4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords ACTIN
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
2D4WA 4CZEA 1C0GA 5AQUA 4H0YB 2H3GX 3A5LC 4FWOA 3O5BA 5AQKA 1NBWA 3AY9A 3J8AA 2ASMA 3AAQA 2Q31A 3DJCA 3WQTA 4NO7A 1HPMA 4KBOA 4B1VA 5ADXA 2GWJA 2V7ZA 4WYBA 1TUYA 4A2BA 2F9TA 2FF6A 3VENA 2W41A 4A62A 3CJBA 3S41A 3VGKA 4BGBA 3M1FA 4B1YB 5EOYA 3L6QA 5BN8A 4EIAA 2E1ZA 3H45C 2VWBA 2DPNA 2HOEA 4DQ8A 1YAGA 3C0BA 4BR9A 3ATVA 3DXMA 3D2EB 1QQMA 1KAZA 1TYQA 1U2VB 4FPBA 1HLUA 4CD3A 3ZEUA 3AAPA 4FOIA 4ISEA 3WXLA 4FPAA 4YDUA 5AQQA 4B1UB 2ASOA 4GY2B 4BRKA 3F9MA 2NRHA 3ATUA 2P9SB 4FWLA 2I7PA 4PKGA 5BRHA 2A6AA 1RFQA 1Z6RA 3MDQA 4PKHA 2E2NA 5KQDA 3B8AX 3CHWA 1KAYA 1X9JA 4A61A 3BEXA 1TUUA 1SZ2A 2ZGZA 4Y0WA 2ZWHA 5ELZA 5AQGA 5EVZA 5AQWA 2V51B 4BRMA 3SMSA 1V4SA 4EFHA 2E20A 2VYPA 3GDQA 1BG3A 3JXUA 3FZLA 2W40A 4JD2B 3U9DA 4FWQA 1JCFA 5FPDA 1G99A 1S3XA 4BC3A 2E1YA 3CJCA 1X3MA 4BRHA 1E4FT 2I7NA 1ZXOA 4A2AA 2FLOA 4IO8A 3O1WA 4BC4A 1GLCG 2ASPA 1S22A 3FGUA 3ZETA 4BG8A 5FPNA 3MN6A 2ZGYA 1ZC6A 2A42A 2D0OA 4BG9A 2P9IA 4BR5A 3R8EA 1NWKA 2A3ZA 4H0XB 2Q0RA 3MCPA 3UE5A 1NGCA 3QB0A 3VEWA 4H03B 4H5RA 3MN7A 4MLEA 2BUPA 3MK6A 1BO5O 3O08A 3EL2A 4O5FA 4DB3A 1R59O 2IVNA 2P9KB 1GLJO 3H46O 4BRIA 1WUAA 2QWQA 4YDUC 4CZGA 3H3NO 3VERA 1QZ5A 2J4RA 2BTFA 4FWPA 2FSJA 5CE3A 4WQ4C 4BQZA 3VESA 3LM2A 1NGDA 3FZHA 3GBTA 4IZ9A 2IVOA 4M7YA 1LCUA 5BREA 1YVNA 2A5XA 5AZJB 1IJJA 1HKGA 1JCGA 1MDUB 5EX5A 1HX1A 3ZX3A 2AP1A 1NLVA 4BRPA 1GLEG 3JS6A 2P9NB 4CZFA 4BVOA 3CIPA 3D2EA 4I6MB 1U2VA 4BQLA 3WUHA 3O8MA 3QBWA 1BUPA 4BRGA 1BU6O 3QICA 5AQOA 2QW9A 3VF2A 2IVPA 5BRDA 3CQYA 4XH5A 4K25A 4DCHA 3LM9A 1Y64A 2QWNA 4XH4A 4IWVA 4BRLA 2UYTA 2HF4A 2P9SA 2Q2RA 3CJ1A 3LDLA 3D2FB 2YJFA 2QM1A 1QQNA 4BROA 3M6GA 4ISFA 