The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
AIKLGRYGEDLLFYLYYMNGGDVLQLLAAVELFNRDWRYHKEERVWITRAPGMEPTMKTNTYERGTYYFFDCLNWRKVAKEFHLEYDKLEERPHLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Assembly of the not Module of the Human Ccr4-not Complex
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Gene regulation
|
| total genus |
19
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| structure length |
96
|
| sequence length |
96
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-08-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C0D B; 5FU7 B; 5FU6 C; 4BY6 C; 4C0D C; 4C0F A; 5FU7 C; 5FU6 B; 4BY6 B; 4C0G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AFZ C; 3QJY A; 2XMF A; 3CXC A; 2BE9 B; 4F17 A; 1YJN T; 1GBQ A; 2BZX A; 3JCM g; 3FIF A; 1SKU B; 2BIV A; 3CCM A; 4FYY B; 4DOW A; 1UEB A; 4A63 B; 2IIM A; 2HBW A; 4GLK A; 2DIL A; 4OVA A; 1X2K A; 3JCM X; 4F7U B; 2A37 A; 3IQL A; 3CCR T; 1YIJ A; 3KXT A; 4PJO B; 3CCM T; 1ZA1 B; 2L3P A; 4DBQ A; 4HKE A; 4QQG A; 4GBQ A; 1T0H A; 3ASK A; 2LNV A; 2RN8 A; 1O75 A; 2K6D A; 3GBQ A; 2CUB A; 2GNC A; 3I5R A; 1YNZ A; 1VIF A; 2F2V A; 1YIJ T; 4PFP A; 2XD0 A; 3D7S B; 4YTL A; 1VUB A; 1X27 A; 2KQW A; 5KYX B; 4C8Q A; 1VQ5 Q; 1SG5 A; 4RUG A; 1HYO A; 1XQH A; 2KT8 A; 1VQ4 A; 1TXQ A; 4RG2 A; 2DRK A; 2KMT A; 3H0H A; 3BE3 A; 3SFM A; 4D8K A; 3OYD A; 4BUG A; 1HD3 A; 1KQ1 A; 2EQK A; 3NMZ C; 1W2B A; 2O4X A; 2RQV A; 1VIE A; 5DM7 R; 2E5K A; 3BW1 A; 2KYB A; 1QWE A; 1VQ4 T; 3V8J A; 4O6J A; 2VV5 A; 1QCO A; 4HCC A; 1W4S A; 4ME7 A; 1AD5 A; 1PCX A; 4ZGE B; 3QZ9 B; 3H6Z A; 4M78 C; 1IO6 A; 5LJ3 d; 1Q95 G; 9ATC B; 4PJO A; 3CCJ A; 1XOV A; 2XI9 A; 5D7U A; 1VQM A; 2P4R A; 4B9W A; 1KHI A; 5I22 A; 1ZQ1 A; 2QYZ A; 3MO8 A; 4MMK A; 5GAN g; 3I5S A; 3CD6 Q; 2DET A; 2W10 A; 4BDY A; 2QQB A; 1AWX A; 4NL3 A; 2NUP B; 3CCJ T; 5KYX A; 1VQM T; 1SSF A; 1OU8 A; 4X1V A; 1OQK A; 4A4G A; 2XHC A; 2CRE A; 2CP0 A; 2D9T A; 2RI5 A; 3HFO A; 4E7L A; 2DF6 A; 3LYI A; 1BIA A; 2DL4 A; 3CME Q; 