4CJ3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj3A00
1KFSA 4W5RA 4DTMA 2FC0A 3AO4A 4FLXA 3ULDA 3V9WA 3LP1A 3OS0A 4W5NA 1RT6A 1KLMA 3SV4A 1GOCA 1NJYA 2IS3A 2A1RA 4BACA 3AA3A 2G8UA 5EU7A 4CF1A 4CGGA 1VRUA 1RBUA 3OVNA 4CFBA 2RPIA 4CJRA 1CXQA 1B9DA 1BI4B 1S1TA 3V1OA 4CECA 4HHTA 1BI4A 3HPHA 1ZBFA 3G10A 4DTXA 4M3WA 3NGYA 1W9HA 3SUPA 2RF2A 4DTOA 3L2VA 4CCHA 1GOAA 5C42A 3OYEA 3BDPA 4I2QA 3DLBA 4I2PA 3V81A 1EX4A 3D0PA 3KIOA 1B92A 1C0MA 2E6LA 3D45A 4M42A 1TK0A 4H8KA 2DFEA 3AVGA 1IG9A 1CLQA 3K59A 2D0BA 5HLFA 4M3RA 4FJMA 3OYDA 1BL3A 3AVAA 4M3XA 4C8MA 4CJFA 3VQ5A 3KD1E 4Q5VA 1TAQA 1ZBLA 4FZYA 5J1EA 2OPRA 3VQCA 4DF4A 4M3UA 1FK9A 1RDCA 3BGRA 3L3UA 3NAEA 3CG7A 4Y1CA 4CEFA 4CF8A 4E1MA 3V9SA 1ZBUA 3O4QA 1RNHA 4Z4IA 2G8WA 1O1WA 1L3SA 4F2RA 3L8BA 2HHVA 5JS1A 2Z1JA 4IKFA 4E7JA 4B3OA 1IKVA 1J9AA 4YNQA 3VA3A 4NYNA 3B6OA 1RDBA 3SQ2A 3CM6A 1QQCA 2YHAA 1RDDA 3SCXA 3AO1A 3I0RA 2HHSA 1HRHA 4BWJA 1HMVA 3MECA 4HTUA 2HVIA 4I7FA 4CEOA 2NUBA 4E89A 3AVKA 1JLQA 4AH9A 3P5JA 1JLAA 4C8NA 4UQGA 4W5QA 1BQNA 3QLHA 3AA2A 3KLIA 4AHTA 3EYZA 3K58A 3OY9A 1J5OA 1KLNA 4I9QA 1SV5A 3OYCA 4IFYA 4FLYA 1J53A 3AO5A 4KRFA 1D9DA 3ZT2A 4DFMA 4J2DA 4OGCA 3DOKA 1NOYA 4LH4A 3QEPA 4CGIA 4IBNA 3NHGA 1BQMA 4Y1DA 5FRMA 4DFJA 4B9NA 3VQ9A 4JS5A 4FM2A 1DTQA 4LSLA 2FBXA 2BANA 3LPUA 4CF9A 1T03A 3QINA 4CHPA 4NCBA 3MXMA 3QEXA 2ATQA 3DM2A 4DSJA 1WN7A 2E4LA 5J2PA 3FFIA 3QO9A 4JS4A 4DTRA 3NBPA 3MXIA 4CJ3A 3ZSRA 4GMJB 3AA5X 4TSXA 4DFPA 1R0AA 1VSJA 3TAFA 2XO7A 2KZMA 3NE6A 1BCMA 1ASUA 4DQPA 5SZTA 1UOCA 3K5LA 4CK3A 4DF8A 3IAYA 2X78A 4CFCA 3OYAA 3O3GA 3KLFA 2VWKA 4LY7A 5C24A 3NH1A 4HUFA 1LAWA 3V9ZA 3PX6A 4AHRA 1ZBIA 4CJLA 1VK0A 2W42A 4FLTA 3LZJA 1NK4A 4CJEA 4OVLA 1A5VA 3KK1A 1S1WA 1RTHA 2DFHA 4DSEA 3QNNA 4KREA 1FXXA 4IG3A 3WNEA 4CJ5A 5SWMA 3KJVA 4N5SA 3L2UA 1CZBA 1RT7A 4CHYA 3V4IA 3SQ4A 1FKPA 1NK0A 4GVMA 3F73A 1QSSA 4KHQA 4OKJA 5KI6A 3ZT1A 1IKWA 4O44A 4YFUA 1NK9A 3ZT3A 4F3OA 1CZ9A 3K2PA 3I8DA 3V9XA 3RR8A 4FZZA 1TKZA 4M3YA 3DLKA 2JLEA 2P51A 3AVJA 3TARA 4CEDA 3ZT0A 4FJJA 1S5JA 3S9HA 1BIZA 4M41A 3KD5E 1EKEA 3HXMA 3WNFA 3CFOA 4JRQA 3DOLA 4CEQA 2D5RA 3ZSQA 3TAMA 3OYMA 3C6UA 1TKTA 3AVBA 