3B6PA 1WBBA 4ICLA 4KKOA 4B9TA 3IS9A 5AZJA 1N33K 4DTPA 4HCCA 4AHTA 3GE1A 3E9OA 2VWJA 3EYZA 3TTDA 4CJ3A 4M63C 2ATQA 1DT9A 4YORA 3V6DA 2HSTA 3EE8A 4O0IA 3NH1A 2HHVA 4HTLA 3CJAA 1JL1A 3DXMB 3HOTA 4CK2A 4FJ7A 2D4WA 2HF4A 4JKDA 3ZETA 1BGXT 4J8FA 3G4SN 3CJCA 3H08A 4FOIA 2UUCK 3Q7CA 4GW6A 4KHPK 4M3YA 4DFPA 3CHWA 4DS4A 2E2OA 1BCMA 1MDUB 1JCEA 3SBGA 1C0FA 3HJFA 4A61A 1UA0A 3TSUA 4KV8A 5M1NA 3BF1A 4K8ZA 3A5LC 1QQOA 4IZ9A 1FKPA 3IMXA 2IGIA 1C1BA 4YNQA 4Z4EA 2QI2A 2VYPA 1YI2N 1Q18A 1VQ8N 3RR7A 4CK1A 1KRPA 4H0VB 4DG1A 1K6YA 2IC3A 2P9IA 4CZFA 4JI3K 3VERA 4B1WB 4ZTJA 2D0CA 5T7BA 3E9LA 1U47A 2WFBA 4DR6K 1NOZA 1HYZA 1KQSM 4BROA 3BGRA 1OVYA 4M3ZA 1LWCA 3O9RA 3WEEA 2OPRA 3V9XA 3NVKA 4B3OA 4AHSA 3CCQN 1HNIA 1GLAG 4DR2K 3H46O 3H3OB 5MLCQ 3C6TA 4DTSA 4CEFA 2QWMA 2XO7A 4MO4A 5KRTA 3AVLA 4DR1K 4CZLA 3S3MA 4DQQA 3PUFA 3NH2A 2VQEK 1NGDA 2FF6A 4E7HA 2BTFA 2ZJRL 2ITGA 3LM9A 2F4VK 4CIGA 1TV6A 4FJMA 1WOQA 1NGIA 4AH9A 4FM1A 4BG9A 2G8FA 4CZGA 4NO7A 2W6KA 4CEQA 3AVFA 5KPRA 2IVPA 2YHWA 1WSEA 2X74A 5FPEA 5M1KA 3KTQA 4JD2B 3MAQA 3R1XA 5ADXA 2VG5A 4B3MK 4BR7A 3MN7A 1XHXA 3G25A 2KZZA 1NGEA 2Z1GA 3QDKA 4PUOA 1ATSA 1UOCA 3SZ2A 2G8WA 3R3LA 3IFRA 4Y1CA 3AVKA 5C2DA 3IKMA 3PSIA 3KKSA 3AY9A 1Z6RA 2J4RA 3THWA 1JL2A 3A0IX 4DU3A 5CZ2A 3SQ1A 1MU2A 1YJ9N 3OW2M 1C0TA 2RKIA 4BG8A 1YUWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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