4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
2X78A 4B8AB 1U04A 1TV6A 3NBPA 1F21A 2G8HA 3TAMA 4GW6A 2X74A 2FBTA 1KFDA 4CFDA 4KI4A 4NYNA 2O4IA 1W0HA 3DLGA 3LALA 3QERA 1D8YA 3NF9A 4DSJA 4Y1DA 4CGIA 4FJIA 1BGXT 2ATQA 3C6TA 3M8PA 4BWJA 3T3FA 2B4JA 1Q9XA 2G8FA 3SQ0A 2G8UA 3RRGA 2VWKA 2VWJA 1CZBA 4O4GA 4RW6A 3NDKA 1X9SA 1JL1A 3KTQA 3T1AA 4FJ7A 3WNGA 1I3AA 1D9DA 3NE6A 3PX0A 3OJSA 1EETA 4CGHA 5FROA 4R5PA 3NGZA 3CFPA 4FK0A 1NKBA 1TK5A 3D0PA 3ZCMA 1Q9YA 2EHGA 1NK8A 3ZSVA 3LPUA 3SQ4A 4ZTFA 1L3SA 2E4LA 1BL3A 2BE2A 3VQDA 4ID5A 1ITGA 1SV5A 3K58A 4DFJA 2VG6A 3MEEA 4OGEA 1S9GA 1VSJA 1RNHA 3HT3A 1WN7A 4CEAA 3OYEA 4FJ5A 4IKFA 1MU2A 4O55A 3HO1A 4HCBA 1NK0A 4K8ZA 1FKPA 1HNVA 2DFHA 4CJRA 3OYHA 4DSKA 3IG1A 3NF6A 5SWMA 2Z1GA 2HNZA 4CJUA 1K6YA 3AVIA 1EXQA 4FZZA 4E0DA 2A1RA 3ZSWA 4E7HA 1QTMA 2OPPA 3V81A 1DTQA 3G0ZA 1BQMA 3OYCA 3ISNC 3KLGA 3K2PA 4FJGA 1KSPA 1BCMA 3S9HA 3K57A 1BI4A 4B9UA 4Z4GA 1BQNA 1QQCA 4KHQA 4ZTJA 1LAVA 3VQ6A 1XHXA 4M3YA 4F2SA 4KHYA 3KK2A 3VQEA 2RPIA 2DFEA 2VG7A 3E01A 4IDKA 3ZT0A 4HUEA 1RILA 2W42A 3QEWA 4CJ3A 2HW3A 4N5SA 3OYBA 1L3TA 3D45A 2QKBA 1VSMA 3AVAA 3LPTA 4O5BA 4CF2A 4J2EA 1RT1A 5HROA 2WOMA 4BACA 1RT5A 4DFPA 1TGOA 3V1QA 4B9MA 3OYAA 4IFVA 3TAFA 3AVGA 1ASWA 4CEQA 4CJLA 4E7JA 3QEVA 1RDBA 4M3ZA 4YFUA 3V6DA 1NK9A 2PYJA 3KJVA 3A2FA 3I8DA 4DTSA 1TK0A 2HNDA 3VQ5A 1ZBIA 4DQIA 5K14A 2XY5A 4M3WA 1JLBA 2D5RA 2FBVA 4B9TA 4OLAA 1QHTA 3QNOA 1RDAA 3V9ZA 3AA2A 4FJ9A 3O4NA 4CJVA 1FXXA 1VSKA 3NF7A 4DSEA 2HHVA 4J2DA 2BANA 4F8RA 3K5NA 3SUPA 4N41A 3DLRA 3AO1A 5HLFA 2IC3A 2LSNA 2JLEA 3KLHA 3SI6A 4B3OA 4M3RA 1UOCA 4QAGA 4Z4IA 1SKWA 1C1BA 2Z1IA 3B6PA 3QEIA 2R7YA 4M3XA 1A5VA 1WSEA 1N6QA 4CFBA 1J9AA 4CJPA 5J2PA 1SKSA 1C0TA 1S6QA 1QSLA 1DTTA 1GOCA 1TL1A 3OYNA 3JYTA 2IGIA 4CFAA 5CY4A 4O0IA 4RW7A 1SKRA 3ZSQA 4CJTA 1WLJA 1ZBHA 3QEPA 4KI6A 2F8SA 3OYGA 1BHLA 4UQGA 3L2WA 1T05A 4KO0A 1HMVA 1TKXA 3QNNA 3TANA 4OLBA 2BDPA 1Q8IA 2O4GA 4AH9A 3KKSA 4OJRA 3CG7A 4I7FA 3AVNA 2YKNA 3V1OA 2HHTA 1UWBA 5CZ2A 2XY7A 1HRHA 2KFZA 3V4IA 2HHSA 4TSXA 4GVMA 3ASMA 5J1EA 