4BW2A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw2A01
5DLXA 5ENCA 4QSSA 2NXBA 5A83A 2L85A 5IBNA 5F25A 4YABA 4NQNA 3IU5A 4YBSA 4KCXA 4UYHA 5L97A 5DYAA 5EI4A 5A5OA 5KTXA 4IOOA 5E9VA 4HXRA 5IGMA 2I8NA 5ENBA 4RVRA 4NS5A 5A5PA 5L98A 4TTEA 5EWVA 5FE8A 2YW5A 4N3WA 4IR3A 4QC3A 4NRCA 3P5OA 5EM3A 4DONA 4A9JA 4O78A 4HXPA 4IR4A 5II1A 3TLPA 4QYLA 2DWWA 4NYVA 4YATA 5FE9A 5CQ3A 5FH6A 4YYIA 2OSSA 3IU6A 4QR4A 4TT6A 4XUBA 5HQ5A 5I7XA 3O37A 5DW1A 5JI8A 5LKTA 5EWCA 5LVRA 4UIWA 4UIYA 3O34A 4O77A 5BT4A 4QB3A 3RCWA 4O7AA 4C67A 2G4AA 2H60A 3FKMX 4MR3A 3HMFA 5DYCA 4HBXA 5FE0A 4TU4A 5CRMA 4MENA 4QSVA 5CQAA 4O74A 3UV2A 5EGUA 5FFWA 5HRXA 4NUDA 4PKLA 4YYJA 4O76A 5C8GA 4NR6A 3HMHA 4A9HA 5DBMA 5E3DA 5CUGA 3HMEA 4KV4A 5F5ZA 5E9KA 5L8UA 5KTWA 5DYUA 4O7FA 2RS9B 5I40A 5CQ7A 5EISA 5BT5A 4YADA 5K29A 4QSPA 5DFDA 5DKDA 5HRVA 4TZ8A 4NRBA 2RNXA 4Y03A 5FE2A 5A5QA 4FLPA 3P1FA 5E7DA 5DW2A 2YYNA 5CRZA 4Z6IA 3MB4A 4UIZA 4HBWA 5CUAA 3MULA 5FB1A 5LKUA 5D3HA 4YYNA 3LXJA 4Q0NA 5C85A 5FH8A 5G4SA 5D3SA 5AD3A 4LC2A 4NXJA 5D25A 5L96A 4A9KA 4YY6A 4IR6A 4N4IA 4PY6A 3QZTA 4YH4A 5LJ1A 5D3LA 5F2PA 5TB6A 5JWMA 2OO1A 5KTUA 5D3TA 3AQAA 5FG6A 4HBVA 4WIVA 4QUTA 3ONIA 5DY7A 3GG3A 4YYDA 5FBXA 5ENIA 3MB3A 4HXNA 4NR4A 5L99A 2DVVA 4PCEA 5CGPA 5CY9A 4O7CA 2WP1A 4ZC9A 4QSRA 2YEMA 5KHMA 4UYFA 4YYMA 5LVQA 5HENA 4A9LA 2R0VA 4A9MA 4HXSA 3AADA 5F1LA 5DX4A 5I1QA 5FE5A 4CUSA 5DYXA 4O7EA 3U5MA 4LDFA 2N9GA 5CUBA 3UVWA 3U5JA 5CUEA 4A9EA 2D9EA 4CUPA 2D82A 4NUCA 4UIXA 5EPRA 4X2IA 3P1EA 4MR5A 3UVXA 1E6IA 2WP2A 4XUAA 5HEMA 4A9OA 4Z1SA 5IGKA 1JSPB 5FH7A 4QR5A 3SVHA 5FG4A 2GRCA 5FB0A 4PCIA 4MEQA 4QC1A 2I7KA 4TYLA 5CTLA 5CQ6A 5E9MA 5ETBA 4LR6A 5AMEA 5CFWA 4A9NA 5IIDA 4UYEA 4BW3A 4HXOA 3O33A 