4CFDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfdA00
4FM0A 1BCMA 2D5RA 4E3SA 1RTJA 3LP1A 4IFVA 1NK6A 4KI4A 1XWLA 3G0ZA 1VSDA 3NF8A 4IG3A 4FXDA 3SV3A 2FBYA 3NGZA 2OYQA 3MECA 5HRNA 4DQQA 1UOCA 3H08A 5KRTA 3IRXA 4BE1A 4CGDA 3AO2A 3AVIA 1SUQA 4F3OA 1LWCA 2HNZA 1A5VA 5KGWA 1JL2A 2GBZA 2A1RA 3L2VA 4DSKA 1NK5A 5HBMA 1S6PA 3FFIA 3P1GA 4AHUA 3JSMA 3SYZA 3K58A 3TARA 1S1UA 2HHVA 3F73A 1C0UA 4H4MA 4CHQA 2FC0A 1LW2A 5FDLA 4RW8A 5HLFA 4FZZA 3AVCA 4RW7A 4CJPA 3OYBA 3OYAA 3LWMA 4HUEA 5J2PA 4CJQA 3V81A 3M8RA 4KREA 1VRTA 5J2QA 4CJTA 1QE1A 3U3GA 1QSLA 4M3XA 2A1SA 5T7BA 3D0PA 4DQRA 2OPPA 3CYMA 2IGIA 3O4QA 3SUQA 3I0SA 4DQSA 3TAGA 5I3UA 3RR8A 1A5WA 4CECA 3V9SA 4CHNA 1C1BA 3SQ2A 3IAYA 1QHTA 4Z0UA 2XHBA 3S3MA 4B9SA 4WE1A 3VQ6A 3OYHA 1X9SA 4FJ7A 4IDKA 1KVAA 3RMAA 2HHWA 3L2QA 3D45A 1TGOA 3L2WA 1C1CA 1JLGA 4RG8A 3DYAA 4RW6A 2Y1IA 4DFKA 3HP9A 4DQPA 2HHXA 4CFBA 3SQ0A 2OPSA 4H4OA 3OJUA 4PWDA 1S1TA 3VQ4A 1D5AA 1CLQA 3QINA 4AHRA 2YNGA 3K57A 1SL1A 3DMJA 3OS1A 1NK0A 2G8HA 2HNYA 2ZD1A 3G10A 4CGHA 4CJFA 4EZ6A 3LPUA 3QEXA 1X1PA 4KB0A 1RT6A 1BL3A 3HSTB 3K2PA 3KK2A 3SPYA 3VQAA 1RTDA 1VSEA 3HVTA 4JS4A 2P51A 3V9WA 3QLHA 2DFHA 2G8FA 2D0CA 1RT1A 3HM9A 1Z25A 3RMDA 1NK8A 1NKBA 4B9UA 4O4GA 1S5JA 3OYFA 2VG7A 2Z1HA 3HVRA 1L3VA 3AO4A 1IKXA 3LZJA 2E6LA 3NH1A 2ZE2A 5CZ2A 3ULDA 2O4GA 4J2DA 2B4JA 2Z1IA 4NCGA 4RW9A 3PV8A 1NJXA 2VWKA 3KKRA 1RT4A 3HPGA 4W5OA 4FJLA 4BE2A 2YV0X 4DTSA 1TKZA 1RTIA 2OZMA 3NFAA 1J53A 4W5RA 1NOYA 1KLNA 1ZBUA 2ZQBA 3L2UA 1W0HA 5I42A 2BDPA 4CEAA 3VQ7A 1KVBA 2IAJA 5CYMA 5FRNA 3MXMA 1RCHA 3CM6A 4B8AB 3SJJA 1DTQA 4FLXA 5D3GA 1WNSA 1RBUA 3OYLA 4Z4HA 4HHTA 2OPRA 1TV6A 3RRHA 1FXXA 4CJ3A 1A5XA 1IKVA 3OYKA 4ZTFA 2Y1JA 2X6SA 4FJXA 2Z1JA 4G1QA 4KHUA 4CFAA 1RDCA 3KK1A 4DWIA 1IH7A 4JLHA 3CFRA 3V1OA 2G8WA 3NHGA 5HRPA 3DLRA 4KRFA 3EY1A 3OJSA 4JRPA 4NCAA 1TKTA 4W5QA 3TAEA 4OJRA 3ZT4A 3NGYA 1L3TA 1UAXA 1QSYA 3KD5E 2WOMA 1VSIA 1S9GA 1D8YA 4HVJA 3F9KA 3K5MA 4B9NA 1TL1A 1FK9A 4CF1A 2XRIA 3M8SA 2PZSA 1NK4A 1ZYQA 3QIOA 4LD0A 4F4KA 4JS5A 4Z4IA 2PYLA 3T19A 3OY9A 2I5JA 