4CFAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfaA00
3NH1A 4E7JA 1IKVA 4CJKA 2VG7A 4FLXA 2QKBA 4CFDA 3QERA 1J5OA 3E01A 4OLAA 3DM2A 3L3VA 5HBMA 2YNIA 1KFSA 1QSYA 4FJIA 2KW4A 3KKRA 3ASMA 3L2RA 4R5PA 2YHBA 1XWLA 3HJFA 1CLQA 1C0UA 2YNFA 4B9NA 4CJVA 1RILA 4KPYA 3AO5A 4KB1A 3CFRA 1BISA 4TSXA 4CGIA 3SQ2A 2PYLA 1RNHA 4O44A 3VQQA 4W5TA 2Z1HA 3OYMA 4Z4CA 3HXMA 1SKRA 4B9VA 5JS2A 1VSFA 1FXXA 3AV9A 3DOLA 3WNFA 1IH7A 3OYDA 3K5NA 4CJSA 4FJLA 4KI4A 4DLGA 3T19A 1NK6A 1HPZA 3ZT3A 4CEOA 4YFUA 3RR8A 1RBUA 3TR8A 1RT1A 4CJRA 4H4OA 3V1QA 4K8ZA 2R7YA 3DI6A 4C8OA 4AHUA 3K59A 3K5LA 1VSDA 1LAWA 2D0CA 4E7IA 2IC3A 4B8AB 4CEFA 3SYZA 1RBVA 3QEXA 4GVMA 3KLGA 1YTUA 2X6SA 5I42A 3OYBA 3OS2A 2HNYA 1KTQA 5EU7A 5HROA 4CECA 3SQ0A 3ZSXA 4DWIA 4J2EA 2VWKA 4AHRA 4FM2A 4HCCA 4CIEA 2G8KA 1RTJA 4FJJA 2RPIA 3KK2A 4OGEA 1JXEA 1J53A 1LAVA 4E89A 3QNOA 2VG6A 4E7HA 1KVAA 1HYZA 3ZT2A 4Y1DA 4M3YA 1HQUA 3TAFA 2B4JA 3QLHA 4KI6A 1EETA 3IAYA 1RT7A 3OYAA 2DY4A 3V1RA 1RT5A 4CIGA 3RTVA 3PY8A 4PWDA 5I3UA 4IDKA 1KSPA 2QKKA 4KHYA 2HHQA 4FLZA 1JLCA 1NKEA 3AVIA 4ELVA 4HCBA 4KHNA 4M3ZA 3CFPA 3HT3A 3SQ1A 1WNSA 1S1WA 2WOMA 4PA1A 1NJWA 3QO9A 3WNEA 1TV6A 3ZSVA 4CEDA 4O55A 3ZT4A 2HHXA 5T7BA 1BQMA 3V9XA 3DLEA 1NJZA 3K5OA 1SUQA 3CM5A 4AH9A 3KLHA 1SKSA 4FJ7A 1BGXT 1SL0A 2ZQBA 1ITGA 1LWCA 4O0IA 2G8VA 4KHWA 1FKOA 3QEWA 1EP4A 1NKBA 3HL8A 2FBYA 5DK5A 2IS3A 3S3NA 2OPRA 3ZSYA 4CEQA 3NF9A 4CJTA 3OS1A 4J2AA 4DSEA 4CF8A 3I0SA 1DLOA 4IBNA 5E41A 3VA3A 4CFBA 4KB0A 4KTZA 4JRPA 2FBTA 1BI4A 5CYMA 4HVJA 3KK1A 4DFJA 2DTUA 3O4NA 1HQEA 4XIUA 3O3FA 3TAMA 3NH2A 1ZBLA 3M8QA 2XY8A 1GOBA 3AVLA 5DMRA 4DU4A 3SJJA 4FJMA 3CYMA 4EP5A 1JXBA 1UWBA 4CCHA 1BI4B 1SV5A 4DS5A 3AVGA 1I3AA 1KRPA 3OY9A 3CM6A 1S1TA 4KKOA 2IAJA 3LP3A 2DFEA 4CGJA 4L8RB 4F4KA 4I9LA 5SWMA 5J2QA 3AO4A 4DF4A 3L2QA 4B8CA 1U48A 4BE0A 2OZSA 4CJ5A 3L2VA 1KLNA 2HHWA 4B9MA 1WLJA 1VSLA 1ASVA 3HSTB 1TKZA 5HRNA 3K58A 4AILC 1VSIA 2ZE2A 3LP0A 2OYQA 5J1EA 2DFHA 3ZSRA 1IO2A 4LH5A 4CF0A 4KREA 2XY5A 4HHTA 2ZD1A 4PUOA 3NAEA 2KTQA 2OPQA 3BGRA 4LH4A 2HVIA 1LWFA 1TKXA 