4CERA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cerA00
1ASUA 3HT3A 3VQ6A 3SYZA 1BQMA 1NJYA 4KHUA 2AJQA 4CK3A 3L8BA 3SPZA 3OYIA 4BDYA 1D9FA 1QSLA 3O4NA 3VQ4A 4CF0A 1QE1A 2XY5A 1WSJA 3AO4A 2G8HA 1WSIA 2PZSA 4B9TA 4ZTFA 3KD5E 4O5BA 4R5PA 4JS4A 3AVNA 4O4GA 4DMNA 3V9WA 4KKOA 1S9GA 3DLKA 3QERA 4HCCA 3VQEA 2D0AA 2EHGA 3O3HA 4DTPA 2YNHA 1QSSA 1VSDA 3HJFA 3PX4A 2RPIA 3DRSA 3DLEA 4M45A 5HP1A 4PY5A 4DQPA 1B9FA 1U49A 4CJLA 3L3VA 3NH0A 4DSIA 4FJJA 5KTQA 4BACA 1L3UA 4FZZA 3DRPA 4F3TA 4FJ9A 2XHBA 1IKWA 4EP4A 3ZSXA 3DLRA 4CHOA 4DFKA 1RBVA 1KVAA 1RT4A 2X6SA 4JRQA 1L3TA 4DLGA 1X9SA 3B6PA 2YV0X 4BDZA 4CIGA 3QEIA 1LV5A 2RF2A 3T3FA 4FJ7A 3VQBA 3MEDA 3C6UA 2HVHA 3KKSA 1QS4A 1RCHA 5KGWA 1N6QA 3HVRA 1RDBA 4OPKA 5JS2A 3O4QA 1TK5A 5FROA 4FLVA 1TGOA 1REVA 4FW1A 3OYGA 4M3UA 1CZ9A 2Z1IA 4KB0A 1J9AA 4OKEA 4CF1A 4OJRA 4B8AB 4Z4CA 5E41A 3HP6A 4C8LA 2DTUA 4ZHRA 4G1QA 3P83D 3QEXA 3TAFA 3RR8A 3EZ5A 3M8PA 4W5QA 1SKSA 2HHTA 3D45A 3RMBA 4B3OA 1S1VA 4DTXA 3ZT4A 1ASWA 3AA4A 1VSKA 4CJKA 3S3NA 4CERA 1RDDA 2DFEA 3S3OA 4KI6A 3OYAA 4FZYA 1JL2A 4IG3A 1KRPA 5FDLA 1QHTA 2ZE2A 2YKNA 2Z1HA 2XY7A 2KTQA 3AVAA 1LWFA 3T1AA 4IG0A 4DTMA 3BDPA 1X1PA 5C24A 3NF6A 3K5MA 4DSKA 3OS0A 4I2QA 1LW2A 3IG1A 4Z4EA 3DI6A 1ZBFA 4C8NA 3OS2A 3AVCA 1TKZA 4I2PA 4C8MA 1O1WA 2HW3A 4DWIA 1YT3A 4CFDA 3KLGA 3ZSYA 4ZTJA 2PYLA 2HHSA 4DSFA 1X9MA 1FK9A 2IC3A 3NHGA 4DTOA 1NJXA 2ATQA 2LSNA 3O3FA 5I3UA 5CYQA 4F2RA 1NK7A 1ZBHA 4QOZB 1D5AA 1CZBA 3AVGA 1BHLA 3OYMA 4O0JA 4KPYA 4B9SA 2D0CA 4PUOA 4OGEA 4CIEA 1U48A 3OYBA 4ID5A 1SUQA 1SL0A 4OLAA 4DTJA 1RNHA 1LWEA 3V1QA 5J2PA 4HTUA 2DFFA 3A2FA 3LP1A 2P5GA 1RT2A 4XIUA 3V9XA 4NCBA 1BIZA 1HYVA 1UOCA 5SZTA 3AA2A 4IKFA 3DM2A 3RMAA 3SI6A 3VQ7A 4CJFA 3L2VA 4L8RB 1HNIA 3LAKA 3AVMA 4O55A 1EETA 3AO3A 4RW7A 3K57A 5I42A 2F8TA 4M3RA 2KQ2A 2KZMA 1EP4A 3KK1A 3VA3A 4CF2A 4DTRA 3OYEA 4FJNA 4CK1A 4CHPA 