4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
3QNNA 4CIGA 4CESA 1N5YA 1HQEA 3MAQA 3MXIA 2G8KA 2IAJA 4CJPA 3PV8A 1KTQA 3V9UA 4KI4A 4KHQA 2G8WA 4M3YA 3NFAA 1QS4A 1ITGA 1BQMA 1QQCA 3QINA 5SWMA 3KLGA 4M3WA 1JXBA 4O0JA 3ZSXA 3NH2A 4CEBA 3SQ1A 2ITGA 1I39A 3T1AA 5C42A 1JL1A 5J2MA 1NJXA 1S6PA 3MECA 2XHBA 5J2PA 4B9UA 4PUOA 3LP1A 4CJVA 3TAPA 4XIUA 3RR7A 2HNDA 3IAYA 3K5OA 3PX4A 2QXFA 1Z25A 3CFOA 4KTWA 3K59A 3OYGA 1XC9A 2FBVA 3DMJA 1NJYA 2I5JA 3VQ9A 3K5NA 5FRMA 4ELTA 4M42A 4PWDA 3QESA 4FZYA 3F9KA 3ZSYA 3E01A 1BI4A 1TAQA 4CE9A 1X9MA 2YHAA 4HVJA 3QNOA 3O3HA 4KREA 2HB5A 1TV6A 4BACA 1L3UA 3BDPA 2HHXA 1WSJA 1JLGA 1IKWA 1RDBA 5CZ1A 3VA0A 3DLKA 2O4GA 2YNFA 1BIZA 3IS9A 4BE1A 3NF7A 3OS1A 1RTIA 1U48A 3CYMA 3M8QA 4JRPA 4FLWA 3VQQA 4HCCA 2EX3A 2KW4A 1U49A 3LPTA 5CYQA 4K8ZA 4O0IA 4DFJA 3L2QA 4CIFA 1WSGA 4Q5VA 4B3OA 2HHQA 4JLHA 4F2RA 2YKMA 5HRNA 1BI4B 3V4IA 2RF2A 4FK0A 3NF9A 3NF8A 1TK5A 3EYZA 4CHZA 1C0UA 3V1OA 3SV3A 4N76A 2VG5A 1Q9YA 2DY4A 2RPIA 3M8PA 4B8CA 1RT7A 3QIOA 1CLQA 2WONA 4CF9A 1QE1A 1XHXA 3AVAA 1KVBA 4OJRA 3ZSWA 4CHOA 2XO7A 3VA3A 3OYBA 1BCMA 3L2WA 1VSMA 4LD0A 2P5OA 4FK4A 2BANA 4B9SA 4CGHA 3HPGA 1C1CA 1BISA 1TKTA 1TKZA 4LSLA 3TAGA 4CJSA 3HXMA 3L3UA 2FC0A 1NKEA 3PY8A 3D0PA 3QEVA 2Q3SA 3OS0A 4MQ3A 4CHNA 2O4IA 2X6SA 2YNGA 3LANA 4I9QA 4M3RA 5DK5A 4DTXA 4EZ6A 4I2PA 3AO3A 1S1UA 1NK5A 5I42A 3RRGA 4Z4HA 3PO4A 3ULDA 3QO9A 1RT5A 3QEXA 3NGZA 1NKBA 3LPUA 4CFDA 4ICLA 4DSFA 1SKRA 3T3FA 1ZBHA 2W42A 4KTQA 1NJWA 2Z1GA 2VG6A 4L8RB 3AVHA 1CZBA 1B92A 1UWBA 2D0AA 2DFFA 4Z4EA 4E7KA 3KTQA 1NK6A 3PX0A 3M8SA 1VSLA 1KVCA 1QTMA 1ZBIA 1HJRA 2F8TA 4CK2A 1BGXT 4CJ5A 1HQUA 2G8UA 3OYDA 1J9AA 2HVIA 4AHRA 1WSIA 3DLBA 2FBTA 3DOLA 5HRRA 4CJKA 4CERA 3OY9A 4G1QA 4KHSA 5E41A 3KK1A 2PYJA 1YVUA 3WNGA 1ZBUA 1RT4A 4W5QA 3F73A 2OPQA 4CJWA 2XY5A 3QIPA 4J2AA 1TKXA 4IG0A 3I0RA 4F3OA 3EY1A 3S3MA 1NK7A 4IKFA 4H4OA 4CEZA 1RTJA 4H8KA 4Z0UA 3U3GA 4HUGA 4CGIA 1RILA 4E89A 4DQSA 1S9EA 2XY8A 1A5XA 2VG7A 3K2PA 5HRSA 3TABA 2YKNA 3KK2A 4BDYA 3PX6A 2XY6A 3ISNC 1HNVA 3OJUA 3AO1A 1U04A 4FLVA 