1L3UA 3EYZA 4BWMA 3NFAA 4ID1A 4FLVA 3LWMA 4B9UA 3PX4A 1S9EA 3OYIA 3V9WA 3NGZA 3V9UA 4FJNA 1TVRA 1CXUA 3DLBA 1NJXA 5SZTA 1CXQA 3VQEA 4FM1A 3QEPA 2XHBA 1NK4A 1S1XA 4DTJA 1B9DA 1UAXA 2YKMA 3DLKA 3V6DA 4I2PA 3AVHA 1YTAA 3ZSOA 1RBRA 4E1NA 4C8KA 1C1AA 2EHGA 3QIOA 4N47A 3OYKA 3VA0A 1SKWA 4ELUA 1Q9XA 3NCIA 3KIOA 4W5RA 4OPKA 1SL1A 1TAQA 2ETJA 2KFNA 1MU2A 3K2PA 1VSMA 1J54A 4ZTJA 3LALA 1J9AA 3LDSA 1JLGA 2O4GA 4E7LA 2Z1GA 1YVUA 3VQPA 3V81A 4DSKA 1WSIA 1DTTA 1NK9A 3TABA 5FROA 5KRTA 4Z4FA 1X1PA 3DRSA 1ZBHA 4HTUA 1N6QA 4W5NA 4CHZA 4CEEA 1NK0A 3SNNA 2Y1IA 1W9HA 5J2NA 3ZT0A 1S1VA 1VSEA 3OYHA 3VQDA 4LY7A 3AA3A 1U4BA 2A1SA 3OYCA 3RWUA 2LSNA 3O3HA 2YV0X 4IFVA 4F2SA 1BQNA 4DQQA 1IG9A 4B9LA 3DYAA 3VQ8A 4N56A 4FLTA 4QAGA 3P1GA 1S6PA 1UOCA 2Y1JA 4HUEA 4DSFA 1HNIA 4M3UA 4I7FA 3LPUA 3NF7A 4NCBA 4FJ5A 2HVHA 4LD0A 4KFBA 4UQGA 4CJLA 3SI6A 2P51A 4AHCA 1VRTA 1TK5A 1L5UA 4H4MA 2B6AA 1QSSA 1N5YA 2D5RA 3TANA 2IGIA 4KRFA 1WSHA 4DFKA 1X9WA 1TK8A 4O5BA 2BDPA 2GBZA 2RF2A 3PUFA 1S6QA 3WNGA 4NCAA 4DQRA 1TKDA 3KLFA 1BL3A 3RRHA 1LV5A 4PQUA 4KHQA 2YKNA 4DTUA 3F73A 3ZCMA 4DTPA 4OKEA 3VN5A 4M42A 3OYLA 4F3TA 4CJEA 5HRPA 4MFBA 1S1UA 4EZ9A 4CEAA 3VQ4A 1NOZA 4HUGA 4F2RA 4CK1A 3NBPA 2OPSA 1TAUA 1QQCA 1VSKA 3QNNA 2Q3SA 5HRRA 2NUBA 4RW6A 3PX0A 1DTQA 4FJ8A 3AVAA 4CEBA 3CFOA 4J2BA 3MECA 1ASWA 1Z26A 1TL1A 2E6MA 2WONA 4J2DA 3AVJA 5KRSA 3OYJA 3U6FA 3QEIA 3RMDA 4JLHA 3SV3A 2HHSA 1WSFA 3LAMA 4CIFA 3NE6A 2W42A 4DSLA 1KVBA 3S3MA 1LW0A 3C6TA 3HPGA 4WE1A 1VRUA 3V1OA 3QEVA 1JLAA 1ZBUA 2FBXA 4FZYA 4CF1A 4DQSA 4CE9A 3I8DA 1C0MA 3H08A 4DTXA 1NKCA 3LP1A 5K14A 1KVCA 1NK5A 4M3WA 4CHOA 3ALYA 4RW7A 1R0AA 1T8EA 2KFZA 2HMIA 1GOCA 1B9FA 4FVMA 1TGOA 3K57A 2XRIA 3PO5A 4N5SA 4FK4A 3P83D 1QS4A 1ASUA 1XHZA 5FRMA 1BIUA 3KD1E 4DG1A 4CK3A 3QETA 4BACA 3OJUA 1FKPA 4BDYA 1LWEA 4FJGA 3VQAA 1XHXA 4FLUA 2A1RA 4IKFA 4CJPA 3LP2A 3MXJA 4CEZA 2D0AA 4RW9A 3SQ4A 3PV8A 3SUQA 4K8XA 4RW4A 3OYFA 4W5QA 1RBTA 1RT3A 1WN7A 4MQ3A 3T1AA 2BGGA 3NHGA 5KTQA 4KTWA 3JSMA 1RTHA 1B92A 1C1BA 4DLEA 4DTMA 3TAQA 3DRPA 4ICLA 3TI0A 3NGYA 1VK0A 