4CGFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgfA00
1BQMA 3ZT0A 1NOYA 4TSXA 4F3TA 3SQ4A 2KQ2A 3LWMA 1TKDA 1S1WA 3M8PA 4W5RA 3RMBA 1K6YA 4EZ9A 3DMJA 4CIEA 2XY6A 3MECA 3LAKA 1Y97A 4DFKA 2D0AA 1UA1A 3TI0A 3DM2A 3MEGA 2D0BA 3HYFA 4ICLA 4CHQA 1IG9A 3LAMA 5HBMA 2G8HA 1KFDA 3RWUA 3ZT4A 4CJPA 4CJEA 2O4GA 4M3XA 3PV8A 1TAUA 1CZBA 4FJKA 1TK5A 3SV4A 3C94A 3OYEA 3L3VA 1QQCA 4Z4CA 1U48A 4ELTA 4E89A 1QE1A 1A5XA 3DLKA 4R5PA 4E7LA 4KHQA 3L2UA 3QIPA 3KIOA 4M41A 4CJTA 1NKCA 1NK6A 2I5JA 1C6VA 1HNIA 2FBYA 4W5OA 3SYZA 4DQPA 3ZSZA 4E1NA 3DRRA 3KK3A 2Q3SA 1CLQA 1DTQA 4DLGA 5C25A 1NK5A 3HK2A 5HRRA 4O55A 3OYGA 1W0HA 1J54A 1RT2A 1T8EA 2F96A 3KLFA 1I3AA 4LSLA 3HT3A 4DU1A 1JLBA 5HROA 1N6QA 3NGIA 1WSEA 1JXEA 3DLGA 1LWEA 2RPIA 2Z1HA 3OYHA 1NK4A 3OYFA 1TK0A 4C8LA 3ZSYA 4KHSA 5I42A 4WE1A 1LWFA 2YKNA 4CJKA 4B9TA 3HVTA 4J2AA 4CJ4A 3QIOA 4IBNA 1VRTA 4I2QA 3EZ5A 4AILC 5J2NA 4FLXA 4FJIA 3ZSRA 5C24A 2X6NA 4FLTA 3MXMA 2OPSA 2VWJA 2P1JA 3C95A 4FJGA 4AHRA 3V1OA 1NJWA 4W5TA 3V9ZA 3SUNA 1C0TA 1XHXA 3LP0A 4FLZA 1NJXA 4GVMA 3PO5A 1JXBA 4K8XA 2PYJA 3K2PA 1QS4A 2G8WA 2HHVA 5HRNA 1LAWA 3SNNA 4NCBA 3AVFA 5J2PA 5J1EA 4FK4A 3U6FA 4IFYA 2R7YA 4B9UA 3TAEA 3ULDA 1S6PA 1WSIA 5HP1A 1HNVA 1XC9A 4DFJA 1QSLA 4FJJA 4H4OA 4B8AB 3AVNA 1NK0A 2HVHA 2O4IA 2A1SA 1DLOA 3DRSA 4DTMA 1W9HA 2G8FA 1BHLA 1U45A 1HQUA 3E01A 4RW7A 3JSMA 4EP5A 4KTQA 1RT1A 1VSJA 2FC0A 1C0MA 1FXXA 2EX3A 2RF2A 3SCXA 3T1AA 2NUBA 1S1VA 2DY4A 2G8IA 1ASUA 1VSFA 3EYZA 3AA4A 4DTNA 4Z4IA 4AH9A 1B9FA 2HMIA 2XY8A 3QEWA 1N5YA 3C6UA 1TK8A 4J2EA 1UAXA 3AO5A 1G15A 3OS1A 1NKBA 1RDBA 3O4NA 1B9DA 2WOMA 2VG7A 2VG5A 3HP9A 3TAQA 4FJ8A 1GOAA 1HMVA 3KK2A 3MEEA 5JS1A 4M45A 1MU2A 3WNFA 4RW9A 2G8UA 4ELUA 4RG8A 4LH4A 3CFPA 1T03A 2X6SA 2RN2A 4OJRA 4F2RA 3RMAA 3THVA 3QETA 3BGRA 4DTRA 3TAPA 1BCOA 3QINA 3QLHA 2IDOA 5SWMA 3AV9A 4DQIA 3TAMA 1HYZA 3OYAA 1ZBIA 3KK1A 1L3VA 2HHXA 3RMDA 3SUPA 1EXQA 5CZ2A 4PA1A 1UOCA 1XWLA 4CJRA 4DU3A 1QSYA 1YTUA 2FBXA 3HL8A 4H8KA 1X9SA 2QKKA 2RKIA 2G8VA 3HJFA 1Q9YA 2ZD1A 3SPYA 3PO4A 2BANA 4CF0A 3OYCA 4HHTA 1VSEA 