4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
2OZMA 4CJQA 1J54A 3AVIA 4CECA 4DFKA 3SJJA 3S3MA 1NOYA 3QESA 1SL2A 3O4QA 3EZ5A 4KHQA 4M3TA 4RW9A 3B6PA 3AVHA 4CK1A 1BQMA 1RT5A 3PX6A 1S6PA 4M3RA 4OPKA 4DQRA 2JGUA 1U4BA 1BL3A 1NJZA 3CG7A 4CHZA 2HVHA 2AJQA 4CJKA 1JL1A 1C1BA 4IFVA 3VQQA 2X6NA 3K59A 1X9WA 4CFDA 1T7PA 1QHTA 4ZTJA 3QLHA 2XY7A 3ZSWA 3SPYA 3QIOA 4JS4A 4KPYA 3KKSA 3V1RA 3VA3A 1DTQA 4OJRA 4RW4A 4I9LA 1NK7A 4B08A 3OYEA 2OA8A 4BWMA 4H4OA 1N6QA 2FBVA 5D3GA 4NCAA 4QOZB 3RMBA 3RTVA 2B6AA 2P1JA 4HUEA 1SL1A 1ZYQA 2HHXA 1W9HA 5CZ1A 2HW3A 3HK2A 3LWLA 2RN2A 3HXMA 1TKZA 4KHUA 3HM9A 4FJLA 3MEDA 1L3TA 2PY5A 1X9SA 3AVBA 1CXQA 2VG5A 1KVCA 1QQCA 3KKRA 4Z4CA 4E7JA 4CJVA 3OYIA 3TI0A 2VG6A 5K14A 4O4GA 1LW2A 3V9XA 2DFHA 3ISNC 3NGYA 4OPJA 5J2MA 4C8LA 3TWHA 5FRNA 1IKXA 3OS2A 3D45A 1FXXA 2W42A 1SUQA 4E7IA 4DFPA 1TK5A 2O4IA 2DTUA 5JS2A 3AO4A 3DYAA 1HYVA 3VQCA 4CIEA 1KVBA 1U04A 3VQBA 1NKCA 1A5XA 3PY8A 2GV9A 2QKBA 2Z1HA 3L2WA 3KK3A 4GVMA 3JSMA 4DU3A 4C8OA 4HVJA 1WSEA 1TAQA 3MECA 1R0AA 4FJ7A 5DK5A 3WNGA 3HYFA 2X78A 4W5QA 1BGXT 4ID1A 1VSDA 3NF9A 1WSJA 3DRPA 3O4NA 4FZYA 1BIUA 2HHUA 3DLHA 3RMCA 4OLBA 4C8MA 3AA2A 3HP6A 5J1EA 4WE1A 1CLQA 1F21A 3O3FA 2IGIA 4DQPA 1JLEA 4CJ5A 4DTPA 4KB0A 3RMDA 1RBTA 1S1VA 4RW6A 4CFAA 4EZ6A 1ZBUA 2YNIA 2VWJA 2QXFA 4CJPA 4KI4A 2Z1GA 5DMRA 4CF1A 4HCBA 2FC0A 4CE9A 3VQ6A 1RDAA 4CCHA 2XO7A 3DRRA 5FROA 1C6VA 4CEBA 4ELUA 3RRHA 3HO1A 1JKHA 4FCYA 1U45A 4GMJB 3I0RA 5KGXA 3SV3A 1LW0A 1RDCA 1C0MA 4DTUA 4F4KA 3MEEA 3QNNA 3CYMA 3ASMA 3RMAA 3KLGA 1X9MA 3IAYA 2KZZA 3VQ7A 5EU7A 1D9FA 2D0AA 4CHYA 4FJMA 3O3GA 4FZXC 2VG7A 2BGGA 4IDKA 3P5JA 2G8IA 3HL8A 2GUIA 4KHYA 1S6QA 3NF7A 4DTXA 1XI1A 1RBSA 1EETA 4DSLA 1KCFA 4FJ8A 1RTHA 2KZMA 5KGWA 3M8PA 3WNEA 2Y1JA 4JRQA 2OPRA 1ZBHA 2YNHA 3ZT2A 4F2RA 4B8AB 4N5SA 1LWCA 4PQUA 3V9SA 3HPHA 4CGFA 4HCCA 4FJNA 3K2PA 4TSXA 4M3WA 4GW6A 3KTQA 3WNFA 5J2PA 3LP3A 3UIQA 3ZT4A 5HP1A 4Q5VA 2YHBA 1I3AA 4KHWA 2B4JA 1B9DA 1EKEA 1TL3A 4AHRA 3CM5A 1XHXA 4Z4FA 4O0IA 3T1AA 2XY5A 1HQEA 1WAJA 4KHNA 2IDOA 3AVGA 3OYMA 3SUOA 