4CFAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfaA00
3F73A 3V9WA 1GOCA 4I2QA 2YHAA 1JL2A 2OPSA 3O4QA 3H08A 4MFBA 4LY7A 3TAMA 4CJQA 5EU7A 4CJWA 4DU4A 1CXQA 4M42A 1DTTA 3HP9A 3AVLA 4DQSA 1S6PA 4ID5A 3SUQA 4CFCA 1J54A 4KHUA 2JLEA 4KHWA 3TAFA 4CF1A 3AVNA 1SKSA 3MXJA 1CZBA 2YHBA 5J1EA 4FZZA 4BE1A 3K57A 2PY5A 3OYHA 1QE1A 3OYBA 4CF9A 3QEIA 4FJHA 5C42A 4RW9A 4FJ7A 3PO5A 1UWBA 4BDZA 4DTNA 3S3MA 3TWHA 3SYZA 4FM1A 5K14A 2B5JA 3WNEA 3V9ZA 1G15A 1HQEA 3HP6A 4JS4A 1RDBA 4Y1DA 4FJJA 3L3VA 4TSXA 5JS1A 4F4KA 2XY6A 3OYFA 1HMVA 3AVIA 4OKEA 3IS9A 4FXDA 4CIGA 3OYGA 4JLHA 3QIPA 3SNNA 1WLJA 4H4OA 2A1RA 3OYCA 1B92A 3M8PA 1Q9XA 1TK8A 3ZSQA 4CJPA 2F8SA 4M3UA 2Z1HA 3VQ8A 1FK9A 4OKJA 3K59A 1T7PA 1TKTA 3M8SA 2QKBA 1C1CA 2HB5A 3L3UA 1LWCA 5HRRA 3V9UA 1VRTA 2JGUA 2YNGA 4FJ9A 1YVUA 4B9NA 1D5AA 1GOAA 2IS3A 3ZT4A 3LWMA 1A5WA 4JS5A 3HPHA 4FW1A 4EZ9A 3AA5X 1ASVA 3KK1A 4GVMA 2VWJA 4CEFA 3TARA 3ZSXA 3UIQA 4CIFA 4IFVA 1WSGA 4CJFA 1HNVA 4E7JA 4O4GA 1Z25A 1KTQA 4DTJA 2OYQA 3HVRA 4FCYA 1IKYA 2EHGA 2XO7A 4GW6A 4E7LA 1NJYA 5KI6A 4DQRA 1QSYA 1KSPA 1ZBUA 3SZ2A 4L8RB 2E6MA 3SQ1A 3WNFA 1TGOA 3VQ5A 4FLTA 5CZ2A 4E89A 3KLHA 3WNHA 3OYEA 1XC9A 2HHQA 2KFNA 3ISNC 3RTVA 3QNOA 4E19A 2Q3SA 1D8YA 2ATQA 2YNIA 4E7KA 3V9SA 4DS4A 3LPUA 2P5OA 4Z4IA 2ZD1A 2HVHA 4PUOA 4KTZA 2HNDA 2B6AA 3QEWA 3VA0A 3DLEA 1Y97A 3CFPA 3BGRA 3NF7A 1JLGA 1W0HA 3PV8A 1U4BA 4OGEA 1QQCA 3LAKA 1T03A 3ZSZA 3QETA 4DSEA 3L2UA 3DM2A 4HCCA 1A5XA 3WNGA 1CZ9A 4CHNA 2P1JA 3LDSA 4F3TA 4G1QA 2G8IA 1BI4A 3TAPA 1RT3A 1TKZA 4CGFA 3CM6A 3VN5A 4IBNA 3ZSVA 4O0IA 4NYNA 4E7HA 3ZSYA 1ZBHA 3M8RA 1TAUA 4ZTFA 5J2NA 3I0SA 3MXIA 1J9AA 4EP4A 1MU2A 2WONA 3DRRA 5SZTA 3EYZA 4BE0A 5J2MA 3AO4A 3RMCA 1BGXT 1JXEA 4B9VA 4Q5VA 1QSSA 3CM5A 3RRHA 2YV0X 4M3XA 4XIUA 4KPYA 3AVFA 4CJ4A 3B6PA 3DLGA 4CHYA 2P51A 3NH0A 4FJLA 3MEEA 2E6LA 2RN2A 3E01A 1D9FA 1S1UA 4ELVA 4HCBA 3HK2A 1HYSA 3AVHA 1X9MA 5KRSA 3S3OA 1RTJA 2AJQA 3PUFA 4F3OA 5FDLA 2F8TA 1EP4A 3SQ2A 1TK5A 1SV5A 3AO2A 5SWMA 3SUOA 4KRFA 2HMIA 1NK7A 1VSDA 4LSNA 4Z0UA 5E41A 4OPJA 3HM9A 4FLZA 3RMAA 