4CERA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cerA00
2VWJA 4FZZA 5HLFA 1KRPA 4BWJA 4M3TA 1RDBA 3KK2A 3HSTB 4E3SA 4FLVA 2WOMA 3A2FA 3OYHA 1RTIA 3LZJA 3RTVA 5I3UA 3QIOA 3VQ7A 4FM0A 2IDOA 2HMIA 1FK9A 2G8WA 1DLOA 2HB5A 3LZIA 1WSHA 2F8TA 2HW3A 3NBPA 1C1CA 3K57A 4KV8A 4CF2A 2XY5A 1IH7A 4FZYA 3OYBA 3C95A 1A5VA 4LSNA 3VA3A 2WONA 2AJQA 4FJHA 3AVLA 4OLBA 3MEDA 2HNZA 1U47A 2ZE2A 3OYIA 1JLCA 3L2WA 4CJKA 5FRNA 4AHVA 2PYJA 3DLGA 4M45A 3JSMA 1VSKA 4DQRA 4DU3A 1KVAA 2BANA 2PYLA 3K5MA 1RTHA 3SPZA 4Z4GA 3HJFA 4RW6A 3KK3A 2P5OA 4KRFA 2YNHA 3D45A 1RTDA 3L2RA 2NUBA 3AV9A 4KHNA 1WSFA 4CHYA 3C6TA 3OS0A 3BGRA 2QK9A 3AVCA 4DF8A 1HRHA 1NK4A 1RBVA 3DRPA 2OPPA 4CGHA 1VK0A 1S1XA 1TKZA 3ZCMA 4DTMA 3CFPA 1TK5A 1WN7A 2Y1JA 5CZ2A 3DLRA 4FJJA 3CFOA 3OVNA 4E7KA 4CE9A 4CFDA 3TAFA 1IO2A 2B4JA 4J2EA 3ULDA 3LALA 3NGZA 1C1AA 1WSGA 3DM2A 3ZSQA 3FFIA 2HHVA 3L2VA 1TAQA 3LAKA 3T1AA 4CK2A 2XY6A 4PWDA 1KVBA 5CZ1A 4IFVA 3NFAA 3ASMA 3RMAA 1TGOA 3K58A 1WNSA 4RW8A 4B08A 3ZSXA 4CEAA 5SWMA 3NH2A 3SI6A 4C8LA 2GV9A 3MXIA 3NH0A 1Q9XA 4NCBA 4KO0A 3O3FA 1C0TA 4OKKA 3SQ1A 4OJRA 4CJSA 1VSLA 1RT1A 4CHOA 1L3UA 4OPJA 3PO4A 3D0PA 4Z4EA 2IS3A 3SV4A 1NK9A 4MFBA 4CJQA 3AVBA 4LY7A 3V9UA 1QQCA 1IKVA 4IG0A 5DMRA 3V9SA 3OYFA 1CZBA 4B9MA 2HHUA 1QSLA 4RW9A 1ZBIA 3SZ2A 1YVUA 2A1RA 1J54A 4CEDA 1BCMA 1GOAA 3MAQA 1JLQA 1T8EA 4Y1CA 4E7IA 3HVTA 4CJ4A 4CK1A 2D0BA 4FLWA 1NJWA 4CJUA 2YNIA 1U4BA 3I0SA 4O5BA 5KTQA 4FJXA 3RMDA 4CHQA 3T3FA 5HRNA 3AVMA 3NGYA 5JS1A 4F2SA 1QE1A 1NOZA 3U6FA 4CIGA 1NKCA 2XY7A 1BIUA 4KKOA 1JLGA 1KSPA 3KD5E 4HUEA 4KI4A 3O3GA 4HCCA 4CGIA 3H08A 3DLEA 4DS4A 4GW6A 3VQDA 2XY8A 1WLJA 4CJ5A 4CGFA 3F73A 4DTSA 4CF0A 5D3GA 1NJXA 3AVNA 2ATQA 1ZYQA 2BE2A 5C24A 2P1JA 2ZQBA 4F3OA 4FJNA 3UIQA 4CEZA 1EX4A 2QXFA 1X9SA 1BGXT 1HYZA 4E19A 1HJRA 4KI6A 3L8BA 1I39A 4CJFA 3AVKA 3G10A 1NKBA 3V6DA 1GOBA 3QNOA 3OYJA 4OKEA 4JLHA 4AHCA 3HM9A 3ISNC 4CEBA 3ZSRA 3SUQA 1RILA 4I9LA 4BE2A 3P83D 3JYTA 1KCFA 3V9WA 4FJ5A 2DFHA 4CESA 4W5OA 5E41A 4CGDA 3T19A 1C6VA 1EKEA 4B9UA 3OS1A 3KTQA 2QKKA 5EU7A 3K5OA 4Y1DA 