The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
90
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structure length |
90
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Chain Sequence |
TVEFYQRLSTETLFFIFYYLEGTKAQYLAAKALKKQSWRFHTKYMMWFQRHEEPKTITDEFEQGTYIYFDYEKWGQRKKEGFTFEYRYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Assembly of the not Module of the Human Ccr4-not Complex
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Gene regulation
|
| total genus |
17
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| structure length |
90
|
| sequence length |
90
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-08-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FU6 B; 4C0F A; 4BY6 B; 5FU7 B; 4C0D C; 4C0G A; 5FU6 C; 4C0D B; 4BY6 C; 5FU7 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MND A; 4ZN1 A; 3CCJ Q; 4KRT A; 2SRC A; 4FIB A; 5A2Q E; 2BTT A; 3OBY A; 4JJD A; 4MZP A; 3LLR A; 1B7T A; 3RUX A; 2V1Q A; 1FWZ A; 1YJW A; 2X4X A; 1HD3 A; 3I5S A; 2MIO A; 4WTO B; 1K9M U; 1RAA B; 2W0Z A; 4M77 C; 4F14 A; 2CDT A; 1P92 A; 4BY6 B; 1ZUU A; 3G6E Q; 2XDP A; 1X27 A; 1AZG B; 5J39 A; 5D6Y A; 1Q95 G; 1LNX A; 1XTD A; 4UC4 A; 1E6H A; 2WSC E; 4EIK A; 2DKG A; 3M58 A; 3WXM B; 1BB9 A; 1D3B A; 4E7I A; 2JOY A; 1VIF A; 5I2M A; 4Q5W A; 2RQT A; 1NZ9 A; 2D8J A; 4E2F B; 1CSK A; 2QQB A; 3JB9 H; 1VQ5 T; 5AT1 B; 1SG5 A; 3QPH A; 3QWY A; 4AFS C; 2KRS A; 1JO8 A; 5D6X A; 3QYH B; 3CMA A; 4D6W A; 1Z9Q A; 4CRI A; 2DRM A; 4XTW A; 3C95 A; 4X1V A; 1I8F A; 1H3Z A; 2RPN A; 2GCX A; 4Z89 A; 2VC8 A; 4XTY A; 5FW9 A; 2DZC A; 5A0L A; 2DL4 A; 3HFO A; 4NL3 A; 1IZ6 A; 1SHF A; 1OI1 A; 4JRK A; 1IO6 A; 1QP3 A; 1ZBJ A; 3J7A F; 2IIM A; 1U5S A; 1I4K 1; 4XTZ A; 1VQ8 A; 2EYX A; 1ZA2 B; 2DL3 A; 4RTW A; 4GLM A; 2L3P A; 2RN8 A; 2COW A; 1GCQ A; 3SWN C; 1NLO C; 1VUB A; 2QEX A; 4B9X A; 3JCM b; 4DBR A; 1KIK A; 4QQ6 A; 4FU6 A; 1YCY A; 2KAF A; 1M3B A; 1N8R U; 3FJP A; 2ZAE A; 1WYX A; 2QXF A; 4C92 G; 3EFO B; 1KSW A; 4JJC A; 2G6F X; 2WSE E; 2H8H A; 4IIM