1LOTB 4QS8A 3LDNA 4MLHA 1EQYA 4CJ7A 4H0TB 2V7YA 2NLXA 4RCHA 3WXJA 5LJWA 3VEVA 1QHAA 1T6DA 1XC3A 4K41A 4C23A 4BR0A 1C0FA 2Q0UA 1E4GT 4IXCA 4JD2A 2A41A 1MA9B 4CBUA 3G25A 4CZIA 4WQ4A 3VGLA 4J8FA 3GG4A 5LJVA 2FSKA 4WQ5C 1P8ZA 4CZKA 5AQYA 2GUPA 3VEYA 1XQSC 3TU5A 3H1VX 4CZMA 1BWFO 4CD1A 2V52B 1ESVA 3FLCO 2GWKA 4M63C 3VEXA 3W0LA 2IIRA 2YCHA 1NM1A 3VGMA 3CERA 4PKIA 4XEIA 3U9ZA 2YHWA 5JLHA 4H5TA 5AQHA 5AQPA 4BRFA 1GLDG 3FR0A 3LDOA 3WEEB 5BR9A 3CETA 1XUPO 3QDKA 4FWMA 3EN9A 3R9PA 5FPMA 3UKUB 4CBXA 4AM7A 4B1XB 4MO4A 3IMXA 1NGFA 2YHXA 3VOVA 2CGKA 4FO0A 1QQOA 1D4XA 4BR7A 3WQUA 4JAXA 1DGKN 5AQTA 2P9KA 1KXPA 3W3DA 1Z05A 3SMPA 4CZHA 4M7XA 3VPZA 3DXKB 5EY4A 3LDQA 5JICA 4BREA 3HZ6A 4NB4A 2P9UB 3DWLA 4LC9B 2P9LB 5AR0A 3A5NC 4FWNA 4IJNA 5AQFA 5F1XA 1T6CA 3H3OB 3IDHA 1SQKA 2GTDA 3LDPA 1CZAN 1SAZA 4FWSA 2CH6A 4F9OA 5AZJA 3P4IA 4WQ5A 1RGIA 3VEZA 1T44A 4BVPA 2F9WA 2P9NA 2YHYA 3ENHA 4I6MA 4Z94A 2D1KA 4RWTA 4K42A 3CJAA 1RDWX 4FOEA 3A5MC 2QWRA 5AQZA 2NZTA 3L0QA 2VCPA 3QFPA 5AQSA 3BUZB 5AQXA 5F2RA 1MWMA 3ENOA 4ISGA 3KZBA 3MMVA 3CJ7A 5BPMA 3ID8A 2P9PB 4K43A 3D2FA 2Q36A 5LY3A 3O1BA 2E88A 1HJOA 4BRDA 2YJEA 3FZMA 5AQVA 5E26A 4B9QA 1NMDA 2PBDA 5AQMA 3A8YA 1GLLO 4FSVA 4PL8A 4JN4A 1MWKA 4JNEA 3RSEB 3UKRB 3VF4A 1NGEA 1BOTO 4EHTA 3U8XA 3HI0A 1NGHA 5AQLA 4BR4A 4JHDB 3VETA 4HWIA 1K8KB 5AFUH 3D7EO 3CI5A 1ATSA 3EZWA 2QWPA 3HBTA 3O6WA 3QFUA 3A0IX 2WUSA 1HUXA 4QS7A 5E84A 1ATNA 5AQIA 4BGAA 1OKJA 3H6EA 3SK3A 4BRCA 1ZBSA 3C7NB 4H0VB 5AZIB 4BRQA 5BN9A 3FZKA 3EKUA 3HM8A 5BRFA 3ZX0A 1NGJA 4GNIA 1NGGA 3ULEB 4FWKA 3WEEA 3HSCA 3MN9A 4EAHD 2QWOA 2CH5A 4AM6A 2CGJA 5BPNA 4RTFD 4O8KA 4HTLA 3UKUA 5KPTA 1YUWA 5AQNA 3SJHA 5KPRA 3IUCA 1V4TA 2D0PA 2FXUA 1ATRA 3WXIA 1YXQA 2HMPA 3EO3A 2E2QA 3MN5A 2YI1A 2GELA 3CJ9A 