1M3A A; 5GAO m; 4M7D G; 3CMA A; 2IVW A; 2ZPI B; 5GAN 2; 4B6M A; 3UA6 A; 2KY9 A; 4M4Z A; 4KGZ B; 5M9O A; 3MET A; 1YP5 A; 4ORZ A; 3CEY A; 4JRK A; 1MND A; 1QKW A; 1Q82 R; 4DBF A; 4E7J A; 1WHG A; 5IXF A; 1DJ7 B; 1Y07 A; 1F1B B; 5GAM j; 2ED1 A; 4QVD A; 1K9M U; 2JNG A; 3CPF A; 3M0R A; 2J05 A; 2DIG A; 1RAE B; 1OPL A; 1I0C A; 1NJI U; 4M7D D; 3OY9 A; 1MMA A; 4JJB A; 5GAO l; 2YUP A; 3HPW A; 2X4W A; 3F70 A; 1WHL A; 4KH0 B; 1MV3 A; 2JMA A; 2LCL A; 4LDV A; 2ZPF B; 2RJF A; 4PNO A; 4OMQ A; 4KUD K; 2MWO A; 2O9S A; 3M58 A; 3P8B B; 1PRM C; 2DEU A; 4RTX A; 4EIK A; 1VQL A; 4J83 A; 2L3R A; 3JSC A; 1RI0 A; 3M59 A; 5GAN d; 2E3H A; 3MKD A; 1WDX A; 1X2Q A; 1YWO A; 3LGF A; 4C92 A; 2P4T A; 1I5L A; 1JEG A; 2QG9 B; 5ECA A; 1KIK A; 3P8H A; 1BI0 A; 4QVC A; 1VQL T; 1NE8 A; 5HCK A; 1BI1 A; 2YXY A; 4Q5W A; 2OTJ Q; 3M55 A; 3S6W A; 3BDU A; 1AWW A; 4FT4 A; 4N0A A; 4HVU A; 4J5Y A; 4ZNX A; 2FRW A; 1XNI A; 1FX7 A; 1BI2 A; 4NL2 A; 3PGG A; 1R77 A; 1RAD B; 2RQT A; 3OYI A; 1G8X A; 4N4G A; 1UDL A; 1QW1 A; 2VUB A; 2JJ9 A; 3CBO A; 4OB2 B; 2K79 A; 2OI3 A; 1PHT A; 1ZUY A; 1SEM A; 2K5F A; 3EG1 A; 2R58 A; 1OU9 A; 2COW A; 4CC7 A; 2DBM A; 3G6E Q; 1D0X A; 1NYF A; 1VQ8 A; 2FPD A; 5A2Q E; 1WLP B; 3NTH A; 1WJR A; 1D3B B; 1NPP A; 2GBQ A; 4M7A E; 1VQ9 T; 2LQ8 A; 2HNI A; 1S72 Q; 1Q81 R; 1RUW A; 3LLR A; 2CP7 A; 3EG0 A; 3EAE A; 3MJX A; 3OSS C; 2RA2 A; 4GLM A; 1RAG B; 4E2F B; 2E3I A; 1VQ8 T; 1KFZ A; 3VS2 A; 1FMK A; 3LX7 A; 2JVV A; 4CC3 A; 3CCV A; 1ZA2 B; 5CKB A; 1BCO A; 1X6O A; 2NYS A; 3TCJ A; 1YJW A; 2HD0 A; 2OJ2 A; 4LN2 A; 1YIT A; 4JPB W; 4II1 A; 2QTV A; 4XTX A; 3J81 E; 3CC7 T; 1W6X A; 2DD4 A; 1BIB A; 1Y57 A; 1JBM A; 2LTO A; 1UFF A; 2E64 A; 5LJ5 f; 4LDY A; 3CCV T; 1M1K R; 3QYH B; 3A8M B; 4WTO B; 3OB9 A; 1YJW T; 1ZSZ C; 1YIT T; 3V8K A; 2X9H A; 2QAZ A; 1TWB A; 2EYY A; 2L3Q A; 3MEA A; 2DAQ A; 4F04 B; 4ZGD B; 2COY A; 2QDL A; 2O31 A; 3ER0 A; 3MHX A; 1MV0 B; 4M7D B; 1TG0 A; 2WAC A; 3SWN B; 3QKJ A; 4Z8A A; 3VUZ A; 2XDB A; 2VB6 A; 1PSE A; 2DTO A; 2YUO A; 