4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
1UOCA 4OPKA 4M45A 3MEEA 1CZ9A 1S1WA 4CJEA 4DQQA 3K5NA 3DRRA 1F21A 1C0TA 1S1XA 4E7JA 3VQBA 2LSNA 4CK3A 2HNDA 3RWUA 4FJ7A 1DTTA 1S6QA 4CEAA 4KB0A 1VRTA 4W5QA 3OS1A 4B9TA 1RCHA 1CXQA 2O4GA 3LALA 4RW6A 4CJPA 4B8AB 4XIUA 1SL1A 3V1OA 2KQ2A 1VSKA 4DF4A 4MFBA 1U4BA 4IG0A 5KI6A 4Z4HA 4NCAA 5HLFA 1J53A 4CGGA 4OKEA 3M8PA 3B6OA 4BDPA 2ZE2A 3L8BA 2HHUA 3D45A 3MAQA 2D0CA 4RW4A 1HMVA 2DY4A 3C6TA 1IO2A 3K5OA 1TGOA 1BL3A 4NYFA 4HHTA 4CEOA 2B6AA 3AVLA 1TK8A 3QEIA 2RF2A 2HVHA 3L2RA 4EZ9A 1BI4A 1RDDA 2ZD1A 5HRSA 4YFUA 3ZSYA 4GW6A 4H4OA 4IFVA 4TSXA 4DSKA 5T7BA 4YNQA 4K8ZA 1RT5A 3HPOA 4IDKA 2Y1IA 4F2RA 5HRRA 1WSIA 1WN7A 5E41A 3HVRA 1RDBA 3SJJA 4FJGA 3S3MA 2IGIA 3KLIA 2YHAA 3CFOA 5HROA 2JLEA 3TWHA 2BGGA 1C1BA 4FLVA 4NYNA 2FC0A 1NK9A 1S9EA 2VG6A 3PY8A 1W9HA 3VQEA 3DRPA 4KPYA 2FBYA 3FFIA 1K6YA 3P83D 4W5RA 3OJSA 4DLEA 4DTNA 1Q8IA 1D9FA 1SKRA 2A1SA 2IOCA 3OYNA 1BCOA 1VSDA 4OLAA 3TAMA 3NAEA 4HTUA 2FBVA 4AHTA 3ZCMA 3QEVA 2HB5A 1C0UA 3LDSA 3LP0A 5D3GA 4QCLA 1SL2A 3QESA 4FM2A 3VA3A 2G8FA 2HHTA 3DLEA 3TARA 2GBZA 1TVRA 3ASMA 2ETJA 3RMDA 3MXIA 1N6QA 1S1VA 1QSYA 1SKWA 2QKBA 1QSSA 4ICLA 4DFMA 3VN5A 5FRMA 4KRFA 5HP1A 1VSHA 4EP4A 3VQAA 3F9KA 3KD1E 2AJQA 3TAEA 1TAUA 3SUQA 1LWCA 2YV0X 1SUQA 3K5LA 3OYIA 3AO3A 3T19A 3V9XA 3THVA 3OYGA 5I42A 3K2PA 4Z4GA 2XY5A 4KV8A 3AVKA 1WSHA 3LWMA 1HNVA 5HRPA 3MXMA 1XHXA 4JLHA 3C6UA 4HUEA 3VQCA 1LW2A 2HVIA 4C8NA 4CEFA 1BI4B 3OYMA 3L2QA 1NJYA 4CERA 1J54A 4CIEA 4Z4IA 1YTUA 4HUFA 4FJIA 1JKHA 3PO5A 4O0JA 4I2PA 4N56A 1VK0A 4OKKA 4E19A 4FLXA 1RTHA 4DFKA 3TAFA 4JRQA 1UA1A 1CXUA 3TR8A 4CEDA 1RT2A 4FM1A 3HO1A 4BE2A 4DTMA 5J2QA 4FJJA 2ATQA 3AVMA 3VA0A 2XY7A 3DLRA 4E0DA 1QS4A 4DTUA 3QLHA 3O4QA 1LWEA 4FW2A 3AO1A 4E89A 1X9MA 4OJRA 3HK2A 2JGUA 4EP5A 1VSMA 5CZ1A 4CHOA 4R5PA 3DM2A 4LH5A 1LW0A 3HJFA 4OPJA 3EYZA 3OYHA 4FJXA 3VQ5A 3QO9A 1U49A 1QSLA 4LD0A 2G8VA 1TKXA 3F73A 4KHWA 1IG9A 3BGRA 4M3ZA 2ITGA 5J1EA 5J2NA 4FJLA 4Z0UA 1S9GA 4IFYA 1HPZA 2Z1HA 1D5AA 4EZ6A 4CJQA 1IKVA 1QE1A 1W0HA 4DSJA 3V9ZA 