5SZTA 4JS5A 4E7LA 1TKDA 1D8YA 4CJ3A 4OGCA 3WNFA 3L3UA 4FLZA 1NJZA 3QLHA 1TK8A 1U45A 1BHLA 3NH1A 4DFMA 3K2PA 1JLFA 4N5SA 4C8NA 4KTWA 3RRHA 4KTZA 4CJPA 3PO5A 1JKHA 4CIEA 2FC0A 2D5RA 4DTUA 2IC3A 3NHGA 4F4KA 4KHYA 4FLXA 3OS2A 3OYGA 1LWCA 1SV5A 1L3VA 1L5UA 2G8HA 3QO9A 2G8VA 3M8QA 1S1WA 4BDPA 1JXEA 3O3HA 4FYDA 3KD1E 3B6PA 1NK8A 4BE0A 5HRRA 4GMJB 3RMBA 4CFCA 1TL1A 3SQ0A 2X6SA 5CYQA 4F8RA 4CGJA 1RT4A 1TKTA 4JRPA 1QS4A 3V9ZA 1UWBA 4CK3A 3IAYA 3KLGA 4B9NA 1HPZA 3THVA 3RWUA 3OYEA 2KTQA 2E4LA 4I2PA 2FBTA 4DLGA 1SKRA 3PUFA 2RF2A 1L3SA 1DTQA 1JL2A 3TANA 3CM5A 3WNGA 2YNGA 3OYCA 3MEGA 4KB1A 2B6AA 1U48A 1ASUA 4DTNA 2ITGA 3AVHA 1B9DA 3DOKA 3HPHA 4FK4A 3QINA 5KGWA 3SUNA 3SUOA 1S1TA 2Z1IA 3NE6A 3OYMA 2HHQA 3K59A 3NF8A 1SL1A 3I8DA 1S6QA 3DRSA 4CEQA 1U49A 4FJIA 1A5XA 1JLBA 1MU2A 1RT2A 4O0JA 3VQ8A 4DS5A 1RDCA 3ZT1A 1D9FA 1WAFA 4CGGA 3I0RA 2OYQA 1UOCA 3PX0A 1IKWA 2YNFA 4FJ8A 1HQEA 1TL3A 4FLUA 4NCAA 2D0CA 3LP3A 4DG1A 4ZTFA 4DSJA 1J5OA 1N5YA 5FDLA 4N41A 3QEXA 4DSFA 4M3WA 4E89A 3SYZA 3QNNA 3ITHA 4NYFA 1NK5A 1DTTA 1JLAA 2X78A 4OVLA 3TR8A 2YHAA 4E1NA 2F8SA 2DFEA 3OY9A 1VSMA 1ZBUA 4BWMA 1YTAA 4PA1A 3LWLA 4DQIA 4C8MA 2IOCA 4M3RA 3VN5A 3AVAA 4HVJA 5HROA 2Z1HA 4O44A 3OJUA 3WNHA 3TAGA 4PUOA 3S3OA 4DQPA 3RR7A 4GVMA 2PZSA 4I9QA 1KLMA 1QHTA 1T7PA 1HNVA 3AO5A 2FBYA 3LP0A 3P5JA 1VSIA 2JGUA 2DFFA 3ZSZA 2KFZA 3AVGA 3ZSYA 4RW4A 4CJRA 1BI4A 1R0AA 4NYNA 4FVMA 4OPKA 4O0IA 2Y1IA 3KIOA 1N6QA 4L8RB 3AVJA 2OZMA 3SV3A 1LWEA 3EZ5A 1VRUA 2VG7A 1QTMA 3DLBA 4M42A 3DRRA 3VQ9A 3AO1A 4WE1A 5J2QA 1S1UA 4YFUA 2YKNA 1S1VA 3K5LA 3QETA 4TSXA 3VA0A 2P5GA 1S9EA 1D5AA 4M41A 3L3VA 4DU4A 5KGXA 4E0DA 1IKXA 2DY4A 3HT3A 3MEEA 3VQCA 1Z25A 4ZHRA 3HP9A 1BCOA 4ELVA 1HNIA 2E6MA 4BE1A 1RBRA 4PQUA 2JLEA 4CF9A 4KREA 2EHGA 3IRXA 4CJWA 3V9XA 4KTQA 1RCHA 2XO7A 4CEOA 4HCBA 1WSEA 2RN2A 1LV5A 4W5QA 1C0MA 1EP4A 1IKYA 1HYVA 1RBTA 2D0AA 2VG6A 4RG8A 4Z4FA 2IGIA 2KZZA 2YHBA 1JXBA 4KFBA 3PV8A 3IS9A 4EP5A 1XHXA 3LAMA 3TAEA 2LSNA 4OLAA 1TV6A 1LW2A 1L3TA 2HVIA 3QEVA 5J2PA 4AHUA 5HRPA 3DLKA 3PX4A 1VSDA 3NF7A 3WNEA 