1LAVA 1RT4A 1WSJA 3LANA 4R5PA 3L2WA 3KTQA 2GV9A 4BDYA 1DTTA 4DU1A 1WSEA 3KKSA 1U47A 3RWUA 3NDKA 3AVCA 1ITGA 4E7LA 3TAGA 5I42A 1YT3A 3VQ4A 1QS4A 3CQ8A 4KI6A 1TVRA 3ZSZA 1C1AA 3ISNC 1TAUA 3AVIA 4AHUA 4FLWA 4FJ8A 3AVLA 3G0ZA 1SKWA 3U3GA 1WSFA 3LP0A 2F96A 1GOBA 2VWJA 5CYQA 3LALA 1EP4A 4KO0A 4CE9A 3SYZA 3HO1A 4DQQA 3DRSA 4CHNA 4N47A 3LZIA 3QERA 3IS9A 4MFBA 1QTMA 3VQAA 1UA0A 1JLGA 1RDAA 3SNNA 3HVTA 4KPYA 2DFFA 4Z4CA 4ZTFA 4HVJA 2QKKA 5DK5A 2JGUA 5HBMA 1TL1A 1U4BA 1DLOA 1BGXT 2VG5A 4O0JA 5T7BA 4CHZA 3OYKA 1Q9YA 1T7PA 2F8SA 4PY5A 4C8OA 3NFAA 5KGXA 4EP4A 3RMCA 1QSYA 2FBYA 3HPGA 1Z26A 4RW7A 4DTSA 4FYDA 4H4MA 4M3TA 5CYMA 1RCHA 3QEIA 3KLHA 4HUGA 4BE2A 1XC9A 1SL2A 4E7HA 2KW4A 1HQEA 3K5OA 2G8VA 5J2NA 4FJXA 4K8ZA 1K6YA 2B5JA 3V1RA 3QNOA 5HP1A 2ITGA 4FJ9A 2X6SA 1D8YA 1TK5A 4FXDA 2ZQBA 4C8LA 1ASWA 3ASMA 3O3HA 5FRNA 3ZT4A 4KTQA 3ITHA 3LAKA 3AV9A 1JLBA 4E7IA 2YKMA 2PYLA 3V1QA 1U49A 2G8HA 5DMRA 2IGIA 4CJWA 4CJPA 2G8IA 4LH5A 1XI1A 1Q8IA 3MEEA 4AHSA 2XY5A 4ZTJA 1KVAA 3DI6A 3IRXA 4CIGA 1HNIA 4QOZB 3H08A 1LW0A 3MAQA 2F8TA 3MEGA 2BDPA 1ZBHA 1IH7A 4FW2A 2Q3SA 4AHVA 3L3VA 3AVMA 4ELVA 4FLZA 4CHOA 3T1AA 5HRRA 1BIUA 1LWCA 4KV8A 1T05A 2EX3A 4GW6A 1QE1A 3AVNA 1C1BA 4FM1A 1JLFA 1HNVA 3OJUA 1U48A 3RMDA 3SJJA 1EETA 4IDKA 4Z4EA 1B9FA 1VSHA 4OPKA 4CJTA 4CJQA 3NH2A 3K5MA 1TV6A 2O4IA 4QAGA 3VQQA 4FJ5A 2X6NA 3ALYA 2BGGA 4DTPA 4Z4GA 3OYFA 4KTWA 4CEEA 3VA0A 2KFNA 1KVBA 4CJSA 3QEVA 3HT3A 4AILC 4HUEA 1TK8A 1NK6A 4KB1A 3NGIA 2IOCA 4CHQA 4LD0A 4EZ9A 3RMBA 3AO2A 4NCGA 4CGJA 4CEZA 3HPOA 1RT5A 4OPJA 3CYMA 3OYHA 4OLBA 1WSIA 4N41A 4ZHRA 2DY4A 1KTQA 4PQUA 1NJZA 3M8SA 3VN5A 4FJLA 1RTJA 3C94A 2A1SA 4CK1A 4BE1A 1KVCA 3K57A 1MU2A 3AVHA 4DWIA 4Q0BA 4NYFA 3VQPA 1VSEA 5CZ1A 3HVRA 4N76A 2HHUA 3NGZA 3E01A 1L3UA 2GUIA 4ICLA 4B8AB 2PZSA 4Z0UA 2XRIA 3C6TA 4WE1A 2OPPA 3VQ6A 4JRPA 3S3MA 2OA8A 4KHNA 4CJUA 3VQ8A 3ZSXA 3AA4A 1WAJA 3I0SA 4EP5A 1NK8A 3PY8A 2KZZA 1RT1A 2B4JA 1WNSA 1WLJA 2Z1IA 3DLRA 1XHXA 2OPSA 2P5GA 4PUOA 4ID1A 4B8CA 1IKYA 4DLGA 2OYQA 3RMAA 2KFZA 4KKOA 3S3OA 3THVA 3NF9A 2IAJA 3O4NA 5CY4A 3OYNA 4KHWA 2DTUA 3TABA 1BHLA 1T8EA 3DMJA 1KFDA 1N6QA 1JL2A 4CJVA 3LP2A 1NJWA 