4CFCA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfcA00
4K8XA 1G15A 4F8RA 3K5NA 1TGOA 1I39A 4N76A 4G1QA 3MAQA 4NYFA 1J5OA 2OA8A 3WNEA 1RNHA 4ICLA 4CEOA 3RTVA 4J2EA 4YNQA 3IS9A 4W5QA 3NGIA 3QNNA 5I42A 4J2AA 4BACA 3SI6A 3AVKA 3M8PA 4OPKA 5HROA 1VSMA 4PQUA 3ZT2A 4DF8A 2FBYA 3HJFA 1T8EA 4C8NA 1RT6A 1VSFA 2RN2A 4CGIA 1GOAA 4ELVA 5EU7A 1JLFA 3V9XA 1UA1A 3OS2A 2FBXA 4FK2A 4KTZA 2QKKA 3ZSWA 4O44A 5FROA 4BWMA 4IG3A 4OGCA 4KAZA 4LY7A 1ASWA 4OJRA 4O0JA 3AO3A 3L8BA 1ZBFA 1WSFA 2Q3SA 4ID1A 3RRGA 3AVJA 2YHAA 3MXJA 4I2QA 4LSNA 4CHNA 1C1AA 1CXQA 1LWCA 1Y97A 4JRQA 4FW1A 2E4LA 3CM5A 1IKWA 1S6QA 1UA0A 4DWIA 1T7PA 3NF7A 2QKBA 1NJYA 2IOCA 3HL8A 1RT2A 1RTJA 4E7KA 3QEWA 4F2SA 4DLGA 1RBRA 3VQPA 2HHUA 3RMAA 3DLRA 3NHGA 3CYMA 3QNOA 4B9UA 1Q8IA 2ETJA 1D9FA 1RDCA 4IBNA 1S9GA 3AVHA 3H08A 1HYVA 3M8RA 3M8SA 4DFKA 4CJWA 3PX4A 1NK7A 2I5JA 3TR8A 4DFMA 3TABA 4N47A 4KPYA 3VA0A 1BIUA 4FLVA 4E7IA 2G8FA 1EXQA 3KLFA 3IRXA 2XHBA 3ULDA 3VQAA 3SV3A 4CJTA 4O0IA 1BISA 4E1NA 4DLEA 4FK0A 4QAGA 1BGXT 4CGJA 3PO4A 3LANA 2XY5A 4ELTA 3OVNA 4FZXC 2D0AA 4BDPA 3ITHA 1RCHA 4N5SA 4HCBA 3F9KA 4RW6A 4DTNA 1D5AA 3OYDA 1ZYQA 4DTRA 3OJUA 1Z26A 4CEBA 3NBPA 3HT3A 3EY1A 4EP4A 4I7FA 1N6QA 4J2BA 1KVAA 3V9SA 4DSIA 2D0BA 2P51A 4FJ5A 1S9EA 2KZMA 2AJQA 1HNVA 3TI0A 4FJXA 2IAJA 2OPRA 4M3TA 3QIOA 2IGIA 1TL1A 2X78A 3G0ZA 1S6PA 3HK2A 1RDAA 4JRPA 3D0PA 4CESA 2G8HA 4FJ9A 3O3HA 4AILC 4E7HA 3VQ9A 3DM2A 3DYAA 1EX4A 1FK9A 3VA3A 2HHSA 3O3GA 3C95A 3IG1A 1TKDA 2HMIA 2RKIA 1X9SA 5FRNA 1HPZA 3DRSA 3VQDA 1IKYA 3LPTA 2EX3A 3SPZA 4OKKA 4B9NA 1NK6A 4RW8A 4WE1A 3NCIA 1EKEA 3S9HA 1KTQA 2YNGA 4FJ8A 5C42A 4F3OA 3HPGA 5HBMA 4AH9A 3RR7A 4B9SA 3ZT0A 1RDDA 4OLAA 4NYNA 3SUPA 1IKVA 1GOBA 1KRPA 1J9AA 1RT4A 1VSHA 4CFBA 4B8CA 4KB0A 1SV5A 4KTQA 2RPIA 4CEFA 2GBZA 3SUQA 2KTQA 2GUIA 4FJHA 1DLOA 2P1JA 4PA1A 4DSFA 1NK4A 1S1UA 3SV4A 1XWLA 3OY9A 4DTJA 1FKPA 2XRIA 3I0RA 3HP6A 2Y1IA 4M41A 3AVCA 4FJJA 4EP5A 2ITGA 1S1XA 3JYTA 2VG5A 4DU1A 4IDKA 1GOCA 2WOMA 3VQ7A 3LWMA 1JL2A 3DLGA 1TK5A 1VSKA 4OVLA 1X9MA 4C8MA 4UQGA 2B6AA 4M3WA 4BE1A 