5HRRA 1BQMA 1VSKA 4L8RB 4ZTJA 2DFFA 1N5YA 3AVAA 2YNHA 1F21A 5KI6A 2FBXA 4KPYA 3SUPA 2BGGA 4YNQA 2OZSA 3AA5X 5DMRA 4FLVA 3SV4A 1L5UA 2XY6A 1YVUA 3HPHA 1T8EA 1QQCA 1IKYA 4CEDA 3LAKA 4M3WA 4DSJA 1U47A 4CJWA 4EP4A 4CK2A 2HHTA 1CXUA 4OPJA 3DM2A 4FJIA 4O5BA 3RMBA 1LAWA 2VG5A 3AVHA 3LP0A 4FK4A 2BE2A 4CESA 3HXMA 3PUFA 3NGIA 2XY7A 3ISNC 4UQGA 3VA3A 1ZBFA 4KB1A 3SQ4A 4B3OA 2ATQA 3HPOA 4OPKA 3AO3A 3V9XA 2WONA 3CQ8A 2G8VA 1KCFA 1NKCA 3MXIA 4GMJB 4CJUA 4B9LA 3MEEA 1HNVA 4CJ5A 3S3OA 3VQBA 3QNOA 4ELUA 4N5SA 3OYMA 1RBTA 4DTOA 4N47A 2FBVA 4DSIA 1WN7A 5KRSA 4OKEA 3JYTA 3S9HA 4PY5A 1D9DA 2YKMA 2RPIA 2HW3A 1FKOA 4CHZA 3NDKA 3LP3A 3AA3A 1TK5A 3AV9A 3M8PA 4DTRA 3QEWA 4LY7A 4FJHA 2VG6A 1BI4A 4M3RA 1X9WA 1FKPA 1N6QA 1HNIA 4FLYA 1KLMA 1BHLA 4DTXA 1EETA 4B9MA 1TK0A 4CF2A 4E7LA 4DFJA 1RNHA 4HCBA 4FJKA 1JLEA 3AVBA 3KIOA 1EXQA 4CJRA 3ITHA 3C95A 4XIUA 1NOZA 3PO4A 4E7HA 3T3FA 3TANA 4Z4FA 3VQ8A 1TKDA 2QKBA 4IFYA 5CYQA 1J54A 1U49A 3B6OA 4M3TA 4CIGA 2HVIA 4F3TA 4B8CA 1Y97A 3HL8A 3OYJA 2YHAA 4FW2A 1TAUA 3AVGA 3MAQA 4KHYA 2PY5A 4HUFA 3CG7A 1D9FA 1I39A 4DU3A 3P5JA 3AA4A 1BISA 3L3UA 3TR8A 1U04A 4CHYA 5FRMA 4FYDA 2JLEA 2XY8A 3VN5A 4CHPA 4QOZB 4YFUA 3O3FA 1NJWA 4O44A 4KHWA 3DRPA 1EX4A 4C8MA 2YHBA 4DLGA 4HTUA 4AILC 1WSHA 1NK9A 1Q9XA 4FJ8A 3L3VA 3SPZA 1XC9A 1VSFA 5SWMA 1TKXA 1Z26A 2BANA 3DRRA 4E7KA 3B6PA 4OGCA 4OKJA 3PX4A 4M42A 1KSPA 3LDSA 4IKFA 3OYIA 4N56A 3DLKA 4CJEA 3LP2A 4M45A 1ZBHA 1IKWA 4DSLA 1U4BA 4EZ9A 3HYFA 1DLOA 1VSMA 4I2QA 2PYJA 2E6MA 1WSEA 2FBTA 4LSNA 4NYNA 3KLHA 4FM2A 3AVLA 4CF9A 1Q8IA 4BWMA 3OYGA 4CFDA 2KZZA 1RDAA 4C8KA 2HHUA 3DLBA 4M3YA 4B9VA 1DTTA 2QXFA 2IS3A 3HJFA 1UWBA 4FLUA 4CJKA 2P5GA 3TABA 4OLAA 1JXBA 3AO5A 3NF9A 4CIFA 3OYEA 4C8LA 5CY4A 4KHNA 4CJSA 1S1VA 4W5NA 2RN2A 2QKKA 1EKEA 4PQUA 4MFBA 4CJVA 4E1NA 2EX3A 3K59A 4BE0A 4FM1A 4DSFA 3ZT3A 3AO1A 4KV8A 2OA8A 1TVRA 4DS4A 3PX6A 1RBSA 1XHZA 3EZ5A 4DU4A 2HMIA 1KFSA 3VQ5A 3VQCA 1QS4A 3RRGA 4OLBA 1X9MA 5KTQA 1XI1A 3CFPA 1ITGA 3AVMA 1S9EA 3KLIA 3O3GA 5J2MA 4BWJA 5HROA 4Z4EA 3TWHA 2LSNA 2JGUA 1SL2A 1ZBLA 4C8OA 