3LZJA 3L2WA 1VRUA 1FKPA 2IOCA 3F9KA 2YV0X 4CJSA 1RT3A 5KRTA 3ZSXA 1XHZA 2OA8A 4CF9A 4KI6A 4CIFA 2HHWA 1HJRA 3DLBA 1BCMA 4E1MA 4CERA 3OYIA 3KD5E 4KTZA 3MXIA 3HSTB 3RMCA 4PY5A 1ZBFA 1BQNA 3LP3A 4CK3A 3OS0A 1T05A 1D9FA 4RW8A 4HUEA 1CXUA 5HRSA 2D5RA 3V1RA 3D0PA 1BGXT 1RDCA 1QSSA 4O4GA 1VSIA 5DMRA 4ZHRA 1C0UA 4JLHA 3ISNC 1L3UA 4HVJA 3AO3A 1RCHA 4HCBA 4CJ5A 2E4LA 3NHGA 4N47A 1S1UA 5HRPA 3ZSOA 3OYMA 3QEVA 3DLRA 3VQ7A 1LWCA 3RR8A 1Q8IA 3U3GA 3CYMA 4M3RA 4BWMA 4J2BA 4BDZA 1QTMA 3TABA 4DLEA 4E7IA 4CF1A 2DFEA 3NF7A 4KKOA 4FLWA 3V6DA 1HRHA 4FLYA 4DQRA 2W42A 3NH1A 4DG1A 2JLEA 3OJSA 1JLFA 1F21A 1VSHA 2OZMA 1S6QA 2OYQA 1ZBHA 4CECA 3VQ4A 3F73A 3ZCMA 2B4JA 4KTWA 1C1AA 4C8KA 3M8QA 4C8NA 5FDLA 2XY7A 4PWDA 4ID5A 4N5SA 4DSFA 3I8DA 4NYFA 3ZSVA 4J2DA 3WNEA 4DTPA 2B6AA 2IS3A 3CM6A 4OKKA 1R0AA 4Q0BA 5KGXA 4OLAA 4IG3A 2XO7A 1U47A 4CE9A 3G0ZA 1JL1A 3SJJA 1UWBA 4RW4A 5E41A 2ETJA 3VQ9A 3HPGA 4B9NA 4FJHA 3MAQA 4CEEA 3NF6A 4OPKA 3NGYA 4DSIA 3KJVA 4I9LA 3VQEA 2XHBA 3VQ8A 4BDYA 4HCCA 1KVAA 2OPQA 3B6OA 3AO1A 3IS9A 2IC3A 4CFCA 1J9AA 5T7BA 4HUGA 3P1GA 1L3TA 4FK0A 3OS2A 4CHNA 5DK5A 3PUFA 3S9HA 1WSJA 1WSGA 1ASVA 3L3UA 4JRQA 4H4MA 3LP1A 1O1WA 4KHYA 4KFBA 3RRHA 2YHAA 3SUOA 2HHTA 4FJ7A 3OJUA 1SUQA 3TAGA 3O3HA 1LW0A 3UIQA 5J2QA 4W5NA 3QO9A 1SL1A 1UA0A 4M42A 4G1QA 3M8RA 4M3WA 3VQAA 1RILA 3SUQA 2PYLA 4DF8A 4DFMA 1JLGA 3K5NA 3VN5A 4QAGA 3M8SA 1BIUA 1RBSA 1D9DA 4M3TA 3AO4A 3JYTA 3SQ0A 2X78A 3MEDA 2HNDA 3HPOA 2X74A 4F3OA 3CQ8A 1HQEA 3NF8A 4FZYA 2E6MA 3PY8A 4B9MA 4O5BA 2KZZA 1BL3A 2GBZA 3AVJA 1TV6A 4O0IA 4M3UA 5C42A 3LWLA 4NCGA 1KSPA 1KFSA 1RBTA 4CCHA 1X9WA 2VG6A 1TAQA 4E7HA 3PX0A 4CHPA 4FK2A 1RDDA 3ZT3A 1B92A 4E7JA 4KHUA 1JLEA 4JRPA 2HVIA 1C1CA 1KCFA 3HM9A 5CY4A 4FJLA 4BE2A 1EP4A 3AVLA 3NFAA 4KREA 2AJQA 4N41A 2YNIA 5HLFA 4AHSA 4KB1A 3QERA 2G8KA 2YHBA 4BE1A 2P5GA 2KFZA 4Y1DA 4Q5VA 3RR7A 4O0JA 4Z4FA 4OGEA 1RTDA 3NF9A 2XRIA 3O3GA 4I2PA 2KW4A 5KRSA 1L3SA 5FROA 4ZTFA 1CXQA 1SL0A 2Y1JA 4CFAA 4CFBA 2WONA 2IGIA 3KLHA 3VA0A 1VSLA 1TGOA 4MQ3A 1TKZA 3AVHA 2LSNA 1U04A 4JS4A 4PUOA 