4CGIA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgiA00
3OYEA 3V1OA 3KKSA 4CIEA 2DFFA 1HPZA 3L2UA 3B6OA 1KVBA 2W42A 4CHOA 4IKFA 4E1MA 3ZSVA 2Q3SA 4M3TA 4FXDA 4CGIA 1C6VA 1DLOA 1UWBA 4KB1A 3TR8A 4MFBA 3NF9A 5KI6A 4HUGA 3NF7A 4O44A 4CEDA 4FLVA 4DTSA 4DTNA 2B6AA 3SQ1A 1TK5A 4JRPA 2OYQA 4O5BA 4C8KA 4OLAA 2P51A 3AVAA 4CEQA 4J2EA 4Y1DA 1GOAA 5HRRA 3VQ5A 3K2PA 2NUBA 1U04A 1RCHA 2LSNA 4KTWA 2P1JA 3AVIA 3HO1A 1R0AA 4BDPA 3ZSQA 2FBVA 1HJRA 3ZSRA 3I0SA 1U49A 2D5RA 3M8PA 4DU1A 4HCBA 1TAUA 3AA4A 1TV6A 4KV8A 1VK0A 3VQ4A 1C1CA 3JSMA 4EP4A 4ELVA 3NH1A 3ZSWA 4TSXA 3NE6A 3IAYA 1ZBLA 3PUFA 3KLHA 1HMVA 1NK0A 4W5NA 5C24A 1SKSA 4RW8A 5FRMA 1ZBIA 4Z4HA 4YNQA 3OY9A 3HK2A 4GMJB 3ZSYA 4RG8A 4OJRA 4B9LA 2WONA 1TKTA 3DLRA 1SL2A 1JLCA 4J2AA 3HJFA 4DSLA 3K5NA 4IBNA 2OPSA 3HPOA 3SPZA 4IDKA 1YTAA 2OPQA 4EZ6A 1BQMA 3AO3A 1JLBA 5HBMA 4J2BA 4BE0A 1RDDA 3AO2A 4KHUA 2OPPA 2RKIA 1LAWA 4FLZA 2FBXA 3C94A 1FXXA 1NKBA 3DOKA 1TK0A 3OYFA 4FJ8A 4M3UA 3OYJA 3CQ8A 4UQGA 4ZTJA 1RBTA 1RDCA 3SQ0A 4KREA 4W5TA 2EHGA 3B6PA 3SV4A 1RBRA 3AVBA 3CFRA 5CYMA 2OZSA 2QK9A 1CZ9A 2YHBA 1QSSA 1QHTA 3E01A 3OYBA 4RW9A 1VSDA 3LP2A 3VN5A 5EU7A 1S1XA 4FJKA 3RTVA 1RDAA 1UA1A 4O0IA 5J2QA 3RRGA 1IO2A 4KTZA 4CF9A 4GW6A 3NAEA 4DTXA 3SUQA 4E19A 5KRTA 4ELUA 2HHSA 5J1EA 3V6DA 1Z25A 4BWMA 2AJQA 3EYZA 1HYVA 1LWEA 1TGOA 3OJUA 4CEOA 3QIPA 4FM0A 2JLEA 2YNHA 4G1QA 3KK3A 1TKXA 2ZE2A 4OKJA 4I9QA 3ZSXA 4Z4EA 4E7JA 1IKWA 2FBTA 2YKMA 3C95A 2KFZA 4JS5A 2XY8A 3NBPA 5HRSA 4ID5A 1BCOA 1NJYA 4NCAA 3KKRA 1UA0A 4LH5A 3QEWA 2HHXA 1ZBUA 3TARA 1WSEA 1VSLA 2VWJA 1XHZA 4DSEA 1S1TA 4CJ3A 3QEXA 4I2QA 3S9HA 1Q8IA 3OVNA 4FJNA 3LDSA 3HVTA 3QO9A 4AHUA 2B4JA 3NGIA 4KHYA 1TL1A 5KGXA 1SKRA 1S9GA 3SQ2A 4PQUA 4CJPA 1G15A 1XC9A 1JXEA 5D3GA 2DY4A 2E6MA 2VWKA 2YV0X 3MEEA 1JLAA 4ZHRA 1K6YA 3UIQA 4I2PA 4CF8A 2Z1JA 3LP3A 4H8KA 1TKDA 4CJEA 4CEEA 4J2DA 1WNSA 5T7BA 4FK4A 1VSKA 1TKZA 3KJVA 4CJLA 4DMNA 4DSIA 3ASMA 5HRNA 1C0MA 4F2SA 4HUFA 1JXBA 4DQPA 4KPYA 4QOZB 4CGHA 1RTIA 2BANA 3MAQA 2OA8A 1U48A 3AO4A 1NOYA 2BGGA 1ZBFA 4C8NA 3WNFA 3ITHA 