1YT3A 2B6AA 3RWUA 3O3HA 1EP4A 5HRSA 3CFOA 1S6QA 3ZCMA 4K8XA 1B9FA 1LWFA 1JLFA 3QESA 2IC3A 3ZT0A 4Z4CA 4F8RA 2X6NA 4KHSA 5DK5A 3SQ1A 1T05A 4ID5A 1KRPA 3MXJA 4FJMA 5CZ1A 3MEGA 4LH4A 3S3NA 4FK0A 3U3YA 4CHOA 3KLEA 2B5JA 3WNHA 1RTHA 4CK3A 1NJZA 4B9TA 4R5PA 1CZ9A 3LANA 1JL1A 3V6DA 4KKOA 3HT3A 2W42A 4DTUA 4J2BA 2KTQA 3AVNA 1KTQA 1SV5A 1NKEA 3TAMA 3OYCA 4OGEA 2KFNA 1T7PA 4CF0A 1JLAA 1NJYA 4DQIA 3WNGA 4CFCA 3KLGA 1S1WA 3VA0A 3QEIA 4CGFA 3V1QA 1LAVA 3OS2A 3NF7A 1L3UA 3C6TA 4FZYA 2HHSA 2RKIA 4Y1CA 4AHSA 3K5LA 3PO5A 4W5TA 4KO0A 5K14A 3DOLA 4AHCA 1G15A 1RDDA 1QTMA 4LSLA 3IS9A 4FJ5A 1C1AA 2G8KA 4F2SA 4M3UA 1L3SA 3TAQA 1TAQA 3ZSRA 4CEFA 1CZBA 4CIEA 3ZT2A 3KKSA 4J2AA 4NYFA 4AH9A 4E7JA 4M3ZA 2RF2A 4KHQA 1C6VA 3OVNA 3ZSQA 1ASUA 1WSGA 4M41A 4CEOA 3NE6A 4BDYA 3V1RA 3V9ZA 4KAZA 4KI6A 4F2RA 4Q0BA 1HYVA 3ZSZA 1WAFA 4ZHRA 1JLBA 3NAEA 2XY5A 1R0AA 1T03A 3SCXA 2F96A 3SUNA 4FJ9A 3NH2A 4GVMA 4PA1A 4QCLA 2D0AA 4QAGA 2E4LA 1ZBIA 1S1XA 1XHXA 3LPTA 3THVA 4ELTA 3OYNA 3KLFA 5KGXA 1J5OA 5C42A 2DTUA 4DFMA 5JS2A 3OS0A 1TK8A 4B08A 4MQ3A 4CGIA 4CGGA 4N76A 3ZSOA 2GUIA 5EU7A 3QNNA 4AHVA 2IOCA 4FLZA 4ID1A 4HUGA 3WNEA 3KD1E 4C8NA 1BIUA 3PY8A 4DTMA 1MU2A 3AVKA 3ZSYA 4FLTA 5HP1A 4E19A 4EP5A 3P83D 4HCCA 4DLEA 2F8SA 4PUOA 3KJVA 2AJQA 1WSIA 2G8UA 4ELVA 4E1MA 2YNFA 1LW0A 4RW4A 4IBNA 4N41A 3KTQA 4TSXA 3WNFA 1HYZA 3BDPA 4DS5A 1JLCA 2XO7A 1ASWA 3PX0A 1SL0A 2EHGA 4Z4GA 4DG1A 1VRUA 2P1JA 4CGJA 3DLGA 2GV9A 3MEDA 2DY4A 1HQUA 1REVA 1JLQA 2HB5A 1HRHA 1YTAA 3I8DA 2KQ2A 1CXQA 1W9HA 1ASVA 1RILA 4GW6A 4FJNA 4KTWA 3DI6A 4CEEA 3LWLA 3ZSWA 3ASMA 1HYSA 2HVHA 2ITGA 4CCHA 3QIPA 1IG9A 2P5OA 4FJGA 1RDBA 4FW1A 4LH5A 4I9QA 1J9AA 1I3AA 4O0JA 4AHTA 4DF4A 3E01A 4CEZA 3HO1A 1RBVA 3VQEA 4DF8A 1TL3A 3OYDA 1BIZA 4ICLA 4FK2A 2KZMA 1B9DA 3NH0A 1NK7A 4I9LA 1U48A 2D0BA 1RT7A 1GOCA 2X78A 4CJLA 3EYZA 2YNIA 1RT5A 4FLWA 4DTJA 1RT3A 3LALA 1IO2A 1BGXT 4KTZA 4Y1DA 3SNNA 1SKRA 4DTPA 2ETJA 2OPQA 3AA2A 4O0IA 2G8IA 4DTNA 2Q3SA 3NBPA 1BQNA 1WLJA 4OKKA 2F8TA 4KTQA 3VQ9A 3ZSVA 4CK1A 4KFBA 5JS1A 4CF8A 5C25A 1QSSA 3DLHA 