4Y28 E; 1D3B A; 2NWM A; 2A0F B; 3JCM c; 2FG0 A; 3OW2 S; 1S1N A; 3EHR A; 1NG2 A; 1AZE A; 2H3E B; 2OTL Q; 3V7R A; 3PIP A; 2L8D A; 4JDS A; 5KYN A; 1K73 R; 3CCL T; 2QQS A; 1XTD A; 2G6F X; 4PKC C; 2NUT A; 4J9I A; 5I2M A; 2V8I A; 1Q82 U; 1U5S A; 4M78 F; 3VKI A; 2XIC A; 4JS4 A; 4KGV B; 1UB4 A; 2FVU A; 2DTH A; 2LQW A; 3TSW A; 4BAC A; 1K9A A; 3V7C A; 5GAM e; 2GFA A; 4BY6 B; 2F5K A; 3CBP A; 2EGA A; 1WJS A; 2AHJ B; 5CKH A; 3M4G A; 3X25 B; 1QVP A; 1ZX6 A; 1YCS B; 4A54 A; 2ED0 A; 4ATO A; 4PLL A; 5KYY B; 3EGU A; 3QO3 A; 2JTM A; 2GQI A; 2HQE A; 3DB3 A; 3DB4 A; 4OMN A; 4O5V A; 2PNI A; 4HVW A; 4PFZ A; 2DJQ A; 5GMK h; 4LUD A; 2DIQ A; 3LH5 A; 1QVG A; 1LJO A; 1RAH B; 2QXF A; 1VQK Q; 3PE0 A; 2E70 A; 2QGF B; 3OW2 P; 3EH2 A; 1MMG A; 2E12 A; 1Z9Q A; 3SWN A; 2Y4X A; 1U8R A; 3H0F A; 3H9N A; 4A53 A; 2YLB A; 5LJ5 j; 1IB8 A; 2DXU A; 4FW2 A; 1ZUK A; 1SHG A; 2DNU A; 4OMO A; 1YI2 Q; 4FT2 A; 3PT9 A; 2MK5 A; 4M75 G; 3REB B; 1B3Q A; 2J6F A; 1D0Z A; 3QXE B; 1SRM A; 2K2V A; 3M9Q A; 3QZ5 B; 4PJN A; 3CCE T; 2I0N A; 3JCM f; 4RKU E; 1OX9 A; 1RLQ C; 4FYW B; 4CC2 A; 4M7A B; 2IG0 A; 2VGN A; 4N4H A; 4L6V 5; 3OBY A; 4M75 E; 3OYL A; 2VYT A; 1CKA A; 5CKD A; 5CQX A; 4PJM A; 2CYZ B; 3BDL A; 2DZ9 A; 5KYY A; 2VC8 A; 2V8J A; 1PWT A; 1YJ9 Q; 3EGD B; 2AIR B; 2ZCF B; 1Q81 U; 2EBP A; 2ZZD A; 5GAN 8; 2LJ0 A; 3RDV A; 2HSP A; 5KH6 A; 4C8Q F; 2QQ9 A; 3NTK A; 4J9G A; 1GCQ C; 1JO8 A; 1JRI A; 3OMC A; 3J80 E; 2J6O A; 1VOM A; 3A5Z B; 3BFM A; 3GNF B; 1U06 A; 2WSF E; 2E6Z A; 2E65 A; 4IKF A; 3L2V A; 5KCH A; 4C5G A; 4QQD A; 2D0Q B; 2HMA A; 2FB7 A; 4OML A; 1QVF A; 4FW1 A; 3JAM E; 1M1K U; 3MEV A; 3SB2 A; 4JRQ A; 1VQ5 A; 2XDD A; 1JJ2 S; 1CKB A; 1NBE B; 4UC4 A; 1YHQ A; 4IUR A; 4M7A A; 1EX4 A; 4C92 G; 3PTA A; 2R57 A; 4HT9 A; 3R6O A; 4M77 G; 3EFS A; 3OA6 A; 3SEM A; 4F7U F; 2V1R A; 5IH2 A; 5AYF A; 4PJO F; 1D1A A; 2E4H A; 1B07 A; 1VQ5 T; 1WIE A; 3DKM A; 1N8R R; 4M77 E; 2QEX Q; 1JXO A; 3R6N A; 1M90 C; 2KRO A; 3EGD A; 4C5H A; 4LE9 A; 2FZG B; 3OYB A; 1K73 U; 4C92 D; 5LJ3 