1A5WA 3T3FA 5KTQA 2IOCA 1TAQA 3CM5A 3HT3A 1S6QA 3QLHA 3TAFA 3LWMA 4DG1A 1B9FA 1WSIA 3LAKA 4RW7A 3VQQA 4CESA 1LV5A 2ITGA 1DTTA 2VG5A 3DRSA 3K59A 4CEBA 3ZCMA 3SNNA 1U4BA 1NK6A 4FJHA 4M45A 3U3GA 4HVJA 3QEPA 3IS9A 3MXIA 1WAFA 3RR7A 2EX3A 1BCMA 1I3AA 1FKOA 1X9SA 2XY7A 4CEZA 1N5YA 4DFMA 5HLFA 4CJTA 4CEFA 3AA2A 3HL8A 2G8FA 1KVCA 3ZT3A 3VQ7A 4B9VA 1HYSA 1KSPA 4QCLA 3O4NA 2DTUA 4FJ9A 4OGCA 4DSKA 2X74A 1IKXA 1LAVA 2GV9A 3AA5X 3VQAA 3OYKA 4E7HA 2BDPA 3OS1A 4FM2A 1D9FA 3VQ8A 4FJ7A 1X9WA 3KK1A 2FC0A 3SUPA 2A1RA 3PX6A 2G8IA 1QSYA 1L3TA 2R7YA 5JS2A 4CHQA 4KO0A 4LSNA 1VSHA 4HTUA 3WNHA 1RNHA 2HHWA 2G8UA 4B9TA 3DM2A 4DWIA 2IS3A 3V1RA 2VG6A 5KGWA 2YNIA 4KAZA 4E0DA 4M3RA 1LWCA 2PYLA 3O3FA 1D5AA 5CY4A 4FYDA 5DK5A 4YFUA 1MU2A 3ALYA 4O4GA 2QKBA 4FLTA 3I0RA 4ID1A 2E6LA 1RBUA 5HP1A 1CXUA 2VG7A 3O3GA 1C0UA 3SPYA 4FJLA 3DOLA 1X9MA 3D45A 3ZT4A 3RR8A 4HUEA 1JLGA 4DS4A 3THVA 1NKEA 3VQDA 3OYMA 1LW0A 1YVUA 3ZT0A 3VA0A 2ZD1A 2HHTA 3LALA 4E3SA 1VSEA 3C6TA 4OKEA 3ZSZA 4FLUA 1L3SA 4B9MA 4FJIA 1QQCA 5JS1A 3ZT2A 4E7KA 1REVA 2QKKA 3PV8A 5KRSA 3K58A 1XWLA 3DRRA 3G0ZA 4O55A 1S6PA 2YNGA 5SZTA 3HSTB 1EKEA 4DQSA 1LW2A 4PY5A 3OYCA 1IH7A 2G8KA 4ELTA 2QXFA 3DRPA 1BI4B 3RMAA 4AHCA 4LH4A 3C6UA 4E89A 1C0TA 4CIFA 3TABA 2KW4A 2RPIA 2RN2A 4CGFA 3NH2A 4CECA 4HHTA 1KRPA 4FM1A 1C1BA 4PA1A 3QNNA 3WNEA 3QESA 3SV3A 1CXQA 5DMRA 3QETA 3TAGA 4DF4A 1Q9YA 4F8RA 4E7IA 2KFNA 4KI4A 2Z1GA 1B9DA 1BQNA 3DLEA 3SYZA 1O1WA 2XRIA 3MECA 4L8RB 2X78A 4H4MA 1NJZA 4KHWA 4IFYA 1C1AA 3BDPA 4OLBA 2X6SA 2BE2A 4NYNA 4LD0A 3ZSOA 3OS0A 3P1GA 1YTUA 3ZT1A 4CF1A 4CJ4A 4DQIA 4W5OA 3HVRA 3KD5E 2HHVA 3HP9A 4CJFA 4DTRA 4FJGA 4W5RA 3QINA 3CM6A 4CJSA 3OS2A 4NCBA 3M8RA 4KTQA 4CCHA 4CFBA 2IC3A 5CZ2A 2PYJA 1KFSA 3KD1E 3BGRA 4GVMA 2OZMA 4IG3A 1ITGA 1SV5A 1S1WA 2XHBA 4DFKA 2Y1IA 4FJXA 4FZZA 3TAEA 4PUOA 1Z26A 4CHNA 3S3OA 3VQ6A 2YNFA 3DLGA 4HCCA 4KI6A 1I39A 1WSJA 3QERA 1U47A 1SL1A 1RT5A 4WE1A 1UAXA 5E41A 2IDOA 1SL0A 4I7FA 3LPUA 1A5VA 3L2VA 4N76A 1BI4A 2X6NA 3VQEA 4B08A 1QS4A 4CHYA 1B92A 2IGIA 4OPJA 3KLGA 1T05A 1D9DA 3NFAA 