4Q5VA 4RW8A 4FW2A 2QK9A 1RCHA 3AVKA 5C25A 1QHTA 4Z4EA 3AA4A 2PY5A 4BDZA 4BDPA 1NJYA 2GUIA 3ITHA 3L8BA 1JLFA 3S3OA 1L3TA 4KHUA 4OJRA 3C94A 4JS4A 4DS4A 4FJ9A 1YT3A 1Z25A 3MEDA 2G8UA 5FRNA 3L2WA 4CGGA 1D8YA 4FLYA 4F8RA 4ZTFA 3RRGA 4AHSA 5HP1A 4CHYA 1HJRA 4O4GA 5CZ2A 3KD5E 4LSNA 3UIQA 4CHNA 1VSHA 4CHQA 2DFFA 4CHPA 4NYFA 1U47A 2HHVA 1TKTA 3T3FA 3M8PA 3DMJA 5J2PA 2HB5A 1RDAA 4DU1A 3AVNA 2ATQA 4CJ4A 1CZ9A 2VWJA 2G8WA 2PZSA 2G8IA 3KKSA 2X78A 3TAEA 4FJKA 3V4IA 4DTRA 4DQIA 1IKXA 1A5WA 1WAFA 3P5JA 3HPOA 5J2MA 3MAQA 4FK2A 1RTIA 3F9KA 1JKHA 1BCOA 4CJWA 4OVLA 1U04A 4HUFA 3ULDA 3SUNA 1HYSA 1L3VA 4FW1A 2PYJA 1Y97A 3JYTA 1EXQA 1JLEA 4DQPA 3SV4A 3EZ5A 4DTNA 3HM9A 3B6OA 3HP6A 4M3TA 2F96A 3HP9A 3IG1A 3U3GA 4E3SA 4CESA 3MXIA 1U45A 4DSIA 4KO0A 1U49A 3DLRA 1D9FA 3DLGA 3O4QA 3SPZA 3DRRA 1T03A 4IFYA 3B6PA 3QIPA 3NF6A 5CYQA 1QE1A 4FCYA 3D45A 4QCLA 1S5JA 4GW6A 4H8KA 1WSEA 5FDLA 2FBVA 1GOAA 4NYNA 3G10A 2OZMA 3C6UA 4DSJA 2E4LA 2P1JA 1F21A 2YNGA 1WAJA 3QINA 3SUPA 4BWJA 1EKEA 3LPTA 3M8RA 2KZZA 3RMAA 4B08A 1IKYA 3TARA 4W5OA 3NF8A 4RG8A 4OKJA 4JRQA 3KTQA 3S9HA 1ZBFA 4Z4GA 1A5VA 4DTSA 1RT2A 3BDPA 4M45A 4DFMA 2B5JA 4CJUA 4EZ6A 5JS1A 1RT6A 2HNZA 5C42A 2IDOA 1HNVA 3V9SA 4OLBA 1ZBIA 3NGIA 3NH0A 4FJXA 2E6LA 2IOCA 3MEGA 1LW2A 3IS9A 4FZZA 1HYVA 4CJ3A 1NK7A 3PX6A 4OKKA 1I39A 2P5GA 4PY5A 1K6YA 4Z4HA 4CGHA 4IG3A 3OYEA 2I5JA 2P5OA 4AHTA 2F8TA 3HVTA 5CZ1A 4E1MA 3EY1A 2XY7A 1ZYQA 1QTMA 3CQ8A 2EX3A 1RDDA 2JLEA 3ISNC 3VQCA 1XI1A 3RR7A 2ITGA 1L3SA 3DOKA 2BANA 3C95A 3HPHA 4CK2A 2QXFA 1C6VA 3KLEA 4B9SA 5C24A 1JL2A 1BHLA 3LANA 1JLQA 4N76A 4C8NA 1KLMA 2HNDA 1Q9YA 1WSJA 4F3OA 2Z1IA 4FYDA 3AO2A 3KLIA 3OS0A 3NDKA 2GV9A 3OVNA 4I2QA 3K5MA 4Y1CA 3HO1A 4KTQA 3THVA 4M41A 4CJFA 1BCMA 4CGFA 4DFPA 3RMBA 1X9SA 2XY6A 3HYFA 3HVRA 1O1WA 4YNQA 3RMCA 1RBSA 1W0HA 2YNHA 3FFIA 3CG7A 4C8MA 2Z1JA 4CGDA 1X9MA 1T7PA 1HMVA 3AVBA 4JS5A 3AVCA 1S9GA 3G0ZA 1REVA 4CERA 4FZXC 3VQ6A 1Q8IA 4BE1A 1RDBA 2RKIA 2X6NA 3VQ9A 2KZMA 2AJQA 4CJQA 4DTOA 3QESA 4OGCA 3AA5X 4IG0A 3DLHA 4G1QA 3VQ7A 1RDCA 2FC0A 3LZJA 4DF8A 