4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
3C94A 3AV9A 1O1WA 4DTNA 3KKSA 3JSMA 4FK2A 4JS5A 1FKPA 1X9WA 2IDOA 1VSFA 1D9FA 2HHQA 3OYLA 3K5MA 1RT6A 1VSJA 4DFJA 4TSXA 2HHSA 3I8DA 4FJ5A 4J2AA 3TARA 4B9TA 1S9GA 4R5PA 3NAEA 4CJQA 3K2PA 4Z4HA 1U49A 2DFEA 3SV3A 3VQ7A 4CEQA 3A2FA 4DTSA 3PO4A 1S6PA 5FDLA 3NBPA 3KLEA 1U48A 3RMCA 3D45A 1GOBA 3DOLA 5JS2A 4Y1CA 1TGOA 3E01A 3K57A 2QKKA 2VG7A 4CJRA 1HPZA 4BE2A 4DTXA 4FJLA 1RT7A 1TL1A 2Q3SA 4DQIA 3AVCA 3NGYA 4CF8A 2YNHA 4LH4A 3QEXA 1KTQA 4KPYA 2YHAA 3C6TA 3V9UA 3LP2A 3V1OA 3ALYA 2B5JA 4I2PA 1A5XA 1ASWA 4IBNA 4RW8A 3VQ5A 4Z4EA 1D8YA 4HUGA 3DI6A 4FJKA 4KRFA 4L8RB 3PY8A 4NCGA 4B9MA 1LAWA 1BQMA 2R7YA 1A5VA 2O4IA 2JLEA 2OPPA 5KGWA 4CJVA 1RT4A 3B6OA 1RTHA 1VSMA 3NH1A 2BGGA 3AO3A 4CJ4A 4E3SA 3KD5E 4H8KA 4DQSA 1LW0A 4N56A 3L8BA 1N6QA 3DLRA 4CEAA 3L2UA 4BDPA 3QEVA 4O0IA 4DSLA 4Q5VA 2QKBA 4KTQA 1S6QA 3KD1E 4KB0A 1FKOA 1EXQA 5E41A 3OY9A 4CFBA 1JLFA 4HTUA 4DSFA 1EKEA 1J5OA 4JRPA 3ZSRA 4K8XA 1Q9XA 4CEBA 4CJ3A 4CHOA 4RW7A 4CF9A 3THVA 1G15A 2WOMA 3CQ8A 3O3HA 3OYNA 5SWMA 2XO7A 4FJXA 3WNGA 4CEEA 4CF2A 5HRPA 3I0SA 3T19A 3IRXA 1JLCA 3AO2A 2PY5A 2ZQBA 3L3UA 4IG0A 3VA3A 2JGUA 1Z25A 3P5JA 4CHNA 3LAKA 1NKBA 1JL1A 3K5OA 2VG6A 4I7FA 1BHLA 3ZT3A 1WNSA 1U45A 3QEPA 2P1JA 3BGRA 1SL2A 3NF6A 4M3YA 4DFMA 4QAGA 2OA8A 4DU4A 1VRTA 3DLHA 3TAPA 2G8KA 2D5RA 2LSNA 4CJ5A 2YNGA 2G8WA 5KI6A 3SQ2A 3NGZA 2KFNA 2AJQA 1NK4A 3AA3A 1S1WA 1SL1A 3V4IA 2X74A 1NK8A 1C1BA 4CESA 4KHYA 1JLBA 3HSTB 4EP5A 1S1TA 3LAMA 4N41A 1C0MA 4DSIA 2X6NA 1C1AA 3LWMA 3SUNA 2P51A 3SJJA 1RDDA 2OZSA 1U04A 4CERA 3LZIA 3P1GA 3QNNA 2Y1JA 2KZMA 4KO0A 2ITGA 4O44A 4B8AB 5HRNA 1KVBA 3HPGA 4IFVA 1RBRA 1BIZA 1TV6A 5C42A 1BIUA 3SQ4A 4W5RA 3KK3A 5KGXA 3NHGA 3DLGA 3NCIA 4DTRA 3AVBA 4ICLA 3TAQA 4KHWA 1TKXA 4YNQA 1S1XA 3L2WA 3HO1A 4CFDA 3IAYA 1TAUA 4FW2A 1MU2A 4DG1A 4FJMA 1U4BA 3ZSZA 4CHPA 4W5OA 2Z1IA 4RW6A 3ZSQA 3O3GA 2IOCA 4CGHA 4C8MA 3ZT2A 4DSKA 4FZXC 1FK9A 3V81A 1IO2A 3M8SA 4F4KA 3TWHA 4KTZA 4DTPA 3HVRA 1SL0A 3I0RA 3ZSVA 4KV8A 4EP4A 4I9LA 1UA1A 4BDYA 3HP9A 4DQQA 