5HQ6A 5CPEA 5HFRA 4HXLA 5A85A 5F3AA 4F3IA 4QEVA 5LKXA 4C66A 4CFLA 4J0SA 4TT2A 3UW9A 5COIA 3U5LA 5HJCA 4IORA 5CP5A 5H1VA 5I86A 5ENHA 4LYWA 4QYDA 5EWHA 4BW4A 3S91A 3LQIA 5G4RA 5CQTA 4CUUA 4J0RA 4PS5A 4YYHA 4QEWA 1JM4B 4OUFA 3MUKA 5EVAA 5A5NA 5FFYA 5LJ0A 4Q0OA 3P1DA 2DVRA 3MQMA 5KU3A 5DKCA 2R10A 4NRAA 5LUUA 4TS8A 2LSPB 4QSXA 5D3RA 4XY8A 5ENGA 5FDZA 4CFKA 5CS8A 5HQ7A 2YELA 2E7OA 2F6NA 5A81A 2RI7A 5HLSA 2KTBB 3QZVA 3JVJA 5H1UA 4QZSA 5E74A 4NR9A 4O70A 4A9FA 2YEKA 4Z1QA 3SVFA 3UVDA 5AD2A 5EQ1A 4PTBA 4QSWA 3I3JA 5IGNA 4ALHA 4XY9A 5EV9A 4TQNA 3LQJA 1X0JA 4TU6A 4HXKA 2RNWA 5EWWA 3G0LA 3G0JA 5DLZA 4NUEA 5D3PA 5E73A 4YY4A 4MEPA 3UV5A 5IGLA 4ZQLA 4BHWA 5FE1A 5EA1A 5A7CA 2DVSA 2FSAA 5CQ4A 4QNSA 5EPBA 5D0CA 4TZ2A 4NR8A 4OGIA 4Z93A 5FE6A 2L84A 5DFBA 5F36A 5HFQA 4QEUA 5HCLA 4J1PA 4A9IA 4CL9A 3NXBA 2YQDA 5ENJA 4QBMA 4LYIA 3SVGA 4UIUA 4NQMA 5CQ5A 5F61A 3Q2EA 1N72A 4NYWA 5C89A 5CQ8A 3JVMA 4QSQA 5CZGA 4QY4A 5EU1A 5AMFA 3K2JA 3Q2FA 4YBMA 5KO4A 1EQFA 4LYSA 5D24A 5L8TA 5DKHA 5D3NA 5D7XA 2MJVB 2DATA 4LZSA 2RFJA 4LZ2A 4QUUA 4CURA 5ETDA 4WHWA 4YK0A 3UV4A 5F1HA 5I89A 5F63A 4BJXA 4BW1A 4HBYA 3U5OA 4O75A 2YDWA 4E96A 5EWDA 4UYGA 4YYKA 4YC9A 5FG5A 2OUOA 3D7CA 4TT4A 5D3JA 5CU8A 5FE7A 5ENFA 5C4QA 5I29A 4AKNA 5A5RA 5A82A 4CUQA 5HRWA 1ZS5A 5FE3A 5H85A 5EP7A 5E3GA 5DFCA 4N4HA 5CUDA 1F68A 4NYXA 4CUTA 5E9LA 4OGJA 5H1TA 4YH3A 4WHUA 4UITA 3ZYUA 2R0SA 4MEOA 5EK9A 5FE4A 3DWYA 2DKWA 2F6JA 4CLBA 5E0RA 5IG6A 2L5EA 3QZSA 4IR5A 4IOQA 4YBTA 5I83A 4Z6HA 4UYFB 3DAIA 4NR5A 5I80A 3O35A 5C7NA 4O7BA 3JVLA 4QSUA 5II2A 5HELA 5EICA 5ENEA 4MR6A 5F60A 2RO1A 5LJ2A 2E3KA 4J3IA 3LJWA 3S92A 5C87A 5LKZA 1WUGA 5D26A 4YYGA 5A5SA 3O36A 5ACYA 2E7NA 4O71A 4BW2A 4ZW1A 2R0YA 5E9YA 