g; 4NOY A; 5LJ5 h; 3OYJ A; 1VQ6 A; 1YFN A; 2FPF A; 1M8M A; 3CCR A; 4R56 A; 6AT1 B; 3CCQ A; 4XK8 E; 4JRI A; 5FU6 B; 3SDZ A; 2KNB B; 5IHI A; 4MML A; 1GXI E; 1NLP C; 2D0N A; 1JJ2 P; 3M56 A; 3OS1 A; 1WI7 A; 2DM1 A; 4A4F A; 3JCM b; 1WQ7 A; 1VQ6 T; 4FCY A; 1Q86 R; 1B7T A; 2RJD A; 3CCQ T; 2EPD A; 1IXD A; 2DEQ A; 4AFS C; 4Y91 A; 4LUE A; 3I55 Q; 2WSE E; 4FYX B; 1R8O B; 5KE3 A; 3CD6 T; 4HA8 A; 2BZ8 A; 8AT1 B; 1MHN A; 2AZS A; 4QKU A; 4JZ4 A; 3FEO A; 2AK5 A; 1AZG B; 3BY7 A; 2PVO B; 1VQP A; 1I8F A; 1TS9 A; 5KCO A; 4IUP A; 4E7K A; 1V76 A; 2C0I A; 4M75 B; 2K57 A; 5GAM f; 2CH4 W; 1OPK A; 2JS0 A; 5IXB A; 1G83 A; 4D6W A; 5LJ5 e; 3OYK A; 3HSB A; 2KRS A; 3CME T; 1AWJ A; 4RCC A; 1J3T A; 4J7F A; 1VQP T; 5AT1 B; 1GFD A; 4XTU A; 3OS5 A; 2ZPB B; 1NM7 A; 4OMF B; 1KC8 R; 2K5I A; 2V26 A; 5HY6 A; 1K8A R; 2J7I A; 3A8O B; 1AHJ B; 1PSF A; 1ZBX A; 4EMH A; 3H8Z A; 5GAN 7; 3M53 A; 1ABO A; 2DK3 A; 1LNX A; 4IUU A; 3CC4 Q; 3G71 A; 4OMM A; 2K4Y A; 3P8D A; 5GAN j; 4AFQ C; 3J7A F; 2DYI A; 1TTH B; 2MYS A; 1X43 A; 2EJ9 A; 4X9D A; 1YJN Q; 2X3W D; 1YBY A; 1UGQ B; 1R0B G; 2PVD B; 3LWI A; 2BUD A; 2RHZ A; 4IIM A; 4DOV A; 1VQ7 Q; 4J9F A; 1QP2 A; 3TSZ A; 5CK9 A; 2PU9 B; 3VYG A; 2CZ6 B; 2IPO B; 3LWH A; 1N9R A; 3G71 T; 1QKX A; 1VQN A; 2LP5 A; 4WCI A; 4DBH A; 3CQT A; 3HP9 A; 1XJW B; 2YRV A; 1D09 B; 1ZUU A; 2DL5 A; 2FHD A; 3E9F A; 3JCM h; 2OTJ A; 4OGE A; 4M75 A; 2KXD A; 2JMC A; 2QI2 A; 2Z0W A; 4J8O A; 2EFI A; 3E9G A; 5A0L A; 1NLO C; 4XTY A; 2XU8 A; 3C94 A; 1VQN T; 4C92 B; 2EQJ A; 2B86 A; 4OB3 B; 4OMP A; 1NYG A; 4M77 B; 4PK4 A; 4AMC A; 1YIJ Q; 2OTJ T; 1IHW A; 3OMG A; 2RI2 A; 3INZ A; 4XTV A; 1OV3 A; 1SF9 A; 3LGL A; 2DE0 X; 4EMK A; 3MCA B; 5KYU B; 1D0Y A; 5J39 A; 4C0D B; 2L5Q A; 4IIO A; 3U23 A; 3RKY A; 1K9M C; 2RQW A; 1RI9 A; 2H8H A; 2HDA A; 1NJI C; 1S72 A; 1N8R U; 5A0G A; 1BYM A; 2EQM A; 2R5A A; 1R0C B; 4KBM B; 2DL7 A; 1M8V A; 1ZSZ A; 1SRL A; 5IHN A; 3HHT B; 3X24 B; 2BKD N; 2SRC A; 3EFR A; 3UDC A; 5KYW B; 4KGX B; 3JCM e; 4PFO A; 1N5Z A; 1M9S A; 