4CERA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cerA00
4DTXA 3NDKA 4HCBA 1T03A 1GOCA 3SV4A 3AVLA 2E6LA 3H08A 5FROA 4E19A 3SZ2A 4OGEA 1NKEA 3LAKA 1FKOA 3L2UA 1J5OA 3HK2A 3VQ7A 5CYQA 2Z1GA 3AVAA 1HYZA 1RILA 4WE1A 2P1JA 3U3GA 3ZSQA 5KRTA 2HHUA 3QINA 4CHOA 1O1WA 2YKNA 1QE1A 2Z1JA 5J2NA 5J1EA 3DLKA 4NYNA 2RF2A 4CEOA 2VWJA 3HO1A 1TL1A 4B9VA 4RW6A 2LSNA 1ASVA 1D5AA 1B9FA 3AA3A 4DFJA 3SQ4A 1RBTA 4OVLA 3QERA 3SUPA 1NJZA 4M3XA 3A2FA 4MQ3A 4CF9A 3SQ0A 4DSLA 4J2BA 4FZZA 4FLVA 4CJRA 1TK5A 1YTAA 2DFHA 4C8NA 3LPTA 4FZYA 3OS1A 3AVKA 1RT1A 4J2DA 5KGWA 4DMNA 3AVMA 3O4NA 1G15A 3G0ZA 1WSJA 1TKTA 3DYAA 4RW9A 3ZCMA 4I2PA 3ZT1A 4E7HA 5KTQA 3MXJA 4PWDA 1HQUA 3DOKA 4CJEA 3HP9A 2OYQA 2IDOA 4B9LA 1BQNA 3QETA 3RTVA 2W42A 5CYMA 1Q9YA 2OPSA 4BDPA 1FXXA 1JXBA 4BE2A 2Z1HA 4Q5VA 2ATQA 3QESA 4CJKA 1LWEA 4FLUA 5J2MA 1NK9A 4KAZA 2Z1IA 3OYJA 3D45A 4CF1A 4FJMA 4DSKA 2RPIA 4FVMA 4DS4A 4DTJA 3K5MA 1U4BA 1KRPA 1QS4A 3DMJA 1UA1A 3F9KA 2GBZA 5I3UA 4BDZA 1UWBA 1S6QA 3HSTB 3RRGA 3S3MA 1NKBA 4I9LA 5DK5A 1S5JA 4E0DA 3DLEA 1ZBHA 3MEEA 2VG7A 4Z4FA 3KK1A 3F73A 5HROA 4MFBA 2A1RA 1J54A 3C6TA 1NJYA 3ULDA 4N56A 5FRNA 3LAMA 1WAJA 1VRUA 4CEAA 1TVRA 2BGGA 3HYFA 2OPQA 4KI4A 4KHSA 3CFOA 3DRPA 4PA1A 1CXUA 3QNOA 4HHTA 2QKBA 4CFDA 3L2QA 4ICLA 4AHSA 2D5RA 4W5NA 3PUFA 3NBPA 4FJHA 4CE9A 4KV8A 3KK3A 4K8ZA 3ITHA 3V9XA 1HPZA 4DLEA 1C1BA 3SUQA 3L3UA 2B6AA 2YKMA 4DG1A 1NK7A 5K14A 2HHWA 1VK0A 4CIFA 4N5SA 1SKWA 4I9QA 4LY7A 1TKXA 5HRNA 4KHUA 3DLGA 3P83D 1U49A 3LP3A 3LP0A 4H4MA 2KZMA 1JLEA 3M8RA 5JS2A 1U45A 1BIZA 2OA8A 4OGCA 4W5QA 3QEWA 1L3TA 4CESA 2QK9A 1VSHA 3K59A 1RBSA 4KB0A 1KVBA 3MEDA 4FLYA 3V9WA 3SQ1A 1Q8IA 3K5OA 3EYZA 3AVHA 4KHQA 4CERA 4B9TA 2HVHA 4OJRA 3SUNA 5SZTA 4RW4A 3ZT4A 3NE6A 1L3SA 1QSSA 5J2QA 4B9SA 4J2EA 3KTQA 1EXQA 3D0PA 2PZSA 4FJ8A 3MAQA 4DTUA 3DLHA 2KTQA 1IG9A 4F3OA 4CJ3A 1IKYA 3LZJA 4LSNA 2DTUA 4AHRA 1RDBA 4JS5A 1KFSA 4AH9A 2GUIA 1TK8A 4CEBA 2YHAA 3AO5A 1CLQA 4YFUA 1VSFA 2F8TA 2HHSA 1BCMA 4ELTA 3NF7A 4HVJA 4HCCA 1JLAA 1S1VA 3ALYA 4CJ5A 1RBUA 1U04A 3CM5A 1IO2A 4W5OA 3MXMA 