4CFDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfdA00
4CJPA 3LP1A 3OYDA 3VQPA 1RT7A 5J2QA 3DRRA 3UIQA 4B3OA 2X74A 3KLHA 2QK9A 2XY5A 2KW4A 1Z25A 1EETA 3DLHA 3TWHA 4K8XA 3THVA 3ZSQA 3MECA 2ZD1A 2ATQA 1W9HA 4OKJA 1Q9XA 1S1TA 4M41A 1LWFA 2X78A 3PX4A 4CECA 1LWCA 1XHXA 3NDKA 1S1VA 4FXDA 1VK0A 3O4QA 1HYVA 2XO7A 4E7HA 1JLAA 2YNGA 3BGRA 1S1WA 3DM2A 3V9WA 4CIEA 4CJQA 3VN5A 1NKCA 1RT3A 1CLQA 3VQ8A 3KD1E 4M3TA 4E7LA 3LZJA 1KVAA 1T8EA 3L3UA 4B9LA 1QQCA 3TR8A 3KD5E 4KREA 4CFCA 1I3AA 4CEEA 2YNFA 3G10A 3F73A 3O3GA 4CHOA 1NJXA 4CJEA 1NK0A 4N5SA 4Z4EA 3V1OA 1HMVA 4CEBA 2IDOA 5HROA 4O0JA 4UQGA 1ZYQA 4LSLA 3AVMA 1X9MA 1RT1A 3AA3A 1KVBA 1SV5A 3KTQA 4MFBA 1TGOA 3LWMA 4E7KA 4CK3A 2QXFA 3S3MA 4FLVA 4DQIA 4FK2A 3ZSRA 2RPIA 3HO1A 3HP9A 1IKXA 3ZSZA 2BDPA 3HK2A 3G0ZA 4KKOA 3HPOA 1YT3A 3P1GA 4KB1A 4KHQA 4M45A 4LY7A 4AH9A 4ZHRA 5SWMA 4DQPA 3QO9A 5C25A 1BCMA 2OPQA 3V1RA 4E1MA 3KK3A 3OYHA 1DTQA 3TAFA 1U45A 3VQ4A 3AO5A 1CZ9A 3C6UA 3RMAA 2HHSA 3KIOA 1VSFA 1WLJA 3K5LA 3D45A 2G8FA 1J54A 1S6QA 1IG9A 2G8UA 2KFZA 4EP5A 1FKOA 4N76A 4BWJA 1VRUA 4M3WA 1UA0A 4KHYA 2RKIA 2VG5A 3TARA 4NCAA 3L2UA 2AJQA 3AVIA 1RT5A 4DTUA 2WONA 3DLEA 4DFMA 4KHUA 2DFFA 3I0RA 4C8NA 3OJSA 1RBRA 4DS5A 3NF6A 3TI0A 3DLKA 1IKYA 5KI6A 4KI6A 1RTIA 3ZSYA 4HUFA 1JLQA 1RBTA 1K6YA 1REVA 4IG3A 5CYMA 4CEQA 2Y1JA 1L5UA 2PYLA 1JLFA 4CEOA 4R5PA 1N6QA 4KO0A 3OY9A 2O4GA 2A1SA 3QEVA 4ZTJA 1L3SA 2G8VA 3AO4A 3VQDA 5E41A 4FM2A 4DU4A 1LW2A 4ELUA 4W5RA 3PV8A 3LPTA 3KKRA 4CF2A 3DOLA 1LV5A 3AO1A 4IKFA 2YKNA 3LAMA 3HXMA 2RN2A 3CG7A 1KLMA 1ASUA 3OYFA 4NYNA 2GUIA 3AVHA 3C6TA 3OYGA 2WOMA 3MXJA 4C8LA 4KRFA 4OPJA 5I42A 3F9KA 1C1AA 3EY1A 4FJHA 1XWLA 2PZSA 4DSLA 2EHGA 3SQ2A 1JLBA 1GOAA 1CXQA 1WSEA 4CGHA 3NGIA 4DQRA 4J2EA 4B08A 4E19A 4F2SA 1A5XA 4CFAA 3OYBA 5FROA 4M3UA 3QLHA 2YHBA 4IFVA 3M8QA 4RW8A 4FVMA 4CF0A 4FM0A 3LPUA 3K57A 4DS4A 4ZTFA 1Q8IA 2VG7A 3VQCA 1U04A 3VA0A 4OLBA 1J53A 3EZ5A 2F8TA 3KKSA 2KTQA 4BDPA 4DSKA 1BHLA 4KI4A 1CXUA 1QHTA 3MEDA 4I2QA 4PQUA 3CM5A 3NBPA 4O44A 1WSHA 1NK8A 2IS3A 1ASVA 3SUQA 1QSSA 1YTAA 