4CGDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgdA00
3HL8A 2GBZA 4KHQA 4JRQA 3SPYA 5HP1A 1JLQA 1WSGA 3CFRA 4CF1A 3M8QA 3LZIA 2QK9A 3VQCA 3O3GA 4O44A 3AA4A 1B9FA 1CZ9A 3IS9A 5I3UA 4N5SA 2XY8A 3SV4A 4KREA 3TARA 4DSJA 2LSNA 2OZSA 1RTJA 1HYZA 2HHWA 4ELUA 4Y1CA 4RG8A 4DTUA 5CZ2A 3CFPA 4CHYA 3TAQA 4FJJA 3KK3A 4E7HA 1YTUA 1ZBHA 2G8IA 4DFJA 1TKTA 4CHQA 1C6VA 3V81A 4Z0UA 3OVNA 5HLFA 5JS2A 5CYMA 3NF8A 2O4IA 3HVRA 4B9LA 1CZBA 4CGDA 1NK6A 4N76A 4CE9A 4K8ZA 4FYDA 1JLFA 2HB5A 1QS4A 1CLQA 2A1SA 2VG6A 2IDOA 3CYMA 3ZT2A 2HHTA 1O1WA 4OJRA 2F8TA 4M3WA 3DRPA 4FJMA 2YHAA 1UA0A 1JLCA 2JLEA 3ZSVA 4J2AA 3OYJA 2D0AA 4B9TA 4EZ6A 2RN2A 4N56A 4FJLA 3AV9A 2XY7A 3S3MA 5SWMA 3DLHA 4DF8A 2VG7A 4E7IA 3LWLA 1W0HA 4CEZA 1JKHA 4HUGA 2DY4A 1T03A 1K6YA 1KFDA 4DU4A 2QKKA 1BISA 1BI4A 1RBTA 4IG3A 3THVA 4DFPA 2HHSA 1RT1A 2GUIA 3NGYA 3OYKA 4KPYA 3QIPA 3VQ6A 2FBXA 3OYDA 1WAFA 4LSLA 4NCAA 1SUQA 3VQ7A 3OYMA 3AA5X 1XHXA 3DYAA 3AVFA 3VN5A 3NE6A 3C6TA 5J2MA 1SL2A 1NOZA 1D9FA 1W9HA 1WNSA 2Y1JA 2PZSA 3SUNA 4E1MA 4M3TA 4F3TA 1BQMA 4DTMA 3IRXA 4O5BA 1FKPA 1QE1A 2P1JA 1QQCA 4L8RB 4KI6A 4EP4A 2HHQA 3AVIA 4CJTA 1UOCA 3OJSA 5SZTA 4DTRA 4ID5A 4W5QA 3ZT0A 1S1VA 5HRPA 4FLVA 4HUFA 4E3SA 1S1WA 3OYEA 1S6QA 3KLIA 1C0TA 1CXQA 1NK4A 3HK2A 3DI6A 4ZTFA 4PUOA 4CGGA 1SL0A 1X1PA 4O0JA 4OLBA 2OA8A 3U6FA 1BIUA 1KVBA 1VSFA 4LSNA 1IO2A 4LY7A 1LAWA 3ULDA 3KJVA 2YV0X 3K57A 3D0PA 4FW2A 3SZ2A 3QERA 2KW4A 4CF9A 2YKMA 1WSEA 4FZZA 1RDBA 3AA3A 3ZSYA 4FCYA 1T7PA 1ZBIA 1REVA 1RTHA 3T19A 4KHYA 4FXDA 1R0AA 3MECA 4CJEA 1GOAA 4Z4CA 4RW4A 4KB0A 3U3YA 3M8PA 2FBYA 4E7LA 2ITGA 1IKWA 1IKYA 4XIUA 3NCIA 4C8MA 1VSIA 3MEGA 3RMAA 1KLNA 1EKEA 4NYNA 1WSFA 1WSIA 1U04A 1YTAA 4BDYA 4FJXA 5FRMA 3OYCA 1U48A 1I3AA 1Y97A 4RW9A 3MEEA 3DRSA 4R5PA 1TGOA 1HMVA 3JYTA 1ITGA 3FFIA 4CESA 4FJHA 3V1OA 1ZBFA 2JGUA 3ZSXA 4B9MA 4HHTA 3UIQA 4M3YA 1S6PA 4CJKA 3DLGA 1GOCA 1HPZA 3JSMA 2EHGA 3V4IA 3SQ2A 5HBMA 4ELTA 3A2FA 4DU1A 3RRHA 2OYQA 4DWIA 3AA2A 3LZJA 3HPGA 1JXBA 1RTDA 4FLTA 5HRNA 4CIGA 4CJSA 1TAUA 1RT4A 4LH5A 4K8XA 4KRFA 3DOLA 2HVIA 