3LAKA 3AO1A 4Q0BA 2HHTA 3VQBA 2OA8A 3PO4A 4EP4A 4FK0A 4KHSA 1CZBA 1KCFA 1D9DA 1NK8A 3LWLA 2HHUA 2YHAA 1D5AA 2D0BA 2G8HA 5CY4A 4FJHA 4I9QA 3AO3A 4O0JA 1T05A 1KFDA 3AA2A 3IRXA 1JL1A 4M3RA 2XO7A 2G8FA 1A5XA 4NCGA 3L3UA 3OYNA 1XC9A 4CFCA 4FM0A 3WNHA 3TAGA 5KI6A 5HRSA 4DU3A 2BE2A 1HRHA 3SZ2A 3ZSQA 4AHVA 3TWHA 4GMJB 1C0TA 5KGWA 4Z4IA 2VG5A 4LSLA 5KGXA 3ZT1A 3HK2A 1NOYA 1C1CA 3D0PA 4QOZB 4E0DA 2RN2A 3AVFA 2KQ2A 1SL2A 3SUOA 1QSLA 2O4IA 3MEEA 3U3YA 3AVMA 5HLFA 3I0RA 1IKWA 1FK9A 4FXDA 3KJVA 1TL3A 3VQ5A 3OJSA 3O3GA 3ZSZA 2HW3A 4E7KA 2F8SA 4KAZA 1JLBA 1VSJA 1UA1A 3KK3A 2JGUA 4ZHRA 3MXMA 4FLWA 2OPPA 3LZIA 1UA0A 4CF2A 4BE2A 1TK0A 4Z0UA 4KV8A 3ZSWA 3L2UA 2X74A 4B3OA 3TAPA 1G15A 3M8SA 4CFAA 4E19A 5D3GA 3SCXA 4B9TA 4DMNA 4ELTA 3A2FA 1BIZA 4ID5A 3SPYA 4C8LA 1EX4A 1RTDA 4OPJA 3V9ZA 4CF9A 4M3XA 3OYGA 4N41A 1WSGA 1RT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VG7A 4OLAA 3L4QA 3ZLJA 5HBMA 2YNIA 4JI3K 3KKRA 3L2RA 2YHBA 1XWLA 5BPNA 4CJVA 3U8XA 3T1HK 3K9JA 3AO5A 4TSXA 4JK9A 4CGIA 2PYLA 4O44A 3A8YA 3OYMA 4B9VA 1QZ5A 2P9UA 5JS2A 3DOLA 3WNFA 1IH7A 3OYDA 3F5TA 3T19A 1NK6A 1OH6A 3ZT3A 4CEOA 4YFUA 3C7NA 4CJRA 4H4OA 3V1QA 2R7YA 1N8RO 4B8AB 3EE9A 5JVHL 4GVMA 4K25A 5I42A 4A62A 3OS2A 2HNYA 3SQ0A 1OKJA 2VWKA 4AHRA 4H0PA 5AR0A 2NRZA 1YJWN 5BRDA 2G8KA 4FJJA 3C65A 3U9ZA 1LAVA 4PKIA 4E7HA 4WQ5C 1HYZA 3ZT2A 3QLHA 4UY8O 2EWSA 4MO5A 5I3UA 4YOWA 4LF4K 3H45C 2Q31A 3HZ6A 3A5LC 3AVIA 4ELVA 1GLFO 1HNWK 5JLHA 3SQ1A 3BZCA 4BRGA 5F0XA 5GADP 4IJAA 1SUQA 4BC2A 1SKSA 1NM1A 2YJEA 4XH4A 4BRCA 1SL0A 2G8VA 1FKOA 3QEWA 3HL8A 5BN9A 2FBYA 4ISGA 4EAHD 2OPRA 3ZSYA 2UUBK 3I0SA 4JRPA 3VEXA 4HVJA 2DTUA 3P31A 3O3FA 3R8EA 1ZBLA 1GOBA 3QBXA 5DMRA 3O9SA 3ZX0A 4FJMA 4BR9A 4CCHA 3ULEB 1SV5A 2UUAK 1X3MA 1U48A 4B8CA 2V52B 2OTLN 2HHWA 1NGAA 5HRNA 3GE1A 3ZSRA 2XY5A 2HVIA 4LH4A 1L3UA 4ID1A 4JI0K 1S9EA 3RVCA 3V9WA 3V9UA 1TVRA 5AQQA 2P9IA 1NJXA 3DLBA 3D2EA 1CXQA 3VQEA 3QEPA 2XHBA 3DLKA 4BROA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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