3HPHA 4CJEA 3L3VA 1JLGA 3AVAA 4CEEA 3F73A 4DFPA 1SUQA 4KHQA 2DTUA 1Z25A 2FBVA 5KRSA 3KD1E 3HYFA 3QO9A 1JLQA 5D3GA 1WNSA 1YTUA 3DLHA 3NF9A 4IG0A 3OS1A 3RRHA 5J2MA 1NKCA 1ZBIA 1ZBHA 3MEGA 2HHWA 4F3TA 1TL3A 4CJPA 4HVJA 1LW2A 5SWMA 3OYFA 5CYQA 4AHCA 4BWJA 4LH5A 3C94A 3ZT1A 4N41A 3C6TA 3NH0A 4CE9A 3OJSA 2W42A 4QOZB 3NH2A 1S1TA 3LPUA 3OYJA 4CHPA 2QK9A 2VWKA 4DTUA 1RTDA 5CZ1A 4MFBA 3DI6A 3KJVA 3EZ5A 3QEIA 1CZ9A 3QERA 1EP4A 1FKOA 4CJRA 3MXMA 4I9LA 3AVIA 2IDOA 1T05A 4YFUA 5E41A 3VQ5A 2A1RA 4DSKA 2Z1JA 5CZ2A 1ASUA 1TK8A 2OYQA 1VK0A 3QINA 4JLHA 4B08A 5KGXA 3WNHA 4AHVA 1KSPA 4CFDA 3TARA 3U3YA 1YTAA 3KD5E 3CM6A 3SJJA 2B4JA 2XY6A 2Z1IA 5J2PA 2NUBA 3K59A 3PY8A 4B9MA 4CJKA 4KV8A 1BHLA 1C1CA 1BQMA 1RT7A 1X9WA 3NAEA 1U04A 4FLUA 4M3ZA 1T03A 1BCOA 1TVRA 2HNYA 1JLAA 3RMCA 2PY5A 3P5JA 3S3OA 1KLNA 5SZTA 1XHZA 2BE2A 3LP1A 4Z4CA 1SL1A 3LAMA 2Z1GA 4Z4IA 4RW4A 4Q0BA 3RMBA 4E3SA 2PYJA 3NDKA 1RBSA 1VRTA 4JS4A 1U48A 3HM9A 3L2WA 1NJWA 4FYDA 3I0SA 3HO1A 1HYSA 3OYMA 2O4IA 3AA2A 1W0HA 4JS5A 2VG6A 4FJMA 3AA3A 1UWBA 1YVUA 4AHUA 4Y1CA 3OYKA 3TAGA 1LWFA 4DQPA 3OYCA 2P5OA 4N56A 4Z4EA 1CZBA 4E89A 1Q9XA 5HRSA 3VQQA 4CJQA 1DTTA 2FBTA 3MEDA 4CIFA 4O4GA 3CFPA 1A5VA 1HQUA 4M45A 3K5LA 1TKTA 4DS4A 3VQ6A 5C24A 1NOYA 4IKFA 4F4KA 1JXEA 1EETA 5C25A 2HHQA 5DMRA 4CIEA 4DFJA 1NOZA 3JSMA 1NKBA 4KB1A 4NCBA 3KK1A 2X74A 3CG7A 4FLZA 3O4NA 3DOLA 3OS0A 1RBUA 4KHNA 4BE2A 2Y1JA 5HLFA 2ATQA 3RMDA 1B9FA 4CEQA 4CHYA 3LZIA 4FCYA 3UIQA 4CF9A 1TV6A 2YHBA 1RTHA 4KHUA 4BE0A 4Z4FA 4KRFA 2OPQA 5KGWA 4FJLA 1L3SA 4EZ9A 1HQEA 3AVMA 3ZSVA 4ZTJA 4ZTFA 1KFSA 3L2QA 2D5RA 4FZZA 3OYIA 3TAEA 4DS5A 1RT5A 3VQ4A 1QE1A 1JXBA 2G8KA 4KFBA 2O4GA 1XHXA 2PYLA 4E0DA 1U47A 2E6LA 2E6MA 4DG1A 4M3YA 4KKOA 5JS1A 3OYHA 2GV9A 4HUFA 3TAFA 3AVFA 1UOCA 1TKXA 3A2FA 3HVTA 1BIZA 3U6FA 4LD0A 1NK5A 4CERA 3K5MA 1JL1A 3TAMA 3HPOA 2XO7A 4DQSA 4KI4A 1FXXA 3V9UA 1JLEA 5T7BA 2HNDA 2DFEA 2ZE2A 5HRRA 1S5JA 1BI4B 5KI6A 1SKSA 1TK0A 3AVNA 3V81A 2VWJA 1ITGA 3TANA 3FFIA 4FJ7A 1BQNA 4DTSA 4L8RB 4CK2A 3AVLA 4CJ5A 3U3GA 3ZSRA 3SUNA 3L2VA 3QLHA 