4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
3SV3A 5CZ2A 5KI6A 2D0CA 4PA1A 4E1MA 1EKEA 4B9MA 5J2MA 3RMBA 3P1GA 3QESA 4EZ6A 3AO1A 1LV5A 4FJXA 4F2SA 3WNFA 4KI6A 2HHUA 1QQCA 5HRSA 1S9GA 2I5JA 4CJEA 1EETA 4E1NA 1RDDA 1RT4A 1WSIA 3WNGA 4CEDA 3ZT2A 4KHNA 3LP2A 4KFBA 4CEOA 2Z1HA 1NK0A 5FRMA 3C6TA 5C24A 2G8KA 2KFZA 4NYNA 3K5LA 4C8KA 4N76A 3MXIA 4CJPA 3VQ7A 4W5OA 1VSDA 3ZSRA 4DS5A 4IDKA 1HPZA 4AHVA 4I2QA 2ZD1A 3L2VA 2F96A 4LY7A 1QSLA 1JLQA 4DSKA 4DTUA 1TKZA 1NJZA 4I2PA 4CFCA 4PY5A 3ISNC 1VSLA 3AVCA 3CFRA 3TARA 1SKWA 1IKVA 4N5SA 4Z4HA 1MU2A 1RNHA 1YT3A 1FXXA 3JYTA 1JL2A 4CIGA 4FJ5A 1IKYA 1ASWA 4CECA 1NOZA 3OYKA 3OYCA 3DRPA 4FJGA 4CF1A 3D45A 1S5JA 4PWDA 4FM0A 2HVHA 2D0BA 2EHGA 2EX3A 4PUOA 1Z26A 1ZBUA 2B4JA 4CJ3A 1QSYA 3AO2A 2X78A 2FBTA 1G15A 1HRHA 1QE1A 3T19A 3V9UA 3HJFA 3DM2A 3O4NA 1BCMA 3NF9A 5T7BA 4IBNA 3G0ZA 4FJIA 4I9QA 3VN5A 3SJJA 4K8XA 2HHWA 3V9ZA 4QOZB 4CERA 3F9KA 2KW4A 3KLFA 4KTWA 1LWFA 3TI0A 4O0IA 3TANA 1U47A 1J9AA 4FZXC 1HYSA 3U3GA 2G8UA 2OPRA 2VG7A 2ZQBA 4OVLA 4CHZA 1RT1A 3L8BA 4GVMA 4W5QA 1TAUA 4NYFA 1NKEA 3OYAA 4AHTA 4CFBA 4EP4A 5C25A 3K5MA 1NJXA 1KFDA 2QXFA 3I8DA 3QEWA 1U45A 2G8FA 4M3ZA 4HUFA 4FJ7A 4FLTA 5KRSA 4H4OA 3O4QA 1C0TA 4CHNA 4CGIA 3EYZA 4FLVA 3ZSYA 1REVA 1HQUA 2P1JA 1RT2A 3MEGA 3WNEA 4F8RA 4PQUA 4I9LA 4W5NA 1U49A 1IKWA 2OZSA 2OPQA 1KRPA 1D5AA 3VQBA 4CHPA 3PO4A 1BIZA 1IO2A 3DLGA 4NCGA 4CF9A 3AA3A 3L2WA 3TWHA 3SUQA 1LWEA 4M3UA 2KZMA 2D0AA 4CEFA 1Z25A 4E19A 3QO9A 1ASUA 4Z0UA 3NF8A 1S6QA 2ATQA 3MAQA 1YTAA 1S6PA 3RTVA 3O3FA 3VQ6A 3MXMA 1TKDA 1BQNA 3QNNA 2VWJA 4CJRA 3P83D 5DMRA 3SUNA 2ZE2A 4DTOA 2R7YA 1B92A 2E6LA 3AA4A 1NK9A 4FJMA 1I39A 3QNOA 5HBMA 1HJRA 4UQGA 2HHSA 4M41A 3AVJA 3S3MA 1BCOA 1QHTA 1HNVA 4DQRA 3L3VA 4N41A 3O3GA 3TAFA 2W42A 1D8YA 2IDOA 3B6OA 1B9DA 1W9HA 3NH1A 3OYJA 3S3OA 1RBTA 4I7FA 4E89A 4DU1A 4Z4GA 1KVAA 3VQ8A 3RRGA 1X9SA 3VQQA 3T1AA 3AO3A 1SV5A 3LWLA 2F8TA 3NFAA 4FLYA 2KFNA 4Z4EA 1ZYQA 2YHAA 4DQPA 3SCXA 3S3NA 3ITHA 1RT7A 4AHSA 3NF6A 3NHGA 1L3UA 2PY5A 1RBUA 4L8RB 4B08A 3KD5E 4YFUA 3E01A 1FKPA 