A; 1VQ7 A; 2LNH B; 4X9C A; 2Y4Y A; 2NLU A; 1G5V A; 3M54 A; 4OP0 A; 4KUD K; 1G3S A; 1BI0 A; 2EVR A; 3H41 A; 3I55 A; 1KD1 R; 2E41 A; 2DXU A; 3QXE B; 3CMA T; 1QVF P; 1K8A U; 1MUZ A; 1UG1 A; 4NOY A; 1M1K R; 5A0G A; 4M75 F; 1PRM C; 4C8Q A; 4OML A; 5KYW B; 4IUQ A; 2A36 A; 5FU6 C; 5CK9 A; 3VRZ A; 4KUL A; 4C8Q E; 2BIV A; 2J6O A; 2K5I A; 3RIR A; 3GBQ A; 4JRQ A; 2RJF A; 1M90 U; 2VUB A; 3WVE B; 2VGM A; 3NPF A; 2J6K A; 3VUB A; 2LMJ A; 5HY6 A; 1YP5 A; 5I22 A; 1W4S A; 3E19 A; 4FT4 A; 1TUG B; 2VKN A; 5IXF A; 1GFD A; 1TOV A; 2QEX T; 2OX7 A; 1WZO A; 4CC4 B; 1T3L A; 4M7D D; 2HKQ B; 1SHG A; 4N4H A; 5KCO A; 3EGU A; 1X6B A; 4RTV A; 5EC7 A; 4C5G A; 1OPL A; 2DJQ A; 4XTX A; 2DVJ A; 1IHV A; 1VQ7 T; 3OW2 S; 3BY7 A; 2RD1 A; 3TSZ A; 3NHN A; 1NYF A; 1UTI A; 1AWX A; 4EDU A; 2QGG A; 2L89 A; 2GF7 A; 2NUP B; 4MZT A; 1W2B A; 3CMA Q; 1QW1 A; 2F69 A; 4DOW A; 3CPW A; 3C12 A; 1X2Q A; 2J06 A; 1PC0 A; 1O9S A; 2EJ9 A; 2O9S A; 3RMQ A; 1W1F A; 5GMK e; 1Y57 A; 4KGX B; 5LJ5 h; 3I5R A; 2LX9 A; 1WHG A; 2GBQ A; 3IQL A; 3H0I A; 4OMM A; 2HQX A; 3OYB A; 1QLY A; 4DBQ A; 1IHW A; 3ZBD A; 4DEX A; 2XID A; 1R0C B; 2A28 A; 2KY9 A; 2QEX Q; 1RI0 A; 1QCO A; 3CCU A; 4M7A G; 2MAM A; 4CI0 C; 3OQ5 A; 4BI8 B; 3MJX A; 4EMK A; 1OZ2 A; 4FYW B; 2QQS A; 1X6G A; 1A0N B; 3DB4 A; 2JXB A; 1VQ7 Q; 1F1B B; 1GXI E; 4FW2 A; 5LJ3 j; 3PNW C; 2VB6 A; 2KSS A; 1X01 A; 5IHK A; 3HP9 A; 3JCM J; 1D3B B; 1KC8 R; 2C0I A; 1NPR A; 4AT1 B; 1RAC B; 1TUD A; 2KT1 A; 4QT7 A; 4BE0 A; 4J9D A; 1VQ4 A; 3H6Z A; 2MCN A; 1FYN A; 4XTV A; 4M78 F; 4M7A C; 2NUZ A; 2J7I A; 5LJ3 h; 4M77 F; 2CP7 A; 2M1H A; 2CRE A; 2DX1 A; 2ROL A; 3GNG A; 4C5E A; 4II1 A; 2XK0 A; 1M1K C; 2ESW A; 4RTY A; 3OYJ A; 2RHX A; 3L2W A; 4E47 A; 1QVP A; 4OVA A; 4KT0 E; 2AKL A; 1OU9 A; 4C5I A; 2ED0 A; 3OW2 P; 2JTE A; 3JV3 A; 3VRY A; 3CCV A; 3CCU T; 1NPP A; 2FVU A; 2JM8 A; 2K79 A; 5LJ5 f; 3OB9 A; 2ZGW A; 2C0O A; 3HRS A; 4PJM A; 1NJI R; 1VQ6 A; 4RTZ A; 4FYV B; 1B34 A; 3E1S A; 4PJJ A; 2DF6 A; 1SEM A; 3M0U A; 2K9G A; 3DKM A; 1MGQ A; 5GAN 3; 3G4S T; 2K5L A; 4A4K