3TWHA 4C8LA 2A1SA 3LP3A 3PX6A 3SQ0A 1BL3A 4RG8A 4HTUA 3SUOA 2D0CA 1LWEA 4LH4A 1RT1A 3KIOA 4CJUA 1JLCA 3SZ2A 2OZMA 1KVBA 4I2PA 3VN5A 4O55A 1SKRA 4CJLA 4RW9A 4ID5A 3CFOA 4DTOA 3PO5A 4W5NA 4GVMA 3NGZA 1QQCA 2OPSA 1JKHA 1SL0A 1L5UA 2B5JA 4Z0UA 1QSLA 4CJ4A 5J1EA 1VSDA 2P5GA 3T19A 4FJIA 4FZYA 1C0UA 1YT3A 3OYAA 1MU2A 5CY4A 1XI1A 3QEVA 4CF2A 2DY4A 1JLBA 3LP2A 3L2UA 4RW7A 3LWLA 2YNIA 4KO0A 4E7LA 2HHVA 1X1PA 1TKZA 1ZBUA 4W5TA 5HP1A 1HYZA 3OYNA 3SYZA 3ZSQA 3OYBA 1HNIA 3D45A 4BDYA 1NK8A 1CXUA 4FM0A 4XIUA 3LZJA 4DSEA 3AA5X 3DOKA 2KFZA 3TAQA 1W9HA 3ALYA 4DU4A 5DK5A 1IO2A 2G8WA 1QTMA 4PWDA 1LV5A 3K5OA 4HCCA 4Z4GA 1K6YA 1O1WA 3AVGA 3BGRA 4OKJA 4OPJA 3QESA 3S3NA 3S3MA 4CHZA 2HHXA 3LALA 1J54A 3V4IA 2YV0X 1SKWA 1U45A 4AHSA 3ZT3A 3P83D 4E19A 1S1VA 3AO5A 1I3AA 1VSJA 3HP9A 3V9ZA 1RT3A 4CIGA 1TAUA 4FJNA 1TAQA 4B9VA 3KTQA 1QS4A 3AO2A 4TSXA 4B9LA 3MXIA 3BDPA 2HVHA 4QCLA 1C6VA 3QIPA 4E1MA 3B6PA 2BGGA 2HW3A 2HNZA 3OYEA 2KQ2A 5I3UA 3HXMA 3KK2A 3G10A 4J2DA 4IFYA 5JS2A 3DLBA 1WN7A 4AHTA 4CHQA 1IH7A 3NGYA 4O5BA 1UAXA 4CGFA 4CFAA 3HVRA 1KVCA 3VQEA 1LAWA 2IS3A 3C6UA 2G8VA 4LSLA 3LP0A 3QEPA 1RTIA 3AV9A 1BCMA 2F8SA 2KZZA 4ZHRA 1NK9A 4GMJB 3HSTB 3RWUA 3B6OA 3NE6A 1QHTA 4KHYA 4OLBA 4KHSA 3TAPA 2XY7A 2DFHA 4DSLA 4AHRA 4DQIA 3NF8A 4CJ3A 3OYGA 2R7YA 3EYZA 2KFNA 4B8AB 1J53A 2VG7A 3AO1A 2DFFA 1RDBA 3O4QA 5FDLA 4CGGA 3DLEA 3MECA 1WSEA 3V1OA 1RILA 3DRRA 1REVA 4CF1A 4CFCA 4FLTA 4DTPA 4IFVA 1U4BA 1D8YA 4CK1A 3LDSA 2YKMA 2ZQBA 2G8UA 4KTWA 1VSLA 4CGDA 5HRPA 4CCHA 3IAYA 3ASMA 3DRPA 5J2QA 1C1BA 1L3VA 2QXFA 4H8KA 3KK3A 3T3FA 4C8KA 4PY5A 3RR8A 1HRHA 3VQ8A 2JGUA 4CEDA 1HJRA 2EHGA 4Y1DA 4DQRA 1WLJA 3P1GA 4E7JA 4I9QA 1IKXA 2Z1HA 2PZSA 1C0TA 4W5RA 1XC9A 3KKSA 4Z4HA 1N5YA 3LAKA 3SNNA 3T1AA 5J2NA 4HUEA 3PX0A 1KCFA 4FJKA 4B9TA 4HHTA 4KREA 1KFDA 2YNFA 1NK0A 3KKRA 1CLQA 3V1QA 3ISNC 4FJGA 4DTMA 4CECA 4R5PA 3L3UA 3VQBA 3DMJA 4OGEA 2ZD1A 2HHTA 3M8QA 3SPYA 3NFAA 4FW2A 1NJXA 4NCGA 4CJSA 1QSSA 3AO4A 1LW0A 1WSIA 2X6NA 4CHOA 5KTQA 3V9WA 4CJVA 3I8DA 4FVMA 4CEAA 1VSEA 4DTXA 4M3XA 3ZSXA 3SCXA 3L2RA 