4CESA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cesA00
2OYQA 3L2UA 4PUOA 5HBMA 1YTAA 3QETA 5C24A 4ELTA 2YKMA 3LANA 4KHYA 3TARA 4DU1A 4Z4FA 1VSDA 4E0DA 4TSXA 2OZMA 1WNSA 3C6UA 3ZSZA 3C94A 4G1QA 4AHVA 3KK3A 1CXQA 5E41A 1X9SA 4KAZA 4M3WA 3MEDA 3PUFA 3QLHA 3AVAA 1IO2A 4DTUA 2FC0A 3HPOA 3NF7A 3SUNA 1RBTA 4FLTA 3ZSXA 1D9DA 3ZSRA 3AVMA 4CGGA 3OYNA 4JS5A 4BE0A 4B9NA 4AHTA 5FRMA 3M8SA 4E1NA 4FZYA 1ZBFA 4CJPA 3VQ9A 3AA5X 3OYMA 1EXQA 3TAQA 2Z1IA 1KLNA 4M3YA 3NH1A 4ZHRA 1VSHA 1BQMA 1LAVA 1REVA 1R0AA 1TK0A 4PY5A 1C6VA 3AVLA 1GOCA 1SL0A 2DFFA 3M8PA 5FROA 3AO1A 4CJ5A 1X1PA 3KK1A 3HO1A 4FLVA 3DRRA 4CIEA 2G8VA 1UA0A 3QEPA 2QKKA 4OLAA 4RG8A 3O4NA 1YVUA 3ZT1A 3K5LA 4FZXC 4CHOA 1VSLA 3T19A 3QEIA 4KI4A 2HHWA 4Y1DA 3DRPA 4DF4A 4I7FA 4GMJB 4PQUA 3KLIA 3OJSA 4I2QA 2B4JA 4W5QA 3ITHA 3L2VA 4B9UA 3SQ4A 3KLEA 4KHNA 5HROA 4N47A 4NCAA 3CG7A 4CJRA 3V9ZA 1L3VA 3V1OA 1QSSA 3ZT0A 1DTQA 2X6NA 1K6YA 2RKIA 3SI6A 3K5OA 2ZD1A 3MEEA 1J54A 4CERA 2R7YA 2PZSA 4CJKA 2D0BA 3C95A 4ELVA 4DSLA 4K8ZA 3TAMA 4OGCA 1DLOA 4ICLA 4FK0A 2PYLA 3IG1A 1J53A 1KVCA 4OJRA 1S5JA 1VSEA 2IS3A 2YNIA 3QERA 2Y1JA 3TANA 1NKCA 4UQGA 3NH0A 2ZE2A 4O0JA 1Z25A 4CE9A 5I42A 1XC9A 4CFBA 3HJFA 4Q5VA 3AVNA 4EZ9A 4N5SA 3DLBA 4BDPA 1KVAA 4CFDA 4FJLA 3M8RA 3KLFA 1YT3A 3V9UA 4FYDA 3HYFA 1Q9XA 4KHSA 1NJWA 2HHUA 3DLRA 3CFOA 3NF9A 4BDYA 5J2QA 2P51A 2Z1JA 3TR8A 4CEOA 1CZBA 4RW4A 2EHGA 4CJFA 1WSHA 4W5RA 3L2WA 3U6FA 1BHLA 3AVGA 3SV4A 2HNDA 1U47A 5DMRA 2ITGA 3HP6A 3RRHA 1SL1A 4CEBA 1NK6A 4HCCA 3LZIA 2HVIA 4FK2A 4CJWA 1Q8IA 3O4QA 4MFBA 1IG9A 1W9HA 1RDDA 4LD0A 1S1UA 3K5NA 1JXBA 4NCGA 3SQ0A 1LV5A 1UWBA 3IRXA 1L3SA 1QSYA 1BQNA 4J2AA 3MXMA 2HHQA 4BE1A 3SV3A 4LH4A 1RDBA 4F8RA 1JL1A 3NAEA 3TI0A 3VQPA 1BI4B 4FJHA 4OKEA 4AHSA 1D9FA 1RBSA 3KD5E 2VWKA 1HNIA 1TKXA 4HUEA 1XHZA 3LAMA 2XY8A 4Z4CA 2G8IA 2B6AA 3O3HA 3RMBA 4B8CA 3PX6A 4J2BA 5C42A 3CFPA 1KCFA 4CCHA 1WSFA 4B9VA 4J2DA 3D0PA 4OPJA 1F21A 4KPYA 4B08A 2IDOA 1BCOA 4CHQA 4C8NA 4DTNA 4KTWA 4HTUA 1VSKA 2OPQA 1WLJA 3HL8A 4CK2A 1ZBUA 1SKSA 3CM6A 2VG5A 1CXUA 4M3UA 3AO2A 