A; 4JS4 A; 1MMN A; 5KCH A; 3SEM A; 5FRN A; 2XG8 D; 2JMA A; 1YNZ A; 2HD0 A; 1LJO A; 2DL8 A; 2HQE A; 2KQW A; 4L59 A; 1MV0 B; 5C0M A; 5D7U A; 3EGD A; 2A37 A; 1WI7 A; 2LT1 A; 1VQM A; 1H3H A; 1AT1 B; 4BI3 A; 5CR2 A; 2L3S A; 3RKY A; 4BDZ A; 4GBQ A; 2EWN A; 1VQK A; 2OI3 A; 5LJ5 e; 1QCN A; 1VIE A; 3TCJ A; 1GL5 A; 4XU0 A; 2FPE A; 3VS5 A; 1WXB A; 1QCF A; 3EH1 A; 3OYC A; 3JB9 J; 1H8K A; 4C8Q B; 4J7F A; 4J9B A; 3URG A; 4BY6 C; 2DM1 A; 4Z88 A; 5GAN 8; 2LCC A; 3OYD A; 2GNC A; 2FRY A; 3ME9 A; 1T3S A; 2FRW A; 3EH2 A; 4KGV B; 2RJC A; 1OOT A; 3CCV T; 1JXO A; 3EHR A; 3CCU Q; 1TU0 B; 2YDL A; 4D8K A; 3VS2 A; 1TXQ A; 4IUU A; 2M02 A; 2ZPE B; 2KRO A; 1LOJ A; 1R8O B; 1RAB B; 3HSB A; 2P4R A; 2EQK A; 1G83 A; 4BDY A; 3QG1 A; 3T9N A; 1VQL T; 2PUO B; 2E5K A; 3G4S Q; 1Y07 A; 4ANJ A; 2QA4 A; 1NBE B; 2FG0 A; 4F04 B; 3M5A A; 2JM9 A; 4AFU C; 1ABQ A; 3QKJ A; 1YBY A; 2E12 A; 3H0H A; 1N5Z A; 3L2Q A; 1Q81 R; 2IPO B; 1VQM T; 3JCM h; 1WJR A; 4J9H A; 2HZY A; 3OS0 A; 3CCQ T; 4EPC A; 3MP8 A; 1Q82 C; 1VQK T; 3OMC A; 3MEV A; 3LW5 E; 3TU4 K; 3CCM A; 3GP8 A; 1I1J A; 2G3R A; 4JLI A; 2EYZ A; 2QG9 B; 2XD0 A; 3R6O A; 5IHI A; 3CC7 A; 4PJO A; 4M75 A; 4IKF A; 2DIQ A; 5HK0 A; 2V8I A; 5GAN d; 4PNO A; 4M75 E; 1NEB A; 4J9F A; 4O5V A; 3CCV Q; 2QGF B; 2EQU A; 3BFM A; 1VYV A; 5KE3 A; 2EFI A; 3X26 B; 1WHM A; 5L8R E; 1IRX A; 1C6V X; 5FWC A; 2DEU A; 2OJ2 A; 3LWH A; 3QZ5 B; 2K2M A; 1VQL Q; 3FJ5 A; 3SHW A; 3CCL T; 3OYY A; 1RAF B; 4HVV A; 2EPD A; 4EMK B; 1JU5 C; 2K5F A; 1OV3 A; 2LC4 A; 3EFS A; 2LJ0 A; 2AZV A; 3PIP A; 3CCE A; 2ATC B; 4Z02 A; 1NJI C; 1UE9 A; 2K3B A; 1X2K A; 2LVM A; 3M0T A; 1VQM Q; 2JZ2 A; 3OYM A; 2DL5 A; 2VVK A; 2ZCF B; 1V1C A; 2FB7 A; 2RHZ A; 3M4G A; 4BE2 A; 3P8D A; 3CC2 A; 5GAN g; 2FHD A; 1PRL C; 1VQK Q; 3G7Z A; 2HBW A; 1NLP C; 4OB3 B; 4R55 A; 1LVK A; 1VQO A; 2KYM A; 1NE8 A; 3CC7 T; 2DD5 A; 4C0D C; 4IIO A; 1M3C A; 3RKW A; 3G71 T; 2DYI A; 3M59 A; 1WFW A; 4LE9 A; 4JJN K; 1OYX A; 4LUD A; 2HEQ A; 2DD4 A; 2EYW A; 4ZGD B; 2D0Q B; 1M2V A; 2RHY A; 3JCM f; 1UEC A; 1PHT A; 4Y92 