2HHSA 1QHTA 4OVLA 2F8SA 3SQ1A 1RT5A 3NE6A 3HVRA 3V9XA 3TWHA 4BE0A 2PZSA 3LPTA 1ITGA 3K57A 4Z0UA 4DQQA 1WLJA 4DMNA 4CESA 4CGDA 3V9UA 3SI6A 1TVRA 3NH0A 3S3NA 3HXMA 3TAFA 2YNFA 3TR8A 1RNHA 3OYKA 3BDPA 1ASWA 4FCYA 4IFVA 3VQ6A 1GOCA 3QEPA 2E6LA 1J53A 4HTUA 4DSEA 4CGHA 3EY1A 1RBUA 4NCAA 2YNHA 5FRMA 4FM1A 1KVCA 4DTXA 1WAJA 2GV9A 3AA2A 3V9SA 5FRNA 4LD0A 4CK2A 4OKJA 1RBRA 4HUFA 1J5OA 3OVNA 4DF4A 3DI6A 4CK1A 4AHTA 4LSNA 4ZTJA 2BE2A 4AHCA 1D8YA 5KTQA 4QCLA 1T7PA 3LZIA 4CHOA 3CM5A 4OKEA 1ZYQA 2FBTA 4KHNA 3AVBA 3O3FA 3L8BA 3ASMA 3OYJA 3OYDA 3QNNA 4Z4HA 4I9QA 4CJLA 3ZT1A 4CEQA 4FJ5A 4CIGA 4B8CA 4GMJB 4CEFA 4CEBA 4FW2A 5KI6A 4DSJA 1EKEA 4Z4GA 2EHGA 3MXJA 1IH7A 3T19A 4CJUA 4PQUA 1IKXA 1VSMA 4IG0A 1GOBA 1RT6A 3KKRA 3K5MA 3NGZA 4E7KA 4OPJA 3S3MA 4CGJA 1U4BA 4NYNA 1SKWA 3HO1A 2QKBA 1S5JA 2OZSA 3DOLA 4YNQA 3V4IA 1D5AA 3KLEA 5CYMA 4DQSA 3AA5X 3KD1E 4KRFA 4LY7A 3K5LA 4M3ZA 3AVCA 4N76A 1RBVA 1LV5A 1XI1A 4CFDA 2P51A 2A1RA 3DLHA 4L8RB 4FXDA 1RTHA 3VQQA 4FM2A 1SKSA 4IKFA 4MFBA 1JLCA 1S9EA 3DYAA 2GUIA 4F2SA 4FM0A 3AVGA 3V1QA 4ELVA 4CJWA 4FJ9A 4E0DA 4XIUA 3LANA 3QEXA 1YTAA 3VQDA 3WNGA 1REVA 2OPRA 3DLEA 4CHZA 4FZZA 4DU4A 1RT4A 4CGGA 3VQCA 1ZBLA 3FFIA 2JGUA 3L2VA 4K8ZA 4FJXA 1TKTA 4BACA 2Y1IA 4CF2A 2PY5A 1TL1A 3K5OA 3AO2A 4CGFA 4OGCA 1RTIA 2IAJA 3DRPA 3ITHA 4FZXC 3VQBA 1RDAA 5I3UA 1NK8A 3OYNA 3OY9A 2F8TA 4QOZB 3LDSA 3PX4A 4M3YA 4AHUA 1JLAA 3QEIA 4CGIA 4CHYA 3NBPA 4CJQA 4DTSA 4E19A 3SV3A 4BDPA 2Z1IA 2FBVA 2B5JA 3OYLA 4F4KA 1BI4B 4DTUA 3KLIA 5EU7A 4YFUA 2HNYA 3V81A 4EZ6A 1LW2A 2Z1JA 1SKRA 4KHWA 4FW1A 2KTQA 2BDPA 1L5UA 1FK9A 1S1TA 4I7FA 2P5OA 5D3GA 3IG1A 2HHUA 2QXFA 1BISA 1VSKA 4AHVA 4B08A 4CJVA 4E3SA 3U3YA 5KGWA 4Y1CA 1KVBA 3KKSA 1NJYA 4RW6A 3QNOA 2ITGA 2Z1GA 4Z4EA 1HYSA 1Z26A 3K58A 3V9WA 3LPUA 2XY5A 3B6PA 3VQPA 1YT3A 5CZ1A 4DSKA 1FKOA 1KLMA 1LAVA 2ZE2A 1IO2A 1IKVA 3S3OA 4FYDA 2BGGA 2HHQA 3QESA 4FJMA 4B3OA 2DTUA 3AA3A 1TKXA 2DFFA 2ZQBA 1Z25A 4W5QA 2KZMA 3L2QA 1VSDA 5J2MA 1NOZA 4CEDA 4DFPA 4BWJA 4CEOA 3WNHA 3LP2A 3ZSWA 4KB0A 1I39A 1IKYA 1NK9A 1JLQA 3SZ2A 4KPYA 