1GLFO 2E2OA 3FFKB 3VEOA 3KVGA 4BRAA 3IFRA 3I33A 1Q18A 4BRNA 3WXKA 4FWRA 2QXLA 3EKSA 3DXKA 1BDGA 3L4IA 4XH1A 5I9EB 2OANA 4FL9A 2P9UA 4IJAA 2P9LA 4H5NA 3U4LA 4L3QA 3FZFA 5BPLA 4H5WA 5KPZA 4EHUA 3DAWA 3H1QA 3SLCA 4MO5A 2FF3B 3LL3A 1HKCA 3GOIA 3BP8A 5AFUA 1U6ZA 1NGAA 3DXMB 1NGIA 4BC5A 1BA1A 1TYQB 4H5VA 2EWSA 1DKGD 2Q1NA 3ZEUB 3KHYA 2CGLA 3BF3A 5F0XA 2KHOA 2E2PA 1JCEA 1GLBG 3WT0A 1DEJA 3UB5A 1WOQA 2P9PA 3O80A 3I8BA 3OHRA 1X3NA 4PL7A 2AA4A 5TKYA 5B8HA 2E8AA 5ADXH 3M3ZA 2ZF5O 5AQRA 2QWLA 2FSNA 4BR2A 4CZLA 3GE1A 2ITMA 1HKBA 1BA0A 3VF6A 5JMVA 2PAVA 4CI6A 3UKRA 3RSEA 4CBWA 4B1ZA 5EXWA 2QWMA 3HTVA 3FE1A 3R6MA 1J6ZA 4JHDA 5AQJA 1K8KA 4CZJA 5FPEA 2GEMA 3QBXA 5KQ8A 4E1JA 1NGBA 3ZX2A 3CQXA 3O4WA 1IG8A 1QZ6A 4H0OA 3TPQA 1GLAG 3AARA 3BF1A 3A5OC 4QS9A 3GL1A 3C7NA 5AZIA 3ZETB 4H0PA 3QMLA 1KAXA 2Q97A 4BC2A 4B1WB 2A40A 2P9IB 3ULEA 4DHYA 1H1VA 2HF3A 5JLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UU9K 4CZEA 1C0GA 4BDZA 3WNGA 4FWOA 4K8XA 3L2RA 2B6AA 2Y1JA 3J8AA 3AAQA 1LV5A 1QSSA 4NYNA 1HPMA 2KKZA 4Y1DA 2V7ZA 5CZ1A 4A62A 4C1NI 4U7BA 4DR1K 4WFAL 2KZMA 3L6QA 5HRNA 2P5OA 2YX6A 4C1NK 4DQ8A 4CECA 3THYA 1CZBA 3C0BA 2G8VA 4KI6A 1U45A 3D2EB 3AO4A 4FM2A 4FJMA 4W5OA 1NJYA 1SS6A 1ASUA 3C6UA 3AAPA 4FOIA 3VTIA 3WXLA 4FPAA 1VQNN 3OYAA 1K73O 2ASOA 3CC2N 1QHTA 2HMIA 2NRHA 4GV3A 3RWUA 2JLEA 4FWLA 3G0ZA 5BRHA 1CXUA 5LMUK 3ZLJA 1DTQA 4PKHA 3OW2M 3ZT3A 1UA0A 4KHSA 4LF4K 1X9JA 1HNWK 3NH1A 3BEXA 2ZGZA 3LP3A 5AQGA 2V51B 3SMSA 4E0DA 3D0PA 3GDQA 2ZM6K 3JXUA 1LAWA 1VQ8N 1VQKN 4YOXA 3AA4A 3KK1A 1JJ2M 2E1YA 5KGXA 1X3MA 3THWA 1E4FT 4IDHA 3OYDA 2FLOA 4CJPA 2VGNA 4BC4A 1GLCG 1S1UA 3QLHA 4JK9A 4Z4FA 3FGUA 3OYNA 3MN6A 5FROA 4IO9L 4DSIA 4H8KA 4FK4A 4LF6K 4BG9A 3OYLA 1JL2A 5GAEP 4H0XB 2Q0RA 1NNEA 3QB0A 