The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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sequence length |
362
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structure length |
352
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Chain Sequence |
b'FSNDVIRKRHYRIGLNLFNKKPEKGVQYLIERGFVPDTPVGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLDCVVDEMDFSTMELDEALRKFQAHIRVQGKAQKVERLIEAFSQRYCICNPGVVRQFRNPDTIFILAFAIILLNTDMYSPNVKPERKMKLEDFIKNLRGVDDGEDIPREMLMGIYERIRKRELKTNEDHVSQVQKVEKLIVGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFEVPDPNKPQKLGLHQREIFLFNDLLVVTKIFQKKKNSVTYSFRQSFSLYGMQVLLFENQYYPNGIRLTSSVPGADIKVLINFNAPNPQDRKKFTDDLRESIAEVQEMEKHRIESELEKQ'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Integrated conformational and lipid-sensing regulation of endosomal ArfGEF BRAG2.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| total genus |
109
|
| structure length |
352
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| sequence length |
362
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| chains with identical sequence |
B, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01369 | Sec7 | Sec7 domain |
| A | PF16453 | IQ_SEC7_PH | PH domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Annexin V; domain 1 | Annexin V; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 | Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MKE A; 4JWL A; 2D11 A; 3SYX A; 2OTX A; 1KZ7 A; 3T06 A; 1FHO A; 2RLO A; 1S9D E; 3M1I B; 1WJ1 A; 1UNQ A; 3ULB A; 1EAZ A; 1MK7 B; 2CY5 A; 3TVV A; 3WYF B; 2COD A; 2JP2 A; 5JLJ B; 3D8D A; 2YVC A; 1P6S A; 4Z21 A; 4L5M A; 5LOP B; 1X1F A; 2MDX A; 2LOX A; 1TXD A; 2N23 A; 1I7A A; 1R8Q E; 4CYE A; 2RNR B; 2D10 A; 3MPX A; 4IFS A; 2GS0 A; 4K17 A; 1FGZ A; 4D0N B; 3PP2 A; 1PBV A; 1J0W A; 1MPH A; 5D27 A; 4F7H A; 4HAU B; 2CRF A; 2K2J A; 1U5F A; 2Z0O A; 2K00 A; 4HB3 B; 4A4P A; 1UNP A; 5DHA B; 2LKO A; 2R09 A; 3LJU X; 2ROZ B; 3P6A A; 4HB2 B; 2P0H A; 1XSZ A; 2IYB A; 2I1J A; 3CIK A; 1QC6 A; 3A8P A; 2AEH A; 3RCP A; 2RSG A; 2Z0Q A; 4HAT B; 4JMI A; 2G35 A; 4PQ0 A; 1DDM A; 1GC6 A; 2M14 A; 1BTN A; 4TKN A; 1U27 A; 2I5C