2B6AA 2VG5A 4BDPA 4FLXA 4FCYA 3I0SA 4FZZA 1WSEA 4FM1A 3V9WA 3C94A 3THVA 4DS4A 4FLZA 4ELUA 1O1WA 4NCBA 2GUIA 1ZBFA 3LP1A 4KHSA 4CJQA 4ZHRA 3NAEA 4K8ZA 1WNSA 3LDSA 1ZBLA 1NJWA 1S1TA 3OYBA 3KLIA 4FW1A 1L3VA 3NE6A 1RTIA 1A5XA 1WLJA 1U48A 1C0MA 4B8CA 4KI4A 4RW9A 2YKNA 4LH4A 4M3YA 1GOBA 2YNGA 3U6FA 4DF8A 4FYDA 3K59A 5KGWA 3NH2A 3OS2A 2XY8A 1B9FA 3KLHA 3VQDA 1T03A 1SKRA 3ZCMA 3QEVA 2G8VA 2OA8A 1I3AA 4DTSA 3VQCA 2QKBA 3TABA 4CGDA 3TAMA 4KB0A 3AVMA 3V1RA 1BL3A 4CJFA 4CEQA 3LZJA 4RW7A 1LW0A 3LAMA 2OPSA 4Q0BA 4OGCA 4HUGA 2FC0A 1Q8IA 4CE9A 3HXMA 4ID1A 2X6NA 4RG8A 1UWBA 4C8NA 3ZSOA 4CFAA 1JLFA 4LD0A 4DG1A 3NH0A 4OPKA 3K5NA 4DTPA 3I0RA 4NCAA 4KHYA 4E7JA 1ITGA 1NK6A 4IFVA 1JLEA 3TAEA 1KVBA 3H08A 5CYQA 1J53A 4CK3A 4CGJA 3CM6A 1FK9A 4O55A 3NGZA 4BE0A 3AA5X 4B9VA 1A5VA 1VK0A 3QLHA 3SNNA 1IKXA 4F3TA 3KJVA 1N6QA 5FRNA 3ALYA 3OJSA 3V9SA 5J2QA 1NJYA 3LAKA 1S1UA 2YHBA 1JXEA 4DQQA 2JLEA 4Q5VA 1BISA 3NCIA 3RMCA 3MXJA 1TV6A 3ZSZA 4W5TA 1RTJA 3NBPA 3SPYA 4M45A 1HQEA 1XC9A 5CYMA 3OYNA 4BWMA 2FBXA 5HRRA 4HTUA 3TAQA 1IH7A 1J5OA 1T7PA 4LSNA 1K6YA 3OS1A 3QEIA 2Y1IA 3QIPA 4N56A 2DFHA 4BWJA 3OVNA 1TK5A 1T05A 4C8OA 3CM5A 2HNYA 3V81A 2HHQA 3ZT0A 4H8KA 3EZ5A 2XY7A 1KVCA 5EU7A 4IG3A 5I3UA 3DOLA 2E6MA 1ZBIA 4DSFA 4IG0A 3HVRA 1SL0A 1TGOA 4OLAA 3G10A 4DQSA 1VSHA 4FLUA 1WSHA 2B5JA 1ASVA 2ETJA 3CYMA 2Z1JA 4RW8A 4R5PA 3TR8A 2RKIA 3ZT1A 4AHUA 3VA3A 3DRSA 1U4BA 1RBRA 4CEZA 3OS0A 1WN7A 4ID5A 4JS5A 1YTUA 4FJKA 1X9MA 5E41A 1JLBA 4JRPA 4CEBA 3VQPA 1HYVA 4AH9A 4M3TA 3L2UA 4DTRA 4HCBA 4JLHA 4KO0A 1EX4A 3V1OA 3AVFA 3V1QA 4ELTA 2E4LA 4FM2A 4CJTA 1JLGA 4Z4FA 3AVGA 2BDPA 3KKRA 2PYLA 2GBZA 2YV0X 3NDKA 3AO5A 3TAPA 4OKKA 4XIUA 3DMJA 2BE2A 4FVMA 3LZIA 4B3OA 2XO7A 5C42A 4DTJA 1QTMA 1KLMA 5CY4A 4OLBA 4KHWA 3SV4A 4Y1DA 4CJUA 2Y1JA 4CIFA 3IRXA 5I42A 1NK7A 1WSFA 1KSPA 2GV9A 1DLOA 3OYLA 2X6SA 3UIQA 4M3XA 4GMJB 3VQ5A 4KAZA 4ELVA 1S1XA 1RTDA 2VWKA 2YNFA 3VQ9A 4DLGA 4DFMA 4DTXA 1TL1A 4E0DA 4C8LA 3KLGA 3WNHA 4CJKA 3C6UA 3SUPA 5HROA 1D9FA 4FXDA 2IAJA 3B6PA 4DFPA 2RN2A 4EZ9A 3SUOA 4J2AA 4CGGA 