1TKZA 2HHWA 2P5OA 3KD1E 1TAUA 3NH2A 4FLVA 1S9EA 1JLGA 3QEXA 4E7IA 1L3UA 2DTUA 1T7PA 3CFOA 1RT2A 1ZBFA 1KVAA 1VSLA 3AO4A 1J5OA 3V1RA 1JXEA 4Z0UA 4DTJA 2YNIA 4H4OA 4LY7A 3U3YA 4CHZA 3O3HA 2E6LA 2AJQA 4OKJA 1BIUA 1SL0A 1YT3A 3OJUA 4Z4EA 2B5JA 2G8VA 1RBUA 4FK2A 3QETA 3OYMA 1BI4B 4ZHRA 4JRQA 4AHSA 1TAQA 5HRPA 4IG3A 5HRRA 2QXFA 3M8SA 3VQ4A 4CESA 4CIEA 3LZJA 3AA4A 4FLUA 4CCHA 1VSHA 4H8KA 4JRPA 4FLZA 4B9VA 4M3UA 2YNGA 3VQQA 5E41A 4CJWA 4N47A 1KCFA 3THVA 3S3MA 4M42A 3LANA 3DLBA 4Q0BA 3QO9A 3P5JA 3LWMA 3RTVA 1D9FA 5EU7A 3F73A 4CHNA 1NK7A 4FJNA 4LSLA 1ASVA 3G10A 4DS4A 4NCAA 3LP2A 1VSDA 2QK9A 1JLQA 1N5YA 3NFAA 3MXMA 1NJWA 2HMIA 1LWEA 3DMJA 4E7LA 2IAJA 5JS2A 4KB0A 4AHCA 5KGXA 3V9UA 1C1AA 3M8QA 1JLAA 3TARA 1JLFA 3HPOA 3DRPA 4O44A 3L2UA 1S1TA 4DTRA 4RW9A 2GV9A 3HM9A 4ICLA 1U47A 2A1SA 4DQSA 1VRUA 3C95A 2FBYA 1LW2A 3AVJA 3DOKA 4FLYA 3RRHA 1UAXA 4ELUA 1S5JA 1NK4A 2ZQBA 2P1JA 3AVKA 3IRXA 4CGDA 3RMAA 1L5UA 1FK9A 1XWLA 3PX4A 3PX6A 2YNFA 4C8OA 2PZSA 1U4BA 2X6NA 2RN2A 1J53A 3CQ8A 4PQUA 1B92A 2HHXA 1LW0A 4KREA 4HUGA 2F8TA 4CF0A 5J2QA 3VQPA 4CEEA 5HBMA 5FRNA 4EZ9A 1IO2A 3FFIA 3UIQA 1CXUA 1EP4A 4FZYA 3HVRA 2F96A 4DU3A 3DM2A 5HRNA 1G15A 4JLHA 3O3FA 3MEDA 5DK5A 4CEFA 4C8MA 3V9WA 4FJKA 3TWHA 3LP1A 1NOYA 4ELTA 3AV9A 3LAKA 1XC9A 1VSIA 1WSHA 1RTDA 4QOZB 4LSNA 1RTHA 3TABA 1RBRA 3KKRA 5J2MA 3OYDA 1S1UA 1J54A 4DLEA 3PY8A 1HJRA 3SV4A 4J2AA 1U45A 4PWDA 1QSYA 3NF8A 4OKKA 1IKYA 3OYLA 4AHVA 3CM5A 2HNYA 1RDDA 4B9NA 4Z4CA 4KKOA 3TAPA 4KHNA 1KLMA 1RT6A 1QSSA 2ITGA 2HVIA 3L2RA 5FRMA 2E6MA 1YTAA 1KVCA 1WSGA 4KTQA 1C0UA 1HYVA 4M3TA 3WNEA 4KTWA 3NGYA 4AILC 4I2QA 3SPYA 1S1XA 3SYZA 3ZT4A 5I3UA 1YVUA 3AA5X 3QIOA 5C25A 3PUFA 5KI6A 3K5LA 3SQ2A 3S3OA 1SL2A 4CJFA 4FLXA 3NCIA 2Z1HA 4NYFA 3QLHA 1RCHA 3BGRA 3KK3A 3QESA 4FYDA 5JS1A 4FZXC 3DLKA 3SUNA 3AO3A 1IKVA 3AVMA 4CJKA 4F3TA 4CF8A 1Z26A 3EY1A 1S6PA 4LH5A 2DFFA 4ELVA 3LP0A 1XI1A 1NJZA 4N76A 1WSJA 4AHRA 1IH7A 4DTPA 4E89A 3ZT2A 4DTXA 1LWFA 2QKKA 2DY4A 4FJ8A 4CGGA 2Y1IA 3OS2A 4IBNA 3TAEA 5C42A 1X9MA 4BDZA 1CZ9A 3C94A 2RF2A 3AA3A 