4CHZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 151
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chzA00
4BE2A 3WNEA 3ZSZA 1LV5A 5KGWA 1QTMA 1XWLA 2RKIA 4YNQA 1HNIA 3O3FA 3TR8A 2OPRA 2WOMA 3ZSVA 4BE1A 4FLUA 4EP5A 1KTQA 3AVKA 2HHWA 1FKPA 4CIGA 4DTRA 1QHTA 2Z1IA 4ID1A 1J5OA 2G8KA 5J2PA 4HCCA 4IKFA 4Q5VA 2Y1JA 1VRUA 4B8CA 1BI4B 4M41A 3LWLA 2KFZA 2P5OA 4M3XA 1S1XA 3IRXA 1Q8IA 3ULDA 4ZTJA 1NK9A 1KLNA 4L8RB 1NK7A 1DTQA 4CF0A 1WSHA 3JSMA 4F3OA 1RDAA 2E6MA 2HHXA 3PY8A 2ETJA 3L3VA 3CM6A 4PQUA 4CFBA 4FLYA 4KFBA 3S3NA 3ZSOA 1ITGA 1VRTA 2FC0A 3NHGA 4DQRA 1I3AA 1QQCA 1VK0A 3LP1A 2XY8A 3ITHA 4DU1A 4NCAA 1S1VA 1O1WA 2B5JA 4NYNA 3VA3A 4KRFA 1WNSA 4FZZA 3A2FA 4CGIA 1NOYA 1Y97A 3MEGA 1C6VA 1C0TA 3SCXA 1QS4A 1QE1A 4LY7A 2FBTA 4CGDA 3OYMA 3SI6A 4FJGA 1C1BA 4DFPA 3D45A 4E7IA 1NJYA 3ZSYA 3O3HA 4N41A 4C8NA 4NCGA 3NH1A 1YVUA 4FLWA 1JXEA 3VQ8A 4M3ZA 1C0UA 3V4IA 1U48A 1JLEA 3RRHA 2A1SA 1KVAA 4BWJA 3K58A 2E6LA 3KK1A 3K57A 1IO2A 2Z1HA 4HTUA 3KLEA 3EZ5A 4LSNA 1SKSA 5FRMA 2WONA 2IAJA 2BANA 2OZSA 2KTQA 4AHTA 2G8VA 2VG7A 3DI6A 3ZT4A 4Z4GA 4CK2A 3D0PA 4CGFA 2F96A 1RT7A 4Y1CA 3ZT3A 3KLHA 3PUFA 2HNZA 1XC9A 1TV6A 2G8WA 2D5RA 3G10A 4DSJA 1RILA 2D0CA 2XY7A 1S1TA 2HNDA 1ZBLA 2HW3A 3AVGA 2VG5A 3DLRA 4JS4A 4OGCA 1VSMA 4PY5A 4FYDA 3CFOA 3KD1E 1KFDA 2P51A 3HSTB 4DTMA 1BCOA 4DU3A 3LP0A 3NH2A 1JLAA 3LANA 1J53A 3AO5A 3LPTA 3SQ4A 2O4IA 3S3MA 3OYGA 1J54A 1TVRA 3P83D 4FW2A 3ZSRA 3VQ7A 1TK0A 3QERA 4G1QA 4CJEA 1HJRA 4ELTA 3HP6A 3UIQA 1T05A 3O4QA 3U3YA 5E41A 4J2EA 4CE9A 4CF1A 1N5YA 2IC3A 1HQUA 3U3GA 3WNGA 2G8IA 2QKBA 3LAMA 3K2PA 3NGZA 4ZTFA 1SL2A 4FJIA 4QAGA 3OS1A 3HJFA 3AA2A 4B8AB 2XO7A 4FZYA 4Z0UA 1YTUA 2DFFA 4CEZA 3DYAA 3HPHA 4N47A 3C94A 1RTDA 2GV9A 4EP4A 4I7FA 2HHVA 4BDYA 1CZBA 1KLMA 2RF2A 3CG7A 3QETA 1NJXA 2XRIA 3AVHA 3BDPA 4F3TA 1JLGA 4DTOA 3LWMA 3ZT2A 1TK5A 3AVFA 3THVA 1LWEA 3AVBA 4CFAA 3HVTA 2W42A 4DTJA 3TAMA 3KD5E 4KKOA 2OZMA 4CEDA 4FK4A 3QIPA 1B9DA 1LAWA 4IFVA 3VQQA 4CEFA 3OYHA 2EX3A 1QSLA 1TKXA 3KIOA 3T1AA 4CJKA 3ZSWA 3K5NA 3AVLA 1SKRA 1KRPA 4OPJA 4Z4FA 3HP9A 1NK8A 