4CEAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceaA00
1DTTA 2GBZA 1TK5A 3NBPA 3NGYA 1Q8IA 4KI4A 4IBNA 2RKIA 4CF0A 4ZTJA 3VQ6A 4CF2A 5DK5A 4CJVA 2HVIA 3PV8A 1NK9A 4I9QA 2I5JA 4KHNA 3AVMA 3HL8A 3U3GA 1IKYA 4FLWA 3ZT0A 3THVA 1JKHA 1RT6A 4IKFA 1WSEA 1LWEA 4JS4A 4DQPA 1C0MA 4PA1A 4M3TA 1JL2A 3ZSQA 2G8KA 1VSHA 3SYZA 4DF4A 3HVTA 3NF7A 1YTAA 1B92A 1NK5A 3AA5X 1NJXA 4MQ3A 3IAYA 1I3AA 3AO3A 3NHGA 1LWFA 5J2PA 4C8OA 3QEXA 3SV3A 3K58A 4Y1CA 4E7KA 2F96A 3L3VA 4FM2A 4FJ9A 2O4IA 4CFDA 4DTXA 3V1OA 2YKMA 3G0ZA 1L5UA 1BHLA 1CZBA 3NF8A 3KK1A 4BE1A 4DSLA 4F8RA 2EHGA 5JS2A 4FJKA 2R7YA 1GOCA 1IKWA 1S6QA 3OJUA 1WSFA 3AVGA 3LWLA 4FLTA 4DFJA 3V4IA 2D5RA 3QIPA 4MFBA 4BWJA 1UA1A 4CGGA 3I8DA 4KV8A 1S1UA 1TKTA 3VQ7A 1RILA 5KI6A 4DG1A 1D9DA 4Q0BA 3ZSYA 2G8WA 3S3OA 1JLEA 1JLQA 5J1EA 4M3YA 4CJPA 3LZJA 1IO2A 3NH0A 3DRSA 3HSTB 2FBYA 2IGIA 1EXQA 4ID1A 1KLMA 4KTZA 3SQ2A 1U47A 3AVKA 3ZSVA 1WAFA 3VQAA 1NK0A 1RBUA 4ELUA 1RTJA 3HPGA 2Q3SA 3CFPA 1A5WA 1JXBA 3ZCMA 4CGIA 4GVMA 3MAQA 1T8EA 2XY5A 2E6LA 4RW8A 1KCFA 2QXFA 3S3MA 1ZYQA 3V9ZA 4PWDA 3ULDA 1VRTA 3CM6A 2HVHA 3G10A 1L3VA 3LP3A 3C94A 5KRTA 5D3GA 4CK2A 3DYAA 3T1AA 3OYFA 1FXXA 2VWJA 2YV0X 1S1TA 4CFBA 3L8BA 3D0PA 5I42A 1U49A 3S9HA 1VSDA 4FJ7A 1ZBLA 1Z25A 4CEBA 4W5TA 4FK4A 1JL1A 2HB5A 1IKXA 1J5OA 3S3NA 2B5JA 4Z4FA 4DU1A 4KI6A 4DU4A 4CJ4A 4CHZA 3K5NA 4E7HA 4H4OA 4OGEA 4N41A 5KTQA 4DU3A 2NUBA 4FJIA 4F3TA 4LSNA 2XRIA 3SCXA 4BWMA 2KZMA 3D45A 4HHTA 3LPTA 3L2VA 1Q9YA 3C95A 3O4NA 3KLFA 3HYFA 1QTMA 1HNIA 1S9EA 4E89A 4IDKA 4ZHRA 1NOYA 4KRFA 4O0JA 3AA2A 3LP2A 1TV6A 3QERA 1NKEA 4DS5A 4DTOA 3VQBA 3VQDA 2Z1JA 3DRRA 4CGFA 3AA3A 2DY4A 4DSKA 3HVRA 4CHQA 4M45A 4DSFA 3HXMA 4FZYA 2YNIA 3RMBA 4I2PA 1RDBA 4B9LA 1TL1A 1LW0A 4CJEA 4O44A 5CZ2A 4M3ZA 2XHBA 4CECA 4FJMA 4DTRA 4EZ6A 3OY9A 3CFRA 4FLZA 3AVJA 1X1PA 3DOKA 3JYTA 1BGXT 4CF9A 1TKZA 1BI4B 2OA8A 1X9WA 3RMCA 4RW7A 1QSSA 2X78A 3TR8A 3QESA 1CXQA 4DF8A 3AVNA 5SZTA 1Q9XA 1HPZA 1TKXA 1U4BA 1KSPA 4C8KA 3QLHA 3O4QA 4IFYA 4LY7A 2Z1HA 1D9FA 3CM5A 1KFDA 4BDPA 2BGGA 3ZSXA 3HPHA 5FROA 3WNHA 