1IKWA 4QCLA 4FM1A 4B9MA 3U3GA 1A5WA 3O08A 1NK0A 2NRZA 4DQPA 2KW4A 5C10A 4CGFA 4ZTJA 4PUOA 4DTSA 4KREA 5C0YA 4OPAA 1GLJO 2B5JA 3OYIA 3VERA 4W5NA 4IG0A 3KIOA 4Z4CA 5CE3A 3C6AA 4WQ4C 3HPHA 3DLGA 4I9LA 1VSIA 1EKEA 3QEVA 4CGIA 4IZ9A 4GKKK 3F5TA 5BREA 4JKHA 3OA9A 1S1XA 4B9SA 3CIPA 3CPEA 1CXQA 1N5YA 3HRGA 1Q8IA 3O8MA 4DUYK 4LH5A 5AQOA 2QW9A 3CQYA 4XH5A 2UUBK 4YOUA 3C65A 1XC9A 4DCHA 1Y64A 1EWRA 4BRLA 2UYTA 3KLFA 5C25A 1HNVA 1VSHA 3CJ1A 2Q2RA 3LDLA 3D2FB 3MXIA 3M6GA 4ISFA 1LOTB 4KFBA 2VWJA 4GV9A 3RR8A 5T7BA 4B8AB 4MLHA 3J81O 4C8LA 4DSJA 4CJ7A 2D5RA 2V7YA 3TAQA 3M8PA 5LJWA 3NE6A 4C8KA 4ELUA 4FCYA 3NH2A 4O5BA 1QS4A 4M41A 1C0FA 3C6TA 3DRRA 3DYAA 4W5QA 2A41A 1EX4A 4CBUA 4CZIA 2C1IA 4J8FA 4X62K 3JAMO 5LJVA 2FSKA 2Z1GA 5AQYA 3TARA 3HK2A 3VEYA 1ZYQA 4JI7K 3W0LA 1LWEA 2IIRA 4HCBA 2YNIA 5SWMA 3QINA 4DQIA 4RW4A 4CEZA 1W9HA 3VQPA 2YHWA 5JLHA 5AQHA 4FLZA 3NGYA 4B9VA 1NK9A 4RW6A 3E01A 4DR6K 2DFHA 4CHYA 1A5XA 4DV1K 1W0HA 4CBXA 1HYZA 4KH5A 2NRXA 1TVRA 1NGFA 4M3XA 4FO0A 4GVMA 1D4XA 4BR7A 4JI2K 2KLAA 5AQTA 3LZJA 3W3DA 1VSFA 1Z05A 3SMPA 1NG9A 3KD5E 2A1RA 3LDQA 5JICA 4BREA 4LC9B 4OKKA 5AR0A 4UQGA 4C8OA 5F1XA 1L3TA 3IDHA 4JEPA 3RR7A 2GTDA 3LDPA 3VQ4A 1JLAA 1VQ6N 1WNSA 1TAQA 3SAGA 2HSTA 3P4IA 4IG3A 4YFUA 2F9WA 2YHYA 2D1KA 4RWTA 3P1GA 5KTQA 1C6VA 3I56N 1RDWX 3HOTA 3A5MC 2NZTA 3DLRA 1Q86O 2VCPA 1WAJA 5AQSA 3OVNA 3EE9A 3ENOA 5M1KA 3E9PA 3CJ7A 1RTJA 3SBTA 2IDOA 3HVRA 4K43A 2Q36A 1ZBLA 4DLGA 3O1BA 1RTHA 3MX5A 2E88A 5HP1A 2BE2A 5CR4A 5H1SQ 2YHBA 3O4QA 1B92A 1NMDA 1WSFA 3V9SA 4IOXA 3CF5L 1JKHA 4V19S 2D0CA 4JNEA 3RSEB 3UKRB 3LZIA 1VQON 1NGEA 3O3FA 5C12A 3U6FA 3AO5A 3D7EO 3CI5A 1NKBA 3SNNA 2QWPA 4JKCA 3QFUA 3A0IX 3RMCA 1HUXA 4I7FA 5C2DA 1C1CA 4X66K 3H6EA 4K0KK 3SK3A 1HR0K 5JS2A 2Z1JA 4CJUA 