1IKVA 5FROA 3O4QA 4Z4GA 2YNIA 3AA2A 4W5TA 3LZJA 4DS5A 1RCHA 3C6UA 1S1UA 4OKEA 1X1PA 4CIGA 2XHBA 3TAFA 4NYNA 1WAFA 1KLMA 2A1RA 4H4MA 1JLAA 2BDPA 4DTMA 1NKEA 4BWMA 3CYMA 3IG1A 3VQ4A 3JYTA 1CXQA 1A5WA 3LP1A 4CK1A 3CM6A 3KK2A 3SNNA 3QIOA 1JKHA 2F8SA 1RDBA 3OYMA 3EY1A 1RT5A 2RF2A 4BDZA 1NJZA 2VG5A 4F3TA 3PX0A 4LSLA 5KRSA 4CJPA 4B9NA 1JXEA 2HHVA 3VQDA 2FBTA 3WNFA 4AILC 2KTQA 2ETJA 3KKRA 2RN2A 3VQCA 2D0BA 1KSPA 3OYGA 2G8IA 3PO5A 3F9KA 4H4OA 1HRHA 2E6LA 4KREA 1ASUA 3KLFA 4E1MA 3LDSA 3B6PA 4QOZB 4JRQA 3PUFA 3RMDA 3KJVA 2XY8A 1HNIA 4O55A 3KLHA 2HNYA 2HHTA 3T1AA 3HM9A 1HQUA 4FLXA 4DSEA 4CHYA 1ZBFA 4OJRA 3VQBA 3VQEA 4FK4A 1YTUA 3ASMA 4FJGA 4B3OA 2E6MA 3SZ2A 4HHTA 3K5NA 4M3WA 3HYFA 5CY4A 4KHUA 4LH5A 4E0DA 3K5LA 1Y97A 1X9MA 4FYDA 3HJFA 3CFRA 1T03A 1C0UA 3SUOA 3ZCMA 5J1EA 5HBMA 2B6AA 3OYEA 3HPOA 4DU3A 3MAQA 4NCBA 2BE2A 1C6VA 3V9XA 1LW2A 2B4JA 1ZYQA 1NK7A 2OYQA 1EP4A 3OS1A 3L2QA 2GBZA 4CEOA 4HCBA 1XHZA 3KTQA 4CJUA 4MFBA 5K14A 4GMJB 4IG3A 3DYAA 4M41A 1WSEA 3L2VA 4BE0A 3KIOA 3VN5A 1L5UA 1SKSA 4W5NA 4GVMA 4K8ZA 4CEFA 4GW6A 4FW1A 3NF8A 4O0JA 4WE1A 3V1QA 2FBXA 3V9SA 1I39A 3V1RA 3PX4A 1NOYA 4FM1A 1S5JA 3AVKA 4N76A 4KKOA 4DU1A 3LPTA 3VQ9A 1GOAA 3ZSYA 1R0AA 1S1VA 1B9FA 3DOKA 3CFOA 1FXXA 4CIFA 1KFSA 1BI4A 5FRMA 3OYKA 4DTJA 2HB5A 1U47A 4DTUA 5J2NA 4CJFA 1NK6A 3NH0A 4E89A 4FLVA 3QNOA 1KRPA 4E19A 1KVCA 3VQQA 2ATQA 4I2QA 4CGDA 1EETA 1LWEA 3M8RA 5I42A 4M42A 4OGCA 4AHTA 1VRUA 4PUOA 1DTTA 1NOZA 3KLIA 4FM0A 1NJXA 4CF0A 4KI4A 3V6DA 1QHTA 1TAQA 3QLHA 4CHZA 3V9ZA 3AVGA 3ZSOA 4NCAA 1BCMA 1S9EA 5C25A 5CYQA 4M45A 1SV5A 4YFUA 2W42A 1NJYA 1GOCA 1YVUA 4LY7A 4Y1DA 4DFPA 2G8FA 3O3FA 4FXDA 2QXFA 2XRIA 1VSLA 1YT3A 2KW4A 4PWDA 2KFZA 2EHGA 1HQEA 1K6YA 1RDCA 2Z1GA 4RW9A 4HCCA 1SKWA 3AVAA 3BDPA 5HRRA 4FLTA 3WNEA 3IS9A 4DF8A 3SUQA 2XY7A 1HJRA 4FZYA 4C8OA 4UQGA 1BISA 4HUEA 4FJ8A 2RPIA 2XY6A 2IAJA 3F73A 3QETA 1L3UA 5J2PA 1J54A 1W0HA 3TABA 2IC3A 2Y1IA 2I5JA 4B9VA 3TR8A 1F21A 2YHBA 2QK9A 4N47A 4CIEA 1B92A 4CJEA 3AA5X 1JLQA 4JLHA 1JLEA 3WNHA 3DRPA 4DS4A 3HVTA 3NF7A 4W5QA 3RMBA 