4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
5HROA 3PY8A 4YNQA 4CHNA 4FJ5A 4FLTA 4DQSA 4J2BA 2B5JA 2HB5A 3HL8A 4CFDA 3SUNA 1L3TA 1B9FA 2IAJA 2X74A 3AV9A 2IDOA 3LP3A 5E41A 3RMBA 5KI6A 1RT1A 1UAXA 3MEGA 4FLYA 3S9HA 5K14A 3ZCMA 4R5PA 2DY4A 1VSIA 2HHVA 4CERA 1LWCA 4CEZA 4DLGA 1JLCA 4AHSA 3DRPA 5KTQA 3K5NA 4FZYA 2EHGA 2WONA 4OGEA 3QESA 2B6AA 1HJRA 1VSMA 1L3VA 1QTMA 3THVA 4CIGA 4LD0A 3L2WA 3S3OA 4DSIA 3K58A 1A5WA 4O0IA 1WAFA 4O4GA 5KRSA 1J54A 3DOKA 2ATQA 3ZSRA 3MXIA 3DI6A 4CHZA 5HBMA 1EP4A 1S6PA 3VN5A 4M3UA 1JL1A 2HNYA 3KLIA 4Y1CA 4CJ3A 4N47A 3SZ2A 3AO5A 5FDLA 3QERA 4Z4GA 3NCIA 2G8IA 3K2PA 2XY8A 3SJJA 1ZBIA 1F21A 4CK1A 4E19A 5HLFA 2PYLA 4M41A 3UIQA 1C0MA 1QSYA 4OKKA 1QSLA 1S9GA 1TK8A 4JS4A 3CFOA 4DQPA 4I9LA 4FM2A 1S1WA 3OS1A 1T05A 1BQNA 2E6MA 1BHLA 3V9ZA 4WE1A 2BDPA 4W5RA 3ZT2A 1SKWA 2X78A 3V6DA 1NK4A 1TK0A 3K5LA 4CFBA 3OYAA 4BWMA 3KD1E 1TKTA 3O4NA 3SQ4A 4HCBA 1U48A 4DSLA 1CXUA 4BDYA 5FRMA 4ZTFA 4KI6A 3H08A 3VQ9A 2YKMA 4MFBA 1KFSA 4Z4EA 1BL3A 1NK7A 3NH0A 3ZSXA 4DFJA 3DLEA 4FLVA 5HRRA 3VQDA 3OYNA 3ZSOA 4DS4A 1U45A 4OJRA 4F3OA 4RW9A 2X6SA 4IFYA 1X9MA 4DQIA 1QQCA 3NF8A 3P5JA 4HHTA 1W9HA 4GMJB 3KLEA 3M8QA 1WSJA 1RDAA 3QO9A 4IG0A 3DLBA 2YNGA 5SZTA 4CEEA 2F8TA 3OYJA 3SPYA 4KHUA 1TKDA 3AVLA 3G0ZA 4ID5A 1ZYQA 3QEWA 2NUBA 2Z1JA 3DLKA 3LP2A 5EU7A 1RTJA 4JS5A 4PY5A 1LWEA 2B4JA 3HT3A 4N41A 3AVKA 3MEDA 2D0BA 4DSEA 3S3NA 1NKEA 2A1SA 3HM9A 3SQ0A 4CJFA 3LALA 3L8BA 1G15A 3AO2A 4IG3A 4C8MA 1IH7A 4DTXA 3QEXA 1TAQA 4PWDA 1NOZA 2IC3A 3M8PA 4DSJA 4FJHA 3HK2A 4RG8A 3AO4A 3KJVA 4L8RB 1EXQA 3G10A 3DOLA 1I39A 3U3GA 3OYGA 2ZQBA 3C6TA 3U3YA 1NJWA 4KB1A 1XWLA 1RT4A 4CF8A 3SYZA 3NF7A 3T1AA 5KRTA 1CLQA 3LANA 2HVHA 2PYJA 1YTUA 2ITGA 4Y1DA 3AO1A 1DTTA 3TAEA 1RT7A 3T3FA 3LP1A 4O55A 2HHTA 1KVCA 2WOMA 4BDPA 4CK3A 3SUOA 2YHBA 1BGXT 1BCOA 1S9EA 2RKIA 1X1PA 3S3MA 1KVAA 3OYIA 4TSXA 3MXJA 3SNNA 1VK0A 3P1GA 3OVNA 3QEIA 3ITHA 3KLHA 2XY5A 3DMJA 4ICLA 2OPRA 2X6NA 3ZT1A 4BDZA 4NYFA 4CEBA 4FLZA 3RR7A 4KTZA 4FLUA 4F3TA 3A2FA 4O0JA 3KD5E 2HHUA 2Q3SA 1RBVA 5C42A 1RTIA 