4FJ8A 3AVIA 1WAJA 1VSIA 3VQAA 3S9HA 3RWUA 4Z0UA 4DF4A 4NYFA 2X6NA 3B6OA 1IKXA 3K5LA 5DMRA 1HNVA 1W9HA 2YHAA 4HUFA 3OVNA 3LZIA 5CZ1A 3VQ8A 4B9NA 4K8XA 5HRRA 1ITGA 3OYDA 4OVLA 3HVTA 3L2WA 4K8ZA 3NF8A 1NKEA 1T7PA 3I0RA 1FXXA 4E1MA 1IKYA 1ZBLA 4FK0A 4LSLA 3QESA 1U47A 1WN7A 4AHCA 2KZZA 4KHQA 4FVMA 4WE1A 3KJVA 4J2AA 1SKWA 2G8KA 2RN2A 3LWMA 3WNHA 1KLMA 2A1SA 4EP5A 4BDPA 2OZSA 2HHUA 1SKRA 1BIUA 2HNZA 3DMJA 4FK4A 3HL8A 1S9EA 1A5VA 1XC9A 4YNQA 1Q8IA 2IGIA 4C8OA 2VWJA 1WSGA 4PA1A 3SZ2A 3DLBA 3PX0A 3SQ1A 3S3MA 2QXFA 4ICLA 4CFCA 4LD0A 4C8KA 3SCXA 2Q3SA 3P5JA 1KCFA 3AVBA 3QINA 4MQ3A 4TSXA 3U6FA 3HM9A 4CJSA 4KV8A 3IAYA 1U4BA 4AILC 3K2PA 4KFBA 4CESA 4KI4A 2HMIA 2E6MA 4NYNA 4CFAA 1NK8A 4DTSA 5HROA 2NUBA 3NBPA 1TK0A 1TV6A 1S6PA 3SUQA 2HHQA 3ZSZA 4QAGA 1VSFA 4KHSA 4BE0A 4CJQA 1UAXA 2G8IA 3SPYA 1TAQA 3ZSQA 1C0UA 2OA8A 2ZD1A 4KAZA 3LPUA 3D0PA 1Q9XA 4FJIA 3NFAA 3TAMA 4W5OA 3V9SA 2QKBA 1QTMA 4DSJA 1JXBA 5KGXA 4ELTA 1J53A 2G8UA 1Z26A 3M8SA 3RMCA 3AA3A 5EU7A 2EX3A 4FM2A 3LALA 2WONA 3V81A 2P51A 1JLAA 3HO1A 1FKPA 2KFNA 4AH9A 3EYZA 4CJ3A 5HRNA 4B9MA 3OYHA 3AO2A 4N56A 3SQ2A 5KRSA 4Q0BA 3TAQA 3HPOA 2FC0A 4AHUA 2VG5A 1HQEA 1IH7A 1HYSA 5FRNA 3U3GA 4CIFA 2ETJA 4DTUA 3OY9A 1N5YA 3HPGA 4FXDA 3VN5A 3OYJA 3MXJA 4CEOA 1S1XA 3QIOA 2R7YA 1WSFA 1JLQA 3SV4A 4E0DA 4FLYA 3SQ4A 2O4IA 3F73A 4FM0A 4W5TA 3F9KA 2OYQA 4F3OA 3VQQA 4FJHA 4KHNA 4CGJA 3NGZA 4DQRA 3RR7A 3V1OA 1D9DA 1NK0A 1RTIA 2ITGA 4KHYA 1UA0A 4FK2A 3NH1A 4LH4A 4IFYA 3OS1A 3QEPA 3CYMA 1T03A 3VQPA 3LWLA 5J1EA 3QEVA 2HNYA 1KTQA 3ZCMA 2F96A 1WAFA 3LANA 3CFPA 3TAPA 1VSEA 3ASMA 4MFBA 1TL3A 3MXIA 4J2DA 4AHSA 2E6LA 4CEBA 1RT6A 4CGIA 4JRPA 1XI1A 1QSYA 3UIQA 4H4OA 3MXMA 2Y1IA 4FJMA 4CCHA 1BI4B 3K58A 4KTWA 2FBTA 1IO2A 1CXUA 1CXQA 2E4LA 2FBXA 2VG7A 4OGCA 5K14A 4CHNA 3M8RA 3WNGA 1JL1A 3NF9A 4B9UA 2Z1GA 1ASVA 1S1TA 3KK3A 3AVKA 3QO9A 1BISA 3TWHA 