1UA1A 4O0JA 1NJWA 3PX6A 2Z1JA 4FM0A 2IGIA 4FJNA 1S1VA 2KFZA 3K5NA 1S5JA 2D5RA 1S1TA 3ALYA 3LAMA 1IKWA 3VQ7A 4DTPA 1NJZA 3MEGA 3O3HA 1S9EA 4CFDA 2Z1GA 3ULDA 4IKFA 1X1PA 3ITHA 3LPTA 3I8DA 3NHGA 4FLXA 1IG9A 2X78A 4CGDA 3DRPA 4KV8A 3VQDA 5D3GA 1HNIA 1VSEA 1LWEA 3KLFA 4HHTA 4K8ZA 3HO1A 4ZHRA 3V6DA 4EZ6A 1JLQA 3PX4A 3KLEA 3AV9A 1ZBLA 2HHXA 1JLAA 2BDPA 2DFFA 3VA3A 1WSFA 2IDOA 4HUEA 3V4IA 1KFSA 4B9TA 4KAZA 5FRMA 1RDDA 4CK2A 3L2RA 4N76A 2KTQA 3PY8A 3K5OA 2YNFA 4CJUA 2A1SA 3OYKA 4F2RA 2GBZA 5C24A 4B8AB 3VQ6A 1N5YA 1S1WA 4CF2A 3CG7A 4DMNA 2F96A 3ASMA 1NOYA 1UAXA 1F21A 4M45A 4CJSA 4CEBA 3NGIA 4FLYA 4W5RA 3NF9A 3D45A 4RW7A 4CEOA 3PO4A 1U04A 1HQUA 1WSHA 1L3UA 4I9QA 1JLFA 2HNYA 4CEZA 1U47A 2XHBA 1BQMA 3LP0A 4B08A 4YFUA 1EETA 1RBVA 4CF0A 2DFHA 1WAJA 4RW6A 4KHYA 3RR8A 2Y1JA 4BWJA 4CJRA 3SQ0A 1LW2A 4OKKA 1QSLA 4NCAA 3DLRA 5KTQA 4ID1A 3V1QA 5HBMA 1RT4A 4LD0A 2GV9A 3OYNA 5CZ1A 1NJXA 1QTMA 1WNSA 2BE2A 4FJ8A 4AHVA 1BI4B 3U3GA 3OS0A 4KKOA 5T7BA 3T1AA 3LWLA 3NCIA 2E4LA 1XWLA 2IC3A 4CJTA 3LZJA 4DTRA 1NK8A 4DLEA 3SQ4A 2D0BA 2QXFA 4ELTA 3QIOA 2KZMA 2YKNA 3VQBA 3V9XA 1J53A 1VSKA 1B9DA 1TKDA 3NFAA 3KTQA 4ELUA 2B4JA 4KB1A 3NGYA 1W9HA 2X6NA 1FKOA 1C0TA 2OA8A 2I5JA 2X74A 3ZT1A 1FKPA 4DTOA 3LP2A 2G8VA 1RBRA 1S6QA 3AVJA 4QAGA 4DFMA 2X6SA 2PZSA 2GUIA 4Z4HA 4Z4FA 4CJLA 1TAQA 1N6QA 4CHOA 1UOCA 1IH7A 3D0PA 1ASUA 4DSKA 4M3ZA 4KHNA 4FJMA 4HVJA 4C8NA 4HUFA 4R5PA 1RDCA 1RT7A 4IDKA 1RCHA 2PYLA 1VSFA 3MEDA 1SKWA 2KZZA 1IKVA 4CEEA 4B9UA 4DTSA 1KLNA 3OJSA 1R0AA 4DTUA 4E1MA 3OYIA 3MECA 2HHUA 5FRNA 2HHSA 3NDKA 4DSFA 1S9GA 4ICLA 3L2WA 2O4GA 4HUGA 5FROA 3IAYA 1U45A 3BDPA 1KVAA 1RT5A 4RW8A 4K8XA 1NKEA 4CGGA 4N47A 4Q0BA 3OYLA 5CY4A 4DU3A 1U49A 4AHCA 4CERA 5C25A 1BHLA 4W5NA 4E0DA 2Z1IA 2HHVA 1VSHA 2HNZA 1GOBA 3SI6A 1U48A 1TL3A 1D9DA 1RTIA 3CFRA 2G8KA 1RBUA 2Y1IA 1J5OA 3S3NA 1CXUA 4M3RA 4E7IA 1I39A 3HT3A 4DFJA 4HTUA 1A5VA 1YTUA 1TV6A 3K5MA 4FLWA 2DTUA 2EX3A 1JKHA 1SL1A 4FJIA 4BDPA 1XI1A 3C95A 4B9SA 4CJVA 4LH4A 1XHXA 4CCHA 3O3FA 1QS4A 4KREA 3HPOA 2KW4A 3TAGA 3AA2A 4O5BA 3HXMA 