2WONA 5DMRA 4DQRA 4KV8A 3PY8A 5D3GA 2IAJA 1RT2A 4OVLA 3L2UA 3DLKA 1NKCA 1Q9YA 4B9NA 3AVLA 3VQAA 4H8KA 3O3FA 4H4OA 3KLEA 2YNGA 3LPUA 1T05A 2Z1JA 3K2PA 4E7KA 1NK7A 5KGXA 3KKSA 3NF7A 2E6MA 3HSTB 1S1TA 4CIEA 3KLHA 4FM1A 3ZCMA 3V6DA 4FJGA 3NBPA 4BDPA 3AVGA 1B9DA 1BI4B 1KVCA 2YNFA 3DMJA 3CFOA 4DS5A 3K59A 1BGXT 3RR7A 1LWEA 3M8RA 2OZMA 3L3UA 3KTQA 3OYAA 2X78A 4CHPA 5DK5A 3SUOA 3ITHA 3MXMA 1HNVA 2HNDA 4CEAA 3O4NA 1KTQA 1TV6A 2YNHA 1C0MA 4DQQA 2KTQA 3LDSA 3SUPA 3VQBA 3HPOA 4CJRA 1L5UA 4AH9A 4CHNA 4YNQA 3PX6A 1JLBA 4FK4A 2KZMA 4CHOA 1TKZA 2D5RA 3OS2A 3ISNC 1NK5A 3RMDA 1HJRA 1KVAA 4CJ3A 3SPZA 4BDZA 3HP6A 1RILA 1WSJA 4C8LA 4FJ8A 1WLJA 2NUBA 5K14A 2G8FA 4DQIA 3SQ0A 4E19A 3ZSQA 4DQSA 4OPKA 3VA0A 1S9GA 3NH1A 3RR8A 4AILC 5HROA 4W5NA 2D0BA 3RRGA 3KIOA 3I0RA 1SKWA 3K5LA 2VG5A 1HRHA 1J54A 1QSLA 1RT5A 3PX0A 4AHRA 3V9WA 4O55A 3K5OA 2XO7A 3PO4A 5KRSA 4CFAA 3IG1A 3AO1A 5J2NA 1JL1A 2HNZA 4CK3A 3TAPA 4CEEA 4AHVA 3SYZA 4B3OA 1JLEA 1XC9A 1NKEA 1UAXA 3KD1E 4FLWA 3C95A 3LALA 4FZYA 1HYSA 1IKVA 5C24A 4G1QA 1LW0A 1RDDA 2ATQA 4OPJA 3L8BA 3QINA 4J2DA 4OGEA 3TAFA 2RKIA 2IC3A 4B08A 4YFUA 2HHUA 3S3OA 3HP9A 1TAQA 5CY4A 3OYNA 2R7YA 4DFKA 3AVKA 4JLHA 2HW3A 3EYZA 1C1BA 1RDAA 4DSLA 2Q3SA 3B6PA 4WE1A 3VQ4A 4CEQA 1RT6A 3TI0A 5T7BA 2KZZA 1BL3A 1RBVA 4J2EA 1SL1A 4DTXA 1D5AA 4PWDA 3OS0A 3SV3A 1C0UA 1ASWA 4OGCA 1CXUA 3DM2A 1X9MA 4IBNA 1RDCA 2Y1IA 4PY5A 2HHXA 4DLGA 4F3OA 1WAJA 1RCHA 3L2RA 1RT7A 3QIOA 3QNNA 4JS5A 4DS4A 3O4QA 1VSLA 3K58A 4I9QA 3OS1A 5J2PA 1JXEA 4KTWA 2GV9A 1EXQA 2YHBA 4KO0A 3V1QA 3WNHA 1NK0A 3HXMA 2DTUA 2BGGA 5KI6A 1LV5A 1J5OA 4ZTJA 3WNGA 1XHZA 1IG9A 3OYGA 1U4BA 3QO9A 1RT3A 3DOKA 4CECA 1EETA 4DMNA 3V1RA 1L3TA 3SCXA 3ZSOA 1S5JA 3HVTA 3HYFA 4HVJA 1NK8A 1WN7A 4E0DA 3QLHA 2XRIA 3AO4A 1UA1A 1NJXA 4RW8A 3I0SA 2FBTA 4Y1DA 4FVMA 1D9DA 4BE0A 4PA1A 1DLOA 1ZBUA 1LAVA 3QETA 1GOBA 1U49A 4MFBA 1QSSA 3NGZA 1TL1A 2O4GA 4Z4GA 2QKBA 3P5JA 3LP3A 4HCBA 3K5MA 2YNIA 1S1UA 5KRTA 4B9UA 4FLUA 1XWLA 1NOYA 3K5NA 4CJUA 1VSJA 3LPTA 4FJ5A 3SNNA 3DLBA 2ZE2A 4M3UA 1J9AA 1YVUA 3VQ9A 1B92A 