4FW2A 1NK6A 4PWDA 4DQQA 3AO1A 1Z25A 3C6TA 1S6QA 4FYDA 1VK0A 4Z4HA 2FBVA 3CM6A 2X78A 4KO0A 4O0IA 4FLWA 2X74A 4GW6A 3HK2A 4DG1A 2I5JA 4W5RA 3O3GA 1W0HA 3JSMA 2BDPA 4M3YA 1LW0A 4BE2A 5FRMA 1ZBUA 4CJUA 3MEGA 1A5WA 4E7LA 1KSPA 3QNNA 5DK5A 4JS5A 4Z4IA 1DTQA 2Y1JA 1NJWA 2PYJA 1HQUA 3SNNA 1RBUA 2OPRA 4CHZA 1NK9A 2BGGA 3BGRA 3LZJA 2P1JA 1WSHA 3FFIA 2B5JA 1B92A 4DLEA 4B9LA 2KFZA 2WOMA 4FJGA 1MU2A 1DTTA 4CGFA 4J2EA 3DYAA 3M8QA 1RT1A 3VQCA 3RRGA 3VQDA 4RG8A 3VQ9A 4LY7A 2DFHA 1LWCA 4EZ9A 3IRXA 4E19A 2B6AA 3ZSVA 4CEEA 4OKKA 2ZQBA 5T7BA 3PV8A 3OYKA 5JS1A 2D0BA 4J2BA 4KRFA 1KFSA 1NK5A 3HYFA 1JLFA 3L2UA 4CECA 4KREA 1L3SA 3T19A 4E89A 5SWMA 2IS3A 2DY4A 1SL1A 2IAJA 4CF8A 1TK8A 4N47A 1S1WA 4N5SA 4NCAA 3ALYA 1GOAA 4PQUA 1C1BA 3LAMA 4DF8A 3NF7A 3TARA 3ZT2A 4RW8A 4CEAA 2BANA 3L3UA 5CZ2A 2XY6A 1J5OA 4DS5A 5HRSA 1X9WA 1C0TA 1JLEA 4DFJA 2YNIA 1NOZA 3IS9A 3MEEA 1RILA 2YNGA 4CFBA 4CHQA 3C95A 1QQCA 2GBZA 5HRPA 1A5XA 1YTAA 4CGGA 3OYLA 4HHTA 1Y97A 2RKIA 3V9UA 1C1CA 2VG6A 3NGIA 4M3TA 4NCGA 4BWMA 1Q9YA 2QKKA 4GMJB 3WNEA 4CEDA 3AVFA 3CFRA 3DOKA 1RBRA 4CJ5A 3RTVA 3QEWA 3SUPA 2A1RA 3C94A 1T8EA 4ELUA 4CJVA 3AA5X 1B9DA 1VSLA 2G8VA 1RTDA 5D3GA 4E7KA 3AVLA 4FCYA 1D8YA 4I9QA 1C1AA 4LSNA 1S1UA 3L2QA 4DFPA 4CJPA 4DU3A 3NAEA 3K5OA 1FKOA 4AHVA 3PO5A 3NCIA 3AV9A 1ZYQA 3CFOA 3RMDA 1EKEA 3KLHA 3LPTA 3AVHA 1TKDA 1RBTA 4FLXA 1LAVA 1J54A 1VSHA 3ISNC 4N76A 3QLHA 3TR8A 1WLJA 4HUEA 5J2QA 4UQGA 1VRTA 2YNFA 4KTZA 3OYCA 1C0MA 3EY1A 3ZSOA 4IDKA 2OZMA 1HPZA 1VSMA 1BGXT 3K5NA 1BCOA 3QNOA 2D5RA 4Y1DA 1KLNA 1I3AA 3PUFA 5J2MA 1WSEA 1XHZA 3LP0A 3ZT1A 4M41A 3ZT3A 4CJTA 3TI0A 4FJKA 4M3ZA 4FM1A 4DS4A 4CJEA 3TABA 1R0AA 4QCLA 2HB5A 1C6VA 2BE2A 2GUIA 2B4JA 4FLZA 4HUGA 1TL1A 1BL3A 1VSJA 2O4GA 3L2RA 2FBYA 1JLCA 3MECA 1NKCA 1SV5A 5CYMA 5KRTA 4ELVA 4LH5A 4Q5VA 4I9LA 5HBMA 1DLOA 1NJZA 1EX4A 1RTHA 2XY8A 1YVUA 2Z1JA 3PO4A 