4Z4FA 1RBSA 1W9HA 1KVAA 2YHAA 3V9XA 3RMDA 3AO5A 3O3HA 4AH9A 3OYGA 3M8SA 5I42A 3EZ5A 4N56A 4B9UA 3L3UA 1TK8A 3U6FA 5C42A 3S3NA 3L3VA 4DSFA 2KZMA 2RF2A 4B9SA 3NF8A 1RT3A 2KQ2A 4R5PA 4BE1A 3QEVA 1VSIA 3AVNA 3NGZA 1TVRA 1D8YA 1EX4A 3SUNA 1BIZA 4CHPA 4CHZA 4W5QA 1CLQA 5C25A 2A1SA 1A5XA 1S5JA 3DI6A 4M41A 3V9UA 3AVHA 1RT2A 3HPHA 1TL3A 4CGGA 3AVLA 3PO5A 4M3XA 2D0BA 2DFEA 4O0JA 1LWFA 3DMJA 3L8BA 4ZTFA 1GOBA 3KLIA 1IG9A 3NH0A 4CF0A 3RWUA 4E1NA 4AHSA 4BE2A 2F8TA 5FDLA 3T1AA 2O4GA 3RRHA 4DSJA 4FLWA 4FZYA 4M3ZA 3FFIA 4C8MA 3LP0A 5K14A 3SI6A 2KTQA 1VSJA 4XIUA 2ZQBA 1VSMA 1L3VA 1NOZA 4ICLA 4C8OA 1WSFA 1FK9A 1RT7A 1WLJA 3TANA 4KHNA 1RT6A 4IFVA 4F4KA 3IRXA 3L2QA 4CK2A 3PO4A 1VRUA 5J2MA 4AHVA 1ASUA 4KHSA 2KZZA 1UOCA 1JL1A 1CZBA 3G10A 2G8HA 4Z4CA 2HNDA 4CJKA 3U3YA 1ZBHA 1GOCA 1HQUA 4FK2A 4C8LA 2DFHA 3P5JA 4FLYA 3TWHA 3V9WA 1XI1A 3OJSA 1U45A 1EP4A 3VQBA 4FK0A 3QNOA 3AVKA 1XHXA 4LY7A 3K5MA 2O4IA 2WOMA 4FJMA 3AO1A 3MXJA 1EETA 1RDBA 1RT1A 4KB0A 2ATQA 4Y1CA 5FRNA 1NKCA 3TAMA 3HYFA 1HNIA 3KTQA 4K8ZA 2XY5A 1RTHA 4FJ5A 1BIUA 3AVFA 3OYDA 3KK2A 5CZ1A 1NK4A 1RT4A 4MQ3A 1J54A 4DTUA 3CYMA 4JRQA 1YT3A 2GUIA 3F9KA 3RMCA 1HYZA 3NGYA 3HP6A 1T7PA 3V9ZA 4OGEA 2HHQA 4I9LA 4DU3A 3AVGA 4Q0BA 4BDYA 1DTQA 3V4IA 4AILC 1WSGA 1J9AA 3OYHA 2D0AA 4KHQA 4CJWA 3A2FA 4CJVA 3DLKA 4Z4IA 1RBVA 3AV9A 4F2RA 3AA3A 4B8AB 3EY1A 1RTDA 4CFDA 3ISNC 5SWMA 1JKHA 3CFPA 4CJUA 1BISA 3OYAA 2HMIA 4Q5VA 4FW2A 4DFPA 4DTOA 3SJJA 2HNZA 1WN7A 3LAMA 4N5SA 2IAJA 4CERA 3JYTA 4FLXA 2XO7A 3L2WA 4DTJA 2XY6A 1X1PA 2ETJA 4B8CA 3PX0A 1N6QA 3CFOA 3SQ4A 1VSFA 3M8QA 3MEDA 3LZJA 3SUOA 2Z1IA 1NJWA 4DU4A 4IG0A 1S1VA 4M42A 3DYAA 4QAGA 4LSLA 4AHRA 4CE9A 4CGDA 3KIOA 3L2RA 3KLFA 2G8VA 3PY8A 1IKYA 3AVCA 3AVMA 2G8WA 4K8XA 3NCIA 1J5OA 1NK7A 4FJJA 2HHUA 5J2NA 4N41A 1J53A 4CGJA 4RW4A 2JGUA 3VQ9A 2P5GA 4OVLA 4N47A 1WSHA 2Y1JA 1Y97A 4B9NA 3IG1A 4BACA 3LP1A 4CJ5A 1NK5A 3P83D 4FCYA 3TAQA 1T03A 1S1UA 2E4LA 3WNGA 1KLMA 3HPGA 4CFCA 3LWLA 3NHGA 1W0HA 2GBZA 4KKOA 3TI0A 3DLHA 1BHLA 1HNVA 4FW1A 1S9EA 3OYNA 4Z0UA 3HM9A 4DS5A 1KCFA 2YKNA 