4CFCA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfcA00
4DSJA 1JLCA 2E6LA 3HJFA 4KTZA 4CIGA 1VSIA 1RT6A 1VSJA 4ZHRA 3RRHA 2G8HA 3OY9A 1YTUA 3QEWA 3K5LA 1LAVA 4FW1A 4JS5A 1BQNA 2RKIA 4OKJA 1X9WA 4FJKA 4BE0A 4OKKA 4B9VA 1RBTA 5FROA 1TAUA 4O0JA 1ZYQA 5CZ1A 4YFUA 4DTUA 4BE1A 2P5OA 1HYSA 1XC9A 4FLXA 3TAFA 4E1NA 4DFJA 3KLEA 1QSSA 1QE1A 1TKTA 5CYMA 4B9SA 4M42A 1JXBA 3C6TA 3DRSA 3SQ1A 3QEIA 4OPJA 1NK0A 4B9MA 4KI6A 1LWFA 1TL3A 4C8NA 4M3RA 1NKCA 4J2AA 3AO5A 1RDDA 3CYMA 1WN7A 5HRNA 1BL3A 2D5RA 3OYNA 2X6NA 4I2PA 4FXDA 1RBUA 3HVRA 3DI6A 3V81A 1U49A 1SL2A 1A5XA 2HB5A 3AVIA 3AVCA 4OLBA 1BGXT 3OYIA 3WNGA 3V6DA 2E6MA 2G8WA 1KCFA 4F4KA 1Y97A 4QOZB 2OPQA 1WAFA 4BACA 1VSEA 4DTJA 2B6AA 4IFYA 4PQUA 2P51A 4DQSA 4AHRA 1S1TA 3TAMA 1RTJA 3VQDA 3D45A 4Q5VA 4RW7A 3U6FA 1KLNA 4B8AB 3SV3A 3D0PA 4AHTA 2PZSA 1B92A 1EETA 3OS0A 3RTVA 3KIOA 2ETJA 4AH9A 4I2QA 4JRQA 3S3OA 2OZMA 1RCHA 4CJEA 4DTXA 4DSFA 1N5YA 2HVHA 2KW4A 3OJUA 4CCHA 1KLMA 3SZ2A 4KFBA 3VQ4A 4JRPA 1NOZA 1HQEA 4C8OA 4KRFA 3OYJA 4N76A 3ZSXA 1CZBA 1S6PA 4C8MA 2KFNA 4KPYA 1EKEA 1U47A 4FJLA 2DY4A 3RMCA 1QSYA 3VQ9A 1TVRA 1DTTA 5FDLA 4CGHA 4OJRA 4FJIA 1BQMA 3TR8A 3HT3A 4B9TA 4CF9A 3LAKA 3MAQA 4HUGA 1GOAA 1WSJA 1X1PA 4DF8A 4ZTFA 3V9SA 4DWIA 2ZD1A 1U4BA 4O0IA 3L2QA 4DU4A 1FKPA 4N41A 3ZT0A 2LSNA 1IG9A 4KV8A 2OPPA 4FLZA 1RT7A 3LZJA 3TI0A 1ZBLA 2HNYA 4CK1A 1L5UA 4HUEA 1NK6A 5J1EA 3NH0A 4B9UA 1VSMA 3AVHA 3KD5E 4EZ9A 2R7YA 4DU3A 3CM5A 4H8KA 2BGGA 5DMRA 3K58A 4DU1A 2PYJA 5FRNA 4ELTA 2YNGA 2RPIA 2Y1IA 3SPZA 4GVMA 4E7LA 1W9HA 4AHCA 3AA4A 4Z0UA 3TANA 2YV0X 4DG1A 1ZBFA 3VQ8A 3NF8A 1GOCA 2O4IA 3VQQA 3WNFA 1L3VA 1MU2A 1SKWA 1C1BA 1HPZA 1VSLA 4HCBA 2G8IA 1F21A 3AO2A 3AVAA 2F8SA 3CQ8A 2A1RA 3LWLA 4CJSA 3F9KA 2KTQA 1LAWA 3AVGA 4MQ3A 4N5SA 3K57A 3I0SA 1UA0A 4E7JA 2DTUA 3K5MA 1W0HA 4DF4A 3C94A 4Y1DA 3CG7A 4KB0A 1JL2A 1T03A 1RT1A 4RW8A 4FJ7A 3HPOA 3HPGA 3CM6A 3OYMA 3V9ZA 1SKRA 1I3AA 4CEBA 4CF2A 2AJQA 4CF8A 3SI6A 1IKWA 3NF9A 4IG0A 3VQBA 4O44A 3V1OA 2I5JA 2P5GA 3MEGA 4CHOA 2VWKA 4IFVA 1GOBA 2VG7A 1WSEA 3DRPA 2QXFA 1KRPA 