1U4BA 3PO5A 4NCBA 1T05A 1S1XA 4CJUA 3I8DA 4CJEA 1RT6A 4CK1A 4CFBA 4FM2A 1S1VA 1S6QA 3DOKA 1A5WA 1NOZA 2P51A 4O4GA 4BWJA 3V81A 1CZ9A 5J2NA 1SL1A 1VRUA 4NYNA 2VWKA 3S9HA 1G15A 1L3TA 5D3GA 1U47A 1KLMA 3NH1A 4DTMA 1L3VA 4DSKA 4BDPA 4FLZA 2RN2A 3C6UA 1Q9XA 3K57A 2HVHA 3NHGA 1T03A 3NF6A 4B9MA 3NGIA 4B08A 3RTVA 3P5JA 4J2DA 3SYZA 4E7HA 4JRQA 3DLRA 1EP4A 1VSKA 1RCHA 3CM6A 3H08A 3DYAA 4IFVA 4KRFA 1Z26A 2IDOA 3WNHA 4CJFA 2IOCA 4CEEA 4M3TA 4CJ4A 1YT3A 1NK0A 3BGRA 5FDLA 5FRNA 3AV9A 1S1TA 1NK4A 1BHLA 2G8IA 3S3NA 1VRTA 1XHZA 1SL2A 5DMRA 3VQPA 4KB1A 2DTUA 3SV4A 3OYMA 4CJ3A 4DS4A 4FJXA 3TWHA 3DLHA 3WNFA 4ID5A 3ALYA 3V9XA 3OVNA 4TSXA 3LP0A 4OKKA 3AVCA 3VN5A 4DTUA 5JS1A 4ID1A 4HCBA 1GOBA 4ZTFA 1HNIA 2OYQA 3NAEA 4F4KA 4AILC 1JLQA 2JLEA 1SKSA 4O44A 3ZSOA 1S1WA 3LP3A 1TK0A 4KHWA 1TL3A 3AA4A 3KJVA 1VSJA 3LAMA 3QETA 2PZSA 3T19A 3HPOA 4N41A 2D0BA 4E3SA 1WSEA 1A5VA 1B9DA 3LWLA 5I3UA 4FJ9A 4B9NA 4ELVA 3QEIA 4W5RA 3VQDA 4DTSA 4DTJA 1CXUA 3AVGA 4IBNA 4IDKA 2B5JA 5KI6A 3V1RA 2XRIA 4FJGA 3OYJA 1TKDA 1VSHA 3OYLA 3G0ZA 4PQUA 1D9DA 3CM5A 4IFYA 4W5OA 4DLGA 3VQAA 3IRXA 1LWCA 4M3ZA 4CECA 1ZBLA 3V6DA 4LH5A 4NCAA 2RKIA 5SZTA 3AA3A 3OS2A 3CQ8A 1L5UA 1D8YA 1SL0A 3RWUA 3HO1A 1D5AA 2ZE2A 3JSMA 5KGWA 3ZSZA 3SQ4A 3TARA 5K14A 3K5MA 1ZBFA 5J2QA 1KLNA 2D5RA 4J2BA 4AH9A 4E1NA 2OPSA 4CHQA 4I2QA 3KIOA 1BCOA 1RBUA 4CHPA 3RR8A 4EP5A 3HJFA 2HHUA 3A2FA 1I3AA 3LP2A 3RMBA 3HP9A 3HVRA 1B9FA 1X1PA 3OYCA 3TR8A 3V9SA 4DQRA 1YTUA 2E4LA 1IKVA 1W0HA 1RT2A 3OYFA 1T8EA 3SCXA 4CF0A 1TVRA 1WLJA 1HMVA 4OKEA 4M45A 3RMCA 3KD1E 1JLBA 2F96A 3SUQA 2X78A 4C8OA 3MEEA 4ZTJA 1NJZA 1FK9A 1ASUA 5CYMA 1IG9A 1DTQA 2FBXA 1EKEA 2LSNA 3K58A 5JS2A 4HTUA 4OGEA 1S9GA 4OVLA 5HROA 4FZZA 4FXDA 4Y1DA 3AO5A 4DS5A 3SPZA 2ETJA 5HP1A 2G8HA 3KKRA 3VQEA 3ZCMA 2KTQA 1RDAA 4GVMA 5HRPA 1JLEA 3L2UA 1J53A 1RBTA 2DFHA 3D45A 4CJRA 4BDZA 4FW1A 4E7LA 3PUFA 4DWIA 3VQ6A 2B4JA 1JXEA 3P83D 4KI6A 3VQ7A 4DU1A 4DFMA 1GOCA 3ZT0A 3L8BA 3HT3A 4E0DA 3G10A 1UA1A 1F21A 4C8NA 2ZQBA 4DSJA 3AO2A 4AHTA 3HSTB 3QERA 1EX4A 3ZSVA 2Y1JA 1ASVA 4DF4A 