3U5NA 1WUMA 5J0DA 5TCMA 4N4GA 4LRGA 4LZRA 5E9IA 5I88A 5FFVA 5I7YA 3LQHA 3MXFA 5F62A 3U5KA 3P1CA 4MR4A 2DVQA 3JVKA 4KV1A 5CUCA 4YAXA 4QSTA 4O72A 3UVYA 3U5PA 4GPJA 5BT3A 5HM0A 4NR7A 4XYAA 4HXMA 4QR3A 4UYDA 4UIVA 4N4FA 4ALGA 2RNYA 5EPSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DLXA 5ENCA 4QSSA 2NXBA 5A83A 2L85A 5IBNA 5F25A 4YABA 4NQNA 3IU5A 4YBSA 4KCXA 4UYHA 5L97A 5DYAA 3D1BA 5EI4A 5A5OA 5KTXA 4IOOA 5E9VA 4HXRA 5IGMA 4AKHA 2I8NA 5ENBA 4RVRA 4NS5A 5A5PA 5L98A 4TTEA 5EWVA 5FE8A 2YW5A 4N3WA 4IR3A 4QC3A 4NRCA 3P5OA 5EM3A 4DONA 4A9JA 4O78A 1ZKRA 4HXPA 4IR4A 5II1A 3TLPA 4QYLA 2DWWA 4NYVA 4YATA 5FE9A 5CQ3A 5FH6A 4YYIA 2OSSA 3IU6A 4QR4A 4TT6A 4XUBA 5HQ5A 5I7XA 3O37A 5DW1A 5JI8A 5LKTA 5EWCA 5LVRA 4UIWA 4UIYA 3O34A 4O77A 5BT4A 4QB3A 3RCWA 4O7AA 4C67A 2G4AA 2H60A 3FKMX 4MR3A 3HMFA 5DYCA 4HBXA 5FE0A 4TU4A 5CRMA 4MENA 4QSVA 5CQAA 4O74A 3UV2A 5EGUA 5FFWA 5HRXA 4NUDA 4PKLA 4YYJA 4O76A 5C8GA 4NR6A 3HMHA 4A9HA 5DBMA 5E3DA 5CUGA 3HMEA 4KV4A 5F5ZA 5E9KA 5L8UA 5KTWA 5DYUA 4O7FA 2RS9B 5I40A 5CQ7A 5EISA 5BT5A 4YADA 5K29A 4QSPA 5DFDA 5DKDA 5HRVA 4TZ8A 3D1DA 4NRBA 2RNXA 4Y03A 5FE2A 5A5QA 4FLPA 3P1FA 5E7DA 5DW2A 2YYNA 5CRZA 4Z6IA 3MB4A 4UIZA 4HBWA 5CUAA 3MULA 5FB1A 5LKUA 5D3HA 4YYNA 3LXJA 4Q0NA 5C85A 5FH8A 5G4SA 5D3SA 5AD3A 4LC2A 4NXJA 5D25A 5L96A 4A9KA 4YY6A 4IR6A 4N4IA 4PY6A 3QZTA 4YH4A 5LJ1A 5D3LA 5F2PA 5TB6A 5JWMA 2OO1A 5KTUA 5D3TA 3AQAA 5FG6A 4HBVA 4WIVA 4QUTA 3ONIA 5DY7A 3GG3A 4YYDA 5FBXA 5ENIA 3MB3A 4HXNA 4NR4A 5L99A 2DVVA 4PCEA 5CGPA 5CY9A 4O7CA 2WP1A 4ZC9A 4QSRA 2YEMA 5KHMA 4UYFA 4YYMA 5LVQA 5HENA 4A9LA 2R0VA 4A9MA 4HXSA 3AADA 5F1LA 5DX4A 5I1QA 5FE5A 4CUSA 5DYXA 4O7EA 3U5MA 4LDFA 2N9GA 3ERRA 5CUBA 3UVWA 3U5JA 5CUEA 4A9EA 