4E89A 5SWMA 3CM5A 2XHBA 4DTMA 1KTQA 3CFPA 2Y1JA 1C1BA 4IBNA 2QKKA 1IO2A 1BI4A 4C8NA 3B6OA 4CESA 1Z25A 3KK1A 4FXDA 1S1TA 1S1VA 3SV3A 4DF8A 1RNHA 4B9LA 4F2RA 5KGWA 1JLEA 4DMNA 4KHYA 1ZBHA 3AVJA 3NH1A 5T7BA 4MQ3A 3V81A 1WSHA 3TR8A 4CEDA 4DQRA 4H4OA 3DLHA 3HVTA 3OYHA 3NHGA 3ZSVA 3MAQA 1BIZA 1HQEA 3NGZA 1GOBA 4DF4A 3OYDA 3AA4A 4CEFA 4DTRA 2G8UA 2O4GA 4DSFA 1UA1A 4LH5A 1VSKA 2G8KA 4CJUA 3NGIA 2KQ2A 3CQ8A 1JKHA 3AVNA 4LSNA 3L2QA 1NK6A 1VRUA 1A5VA 1RBTA 1FKPA 1RDCA 3LP0A 3L3UA 5DK5A 1ASWA 4DSKA 4C8KA 3F73A 1JLQA 2XRIA 4CGJA 3TWHA 3TAQA 4KKOA 4FW1A 4FCYA 3OY9A 1L3SA 4CF9A 1TL3A 1ZBUA 3VA3A 1WAJA 2KZMA 4E7IA 3TI0A 5D3GA 1VSHA 1VSEA 4CJ5A 2F8SA 1WLJA 3QEPA 1B9DA 5J2NA 3T19A 1FXXA 4QAGA 4B9SA 2QKBA 3NF6A 4KAZA 3HO1A 2R7YA 3RMAA 3RRHA 1HPZA 2HNDA 3QNOA 1JLGA 3HPHA 5J1EA 1RDBA 1YT3A 3U6FA 2HHSA 1S6QA 1U04A 3AA3A 3WNHA 1HNVA 4AHCA 1XI1A 4PUOA 4OLAA 3ZSYA 4QOZB 1U49A 4NCAA 1WSIA 2W42A 4BWJA 4K8ZA 3IS9A 4RW7A 1QS4A 1JXBA 5JS2A 4HUEA 1IG9A 4FK0A 2FBVA 3AVMA 1UOCA 3HP9A 4CGIA 3OS0A 1O1WA 2RF2A 1X9WA 4J2EA 1NJXA 2Z1IA 4G1QA 5HRPA 3C95A 2IGIA 4I2QA 4ZHRA 4KTWA 4JRQA 3AVCA 4UQGA 3VQAA 4OPKA 4FZXC 1TL1A 1KLMA 2DFHA 3OYBA 1VSDA 3OS2A 4J2DA 3NH2A 4N76A 4FJXA 3VQPA 3L2RA 4XIUA 1ASVA 1JLAA 1IKYA 1BQMA 1TGOA 3I0SA 4NYNA 2GV9A 3AVBA 3LZIA 1D9DA 3RRGA 4E1MA 4B9NA 3DLGA 3QEVA 1NJYA 3TARA 3JSMA 2P1JA 3V4IA 2QXFA 3PX4A 1SV5A 4CECA 4B3OA 4CFCA 3AVFA 1HYVA 1SKRA 1C0TA 2IOCA 4KHWA 1RBUA 2FBTA 1WNSA 1IKVA 3OYKA 4I9QA 2IS3A 1W0HA 4IFVA 3WNGA 4CGDA 3OYLA 4KB0A 4DLEA 4Q0BA 1U4BA 3F9KA 3MEEA 2QK9A 3CYMA 4EP4A 4CIEA 4DTUA 2YKNA 3HVRA 4KV8A 3OYCA 3FFIA 2D0CA 3TAPA 4NCGA 4QCLA 1B92A 2I5JA 1Q9YA 3V9UA 2D0AA 3AVAA 4CGHA 2FBYA 3ZSQA 4OLBA 3HXMA 3D45A 4EZ6A 4KREA 1LW2A 1U47A 4DS5A 4N56A 1JLBA 3DYAA 4CJEA 5HP1A 4FJKA 4ID1A 4B9UA 1BISA 3OJUA 1RT5A 3VQCA 1C1AA 3AVGA 5CYMA 3NFAA 4CHPA 3V1QA 4W5QA 4FM1A 1Q9XA 4HTUA 4CEAA 4BACA 4Z0UA 4IKFA 3L2UA 5HRSA 4E3SA 4DFKA 3QINA 4FK4A 3V1RA 4CJRA 4B8AB 3K57A 4JRPA 4ELVA 1LV5A 1RT2A 3LWMA 3HPGA 2YV0X 2O4IA 4LSLA 4OVLA 1BI4B 1NK0A 2OA8A 