2OPRA 5KGXA 4FZZA 4W5TA 1QS4A 2YV0X 3QIOA 4Z4HA 4BACA 4CERA 4DFPA 1J5OA 2B6AA 1D9DA 2P51A 3BDPA 1VSHA 1B92A 1R0AA 4F2RA 1SKWA 2YHAA 2Z1JA 3OYLA 3T1AA 3DLBA 5FRNA 4E89A 5C24A 3OYEA 1RDAA 3S3OA 4PWDA 4N47A 1WN7A 3OYIA 3LDSA 5HBMA 2W42A 2XY8A 4CJFA 3LP2A 3HL8A 4FK4A 1UAXA 5D3GA 1VSJA 4CJKA 2G8WA 1RTJA 4FJXA 1S5JA 3AVGA 3AA4A 4DU3A 4CHPA 3SQ4A 3CM6A 1U48A 1FXXA 3IS9A 1DTTA 2O4IA 1JLGA 1VSIA 2HNZA 3A2FA 2BANA 2NUBA 3DLGA 3HPGA 3KK1A 3V4IA 2G8IA 3M8PA 4RG8A 3NF8A 1QE1A 4N41A 1HJRA 4DSIA 1J9AA 1VSDA 4Z4IA 4GW6A 1JXBA 2G8HA 3B6OA 4IFYA 3ITHA 4FZXC 3T19A 3RR8A 4JLHA 5CYQA 1BQMA 1N5YA 1WSJA 1NJYA 2FBVA 5CY4A 3LZIA 2ETJA 3K5OA 3EYZA 4J2BA 3AVKA 3CFPA 2E4LA 1UWBA 1TL1A 3L2RA 1SKRA 1ITGA 3LANA 3KLGA 4GMJB 3L8BA 4CJWA 4FJ7A 5KRTA 1FKPA 1RTHA 4XIUA 3DMJA 4G1QA 4JS5A 4DF8A 4FLZA 3NH1A 1C0UA 4CIGA 4DF4A 4CIFA 3V9UA 1XHZA 1EXQA 1TK8A 1WNSA 1WSIA 3MEGA 4Y1DA 1QTMA 4DTPA 2KQ2A 1X1PA 2ZE2A 3NFAA 4H4OA 4YNQA 3M8RA 4DSFA 4DTXA 3V81A 2OPPA 4HHTA 3RRGA 4H8KA 4FJLA 2HHQA 4HUGA 1IKWA 1XI1A 4E7JA 1HPZA 3NF9A 5DK5A 4AHUA 1BL3A 1NK7A 1SL0A 1S9GA 2D0AA 4OGEA 4M3RA 2XRIA 4AHRA 4CEAA 1UOCA 4J2AA 1IO2A 3QNOA 1C6VA 4DQSA 1NJWA 1HQEA 4E1NA 1BI4A 4AHCA 1T03A 4FW2A 2KZZA 3VQAA 4KV8A 3S9HA 3SCXA 3P5JA 3AVFA 1Q9YA 5K14A 4DSJA 4B9UA 4DQQA 2YNIA 1U47A 1NJZA 1KRPA 4F8RA 4CEFA 4O55A 5KRSA 1T7PA 2HHUA 1RT2A 2BE2A 4IG0A 3PO5A 3OYJA 3LAKA 4AHTA 3HPHA 4IBNA 3T3FA 4B9SA 4CCHA 3TABA 4FLYA 4M3ZA 3LALA 3V9ZA 1SKSA 1NK6A 4DG1A 4DTOA 4FLXA 3QNNA 4B9MA 4PUOA 3RMDA 1HNIA 4CK2A 4B8CA 3VQQA 1TK5A 5JS1A 2LSNA 4DTMA 3PO4A 5J2NA 1WSGA 4RW6A 3DLRA 1L3TA 3OYNA 3ZSWA 4DFJA 4HUEA 4CEZA 4ID1A 1YTUA 4H4MA 4OKEA 4CHNA 5C42A 1W0HA 1C1CA 1SL2A 4AILC 2GV9A 1LW0A 4CJ3A 5FRMA 3K2PA 3WNEA 3PX0A 1U49A 1RTDA 4BE2A 5FDLA 4Y1CA 1RDDA 3TANA 1X9WA 4FJ5A 3O3HA 4QAGA 4DMNA 3SNNA 1HYZA 3CYMA 3NH0A 4M3XA 4Z0UA 1JKHA 1A5WA 1RT4A 4FJKA 4NCGA 4ELTA 1KFDA 3L3VA 3HSTB 4C8MA 3NHGA 4QOZB 1RBUA 2DY4A 1BCOA 1S6PA 4KTQA 3IAYA 4M42A 4RW7A 3WNGA 3OYAA 1TL3A 3SJJA 1Y97A 4B9VA 1I39A 3ZSXA 2IOCA 4I7FA 1S1UA 2P5OA 4KHWA 