A; 4Z2N A; 2L2I A; 4HHV A; 4A6H A; 3N7C A; 1R8S E; 1Q67 A; 1UPQ A; 2H7D A; 1N3H A; 3ZVR A; 3PVL A; 2HE7 A; 1X11 A; 1Y19 B; 1WJM A; 1DDV A; 4HAV B; 1WGU A; 1SHC A; 4Y94 A; 1AQC A; 2I1K A; 1ISN A; 3AU4 A; 4D7R A; 4WSF A; 2AL6 A; 1EVH A; 3A8Q A; 1AWE A; 4A6K A; 5HE0 A; 2CAY A; 3FEH A; 5DH9 B; 2D9W A; 3D8E A; 3DXE A; 4GZU A; 2NZ8 B; 5FI1 A; 3WA0 A; 2DN6 A; 2KUP A; 4MK0 A; 4C0A A; 1QQG A; 1V89 A; 1FHW A; 2EMS A; 4HAX B; 2DYN A; 1BC9 A; 4ZRJ A; 3TW1 A; 2LG1 A; 1OQN A; 2OQB A; 5KQ4 A; 1EGX A; 2ELB A; 4DX9 0; 1ZVR A; 2NMB A; 1X05 A; 3KRX A; 4EKU A; 1B55 A; 2J59 M; 3SNH A; 1H10 A; 1KI1 B; 3QWM A; 1ZC3 B; 3FSS A; 2MKR A; 1UEF A; 3KSY A; 5KQ1 A; 5C5B B; 1MIZ B; 3AU5 A; 1U5G A; 5CLL B; 2YS5 A; 2DKQ A; 4CHJ A; 3ULC A; 2EJ8 A; 2EMT A; 3BIN A; 2UZR A; 2E2X A; 4MT7 A; 1UNR A; 3DXC A; 2W2X D; 2W2W A; 3VOQ A; 1DBH A; 2YS3 A; 3GYO A; 5C16 A; 4KVG B; 2DKP A; 4JXH A; 1FHX A; 4OIY A; 3PG7 A; 4HDO A; 1FB8 A; 1K5G B; 2D9Y A; 3AJ4 A; 4HB4 B; 4EMO A; 1XT0 B; 3P7Z A; 3GYP A; 1KU1 A; 5KCV A; 1WVH A; 2VSZ A; 4MY6 A; 3SWV A; 3PEG A; 2YS1 A; 2DHJ A; 2J0K A; 5JP4 A; 5GOW B; 2GCJ A; 3UZT A; 4IOY X; 1ZSQ A; 2RVB B; 2BCJ A; 5DIF B; 2P0F A; 2EC1 A; 4CHM A; 1X1G A; 2RUK B; 3U8Z A; 2P8V A; 3SO6 A; 2K2U A; 1TJ6 A; 4A6F A; 5C5B A; 1KZG A; 2I5F A; 2GJY A; 2LYD A; 3SUZ A; 2ZPY A; 2UVM A; 1V88 A; 1RJ2 A; 2LUL A; 1GG3 A; 1V61 A; 4GPT B; 1U2B A; 2GCL A; 2FJL A; 1ZM0 A; 1DRO A; 2DX5 A; 4GMV A; 2M38 A; 2L1C A; 5HE2 A; 2DHK A; 3CXB B; 3IVF A; 1RRP B; 4F7G A; 4K2P A; 2MWN B; 1XCG A; 5J3Q A; 3KY9 A; 4HAY B; 3PVW A; 2QKL A; 3ZDT A; 1W1G A; 1WI1 A; 2J0J A; 2R0D A; 5D3V A; 2HTH B; 4L6E A; 3V5W A; 1V5M A; 5D3X A; 2YF0 A; 3KZ1 A; 1FGY A; 1TQZ A; 1X86 A; 1XKE A; 1SGH A; 4NSW A; 3LTL A; 2J0M A; 1Z87 A; 2YRY A; 4K2O A; 2VKI A; 3HQC A; 5DI9 B; 1NTY A; 1K5D B; 2H7E A; 1NU2 A; 2COF A; 1NI2 A; 2D9V A; 2N0Y A; 4F7U P; 1MIX A; 1U5D A; 2UZS A; 1PFJ A; 4HAW B; 1DYN A; 5HE1 A; 4A6F B; 3ODX A; 1U5E A; 1E5W A; 5J3T A; 1IRS A; 3DXD A; 5JHH A; 4HAZ B; 5HE3 A; 2DX1 A; 4KHO A; 5D3Y A; 3FM8 C; 3QBV B; 3KRW A; 1MK9 B; 5L81 A; 2V76 A; 2D4Q A; 3BJI A; 3ODW A; 4TYZ A; 4KHA A; 1BWN A; 1PMS A; 2Z0P A; 5DHF B; 1I2H A; 2RGN B; 3PZD A; 1BAK A; 