4EZ6A 3AVMA 1JXBA 4ID1A 1BGXT 4FLYA 4ID5A 1RT3A 4CCHA 1XWLA 3TAMA 2YKMA 3RRGA 5D3GA 4FJHA 3ISNC 3S9HA 4FLUA 4ZTFA 1BI4B 1WSJA 3LP3A 3LANA 4B9UA 4Z0UA 4CFCA 4FJ9A 4FJ7A 3SPZA 3OJUA 2VWJA 1NKCA 4KAZA 4J2DA 4KB1A 4OLAA 1RBUA 4FZZA 3DLBA 3LPUA 1TKTA 4FCYA 3O4NA 2P5GA 3TANA 1CZ9A 4CJTA 1ZBLA 3RWUA 5KRTA 3HP6A 4M3ZA 1LV5A 1T05A 3NDKA 3S3MA 3ZSWA 3ZT4A 3RR8A 1UWBA 3NH2A 4JS4A 3U3YA 1KLNA 3UIQA 3G0ZA 4OGEA 1NJWA 1N5YA 3RTVA 2OPSA 4EZ9A 3HL8A 3DLKA 4IKFA 1VSDA 4AH9A 3NFAA 2IS3A 3OYFA 3KLGA 1X9SA 4C8LA 4IFYA 1UOCA 3VQAA 4DLEA 1IKXA 3QESA 4FK0A 2DFFA 2DY4A 4AHVA 5KTQA 1C1CA 1KCFA 1WSGA 2X78A 4FM2A 1VSHA 1TL3A 2DTUA 3TI0A 1J53A 4CK2A 2NUBA 1QQCA 4KHQA 2PYLA 2O4GA 2VWKA 4FJIA 1BL3A 3AO4A 1RTDA 3LWLA 2DFHA 4CGJA 4ZHRA 1CZBA 5C24A 4BE1A 3OYBA 2WONA 4E7KA 4BACA 4C8NA 3QERA 2G8VA 2FBYA 1EX4A 1JL2A 3DM2A 4OLBA 4PA1A 2P5OA 1LWCA 3H08A 4G1QA 3MXIA 4F2RA 3PX6A 3QIPA 3OYIA 2FBVA 2GUIA 3MXJA 2HHWA 2BANA 1RT2A 1DLOA 4DLGA 1SKRA 1ZBIA 2E4LA 4FVMA 1RDAA 4CF1A 4CGFA 5T7BA 3K58A 4FLWA 3AVFA 1IG9A 4KFBA 2OPRA 4NYFA 3KK1A 2F8TA 3RR7A 5EU7A 2G8UA 3EZ5A 3EYZA 1IKYA 1RBVA 1WSFA 5I3UA 4Q0BA 1ASVA 5JS1A 4LSNA 4BWJA 4QCLA 4CHQA 5FRNA 2Z1HA 4B08A 2IGIA 1TKZA 4CEDA 5CZ2A 3OYCA 2F96A 4C8KA 2HHXA 3SYZA 4RG8A 3TAGA 2HVHA 2EX3A 5HRSA 5HROA 1IH7A 3U3GA 1LWFA 4B8CA 3QO9A 4DFKA 4OKJA 5J2MA 4DF4A 1C0TA 3NF9A 3MXMA 4E1NA 3D0PA 3AA4A 3MEDA 2OPQA 4B9SA 4AHRA 1Q9YA 4ELUA 3V9WA 2KQ2A 3AVLA 4M3UA 3C95A 3VQ8A 4KTWA 4CK3A 3SQ0A 4PY5A 1B9DA 1D5AA 1VSEA 3VA0A 3AVIA 1NK5A 2Z1JA 2ZD1A 3AVNA 4AHUA 1QSSA 1NK0A 2HVIA 1XC9A 1WSHA 1QSYA 1TK8A 5HLFA 2OZMA 4M3XA 1VK0A 4OPJA 1UA0A 1L3TA 4AHCA 3ULDA 3OS2A 4LD0A 1SUQA 5CYMA 1ITGA 3CM5A 3M8QA 4CJLA 3OYHA 4ZTJA 4Z4FA 1KVAA 3QINA 3QEIA 4Z4IA 1WSIA 3ZT1A 3OVNA 3LP0A 5DK5A 4E7JA 1HYSA 4CGGA 3S3NA 1ZBHA 3ZT0A 1RTJA 4KHSA 3T3FA 1XHXA 1QTMA 4KI6A 4KHNA 1CLQA 2HNDA 1D9DA 3SV4A 2PYJA 3NE6A 3OYJA 2ZE2A 3RRHA 1T8EA 1WLJA 3AO5A 4MQ3A 3MEEA 1DTQA 1Z26A 4OVLA 4DMNA 1RNHA 3L3VA 3M8PA 4HVJA 3LALA 3OS0A 3HXMA 1VSIA 4E7HA 3MEGA 2G8HA 3ZSXA 3SPYA 1HYVA 1WAJA 