A; 2ED1 A; 2JS2 A; 2QTV A; 1KHI A; 4M7D F; 1X43 A; 1Q7Y U; 3EFR A; 4ME7 A; 4ZNX A; 1ZUY A; 3CCL Q; 1JXM A; 4JUV A; 1U1T A; 4QQG A; 3PT9 A; 1B34 B; 2KR3 A; 4DOV A; 3JCM X; 3JCM e; 2X4Y A; 3L1A A; 4QKU A; 3KFV A; 5FLX E; 5CAI A; 1I0C A; 4OMN A; 4E7J A; 4DBH A; 2YSQ A; 4RG2 A; 3CCM Q; 2YT6 A; 5IN1 A; 2MI6 A; 1MMG A; 3EGD B; 1VQ9 T; 1KJW A; 3CC7 Q; 2KBT A; 4M78 A; 1TS9 A; 2KNB B; 2KE9 A; 1QVF S; 1G8X A; 3GF5 A; 3G71 Q; 2K57 A; 1Q81 C; 3FIF A; 5GAN 2; 2CZ7 B; 4M78 E; 3ASK A; 4M77 A; 2KYB A; 2QTX A; 3A5Z B; 1KQS P; 1YJ9 A; 1S72 T; 1JEG A; 1SSF A; 2LT4 A; 2RQW A; 5I11 A; 4M77 E; 3ZL7 C; 1K9M R; 1QWF A; 4FSS A; 1E7O A; 2BKD N; 5GJW B; 2LJ1 A; 2VXE A; 1AD5 A; 2DXT A; 4GLK A; 2L5Q A; 3HTR A; 2E64 A; 3EG2 A; 1I5O B; 1XNI A; 4PLL A; 1MMA A; 4E7K A; 3I9Q A; 1V29 B; 5M9O A; 3MET A; 4PFP A; 3CCE Q; 2DPP B; 3X25 B; 4C92 D; 1ZHI A; 1UB4 A; 2FO0 A; 2EYY A; 2E10 A; 1ZA1 B; 1IGU A; 2KRM A; 4XU1 A; 1AWO A; 3A8O B; 4JS5 A; 2QQA A; 2CYZ B; 3CC2 Q; 4DQ2 A; 1WXU A; 3U23 A; 1I81 A; 1GRI A; 1VQO Q; 1YJW T; 3CD6 A; 3BDL A; 4XU2 A; 1Q86 U; 1VQ9 Q; 2XU8 A; 3SB2 A; 2V8K A; 2J05 A; 2W10 A; 2O01 E; 3PMI A; 2KT8 A; 4N0A A; 1WXT A; 1XQH A; 2HQH A; 1G3T A; 1S72 Q; 3QJY A; 4PJO B; 4M75 B; 3V8L A; 2YUQ A; 4OMP A; 3M0P A; 1AZE A; 1GCQ C; 3JB9 I; 4C8Q G; 5GAN 5; 4CC2 A; 3CXC S; 4A54 A; 4AG2 C; 3RES A; 2BE9 B; 5GMK i; 1N8R R; 2VXF A; 3OW2 A; 2XDD A; 4J83 A; 1VQP A; 2M0O A; 3H8Z A; 3HFN A; 2F1L A; 1M1K U; 2CS7 A; 2CH4 A; 3VS1 A; 1Y7X A; 1UUE A; 3CD6 T; 3S3N A; 1YJW Q; 2ECZ A; 4C92 C; 3GOX A; 4J6X A; 3M57 A; 2KK4 A; 4B9W A; 1K8A R; 3VYH B; 4C8Q C; 3GPL A; 5IT9 E; 2RQR A; 3V7C A; 1BIB A; 1VQ8 T; 2RB6 A; 2DTI A; 3EGX A; 1N27 A; 1HYO A; 4CC3 A; 2QYZ A; 4E6R A; 3I56 A; 2QDL A; 1JQQ A; 1ARK A; 4OB1 B; 3JRZ A; 4XTU A; 1RUW A; 3A8H B; 2B86 A; 2GTO A; 4Z8A A; 1M90 R; 2COZ A; 2PNI A; 1M2V B; 1PG5 B; 4HVU A; 4KBM B; 4KGZ B; 1KQ1 A; 4F7U F; 2GTJ A; 5FRO A; 4RMO A; 4N4G A; 1PSE A; 1WJS A; 1KG1 A; 4M7A D; 4FCY A; 2KMT A; 2BE7 D; 3OYH A; 4A4E A; 3I55 T; 1K9M C; 1TUC A; 1OU8 