3L3VA 1Q8IA 4FM1A 4Y1CA 4DQIA 4Q0BA 3SZ2A 3TAMA 3HK2A 2KQ2A 3LZIA 1HPZA 1CXQA 4OGCA 1NK8A 3MXMA 1J5OA 3DI6A 1IKYA 1RT1A 5KRSA 3DRPA 4CCHA 4I7FA 3O4QA 3OYNA 3KK3A 1UAXA 4BE2A 2IC3A 1FXXA 4I9LA 3MEGA 3CG7A 4BWMA 1SV5A 3ZSRA 1IH7A 1IO2A 3NH0A 4DU3A 3FFIA 3V1QA 3TI0A 4E1MA 4KHUA 1SKWA 4KB0A 1KSPA 3NGYA 4KV8A 4CK3A 3O4NA 1C0MA 3C95A 4HHTA 4JS5A 4AHUA 3B6OA 4OLBA 1D9FA 2IS3A 1WN7A 1VSEA 4O5BA 3RMDA 4FZXC 3AVNA 1YTAA 4KKOA 1WAJA 2P1JA 3KKSA 5T7BA 1WSHA 4E7IA 1TL1A 2P5GA 1TK8A 3TAEA 2QK9A 2YNIA 3AVBA 3ZT2A 2BE2A 3OYHA 4BE0A 3SUPA 4YNQA 3B6PA 2GV9A 1LAVA 1KCFA 3S3OA 4FJHA 4LH4A 2QKBA 4OKJA 1TAUA 4M3UA 3I0SA 4RW7A 4C8KA 1K6YA 3AVMA 1KRPA 3HYFA 4GW6A 1DLOA 1Y97A 4FJMA 1QHTA 2D0CA 3O3FA 2OPRA 2OPPA 1LV5A 3HM9A 4QOZB 4H4MA 3VQCA 1SUQA 4DU4A 3QEPA 2HHVA 1MU2A 2ZD1A 2BGGA 1KFDA 3AO4A 3DLGA 3OYKA 1RDDA 3SQ0A 3OYIA 1RBRA 3VQBA 3ASMA 4AHCA 1GOAA 3SNNA 2DFEA 4PY5A 4RW6A 4FJNA 2HHSA 1RTDA 2Z1JA 1ASWA 4C8MA 4QCLA 1UOCA 1JLFA 1W9HA 4CFCA 4FJ5A 2IGIA 2Z1HA 3DLEA 1VK0A 4FLXA 3VQ8A 4DSEA 3K5LA 3LZJA 1U45A 2G8FA 3TAFA 4OLAA 4FYDA 2PY5A 3KLHA 1JKHA 4CJTA 1S5JA 1HRHA 3AVJA 3C94A 3QLHA 4DMNA 3DRRA 5EU7A 2A1RA 4W5TA 4CEAA 3RRHA 1NKCA 2GUIA 2YNHA 1RNHA 2WOMA 2HNYA 3AA5X 5KTQA 2KZZA 4JS4A 2ATQA 2Z1IA 3KLIA 4CF1A 3QEWA 3HPHA 1UA0A 4KHNA 4Z4GA 1LW0A 4FK2A 4LY7A 3DM2A 4DFKA 2KZMA 4B9LA 4M41A 4OPKA 4IG3A 1KFSA 1RBVA 1RBSA 1RDCA 2JGUA 5C24A 3MXJA 4CEOA 2HNZA 2X6NA 5CZ2A 3UIQA 1HYZA 1QSSA 3VQ5A 4AHVA 3M8RA 3ITHA 3EZ5A 1BQNA 4CIEA 1LW2A 4Z4CA 4FJLA 4WE1A 3HP6A 4E7JA 3THVA 1NOYA 4DTNA 1X9SA 4FLTA 3LALA 3ZT3A 4GMJB 3LWMA 2BDPA 4F3TA 3DRSA 1HYVA 4EP4A 1XI1A 2G8VA 1RTHA 1TGOA 3CFRA 3V9WA 1J54A 3AA2A 5J1EA 4R5PA 3NDKA 4O55A 3P1GA 4F8RA 4RW8A 4FCYA 4FJKA 4KFBA 2AJQA 5HLFA 1REVA 3U3YA 4C8LA 3HVTA 2OZMA 1KVAA 4K8XA 1WNSA 5CY4A 4YFUA 2HHWA 2NUBA 4DTPA 2F8SA 4B8AB 4UQGA 3LDSA 3ZT1A 4NCGA 3CFPA 1C6VA 1DTTA 1LAWA 2E6LA 4LSNA 3NE6A 4FJ8A 5FROA 3AVKA 4FW2A 2E6MA 2PYLA 3AVIA 2A1SA 4RG8A 1FKOA 1C1BA 1RT3A 2VWJA 1VSFA 3SUOA 4DTRA 1X9WA 4DTOA 2HHTA 3KLEA 2KFNA 1LWEA 2Y1IA 2B6AA 