4F3TA 4CF8A 2PYLA 1S9GA 4EZ9A 4O55A 3K2PA 1XC9A 3DLBA 1SUQA 3ZSYA 1J9AA 4C8MA 2BANA 3O3FA 3V4IA 1S1WA 1X9MA 1QSLA 4FJJA 3LWLA 4FZXC 1NK6A 2HNDA 4DSFA 3KKRA 3TWHA 3OS0A 4JLHA 1WSEA 4BE1A 4IFVA 2KZZA 4O5BA 4FM2A 3THVA 1ZBUA 5CZ1A 2KFZA 1TV6A 1JLBA 4LH5A 3L2RA 1D8YA 1X1PA 4CJUA 3ZSZA 4DSIA 2KFNA 1HNVA 4B8AB 3KD5E 1KTQA 4CHQA 3OYBA 3OVNA 2YNFA 4N76A 4FW1A 3HJFA 1DTTA 3V1RA 1BIUA 2B4JA 3KK2A 1NOZA 2P5OA 1WSIA 1T8EA 1JL1A 2JLEA 2WONA 1BI4B 4CHZA 4PY5A 5I42A 2XY6A 4FLXA 2E4LA 3HP6A 1NK5A 1NJWA 4NYFA 3PO5A 1XHXA 2R7YA 1NKCA 3HVRA 1VSEA 1Q9XA 3SNNA 1JLQA 4CF2A 3QEVA 1RDDA 1HJRA 2X78A 3AVFA 3SV3A 3AV9A 3T3FA 5J2PA 4O0IA 1BGXT 3TAPA 1S1UA 4W5RA 3O3HA 3L2VA 4I7FA 3U6FA 1T05A 3B6PA 1MU2A 2G8HA 4CJVA 2OZMA 1HQEA 3RWUA 4M3TA 3QNNA 4ELVA 1N5YA 3CFRA 4DTPA 1C0TA 4J2AA 1NJXA 1T7PA 1W0HA 2XY8A 4LSLA 3OYLA 1C6VA 2X6NA 3NGIA 4DS5A 1X9SA 2AJQA 4F2SA 3CFPA 2ZD1A 4H4OA 2EX3A 1EKEA 3ISNC 3M8PA 3OJUA 4B8CA 4EP5A 3RRHA 2PYJA 4FK2A 1NOYA 1HMVA 2QXFA 3AVBA 3NH1A 5D3GA 2VG6A 1KCFA 3OYDA 4CJPA 1I39A 3I0SA 3IS9A 1ASWA 4CIGA 3QLHA 3AA2A 3ZT3A 4N41A 3RMDA 3HM9A 3ZSOA 4CJTA 3E01A 4FM1A 1WSFA 3VQBA 3V9UA 4DFKA 1KLMA 3HPHA 3QEPA 1EP4A 1RT4A 4CK1A 4HUFA 4BE0A 3TAFA 3MEGA 1RT6A 3AO4A 1HRHA 3AO3A 5C42A 3K5NA 4KHWA 3C94A 4GW6A 3ZSVA 1UAXA 4AHTA 3SUOA 1RNHA 3ASMA 1RBRA 4CFAA 4DF8A 3K5LA 1TK0A 4AHUA 1RTHA 3WNEA 4Z4CA 4FJ9A 3NF6A 4DWIA 2YNHA 1DTQA 1XI1A 1LW2A 1WSGA 2OPPA 4Z4IA 1K6YA 2FBVA 1L3VA 4M3WA 1EX4A 4CF0A 4CEQA 3O3GA 3RMBA 4IFYA 3M8QA 2XRIA 1BQMA 4O0JA 2HB5A 5FDLA 1KFDA 3TAEA 3OYNA 1JLFA 4KRFA 2HMIA 1Z25A 4F8RA 3OYCA 2BDPA 1LAVA 4AHVA 3IAYA 3LP1A 4NCBA 4DQIA 4KI6A 3DLRA 3PO4A 4E3SA 2O4GA 2XY5A 2E6MA 1J53A 4KPYA 4CJFA 2G8WA 4CIEA 1WNSA 3L8BA 2IS3A 1QSYA 3DOLA 4QAGA 2NUBA 4PQUA 5HRSA 1VSIA 2DFFA 2FBYA 4ID5A 2YNGA 2FC0A 4DSEA 4M45A 1SL0A 1NK4A 4ZTJA 1RDCA 5KRSA 4DSJA 3KLGA 3VA0A 2D0BA 3DI6A 3VN5A 4BACA 4DTNA 4L8RB 3PX4A 4C8KA 4OLBA 3V9ZA 4YNQA 4E1NA 1LV5A 4IKFA 3U3YA 2G8VA 1BL3A 1BHLA 2X74A 2WOMA 3QEIA 3BDPA 5E41A 3OYGA 4LH4A 2D0AA 2G8KA 4M3UA 1WSHA 1ZBFA 3QIPA 