3DLLL 3EKUA 4CGJA 3KK3A 4CJQA 3THXB 3ULEB 3SUPA 2OZSA 3WEEA 3MEEA 2CH5A 1VSDA 5C2FA 4AM6A 3VQAA 4ICLA 4RTFD 4DV5K 4HTLA 3UKUA 1FKPA 5KPTA 5GAHP 1N6QA 5M1QA 4CESA 1ATRA 2HMPA 3K5NA 2E2QA 3MN5A 5M1PA 4DV7K 1RT2A 2GELA 1GLFO 1NK6A 3DLBA 4F4KA 5FRMA 5CZ2A 4LD0A 2OANA 4FL9A 2P9LA 4H5NA 4L3QA 4Z4GA 1S6QA 5KPZA 4EHUA 3DAWA 1Y97A 3SLCA 4Z4EA 4JRPA 4DU1A 3CCMN 3TTDA 4CF1A 3NFAA 1U6ZA 4DS4A 1D5AA 3THYB 3D6RA 4B9LA 1D9DA 3HYFA 4E7IA 3K5LA 1DKGD 2O8EA 4YOVA 3LPUA 4N76A 3G10A 1HJRA 3SPYA 4F2SA 3CYMA 4FJ8A 3HM9A 3UB5A 4G9ZA 1WSGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MWM A;  1FXX A;  4ISG A;  2ZJR L;  1YVU A;  3D2F A;  5CY4 A;  3IRX A;  1TV6 A;  5GIN A;  1HJO A;  1NJW A;  4Z4H A;  2UXC K;  4KPY A;  2YJE A;  3KKR A;  4AHV A;  1C0T A;  3OBY A;  3MWT A;  1OVY A;  1IKY A;  1G15 A;  3HL8 A;  2VQF K;  4JN4 A;  4FJL A;  1JLQ A;  3K9J A;  3QIP A;  2QK9 A;  2ATQ A;  3HI0 A;  4BR4 A;  3VET A;  4HWI A;  1K8K B;  5AFU H;  3AO3 A;  3EZW A;  3CFP A;  3VQD A;  3HBT A;  3O6W A;  4QS7 A;  4GV6 A;  3OYM A;  4BRC A;  1C1B A;  1ZBS A;  3RMB A;  1U48 A;  1VSE A;  3O9T A;  3ZSQ A;  1KLN A;  1XWL A;  5BN9 A;  5BRF A;  1M90 O;  2QI2 A;  1NGJ A;  4WFB L;  1N36 K;  1NGG A;  2YNH A;  1BIU A;  2KZZ A;  5IT9 O;  3BZK A;  1GOA A;  4CEO A;  4EAH D;  4PA1 A;  1XMO K;  2O8C B;  5BPN A;  4ZHR A;  3O3H A;  1YUW A;  3SJH A;  2F8T A;  1J53 A;  4DTR A;  2FXU A;  2YHA A;  1YXQ A;  3PSF A;  4OPJ A;  2E2O A;  5CYQ A;  4CVN E;  3FFK B;  4F2R A;  4DS5 A;  3KK2 A;  1DT9 A;  4BRA A;  3IFR A;  4DQR A;  3OYC A;  1Q18 A;  4R5P A;  4BRN A;  3EKS A;  4XH1 A;  5I9E B;  4XIU A;  4IJA A;  1U4B A;  3U4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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