3OJSA 3KLFA 4KHYA 4DSIA 4EZ9A 3HL8A 4HUEA 4N47A 3JYTA 4FLYA 4B9TA 4DF8A 4PA1A 4CEDA 3NBPA 1XWLA 1LWFA 1QSYA 4RW4A 4ELUA 1FKPA 3ZSQA 1BIUA 4CEFA 2QKKA 4FJIA 1L3SA 2OA8A 2YHBA 4CF2A 1WAFA 3SI6A 2KFZA 1T7PA 4NYFA 5HBMA 3WNEA 1JL2A 3SQ2A 3SJJA 3C6TA 1NK9A 1C0TA 3V9ZA 2FBYA 2YV0X 4FJ7A 4KTZA 4M3XA 4DFPA 4CFAA 1IKXA 4FLUA 3L2RA 2HW3A 1JLCA 4Z4FA 1JLAA 5C25A 4OPJA 3AVLA 2XY7A 3SPYA 5KRTA 4Z4IA 3IG1A 3L2VA 4W5NA 1VSDA 1C1AA 2EHGA 4QAGA 4CHYA 4DLEA 1BL3A 1WSFA 3SUNA 4FVMA 4J2EA 4CJQA 4ZHRA 4FJJA 3RMAA 4CEQA 4DQPA 4HUFA 4CF8A 3TAQA 4DSLA 4KAZA 3O3GA 2R7YA 1EETA 3AVFA 3VQ4A 3ZT4A 3U6FA 1N6QA 2GBZA 3LAKA 4MFBA 4FM0A 4CGFA 3KD5E 4CGJA 4CGGA 4N5SA 1ZYQA 2X74A 1QSLA 1O1WA 1R0AA 3TANA 4F2SA 5KGXA 4RW9A 2OZSA 2HMIA 3MEDA 4N56A 4CGDA 4AHSA 3OYAA 4KPYA 4CJLA 3OYEA 4DG1A 4E19A 4KO0A 3NCIA 4DQQA 4B9VA 1EXQA 1VSIA 1HYSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PFUA 1QHAA 1N5YA 3MAQA 3LL3A 4CJPA 5LMUK 2F9TA 2V7YA 4H0XB 3NFAA 1QS4A 1BQMA 4FL9A 2H3GX 1O13A 3AAPA 4B9UA 5J2PA 4PUOA 4CJVA 3TAPA 3IAYA 2HNDA 2FLOA 4GNIA 1T44A 1Z25A 4Y0WA 1XC9A 3WXJA 2I5JA 3K5NA 3FFKB 4CE9A 3QNOA 4Z94A 1L3UA 1TYQB 5LMNK 3AY9A 1RTIA 2UYTA 3CYMA 3WXLA 3VQQA 4HCCA 2EX3A 2E5LK 1NGEA 4DFJA 4DUYK 1BI4B 2YHYA 3NF9A 2CGKA 3EYZA 1C0UA 1S3XA 3V1OA 2FXUA 4CZEA 3SV3A 2VQEK 3PSIA 2RPIA 4FWNA 2WONA 1QE1A 1XHXA 1NMDA 3VA3A 3G25A 4CZLA 5I9EB 3NVKA 1VSMA 4LD0A 2P5OA 2BANA 3C7NA 1DKGD 2P9SB 3L3UA 4K25A 1MWMA 2Q3SA 3PLAA 3DXKA 3LANA 3O5BA 1S1UA 1NK5A 4YDUC 3RRGA 4QS7A 4R79A 3QEXA 3NGZA 4CFDA 4B9QA 3T3FA 5JLFA 1NJWA 1EQYA 1YIJN 2QWMA 1WUAA 3KTQA 1QTMA 1VSLA 2F8TA 4CK2A 1BGXT 5FPEA 3CC4N 1HPMA 3OBWA 3DOLA 4K43A 3CJCA 1ATNA 4G1QA 4FK0A 1RT4A 1BU6O 1TKXA 4XH4A 1NK7A 5BN8A 4H4OA 4DV7K 4H8KA 4HUGA 1E4GT 1RILA 3TABA 2XY8A 4B3TK 4BDYA 3PX6A 1U4BA 3OJUA 4O8UA 3CJ1A 5F0XA 1BUPA 2HMPA 4CJEA 4CK1A 4CFBA 3MX5A 4FM2A 3DOKA 4YORA 1VRUA 4NYNA 2VWKA 1U47A 1KLMA 3NH1A 4DTMA 4DSKA 4FLZA 3K57A 3QBWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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