4OPKA 3ZSWA 4DS4A 1QSYA 5E41A 4CJRA 2PYJA 4QAGA 2F8TA 1CXUA 3QETA 4J2BA 4FJHA 3SZ2A 4OJRA 1A5XA 4CIEA 4RW9A 3KJVA 3O3HA 1NKCA 3SQ4A 2QK9A 4WE1A 4M41A 1TVRA 1RTDA 3RRGA 4HTUA 4FJJA 4QOZB 1HYZA 2DTUA 1UWBA 3P5JA 2HHVA 3ZSZA 4DTMA 3PY8A 3RMAA 4C8MA 4OLBA 4KTWA 4FJXA 3TAPA 1L3UA 3CFOA 5HP1A 3H08A 1RBSA 3V9WA 3MXIA 1UOCA 2F8SA 4CJKA 4FW2A 4H8KA 4DMNA 2ATQA 3ASMA 4H4MA 3EYZA 4JRPA 4FJLA 1VSIA 4I9LA 1JXEA 1KVCA 5HRRA 1R0AA 1KVBA 3LPUA 4CK1A 1UAXA 2YKNA 3C6TA 2VG5A 3MEDA 4HVJA 2P5OA 3KD1E 4PQUA 3KKSA 4BACA 1XI1A 1YTUA 1QHTA 3AA4A 4KKOA 3SQ0A 4CIFA 3TARA 4KO0A 4CEEA 1N5YA 2BDPA 3RR7A 1C1BA 4CIGA 4F2RA 3AVHA 4IFVA 2DFEA 4K8XA 1YT3A 4EP5A 3F9KA 5FRMA 2FBVA 2Z1GA 3NH1A 4B9TA 3SJJA 1IH7A 2ITGA 4NCAA 3SUQA 3DLBA 1VSJA 4DQSA 3KLEA 2BANA 1JLFA 2QKKA 3KTQA 3MXJA 4M3XA 3SUNA 2YNGA 4FXDA 5KRSA 2YNHA 4AHUA 4AHVA 1X9MA 3VA0A 4E7JA 4CJ3A 2AJQA 1WSGA 2Y1IA 1BCMA 5SWMA 1BQMA 3V6DA 1U45A 3QNOA 3NE6A 1BI4A 4PY5A 1RT3A 3WNGA 4CJ5A 4CHOA 2OZSA 2XY8A 3ZT2A 4CEFA 1SL0A 3PX4A 1T05A 4KREA 3IRXA 4AHRA 1WSHA 4HCCA 3LWMA 5J2QA 4FZZA 1J53A 1TGOA 1KFSA 4KB1A 2KW4A 3RTVA 1KVAA 3RRHA 4KFBA 2ETJA 5FDLA 4DTSA 4IG0A 3OYNA 5KGXA 4Z4HA 3SV4A 1SL2A 2P1JA 4ICLA 4R5PA 3NCIA 1LAVA 3QO9A 5EU7A 4CJFA 1S1VA 1EP4A 3LP1A 2A1SA 3V9SA 4Z4IA 1MU2A 1CZ9A 4W5OA 3TI0A 4CF8A 1EKEA 4AHCA 1JLGA 2BE2A 5DMRA 4UQGA 3OS2A 3TAGA 2G8IA 4CJTA 1S5JA 4ELTA 1EETA 3OJSA 5CY4A 4CHNA 1C0TA 3NAEA 1B9FA 3CG7A 4E7IA 1BQNA 4CFCA 5HRNA 4DFMA 4CHYA 1KRPA 1HYSA 3PX6A 2OPRA 1JLBA 3P1GA 3O3FA 3DMJA 1RT4A 1QQCA 3IS9A 4FYDA 4OLAA 4JLHA 4CE9A 4ID5A 2DFFA 1ASWA 2X6NA 3VQEA 4PUOA 1RBTA 4DFKA 3OVNA 3BDPA 4M3UA 3OYJA 5KGWA 4CCHA 3V1QA 1HRHA 1QSLA 1GOBA 1RT2A 1HQEA 4FJ5A 1ZBUA 2HHQA 1CLQA 3ISNC 3NDKA 4BE0A 5I3UA 3MEGA 1NK8A 4FJNA 4B8AB 4DTNA 3HP9A 4O5BA 3QEPA 3K5LA 1Z26A 3DLGA 3MECA 1VSKA 1TKDA 3QNNA 1TK8A 1BISA 1C1CA 2XY6A 3HK2A 1TAUA 3AO4A 3K57A 1LV5A 1K6YA 1XHXA 1SL1A 2G8UA 1IG9A 2HNDA 3B6PA 1BIZA 1XHZA 2HMIA 3PO5A 2GUIA 3AVLA 4KHWA 2D0AA 4BDZA 1UA0A 3LAMA 3LP0A 4CGDA 1VSMA 4DTUA 4HUGA 1SKRA 3M8PA 2VG6A 2JGUA 