2G8UA 1ITGA 1XHZA 3LP1A 3C6UA 3P1GA 4O55A 3OYHA 3OJSA 3MXMA 3TARA 4DQIA 3L8BA 4BDYA 3CFOA 3OYJA 4YNQA 1BQNA 2NUBA 4J2EA 4M42A 1Z25A 4CIFA 4DS4A 4DLGA 4HUFA 3TAPA 2F8TA 5JS1A 4B9NA 4CJWA 3NF8A 2FBXA 1MU2A 4Z4EA 3VQ4A 3QEPA 2G8VA 5KRSA 3NHGA 1UWBA 1VSEA 3VQDA 5C42A 1SL0A 4XIUA 4CIGA 3VQAA 3LP0A 2G8KA 4FK0A 5T7BA 3FFIA 1NOZA 1YT3A 4CF8A 3NH1A 4CJ4A 3T19A 3KLFA 3HPOA 4CHPA 1GOBA 1BIZA 4CEQA 1SKWA 1KLMA 4EP5A 3A2FA 3VQ9A 3OYAA 5CY4A 4LSLA 4OGEA 4KFBA 3RR7A 3QIPA 4E3SA 3SQ1A 4B9VA 4IKFA 1KFDA 1HMVA 1A5VA 3SPZA 4AHTA 3MXIA 1FKPA 1I39A 1QS4A 3L2QA 4CK3A 2OYQA 3LWMA 1RTDA 1HJRA 3SCXA 3O3HA 4FLYA 3K5OA 3ZT0A 4PWDA 2RPIA 4DSFA 4DSIA 1UA1A 1J53A 4H8KA 3TAEA 1WN7A 2RKIA 3H08A 2EX3A 3KK2A 4EZ9A 4BACA 1ZBLA 4IG0A 5KI6A 1RBUA 4JLHA 4E19A 4OGCA 3VQ8A 3DLKA 4AH9A 3SYZA 4CFBA 1RDBA 4FLUA 4B9TA 3PV8A 4W5NA 1QTMA 3HJFA 3OS1A 4J2DA 4JS5A 2ITGA 3TAQA 4FVMA 3NDKA 4E1MA 1WNSA 3ZT3A 4CEAA 3SZ2A 3V9WA 4MFBA 5FDLA 3KLIA 2A1RA 2G8FA 2F8SA 4B8CA 4IBNA 1YTAA 2D0CA 3IS9A 1S1WA 3G10A 4L8RB 4F3OA 1TV6A 3QEVA 2HMIA 1HNVA 1CXUA 4I2QA 1RT1A 1W0HA 4O5BA 4DFMA 3V6DA 1FK9A 4FJ9A 4DG1A 3QERA 2HHSA 4CHQA 4R5PA 4BE1A 3V4IA 4N47A 3OYNA 4O44A 3DLBA 4FXDA 4BE2A 3AVAA 4PA1A 4C8KA 4Q0BA 2HHQA 1TGOA 4CJUA 4NYNA 4CK2A 4EP4A 3NH2A 3KLHA 3THVA 1C0UA 4QAGA 4CEDA 4CJ3A 3QNOA 5I42A 1TK8A 1RT6A 4CJTA 1NK9A 3K57A 1S5JA 1X1PA 4B9LA 4BDZA 3ZSXA 4RW8A 4LD0A 4B9MA 1KVAA 1S9GA 1RT3A 1KTQA 3LZIA 1GOAA 3PX0A 1UA0A 1KFSA 4DTSA 1RTJA 1CZ9A 4DWIA 1WSGA 4LY7A 2XY6A 5I3UA 2IC3A 4KI6A 1ASUA 3ZSOA 4CERA 3F9KA 4CF2A 4W5RA 3C6TA 3DRSA 1SKRA 2ETJA 4OVLA 4YFUA 1S9EA 1NKEA 3TAMA 4LH4A 3LPUA 4CHOA 2PZSA 4CF0A 2XHBA 4O0JA 1KRPA 4M3XA 2A1SA 2ZD1A 4FLZA 4DSEA 1U47A 4FZZA 3AV9A 2PYLA 2BDPA 2KFNA 3K58A 3VQPA 3P83D 4J2AA 2OPQA 3ZSVA 1U49A 3I0SA 4BWJA 2G8WA 2YKMA 1BI4B 4DS5A 1NK6A 4K8XA 1NK0A 1SKSA 4M41A 4H4MA 4CF9A 4HUGA 3U6FA 2RF2A 3PO4A 3DOLA 2HNYA 1HPZA 1RCHA 1DLOA 3NCIA 1TKTA 5CYQA 1DTTA 4CJFA 3MAQA 4E7LA 3ZSQA 4AHUA 2E4LA 4OKKA 2HHTA 3LZJA 3QEWA 3SQ0A 2X6SA 1T03A 3HVRA 4CESA 3U3GA 3TAFA 5HLFA 1XC9A 