3QEIA 2G8KA 4F2RA 5KTQA 4ELVA 3AVBA 3PV8A 4Z4FA 4BACA 2G8UA 2A1RA 3TR8A 4MQ3A 1TL3A 1HQEA 1S1XA 4I2QA 1QSYA 1TK8A 1J53A 2Z1IA 2FC0A 5KGWA 4E89A 4B8CA 1EP4A 1IH7A 4DTSA 2VWJA 3SI6A 1NJYA 3L2VA 4Z4HA 1X9WA 3NH2A 4RW7A 3QNOA 1SKSA 2KFNA 5JS1A 4CGFA 3L3VA 4I9LA 3EY1A 4FJ9A 5I42A 2W42A 2OPSA 2AJQA 1KFSA 1A5WA 2Z1HA 1HYVA 4CF0A 4CFBA 4W5OA 3RMBA 4AHUA 1NJWA 2G8HA 1BHLA 2RF2A 1I39A 3VQ8A 4DTNA 3S9HA 4KKOA 5E41A 1L3VA 4F8RA 4FJKA 4H4MA 4KHNA 4Z4EA 3AO3A 2X6NA 2Z1GA 4M3RA 4BE1A 3AO5A 3HT3A 1TVRA 1VSHA 4W5TA 3OYIA 3MEDA 4FLZA 3AVNA 3L2QA 2VWKA 4DTOA 1G15A 1FKOA 4CEBA 2IGIA 4FLYA 1RBSA 3V9ZA 4HCCA 3LWMA 4IFYA 1D8YA 3P83D 4J2BA 2PYLA 2XHBA 4HTUA 3ZSWA 1ZBLA 1U47A 4IDKA 3F73A 1SKRA 4GVMA 1RBUA 4OKKA 2XY6A 4Z4IA 2ETJA 2WOMA 2G8WA 1HQUA 3VQDA 5CZ1A 4O0IA 4FLXA 3QEVA 3RWUA 4CJLA 1KCFA 2HHVA 2BE2A 1NKBA 3MXJA 4W5RA 2HVHA 4CK2A 2QXFA 4RW6A 5FDLA 1UWBA 3RMCA 4CF8A 3MXIA 1TKXA 2DFHA 1RBRA 4CCHA 1BIZA 5C25A 3VQEA 3NFAA 4I7FA 4CF2A 4AHCA 1NK9A 4CFCA 3CQ8A 4CIFA 1KRPA 4CJPA 2X74A 3NH0A 3KK1A 4DSEA 1N6QA 4N47A 4CEOA 1XI1A 3AVCA 3NF9A 4UQGA 2ZD1A 3E01A 1VRTA 4BWJA 1VSMA 3NF6A 2IS3A 2OPQA 1ZYQA 1VK0A 1QHTA 3QESA 4KTQA 2FBVA 3OJUA 4CEDA 4DLEA 2P5GA 3ZT4A 2D0CA 3VQQA 5J2QA 4M3ZA 1TKDA 2F8SA 1BQNA 3RTVA 4CK1A 4FZXC 1L3UA 4B9VA 3WNFA 1VSDA 3DLEA 3BDPA 3IAYA 4CFDA 3KKRA 2RPIA 2BANA 2ZQBA 4KB1A 2OPRA 2B5JA 3HM9A 2EX3A 2OPPA 1U45A 2DFFA 1JLAA 3PUFA 4O4GA 1F21A 4DTJA 1VRUA 4TSXA 3M8SA 3VQ5A 1KSPA 3LP0A 4DTPA 3ZT1A 4M41A 1A5VA 4CGHA 4N41A 4OLAA 4DF4A 2YKNA 3BGRA 4F4KA 4C8NA 3AVJA 3ZSRA 4FJIA 4ID1A 3VQPA 1EX4A 2E6LA 3C94A 4QAGA 1RNHA 4CJWA 3DLRA 3OYBA 4DU3A 4DSIA 3NDKA 3QEPA 3S3NA 4PQUA 1L3SA 4KHWA 2PYJA 1N5YA 3CM6A 1FXXA 3AVHA 3KLFA 1JLGA 2HMIA 3VA3A 3SQ4A 1TK0A 1DTQA 3PO5A 4JRPA 4DSFA 4FK0A 4B8AB 1SV5A 3AO2A 4IFVA 4BWMA 4IG0A 4FW1A 4OKJA 1FK9A 3V9XA 4KAZA 5EU7A 4IKFA 3CM5A 5CYQA 3NGIA 3C6UA 3HJFA 3MAQA 3O3HA 2I5JA 2KFZA 3AVAA 1RTIA 3G0ZA 4FK2A 4C8OA 4GW6A 1YT3A 4LD0A 4Q0BA 3KD5E 3F9KA 4ICLA 4AHTA 3NAEA 3LP1A 1Z25A 2E4LA 1QTMA 2BDPA 3ZT3A 3TAMA 4FM0A 3P1GA 4I2PA 