2HHUA 4CJWA 3S3OA 3DMJA 4M3RA 1TK5A 4I9QA 5J2QA 1Q8IA 1QE1A 3SI6A 5SZTA 3U6FA 4J2EA 1RBTA 2D0CA 2D0AA 1RT1A 4N5SA 4F3OA 4CE9A 3G10A 4RW4A 1NK9A 4DQPA 4HUFA 4DQRA 4B9LA 4E7IA 1QS4A 4DWIA 4AHSA 3OYDA 4FLZA 4FJJA 4ELVA 3SCXA 1JLGA 4CECA 1UAXA 4F8RA 4OKKA 1L3VA 1WN7A 2RKIA 4OPKA 3SQ1A 1TVRA 3AO1A 4IDKA 3CG7A 1T7PA 2HW3A 3DLEA 4CGIA 4CFAA 1L3SA 1BQNA 1QSLA 1RTIA 1KFDA 1TK0A 3NGIA 3DRRA 2A1SA 1W9HA 4CEZA 2PZSA 1CXUA 3VQPA 2FC0A 1IKWA 3ITHA 4E7LA 3HK2A 4PQUA 3K59A 4F2SA 3OYAA 5DMRA 3AVHA 2X6SA 3OJSA 3VQ6A 3MECA 1I3AA 2XY5A 3PV8A 3RMAA 2HNZA 1RILA 1BCOA 4J2BA 2GV9A 4O4GA 1REVA 4ELTA 3TAEA 2YKNA 4CJSA 3L2RA 3SUPA 4Z4CA 2HMIA 4CJKA 3FFIA 2YNFA 2YV0X 5HP1A 1YTAA 4O5BA 3AVJA 3CFPA 3QEWA 4DSJA 3HPHA 2KZZA 1J9AA 1XI1A 5CZ1A 4DTOA 4M3TA 1ZBUA 1HYZA 3HT3A 4XIUA 1RBSA 1VSKA 1LAVA 3P83D 3DRSA 1HNVA 4FJNA 1TKDA 1HMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKSA 3JSMA 1X9JA 1JCFA 1X9WA 1RGIA 1D9FA 2HHQA 4DFJA 4TSXA 3TARA 3WEEB 2YI1A 3SV3A 4DTSA 4NO7A 1U48A 3RMCA 4B1WB 3D45A 1BWFO 3K57A 4Y1CA 2QKKA 3FZMA 4DTXA 2QW9A 1RT7A 4BR2A 3AVCA 1VQKN 3NGYA 1YJNN 3CXCM 3QEXA 4JKDA 2QM1A 2Q31A 1A5XA 2VGMA 1D8YA 4HUGA 4L8RB 4B9MA 2R7YA 1A5VA 4HWIA 2O8EA 2JLEA 4CJVA 3THYB 1RTHA 1K73O 4CJ4A 2OCEA 1VQ8N 4DQSA 1LW0A 4N56A 3L2UA 1IBLK 2E20A 3KD1E 4DR1K 2ZGYA 1EKEA 2E5LK 3UKRB 4CEBA 4B1XB 3DXKA 3CJ1A 1G15A 3CQ8A 4LFAK 1RDUA 2WTUA 3BUZB 2JGUA 1Z25A 3P5JA 4CHNA 2JWKA 1NKBA 2VG6A 1P8ZA 1WNSA 2ZWHA 3BGRA 4LC9B 2YNGA 4BR0A 4NXMK 4X62K 1S72N 3KHYA 3AA3A 3V4IA 1NK8A 3D6RA 4EP5A 4N41A 3LAMA 4YOYA 3EEQA 5AZJB 4DSIA 1HR0K 2P51A 3LZIA 3OBYA 3CQYA 4KO0A 4O44A 5A2QO 5HRNA 1KVBA 3HPGA 1TV6A 1BIZA 3EE8A 3VEYA 4W5RA 3KK3A 3NHGA 4DTRA 3AVBA 1TKXA 3L2WA 4DG1A 3AARA 5AQMA 2CGLA 3QBWA 4W5OA 3ZSQA 2QWMA 3THYA 4CZGA 3M8SA 3FFKB 3ZSVA 3U9ZA 4B1VA 4FL9A 1GLFO 4JKBA 4JKCA 1ZC6A 3CQXA 3UB5A 1X1PA 3FGUA 4CIGA 4A2AA 1W2BM 2BDPA 2WC9A 1NKEA 3VQ4A 2W41A 3JYTA 3CM6A 5AQHA 2HHVA 3E1YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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