3VQ6A 2X78A 1HYZA 1T8EA 1NKBA 1QQCA 2OPQA 1FKPA 4FK0A 3RMBA 4RW7A 4M3UA 3SUOA 3V9UA 1SL0A 1IKWA 2NUBA 2VWKA 2KTQA 1JLQA 3CM5A 2DFHA 3SUNA 4DTPA 1A5WA 1TKTA 4DSEA 4DTSA 4ELVA 3OYFA 3ZSQA 4B9LA 3CYMA 3PV8A 4CJRA 5SZTA 3LPUA 4O55A 5J2MA 3ZSVA 4CGFA 3JYTA 4CJ3A 3DOKA 1TL3A 3OYCA 4ZTFA 2WOMA 4C8OA 3S3NA 4FJ5A 4KTZA 3NH1A 1TKDA 1LAVA 2XHBA 1KLNA 1JLAA 4ID1A 1VSIA 3ZT2A 1T05A 4FJ8A 3LP2A 1ZBUA 3OYKA 2O4IA 1D8YA 4DS5A 4KHSA 3EZ5A 4CEBA 1TAQA 2P1JA 4GMJB 3TAPA 3KTQA 3K59A 4M3TA 4AH9A 5FROA 5I3UA 1WSEA 2F8TA 4PWDA 1T03A 2F8SA 3AVHA 4DSFA 4KB1A 4Q0BA 3VQQA 1NKCA 2W42A 4FZZA 1I39A 4DU1A 4CEEA 2HW3A 3LANA 2OZMA 4E7LA 1KFDA 3PX0A 2DFEA 4J2AA 4OKJA 1BIZA 4E1MA 4PUOA 3T3FA 2EHGA 4RW8A 3DLKA 4B9VA 2VG5A 1RT7A 1KCFA 4JRPA 1RT6A 1B9DA 3OYAA 3AA3A 4KTWA 4CFAA 3QEWA 4IKFA 4CF0A 2OYQA 4UQGA 1RBRA 1C0MA 3L2UA 4DTOA 3CFRA 4DU4A 4ELTA 2P51A 3AVIA 2D5RA 1JLGA 4CGIA 1RT3A 3ITHA 3ZSWA 3NGZA 1RT1A 3RRGA 2IDOA 2XRIA 2YKNA 3L3UA 4W5NA 3OJUA 1GOAA 5HRNA 4LSLA 4J2EA 4LSNA 2X6SA 4DS4A 3PX6A 2HHWA 5C42A 3SI6A 4CF8A 1NKEA 1KVCA 1VSFA 1L3UA 3QIOA 4B9UA 2OPRA 1NK7A 2DFFA 3OS2A 3NCIA 4FLYA 4JS5A 1A5VA 3HP6A 3G0ZA 4CIFA 3T1AA 4M3XA 2DTUA 4CK2A 4Z4CA 3SV4A 2PZSA 3WNGA 2QKKA 1IH7A 4M3RA 1BHLA 3U6FA 3AVCA 2IAJA 3HP9A 3ALYA 4CJ4A 4OLBA 3H08A 2E6MA 4N5SA 2RN2A 4ZHRA 3OS0A 4IG3A 3QETA 3RR8A 3LZIA 5J2PA 4DTRA 1UA0A 1KRPA 4KHNA 4B9SA 1WSGA 3AVJA 4FK2A 1HNIA 3HXMA 3SQ4A 1A5XA 1NOZA 4AHUA 3KLEA 4E7KA 1ZYQA 1HRHA 4CJKA 4CF9A 4FYDA 4B3OA 4BWJA 2VWJA 1YT3A 4NCGA 2Z1IA 4B9NA 3NGIA 2G8KA 3IG1A 4ID5A 4Y1CA 5CY4A 1S5JA 3ULDA 4DLGA 3A2FA 4KTQA 3AO5A 3SQ0A 1VSLA 3CG7A 2X74A 3DMJA 1XI1A 4B8CA 4J2BA 1REVA 2F96A 1EP4A 1NK4A 3AVGA 2XO7A 5JS2A 4E1NA 1HYSA 1X9SA 4RG8A 1VSEA 4O44A 4DQPA 5KRSA 1L3TA 4QOZB 3PX4A 4CHYA 3C95A 4Q5VA 3SCXA 1ITGA 2WONA 2PYJA 3O3HA 3O3GA 1L3SA 1WLJA 1Y97A 4NCBA 1DLOA 3AVFA 4O5BA 1EETA 4W5TA 3HT3A 3NF9A 4CHPA 3UIQA 4PA1A 3ZT1A 2A1RA 3OYDA 3B6PA 3LP1A 1XC9A 1TL1A 3HSTB 2P5GA 2B4JA 4DSIA 3WNHA 4FXDA 3O3FA 2Y1JA 1HJRA 3LWLA 4FLZA 2FBTA 4MQ3A 1LV5A 4G1QA 4C8MA 1NK5A 