2D9EA 4CUPA 2D82A 4NUCA 4UIXA 5EPRA 4X2IA 3P1EA 4MR5A 3UVXA 1E6IA 2WP2A 4XUAA 5HEMA 4A9OA 4Z1SA 5IGKA 1JSPB 5FH7A 4QR5A 3SVHA 5FG4A 2GRCA 5FB0A 4PCIA 4MEQA 4QC1A 2I7KA 4TYLA 5CTLA 5CQ6A 5E9MA 5ETBA 4LR6A 5AMEA 5CFWA 4A9NA 5IIDA 4UYEA 4BW3A 4HXOA 3O33A 5HQ6A 5CPEA 5HFRA 4HXLA 5A85A 5F3AA 4F3IA 4AKIA 4QEVA 5LKXA 4C66A 4CFLA 4J0SA 4TT2A 3UW9A 5COIA 3U5LA 5HJCA 4IORA 5CP5A 5H1VA 5I86A 5ENHA 4LYWA 4QYDA 5EWHA 4BW4A 3S91A 3LQIA 5G4RA 5CQTA 4CUUA 4J0RA 4PS5A 4YYHA 4QEWA 1JM4B 4OUFA 3MUKA 5EVAA 5A5NA 5FFYA 5LJ0A 4Q0OA 3P1DA 2DVRA 3MQMA 5KU3A 5DKCA 2R10A 4NRAA 5LUUA 4TS8A 2LSPB 4QSXA 5D3RA 4XY8A 5ENGA 5FDZA 4CFKA 5CS8A 5HQ7A 2YELA 2E7OA 2F6NA 5A81A 2RI7A 3VKGA 5HLSA 2KTBB 3QZVA 3JVJA 5H1UA 4QZSA 5E74A 4NR9A 4O70A 4A9FA 2YEKA 4Z1QA 3SVFA 3UVDA 5AD2A 5EQ1A 4PTBA 4QSWA 3I3JA 5IGNA 4ALHA 4XY9A 5EV9A 4TQNA 3LQJA 1X0JA 4TU6A 4HXKA 2RNWA 5EWWA 3G0LA 3G0JA 5DLZA 4NUEA 5D3PA 5E73A 4YY4A 4MEPA 3UV5A 5IGLA 4ZQLA 4BHWA 5FE1A 5EA1A 5A7CA 2DVSA 2FSAA 5CQ4A 4QNSA 5EPBA 3VKHA 5D0CA 4TZ2A 4NR8A 4OGIA 4Z93A 5FE6A 2L84A 5DFBA 5F36A 5HFQA 4QEUA 5HCLA 4J1PA 4A9IA 4CL9A 3NXBA 2YQDA 5ENJA 4QBMA 4LYIA 3SVGA 4UIUA 4NQMA 5CQ5A 5F61A 2EJNA 3Q2EA 1N72A 4NYWA 5C89A 5CQ8A 3JVMA 4QSQA 5CZGA 4QY4A 5EU1A 5AMFA 3K2JA 3Q2FA 4YBMA 5KO4A 1EQFA 4LYSA 5D24A 5L8TA 5DKHA 5D3NA 5D7XA 2MJVB 2DATA 4LZSA 2RFJA 4LZ2A 4QUUA 4CURA 5ETDA 4WHWA 4YK0A 3UV4A 5F1HA 5I89A 5F63A 4BJXA 4BW1A 4HBYA 3U5OA 4O75A 2YDWA 4E96A 5EWDA 4UYGA 4YYKA 4YC9A 5FG5A 2OUOA 3D7CA 4TT4A 5D3JA 5CU8A 5FE7A 5ENFA 5C4QA 5I29A 4AKNA 5A5RA 5A82A 4CUQA 5HRWA 1ZS5A 5FE3A 5H85A 5EP7A 5E3GA 5DFCA 4N4HA 5CUDA 1F68A 4NYXA 4CUTA 5E9LA 4OGJA 5H1TA 4YH3A 4WHUA 4UITA 3ZYUA 2R0SA 4MEOA 5EK9A 5FE4A 3DWYA 2DKWA 