1JL2A 1TL3A 3CG7A 3NH2A 3SQ2A 3OYBA 3DOKA 4N56A 1Q9XA 1KLNA 3RRGA 3O4QA 1JKHA 2VWKA 1KTQA 1WSFA 2OPPA 3G10A 1IKWA 3VQ5A 4KO0A 4CEAA 2YKMA 3ALYA 1SL2A 1BI4A 2DFHA 4KI4A 1EETA 4EP4A 1WAFA 3AVAA 1X9MA 4GW6A 3IAYA 1HPZA 1U49A 1X1PA 4LH5A 4KV8A 3P83D 5SZTA 4DTJA 3NDKA 2YNGA 3P5JA 4CF8A 3K59A 4JS5A 3PX6A 3KTQA 3CFOA 3L2RA 1NKEA 4F8RA 4DS4A 3AVIA 4FLUA 1VK0A 3CFRA 2HW3A 5JS2A 1EX4A 4DTOA 4KAZA 3D45A 3ZT2A 1KRPA 1WNSA 4FJNA 5K14A 4FVMA 4DWIA 4FLVA 4CJ3A 1BIZA 1RTJA 3I0SA 3NAEA 1A5WA 1HYVA 3AVMA 3HP6A 3TANA 4B9SA 4C8OA 4DSLA 3T3FA 2D0CA 1S1XA 1DTTA 4UQGA 2HB5A 2KFNA 3AVKA 1SV5A 1NJZA 4ID1A 3NCIA 3TARA 1WN7A 3HPHA 4C8MA 3A2FA 3C6TA 3IRXA 4DS5A 5CYQA 3KLGA 3H08A 2ATQA 1RT7A 1ZBUA 1WSHA 2QK9A 1YVUA 3VA3A 3ZSQA 3SPZA 3I0RA 1S9GA 4IDKA 1CZ9A 1A5VA 4CEZA 2HNZA 1C1BA 4B9VA 4O44A 4B9LA 3LALA 1NK7A 4OLBA 3RTVA 4CJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT0A 2UUCK 4F3TA 1TKDA 5E84A 2Q0UA 3SBGA 4BQLA 4I6MA 1Y97A 4DV4K 2D0AA 5F1XA 1YF5L 4JI8K 2KKZA 3LAMA 4JK7A 2FSJA 3RWUA 3EE8A 3PV8A 1CZBA 3QBXA 3C94A 3MCAB 2NLXA 4KHQA 1QE1A 2O8DB 3CCSN 1WOQA 2FLOA 3KIOA 4M41A 2VYPA 1C6VA 3DXMB 4CZFA 2OANA 1YI2N 1EWRA 1CLQA 3CPEA 2RE2A 5C25A 4CI6A 3OYGA 1NG9A 1W0HA 3W0LA 3H46O 1N6QA 3NGIA 4RWTA 4C8LA 5I42A 4DR5K 1WB9A 1BU6O 1KQSM 4AILC 4WFAL 1X9JA 1NLVA 2X6NA 5AQTA 2OPSA 2VWJA 4FJGA 4FWOA 3VF4A 4W5TA 1C0TA 3LP0A 1NJXA 3G71N 3ATVA 4IEEA 1NGEA 1QS4A 2NRXA 2HHVA 2O8DA 5AQQA 4JKGA 1LAWA 1IBLK 3AVFA 4F9OA 1IBMK 1Q86O 3A5MC 2AP1A 1XMQK 1S6PA 4FWSA 1NK0A 4DQ8A 2A1SA 3R8EA 2YHYA 1BDGA 3JSMA 4RW7A 4EP5A 4KTQA 2E88A 1FXXA 2A3ZA 5KPTA 2F9TA 3SCXA 3T1AA 1S1VA 1VSFA 3L4IA 1KAZA 3EYZA 2BH1A 1Y64A 4BRMA 3QEWA 4J2EA 1NKBA 4KH4A 2VG5A 5JS1A 3MEEA 4M45A 4RW9A 4BRCA 3FLCO 3MWTA 4NXNK 2QA4N 2YJEA 3THVA 4NLCA 3QETA 1NMDA 1BCOA 3QINA 4DQIA 3LDNA 3TAMA 3OYAA 2CH6A 3KK1A 4CD3A 3RMDA 4PA1A 3N4QA 4CZIA 5TKWA 3HJFA 4KH6A 4AF1A 4CF0A 4YOUA 1YIJN 2E5LK 4HHTA 4CJSA 1FKPA 3L6QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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