3LZIA 3FFIA 5HP1A 4FM0A 4OPJA 3SQ2A 1F21A 4DQQA 4KTQA 3RMCA 1IKVA 4KREA 2XO7A 4FYDA 4LD0A 4XIUA 4EZ6A 4TSXA 4FJLA 1NK8A 4FJ5A 1SL1A 4K8XA 1RCHA 1X9WA 4BDYA 3AVJA 1U47A 2IC3A 1XHZA 1B9DA 3I0RA 2Y1JA 1KLNA 1VSKA 4IG3A 3ZSRA 1IH7A 3L2WA 2G8FA 1GOAA 1QTMA 3EY1A 4CGFA 2ZE2A 4O44A 3NH2A 4H8KA 2IAJA 1IKWA 2BE2A 1CZBA 5KGXA 4KO0A 4FW2A 4OKEA 4FJIA 1C0MA 3TARA 5T7BA 1ZYQA 4KTZA 5CZ2A 4FLTA 1RTDA 4KHYA 3VQ6A 3QEXA 3T1AA 3OYAA 1TKZA 4KKOA 3IG1A 4EP4A 3VA3A 2P5GA 1TGOA 4CK2A 3AVNA 4CECA 4ZHRA 3VQCA 4W5TA 3KLEA 3KJVA 4Y1CA 4OKJA 4O4GA 3LWMA 4M42A 1LWCA 2G8IA 1HNIA 3EZ5A 4BWMA 1TAUA 4E7KA 1TAQA 1BI4A 3ZSXA 4JRQA 3NCIA 5HRPA 1DLOA 1RTIA 3VQDA 4CFBA 3C6UA 3SCXA 3S3NA 4F2RA 4FK4A 1GOBA 1KVCA 4B9NA 3TR8A 1FKPA 1BISA 3VQ5A 3KLFA 4CFCA 4AILC 5HLFA 5KI6A 3VQ4A 2XY7A 2IGIA 3WNHA 3LPUA 2OZSA 1A5WA 3AVCA 5HBMA 3K58A 3VQ9A 4CJQA 4IG0A 1TKDA 3DRSA 1I3AA 4DQPA 2D0CA 3HL8A 4HUEA 3PX0A 4NCAA 1ZBIA 2F8SA 1A5VA 3KIOA 4OPKA 4CK3A 3M8SA 1SKRA 4CEEA 4CEZA 2PY5A 4KB1A 3NF8A 3QIOA 3P1GA 3VQQA 1SL2A 3HPOA 4E7IA 2A1SA 4RG8A 4DLGA 2HNZA 4FLZA 4PUOA 2O4IA 1Y97A 3NH0A 3OJSA 3NF9A 1L3UA 4GVMA 4DQRA 3JYTA 4HTUA 4DQSA 1A5XA 4AHCA 3TAQA 4DTMA 1C1AA 1CXQA 3TABA 4KHNA 3RMAA 2X6SA 2YHBA 4KFBA 3UIQA 1JLCA 1RTJA 4CJSA 4DU1A 1ASUA 2QKKA 4FJGA 2EHGA 1RBVA 1TL3A 2ZQBA 4JRPA 3VQ8A 1S1XA 1NK0A 5CY4A 3BGRA 4NCGA 3L3VA 3HPGA 3OY9A 3LANA 1YTUA 4OLAA 4DTSA 2FBXA 2XHBA 2HHXA 4DTOA 3TI0A 1KSPA 1YVUA 4CJWA 3NFAA 3LALA 4CGIA 4CHPA 4B3OA 2GV9A 3PY8A 4Y1DA 4CEDA 3V9SA 3AO1A 5C24A 4DTRA 4QOZB 1VSJA 1SV5A 4BWJA 4Z4EA 3CG7A 3ZT2A 3OS2A 3CQ8A 5FRMA 2HHVA 5EU7A 1CZ9A 3B6OA 1S6PA 2YV0X 1WN7A 1C1CA 3AVIA 3NGYA 3V81A 4FCYA 4CCHA 1HYSA 1JL2A 4B9MA 4CHYA 3AO2A 2I5JA 3SPYA 2ETJA 4RW8A 2JGUA 3HXMA 2HVIA 3S3OA 1ZBLA 5JS1A 1S9EA 3SYZA 4ELUA 2RKIA 1FK9A 4G1QA 1W9HA 3HVTA 3I8DA 1D9FA 1QQCA 1WLJA 3S9HA 2DY4A 1VSMA 1N6QA 1RT7A 3SI6A 1S1TA 1HYVA 3TAMA 1KVAA 4ID1A 4FXDA 2HW3A 3HT3A 4R5PA 3V6DA 3TANA 4B08A 1BCOA 4IDKA 3OYFA 3OYKA 4CGDA 5C25A 3OYIA 4DFMA 3KD1E 3OYMA 1YT3A 1U48A 3NHGA 4M3RA 2VWKA 2YNIA 3CYMA 2VG5A 