2F6JA 4CLBA 5E0RA 5IG6A 2L5EA 3QZSA 4IR5A 4IOQA 4YBTA 5I83A 4Z6HA 4UYFB 3DAIA 4NR5A 4AI6A 5I80A 3O35A 5C7NA 4O7BA 3JVLA 4QSUA 5II2A 1PUOA 5HELA 5EICA 5ENEA 4MR6A 5F60A 2RO1A 5LJ2A 2E3KA 4J3IA 3LJWA 3S92A 5C87A 5LKZA 1WUGA 5D26A 4YYGA 4AKGA 5A5SA 3O36A 5ACYA 2E7NA 4O71A 4BW2A 4ZW1A 2R0YA 5E9YA 3U5NA 1WUMA 5J0DA 5TCMA 4N4GA 4LRGA 4LZRA 5E9IA 5I88A 5FFVA 5I7YA 3LQHA 3MXFA 5F62A 3U5KA 3P1CA 4MR4A 2DVQA 3JVKA 4KV1A 5CUCA 4YAXA 4QSTA 4O72A 3UVYA 3U5PA 4GPJA 5BT3A 5HM0A 4NR7A 4XYAA 4HXMA 4QR3A 4UYDA 4UIVA 4N4FA 4ALGA 2RNYA 5EPSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DLX A;  5ENC A;  4QSS A;  2NXB A;  5A83 A;  2L85 A;  5IBN A;  5F25 A;  4YAB A;  4NQN A;  3IU5 A;  4YBS A;  4KCX A;  4UYH A;  5L97 A;  5DYA A;  5EI4 A;  5A5O A;  5KTX A;  4IOO A;  5E9V A;  4HXR A;  5IGM A;  2I8N A;  5ENB A;  4RVR A;  4NS5 A;  5A5P A;  5L98 A;  4TTE A;  5EWV A;  5FE8 A;  2YW5 A;  4N3W A;  4IR3 A;  4QC3 A;  4NRC A;  3P5O A;  5EM3 A;  4DON A;  4A9J A;  4O78 A;  4HXP A;  4IR4 A;  5II1 A;  3TLP A;  4QYL A;  2DWW A;  4NYV A;  4YAT A;  5FE9 A;  5CQ3 A;  5FH6 A;  4YYI A;  2OSS A;  3IU6 A;  4QR4 A;  4TT6 A;  4XUB A;  5HQ5 A;  5I7X A;  3O37 A;  5DW1 A;  5JI8 A;  5LKT A;  5EWC A;  5LVR A;  4UIW A;  4UIY A;  3O34 A;  4O77 A;  5BT4 A;  4QB3 A;  3RCW A;  4O7A A;  4C67 A;  2G4A A;  2H60 A;  3FKM X;  4MR3 A;  3HMF A;  5DYC A;  4HBX A;  5FE0 A;  4TU4 A;  5CRM A;  4MEN A;  4QSV A;  5CQA A;  4O74 A;  3UV2 A;  5EGU A;  5FFW A;  5HRX A;  4NUD A;  4PKL A;  4YYJ A;  4O76 A;  5C8G A;  4NR6 A;  3HMH A;  4A9H A;  5DBM A;  5E3D A;  5CUG A;  3HME A;  4KV4 A;  5F5Z A;  5E9K A;  5L8U A;  5KTW A;  5DYU A; 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