3NHGA 1RT4A 3OS1A 4CHQA 3SQ4A 3ZSQA 1N6QA 2VG5A 4NCBA 1LWCA 2DFFA 4CEZA 4NCAA 3KK3A 4FJ8A 1KVCA 4BDPA 2Y1JA 3T1AA 2X74A 2O4GA 4B3OA 4CHPA 4CJKA 3K59A 4CEFA 4KHSA 3L3UA 5KGWA 3ZT1A 1IKXA 3MXMA 1EX4A 3PO4A 4Q0BA 3U3GA 3IS9A 4WE1A 4CECA 4E7KA 1TK8A 3NGYA 4M3WA 3V9XA 2RN2A 1VRTA 5HRPA 4LSLA 1X9MA 3B6PA 3HP9A 4LD0A 2ZQBA 4M3XA 1U45A 3VN5A 1C0UA 3M8SA 3RMDA 1FXXA 1TK5A 1IKYA 1KVAA 1KVBA 1WSIA 1SV5A 3O4QA 5HBMA 4Z4CA 4FK4A 2HVIA 3CFPA 2VG6A 4MFBA 3OYEA 1A5VA 1NK8A 3HK2A 1HJRA 3VQ7A 5JS2A 1J9AA 1RT3A 4LH5A 4RG8A 3NCIA 1UOCA 3IRXA 2WONA 2HHVA 4DLGA 4F2SA 3SUPA 1SUQA 2D0BA 4CJQA 1FKOA 1EP4A 3PX0A 3ZCMA 4CFAA 4RW4A 1T8EA 3QLHA 4CHNA 3LPTA 4LY7A 2HW3A 4RW6A 4IG3A 4JS4A 4CEAA 1VSKA 4KTQA 3LALA 1BI4B 1HYZA 3KKSA 3A2FA 3FFIA 3LANA 3ZSOA 3E01A 4C8LA 1C0TA 3TAPA 2FBVA 1Q9YA 3DLKA 3HL8A 2XY8A 3AA3A 3HM9A 1IO2A 1TKZA 1QHTA 3VQ6A 1NJYA 4Z4GA 3HYFA 1B9FA 3PV8A 4R5PA 4TSXA 3QEXA 1A5WA 1RDAA 2HNDA 4CJRA 1BI4A 2KZZA 3AO3A 1WAJA 1NK5A 3RR7A 1YTAA 1JLFA 2F8TA 1RTHA 2IAJA 1C1CA 5C42A 1RBVA 4CK2A 1JLAA 4DFPA 4DSLA 3OYAA 4FJNA 4BDYA 4CGDA 3PY8A 4GW6A 4KHNA 4QCLA 3QIOA 2FBYA 3I0RA 2GBZA 3O3FA 1RTIA 4N56A 5HROA 4CFDA 3M8QA 4B08A 3MXJA 3S3NA 4J2DA 5C25A 2KZMA 3V4IA 2RF2A 3VA3A 2IDOA 3ASMA 4CESA 3HXMA 3QINA 4FK0A 2XRIA 4KHUA 1X9SA 1NJXA 4CGFA 1NK9A 3SUOA 4CJ3A 4F3TA 1D8YA 3KTQA 4LSNA 2KQ2A 3P83D 3QO9A 3NGZA 1J53A 5KI6A 5HP1A 4FZXC 1T7PA 1RBSA 4DMNA 3AVMA 1VSDA 1XHXA 4M41A 4J2BA 4FK2A 1CLQA 1LW0A 1KFDA 4NCGA 1JL1A 4CGJA 3PO5A 1NK7A 4FM0A 3ZSZA 1SL0A 4CF1A 3DLGA 3PUFA 2BANA 3OYHA 4AHUA 3ITHA 1RT2A 3KLFA 1NOYA 1ZBUA 3LP1A 3ULDA 3QESA 3SV4A 3ZSVA 5T7BA 4O4GA 3PX4A 1D9FA 5K14A 2YHAA 1B9DA 2QKBA 3ISNC 2HHWA 4BWMA 1ASUA 1LW2A 3LWMA 4CEDA 2G8FA 4ICLA 1JLEA 1TK0A 4DSKA 3F73A 4C8KA 4FLUA 1WSFA 1QS4A 3C95A 1BHLA 2QK9A 3QNNA 4E0DA 3OYLA 2IS3A 4FJJA 4BE2A 3KLIA 3PX6A 1C6VA 4CJWA 1NKBA 4HVJA 1DLOA 1U04A 4I7FA 4M3TA 4CEEA 3LAMA 2Z1IA 1NK4A 5CYQA 3OYDA 3QEPA 2B4JA 1D9DA 3G0ZA 2YNFA 3DLRA 3JYTA 3RMAA 2OYQA 2IC3A 4CIEA 1LV5A 3DRRA 4CJLA 3UIQA 1S1UA 4F8RA 3L2WA 2HHUA 1VSFA 