4K8ZA 4DTOA 1EX4A 3NE6A 1ASWA 3AVJA 3HP9A 5CZ2A 2D5RA 3NF6A 3NFAA 1Q9XA 4CEEA 3L3UA 3OYCA 1JLQA 5HBMA 2YV0X 4F3TA 1SV5A 4I9QA 1WAFA 1RT4A 2QK9A 4RW7A 2FBYA 3M8RA 3KD5E 1JLGA 3QO9A 3CFPA 1T8EA 2YNGA 2VWKA 3VQEA 3V1QA 4W5OA 3TABA 2Q3SA 3F73A 4KB1A 1K6YA 1KSPA 3VN5A 1JXBA 4FLVA 2YNFA 3U3YA 3ZCMA 1VSLA 2Z1JA 1VSFA 4MQ3A 3AVCA 4CGDA 4KTWA 3LAMA 3L2UA 4E7KA 3TAGA 1L3UA 1TKXA 3AO5A 3LANA 3OS0A 4F8RA 4Y1DA 2HHVA 3K5NA 3AO1A 1NKBA 1A5WA 5HRRA 1WSFA 1XWLA 4C8NA 2WOMA 5J2QA 4DU1A 1TVRA 4ZTFA 4ELVA 2YKNA 4KKOA 4JRPA 3AA3A 1J5OA 3RRGA 2P5GA 4NCGA 2O4GA 3NH0A 3LALA 1BCMA 3OYFA 4FJHA 4DF4A 1BCOA 4FJKA 3JYTA 1S1TA 1IKYA 1VSHA 3DMJA 5C24A 1B92A 3OYDA 4DLEA 1VSKA 4FW1A 4Z4HA 1UOCA 2Z1IA 3AO3A 1C1CA 2I5JA 4AHCA 4B9UA 4E1NA 4B9SA 3PX4A 4FJGA 3NAEA 3ZSYA 1VSJA 4CGGA 3LAKA 3SQ4A 5SZTA 3ITHA 3RWUA 1VRTA 4DSJA 4DTJA 2FBTA 4DF8A 2ATQA 2LSNA 2P5OA 5E41A 2BANA 4CHNA 1REVA 3BDPA 1RILA 4FK2A 5CYMA 4M3ZA 1IKVA 4DMNA 3C95A 3OYBA 1HQUA 4KTZA 1NK4A 3LP2A 4CFCA 3EY1A 3T3FA 3S3OA 4FM2A 2IOCA 1QSLA 1S1XA 4LSNA 1FKOA 3DOKA 3SUQA 4F2SA 1Q9YA 3KD1E 1ASVA 4FM0A 3SV4A 3VQ5A 3OYKA 3VA0A 1WSHA 3QETA 4I7FA 1GOCA 5HROA 4CJLA 4DTMA 4AHVA 1JLBA 1JL2A 1IKWA 1WLJA 4OKEA 5SWMA 3SNNA 3M8SA 4N41A 2DFFA 5KRTA 1BHLA 1NK8A 4ZHRA 1G15A 4FM1A 5C25A 1TL1A 4CJRA 1JXEA 3AVLA 3B6OA 1RBVA 2OZSA 4KV8A 5HRNA 3EYZA 4E7HA 4AHSA 4FLXA 5HRSA 3DLGA 5J2NA 1NJXA 1EXQA 2ZQBA 3LPTA 4BE0A 1YTUA 3DLRA 3WNHA 3AA5X 1RDDA 2F96A 1LAWA 4N56A 3BGRA 2ZE2A 4Z0UA 4Z4IA 2E6MA 1KLNA 3NGIA 2P51A 4DFJA 2KTQA 2EHGA 3SUNA 4NYFA 2G8HA 4KRFA 2WONA 4M3UA 2D0BA 4BDPA 1TKDA 3HPGA 3G0ZA 3S3NA 1C0TA 1U48A 1B9FA 4PUOA 1L5UA 1IG9A 1VSIA 1S1UA 3K5LA 2E6LA 1UAXA 4LH5A 1HYSA 3OJUA 4AILC 1JLFA 4KREA 3OY9A 4CGIA 2IS3A 3DI6A 3ALYA 1N5YA 1C1AA 3SQ2A 1D8YA 1RNHA 1VSMA 4E89A 1D9DA 4CEZA 3HT3A 2PYJA 4ELTA 1IH7A 3S9HA 3KK1A 3KLEA 4FLTA 1TK0A 1JLCA 1HRHA 4FJIA 3PUFA 2DY4A 1JLAA 5HRPA 3DM2A 3ZSRA 4KTQA 4CEFA 4W5TA 1ZBIA 1BISA 3NBPA 1RTIA 3C94A 2QKKA 1BI4A 4IG3A 4CJEA 1VRUA 1L3VA 2DFEA 4FJJA 3M8QA 1TAUA 4DTNA 3CQ8A 3LDSA 3OYGA 1HYZA 