3OJUA 2OPSA 1U45A 4B08A 4CE9A 1U04A 4F4KA 2HHVA 1RT5A 3AVJA 4DSEA 4CEFA 4FLUA 5HLFA 4FZXC 1SL2A 3ZT0A 3MAQA 3SUNA 4CHYA 1XWLA 4BWJA 4Z4GA 1BQNA 4IBNA 1NOYA 2HVIA 3RRHA 1KVCA 3NE6A 2OPPA 3G10A 3QETA 3KTQA 3THVA 3TAGA 1LAWA 3HP9A 1UWBA 4H8KA 4CGHA 4Y1CA 4F2SA 1WNSA 1BCMA 4CK2A 2VWKA 4AHTA 4W5NA 3DLGA 5CY4A 4B9VA 1TKTA 3CG7A 4H4MA 3SV3A 2HHXA 3ZSRA 3H08A 1CLQA 2HHWA 5C42A 2XRIA 3P1GA 5C25A 3V9ZA 3VQ5A 3DLHA 4KTQA 3SJJA 3HXMA 1UA1A 4CGDA 1JKHA 3OYNA 4OKJA 4ID1A 3ITHA 3OYFA 4CEQA 3CQ8A 4F8RA 5KI6A 2QK9A 1VRUA 2JGUA 2G8FA 2IDOA 3LP2A 3LP3A 4HVJA 3U3YA 3TAEA 1EXQA 3K59A 4DU1A 1RBSA 1XHXA 1BI4A 1RTJA 2HNDA 4E7HA 4RW4A 4DFMA 1HMVA 4OLBA 3I8DA 1L5UA 3CM5A 2YHBA 3KLFA 4FJLA 2W42A 3QIPA 3V1RA 4DSLA 4Z4FA 4E3SA 4O44A 4GVMA 3ZSWA 3SQ0A 1T05A 1TAUA 1G15A 1JLGA 1GOCA 1RT3A 2JLEA 4IFVA 3WNFA 4E7IA 4FJXA 4M42A 4KHWA 3PX6A 3G0ZA 4RW9A 4N41A 4FJ5A 1L3VA 4CJRA 1HYZA 1HJRA 4OPJA 4DTNA 3ULDA 3I0SA 4M3WA 1TVRA 3KLEA 3KK2A 4DQIA 3NGYA 1HRHA 1JLBA 2IOCA 4DU4A 1NKBA 2GV9A 3OJSA 1F21A 3LDSA 4FLTA 3KLIA 3KD1E 3JYTA 3KIOA 3TANA 2P5OA 1K6YA 2KW4A 4EZ6A 3PY8A 2PY5A 4CF9A 1JXEA 1TKXA 4I7FA 1RDAA 3NDKA 3KKRA 3V6DA 4CJWA 4E7JA 4YFUA 1S5JA 2XO7A 4RW6A 1KFDA 3E01A 2G8WA 1GOBA 1IG9A 1KVBA 1IKVA 4B8CA 4CEZA 4AHRA 4M3XA 1RT7A 4CJ4A 2F8SA 3HPHA 3NH2A 3VA0A 4BE1A 1YTUA 4E1NA 4JLHA 1RDCA 4DQSA 3AO5A 4KB1A 3SUOA 3DOLA 5J2NA 1NK4A 1ZBIA 3DRRA 3V4IA 4HCBA 2OPQA 2YKMA 3HSTB 1I39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDWX 1NNEA 4KHUA 3VQ6A 1NJYA 4BY9C 3WEEB 3THXB 1D9FA 4BDYA 4FWQA 1QSLA 2YX6A 4QS8A 1QE1A 3AO4A 1VQMN 2G8HA 1HR0K 2PZSA 4B9TA 4ZTFA 3KD5E 1OH8A 3AVNA 4DMNA 1K8KA 2WFBA 3DLKA 3VQEA 3ZX0A 3O3HA 3IKMA 3HJFA 3DRSA 1M1KO 3DLEA 2QXLA 4B1WB 4DQPA 1U49A 1VQ5N 3G25A 1L3UA 2E2NA 4F3TA 5AQMA 5AJ3K 1HX1A 1XC3A 3ZSXA 1KAZA 4DFKA 2D0PA 3CQXA 1KVAA 4DLGA 5IWAK 1LV5A 3VQBA 3MEDA 1E4FT 1N6QA 