1WAJA 1L3VA 3U3YA 4W5NA 2E6LA 3ZSVA 5I3UA 1F21A 4BE1A 3H08A 3K5MA 4DFKA 1C0MA 2FBTA 4FW1A 1LWEA 4CHYA 2VWJA 3LP3A 1BI4B 4J2DA 1TVRA 4KTZA 3C94A 1B9DA 1G15A 1ZBIA 4CGIA 4FLTA 4FCYA 5J2MA 5HP1A 3SUOA 3HYFA 1QSYA 2DFEA 1CZBA 4KHSA 3JYTA 4Z4FA 4FJNA 3LP0A 3HT3A 1ZBLA 1NOYA 4ID5A 3DRPA 3AO2A 1HYSA 4CJTA 3SV4A 1BQNA 4CJRA 1JLEA 1WSFA 3VA3A 4N56A 3QINA 3HM9A 1VSKA 1ASWA 4O5BA 3O3FA 2XY6A 1KSPA 2QKBA 2HHVA 1A5VA 3QIPA 5KGWA 4C8KA 3RMBA 3NGYA 5DMRA 4CJVA 1VSLA 4F3OA 3AO3A 4HTUA 4DU1A 4CGGA 3ISNC 3NF7A 4NYFA 3ASMA 2B4JA 1RT6A 4CF1A 3ULDA 1BIUA 4Z4CA 3WNHA 3CQ8A 3E01A 3TAEA 2E6MA 4CJLA 3ZT4A 2OA8A 4Z4GA 4Q0BA 3M8SA 2HVHA 3OYMA 4FJGA 1O1WA 1TKZA 3LWLA 4DTJA 1QSLA 1BGXT 4WE1A 2OZSA 3HJFA 1DLOA 1GOBA 4CE9A 3L2WA 1KVCA 3TAGA 1RCHA 1NKBA 2JGUA 4I9QA 2XY7A 3O4NA 1GOCA 4CK1A 1TAQA 4O0IA 1ZBUA 3TAMA 4CHQA 3D0PA 3V9XA 2EX3A 5HRPA 2PY5A 1L3UA 3AVBA 4CJUA 3WNFA 3KJVA 3I8DA 3VQ5A 3ZT3A 3FFIA 1C1BA 1SL1A 1HRHA 4LH4A 2FBXA 1LAWA 3K59A 1SUQA 4B8AB 3AVAA 4DWIA 3RRHA 4LSNA 4CGDA 1EKEA 4ELVA 4TSXA 2D0BA 1C0TA 3QEWA 2R7YA 2FBYA 4FLWA 2G8KA 5J1EA 2HMIA 3U3GA 3TAQA 3PY8A 4CJ5A 4KHNA 2Y1IA 4DLGA 3QERA 1FK9A 4FJIA 2OPSA 2A1RA 5SZTA 3ZT1A 3HVTA 1U4BA 1Z26A 4AHVA 4B9NA 3ALYA 1UA1A 4E7IA 2KFNA 3VQEA 2D0CA 1JL1A 4GVMA 3NCIA 3ZT2A 1S9EA 3P83D 4OVLA 3ZCMA 3KLEA 3SUPA 3SPZA 4KB0A 3RTVA 4B9TA 2F96A 3IG1A 1KFSA 2HW3A 5HRSA 5JS2A 5T7BA 3OS2A 1NK5A 1TKTA 1VRTA 3VQBA 3SZ2A 2DFHA 2HHWA 4BDYA 4E3SA 4FJ8A 4ICLA 3AVCA 2FC0A 4F4KA 2ZQBA 4I2PA 4W5OA 1KCFA 2P1JA 4CHZA 1NKEA 4CGJA 3SUNA 3RR7A 4BE0A 2BGGA 2VG6A 3C95A 4DTNA 3TAPA 1RBVA 2HNYA 5HLFA 2PYJA 2P5GA 4KAZA 1VSMA 4AHSA 4JRQA 4M3YA 5CZ2A 1MU2A 3NE6A 2OZMA 3VQ6A 4CF9A 2Z1GA 4CJ4A 1KTQA 3QETA 3MAQA 3QESA 5J2PA 4BDZA 1BIZA 3MXMA 1IH7A 3DYAA 3L2VA 2X6NA 2I5JA 3ZSOA 4K8ZA 3AVJA 3DI6A 3ZT0A 3PUFA 4W5QA 3AV9A 3QEPA 4OKKA 2X6SA 3RWUA 1ZBHA 1HQUA 2HB5A 2HNDA 4OGCA 4OPKA 3JSMA 3NH2A 2Z1HA 5KTQA 2JLEA 1D5AA 1VSEA 3AA2A 3KLIA 3U6FA 4FJMA 3VQ9A 3RMCA 4FJ9A 4OJRA 4EZ9A 2YNHA 1TK0A 4PA1A 1JLCA 1D8YA 3DOKA 1S1XA 4CJSA 1YVUA 4PY5A 4BWMA 3OJUA 