1KTQA 3T19A 4HTUA 4C8KA 4MFBA 1S1VA 1LV5A 4HCCA 4FJLA 4KHWA 4ID1A 2XO7A 3RR7A 3QIPA 3ZT1A 2VG5A 3ULDA 3KD5E 3AO2A 4FM0A 1NK5A 1TK8A 4DS5A 4FJMA 2IOCA 3SPZA 4H4MA 3VQ9A 3CFRA 3RWUA 1EX4A 1WSFA 4EP5A 2PYLA 3DLHA 3ITHA 5J2NA 4I9QA 3HJFA 4OPKA 2GUIA 3OYIA 4OPJA 3SZ2A 3OS1A 3QINA 4KPYA 3VA3A 3K5MA 1D5AA 4RG8A 3M8RA 3PO5A 4CJQA 1WSIA 3F9KA 3HP9A 4CIFA 3I0RA 3L2VA 2OPRA 4E1MA 4DFMA 1TL3A 1ASUA 3DLEA 4CE9A 3IAYA 2HHQA 3RMDA 4CHQA 4DU4A 5KRTA 2Y1JA 2D0CA 4O0JA 4DQQA 2GBZA 3ZSYA 1A5WA 3HK2A 4AHUA 3I0SA 1RT7A 3MAQA 1DLOA 4L8RB 4JS4A 4F3OA 4KHSA 4CJ5A 4FLWA 2G8IA 3SV3A 4NCGA 3L8BA 2OPQA 1JXBA 3NAEA 3SNNA 3CYMA 4FVMA 4E1NA 4Z4HA 4B9LA 5T7BA 4DLGA 3O3GA 2Z1JA 2P5GA 4GMJB 2Q3SA 4FXDA 2YKMA 4LD0A 4BE1A 4F2RA 4F4KA 2X6SA 4JS5A 4FJJA 4KB1A 2JGUA 1RBSA 2IDOA 4BE2A 4KTZA 1WAFA 4Y1CA 3PV8A 3OVNA 3U6FA 2YV0X 4DTMA 2KZMA 1ZBLA 4FCYA 1QS4A 2P51A 3LP3A 1RBTA 3L2QA 3LDSA 1VSFA 4DSFA 1BCOA 4DQPA 3HPGA 3VQBA 3NH0A 1T03A 1TKDA 3VA0A 1NKEA 4KRFA 4QCLA 4KFBA 2XY8A 4CF9A 3TAQA 3MEGA 2I5JA 1QE1A 2KW4A 3HP6A 5CYMA 3LWLA 3MXJA 3LZIA 2G8WA 4NCBA 3OYJA 1IKWA 2ZE2A 1FKOA 5HP1A 3ZSRA 1VRTA 4HVJA 3L3UA 3K59A 3HSTB 4FJHA 1XHZA 3U3GA 2YNHA 3ZSXA 4FM1A 1TKTA 2IS3A 2HHUA 2YHBA 4C8LA 4B9SA 4DG1A 3VQCA 4CJSA 3HYFA 2XHBA 3V9SA 1X1PA 2NUBA 2OZMA 5CZ1A 2D0AA 4W5QA 3NGIA 1WAJA 5HRSA 2HVHA 3CM6A 1CXQA 3DI6A 3WNHA 4HUFA 4DF8A 1R0AA 1W9HA 3AVFA 4CHPA 1KRPA 3OS0A 4K8XA 3HL8A 4FK4A 4CJEA 1VSEA 4YNQA 4DSLA 3KLEA 3OYKA 2ZD1A 4CF1A 4DFKA 2XRIA 4DTUA 1O1WA 4KV8A 3H08A 4CK1A 4DMNA 4EP4A 4CECA 5D3GA 3VQAA 5KTQA 5FDLA 1NJXA 3BDPA 2OZSA 1IG9A 4CK2A 2OYQA 4CERA 4EZ6A 3ZSOA 3EYZA 2XY6A 2KFNA 3V9XA 4CHOA 4CEOA 2D0BA 1SL1A 1KVBA 1HYZA 4RW8A 1C1CA 4DQRA 5DMRA 4M41A 4BDPA 4J2BA 4FLTA 3K5OA 3P83D 4W5RA 3DOLA 4IG0A 3EZ5A 2WONA 4IFYA 1JL2A 5SZTA 4CFCA 2BGGA 3ALYA 2KZZA 1JKHA 2FBXA 4LH4A 4E19A 4BWMA 4RW4A 1NKCA 3AVHA 1U49A 1I39A 3O4QA 1GOAA 4CGFA 3OYFA 3VQ7A 3DRSA 1SUQA 3WNFA 3AVLA 3VQ8A 5I42A 2PY5A 4C8NA 4I2PA 4CJ4A 3S3NA 4AHTA 1RTIA 1A5XA 1JLCA 1Z25A 1NJYA 5KRSA 1B9FA 3SQ1A 3AVBA 1X9WA 4DWIA 