1RCHA 3QBXA 5HOOA 4IWVA 3ZLJA 3CMEN 5AQPA 4FLVA 1VQKN 3TU5A 2QM1A 1CZ9A 2HSTA 4OKEA 3JXUA 4C8LA 3G6EN 4ZHRA 4BRIA 4G1QA 3S41A 3WT0A 2O8DB 1SKSA 3D45A 3RMBA 1ASWA 5JVGL 5AQSA 4FZYA 1JL2A 1W7AA 3P31A 3CC7N 2Z1HA 3QDKA 1SAZA 4NLCA 5ELZA 3OS0A 1LW2A 3IG1A 1BOTO 3LDNA 1O1WA 4ZTJA 2KKZA 3O3FA 5I3UA 4F2RA 3DJCA 3FZHA 4CIEA 4M7XA 3UKUB 1WB9A 1RNHA 1D4XA 3ZETA 5J2PA 4HTUA 2DFFA 2P5GA 2E5LK 2W41A 5FPDA 3KHYA 2WBNA 4LF4K 4L8RB 3H3OB 3GE1A 3L2VA 1YJNN 4IO8A 4RW7A 4CZFA 3AAPA 2KZMA 3Q7BA 4H0PA 4CK1A 3HZ6A 4JKGA 3RVCA 3AVIA 1KD1O 4CZLA 2X6NA 3B6OA 1P8ZA 4DCHA 4WFAL 1IKXA 2F9WA 3KWGA 2D4WA 4RCHA 4HUFA 5CZ1A 2YJEA 2IVNA 4B9NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RDW X;  1NNE A;  4KHU A;  3VQ6 A;  1NJY A;  4BY9 C;  3WEE B;  3THX B;  1D9F A;  4BDY A;  4FWQ A;  1QSL A;  2YX6 A;  4QS8 A;  1QE1 A;  3AO4 A;  1VQM N;  2G8H A;  1HR0 K;  2PZS A;  4B9T A;  4ZTF A;  3KD5 E;  1OH8 A;  3AVN A;  4DMN A;  1K8K A;  2WFB A;  3DLK A;  3VQE A;  3ZX0 A;  3O3H A;  3IKM A;  3HJF A;  3DRS A;  1M1K O;  3DLE A;  2QXL A;  4B1W B;  4DQP A;  1U49 A;  1VQ5 N;  3G25 A;  1L3U A;  2E2N A;  4F3T A;  5AQM A;  5AJ3 K;  1HX1 A;  1XC3 A;  3ZSX A;  1KAZ A;  4DFK A;  2D0P A;  3CQX A;  1KVA A;  4DLG A;  5IWA K;  1LV5 A;  3VQB A;  3MED A;  1E4F T;  1N6Q A;  1RCH A;  3QBX A;  5HOO A;  4IWV A;  3ZLJ A;  3CME N;  5AQP A;  4FLV A;  1VQK N;  3TU5 A;  2QM1 A;  1CZ9 A;  2HST A;  4OKE A;  3JXU A;  4C8L A;  3G6E N;  4ZHR A;  4BRI A;  4G1Q A;  3S41 A;  3WT0 A;  2O8D B;  1SKS A;  3D45 A;  3RMB A;  1ASW A;  5JVG L;  5AQS A;  4FZY A;  1JL2 A;  1W7A A;  3P31 A;  3CC7 N;  2Z1H A;  3QDK A;  1SAZ A;  4NLC A;  5ELZ A;  3OS0 A;  1LW2 A;  3IG1 A;  1BOT O;  3LDN A;  1O1W A;  4ZTJ A;  2KKZ A;  3O3F A;  5I3U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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