4W5NA 1RT3A 4E7HA 1HYSA 1UWBA 3OYFA 4CK2A 4FJMA 2ETJA 4PA1A 1TAUA 4IDKA 3VQBA 3V1OA 4CJQA 2VWKA 4FW2A 4CJKA 2RN2A 2OPQA 1D9FA 4FVMA 4DU3A 3NE6A 3KIOA 2JLEA 3D0PA 1WSFA 3ULDA 2VG7A 3PUFA 1DTQA 2KZZA 4DFMA 1MU2A 1HRHA 2G8HA 3ISNC 4HCCA 1VSLA 1RILA 4DTNA 3LDSA 3KLFA 2FC0A 1HYZA 3PO5A 1LAWA 5C24A 2KFNA 1DLOA 1R0AA 1Z26A 4BE1A 4M3TA 4Z4FA 5FRNA 3PV8A 1NKCA 1CZ9A 3LWLA 2VG6A 3VQ8A 4Z4HA 4DU1A 4DTOA 3SUPA 3QIPA 4OGCA 3ALYA 4J2AA 1L5UA 1KSPA 3BGRA 2EX3A 1BCMA 3ZT0A 3RMCA 1J9AA 1KLNA 1D5AA 3EZ5A 4PQUA 2YHAA 1GOCA 1T8EA 2BGGA 1NK9A 3NF9A 3WNEA 3VQ7A 3VA0A 1SKSA 3L3VA 3LAMA 3OYMA 1REVA 4YFUA 1Q8IA 2HHQA 4H8KA 1S1UA 3SQ2A 3IAYA 3QLHA 4HUGA 3HYFA 3OYEA 4N5SA 1EX4A 1IKXA 3B6PA 4FJIA 4M3WA 4FJNA 4OKJA 2XO7A 1FKOA 1IKWA 3KK3A 1I3AA 1LAVA 3RWUA 4CGFA 1N6QA 3O3FA 3PX6A 4FJGA 1WSEA 2DTUA 3HSTB 4F4KA 3IG1A 3O3GA 2KTQA 4DQQA 3P83D 1XHXA 4CE9A 4F2SA 1L3UA 4AHVA 2HHXA 3AA5X 4FJ7A 1N5YA 1C6VA 1ZBLA 4RW8A 1HNIA 2PY5A 4CEQA 2XY7A 3ZT4A 1NK5A 1EKEA 3M8SA 1TK5A 2E6LA 3DLRA 3M8RA 2LSNA 5I42A 3LPTA 3TABA 3PO4A 4BE0A 3I8DA 4I7FA 1D8YA 3E01A 4Z4CA 4E1NA 4M3XA 4F8RA 3C94A 4ELTA 4FLXA 1LWFA 3K59A 1C0UA 1K6YA 1VRTA 3RMDA 1RT6A 4DWIA 3OJSA 3SPZA 5I3UA 4C8LA 3V9WA 2G8WA 4M3RA 4CF1A 1XC9A 2Z1HA 4KO0A 4DFPA 2GBZA 3ZSZA 5C25A 2OYQA 1QHTA 3PX0A 4HUFA 4CFAA 3ZSWA 1RBRA 4AHTA 3SQ1A 4FJ9A 2OPSA 4DTPA 3SCXA 3ZT3A 3C6UA 5J2QA 4KHSA 4ELUA 4FK2A 3HJFA 3VQEA 4E7KA 4CJ4A 3MECA 4B8CA 4CF2A 1SL2A 1KRPA 3AA2A 3L2VA 1NKBA 2P5OA 2RPIA 1TKXA 5CY4A 1Y97A 3NAEA 1GOAA 1RTDA 4K8XA 4CJVA 4CGGA 5CZ1A 4B9MA 4B9TA 3CG7A 2G8FA 4FLWA 4DTSA 4CJTA 1JL2A 3QETA 3HPOA 3KTQA 3QNNA 2KW4A 4NCBA 4EP5A 3AVIA 4M45A 1NOYA 4FJJA 4BE2A 3QIOA 4W5TA 4Z4IA 4DTJA 1ZBFA 2YNHA 2DFEA 2Z1GA 2OPPA 2ZD1A 1HQUA 4JLHA 1JXEA 4CJSA 1X9SA 3LPUA 1T7PA 3DRRA 3AO3A 3IRXA 4LH4A 4CJPA 4KTQA 4EZ9A 4H4MA 2HW3A 2VWJA 3TAGA 4C8OA 3O4QA 3V9SA 4GVMA 1RCHA 4DU4A 4FZZA 4M3ZA 4Q5VA 2YNFA 1TKZA 3LAKA 2OZMA 2HHWA 4E7LA 1KFDA 5J2MA 5CZ2A 1RTHA 3KKRA 2ZE2A 1FK9A 3K5OA 4AHRA 3SV4A 2DFFA 3K5MA 1SL0A 4B9VA 4M3YA 4KFBA 3TAMA 1QE1A 4FJ8A 