4W5OA 2KQ2A 1NOZA 1RTJA 1RT4A 4CGJA 3DRRA 1KLNA 2YHAA 2FC0A 5CYQA 1C6VA 3JSMA 1REVA 4N56A 4OKEA 1ZYQA 4B08A 4E3SA 1RT3A 3SJJA 5KGWA 4Z4FA 2HB5A 3AVCA 1BIZA 3HVTA 1S1WA 2RKIA 2B6AA 4DTNA 1KFSA 3AO5A 3RMCA 4PA1A 1U48A 3NH1A 4KAZA 2G8KA 3RR8A 4PY5A 3KLFA 4FJXA 4OGCA 1L3VA 3ZSZA 1T8EA 3TR8A 4CEDA 4CEZA 1NK6A 4W5NA 1VK0A 1ZBUA 5C24A 1YTUA 3P1GA 3KK1A 3KLIA 3HXMA 3MXIA 3VN5A 4WE1A 1RDCA 4G1QA 1JLEA 1GOBA 4B8CA 4E7KA 3PO4A 1HQUA 4FW2A 4BDYA 3LAMA 1HYSA 3TI0A 4DU1A 1TVRA 1IKXA 3TAGA 3SUQA 1WNSA 1B9DA 4PUOA 1C0MA 4CIGA 2OA8A 1HQEA 2OPSA 3ZT3A 2ETJA 1UA1A 4FM2A 1CLQA 2EX3A 1HPZA 4DSIA 2KTQA 1BISA 1LWCA 3DYAA 1UA0A 3SCXA 4FW1A 4CHYA 4DTOA 3IS9A 3MECA 4MQ3A 3C6UA 4CK3A 4XIUA 4BE0A 4M45A 4HHTA 3OY9A 4KHUA 3NHGA 4I9LA 4DF4A 3RMBA 3HPHA 3KIOA 3SUOA 1RBVA 4OVLA 1Y97A 1LAWA 4W5TA 1EKEA 3B6OA 1HNIA 4Q5VA 3L3VA 4CEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B8AB 1TV6A 3NBPA 2FBTA 5AQPA 2O4IA 3QERA 2J4RA 5CR4A 4CGIA 2ATQA 1TYQB 4IOXA 4YORA 3MK6A 1GLLO 2A3ZA 4H5TA 3RRGA 4O4GA 5HL7L 4B1XB 1D9DA 3PX0A 3OJSA 4JK9A 4R5PA 3SJHA 3CC4N 2BE2A 4ISFA 4ID5A 1YJWN 4PKGA 3MCAB 1NJIO 4IEEA 5AQIA 1VSJA 1WN7A 4IKFA 1MU2A 5BR8K 3KVGA 1HNVA 2E88A 3LDNA 1K6YA 3AVIA 3CCQN 2A1RA 1DT9A 1IBMK 3M5RA 4E7HA 3OYCA 3UKUB 4MO4A 3AARA 4OPHA 1BI4A 4Z4GA 3ZX0A 4JD2B 4ZTJA 3DXKB 3VQ6A 4M3YA 1XHXA 4KHYA 3VQEA 4HUEA 2DFEA 2VG7A 4IDKA 4BR0A 4CJ3A 4N5SA 4FWKA 1BU6O 1YJNN 1VSMA 3UKRB 4RCHA 1KAZA 3E66A 2WOMA 1RT5A 4B3TK 3V1QA 2P9NB 4IFVA 3QEVA 4CEQA 3FFKB 3LDOA 2D0PA 1VQ4N 4KH6A 5E26A 2FBVA 1QHTA 3QNOA 3AA2A 3O4NA 3NF7A 2PAVA 3K5NA 3R8EA 4N41A 2JLEA 3KLHA 3SI6A 1SKWA 3EKSA 4JHDB 1WBBA 2RE2A 2Z1IA 3B6PA 4BY9C 1WSEA 4DUYK 4DV3K 1J9AA 4CJPA 5J2PA 3WXIA 2V7ZA 3JYTA 3OYNA 1NGCA 4O0IA 5GAEP 1WLJA 4AQYK 2F8SA 4I6MA 5JVHL 3L2WA 4KO0A 1HMVA 1TKXA 3TANA 4IZ9A 2YKNA 2UYTA 4FOEA 1HRHA 4TSXA 5J1EA 3ASMA 2HHWA 2P5OA 5CHIA 1TAUA 4GY2B 3FR0A 1S3XA 1XUPO 4FLVA 1S9EA 1Q81O 3WXLA 3O9UA 5LY3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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