1LWFA 3EZ5A 1Z26A 3TWHA 1ASVA 4KFBA 4FJ7A 2DFEA 3HO1A 2XY5A 1NJZA 1ASUA 1BCMA 2B4JA 4GMJB 5HRRA 4CJQA 4CGJA 4CJ4A 3U3GA 4M45A 3WNEA 3NHGA 3L2WA 3KK2A 2B6AA 1WSHA 1S9EA 1C1CA 4EP5A 3I8DA 4M42A 2PY5A 3G10A 4FM2A 4C8KA 4LH4A 4CJVA 2IOCA 4EZ9A 4KI4A 2F96A 3DRRA 3HPHA 3TAEA 4NCGA 3OYHA 1HNIA 3T1AA 5FROA 4KHSA 1KLMA 4DG1A 2G8VA 2P51A 3SUQA 1C1AA 3KLGA 2P5OA 3H08A 1X9SA 4CEFA 4OKEA 4CJFA 1LWCA 4CHZA 3CG7A 4E7JA 4FJNA 4Q5VA 3SJJA 4DQPA 4QOZB 4ZHRA 3OY9A 3OYLA 3QEXA 4CERA 1MU2A 3AVMA 1VSEA 4NYFA 3ZSZA 4HUEA 1Q9XA 1TK5A 1BCOA 2KQ2A 4M3XA 4E1NA 1DTTA 1A5XA 4AHSA 3V9UA 3LP2A 1VSKA 5FRNA 3V9SA 4B9SA 4KHUA 4KTZA 3LANA 4CGIA 1Q8IA 1IKXA 1LW2A 3TAGA 2HNYA 3PX4A 3SQ1A 5J1EA 1T8EA 3LAKA 2X6SA 4DFMA 3T3FA 3ALYA 3TABA 4F2SA 4QCLA 4CJ5A 4JS4A 4NCBA 4BE2A 3QEWA 3D45A 3TANA 3B6OA 5C42A 3LAMA 4DSKA 5HRSA 1JL2A 3ASMA 3OYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHQA 2GBZA 4DUZK 1JLQA 4CF1A 3LZIA 3OW2M 1KD1O 4JI5K 1B9FA 1RGIA 1CZ9A 3IS9A 4N5SA 4HTLA 3TARA 3WXKA 4WQ5A 4C1NK 4ELUA 4MDAA 4Y1CA 5MLCQ 3BUZB 5JMVA 5CZ2A 3CFPA 4CVNE 3TAQA 4JI0K 2PAVA 2G8IA 4XH5A 4DFJA 1SS6A 3DXMB 2NNWA 2WC9A 3OVNA 5HLFA 4JV5K 5BN8A 3VPZA 1JLFA 2HB5A 4BRQA 1CLQA 2A1SA 3CYMA 2HHTA 4M3WA 5C12A 5BN9A 4DR7K 4J2AA 4BC4A 3NVKA 1N33K 3LDQA 2D0AA 4N56A 3SK3A 4R79A 2YJEA 3S3MA 5SWMA 4DF8A 3LWLA 1JKHA 1T03A 1KFDA 4DU4A 2QKKA 1BISA 1RT1A 1HKCA 2FBXA 3OYDA 4UY8O 1SUQA 2F9TA 3OYMA 3AA5X 4DQPA 3NE6A 1NOZA 1H1VA 1W9HA 1Y64A 4YOXA 4DTMA 4BR4A 4O5BA 4F9OA 1JJ2M 1NJIO 3MX2A 4MO5A 4DTRA 2A5XA 4BR2A 4HUFA 3KLIA 1ATNA 4PUOA 4RWTA 1LAWA 3ULDA 2UUCK 4FOEA 2YKMA 3CMEN 1ZBIA 1REVA 4FXDA 2Q97A 3MECA 1GOAA 4Z4CA 3O80A 3M8PA 1J6ZA 3EL2A 3AARA 1EO1A 1IKYA 4XIUA 3RMAA 4LF8K 2QI2A 3IMXA 4XH4A 2P9NB 1U04A 4BDYA 4FJXA 4BREA 1LOTB 3KWIA 4RW9A 3H46O 5JVGL 4R5PA 3JYTA 4FWSA 4CESA 1N36K 1NMDA 3HOSA 4GV9A 5KPZA 4CJKA 1XUPO 3CQXA 5AQJA 4ELTA 3A2FA 2OYQA 4DWIA 1ZC6A 3R1XA 3R9PA 4K42A 2KHOA 4WQ4C 4CJSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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