4FXDA 1KVCA 2BE2A 3B6OA 3OVNA 4AH9A 1ASUA 2RN2A 4CJRA 3O4NA 5T7BA 1NJWA 4CCHA 3OYNA 1Z26A 4DSEA 2G8FA 5J2MA 2FBXA 3I0SA 5HBMA 4CEBA 4Z4EA 1YTAA 3ASMA 1ZYQA 5I42A 2X6SA 3HL8A 1U04A 2VG6A 1U47A 5FRNA 3MXMA 1RT2A 3C95A 3NH0A 3V9UA 2OYQA 4CJSA 4I9LA 5KRSA 4W5TA 1VSLA 1HYSA 3O3GA 1BL3A 1WSEA 2IS3A 2ZE2A 3OY9A 4DS5A 2HHUA 4E7LA 3SPYA 4O5BA 4DMNA 3RR7A 1ZBIA 3DOKA 4CHOA 1JL2A 4DF8A 4H4MA 3HT3A 3QEVA 1VSKA 1NKBA 4DFKA 1JLFA 2AJQA 1NK0A 4J2DA 1KFSA 4FLTA 4KAZA 4BDPA 3AV9A 4J2BA 4GMJB 1F21A 3HPGA 1BHLA 1BQNA 3KKSA 1LW0A 1BCMA 4OJRA 3NDKA 4B9NA 4FJJA 4CF2A 2Q3SA 3LDSA 3KJVA 3VQPA 3S3OA 1EETA 3AVIA 4RG8A 4OKJA 3OYLA 2P1JA 4E19A 1S1WA 3NGYA 4CF9A 3L2RA 4DF4A 3AVCA 1JLBA 4IBNA 3DMJA 4E7KA 5JS2A 3F73A 4KHYA 3MXJA 4RW6A 4B08A 4CERA 4E7HA 4FJ8A 1SL0A 2XY5A 1FKOA 4CHNA 4E7JA 3VQ5A 1U4BA 1WN7A 4I2QA 3TWHA 1REVA 2I5JA 4I9QA 3SYZA 1TKZA 4RW7A 3F9KA 2X74A 4B9LA 4DFMA 4CGHA 2HHTA 1WAFA 2OPSA 4IFYA 4F8RA 4N5SA 3RMAA 2FBYA 3BGRA 1D9FA 4E3SA 1D5AA 2Z1JA 3VQDA 3TARA 1DTTA 4WE1A 3NGIA 2G8UA 1RTJA 3LAKA 1C1AA 4CIFA 4OVLA 4EZ9A 3KK2A 2DTUA 3VQEA 4C8MA 3VQ9A 4JLHA 4DQIA 3ZCMA 1RT6A 3HK2A 5HRRA 4CK1A 1HMVA 1RDBA 4W5QA 3U6FA 4DTUA 1NOZA 3CM5A 4CFDA 4OPKA 1RT4A 1RDCA 1S5JA 3DRPA 4RW4A 2VWJA 2KQ2A 3I0RA 3L2VA 4FJLA 3MXIA 4M3TA 1K6YA 5DMRA 4F4KA 4CJPA 3OYJA 1I39A 2D0BA 2QK9A 1HRHA 4DQSA 3M8PA 5CY4A 4CECA 3SV4A 3KTQA 1RBUA 4E1NA 4O0IA 3TAEA 2DFEA 1IKYA 3KKRA 4MFBA 5HROA 3OJSA 1YT3A 1CXUA 1GOAA 4HUGA 1Q9XA 2KFNA 2P5GA 3RRGA 4H4OA 2E4LA 4JS5A 4ID5A 2GUIA 3ZT0A 5C24A 4DFJA 4HCBA 5CYMA 3QINA 3TI0A 4DTNA 1KSPA 3L8BA 3HO1A 3LZJA 2ATQA 4C8OA 3JYTA 3RMCA 3WNFA 4QCLA 3IG1A 3NF9A 3PX0A 1VSFA 2RPIA 4ICLA 4O4GA 5KGXA 2OPQA 5SZTA 1RNHA 1B92A 5HRSA 2Z1GA 1WSIA 3NF7A 1LWCA 4Z4IA 2DFHA 3T3FA 3SQ2A 1XHXA 2YNFA 3V9WA 4B9MA 3M8SA 2O4GA 1NK4A 2HHSA 1U49A 3AVNA 2YNIA 1HPZA 5HP1A 4IG3A 2JLEA 3C6TA 3RR8A 4KHQA 1RBRA 3LZIA 4K8XA 1CXQA 4CHZA 5C25A 3OYFA 4KB0A 3LALA 4Y1DA 4OLBA 5FROA 4Q0BA 3LP2A 1HQEA 1MU2A 3C6UA 3VQ6A 3DLGA 1X1PA 2FBVA 1EXQA 1A5XA 4KHNA 2R7YA 4CGJA 1KCFA 2Y1IA 3ZSXA 4N76A 4FJMA 