1Q9YA 4EP5A 3OYHA 4F4KA 1RBUA 2HHXA 1KLMA 3IAYA 1QQCA 1WSGA 4FJ5A 3NFAA 3OYAA 1ZBLA 4FJ7A 4CJ3A 3LP0A 4FW1A 3HPHA 4CEFA 4M3XA 2OA8A 2KQ2A 4IFYA 1TKZA 1GOBA 4O4GA 3LWLA 4KHUA 1RTDA 1VK0A 4OVLA 3KJVA 3M8QA 4H8KA 1LW2A 5KRSA 1ASUA 4HHTA 1NKBA 2KFNA 3RR8A 1RT1A 3SPZA 1NOZA 4ID1A 2XHBA 4DQSA 4E7IA 3TAEA 3PO5A 2P5GA 3V9SA 3S3MA 1RDCA 3HP9A 3VQDA 3VA3A 4IFVA 3RRGA 2BGGA 4CJTA 3ZSYA 2W42A 4FJGA 5HRSA 5K14A 1QHTA 3HT3A 4E3SA 1KSPA 2PYJA 3LALA 1T7PA 3HVRA 4DSKA 2XY5A 5CZ2A 4BACA 3ZT3A 4FLYA 4M42A 3SUOA 4CEZA 4CECA 1MU2A 3V4IA 2HB5A 4NYFA 2ATQA 4DG1A 4FXDA 3VQCA 2FBTA 5HRRA 2DFHA 4DU3A 1KTQA 2IC3A 3AO3A 3JSMA 2AJQA 3ULDA 1RBRA 3LP3A 1HJRA 2O4IA 4KB1A 5FDLA 3SJJA 1HYSA 3RR7A 4M3TA 1WSIA 2HHTA 1SKRA 2ZQBA 1C1CA 3OYEA 1BISA 3QEXA 2D0AA 3G0ZA 4QOZB 1VRUA 4CF9A 3WNFA 5KRTA 4FCYA 1U4BA 1TL3A 4JRQA 4C8OA 2QXFA 1NK0A 4DFKA 3QEVA 3OY9A 3SUQA 5HLFA 4FZZA 1TL1A 4JS4A 4CHZA 1FKOA 3DLHA 3OYLA 3CQ8A 3KKSA 4CJ4A 4HUFA 3V1QA 4CEEA 4E7KA 1ZBHA 5KGWA 4RW6A 3C6TA 1CLQA 2F8TA 3L8BA 4B8AB 3KD1E 3QIPA 2HNYA 3QEWA 2NUBA 3VQ5A 3AO5A 2D5RA 3L2RA 4Z0UA 2HHVA 3V9WA 2BANA 2DY4A 1FKPA 3P1GA 4IDKA 3OYJA 2OPSA 3CYMA 1IH7A 1VRTA 1QTMA 1RT5A 2KW4A 1SKWA 4N56A 4CJUA 4LSNA 1HQEA 1RBVA 3F9KA 4CJVA 3T3FA 2OPRA 4CJSA 4IG3A 4Z4EA 4F3TA 3HSTB 3QNNA 4KFBA 4PWDA 4CJQA 3KTQA 4IG0A 3EZ5A 1B92A 3NF6A 4I2PA 5HRNA 3D45A 4NCBA 4KHWA 5FRNA 2VG7A 1IKXA 4XIUA 3SPYA 5SWMA 4DWIA 2IGIA 5KGXA 2RF2A 1VSIA 1HMVA 5CYQA 3DYAA 2HVHA 4BDZA 3HK2A 4F2RA 1VSMA 1SV5A 1JLFA 3LP2A 4CEAA 1JL2A 4KTZA 4NYNA 3NGZA 4YNQA 3OYKA 4CIGA 4RW7A 4CEQA 4B9MA 3L3UA 3NF8A 4IKFA 2YNGA 3VQ7A 1HPZA 1EETA 3HVTA 1KRPA 2OZSA 1S1TA 3EYZA 3L2QA 4LH5A 4BWJA 4CJEA 2RPIA 4AH9A 4K8XA 4W5OA 4DSFA 4EZ6A 1RNHA 1TVRA 3ASMA 2F8SA 3VQEA 2HW3A 3P83D 3ZT2A 3OJUA 1KFDA 1WAFA 3KLHA 3NHGA 1T03A 2YHAA 2G8WA 3NCIA 2DFEA 2XRIA 1SUQA 5KTQA 5C25A 4FJJA 3SNNA 1CZ9A 2Z1GA 2G8KA 3CFRA 3V9XA 1X9WA 4C8LA 1HYZA 3SCXA 1LWEA 3FFIA 3SYZA 3BDPA 4QCLA 2YV0X 4OPKA 4CHNA 2HNZA 2E4LA 3KKRA 4M41A 2A1RA 1C1AA 3NDKA 1EP4A 1J9AA 3LWMA 1A5WA 4DTMA 1L5UA 3HM9A 