3P1GA 1S9GA 3ZT4A 4E7IA 4PA1A 1QSLA 1G15A 2JLEA 4CHYA 4DFMA 3V9WA 4FM1A 5I42A 1XHZA 1YVUA 3IAYA 4HCCA 4KHQA 1KSPA 2X6SA 3HO1A 1ITGA 4K8ZA 1REVA 1VRUA 3NGIA 4CGGA 3VA0A 1DTQA 2Z1GA 1TGOA 4DTRA 4FLTA 4F3OA 2F96A 3DLEA 3TAGA 3RR8A 1UWBA 4M3UA 3QIPA 3NAEA 4FJMA 1HRHA 3VQEA 3DOLA 4CEQA 1TV6A 1RT5A 5CY4A 3O3GA 3TABA 4K8XA 4FYDA 1RNHA 2GUIA 2YKNA 3LPUA 3ZT2A 4DLEA 3NH2A 4DQQA 4EZ6A 1IH7A 2EHGA 3AO1A 4FCYA 4L8RB 4IBNA 1RTDA 1RDBA 4FJHA 2Z1HA 4CERA 1VSHA 4KHYA 4DTPA 3V1QA 4E89A 2G8VA 3OYCA 1L3UA 4DTMA 4OGCA 4M3YA 4EP4A 1ZBIA 1HMVA 1S9EA 3QERA 2OA8A 3OJSA 4OLAA 2Z1JA 2ITGA 3TWHA 3S9HA 3IG1A 2XY7A 1J54A 3KLGA 2HHXA 3I8DA 5KRSA 2OPSA 3ZSWA 1S1XA 1WSHA 4DFKA 4KB1A 4W5TA 3AVLA 4FJXA 3L2VA 1Q8IA 2EX3A 2YKMA 4ID5A 3HPHA 3VQ5A 4AHVA 4DTOA 4CE9A 1WLJA 4DSIA 4CJ5A 3O4NA 1JLBA 3NE6A 1KTQA 1JXEA 2WOMA 1C0MA 2PY5A 4Z4IA 2B5JA 4Y1CA 4N47A 2HHTA 4J2EA 4HTUA 5I3UA 2X78A 1BISA 5SWMA 2HNZA 3MXIA 3S3MA 4DQIA 1Q9XA 3H08A 4CIFA 1I39A 4FLVA 4KO0A 2OZSA 3WNHA 4I9QA 1FK9A 3ZSYA 3NBPA 4PWDA 1IKVA 3TAQA 3OYFA 4W5NA 5C24A 4E1MA 3OVNA 3L2RA 1UAXA 5J2MA 1BIUA 1C1AA 3THVA 1UA1A 1KFSA 4FJGA 3KJVA 4E7HA 3RWUA 4F2RA 3AVNA 3EY1A 1LWEA 1CZ9A 1ZBHA 4OKEA 4KAZA 2XHBA 2JGUA 3AVKA 4B9NA 3DYAA 3JSMA 5KTQA 3AVBA 5SZTA 3V9UA 3DMJA 3RMBA 3LDSA 4CJUA 1S6QA 4FVMA 4KREA 4CJFA 3TAEA 4Z4HA 2W42A 2G8UA 1SL1A 2E4LA 2G8KA 4OPKA 4ZTJA 2HMIA 5EU7A 5HRRA 3AVJA 3OYBA 1TL1A 4H4OA 4DTNA 1YT3A 3NH1A 2P1JA 4DS5A 1Z25A 3AO4A 2VWJA 3K5NA 1HYVA 4CFCA 1HNIA 4ID1A 2IOCA 4FLWA 2D0AA 3RRGA 3SNNA 4KKOA 4O5BA 4CGIA 4FZZA 4KHWA 4AHSA 2YHBA 5JS1A 4CHZA 4BWJA 3MEEA 2HHSA 3MECA 1ASWA 3ZT3A 3OYKA 3WNEA 1BCOA 4EP5A 4FM2A 4FW2A 4DQPA 4HUFA 1T05A 1ASVA 1CXQA 1Z26A 4DSEA 3DM2A 1RDCA 1WNSA 2YNIA 1L3SA 3K5OA 3QNOA 1BCMA 3EYZA 2ZE2A 2KFZA 3EZ5A 5J2NA 1S1WA 2PYLA 4CF0A 3B6OA 3HVTA 3LZIA 3SUQA 1R0AA 4B8CA 1JKHA 4W5RA 5CZ2A 5E41A 3OS2A 3AVFA 3ZSRA 5D3GA 4HHTA 4M45A 1D5AA 1VK0A 3SUNA 1XWLA 2GV9A 3T3FA 1NKEA 4KTWA 3VQPA 3VQCA 4W5QA 4FJ9A 2IGIA 4XIUA 3QEVA 2HHQA 3NDKA 4NYFA 2FBTA 4M3ZA 5HLFA 2OPRA 1NJZA 2A1SA 3KK2A 3BDPA 