1RT5A 4AHRA 3DLKA 3AVAA 1QSYA 3OS2A 4Z4HA 4KV8A 4FJ9A 3I8DA 4KO0A 4Z4CA 1BIUA 4XIUA 4OLAA 3KK3A 3AO2A 1JLCA 5HLFA 2B6AA 4DQPA 4CJLA 4DSKA 2IGIA 4RW8A 3QNOA 5C42A 3PX4A 4YFUA 4DTSA 1RT1A 4ELUA 2KZMA 3WNHA 1X9SA 3H08A 1FK9A 3AO3A 3DLBA 1UWBA 1UAXA 4FLZA 4DSFA 1WSFA 3PO4A 4EZ6A 1IKWA 3IS9A 1ASWA 4FM2A 3EYZA 4B9TA 4CEEA 4FZXC 3G0ZA 3B6PA 4DLEA 4CHQA 4PA1A 2ZQBA 1TL1A 1HYZA 1X9MA 3NBPA 5EU7A 3RMDA 3AVMA 3MAQA 4CEAA 4DS4A 4DU4A 3HM9A 3QEIA 4LSLA 3PO5A 4FJKA 2XHBA 4AHUA 4B9VA 4E0DA 1ZBHA 1S1UA 3SJJA 1A5WA 1RTHA 1WSJA 3P1GA 3QO9A 1C1CA 3OYDA 4KHSA 4KREA 4DTPA 4LH5A 3K5MA 1L3SA 2NUBA 3KLGA 4CJ4A 2YV0X 5J2QA 3RMBA 4CEOA 3NF6A 3TAGA 2OPPA 3CYMA 4FVMA 3MEDA 4FLVA 5J1EA 1S6QA 2HNYA 3L2UA 1VSDA 3NCIA 3SZ2A 2BDPA 2DY4A 2HB5A 3DM2A 3V1QA 1G15A 4CJFA 1IG9A 3VQCA 5DK5A 4W5RA 4FJHA 1JLQA 3QLHA 4PUOA 3OYKA 1XI1A 3CQ8A 1Z25A 2HVIA 3TANA 3VA0A 4M3WA 2B4JA 4CJ3A 1VSJA 1D8YA 1UOCA 1T7PA 2X6NA 4DLGA 4AHVA 5I3UA 1UA0A 3SQ1A 4KI6A 4CEQA 3KLFA 4E89A 4RW9A 4BACA 4IDKA 1NKCA 4DQQA 3ALYA 3DRRA 2YKMA 1D9DA 2HHQA 5CZ2A 1CLQA 1TAQA 1SUQA 4F2RA 4CJ5A 4CJQA 1IKXA 4FM1A 5HRPA 4IG0A 3KLIA 1N6QA 3VQAA 3V81A 1U45A 1IH7A 2QXFA 4B9SA 4B3OA 4CESA 1UA1A 4ZHRA 1BI4A 4BWMA 4JRPA 2GBZA 4AILC 1L3UA 4KTQA 4LD0A 4LH4A 2OA8A 4DSIA 4MQ3A 1NJZA 4M3YA 1TK8A 1S9GA 4KPYA 5JS1A 3NE6A 3P5JA 1RTIA 4M42A 4CJTA 2YNGA 1LW2A 3CFRA 4HHTA 4FLXA 3RWUA 3TAQA 3HVRA 5KI6A 3V9SA 5D3GA 2G8HA 4HUEA 1XHZA 3QEPA 4BE0A 4I2PA 3DOLA 5FDLA 3MECA 4FW1A 4O0JA 1T03A 4N56A 3HXMA 3VQ4A 1EX4A 2QKKA 4FJ7A 4PWDA 2BGGA 2YHBA 3SV3A 1R0AA 3NFAA 2YHAA 3HPOA 4FCYA 1VSIA 3OYAA 2LSNA 4CF8A 3QEXA 4KI4A 4ELVA 2HMIA 5HRNA 1EP4A 5CYQA 1TGOA 3AA3A 3V1OA 3V6DA 3SQ0A 4HVJA 4FK0A 1ASVA 3VQBA 1VSEA 4W5OA 3SPZA 4NYFA 2PZSA 2PY5A 4FM0A 2XY6A 4OKEA 2HVHA 1A5VA 3FFIA 4CGGA 3V1RA 1KVBA 4O55A 4R5PA 1SL1A 4CK3A 3S9HA 1SV5A 1X9WA 3MEEA 4KHUA 3K5LA 3PX6A 3OYCA 3DLEA 4KTWA 5SWMA 1SKWA 3QNNA 4HUFA 4CHPA 1HNVA 4E1MA 1NK6A 4DSLA 1BISA 1WSGA 3ISNC 3T19A 3VN5A 3LP3A 3SUQA 2PYJA 4C8LA 4KHWA 4DG1A 1TAUA 1RCHA 4M45A 1NKEA 4CJUA 4B9UA 1GOBA 1JL1A 2IDOA 3AA4A 