2DFEA 4CHNA 4UQGA 1ITGA 3DRRA 1JLGA 3RR8A 1REVA 3AA5X 3V1QA 3WNFA 1UOCA 3SJJA 3RR7A 4ZTFA 4E89A 1VRTA 2F96A 4FK0A 3C95A 2RN2A 4CGHA 2Y1IA 4QCLA 1R0AA 2G8UA 4C8OA 1RDAA 3QO9A 4E7JA 1QHTA 3V1OA 4I2QA 4RW7A 4Z4GA 1B92A 1D9DA 3KKSA 3WNGA 3NAEA 3O4QA 3JSMA 4JS4A 4DF4A 1UA0A 4N47A 4M41A 4OKKA 3MXIA 4IBNA 4FJXA 5HRRA 4E7LA 1VSDA 3LP2A 2FBTA 1L5UA 3AVGA 4DU4A 4C8LA 4F4KA 4Z0UA 3G10A 2HNYA 3OYEA 3VQEA 3VQPA 1LW0A 4CJLA 2IOCA 3KLHA 3P5JA 2ITGA 2KQ2A 3OYHA 5SWMA 4FLWA 1RT3A 1XWLA 1LAWA 4CGJA 3VQAA 4M3ZA 3DM2A 3KLIA 4HUGA 3CM6A 1SKSA 2P51A 3SPZA 4CJ4A 3K57A 2HHQA 1Z26A 3TAGA 3MECA 5DMRA 3LDSA 2B5JA 1RT5A 2HHTA 4CGGA 3IRXA 1WAFA 2Q3SA 4DFPA 4KTWA 4B9UA 3T19A 3ZSWA 3AA4A 1VSLA 1C0UA 1LWFA 1JKHA 1IKXA 1RT2A 2KW4A 3ZT0A 4Z4HA 4FJ7A 4FJKA 3PV8A 4DU3A 2OPRA 4Q0BA 3PX6A 1EETA 4M3YA 4GMJB 4CEFA 1JXEA 3NGZA 4FJNA 4E1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFBL 3NDKA 4LF7K 4LF8K 3AVLA 4GKJK 4WQ5A 2V7YA 4E19A 1NGBA 3PSIA 1JCGA 1NBWA 3HK2A 5CYQA 4MDBA 3AVAA 1HYZA 3U3GA 3ZSQA 2P1JA 4A62A 1TUYA 4BRPA 1O1WA 4CHOA 1QE1A 5J2NA 3HO1A 4I6MB 2LSNA 4QS8A 1B9FA 4WQ4C 4OVLA 4M3XA 3CHWA 5LL6Z 4MQ3A 4FZZA 1SZ2A 4X66K 1IG8A 2O8DB 1RT1A 4C23A 1HKGA 4DMNA 1G15A 1WSJA 1TKTA 3ZT1A 4E7HA 4PWDA 4RWTA 4H0OA 2OYQA 3HP9A 2IDOA 1BQNA 3QETA 4WCEL 1HX1A 4A5AA 4FPBA 4BDPA 1GLBG 1C0GA 5AQJA 3QESA 1LWEA 2WC9A 4KAZA 4FJMA 2Z1IA 3ATVA 2NRXA 4FVMA 4FWLA 1U4BA 1UA1A 3F9KA 2GBZA 1W97L 4CZIA 3U9DA 3S3MA 5C2FA 3WQUA 1ZBHA 4MFBA 3RSEB 1NJYA 5C12A 4JV5K 2BGGA 2WBNA 2OPQA 2YJFA 3CFOA 5F2RA 1M1KO 4ICLA 2QA4N 3NBPA 4K8ZA 3KK3A 1T44A 4JI5K 2B6AA 4CD3A 1D4XA 4I9QA 4KHUA 3LP3A 4NXNK 4H4MA 4YORA 5EY4A 2OTJN 1JLEA 3M8RA 4DR6K 2OA8A 1L3TA 4CESA 4BQLA 1K9MO 3K59A 5AQZA 5LJWA 2ZGYA 3K5OA 4JKEA 3AVHA 3EYZA 3HOSA 1RFQA 4RW4A 3NE6A 2CGLA 1QSSA 5J2QA 2IIRA 4B9SA 4J2EA 1EXQA 2NNWA 3D0PA 4GV6A 5AQNA 3VEWA 4CJ3A 1IKYA 4AHRA 4PKGA 3ZX2A 4JS5A 3G6EN 1KFSA 4X64K 3U9ZA 1TK8A 2UXDK 3AO5A 1CLQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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