4FLXA 4CEZA 4Q5VA 4DSJA 1WAFA 2YKNA 3ZSYA 3KLGA 4DU3A 1QSYA 4DF4A 4CF8A 1A5XA 2F8TA 4CK3A 2OZSA 4DMNA 3KLHA 1VRUA 2WONA 2IC3A 3KLIA 1NKEA 1SL2A 1KLMA 4GW6A 3VQCA 3ZSOA 4F2RA 1HMVA 1R0AA 1C0MA 1Q9YA 1LAVA 1A5WA 4BDZA 2LSNA 3NF6A 5K14A 3QETA 5HRNA 4CJFA 1D9DA 3SQ2A 3THVA 1U49A 1S1WA 1WAJA 4CF0A 5KRTA 3OYLA 3WNGA 3K2PA 1ASVA 3PUFA 2XY8A 4FM1A 1VSIA 4NCAA 3AA4A 4PUOA 4M3UA 3ZSZA 3SQ4A 3NH1A 4H4OA 5CYMA 4FLYA 4M42A 1NJZA 1B92A 4KHWA 4M3RA 2BANA 1ZBLA 1RBVA 3CFRA 4FXDA 1BI4A 2OPPA 1B9DA 4CGHA 4DQQA 3QEXA 4FLWA 2G8IA 1L3UA 2FC0A 4W5OA 2HVIA 3E01A 2JLEA 3PV8A 4B3OA 3KLEA 1WSHA 3K57A 3AVBA 4FK4A 4KI6A 2F96A 4OKEA 1L3TA 3SQ1A 4HUGA 4H4MA 1F21A 3V6DA 3CQ8A 1DTQA 1WSGA 1WSJA 3V1RA 2BDPA 1RBTA 4ELUA 3MEEA 4K8ZA 5FRMA 3O3FA 3ZCMA 2HB5A 2X6SA 1IG9A 2YNHA 3DLKA 4EZ6A 3ZT4A 4MQ3A 3WNFA 4FM2A 2KW4A 2RF2A 3K58A 4C8OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8XA 4DR2K 4F8RA 3K5NA 1HR0K 4BRIA 5AQFA 4ICLA 5I42A 4J2AA 3SI6A 3AVKA 3ZT2A 4DF8A 2FBYA 5DM7L 4IZ9A 2FF6A 3O80A 2E8AA 3OS2A 5C15A 5BPLA 4AF1A 4KTZA 4O44A 1W97L 1ASWA 4O0JA 3HZ6A 1C1AA 4JRQA 3CM5A 1NU0A 3NF7A 3CHWA 5KQ8A 3D2FB 4YOYA 1W2BM 1RTJA 4FWMA 4GVEA 3VQPA 3RMAA 3DLRA 3LDNA 1Q8IA 3MCAB 3FZKA 3QFUA 2BTFA 5GIPA 3AVHA 3H08A 3WXIA 2QXLA 1TYQB 2HBJA 2PAVA 3PX4A 4BR5A 3TR8A 3R1XA 4DFMA 2CH6A 1BISA 1NG9A 1EWQA 3C6HA 3LANA 2XY5A 3ENOA 4H5TA 3OVNA 2D0AA 3M1FA 1RCHA 4N5SA 4HCBA 1D5AA 3GBTA 4B1UB 3EY1A 4EP4A 4I7FA 1N6QA 4J2BA 1KVAA 2P51A 4LFAK 4M3TA 3G0ZA 1S6PA 2VGMA 3D0PA 3F5TA 1IJJA 4JI6K 2G8HA 3I8BA 4MDAA 1NNEA 1OH5A 4FWPA 3CCRN 3KWGA 4B3MK 4FJ9A 2Q1NA 4E7HA 1T6DA 4BRFA 1QHAA 2YJEA 1T3VA 5HOOA 2KLAA 2HMIA 1X9SA 1S22A 5FRNA 3O9QA 3E9OA 3WEEB 4WE1A 2D0OA 3NCIA 3S9HA 4FJ8A 4A5AA 3UKRB 3CC2N 2E20A 2NRWA 4CFBA 4Y0WA 1YF5L 4KTQA 4CEFA 3SUQA 4PA1A 4DSFA 1XWLA 1WBBA 4JI2K 4M41A 2GUPA 2WOMA 3DLGA 3CF5L 3AVAA 4CEEA 4DKWA 2VGNA 4IOCL 2FBVA 2CH5A 3HYFA 5AZIB 5D3GA 1WNSA 3CJ1A 3DLHA 2IVPA 1YTUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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