1RBRA 3U6FA 1JXEA 3T1AA 2KW4A 1VSLA 5C24A 5SZTA 4Q5VA 1Q9YA 4FZXC 3TAFA 3QEVA 1C0TA 1VK0A 4H8KA 4CJ4A 3TI0A 4DFPA 3CM5A 3O4NA 2HHQA 2YKNA 3KK3A 4FCYA 3RTVA 4NCBA 2HNDA 3UIQA 3IG1A 3L2RA 2NUBA 3L8BA 4CERA 2VWJA 1GOBA 3AVFA 4DU1A 3ZSXA 3VQDA 3K5NA 4FJJA 1HPZA 1O1WA 3SI6A 2KFZA 4CEBA 4CE9A 3QETA 3M8QA 3VQPA 3V4IA 3RR7A 1LWEA 1VSHA 1UA1A 1SKSA 1JKHA 1VSJA 1U45A 4DSEA 2QK9A 1K6YA 1KVCA 1BCOA 1WAJA 3QERA 1LV5A 1HMVA 3C94A 4FVMA 4E0DA 3AVJA 4E7IA 3C6UA 3I0RA 3ALYA 4E89A 4J2EA 1GOAA 3DRSA 1KFDA 2R7YA 5J2NA 3RMCA 3LAMA 2Z1GA 1B92A 1WSJA 3NCIA 4O55A 4JRQA 1BI4B 1HQEA 3K5OA 3SUOA 1WSFA 3HP6A 3TAPA 5J1EA 4CEQA 3QO9A 2IDOA 3ZT1A 4BACA 1SKWA 4K8ZA 3QEPA 3DOKA 1C0MA 3DLEA 4I7FA 3LZIA 2O4IA 2X74A 5FROA 1YTUA 3SZ2A 1HJRA 3BGRA 3NF6A 4I2PA 3V9UA 4BDZA 2DFEA 1RT2A 3A2FA 3VQQA 4DMNA 4BDPA 1UA0A 4OVLA 3HK2A 5E41A 4IG0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FM0A 1WB9A 1BCMA 3LP1A 4IFVA 4IG3A 3EKSA 2OYQA 1K9MO 2JWLA 3R1XA 1E4FT 1SUQA 5KGWA 1JL2A 1Q7YO 4DSKA 1NK5A 1S6PA 3P1GA 3TARA 3K58A 3F73A 4H4MA 1R59O 5FDLA 4FZZA 4G9ZA 3HOSA 4CJQA 3V81A 3WQUA 1X3MA 5AQSA 1QSLA 2OPPA 1E3MA 3O4QA 4XH4A 3RR8A 1A5WA 5HOOA 4Z0UA 3DLLL 5BRDA 4IDKA 1KVAA 1XC3A 4QS8A 3RMAA 3LDNA 4EFHA 2O8CA 2Y1IA 2E2PA 2E2QA 4DFKA 5AQTA 3SQ0A 1RFQA 4JI0K 1EO1A 3KHYA 1E4GT 3O9QA 3CC7N 4EZ6A 3QEXA 4KB0A 3HSTB 2ZJPL 5A2QO 3V9WA 3HM9A 1RT1A 3VGMA 3A5MC 1S5JA 3H3OB 4CD1A 3EL2A 3C6HA 2QEXN 2D4WA 2O4GA 1NJXA 2VWKA 3HPGA 1BDGA 4CD3A 2E1YA 3OW2M 1HJOA 1KLNA 5I42A 2ZQBA 1W0HA 3VQ7A 3MXMA 1RCHA 3CM6A 1MA9B 1DTQA 3UKUB 5D3GA 3RRHA 4JAXA 1A5XA 3ZEUA 1IKVA 3OYKA 1BOTO 1K8KB 4EIAA 2Y1JA 4FJXA 3SLCA 1RDCA 2P9UA 1IH7A 3V1OA 4A59A 2G8WA 3MWPA 4NXNK 3NHGA 2NRWA 3SAFA 1BG3A 1VQ7N 2YHXA 1W97L 3P38A 4LF9K 3KD5E 5TKYA 1S9GA 4JI2K 4WQ4C 4HVJA 4IJNA 3K5MA 2UUCK 1NGDA 2YJFA 4DR7K 4CW7B 4CF1A 2V7ZA 2XRIA 3VESA 3CCSN 1Z6RA 2NRZA 4JS5A 2PYLA 5M1OA 5DM7L 5IT9O 2QTDA 2FBXA 1GLAG 1VQPN 4FLVA 1KC8O 1T6CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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