3S9HA 1HJRA 3V1RA 2OZMA 2OPRA 4PWDA 4E3SA 4AILC 4FK2A 1ZBIA 1FXXA 3QO9A 1JXBA 4NCGA 4LSLA 3IRXA 1WAFA 3EZ5A 3SCXA 1X9SA 3SUPA 1HPZA 4KO0A 1RNHA 4CECA 1LW0A 3QEVA 1KLMA 3DI6A 2OPPA 1SUQA 3G0ZA 4B9MA 4DQIA 3P5JA 4KTQA 2NUBA 4DTXA 3KKRA 3K5LA 1VSJA 1RBTA 2XRIA 3A2FA 3PX0A 1WN7A 4CFBA 2DY4A 4BWMA 1X9WA 1RILA 3K2PA 3DOKA 3NBPA 4KFBA 4CEQA 1HRHA 3TR8A 1UA0A 3LP3A 1LAWA 4FK0A 2HHWA 4MQ3A 1T8EA 5KGXA 3QNNA 3VQ9A 4KHSA 1B9FA 3LZIA 4C8MA 2XY7A 3C6UA 3ZCMA 3ZT2A 5I42A 5HLFA 4IFYA 1NKBA 3P83D 4FK4A 4N5SA 1RBSA 4AHRA 4CHQA 1C6VA 4CF8A 3DLKA 1VSMA 3ZSOA 3AVKA 4AHTA 2ZQBA 3QLHA 4CESA 3VQ4A 1NK9A 3DYAA 1C1AA 3LANA 2RPIA 1NK4A 2ZE2A 2G8WA 1RTHA 3M8QA 3HJFA 1SKRA 1TL1A 4CGHA 1BIZA 2G8UA 3QINA 3VQAA 1WSJA 1RDAA 3C6TA 3HL8A 1NK6A 2P5GA 3OY9A 3ZT3A 3HVTA 3KIOA 1BQNA 3SV3A 5HRPA 4DFKA 3MXMA 3RMBA 3T19A 4ZTJA 5HROA 2FBXA 1I3AA 2RF2A 3DMJA 4OPKA 4FJGA 2HVIA 4AHSA 1VSIA 1JLBA 1Q8IA 3NGZA 4QOZB 4M3YA 3SV4A 2LSNA 3HYFA 4OGCA 2VG5A 4OLBA 3AVGA 2IOCA 4CFAA 1REVA 2OPQA 1QHTA 1VK0A 1NK5A 4DU1A 4B9LA 4RW4A 1ITGA 4OLAA 3ZSWA 3SPYA 3HSTB 3DOLA 4FW2A 4E1NA 1YT3A 5KRTA 3OS1A 4BACA 1RT6A 4DF8A 3TANA 3AVCA 2XY8A 1KRPA 1L3TA 3NF6A 4B3OA 3DRSA 4CJ3A 3P1GA 5HRSA 4BE2A 4DQQA 3TAEA 3RR7A 4CK3A 3AVAA 3SJJA 3TAQA 4N41A 3FFIA 3OVNA 1Q9YA 1JL1A 2HW3A 3EY1A 3L8BA 4FZXC 4I7FA 4B8CA 4FYDA 3NF8A 3KD5E 3DLBA 2WOMA 3T3FA 3NH2A 3V81A 2PYJA 4I9LA 3VQQA 2XY5A 1S1XA 3VQEA 1EX4A 1LAVA 4DTMA 3JYTA 3QERA 4CK1A 2R7YA 2FBTA 4IG3A 3KJVA 3TI0A 3CYMA 1VRUA 4W5QA 3K58A 1NK0A 3NAEA 4J2AA 4QCLA 3TABA 1SL0A 4M3WA 4CJKA 4BDYA 4H4MA 4KHQA 4Y1CA 4W5OA 3RMDA 2QKKA 4EP5A 1BISA 3AO5A 2IAJA 1CLQA 2OZSA 1K6YA 3VQPA 2ETJA 4FLUA 4CE9A 3LALA 1DTQA 3OYJA 4PY5A 4PQUA 3ZT0A 3NE6A 2KQ2A 3AVMA 4N56A 4FJKA 3LP1A 1L5UA 1KFDA 1WSIA 4KI6A 4AHUA 5J2PA 2G8HA 1IO2A 1KVBA 4J2BA 1C1BA 1L3SA 3AO1A 4DS5A 4Z4GA 1JLCA 4WE1A 3V1OA 1Z26A 3U3YA 1RTDA 2VG7A 4DSLA 1RT2A 5CYQA 4I2PA 1EKEA 2W42A 3HPGA 3IG1A 1BCMA 4O44A 4JRQA 1L3VA 4NCBA 4M3TA 5HRNA 2O4IA 2BGGA 1TVRA 1JLEA 2VG6A 4CEAA 4Z4CA 1TKXA 1NKCA 3KK2A 3MAQA 4C8LA 4FZYA 3OYMA 