4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
4CGDA 4DS5A 1RDCA 4UQGA 4LH5A 3BGRA 1QSSA 2QKBA 1WLJA 4E89A 4DG1A 4Z4EA 1Y97A 3ZSXA 1C0UA 2OZSA 1JXBA 1TGOA 4CEOA 3V1OA 4FK4A 1JLQA 4KREA 4MFBA 1A5XA 2YNFA 1LV5A 1XWLA 5DK5A 4OKKA 4IKFA 2KZMA 3KK1A 3NF7A 4JS4A 1NK4A 3D45A 3VQ9A 2JLEA 3ZSQA 3CG7A 1RT2A 4CJQA 1TV6A 1DLOA 3ZT2A 3KK3A 1Q9YA 4KKOA 4OGEA 4CGFA 1VSFA 3MAQA 3C6UA 4KHQA 1WN7A 1U49A 1NK9A 1JLCA 2YNIA 3SUPA 2RN2A 1LAVA 1RBUA 3K57A 4EZ6A 3VQQA 2IOCA 3AO5A 2GV9A 4OKEA 4M3RA 4DSJA 2F8SA 3CM6A 1Q9XA 4NYNA 3OYCA 5FRMA 4E7LA 3MEGA 1JLBA 5J2PA 2P51A 3AVKA 3P5JA 1Z26A 4KHNA 3AVMA 3QEIA 1X9WA 2BANA 4ZTJA 1J5OA 4KTQA 3AVFA 3NGYA 4FCYA 3PO5A 1RT4A 1C0MA 3O3HA 3AO2A 4LY7A 2KTQA 4F8RA 4RW8A 3IRXA 5FDLA 2FBTA 4AH9A 4CJPA 4CIEA 4BE1A 4FLYA 1KFDA 3V9XA 5SZTA 4FJLA 2BGGA 1ASVA 1BQNA 4CIFA 4W5QA 4CHQA 3OS2A 4HCCA 4I9LA 4CFCA 4DSKA 4AHUA 3UIQA 1C1CA 1U4BA 1NOZA 5HRPA 3ZT4A 3K2PA 3OS1A 2F96A 3WNFA 4FJ7A 1VRTA 3LP1A 3KLEA 3KLIA 2VWJA 1VRUA 1WSJA 3TAMA 3L2RA 1BI4A 1TK0A 3WNEA 3K5OA 3NCIA 1J54A 4DWIA 3NF9A 5K14A 3SQ0A 4KHWA 1W0HA 4O0JA 4FLTA 1UA1A 3ZSVA 3I0RA 4CHOA 3OYLA 4FJIA 1WSHA 3AVNA 3L3VA 4JS5A 3PV8A 4N76A 1RTHA 3TANA 2PYJA 4FK2A 2AJQA 4AHTA 4E3SA 4FLWA 3QEWA 4CEFA 3DOKA 3IAYA 4CJ3A 1SKSA 1EXQA 2DFHA 2XHBA 3OJUA 2Q3SA 3TABA 2PY5A 1J53A 2RF2A 4B9MA 3DMJA 3S3MA 4ID1A 3TI0A 4CCHA 2ZQBA 4DTPA 2E6MA 3VQPA 4E7KA 4BDZA 1RT1A 2KQ2A 4DTUA 4DTNA 1IG9A 4AHRA 4DU1A 4Z4GA 4IG0A 2VG7A 3RMCA 3V81A 1RTDA 1QSLA 1C6VA 1ZBFA 3DRRA 5HP1A 2PYLA 1TAUA 3B6OA 3TR8A 2IGIA 3DLHA 2EX3A 3HPGA 4CJTA 2OPPA 1YTUA 3VQEA 1L3UA 1ZBHA 1F21A 1HNVA 3BDPA 3TAPA 1HQUA 1WSFA 3QESA 1VSHA 3QLHA 2D5RA 1RCHA 4CJ5A 3T19A 1NJYA 2HHSA 1KTQA 4DF4A 4B08A 1JLAA 3C94A 1KFSA 4CEDA 3ZT0A 4CE9A 3OYNA 4DFJA 3AVBA 4ZTFA 2HVIA 3S3NA 3DM2A 4IFVA 4E7IA 4FJ9A 3AO1A 4CJSA 4FM1A 4DU4A 3HK2A 3WNHA 4CERA 2YNHA 1SKWA 1UWBA 4B8CA 2RKIA 1NOYA 4ID5A 1NKCA 1NK5A 1D8YA 4BE0A 4DQSA 2XRIA 1A5VA 1YT3A 2IDOA 1KVBA 3OS0A 2OA8A 1C1BA 4CK2A 5KTQA 3OYFA 4CEEA 1T03A 1L3SA 5KRSA 4F3TA 1HRHA 5DMRA 3SUOA 1XHZA 