4OKKA 3SCXA 1EXQA 3MEGA 3TAPA 3DLBA 5I3UA 3MXMA 1IKVA 1QSLA 4F3OA 4JS4A 4B3OA 2OPRA 2HB5A 1JLFA 3ULDA 5FROA 3VA3A 2HW3A 3S3MA 2HVHA 3QIOA 4DFJA 4DF8A 4KRFA 3OYLA 5J2PA 4Z4GA 3V9SA 1ZYQA 1ASWA 4DQRA 2FBYA 2D0CA 1QE1A 4FZXC 2F8SA 2PZSA 4DQQA 1QTMA 4FVMA 4CFAA 1KTQA 3K5OA 3VQPA 4EZ9A 4DTMA 3D0PA 3LPTA 4OPKA 4DLGA 4NYFA 3O4QA 4AHTA 3V81A 4F3TA 4PWDA 1L3UA 1KFDA 3H08A 5HROA 4CK3A 1HQEA 4E7LA 1JLEA 4CK1A 4BDZA 1F21A 1HRHA 1NK8A 2HVIA 1T8EA 4CEAA 2HNYA 3LANA 4CJRA 1FKPA 4KFBA 1ASVA 4RW6A 4CJQA 3I8DA 1RILA 3V1QA 1KLNA 2Z1HA 3HXMA 3SZ2A 1JL2A 1VRTA 2P5OA 1SKWA 4EP5A 1Q9XA 1SUQA 3RMBA 2PY5A 4CIGA 3VQCA 1JLQA 4NCGA 3NF6A 3K5LA 2F96A 1WAJA 4BWJA 2I5JA 1L5UA 3T19A 4M3YA 4H4OA 3CG7A 1RTJA 4CF2A 3NDKA 3OYIA 4JLHA 5CYQA 3LZIA 3AVJA 5HRPA 3PX4A 1NK9A 4M3WA 3F73A 4DTPA 4DLEA 1BL3A 2B5JA 3QEIA 3K57A 1NJXA 3KLEA 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZLA 3KKSA 2DFFA 2IVPA 3DXKA 3L2UA 4M3TA 1UWBA 4M7YA 4WFBL 1D4XA 4FLVA 2YI1A 4IEEA 3ENHA 3FGUA 2V7ZA 4JI7K 2V51B 2NRVA 4Y1DA 3BF3A 1H1VA 4BRPA 3N4QA 2P1JA 1R0AA 4DU1A 1TAUA 1OH8A 3JSMA 4EP4A 3IAYA 1ZBLA 1HMVA 1SKSA 4KH4A 3VEZA 2AP1A 2QM1A 5KQDA 1XUPO 4QS7A 4B9LA 3DLRA 1TKTA 5M1FA 5AQPA 1SL2A 3HJFA 4H0PA 3ATVA 1RDDA 4CZGA 4FLZA 2FBXA 4ZTJA 2O8BA 3SQ0A 5C2FA 2E1YA 2EHGA 3B6PA 4BVPA 3SV4A 4CZLA 3CFRA 5AQYA 5CYMA 2QK9A 1QHTA 4FOEA 4RW9A 3LP2A 4ISGA 1S1XA 1T44A 5J2QA 1N36K 1IO2A 3NAEA 4DTXA 5KRTA 5AQIA 4DV7K 3QMLA 3O1WA 1LWEA 2O8EA 4ISEA 2E2QA 4WQ4A 3ZEUA 4OKJA 3ZSXA 2PFUA 1YITN 2A42A 3VMFB 3FLCO 4L3QA 2XY8A 5EVZA 5E26A 3HTVA 1NMDA 3QFUA 5E84A 4LF6K 1P90A 4AHUA 2B4JA 3U8XA 3NVKA 5KGXA 1S9GA 3SQ2A 4CJPA 1XC9A 1JXEA 4LF5K 5D3GA 2DY4A 2E6MA 2V52B 2VWKA 3MEEA 4GNIA 4J2DA 4K42A 5HRNA 1C0MA 4F2SA 4YDUC 3CPWM 1ZBFA 4FOIA 3T3FA 4A59A 3LWMA 4FJ8A 1U4BA 3KK7A 3SNNA 2QWOA 4RWTA 2E2NA 3H3NO 3IS9A 1HKBA 3CI5A 1X9SA 4CEZA 5HLFA 4CEFA 3HL8A 1J5EK 1KVCA 3VQ7A 4BRDA 5AQMA 4FJ9A 1IKXA 3AA5X 3AAPA 3VQAA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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