1UA0A 1NK8A 4CCHA 4AH9A 1XHZA 3WNFA 3KLGA 2KFZA 1TV6A 2YNIA 3CM6A 2F96A 4DG1A 3KKSA 3VQQA 4FM0A 1VSJA 4E7JA 4KI4A 1ITGA 3RTVA 4HVJA 3SUQA 3NBPA 4CHQA 4GW6A 1QSSA 3VQ6A 4CJWA 3MXMA 1NJZA 2JGUA 5KGXA 4W5OA 1KCFA 1HMVA 4O44A 2Y1IA 4ZTJA 4KRFA 4B08A 1EETA 3I0RA 4CEOA 5JS1A 2FBXA 2G8VA 4RW6A 2PZSA 4E0DA 5DMRA 1C1CA 1S5JA 1CZBA 3BDPA 3JYTA 3NGYA 2P5GA 1T03A 2VG5A 3RR8A 3NDKA 1LW0A 1WN7A 3DRSA 1TVRA 2HNZA 5HRNA 3KK2A 5FROA 3EY1A 1YVUA 4O5BA 2A1RA 1SL1A 1CXQA 3VQ5A 3HP6A 2AJQA 1WSGA 2HVIA 3O3HA 1BIUA 3DM2A 4M42A 4AHUA 4FYDA 3EYZA 4KPYA 1VSFA 1S1XA 2HMIA 1YTAA 4AILC 2BANA 3V9XA 5CYQA 3ASMA 5J2PA 2GUIA 3TAFA 4OKEA 1RBSA 1RDDA 1A5XA 2D5RA 2E4LA 3SI6A 1ASUA 4RW4A 4KHNA 1J5OA 4CJLA 3TANA 4I2PA 3AVHA 3LZJA 3CFRA 2XY6A 4CIFA 4OPJA 3VQ4A 4CF0A 1JLFA 1KVBA 2OZSA 4FJLA 2P51A 4KHQA 4CHYA 2BE2A 4CHOA 1J53A 4LY7A 1SUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQZA 5HROA 3SUNA 5AQFA 4CFDA 2X74A 1HNXK 1UAXA 3GDQA 3MEGA 4FLYA 4BVOA 3ZCMA 4R5PA 3C6HA 4BRFA 4DLGA 4CEZA 1Q82O 4JKAA 1IJJA 3A5MC 3QESA 3K58A 4A61A 1W2BM 4CD1A 1OVQA 1WAFA 3QB0A 1G99A 3VN5A 2FLOA 2UUCK 4BGAA 4YOYA 3AO5A 3ATUA 3NCIA 1F21A 3TSPA 1JCGA 4JKGA 5AFUA 5HLFA 2PYLA 2QM1A 2FSKA 1S9GA 5FPDA 1TK8A 4JS4A 1VQPN 5C15A 1S1WA 5LJWA 4DV2K 1T05A 2E6MA 2CH5A 3ZT2A 3V6DA 1TK0A 5AQXA 3DAWA 3TSUA 3SQ4A 1YJ9N 4DSLA 1CXUA 4ZTFA 1JJ2M 3T1HK 3CPEA 3CC4N 4Z4EA 1NK7A 1EQYA 3ZSXA 4YDUC 3HRGA 3FZMA 3LDOA 5HRRA 1DKGD 4H5NA 3G25A 3CCRN 1MWMA 1QQCA 3NF8A 1WBBA 3DLBA 3QO9A 2YNGA 4XH4A 3OYJA 5FPEA 4KHUA 1K9MO 2ZGYA 1LWEA 3AVKA 2V7YA 3MEDA 1OH7A 4DSEA 3S3NA 3SQ0A 1KD1O 4IG3A 1HNWK 3QEXA 4DTXA 3O9UA 4PWDA 1TAQA 3ZEUB 3M8PA 1H1VA 4RG8A 1TYQB 1EXQA 1XWLA 3NF7A 2P9NB 1YTUA 4JK9A 3AO1A 1DTTA 2WFBA 3G71N 3T3FA 2QXLA 1KVCA 4JV5K 4JAXA 4BDPA 5GADP 3MWPA 1BCOA 2RKIA 3S3MA 1GLCG 4TSXA 3OVNA 1NGDA 2OPRA 3VGLA 3PLAA 3RR7A 2NZTA 4F3TA 4EIAA 3A2FA 4O0JA 2XHBA 2ZJRL 5SWMA 5M1PA 3CFPA 4B9QA 1BI4A 3EO3A 4C8NA 5AQJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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