3DLKA 1RT2A 1S1XA 2YNFA 3QINA 3PV8A 4AILC 3U3GA 4DSEA 4DQRA 3O3GA 4CGHA 2X6SA 4RW8A 4HVJA 3DI6A 5SZTA 3I0RA 3DRSA 5I3UA 1S9EA 4ZTJA 1WSJA 3IS9A 4O55A 3HPGA 4C8MA 1U48A 4DTOA 1RT3A 1S1VA 3PX0A 3VQ4A 1N5YA 1SL2A 3LDSA 3TAPA 4DQPA 1IKVA 4FLUA 3SUPA 4CGJA 4DTXA 4CF8A 4DFJA 4DS5A 2O4GA 4FLXA 1QE1A 3K5MA 3PY8A 4M3ZA 1RILA 4ZTFA 4B3OA 4OKJA 3NGYA 4W5TA 3THVA 5J1EA 3RTVA 4E89A 3ZSWA 1JXEA 4DQQA 1UOCA 3AO4A 3NGIA 1TAQA 4FJKA 4FJXA 3QO9A 4DTPA 3ALYA 2FBXA 3SZ2A 4DTSA 3ZSVA 4CHPA 1HNVA 5EU7A 1FK9A 1WN7A 1RCHA 1U45A 3AA3A 1NJYA 3L3VA 1NK8A 2YKNA 4N41A 1LW0A 1DTTA 4BWMA 4FW2A 1TAUA 1L3UA 3V81A 1JLBA 4Z4IA 4CGIA 5CZ1A 4DMNA 4DS4A 3WNEA 4OLBA 3QIOA 3MECA 3AVJA 4B9LA 3OYDA 5CY4A 3ZCMA 5J2NA 4KHQA 2KZZA 1D8YA 1W0HA 3AA2A 3LP1A 4CGDA 3F73A 4FLZA 3TAGA 4Z4GA 2QK9A 2E6LA 2XY7A 4GVMA 2F96A 2FBVA 3AVIA 4QAGA 3ZSQA 1RT7A 4B9TA 3KIOA 3AA4A 4CJLA 5KI6A 3DMJA 2QKBA 2KFZA 1LWCA 4J2EA 3TABA 4FJ9A 1JLAA 5J2MA 4CEDA 4MQ3A 4OKKA 1QS4A 3AVHA 2VWJA 3LPTA 1TV6A 4E1MA 4CHYA 3QESA 4CESA 2HMIA 1G15A 3V1RA 3H08A 1XWLA 3LZJA 3RMAA 3AVBA 1VSJA 3RMDA 3I8DA 3SQ2A 3S3OA 4DSJA 1WAJA 5HRPA 5DK5A 1XI1A 4FJIA 4CF0A 4OGEA 4FM2A 4KV8A 4HUGA 1I39A 1C0UA 3O3FA 2HHSA 3AVFA 4YFUA 5HP1A 1BGXT 4PA1A 1NK4A 2RN2A 4R5PA 4O0IA 3OYBA 3QNOA 4Z4HA 2X78A 4CF1A 2P5OA 4F3OA 1RT4A 1RT6A 4ID5A 2WONA 4KI6A 1KFSA 4FJ8A 1L3TA 1WSEA 1HRHA 4DSIA 1I3AA 2LSNA 1ASVA 1RTJA 3WNGA 4LY7A 3S3NA 4DF8A 3ISNC 1NK5A 2DTUA 2IOCA 4FVMA 4Y1CA 5JS2A 1BL3A 1U04A 3VQ6A 4FM1A 2WOMA 1U49A 4HCBA 1B9DA 2I5JA 1EKEA 1RTHA 1Z26A 1S6PA 1JKHA 1FXXA 3T1AA 4DTJA 2KTQA 2Y1IA 2IAJA 4DLEA 1EX4A 2YNHA 3NE6A 4W5NA 3NH2A 2G8FA 3RMCA 2GUIA 3MXJA 3K57A 3KLGA 1IKYA 1JLEA 4I9LA 4CF2A 4WE1A 4L8RB 2G8UA 4F2SA 3E01A 2VG6A 3B6OA 4KKOA 1RDAA 2Z1HA 3OYGA 4FJMA 1YTUA 4DFPA 5J2PA 1D5AA 1RTIA 1TKTA 3DOLA 3K2PA 3VQBA 3V6DA 4H4MA 1TK5A 2Q3SA 3K58A 2XO7A 3NBPA 4I9QA 1C1BA 4O5BA 3VQQA 4IBNA 1O1WA 5CYMA 1NKEA 3AVCA 3RWUA 4DFMA 3DLEA 2GBZA 3MEGA 4JLHA 1NK7A 3G10A 4E19A 3KK2A 1T8EA 4AHCA 4N76A 1A5VA 4E7HA 2EX3A 3VA0A 1HQUA 1UAXA 4DQIA 5T7BA 3OS2A 3MAQA 