3IG1A 2IDOA 4FM1A 3MXMA 1U04A 4FLXA 4DFPA 3DOLA 1Y97A 2ZD1A 1WN7A 2KTQA 2FC0A 3TAFA 2XY7A 2G8HA 3KKRA 4LSLA 2W42A 4K8ZA 4QCLA 3QEIA 3SPZA 4FZXC 2Z1IA 2X6SA 3NF6A 3DLKA 3AVIA 3ALYA 1RTIA 4OVLA 3P83D 4CESA 4CFAA 3EZ5A 3V9XA 2XO7A 4FCYA 1HNVA 4F3OA 2HHWA 4GMJB 2ZQBA 3VQQA 4RW4A 1WNSA 1WSIA 2FBTA 2WONA 2IC3A 3RMDA 5HROA 5J2MA 1D5AA 2HHUA 5J2NA 3HM9A 2E6MA 3AVBA 3KLGA 1JLAA 3KK3A 4OGCA 1NOZA 2KFZA 4DQQA 3T3FA 3ZSRA 5CYMA 4E0DA 1G15A 5T7BA 4ZTFA 1BL3A 3PO4A 3M8SA 2KFNA 3SUPA 3V1RA 4FLVA 5C42A 4NCBA 1ITGA 3QIOA 2P5GA 3RWUA 1SUQA 3A2FA 3TAEA 1NK6A 2OPSA 3LAKA 3K2PA 4DSEA 4JRQA 4Z4CA 4G1QA 1WSJA 1NJYA 1SKSA 4JS5A 1RT7A 3SI6A 1L3TA 1XWLA 3L2RA 3OYCA 2KQ2A 4KPYA 1BIUA 4Z4EA 4M42A 1B9DA 1DTQA 2YHAA 3TAMA 4E7LA 2EX3A 1HYVA 3K5OA 4AHSA 3V9UA 1RBRA 4I7FA 4FLUA 2G8FA 4O0IA 3M8RA 3QEWA 1O1WA 1ZBHA 3AO1A 3QINA 1N6QA 3U3YA 4NCGA 1IKVA 3ZT3A 3L2QA 1SKWA 3KIOA 4CJUA 3HP6A 5HLFA 1C6VA 3ZT4A 1D8YA 4CEQA 4BE2A 1JLCA 4NYNA 3OYEA 3SUOA 3SQ1A 4N76A 4M3WA 4M3RA 2P51A 2ZE2A 4CERA 3JSMA 2PYLA 2HHSA 3DLEA 2RF2A 3OS1A 1NK4A 4C8LA 4CF1A 1W0HA 3AV9A 1QE1A 3L3UA 4Y1DA 2IOCA 4OKKA 4DQIA 4F2SA 1SV5A 1NJWA 2O4GA 5JS1A 3U6FA 3TANA 4CHPA 3OYAA 4B9VA 1WAJA 4AH9A 1FKPA 3OYHA 2PZSA 3B6OA 4FJ8A 1LAWA 3VN5A 3TAQA 2HW3A 3LZIA 4HUFA 4W5NA 2KZZA 4W5QA 3OYGA 3MEEA 4CEDA 4CJLA 3K59A 3RR8A 2OPPA 2PY5A 4KHQA 2GV9A 2D0BA 3OYLA 3KLHA 4CK3A 1T7PA 1F21A 3DM2A 3PX0A 2A1RA 5C24A 1X9SA 3VA3A 4XIUA 3NFAA 3K5MA 2YNFA 4N47A 4EP4A 4Q5VA 3CQ8A 3VQCA 3VQ5A 2HHTA 2DFHA 1WLJA 2RPIA 4CGJA 4J2EA 1I39A 3HJFA 3DLHA 4OKEA 3WNEA 4FW1A 1KLNA 1VSEA 3BGRA 2VG7A 4TSXA 4J2AA 5HRPA 1TK0A 2QKBA 1FKOA 3FFIA 1L3SA 3ZSOA 3NF9A 3OYKA 3F73A 4FK2A 3LDSA 4LH4A 1W9HA 4N5SA 4YNQA 1NJZA 4FLYA 2YHBA 4B08A 4RG8A 2OZMA 3O3GA 1VRUA 1VK0A 3KK2A 3HT3A 4F4KA 3E01A 4I2QA 1TAQA 3L2WA 4CJWA 4KB0A 3LALA 4J2DA 3T19A 5FRNA 1ZBIA 4CEOA 2FBXA 1TL3A 3OYMA 3NH2A 1J9AA 1T03A 4B9NA 5K14A 1RTHA 1J54A 1QS4A 1S1XA 3KLIA 4IG3A 3V81A 1REVA 3UIQA 1NK7A 4DSIA 3AVAA 4FVMA 1S6PA 3ZT1A 4Z4GA 3VQPA 2Y1JA 4CEAA 1VSFA 2WOMA 2X74A 1ASVA 4CEZA 3TWHA 