2KQ2A 3ASMA 4FJ8A 2DFEA 1TAQA 4ICLA 3JSMA 4E7LA 1NOYA 1JKHA 3AVIA 1TK0A 3LPTA 3T3FA 4OJRA 4DU4A 1DTTA 1Q9YA 3MEEA 3SQ1A 2QK9A 3L2QA 4MQ3A 3K58A 3VQAA 3HYFA 4CJSA 1C1AA 2LSNA 2DFFA 4QAGA 3SZ2A 1KTQA 5HRPA 3DRRA 4DTMA 2IGIA 1RILA 3PV8A 3LWMA 2G8WA 3BDPA 1RT5A 4DFKA 3KD1E 1CXQA 1LWCA 2X74A 4AHCA 3PUFA 1SKSA 4CF2A 4CK2A 3IAYA 4B9LA 5DK5A 4W5RA 3OYDA 1KLNA 4J2BA 3ZSVA 5J1EA 4DFJA 2WOMA 2HHTA 1WAFA 4B8AB 3RMDA 2Z1GA 5SZTA 3HT3A 1J54A 3IG1A 1IG9A 3PO5A 1TKTA 4BDZA 4DSLA 3A2FA 1HNIA 4CJWA 1VSEA 1WAJA 4CHOA 3CQ8A 1D9DA 4CCHA 3F73A 4FJNA 4CGFA 1QSSA 2P5GA 2ITGA 1GOAA 3LANA 2A1SA 4E7KA 2RF2A 3DLRA 3MEDA 1DTQA 1BHLA 4F3OA 2IC3A 3VQEA 1W0HA 3DLBA 1WSGA 5KRTA 3SI6A 1CLQA 3LP0A 3QERA 3RMAA 3FFIA 2HNZA 4ZTJA 4CF0A 4AHRA 3OYMA 2DY4A 3SQ2A 1N5YA 5JS2A 4FLWA 1C0UA 3NGIA 4CJ5A 3HP6A 1Y97A 4Z4CA 2Q3SA 1Q9XA 3AVNA 4KKOA 1VSKA 2Z1IA 5HLFA 4F2RA 2D5RA 3M8RA 4HVJA 3KTQA 5HRNA 4KRFA 5J2NA 3TAGA 1CZ9A 4BDYA 2XY6A 5SWMA 4BACA 4DSEA 4FK4A 2KTQA 2O4IA 3HSTB 4HCCA 2G8IA 4CJLA 1RBVA 4GW6A 1NK4A 1JL1A 3SQ4A 1S1WA 2NUBA 3AVHA 2IOCA 4IKFA 1RBSA 1X1PA 4DWIA 2G8HA 1NKCA 1KFSA 1C6VA 1UAXA 3U3YA 4FJHA 1JLAA 4CFDA 3EY1A 4IFYA 5FROA 3S9HA 1SL1A 4DF4A 5D3GA 4FK2A 1BIUA 4CF8A 1S9EA 2RPIA 4N47A 2XRIA 4CHYA 1XHZA 2HVIA 4OGEA 3DLEA 5FDLA 3ZSQA 4M42A 4AILC 2A1RA 4LH5A 4CEEA 3HK2A 3RR7A 4KHQA 1L3TA 4B9TA 1HMVA 1QS4A 1VSMA 3LP3A 3AVAA 3QIOA 3HM9A 3OY9A 4O0JA 2XY5A 4LSLA 4KHUA 1C1CA 3ZSXA 1X9WA 4BE2A 4OKEA 4E7HA 1VRUA 5JS1A 3HPGA 3OYGA 3LALA 1JLCA 3K57A 1ZBHA 3DI6A 4CJ4A 3L3UA 1BGXT 3OYEA 3OYHA 2HW3A 2KZZA 4RW4A 4TSXA 1UA1A 1BI4B 1U04A 3C95A 1YVUA 2JGUA 5J2PA 1RCHA 1LW2A 3M8SA 5HP1A 3P5JA 3OJUA 3VA0A 2O4GA 1GOCA 1UOCA 3CFOA 4CHQA 2OYQA 1VSIA 1XI1A 2AJQA 3PX0A 3ZT4A 1L3SA 3PY8A 4CIEA 2HHXA 3AA2A 4DLEA 4G1QA 2HHVA 3HP9A 1KCFA 3NGYA 3PX6A 4KREA 1RDCA 4B9SA 4EP5A 3QETA 4RW6A 1T8EA 1FKOA 3AVBA 3KKSA 1RDAA 3LPUA 1LAVA 1WSJA 4CK1A 3CFPA 1NK8A 4KV8A 2HMIA 4B9UA 1UA0A 3QEXA 4B9NA 4JRQA 3OYFA 4O5BA 4OKJA 3IS9A 4M3RA 1SUQA 3V9XA 4DQIA 4J2DA 5KTQA 1RT6A 1CZBA 2YKMA 3K2PA 3HPHA 1TK8A 