4F3TA 4I9LA 3CFOA 1RDCA 2Z1IA 1WAFA 1X9SA 3NGZA 2GBZA 4DLEA 1XC9A 1T05A 3SQ1A 2DTUA 4Q5VA 4C8OA 3OS0A 1RNHA 1IKVA 1TAUA 1HNVA 4DTRA 4NCBA 2HHTA 3I0SA 1TV6A 4CESA 1JXEA 1NK4A 3B6PA 3V1QA 4CGFA 1RBSA 2RF2A 4CF8A 3OYCA 4FM1A 3SV3A 3SI6A 4LH5A 1ZBFA 4LD0A 4KTWA 5HRRA 3PX6A 3KLFA 3OYKA 3CFRA 4HCCA 3K5NA 1RILA 3SYZA 2ITGA 4FLUA 5CZ1A 4EP4A 4FZYA 2IAJA 5HRNA 2HVIA 3OS1A 1EX4A 1TKXA 2D5RA 2YKMA 3AVNA 4CEDA 4JRPA 4DTSA 3QEIA 1EP4A 4YFUA 4DSEA 3SQ0A 3S3NA 4HVJA 2XHBA 1NK9A 4KPYA 2OYQA 2HHXA 1NOZA 4MQ3A 4CFDA 3K58A 4CFBA 3AVLA 4KFBA 4EZ6A 3HP6A 2KZMA 2Q3SA 4RW4A 3VQ7A 4QCLA 1RDBA 2VWKA 3NAEA 5EU7A 4FJJA 4FK0A 4HCBA 2QKKA 2IGIA 4FYDA 3MEEA 4OLAA 3V9SA 3AA5X 3KK2A 3QEXA 1KLNA 4E0DA 1BISA 3MXIA 4L8RB 4IDKA 1LAVA 4JS4A 3V6DA 3SPYA 3HVRA 1JL2A 3IRXA 3OVNA 2B5JA 4O4GA 4RW9A 1B9FA 1TKDA 3L2QA 1D9FA 2F8SA 2IC3A 3DRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJPA 3AAPA 1M1KO 4B3OA 3VGKA 1CZAN 3KLHA 2GX9A 3O1BA 2KW4A 1EETA 4FPBA 2F9WA 3ZSQA 2ATQA 2NRTA 1Q9XA 3GE1A 4BRCA 4IWVA 3QFUA 4CI6A 4K0KK 4FWOA 3KZBA 3DM2A 4BRNA 5AZJA 1RT3A 2WC9A 3VQ8A 3KD1E 4B9LA 3L3UA 3C7NB 5AQKA 3TR8A 4YOVA 2HOEA 3GOIA 3O08A 1BWFO 3V1OA 1G99A 2IDOA 5HROA 1HKGA 4QOZB 4LSLA 3AVMA 3UKRB 1RT1A 4EHUA 1KVBA 3K0SA 3LWMA 4E7KA 4DQIA 1M90O 2QXFA 3TPQA 3VF6A 4H5WA 3H1QA 2P9UA 3VEOA 1TUUA 4KHQA 4OO1J 5B8HA 4E1MA 3WT0A 3VQ4A 3RMAA 4BC5A 2G8FA 4BRLA 3D45A 1S6QA 2G8UA 4N76A 1UA0A 3TARA 3AVIA 3HTVA 1RT5A 3DXKB 4YOWA 5AQWA 1NGDA 4C8NA 1YI2N 3VESA 3C65A 2P9PA 3DLKA 3O80A 4BG8A 1JLQA 2YHYA 1REVA 4IG3A 5CYMA 4JI2K 1L5UA 1N34K 4IOAL 4CEOA 1N6QA 4O8UA 1Y64A 2HF4A 2HBKA 2O8BA 1YXQA 1YVNA 1L3SA 4FWQA 5E41A 4FM2A 4DV7K 4DU4A 4ELUA 3LPTA 3DOLA 3M1FA 3CJAA 5M1KA 5FPDA 2YKNA 1HX1A 3TTDA 4A57A 3OYFA 1ASUA 4B9QA 4NYNA 4C8LA 2FSJA 2QTDA 4DSLA 1SAZA 3SQ2A 1JLBA 1GOAA 5IT9O 4DQRA 3NMUA 4B08A 4DV5K 1DGKN 3QLHA 4DS4A 3LPUA 3K57A 5M1NA 1U6ZA 3EZ5A 2F8TA 2E20A 2KTQA 4BDPA 4DSKA 1P90A 3L4IA 4PQUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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