4DS4A 1NJZA 3PX4A 4R5PA 3LWMA 1BIUA 1X9MA 1B92A 4HCBA 1U04A 1BGXT 4CF1A 3KIOA 4N5SA 3RRHA 1QS4A 2HHQA 4M45A 4DSLA 3L2WA 4FJKA 3QEVA 4HTUA 2WOMA 4AILC 3SPZA 1NK0A 1EKEA 4B9UA 4KHUA 3PUFA 1RILA 2Y1IA 3RR8A 3RMBA 4DQPA 3DYAA 5I42A 4F2RA 3K5MA 3ZT1A 1IO2A 3NF8A 4PA1A 4FLZA 4CK3A 3DRSA 4FK0A 4GMJB 3T1AA 3OYIA 3KJVA 1U45A 1ITGA 1T05A 3NGZA 3DLRA 1DTQA 2YHBA 1JLEA 3MEDA 2GBZA 4N41A 3RWUA 1HMVA 4E1NA 4DQQA 3F9KA 4PQUA 4CJFA 4KV8A 1SL1A 1NK6A 3IG1A 4OGCA 3L8BA 4CHZA 3SPYA 3U3GA 3VQBA 3OJSA 3A2FA 3NBPA 1ZBUA 4DLEA 4O0IA 1LWEA 4MQ3A 5CZ1A 4CIGA 1QQCA 4HUEA 3TWHA 3AO3A 3SV3A 3QIOA 5C24A 1VSKA 3SQ2A 1KLMA 2Z1JA 4Z4CA 3LDSA 3SJJA 3LALA 3SZ2A 3EYZA 2ITGA 1NKBA 3HPHA 4B9LA 3OYHA 1GOBA 5J2MA 4OPJA 3NHGA 3OY9A 4W5NA 2YNGA 2BE2A 4RG8A 3HVTA 2G8UA 4KPYA 3M8QA 1UAXA 4EZ9A 3OYEA 1SKRA 2RPIA 3VQAA 1MU2A 3V9UA 4PWDA 4CFAA 4O44A 1WAJA 3EZ5A 1I39A 1LWCA 1FKPA 2B4JA 3V9SA 1UOCA 1S1UA 4LSNA 4AHVA 3V4IA 4H8KA 5I3UA 4GW6A 3LWLA 2HNZA 1XHXA 4Q0BA 4B9NA 3V1RA 1U47A 3JYTA 1VSDA 4FJNA 3VQDA 3DLGA 3H08A 4I2PA 1SV5A 3AA4A 4I7FA 1TL3A 4NCGA 5FRNA 2G8IA 4DU3A 5D3GA 1XC9A 1TKXA 4FZZA 4CJRA 3CFRA 3LZJA 1JLFA 1HQEA 1D9FA 1RDDA 1YTAA 3AVGA 3I8DA 1HNIA 4CEBA 4CJWA 4B9TA 3PO4A 2EHGA 2ZD1A 1TKZA 3SNNA 4H4OA 4CF9A 1QSYA 2HHVA 4BE2A 3ZSRA 5SWMA 2R7YA 3V6DA 4BACA 4J2BA 4M3UA 1HYVA 3CM5A 2O4GA 1O1WA 3NAEA 3KKRA 4H4MA 4OKJA 4BDPA 2HNDA 2XY7A 3MECA 3PX0A 3HL8A 2X6SA 2QXFA 3ZSZA 5KRTA 1WSGA 1IH7A 2BDPA 3SYZA 2D0CA 1JL1A 1NK8A 4B8AB 4CK1A 1NK7A 4F3OA 2O4IA 3NFAA 4CFDA 4N56A 3QIPA 3ULDA 2Z1IA 2P1JA 3DLKA 2QKKA 3VA3A 4ELVA 4M42A 2X6NA 3QERA 4QAGA 2X78A 3AO4A 3ZCMA 4BWJA 4FXDA 1S1WA 3ZT3A 1RT6A 4KB1A 4YFUA 4KB0A 3ALYA 4O4GA 2XY6A 4DQRA 1REVA 3QNOA 1BQMA 1WAFA 4W5OA 5T7BA 3HP9A 1S5JA 4AHSA 3AVCA 1TKDA 4CJEA 4FM0A 4B9VA 4M41A 3QINA 3AA2A 1C1AA 5HRRA 2HB5A 3C95A 4FJGA 1K6YA 4CJUA 2IS3A 4DSIA 2Z1GA 4WE1A 3B6PA 1W9HA 4YNQA 1VSMA 1HJRA 3NE6A 2G8VA 4KFBA 5C25A 3RRGA 4FYDA 3AVLA 3L2VA 1YVUA 4E1MA 3OYGA 3M8RA 2W42A 4KI6A 4NCAA 2KFZA 1L3TA 5HRSA 4Z0UA 3CFPA 1ZBLA 1RBSA 1TL1A 4JLHA 3HVRA 