4DSKA 4PY5A 3I8DA 4FJ5A 4FYDA 2Y1IA 4HTUA 3SI6A 1L3SA 4N76A 3MXJA 4UQGA 3HVTA 4I2PA 3OYLA 4CJSA 4NCBA 3AVMA 3V9UA 3CM6A 3K5MA 4KHSA 1QE1A 2B5JA 2KFZA 1Y97A 3SUPA 2OPPA 1QSSA 1Z26A 3KIOA 3E01A 4CEOA 3NGZA 3QEXA 1LV5A 1Q8IA 3IRXA 4CGHA 3AVNA 2KW4A 3D0PA 2XRIA 4DQQA 3QINA 2HHWA 1T05A 1D5AA 3TR8A 2YHAA 3L3VA 4ICLA 4CGJA 4KAZA 1ZBFA 4HHTA 1LWEA 3QEIA 4OKJA 3IG1A 2R7YA 4FW2A 3RR8A 4Z4GA 4B3OA 4ID5A 4DTRA 1QSYA 5KTQA 1HNIA 3AO2A 4DQSA 3ULDA 1WSIA 2HNDA 4M45A 3V81A 2GBZA 1NJWA 5FRMA 3L2VA 3L2RA 3V1OA 4QCLA 4E0DA 1J9AA 1IO2A 3OVNA 4RG8A 3DLEA 1VK0A 4G1QA 4DU4A 3V9ZA 1O1WA 1LWFA 2OPSA 2IAJA 2XY8A 3AVFA 3TANA 4FJXA 3ZT1A 1NK5A 3PO5A 2HVIA 4Y1CA 3CFRA 3AA4A 2BE2A 4OLAA 1YVUA 1RT2A 3HSTB 1RBRA 1CZBA 3MEGA 1RT7A 3ZSZA 4J2BA 2X74A 2HNZA 4M3YA 3AVKA 4KO0A 2KQ2A 2HB5A 4IFYA 3KJVA 4FLWA 4FK4A 1EP4A 2JLEA 1NJYA 1LAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OZMA 4CJQA 3AVIA 4CECA 4DFKA 3S3MA 3B6PA 3MX2A 2RHKA 3NVMA 1S6PA 4M3RA 4OPKA 4DQRA 4IFEA 1U4BA 1NJZA 2AJQA 4CHZA 3LDOA 3A5MC 4ZTJA 3QLHA 3KKSA 1NK7A 3L6QA 2QA4N 4H4OA 1N6QA 1C0GA 4QOZB 3J8AA 1SZ2A 2P1JA 1ZYQA 4WFNL 2ZWHA 3EZWA 2HW3A 3C6AA 3HK2A 3LWLA 2RN2A 1TKZA 3SMSA 2ZJQL 4FJLA 3MEDA 3AVBA 4B9QA 5K14A 1LW2A 3HTVA 4OPJA 3VEZA 3TWHA 3H45C 1HX1A 1NBWA 3VQCA 1KVBA 3PY8A 2P9NA 3VQBA 2GV9A 3CC7N 2QKBA 2Z1HA 3L2WA 3KK3A 4GVMA 3JSMA 4DU3A 4C8OA 1R0AA 2PAVA 5DK5A 3WNGA 2X78A 4JKBA 3O4NA 3DRPA 3RMCA 4C8MA 4KB0A 1S1VA 2QXLA 4CFAA 5C2FA 3O9RA 3C0BA 4JK8A 1W97L 2Z1GA 4HCBA 1JJ2M 3VGLA 3DRRA 1HJOA 1JKHA 1U45A 1KAYA 3O8MA 5KGXA 3SV3A 4F4KA 4JKHA 3MEEA 3ASMA 4FL9A 3LM9A 4FPAA 5ADXH 1BDGA 4FJMA 3O3GA 4FZXC 3MN6A 3P5JA 3VEVA 1KCFA 3LL3A 4FJ8A 4MO5A 1YJWN 2OPRA 2YNHA 5E26A 1YXQA 3V9SA 3HPHA 4M3WA 3KTQA 4JI1K 3WNFA 2GELA 2QWLA 3UIQA 3SLCA 5HP1A 3J80O 1I3AA 4KHWA 1ATNA 1EKEA 4AM7A 4Z4FA 2NRTA 2XY5A 1WAJA 3C6UA 3P1GA 3MXMA 3OJSA 4BQZA 5DM7L 2OANA 1BQNA 3F5TA 1J5EK 4M42A 4HUFA 5JS1A 1MDUB 4DQ8A 3QEPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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