2G8VA 4E3SA 4LD0A 3KD5E 3DRPA 4HUEA 4B9UA 4KHYA 1S1WA 1RBVA 4B8CA 3HO1A 4B9SA 3VQ4A 3L2UA 4CJQA 2OPQA 1GOAA 3PUFA 3EY1A 4E19A 5HRSA 2E4LA 4N56A 1NKBA 3AVFA 3OYBA 2HNZA 2B6AA 1HMVA 4FM0A 2IS3A 4GW6A 3AVCA 4W5RA 3M8QA 4CGHA 4DWIA 1EX4A 4OPJA 1LW2A 1LWCA 4DQRA 4EZ9A 1A5VA 1RT5A 4B3OA 1RNHA 3OS0A 3I0SA 1RDDA 2B4JA 3AO5A 1KTQA 4NYFA 5CZ1A 5HBMA 4AHTA 4KTQA 1HQUA 4CJSA 3HPOA 3OYDA 3TABA 2VWKA 4HCBA 1BCOA 2RN2A 5C25A 1HJRA 1C0UA 4LH5A 1YVUA 1S9GA 3VQ9A 3NGZA 4O55A 4DLEA 4FK0A 3CYMA 3AO2A 4E1NA 2HNYA 1XC9A 4DSJA 4O4GA 4AILC 1RDAA 2D0CA 3DI6A 5CYQA 3I0RA 1ASUA 4L8RB 3SPYA 3NGIA 4KAZA 3WNFA 2LSNA 3QEVA 1FK9A 4BDYA 2IAJA 3LANA 3DLRA 3ITHA 4Z0UA 1RCHA 1VSLA 1ZBFA 1C1AA 4E1MA 4FJGA 1RDCA 4B9MA 4KHUA 3C6UA 2OYQA 4KHSA 1RT1A 3SNNA 4C8NA 3VQ8A 4DLGA 1U48A 4DTPA 3OYIA 4DTJA 2HHXA 1DLOA 4OKJA 4ELVA 4RW6A 2JLEA 4YFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K0SA 1NBWA 3NGYA 2VQEK 4KI4A 4IBNA 2P9NB 4ZTJA 3FE1A 4CJVA 3PV8A 5BREA 4KHNA 3U3GA 1RT6A 4DQPA 4PA1A 4JYAK 3U9DA 3MMVA 1JL2A 3SAFA 3SAGA 3EKSA 3AA5X 2CGJA 3NHGA 2BH1A 5LJVA 3BUZB 1TUYA 2WFBA 3K58A 4CZMA 2O4IA 1M1KO 5FPNA 3CJCA 2O8FA 3B8AX 3QIPA 4BGBA 2O8DA 2GTDA 1YAGA 3VQ7A 1RILA 4JI2K 1HUXA 2G8WA 4JKHA 1JLEA 2D0PA 4CJPA 2FSKA 3A5OC 3HSTB 2FBYA 2IGIA 3SQ2A 4NLBA 3AVKA 3EZWA 3FZFA 4DQ8A 4ELUA 4DR4K 2P9SB 4DR2K 1KAYA 3S3MA 5JVGL 1KCFA 2QXFA 1ZYQA 3ULDA 5FLXO 2HVHA 3G10A 3LP3A 4CK2A 3DYAA 3OYFA 1S1TA 4B1UB 3CCUN 4FJ7A 4CEBA 2P9UB 1BOTO 3D2EB 3J7YP 4E7HA 3OA9A 4DU3A 3ZLJA 3CMEN 1GLBG 1W97L 3EEQA 4BWMA 4CZHA 2GUPA 2V52B 4HHTA 3LPTA 2A6AA 2FLOA 5BRHA 1TUUA 3QERA 1NKEA 4DS5A 4JV5K 2Z1JA 4CGFA 4GY2B 2DY4A 4DSKA 2F9TA 4HTLA 2YNIA 3RMBA 4I2PA 4IFEA 2IIRA 1HJOA 4O44A 4M3ZA 3CFRA 2ZF5O 4FLZA 1NGCA 3VTIA 3H46O 3RMCA 1QSSA 3QESA 3AVNA 2E2OA 4C8KA 3JAMO 3THWB 4RWTA 3LDOA 4IFYA 3NVKA 1C0GA 5JMVA 5IWAK 1KFDA 4OPKA 3PIOL 3ZSWA 1V4TA 1CXUA 3SZ2A 4OJRA 4CJ7A 5B8HA 1NNEA 1SQKA 3DWLA 4DR5K 1TVRA 3LL3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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