4FLUA 4CGJA 2A1RA 4M3XA 3OYBA 3RR7A 1ASUA 3HJFA 2VWKA 2HNYA 3L2QA 2HHUA 2I5JA 2IAJA 4FW1A 3TAFA 1BI4B 1RT3A 3NDKA 2DFEA 3VA0A 4ELUA 4K8ZA 4FJXA 4RW6A 4DTRA 1WSEA 3S3OA 3L3UA 3SUQA 4RW9A 2HW3A 4G1QA 1D9DA 3VQ8A 1A5WA 2DFFA 1IKVA 1TAQA 1RBVA 4KTWA 1KSPA 4E0DA 3NH0A 2KZZA 3P1GA 2HHWA 1RBTA 4CEAA 3LPUA 3LP3A 1VSLA 4FZXC 1KVAA 1JKHA 1R0AA 3K58A 3QO9A 1LW0A 3LP2A 1RT5A 4IG3A 4DFPA 4QCLA 2YKNA 1RDBA 1S9GA 1U48A 3HO1A 4CHNA 4ICLA 4ZHRA 4N47A 2LSNA 2G8KA 1BL3A 3E01A 3T3FA 4B3OA 4FLVA 3DI6A 2G8HA 3VQ5A 3V1QA 3CQ8A 1S9EA 3AVHA 4OVLA 1BCMA 3OVNA 1S6QA 4RW7A 3KLHA 4Z4IA 1L5UA 1FKOA 4FJ8A 4HVJA 4B9SA 2HHXA 3TAGA 2OYQA 3NH1A 4DMNA 1EETA 3QNNA 3ZSYA 1TVRA 4CF0A 3IS9A 2FBXA 2B5JA 3MXJA 1RNHA 4C8KA 2QK9A 2YHAA 4F4KA 3M8SA 3AA3A 4OPKA 4Y1DA 1JL2A 1IKXA 1I3AA 1KLNA 1BIZA 1RTIA 1GOAA 3TAQA 2OPSA 3MXMA 4AHCA 3TAEA 3QEXA 5EU7A 3VQ6A 4CFBA 3ZSOA 2P5GA 2PZSA 4JRQA 4LH4A 2FBYA 3P83D 4CJ4A 3LAMA 3O3FA 3RTVA 3PY8A 2VG6A 4CHPA 4FM2A 3KD1E 3DOLA 3LP0A 3LANA 3PX6A 1UA0A 5C42A 5KGXA 3HM9A 4J2EA 4OJRA 4GVMA 4CEZA 1XI1A 3KK2A 3U3YA 3DLBA 2HVHA 4F2SA 4CF2A 5CYMA 2Y1JA 1RTJA 5CY4A 4DTMA 1BHLA 2P5OA 5E41A 3RMAA 4EP4A 2VG5A 4CGGA 3KD5E 3KLGA 1GOCA 4O5BA 3EY1A 4DLGA 1NKEA 2X74A 1SUQA 2G8WA 1LWFA 4FJMA 5CZ2A 1L3VA 3JSMA 2IC3A 3C6TA 4KO0A 4BDYA 4OLBA 4CHYA 3AA5X 3LPTA 4CECA 4Z4FA 1TKTA 2OPQA 3AVIA 1VK0A 1S1VA 3VN5A 4E7HA 1LAWA 3VQ7A 4C8OA 4DTSA 1WSIA 3O4NA 4Q5VA 4M3WA 1VSIA 4IBNA 4DTJA 4JRPA 3ISNC 3LZIA 4HUGA 3KLFA 2XY5A 5HLFA 4I9QA 1CZ9A 3SI6A 1RBRA 3ASMA 4FZYA 1NJXA 4J2DA 3THVA 2FBVA 1N6QA 3O3GA 2G8FA 1HYSA 3OYAA 4LD0A 3KKSA 2B6AA 2D0AA 4EP5A 3HT3A 4DFKA 4KI4A 1X1PA 4HHTA 2XY8A 3ZSWA 1CLQA 4KHYA 4Z4HA 2XO7A 4HUFA 3FFIA 2DTUA 4K8XA 5JS2A 1S1XA 1IKYA 5HBMA 3AVAA 3HPOA 4J2AA 1T7PA 3QEPA 3QETA 1QTMA 4Y1CA 3RMDA 4W5TA 2D0BA 4CF8A 1ZYQA 4FLXA 2ETJA 3WNGA 1TK5A 4KAZA 2HMIA 1S1TA 4FJJA 2KW4A 3G10A 3VQCA 4CGIA 1SL0A 4DF8A 2KFNA 3OYJA 4DQIA 2F8TA 4OLAA 1KCFA 4NCBA 4CESA 5KGWA 4DSFA 1J9AA 1D5AA 1Z25A 4CGHA 4LSLA 4E7JA 2NUBA 3CFOA 3SCXA 1NJWA 1C0TA 2E4LA 1JLGA 4FW2A 4RW4A 