A; 4PJL A; 1XOV A; 3VUZ A; 2EQM A; 5FU7 B; 2DER A; 1VQP T; 3RKX A; 3TVT A; 2MPX C; 3L2R A; 2E3I A; 2LTO A; 2PVO B; 1K73 U; 2EW3 A; 3RER A; 1RAH B; 2X4J A; 1YIJ A; 2P84 A; 1T0J A; 2CSI A; 4QVD A; 3CD6 Q; 4MDX A; 2DXC A; 2R5A A; 1KK7 A; 1Y96 A; 3MP6 A; 3JCM V; 5KYU A; 4JZ3 A; 3Q1J A; 1QKX A; 1VQ8 Q; 1M27 C; 3CC4 A; 2A3L A; 1XJW B; 2HDA A; 3QYG B; 3NTI A; 2RA2 A; 3I56 T; 4QW2 A; 4PFO A; 4M78 B; 3UWN A; 3CXC P; 3JB9 G; 1G3W A; 4PLI A; 2GFA A; 2F5K A; 2YLB A; 2CT4 A; 4LDV A; 2ZPF B; 3OYF A; 1BCM A; 1WLP B; 4M77 B; 3WVD B; 3REB B; 2K2V A; 3QII A; 2EGA A; 4HCB A; 2MYS A; 4DA4 A; 3VS3 A; 1UDL A; 1WHL A; 2F2X A; 3M56 A; 3RDV A; 4EMK C; 1Q82 U; 2OTL A; 3I55 Q; 1HJD A; 1KFZ A; 4M7D A; 4KUI A; 4VUB A; 2O88 A; 1VQP Q; 3ER0 A; 4M7D E; 2R5M A; 2J6F A; 2LQW A; 2X3W D; 1EFN A; 2LP5 A; 1YIJ T; 4L6V 5; 2JW4 A; 3FDR A; 1M30 A; 1D1A A; 1KD1 C; 1EIF A; 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1BYM A; 3MEW A; 1VQ6 T; 3LH5 A; 4J9C A; 3OYG A; 1GBQ A; 3ULR B; 5DY9 A; 4HVW A; 5HK3 A; 5GAN j; 1YI2 T; 1W2B P; 2HSP A; 2OTL Q; 4FSX A; 2EGC A; 5GAO q; 1EZZ B; 4PJO G; 4M75 G; 2CZ6 B; 1VQ4 Q; 3C4S A; 2DNU A; 1M1F A; 4MDW A; 4HCZ A; 3MPU B; 3UAT A; 2L3Q A; 4RCB A; 2BUD A; 1AWJ A; 1QKW A; 1RAE B; 3N5B B; 5GAN h; 4LD6 A; 2P0K A; 2CP3 A; 2L8D A; 4LN2 A; 4C92 F; 2DE0 X; 4ELZ C; 5LJ3 e; 1BIA A; 4JPB W; 4OGC A; 1KC8 C; 4C8Q F; 4OMF B; 5GAM d; 3L2U A; 2C06 A; 3V8K A; 2EAY A; 2JMC A; 1UEB A; 4AFZ C; 3V7S A; 1Y96 B; 1LCK A; 3S3M A; 2GFU A; 4PJO C; 4M75 C; 5D6W A; 5C6S A; 5KYU B; 1WPY A; 4JJB A; 3UPU A; 3QDR B; 1VQ6 Q; 1GFC A; 2RMO A; 4ZN3 A; 1QP2 A; 5CKE A; 3O5Z A; 1KQS S; 4PK4 A; 4FM4 B; 2EYQ A; 3P8H A; 4X9D A; 1YI2 Q; 2D9T A; 2QA4 T; 1RI9 A; 2RNA A; 1FMW A; 4J5Y A; 2PQW A; 5DLQ E; 3VS6 A; 5GAN 4; 4F7U A; 1OUL A; 3L2V A; 1JJ2 S; 1PD1 A; 4A4H A; 1RAD B; 2FL7 A; 3OMG A; 3A8G B; 3OYK A; 3QHS A; 1D09 B; 3MO8 A; 4F7U E; 5GAM g; 1WDX A; 2RQU A; 2NYS A; 1U8R A; 1JB0 E; 2V1R A; 3HPW A; 2CKK A; 3VS7 A; 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