4KI4A 3SPZA 3CQ8A 3RRGA 4PA1A 4CGIA 1WSEA 4YNQA 1VSLA 3KLGA 3F9KA 1C0UA 4DWIA 5KGWA 3DLHA 4FVMA 3CFOA 1ZYQA 3KLIA 4FJXA 2QK9A 3OYAA 3QEXA 4C8OA 4C8KA 1TK0A 4KTWA 4DSIA 3ZSRA 1T05A 4CHZA 4FJ5A 1KCFA 3AA3A 4F8RA 4DQPA 3G10A 4O55A 3VQCA 1BIUA 3KK3A 3B6OA 3QEPA 1IKXA 3JSMA 1BL3A 4F2SA 3L2QA 1NOZA 4M41A 2VWKA 4KB0A 2FBYA 3U6FA 4CGJA 3O3GA 3KD1E 4AH9A 3AA4A 4DF4A 4H8KA 4DLGA 2D0CA 4CEDA 3AO3A 4CIEA 3OS2A 2G8FA 1SL2A 2D0AA 4W5TA 1XHZA 2HHTA 1EXQA 1ASWA 4DSJA 3O4NA 5CYMA 5J2QA 4DG1A 3C94A 3RWUA 1KVCA 1LWFA 5DMRA 2YKMA 1O1WA 3OJUA 4JRPA 1HYVA 4NYFA 5DK5A 4UQGA 5HP1A 5I3UA 2DFEA 1LV5A 3QESA 4J2DA 4DFPA 4GMJB 2FBVA 4Z4EA 2FC0A 4FLVA 2BANA 4J2EA 1C0MA 3L2VA 3THVA 3KKSA 4IG0A 3SUNA 4OVLA 2ITGA 3NH1A 4FM2A 4CHPA 3I0RA 4RG8A 1DLOA 4OJRA 1ZBFA 3OYDA 2RKIA 1YTAA 3AVBA 4CJ5A 1BCOA 2YNHA 5JS2A 1HYZA 4CJEA 4LH5A 1RT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U2VB 5EX5A 1DGKN 1GOCA 3V9WA 3ULEB 3J81O 1JL2A 4CJQA 3OYHA 1VQ4N 3O1BA 4ISEA 1HR0K 3HP9A 3AVLA 2NZTA 1R59O 1S6PA 3A0IX 3SUQA 1KC8O 3WQUA 4BR5A 4BGAA 4KHUA 4PL8A 4KHWA 3AVNA 4A5AA 4V19S 2YHBA 2YHXA 5ADXA 3W3DA 3VETA 4BDZA 2E2OA 4B1WB 3WNEA 1HQEA 4JS4A 5JS1A 3L3VA 4J8FA 3VF6A 4IEIA 3WXIA 1HX1A 5CE3A 2V7ZA 5I9EB 1WLJA 3OYCA 4KH5A 1Q9XA 4BC3A 2F8SA 1JCEA 3H3OB 1YIJN 1T7PA 4BR9A 3L3UA 4DR5K 5HRRA 4JI7K 3V9UA 2JGUA 2YNGA 4H0VB 4A61A 4O8UA 3BF1A 1ASVA 3KK1A 2VWJA 3UIQA 3DXMA 1WSGA 2E2NA 1HNVA 2HBJA 4LFBK 1Z25A 2F4VK 2AP1A 3RSEA 4FCYA 3L4QA 2XO7A 2O8EA 1X3MA 1NJYA 4JI0K 3SZ2A 5AQSA 3VTHA 3SQ1A 3WNFA 4FLTA 4E89A 4LF4K 3ISNC 3LDNA 3VENA 4E19A 1D8YA 2YNIA 4E7KA 3LPUA 2ZD1A 2HNDA 5IWAK 4BRMA 3BY5A 3CFPA 3BGRA 3K9KA 3T1HK 4LF8K 4X62K 5AZIA 3D2EB 2ZJPL 4DSEA 3A8YA 1A5XA 3WNGA 1CZ9A 4CHNA 4DR2K 5GAEP 4DR1K 1VQNN 3VEVA 3TAPA 1RT3A 2E1YA 3CM6A 2OTLN 3R8EA 3ZSVA 4NYNA 4E7HA 4WQ5C 4ZTFA 4RCHA 3I0SA 4EP4A 2WONA 3EYZA 3RMCA 4IWVA 4B9VA 4XIUA 4FJLA 3O9RA 2RN2A 4JKGA 4ELVA 4HCBA 3HK2A 1HYSA 3VF4A 3ENBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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