1FAO A; 1EF1 A; 1M7E A; 4GN1 A; 2W2X C; 1DDW A; 1OMW A; 5C79 A; 2ADZ A; 3D8F A; 1J19 A; 2COC A; 1M7R A; 4Z2M B; 1PLS A; 4BBK A; 4P7I A; 5FI0 A; 3OAN A; 5C6R A; 2ELA A; 5CLQ B; 4DBB A; 2Y8G A; 1BTK A; 4GMX B; 2D9Z A; 4EJN A; 1W1H A; 2DTC A; 2IFS A; 2CY4 A; 1LB1 A; 5JHG A; 2DA0 A; 2MFQ A; 2VRW B; 4KHB B; 4A5K A; 1V5U A; 3TO1 A; 1WG7 A; 2Y8F A; 2YSZ A; 1LW3 A; 1U29 A; 1NTV A; 4C7P A; 1H4R A; 3SV1 A; 1XD4 A; 1R8M E; 4ZRI A; 2XQN M; 3ML4 A; 5EFX A; 1WGQ A; 2Y7B A; 1XOD A; 2Q13 A; 3PVU A; 3A98 B; 1GC7 A; 2YT1 A; 1OY2 A; 4ZRK A; 2COA A; 4KAX B; 4WJ7 A; 4DXA B; 4IAP A; 3MDB C; 4B6H A; 2ROV A; 3F5R A; 4XWX A; 2PZ1 A; 3PSC A; 4YON A; 1V5P A; 3X23 A; 1P3R A; 2DYQ A; 3TCA A; 2D9X A; 1MAI A; 1RE0 B; 3QIJ A; 1P5T A; 2QKM A; 1XX0 A; 2KGX B; 2KCJ A; 1Y5O A; 4JMO A; 4PNK A; 2P0D A; 4D7Q A; 4GXB A; 3U7D A; 5J3Y A; 4NY0 A; 4HDQ A; 3O96 A; 3TFM A; 1FOE A; 3F0W A; 4K81 A; 1UPR A; 2DHI A; 2DFK A; 3HW2 B; 1ZC4 B; 2DLW A; 3G9W A; 1W1D A; 3L8N A; 3HK0 A; 5LON B; 4DX8 A; 3ODO A; 4YL8 A; 3VIA A; 1XR0 B; 5D3W A; 4H8S A; 2YT0 A; 2LOZ A; 2D2Q A; 2X18 A; 3NSU A; 4HB0 B; 4WVF B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MKE A; 4JWL A; 2D11 A; 3SYX A; 4Q2S A; 2OTX A; 1KZ7 A; 3T06 A; 1FHO A; 2RLO A; 4FQ0 C; 1S9D E; 3M1I B; 2KUQ A; 1WJ1 A; 1UNQ A; 3ULB A; 1EAZ A; 1W45 A; 1MK7 B; 2CY5 A; 3TVV A; 2COD A; 3WYF B; 2JP2 A; 5JLJ B; 1BC3 A; 3D8D A; 2YVC A; 2KR0 A; 1P6S A; 4Z21 A; 4L5M A; 1YGM A; 5LOP B; 1X1F A; 2MDX A; 2LOX A; 1TXD A; 2N23 A; 2H0L A; 1R8Q E; 1I7A A; 4CYE A; 2RNR B; 2D10 A; 3MPX A; 4MDU A; 4IFS A; 3OHM B; 2GS0 A; 4K17 A; 1FGZ A; 1BCZ A; 2VXG A; 4KN4 X; 4D0N B; 3PP2 A; 1PBV A; 1J0W A; 1MPH A; 5D27 A; 4F7H A; 4HAU B; 2CRF A; 2K2J A; 1U5F A; 4MDV A; 2Z0O A; 2K00 A; 4HB3 B; 2R2Y A; 4A4P A; 1N42 A; 1AVH A; 1UNP A; 5DHA B; 2LKO A; 2R09 A; 3LJU X; 2ROZ B; 3P6A A; 4HB2 B; 2P0H A; 1XSZ A; 2IYB A; 1M9I A; 2I1J A; 3CIK A; 1QC6 A; 3HIE A; 1BCW A; 3A8P A; 2AEH A; 3RCP A; 2RSG A; 2Z0Q A; 4HAT B; 4JMI A; 2G35 A; 4PQ0 A; 4JK1 X; 3NWD A; 1DDM A; 1GC6 A; 1HVG A; 3U12 A; 2M14 A; 1R4A E; 1BTN A; 2NBV A; 4TKN A; 1U27 A; 2I5C A; 4L1R A; 1BC0 A; 4Z2N A; 2L2I A; 4HHV A; 4A6H A; 1ALA A; 3N7C A; 3NW8 A; 