4G1QA 4O55A 2Q3SA 2FC0A 4FJ5A 3SJJA 3L3VA 5FRMA 4H4MA 3SYZA 3HP6A 3SQ0A 1NJWA 3AA5X 1BIZA 1O1WA 5KRTA 4QAGA 3KKRA 4CJTA 3O3HA 1TKDA 1RBRA 3BGRA 3C6UA 3NF6A 2NUBA 4KI4A 2XY5A 4Z4FA 4GMJB 1XI1A 3M8PA 2BE2A 4AILC 2YNHA 1K6YA 3DLHA 1S1VA 1WSGA 4JLHA 4NYNA 4CK3A 3CFOA 3OYGA 4DQRA 4PUOA 2ATQA 4DS4A 4PY5A 3NFAA 3LP0A 1HNVA 3DOKA 4CFBA 3VQAA 1EXQA 5DK5A 4CJVA 4ELVA 1RILA 3M8RA 3U3YA 1TKXA 3QETA 4OVLA 3L8BA 4E3SA 4CJ4A 4LH4A 3KK1A 4OGEA 4YNQA 1L3TA 3AV9A 2XY6A 1QTMA 2QKKA 4E19A 4I9LA 3SQ2A 1U48A 4W5OA 3P5JA 4IDKA 1SKSA 3G10A 4CEOA 2BDPA 1S5JA 3V1RA 4UQGA 2DFHA 3DLBA 4ELUA 3AA2A 3L2UA 5KGXA 2DFEA 3SPYA 3T19A 3MEDA 3LP3A 1QQCA 4DTSA 3K2PA 4RW9A 3SCXA 3KD1E 5HRSA 4IKFA 3ALYA 4CJPA 5J2QA 4FZYA 5J2PA 1CXUA 4B9LA 3KLHA 1JLQA 2FBXA 3TARA 1TAQA 3CFRA 3LP2A 1J5OA 1HQUA 4FLYA 4Z4EA 3HSTB 3NF7A 4BDZA 2D0CA 2XO7A 1JLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E2OA 2E6LA 2J4RA 3CCEN 1OKJA 4CIGA 3M5RA 1RT6A 3RRHA 3QEWA 3WXLA 4ILHA 4WFBL 5FROA 4XH5A 1TAUA 3DXKB 2NLXA 4G9ZA 4BE1A 3J8AA 3CC2N 3KLEA 1TKTA 5CYMA 4M42A 4LF6K 3DRSA 1NK0A 4WQ5A 1BG3A 4B9MA 1LWFA 1TL3A 1NKCA 4J2AA 2HSTA 4QS9A 4BVOA 2D5RA 4FXDA 2Q0RA 1RBUA 2FF3B 3HVRA 3V81A 2CGKA 4DV3K 3AVIA 2HB5A 2A6AA 2G8WA 1Y97A 2PBDA 4BRCA 1VSEA 4BRHA 4BACA 2P51A 1S1TA 2O8BA 3D45A 3U6FA 4BR0A 1KLNA 3SV3A 1QVGM 1B92A 4NO7A 4CJEA 4CBWA 1KAYA 2HVHA 2KW4A 4U67L 1YXQA 1FW6A 1NOZA 4MO4A 4C8OA 5AQLA 1CZBA 2W6LA 1YHQN 2KFNA 4KPYA 4FJLA 2DY4A 1QSYA 3C6AA 1TVRA 5FDLA 1U2VB 1BQMA 3THXA 4CF9A 2E5LK 1WSJA 1X1PA 4V19S 4ZTFA 5JMVA 2NRTA 3VF2A 1SZ2A 3WXKA 3ZT0A 1IG9A 4FLZA 1RT7A 3TI0A 1L5UA 4CK1A 3HOSA 1NK6A 3E66A 4JK9A 2R7YA 1X9JA 2A42A 3CJ1A 4H8KA 5DMRA 3K58A 2HBMA 2Y1IA 3G71N 3HBTA 3PIPL 3SPZA 1W9HA 4CZIA 3AA4A 3L4QA 2YV0X 4JHDB 4DG1A 3HOTA 3WNFA 1L3VA 1VQ4N 1SKWA 1VAZA 1VSLA 3OHRA 3AVAA 2QW9A 2A1RA 1LAWA 3AVGA 4JD2B 4N5SA 3K57A 2DTUA 1W0HA 1ILYA 3CG7A 3OYMA 4H5TA 3V9ZA 5CE3A 1M90O 1IKWA 1OVQA 5AQGA 4O44A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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