1CLQA 3C94A 4KHQA 3HPGA 1T7PA 1U48A 2BDPA 2YHBA 3QNOA 1Q9YA 3NDKA 1FKOA 4DQRA 4HUGA 2OPSA 1NK6A 3KKSA 4CK1A 3ISNC 2RPIA 4DWIA 3AO2A 4CHQA 4B08A 2Q3SA 3SNNA 4BE1A 5DMRA 4FZXC 1NJZA 1TKZA 1WNSA 3AA2A 4DFJA 1I3AA 3DI6A 4CFDA 1JL2A 3CFPA 1L3VA 4M42A 4B9MA 3DOLA 4CE9A 2HNYA 3SQ1A 1B92A 3HVTA 2G8WA 3M8RA 3ZSRA 3TI0A 1U04A 4CJLA 3O4NA 1ZBHA 3RMAA 1L5UA 3L2WA 3EY1A 2HMIA 1HQUA 4M41A 4CJWA 1J5OA 4LH4A 3CM6A 4Y1DA 3WNEA 1SKSA 1ASVA 2YKMA 4FJ9A 2KZMA 3KLGA 5FDLA 4CIGA 3L2VA 3NHGA 2IC3A 1O1WA 3VQDA 1RDCA 2HHVA 2OZSA 3I0RA 1JLFA 4FJNA 3V9SA 3P1GA 4AILC 2GUIA 4O0IA 3AA5X 4H4MA 3V4IA 3OVNA 1NK0A 3IAYA 3OY9A 4OVLA 3SPYA 3HYFA 1WAJA 4BDZA 4DTJA 4DU3A 1WAFA 1FK9A 4FJMA 3NFAA 5KTQA 2YNIA 4E7HA 4DQSA 4E3SA 3AVBA 3QIPA 3ZSXA 4F8RA 2YNHA 3M8QA 4CF2A 3VQ4A 1C1AA 3AVNA 5CYMA 4DMNA 4F3OA 1EX4A 1Q9XA 2OPPA 3AV9A 3IRXA 2FBXA 1HQEA 4FW1A 4H8KA 3LZJA 2KW4A 4N41A 2XY8A 5KRTA 4CJ5A 1JL1A 4K8XA 4KI4A 3ZT0A 3BDPA 2E6LA 1C1CA 2RKIA 1RBSA 2YNFA 1NK8A 4HCBA 3S9HA 3PUFA 1NJWA 4Z4EA 2HHQA 3K58A 1B9FA 4CHNA 3KKRA 3DLGA 4PQUA 2GV9A 3RRHA 1YVUA 2P5OA 3OYJA 5K14A 4OGCA 3U3GA 4CECA 3SZ2A 3LP3A 3QNNA 1RTDA 4LY7A 3MEGA 2HHSA 2D0BA 3U3YA 4AHCA 1VRUA 5C24A 4AHRA 4CJUA 3D0PA 1U45A 1BCMA 1JLCA 4RW9A 1TK0A 3RR7A 3NF8A 4L8RB 3QEXA 3P5JA 3SUPA 2VG7A 1TK5A 1D9DA 3QERA 2Z1GA 3HPHA 3OYEA 2I5JA 4KHUA 1J9AA 3OYBA 3NF7A 2B5JA 4KO0A 2QK9A 1RILA 1BQNA 4FCYA 2G8HA 4I9QA 3V1QA 4FLWA 2KFZA 1ZBLA 5JS1A 1QHTA 4FVMA 3VQ8A 4CJVA 3SPZA 1RDAA 1R0AA 1RNHA 3TANA 3NH2A 2PY5A 4F2SA 2G8IA 5CYQA 1UAXA 1IKYA 4M3WA 4DSLA 4CJSA 3AVAA 1ASUA 3VQ9A 1HYVA 3PO4A 1S1UA 4F4KA 3AO4A 4KKOA 1UWBA 3HM9A 4FM0A 2QXFA 4CF1A 3VQ7A 4CEQA 3L3VA 4I9LA 1KTQA 4OGEA 4BACA 4BE0A 3SYZA 2KZZA 3IS9A 3QEPA 3JSMA 4J2DA 4GVMA 4CFBA 3K5MA 1WSJA 4CESA 4W5OA 3NH0A 3V9WA 4KFBA 4WE1A 3V81A 4ZTJA 4Z4FA 4E7IA 1KFSA 5CZ2A 3I8DA 3CQ8A 3TAGA 1QTMA 3MXJA 5KGXA 4F3TA 3AA4A 1N5YA 3TABA 1KVAA 3KK2A 4KI6A 2BANA 3QINA 2R7YA 1G15A 3NBPA 4KAZA 3NF6A 4QAGA 2IS3A 1XWLA 4HCCA 3RMCA 3I0SA 1IKXA 3KLFA 4M3YA 1ZBFA 3G10A 1X9WA 1RTJA 1LAWA 2EX3A 3V1RA 