1HMVA 4QCLA 2QKBA 4HUGA 4B3OA 3ALYA 3AA3A 3U3YA 4CF1A 4FJGA 4ID1A 1TVRA 1XI1A 4KB0A 1A5WA 1VSEA 4KHQA 4FCYA 1W0HA 2HHXA 4Q5VA 4FK2A 4DWIA 3RRGA 1BIZA 4Z4CA 1KLNA 3TI0A 1RT3A 4BACA 1RT5A 1RTJA 2VWKA 3NF6A 1VSJA 4LH4A 3OYLA 3CYMA 3SPYA 3RR8A 4IKFA 2W42A 1K6YA 1RT7A 3VQBA 1RBSA 5KRSA 2OZSA 1J9AA 2YV0X 4CHZA 1FKOA 4QAGA 1ZBHA 4I7FA 3HO1A 2E6LA 3C94A 4N56A 3KLHA 3HPOA 1TKXA 4Z4HA 2KZMA 3M8PA 4JRQA 3MXMA 1SKWA 1C1BA 3HP6A 1NKEA 4DSIA 4O55A 1SKSA 5C25A 4DMNA 1Q8IA 2XRIA 3DMJA 3QEIA 1I3AA 4HTUA 5CY4A 4KHWA 5CYMA 1FKPA 4DTPA 1GOCA 4BDZA 4DU1A 3NCIA 3K5NA 4FJ9A 4LSLA 3QEWA 3VQ6A 3MECA 3RMCA 1ASWA 4IG3A 4CEFA 2HHWA 2EX3A 3HXMA 4ZTJA 4H8KA 1NK6A 3SQ4A 3DLHA 1WSIA 5HBMA 4AHRA 3P1GA 5J2MA 4IDKA 4CERA 4H4OA 4R5PA 4B9TA 4FJLA 4FXDA 3TAQA 2Q3SA 1QSYA 1NOYA 4JS4A 4Q0BA 1LAVA 2O4GA 4C8OA 4K8ZA 2XHBA 2I5JA 3DOLA 4AH9A 3LP2A 3SUPA 3B6OA 3L2QA 1BISA 1CXUA 2F96A 4XIUA 1SL2A 3KLIA 4E7JA 1D9DA 2OPSA 1YTUA 3LPUA 4KAZA 1CLQA 3VQQA 3E01A 4ICLA 4C8KA 4ELTA 5FRMA 4DF4A 2HNDA 1JLEA 4W5NA 1ZBFA 2GBZA 5FROA 3KJVA 1B9FA 1T05A 1Z26A 3ZSOA 1S6PA 1F21A 4IFYA 1RBUA 4CCHA 2BDPA 3VQEA 1T03A 3OJSA 4CHNA 1WSJA 3TWHA 4DLEA 2R7YA 4DFPA 3LPTA 4F3TA 2KFNA 5KI6A 1IG9A 4F2RA 4N76A 4FJMA 3M8SA 2PY5A 2HHTA 1WAJA 4CFAA 3AA4A 1J53A 1VSHA 1XWLA 1RNHA 3VQPA 3NDKA 4DSEA 2HVHA 5I42A 4DSLA 2ETJA 3LWMA 1ITGA 3HL8A 1RDAA 1VRTA 3TAMA 3M8RA 2B5JA 4FM2A 1KTQA 4IBNA 4CECA 4CJEA 4KHUA 1EETA 4B9VA 1SUQA 4I2QA 3NGIA 2G8IA 3CM6A 2OPRA 4YNQA 4MQ3A 2IAJA 1Y97A 3C6UA 3CFRA 4EZ9A 3PX6A 2FBXA 4HUFA 1NK0A 3HK2A 2G8KA 3EY1A 1KFSA 3PY8A 4HHTA 4AHTA 2G8UA 3SQ2A 3O4NA 1HYSA 1X9MA 3LANA 1KVCA 4M3YA 4DQSA 4FW2A 1RT6A 4FLYA 1UA0A 3LP1A 4CFBA 2OA8A 1SL0A 3ZT3A 4UQGA 3S3NA 5HRSA 3ZT0A 4G1QA 1G15A 3OYKA 4CHPA 3BDPA 4ELUA 1LW0A 5HP1A 3L2UA 3SNNA 4B9LA 4ID5A 4B8AB 3KKSA 5J2NA 1VSFA 1TK0A 4FZXC 1YT3A 3AVFA 3KKRA 4OGEA 3AA2A 4KHSA 4QOZB 4W5TA 1W9HA 4FM1A 1X9WA 3KLFA 1Q9YA 3V81A 4J2BA 2BGGA 3HVRA 4KPYA 1UAXA 3QERA 4DTRA 3OYNA 1LWFA 2X6NA 4B8CA 4PY5A 2O4IA 3CG7A 1C0UA 3OYDA 3OYAA 3ZSVA 5K14A 3CQ8A 3AA5X 3VQ4A 3TARA 