4E19A 1EP4A 1VSJA 4KHSA 3I0SA 4TSXA 5JS1A 3NGIA 4M3YA 2WONA 1G15A 3HYFA 4I2QA 4C8MA 2OPRA 3V9WA 3NH2A 5J2QA 4DFMA 3V9ZA 1LW2A 3K5LA 5HROA 3TARA 1HYZA 4CJKA 4FJHA 3LAKA 3SUNA 3HP6A 2YV0X 5FROA 3AV9A 4C8NA 1WNSA 3S9HA 4M3TA 3SV4A 3L2UA 4XIUA 1RDAA 4KRFA 4BWMA 4PUOA 2HHTA 1JXEA 3SQ4A 3CYMA 1BISA 4IFYA 1KRPA 2GUIA 1CXUA 2E6LA 4O55A 4ELTA 3U6FA 4KTZA 3K5NA 4DTOA 1B9DA 1QE1A 5CYQA 1RT7A 3VQ4A 4L8RB 4FVMA 4FJ5A 3D0PA 2Z1HA 4CEQA 1TK8A 3G0ZA 3ITHA 2ZE2A 4IDKA 1X9SA 3OYDA 1ZBIA 1ASWA 5HRNA 3OYMA 4W5RA 2YKMA 3M8PA 3O4QA 1N5YA 4QOZB 1FXXA 1KVCA 2ATQA 3MXIA 1IKWA 3KTQA 3MEEA 1CZBA 1EX4A 3AVJA 2FC0A 3DRPA 5J2NA 1HPZA 1VSEA 2A1SA 5KI6A 2DY4A 4CJVA 4DSEA 4C8LA 3HXMA 1SL2A 1B9FA 1DTTA 1FK9A 1BCOA 2OZMA 3NF6A 3F73A 4PY5A 1QHTA 4NYFA 2JGUA 1T8EA 3K59A 4CJLA 5J1EA 3SQ1A 4M3ZA 3OYKA 1S6PA 1Q8IA 4DTXA 3HSTB 3DLEA 1CXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GX9A 1JJ2M 4IOAL 4BR7A 5BRDA 4DG1A 3UE5A 5C12A 1NU0A 1C0UA 2OZSA 4CEOA 3V1OA 1W2BM 1Q82O 3DAWA 5AZJB 1CZAN 2P9PA 3ZSQA 3CG7A 3L6QA 1RT2A 3M5RA 4KKOA 4OGEA 1VSFA 4ISGA 3ZX2A 1MDUB 1XC3A 1RBUA 2IOCA 3AO5A 2GV9A 1OVQA 4NYNA 4E7LA 5J2PA 2P9UA 3AVMA 1X9WA 2BANA 4ZTJA 3BUZB 3G4SN 1C0MA 2F4VK 3AO2A 3U8XA 5AQNA 4BE1A 3ZX0A 5AZIA 2NRTA 5SZTA 4CIFA 4MDAA 4JK8A 2P9NB 5M1QA 4DV6K 1U4BA 2F96A 4WFNL 1VRTA 3KLEA 1YJ9N 2E1ZA 3CQYA 2W41A 4DWIA 3O6WA 2NLXA 3EEQA 1W0HA 4PKIA 4JK7A 4FLTA 3ZSVA 1WSHA 3AVNA 1RTHA 2AJQA 4FLWA 4CJ7A 3N4PA 4CJ3A 1EXQA 3HTVA 2XHBA 1J53A 4B9MA 4CCHA 2ZQBA 4BRDA 2UXCK 1IG9A 2VG7A 1QSLA 3DRRA 5HP1A 3Q7BA 2IGIA 3IFRA 3KZBA 3RSEA 3DLHA 3HPGA 1YTUA 3G6EN 1HNVA 5AQIA 3CHWA 3QLHA 2D5RA 4CJ5A 3IUCA 2FF3B 3VEYA 1NJYA 3PIOL 4B08A 3CERA 3CCLN 1KFSA 2HVIA 3ZT0A 1NG9A 2IIRA 3DM2A 3AO1A 1YXQA 4B1YB 4LF6K 3WNHA 3JS6A 4MO5A 2CH5A 1D8YA 4DQSA 1J6ZA 2IDOA 3OS0A 3R8EA 1C1BA 1T03A 1HRHA 2VWBA 4DS4A 4GKKK 4HCBA 1BGXT 5LMUK 3CCSN 3RRHA 1QS4A 4M45A 4DSLA 2ZJRL 1Q81O 4HTUA 3SPZA 3D2EB 1NK0A 2KKZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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