1S72 T; 5IHK A; 4XTZ A; 2HQH A; 1Y7X A; 3JB9 I; 1VYT A; 1VQO A; 1K1Z A; 3I56 A; 2M0Y A; 5I2S A; 1TOV A; 4FSX A; 3THK A; 3QDF A; 4LDU A; 2DA9 A; 2LX7 A; 1WJQ A; 2HL3 A; 2DYB A; 2F2X A; 4LD9 K; 4JJN K; 2XG8 D; 4C8Q C; 2E5Q A; 2ZAE A; 3FC3 A; 2EYX A; 4J6Y A; 4A4E A; 1C1A A; 1VQO T; 1WHJ A; 1Q86 U; 3I56 T; 2RHU A; 2LT4 A; 3MP1 A; 1ABQ A; 4M77 A; 4X34 A; 5HK3 A; 1G5V A; 1N27 A; 3LW5 E; 2RHX A; 4RTW A; 1VA7 A; 1AT1 B; 4QW2 A; 2ROL A; 1VQM Q; 2D1X A; 3OYG A; 4LDW A; 4Y92 A; 5KYU A; 1O9S A; 2LQK A; 2GFU A; 4HCZ A; 1NEB A; 2FYK A; 2RK1 A; 4LXC A; 3X26 B; 3M5A A; 3QBY A; 2OTL A; 1VQ9 A; 2ECZ A; 2CGH A; 2JM9 A; 1HXD A; 2ABL A; 1BBZ A; 1OZ3 A; 2CZ7 B; 4M7A G; 4R0K A; 4RG8 A; 1TUD A; 3GOX A; 4RTY A; 2ENM A; 2Y90 A; 1WXU A; 2CUD A; 2EWN A; 4QQ6 A; 1V1C A; 1EZZ B; 2F2W A; 5KYW A; 1KD1 R; 3V7S A; 4PJO C; 2W0Z A; 2LCS A; 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2J06 A; 4FYV B; 4CC4 B; 2GTJ A; 4C0G A; 1I1J A; 2X4Y A; 1M30 A; 1M3C A; 2M02 A; 3EG2 A; 3MEW A; 1NEG A; 2EGE A; 3JCM J; 2EW3 A; 3OYC A; 3NTI A; 1QCN A; 2DTI A; 2LQN A; 2LC4 A; 2X35 A; 2VAS A; 4LNP A; 1I4K 1; 1YJ9 T; 3C4S A; 1VQ8 Q; 4C8Q E; 5FRM A; 1T0J A; 2DBK A; 3OW2 A; 2M0O A; 2ATC B; 2LJ3 A; 2P0Q A; 1B34 B; 2RHY A; 4IUT A; 3H0I A; 4C5E A; 2CKK A; 4BD3 A; 2YT6 A; 1KQS S; 3WVE B; 1OUL A; 4CI0 C; 2D8H A; 4P5N A; 5CO7 A; 1AVZ C; 3CCS Q; 2JTF A; 4E7H A; 4JLI A; 2JTE A; 2ESW A; 2KEA A; 3CCE A; 4IUQ A; 3CC2 A; 5GJV B; 1YJW Q; 1E6G A; 1YIT Q; 4J9E A; 3JRZ A; 4C5I A; 2R5M A; 1GRI A; 2C0O A; 4BE2 A; 5LJ3 f; 1MMD A; 4F7U E; 1FMW A; 3VS3 A; 2RK2 A; 3CC2 T; 3QDR B; 4PJO E; 1VYU A; 2PUK B; 3RUX A; 5CQY A; 4FL6 A; 5DLO A; 2E6N A; 2J6K A; 3JB9 G; 2QDY B; 4HCB A; 1UJ0 A; 1M3B A; 2LRQ A; 1U1T A; 3RIR A; 3RBB B; 1KQS P; 1KD1 U; 4EMG A; 4MZT A; 1Q81 C; 4M75 D; 1UGV A; 3WXM B; 2DMO A; 3RES A; 4A4H A; 3OYA A; 4VUB A; 1B34 A; 2HCK A; 1KJW A; 3UAT A; 3UF4 A; 1FXX A; 5GAO r; 1Y0M A; 3PVL A; 3JB9 D; 1HSQ A; 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