4DTXA 4DTOA 4K8XA 1O1WA 2ZD1A 3F9KA 1UA1A 2G8FA 4H4MA 4DQQA 3IG1A 2HHSA 4FJKA 4EP4A 3V4IA 4E1MA 2VG5A 4CJTA 3ZT4A 3LDSA 2Z1JA 3QEPA 1NK7A 3QESA 4M3XA 2A1SA 2DTUA 3NF9A 2RKIA 3HPGA 3G0ZA 4DFKA 1XHZA 3DYAA 3SCXA 1REVA 1ASVA 3AO3A 1BQMA 3V1OA 4CJLA 1EXQA 3S3MA 4M3ZA 4OKJA 2P51A 4FJ7A 3SJJA 4J2AA 3HYFA 3O4QA 2X74A 1X1PA 4BDYA 3TABA 4W5RA 3AO2A 3U3GA 3NAEA 1JL1A 3EYZA 1BQNA 1RDDA 4CF8A 4EZ6A 2OPQA 3KK1A 4FK0A 1ZBLA 1HQUA 1S5JA 3S9HA 5C42A 1BL3A 4O4GA 4DFJA 4CEEA 5J1EA 3V1QA 1U04A 1B92A 3QIPA 3V1RA 3MXJA 5JS2A 5T7BA 4AILC 3AVIA 3DI6A 4B9SA 4FLTA 1BI4B 1S9GA 4N47A 4E7HA 1XC9A 3ZSWA 4DTJA 4FW1A 4NCGA 2Z1GA 4RW7A 2RPIA 4J2DA 4LD0A 4Z4IA 4AHSA 1NJYA 2HNYA 1QSSA 2FBVA 3VQAA 1FXXA 5DK5A 3VQ5A 5KRTA 4Z0UA 4DSKA 1LAWA 2YKMA 4M3UA 2GUIA 1KFDA 3ZT2A 4CJVA 1CXQA 2KQ2A 3KLEA 1CZ9A 3AO4A 1TAUA 3TAPA 4CIFA 2KW4A 4LH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HLFA 5AZJA 4BWJA 3KK2A 2Q0RA 2NRRA 3DXKB 1RDWX 3OYHA 5I3UA 1ZBSA 5BREA 1TYQB 4OPAA 3QIOA 3R3LA 3L6QA 3CCJN 3VEOA 4WFBL 4YHHK 4B1UB 3CIPA 2HSTA 2P9LB 2YHYA 3K57A 2XY5A 4FZYA 3MK6A 1U47A 2GEMA 1P8ZA 1N8RO 5FRNA 4DQRA 1KVAA 2P5OA 2YNHA 2QWOA 3AV9A 1WSFA 4CHYA 3NVMA 5A2QO 2QK9A 4Z94A 1HRHA 4NXNK 2GWJA 4CGHA 1WB9A 3KHYA 3CFPA 3QICA 1K8AO 4JI6K 3OVNA 4E7KA 2VCPA 3ID6A 3CJ7A 4CFDA 3TAFA 2V51B 1NWKA 4WFNL 1WBDA 3NGZA 3DM2A 2NZTA 4RWTA 1V4TA 2O8CB 4IZ9A 4MDAA 4FWQA 4B08A 4CEAA 1NGGA 3NH2A 4NCBA 3CD6N 4KO0A 4HTLA 1DKGD 3U4LA 1N33K 4CHOA 2Q0UA 1L3UA 4OPJA 3PO4A 4Z4EA 4WCEL 1IJJA 3SV4A 3PIOL 2ZF5O 3VGLA 3BZCA 3OYFA 1CZBA 2HHUA 1QSLA 3SZ2A 3HTVA 3SAFA 2A1RA 1J54A 1LCUA 4AM6A 4Y1CA 4AQYK 2D0BA 4FLWA 4CJUA 1VQPN 3CI5A 5KTQA 3VF2A 2Q97A 5JLFA 2KLAA 3H1VX 2P9SB 3FZMA 5JS1A 1KAZA 4FOIA 4F2SA 3EL2A 1NOZA 3U6FA 4CIGA 1NKCA 3WEEA 1BIUA 3H3OB 4FWRA 4KH5A 2AP1A 4CGIA 3MX5A 1WLJA 4DTSA 1NGFA 4ILHA 4H5TA 5D3GA 3F5TA 3AVNA 2BE2A 4EIAA 4H0YB 5AQGA 5B8HA 4GY2B 5JLHA 1X9SA 2JWLA 4B9QA 1HJRA 3AVKA 1NKBA 1GOBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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