1BQMA 1BIUA 3K57A 4FK4A 3LAKA 1RBTA 4CHZA 3ZSOA 1EKEA 3KIOA 4CJFA 3ZT4A 3ZSZA 4CJTA 4DTXA 1GOBA 1BISA 3TAQA 1FXXA 5SWMA 1EXQA 4I2QA 4N47A 4IBNA 4JS4A 4FLTA 2X6NA 3DRSA 3S3OA 4CEZA 1RBUA 4O4GA 1JXBA 2YNGA 4FJKA 1X1PA 1RT4A 4CGJA 1ASWA 3OYLA 3HL8A 4I7FA 3E01A 4AHSA 2PYLA 4KHYA 2KFNA 3MEDA 4C8LA 5HBMA 1KVBA 1C6VA 4DF8A 2D0AA 4HVJA 2G8UA 4FLUA 1MU2A 1NOYA 1LWFA 5KGWA 1NJXA 3ZT3A 1JLEA 1RTIA 3KJVA 4CGHA 1RBVA 4CFCA 3KK3A 4C8KA 4CCHA 1TV6A 1S6PA 3MECA 1WSFA 4BWMA 1SV5A 4CGDA 5DK5A 3RTVA 1KLMA 3V6DA 2ZQBA 3WNFA 1KSPA 2XY6A 4DG1A 5EU7A 4PY5A 5C25A 4DFPA 3LAMA 4AHVA 1XHZA 1DTQA 3SQ2A 1JXEA 1U47A 2HNZA 1ZBIA 3DLHA 2BE2A 4N76A 3M8SA 3KLHA 3NGYA 4DQIA 3DLBA 4KREA 2Z1JA 4FZYA 3DYAA 1S1TA 2E4LA 3KD5E 3VQPA 2OA8A 4ELUA 1Z25A 3NE6A 4FJHA 3SV3A 5FRNA 1CZBA 3LPTA 1VSJA 4BDYA 1GOCA 1Z26A 3KK1A 1YTAA 1JLBA 2HHXA 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1XA 3VQBA 2HNDA 3RWUA 3CXCM 4W5QA 2I7NA 1RCHA 1SL1A 4B8AB 3V1OA 2Q0RA 3QFUA 4IG0A 4NCAA 4CGGA 4BDPA 2HHUA 3MAQA 5BPLA 2DY4A 3FZLA 4DB3A 1TGOA 1BL3A 1ATSA 4NYFA 1M1KO 3SK3A 4HHTA 3CCJN 2RF2A 5HRSA 2ZD1A 4B3MK 4DR5K 4H4OA 3TSQA 4F2RA 2YCHA 1RDBA 4FJGA 2IGIA 2BGGA 1ILYA 2YX6A 4IZ9A 2FC0A 2HF4A 5H1SQ 1WBBA 3SBTA 3MCPA 3DXKA 1K6YA 3OJSA 4DR2K 1NBWA 4OLAA 3CCLN 2UXDK 2QWQA 3CCSN 1P8ZA 2F7TA 4AHTA 4BQZA 3LDSA 4WQ5A 5A2QO 5KQDA 4FM2A 3DLEA 3ASMA 4PL8A 3RMDA 3MXIA 4O8UA 1S1VA 3THYA 4DFMA 4JKGA 3VN5A 3VEYA 4EP4A 3F9KA 3KD1E 3ZLJA 3TAEA 1TAUA 3SUQA 1BO5O 2FF6A 1LWCA 1SUQA 4AQYK 3AO3A 3AVKA 4WFBL 1WSHA 2VQEK 1HNVA 1XHXA 4JLHA 1LW2A 4Z4IA 4CERA 1J54A 3EO3A 4CIEA 1YTUA 1NG9A 4O0JA 4I2PA 4CZLA 4BROA 4HTLA 1MA9B 4DFKA 4JRQA 1BOTO 3HO1A 4DTMA 3E1YA 5FLXO 4E0DA 5F2RA 1QS4A 4BRHA 3AGRA 3AO1A 1OKJA 2QW9A 1VSMA 4CHOA 1LW0A 2ZJRL 4OPJA 2O8BB 4FJXA 1QSLA 3QO9A 4FSVA 1GLLO 3W0LA 4BQLA 1S9GA 1BA0A 3VMFB 2QXLA 1QQCA 4RW7A 2YHWA 3WT0A 4FWRA 3V9UA 5GADP 1IKWA 2CGKA 2NUBA 2VWKA 4DV2K 1A5WA 3L6QA 3OYFA 4CJRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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