1SAV A; 1R8S E; 1Q67 A; 1UPQ A; 2H7D A; 1N3H A; 3ABO A; 4EVH A; 3ZVR A; 3PVL A; 2HE7 A; 2IE7 A; 1X11 A; 1Y19 B; 1WJM A; 1I4A A; 1DDV A; 4GOU A; 4HAV B; 1WGU A; 1SHC A; 4Y94 A; 1AQC A; 2I1K A; 1ISN A; 3AU4 A; 1QC7 A; 1Q8D A; 4D7R A; 4WSF A; 5LG4 B; 2AL6 A; 1EVH A; 3A8Q A; 1AWE A; 4A6K A; 5HE0 A; 2CAY A; 3FEH A; 5DH9 B; 2D9W A; 3D8E A; 3DXE A; 4GZU A; 2NZ8 B; 5FI1 A; 3WA0 A; 2DN6 A; 2KUP A; 4MK0 A; 2H0M A; 4C0A A; 1T77 A; 1QQG A; 2HYU A; 1V89 A; 1FHW A; 2EMS A; 4HAX B; 2DYN A; 1BC9 A; 2IE6 A; 4ZRJ A; 3TW1 A; 2LG1 A; 4X9P A; 1OQN A; 2OQB A; 5KQ4 A; 2KIE A; 1EGX A; 2ELB A; 4DX9 0; 2II2 A; 3NWA A; 1LKV X; 1ZVR A; 2NMB A; 1X05 A; 3KRX A; 4EKU A; 1B55 A; 2J59 M; 3SNH A; 1H10 A; 1KI1 B; 2XO3 A; 3QWM A; 1ZC3 B; 3FSS A; 2MKR A; 3B77 A; 4QJ5 B; 2K6X A; 1UEF A; 3AJC A; 2RAN A; 2XO2 A; 3KSY A; 5KQ1 A; 5C5B B; 1MIZ B; 1HVE A; 2QEZ A; 3AU5 A; 1U5G A; 5CLL B; 2YS5 A; 2DKQ A; 4CHJ A; 2YT2 A; 3ULC A; 2EJ8 A; 3HJL A; 2EMT A; 3BIN A; 2UZR A; 2E2X A; 4MT7 A; 1UNR A; 3DXC A; 1HM6 A; 2W2X D; 2W2W A; 3VOQ A; 1DBH A; 1BCY A; 2YS3 A; 3GYO A; 5C16 A; 4KVG B; 2DKP A; 4JXH A; 1FHX A; 4OIY A; 3PG7 A; 4HDO A; 1A8B A; 1FB8 A; 1K5G B; 2D9Y A; 3AJ4 A; 4HB4 B; 4EMO A; 1BC1 A; 1XT0 B; 3ANY A; 3P7Z A; 3GYP A; 1KU1 A; 1AVR A; 3TW5 A; 3A58 A; 5KCV A; 1WVH A; 2VSZ A; 4MY6 A; 1AEI A; 3SWV A; 2YS1 A; 3PEG A; 2DHJ A; 2J0K A; 5JP4 A; 5GOW B; 2GCJ A; 3NWF A; 3UZT A; 2OY9 A; 4IOY X; 1ZSQ A; 2RVB B; 2BCJ A; 5DIF B; 2P0F A; 1ANN A; 2EC1 A; 4CHM A; 3SOH B; 1DK5 A; 3USY A; 1X1G A; 2RUK B; 3U8Z A; 5I2S A; 2P8V A; 2RRF A; 3SO6 A; 2K2U A; 4D6W A; 2K49 A; 1TJ6 A; 4A6F A; 5C5B A; 1KZG A; 2I5F A; 2GJY A; 3ABS A; 2LYD A; 3SUZ A; 2ZPY A; 2UVM A; 3ABQ A; 1V88 A; 1RJ2 A; 2LUL A; 1GG3 A; 1V61 A; 4GPT B; 1U2B A; 2K8E A; 2GCL A; 2FJL A; 1ZM0 A; 1DRO A; 2DX5 A; 4GMV A; 2ZOC A; 3USW A; 2M38 A; 2L1C A; 5HE2 A; 2DHK A; 3CXB B; 4FHR B; 2ZHJ A; 3IVF A; 2Z13 A; 1HAK A; 4OSN A; 1RRP B; 2ZKM X; 4F7G A; 4K2P A; 2MWN B; 1XCG A; 5IRS A; 5J3Q A; 3KY9 A; 4HAY B; 3PVW A; 2QKL A; 3ZDT A; 2KIG A; 1W1G A; 1G5N A; 1WI1 A; 2J0J A; 2R0D A; 5D3V A; 4GNK B; 2HTH B; 4L6E A; 3V5W A; 1YCN A; 2GUM A; 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