1BI4A 1TVRA 3CG7A 1XWLA 3SPZA 4DSIA 4Z4IA 1VSFA 3RWUA 3V4IA 3AV9A 3HVTA 3K5OA 2BGGA 1VRTA 1SL2A 3PX4A 2P51A 4OPJA 4E3SA 3KK1A 1BQMA 3D0PA 2HNDA 3SQ0A 1VSJA 1S1VA 2IS3A 4FW2A 3ZT3A 4BE1A 2YNIA 2P5OA 3RR8A 3V6DA 2F8SA 3AO4A 3BGRA 1HYZA 4J2EA 1NKBA 4H4MA 1A5WA 3AVLA 3DYAA 3HPOA 3RRHA 3ULDA 5CZ1A 4FK0A 3HO1A 4Y1CA 2FBVA 2WONA 1TL3A 5KGXA 5K14A 3KK3A 4FZYA 3HL8A 3NF7A 4KTZA 3OYIA 4CGHA 3ZSWA 2YNHA 3DOKA 3M8PA 1EXQA 4DMNA 4JS4A 3SYZA 4KPYA 4HUEA 1LAWA 3O3HA 4O4GA 2OZMA 4DSJA 4YNQA 2FBYA 3DLKA 2XHBA 4ZTFA 1F21A 1RDBA 4FJ9A 4CJVA 4FJLA 3KIOA 3QINA 3M8QA 2QKKA 1R0AA 1CXUA 4F4KA 2PZSA 1C1BA 4O44A 2BANA 3L2RA 1TKXA 1L5UA 4QCLA 1RT3A 4C8MA 4DTNA 2VG6A 2HB5A 4KB1A 3VQ4A 4DU3A 2PYJA 4HHTA 4CESA 3KLEA 3KK2A 4M3WA 1RTHA 4WE1A 2DTUA 1NK5A 4MFBA 4E7IA 3AVKA 3QEPA 1JXBA 3MECA 1EP4A 1XHXA 2OPPA 4KTQA 4CEAA 4FJJA 3DLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EKUA 4BRCA 2YJFA 4PA1A 4E1MA 3UB5A 3RMBA 3QESA 4FJXA 4KI6A 4F2SA 2V51B 4CBXA 4KHNA 4KFBA 5BPMA 1NK0A 3KVGA 3C6TA 5C24A 2G8KA 3K5LA 4C8KA 2QW9A 5M1OA 4W5OA 1VSDA 4AHVA 1HPZA 3P39A 4DSKA 3C6AA 1JLQA 3O08A 4DTUA 1XMQK 3Q7BA 4CFCA 1Q82O 4BR7A 1Q86O 4PY5A 3TARA 5CR4A 4CIGA 3TPQA 1NOZA 3VF6A 2D0BA 2EHGA 3T19A 4YDUC 3O4NA 1QQOA 4FJIA 3VN5A 5I9EB 4CZIA 1EO1A 5LJVA 3KLFA 4KTWA 5M1FA 3TANA 1J9AA 2P9KA 2PFUA 3U3GA 2G8UA 2OPRA 1KAXA 3CETA 4WYBA 3O9UA 1RT1A 4KH4A 4BG8A 5AZJB 3OYAA 1IG8A 3K5MA 4A2BA 1KFDA 2G8FA 5KRSA 4CZEA 3BZCA 4H4OA 3O4QA 3QB0A 3GL1A 4CHNA 3S41A 4H03B 4CGIA 4BRNA 3EYZA 3AAQA 1HQUA 3NVMA 3CCEN 4I9LA 3VETA 1D5AA 1KRPA 3PO4A 3ZX0A 1IO2A 4MLHA 3TWHA 3M5RA 1Z25A 4E19A 3QO9A 5KPZA 5M1PA 3G4SN 3MXMA 3C0BA 2HOEA 4HWIA 3AAPA 2ZE2A 1KXPA 3CCLN 2R7YA 5AZJA 4FJMA 5HBMA 1HJRA 4A57A 4M41A 1QHTA 4RCHA 3B6OA 1B9DA 4I7FA 1QZ6A 1N8RO 3QDKA 3CC4N 3VQQA 4FWKA 1SV5A 4BVOA 3S3NA 4AHSA 2PY5A 3TSPA 3DJCA 3KD5E 2VG5A 1DKGD 4FZZA 3THVA 5CHIA 3R9PA 4CW7B 1HKBA 1O1WA 4X65K 1VQLN 4CJQA 4DR2K 3W0LA 4K8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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