3QEWA 2YNHA 4J2AA 1RT3A 4O44A 3ZSQA 4CIEA 3TAPA 1LAVA 3AO4A 2ITGA 4OKKA 1W0HA 1WLJA 3CFPA 1ZBUA 1TKDA 3IAYA 1W9HA 1C0MA 4GVMA 1HYVA 3PV8A 1BQMA 3OYBA 5K14A 1TKTA 3SUPA 4CHYA 5CZ1A 3OS0A 4GW6A 3M8RA 2YKNA 1JXBA 4NCBA 2A1RA 1EKEA 3OYEA 5KTQA 2ZD1A 1RBSA 3TAFA 1JKHA 3QESA 3NF8A 2JGUA 4BDZA 4H8KA 4W5NA 3QIOA 3K5OA 4AHCA 1RBVA 1TL3A 1LWFA 3L2WA 2VWKA 2PYLA 1T8EA 3V9XA 4AHSA 2EHGA 1J9AA 4CJWA 5KRTA 2KW4A 1RDDA 3RTVA 4UQGA 4C8KA 2KZZA 4KTZA 1S6PA 3DRSA 3SUOA 3DLHA 1CZ9A 1RBTA 3SNNA 1WAJA 3OJUA 3L2QA 1L3VA 5J2NA 4QOZB 2X78A 1GOCA 4KB1A 3AO1A 4K8ZA 4FJXA 2IOCA 3EY1A 3L3UA 3ZT1A 4DWIA 4FK2A 3M8QA 3HYFA 4TSXA 3OYIA 1FXXA 3AA5X 3NAEA 4CFCA 4DTXA 1L3TA 4FJNA 4M3UA 2F8SA 4OGEA 1DLOA 3V9ZA 1IKVA 1VSHA 1BGXT 4JRQA 3AVJA 1B9FA 3TABA 2F8TA 3E01A 2D0AA 4FJ5A 4F2SA 1QSSA 3SUNA 4M3RA 1BIZA 1ZBFA 1NK5A 1L5UA 1Q9YA 3K59A 1S9EA 3LPUA 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CR4A 5AFUH 1QTMA 3O3FA 4JYAK 3ZSVA 4A59A 4EP5A 2HHWA 2VCPA 4JKCA 1WBBA 4IKFA 4Q5VA 2Y1JA 4B8CA 4GVEA 4M41A 2CGLA 3QFUA 2P9UA 1DTQA 1Q82O 4BRNA 4H0TB 4F3OA 2E6MA 3CM6A 4KBOA 5AZIB 4FWKA 3CHWA 3HSCA 3LDQA 3LP1A 1VK0A 4DU1A 2B5JA 3VA3A 2BH1A 1NG9A 4YOYA 4LC9B 5AQZA 4LY7A 2WTUA 3OYMA 1C1BA 3CCJN 4YDUC 1M1KO 5C10A 4C8NA 4NCGA 3NH1A 4M3ZA 3V4IA 2A1SA 3MN6A 2ITMA 3K58A 2E6LA 3CC2N 1IO2A 3O9QA 3TTFA 2BANA 4BRQA 1NGHA 4CK2A 4CGFA 3I8BA 1RT7A 1XQSC 1XC9A 4I6MA 4H5WA 1QZ6A 2XY7A 4JKGB 1GLEG 2HNDA 1ZBLA 4OO1J 2HW3A 3AVGA 3CIPA 3DLRA 4FWNA 2O8DA 3HSTB 3CXCM 3LP0A 1J53A 3AO5A 3LPTA 4FW2A 2VGNA 2P9PB 4G1QA 1HJRA 3UIQA 1HKGA 4CE9A 4CF1A 1N5YA 3EO3A 4BRIA 3LDPA 4QAGA 2O8EB 1VQON 4FZYA 3OW2M 3FZLA 4DR1K 4N47A 1NGFA 3IUCA 4EP4A 2HHVA 1CZBA 1KLMA 1NJXA 3BDPA 1TK5A 4DTOA 3ZT2A 2O8BA 1SZ2A 3HVTA 1VQMN 3KD5E 3OBWA 2HF4A 3QIPA 2D0PA 2NRVA 1B9DA 1LAWA 4CEFA 3VQQA 4JI0K 2Q1NA 4A57A 4BR0A 4JHDA 4Z4FA 3MWPA 2V7YA 3EN9A 1NK8A 1SL0A 1NJWA 4AH9A 1GLCG 2Q36A 4R79A 1VQNN 3NH0A 4I9LA 4YOTA 2IS3A 2ZE2A 4RCHA 5AZJB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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