3SQ1A 1T05A 2X74A 5JS1A 4AHUA 2XY6A 1ZBIA 4H4OA 2E6MA 3HXMA 4C8KA 1TGOA 3DM2A 4AHRA 4B9SA 1S9GA 3A2FA 4CGFA 1J5OA 4JRPA 3VN5A 1TKDA 3S9HA 4FM0A 4O44A 3DLGA 2OPPA 3AV9A 3TAFA 2FBYA 2B5JA 2BDPA 1VSFA 3DOKA 3LPUA 2G8HA 4ELUA 1QSLA 4GW6A 5D3GA 3OS0A 4DU4A 1BIUA 2D0CA 4EP4A 4CIFA 1X9MA 4CFAA 4DTRA 1ZYQA 4KRFA 1A5XA 1N6QA 3OYIA 4E7JA 3JYTA 1JLGA 4M3RA 3WNHA 1S6QA 1NJXA 4KREA 1HYVA 3VQ8A 1JLCA 1BCMA 2YHBA 1LWFA 4KO0A 1LAWA 3P5JA 1NK9A 3VQAA 1GOAA 1NJZA 4M45A 3OVNA 3EY1A 3OYCA 4KTQA 4FJNA 1ITGA 3PO4A 1TK8A 3TWHA 2PY5A 4KB0A 4FLWA 4CK1A 1BIZA 2KZMA 2ETJA 3AVKA 1S1WA 1KVBA 1C0TA 3OYFA 4E7LA 4FK4A 1IKWA 4CFCA 3BGRA 1BI4A 2P1JA 1XHXA 3ZSOA 3PX4A 4CK3A 2JLEA 3CM5A 2GV9A 3LAKA 4Q0BA 3K59A 4RW9A 1NOYA 1ASWA 4LSLA 3ZT4A 4BE2A 1Y97A 4DLGA 3MXIA 2A1SA 1B9FA 1JLQA 1UA1A 3UIQA 2JGUA 2BE2A 3OS1A 3U3YA 3B6PA 1C0MA 3I0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CI6A 4PUOA 1X9JA 4JKBA 4FSVA 3O9TA 4BRCA 5FLXO 2RHKA 3TARA 4QS8A 1VSDA 4E0DA 3O08A 1WNSA 3C94A 4G1QA 1RDWX 3VEYA 4GV6A 1CXQA 4M3WA 4JHDB 3NF7A 3SUNA 3PLAA 2NRZA 4DR7K 4NO7A 2FSNA 4DV2K 4JI0K 3EE8A 4E1NA 4OX9K 1ZBFA 4CJPA 2QEXN 3LL3A 3NH1A 4ZHRA 1TK0A 4FWPA 1GOCA 3OW2M 3OHRA 4H0PA 1MA9B 3DRRA 4CIEA 4FWLA 4OLAA 4RG8A 4DKWA 3CJ7A 4CHOA 1NGCA 4Y1DA 1KXPA 3LDLA 2FLOA 1HNXK 2Q1NA 1N32K 3O1WA 3ITHA 4YOWA 3TTFA 4B9UA 3SQ4A 3VESA 5FPDA 3CG7A 4CJRA 4JNEA 1L3VA 2X6NA 1K6YA 2QM1A 2RKIA 3K5OA 3MEEA 4CERA 1W97L 2D0BA 3MN5A 3J7AP 1J53A 1GLEG 4JYAK 1QZ5A 1YIJN 2IS3A 3T1YK 3R1XA 4UQGA 1Z25A 3AVNA 4EZ9A 3GL1A 4BQZA 3DLBA 5JVHL 3M8RA 3HRGA 2VQEK 3HYFA 2HHUA 3CFOA 3D2EB 3SMPA 3WXIA 4DHYA 3F2KA 4CJFA 4BDYA 3NVKA 4DV4K 4CZJA 3A0IX 1VQ7N 1NG9A 5C15A 4WF9L 3A5OC 4A2BA 4DR5K 3O4WA 4HCCA 4MFBA 1NGHA 4DV7K 1W9HA 1RDDA 1JXBA 5ELZA 3CJBA 4Z4FA 1UWBA 4H5TA 2HHQA 2E2OA 1RDBA 1JL1A 3VQPA 1BI4B 4AHSA 3LAMA 2P9SA 4Z4CA 2B6AA 5TKWA 4B8CA 1FW6A 4GV3A 3QBWA 3K0SA 4IEEA 5M1QA 1WSFA 3GDQA 3T1HK 4CJ7A 4HTUA 1VSKA 3HL8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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