3VQBA 2HW3A 2QXFA 3JYTA 5K14A 3A2FA 1S6QA 5KTQA 3TAQA 2WONA 3LP3A 1VSMA 1TGOA 2YV0X 1EXQA 3HK2A 5KRSA 4FCYA 4EZ6A 4DG1A 2HHWA 4FK0A 4KFBA 4FK2A 2AJQA 3EZ5A 2YKNA 2R7YA 1F21A 3TAPA 4FW1A 4CF2A 3SI6A 1SKSA 4O0IA 1YTAA 5I3UA 1C0UA 1LW2A 1SUQA 1NJXA 1JLEA 3VQ7A 3ZSOA 1UA1A 1RTDA 4RW6A 3PO5A 1UWBA 3RTVA 3RRGA 2OZSA 4IFVA 4RG8A 3OYJA 4DTJA 3PX4A 1RILA 2HHTA 2XY6A 3QEWA 5J2QA 1L3VA 2HNZA 4FJHA 1RBTA 1JXEA 2HHQA 3SZ2A 2D0AA 1XWLA 5HRNA 3C95A 1RT2A 2HNYA 2IDOA 1NKEA 2O4GA 4KHSA 3ZSVA 1NK7A 4HCCA 3PO4A 3SPYA 4FJ7A 4BDPA 1G15A 4OKEA 3P83D 1LWFA 3OYIA 3HM9A 3RRHA 1YVUA 4KAZA 4J2AA 1U04A 2XHBA 5CZ2A 2ZE2A 1RBRA 4DU3A 1WSGA 2QK9A 1S9EA 5KGWA 2YNFA 3L2QA 3U3YA 4K8XA 1X1PA 3M8RA 4CESA 2I5JA 4CGHA 2P1JA 4NCAA 3DYAA 4CIEA 2HHXA 3LWLA 4O4GA 3TAEA 3L2RA 1RT3A 1ZYQA 3NH0A 1QSLA 1WAFA 4B9UA 4B9MA 3KLEA 4F4KA 1Z25A 1I39A 4DQIA 3IG1A 4DSIA 3T3FA 3WNGA 5J2MA 2GBZA 4DQRA 4M3ZA 1VSIA 2ZD1A 3AO3A 4ELUA 1SKRA 1J54A 4G1QA 1A5WA 4CFAA 5KRTA 4B08A 3OS2A 3QETA 1X9WA 2KQ2A 2YHBA 3LDSA 1VSKA 2XY8A 1IO2A 1I3AA 2BE2A 4PA1A 1SL1A 3HL8A 3O3FA 4B9LA 2B6AA 2HMIA 2Y1JA 4FK4A 3HP9A 4DSLA 1VSLA 1D5AA 2RN2A 4KTZA 4FLVA 5HRSA 4MQ3A 1LWEA 3OYLA 1TKXA 1A5XA 3TR8A 4B9SA 4E0DA 3LWMA 3B6PA 1KCFA 3SUQA 4E7KA 3OJSA 3SQ0A 2G8KA 4J2BA 2Z1HA 4ID5A 1HJRA 4C8KA 2WOMA 3U6FA 4L8RB 3TWHA 4KHUA 5D3GA 4FVMA 1KSPA 4RW9A 1QHTA 2HB5A 4I9LA 4FJNA 2QKBA 3QIOA 1N5YA 4FJIA 4OGEA 4PWDA 4DTNA 1X9MA 4DLEA 1U45A 3AVFA 4LSNA 1VSDA 2IC3A 5JS2A 1C1CA 3ZSYA 5C25A 4XIUA 3NF8A 4W5OA 5HROA 4HCBA 2VG6A 3LAMA 1XHZA 1Y97A 1HYVA 3DRRA 1VSFA 4OKKA 3DLEA 2FBTA 1JKHA 4DSKA 1RBSA 2X74A 3PV8A 1VRTA 3LPTA 1CXUA 2YNIA 4OJRA 4CJKA 2KTQA 1S6PA 3KK2A 1HYSA 3EY1A 3V6DA 1NOZA 3M8PA 3DRPA 4CFDA 4FM0A 4OLAA 4CEAA 4BE0A 4DU4A 1NKCA 3T19A 1SL0A 1RBVA 3PUFA 3OYBA 3HJFA 3NF7A 3MEDA 4CF0A 3SUNA 3NF6A 2YNHA 3M8QA 4F2SA 3KLGA 3WNHA 3TANA 1S1XA 1UAXA 1D9FA 4IG0A 3SUOA 4DSFA 1REVA 3RR7A 1KRPA 2RKIA 1IKXA 1ASVA 4AHCA 2P5OA 4J2EA 4KHYA 4Z4FA 1JL1A 1L5UA 4CJ4A 1Q9XA 1S1UA 3V9UA 4JLHA 4CGDA 4DFKA 3QESA 1RTIA 1W0HA 1YTUA 1L3TA 4KB0A 4O55A 3JSMA 2VG7A 4M45A 3S3NA 2OZMA 1HPZA 4QCLA 2OPQA 1WSHA 2EHGA 3HYFA 1FKOA 4E19A 2FBVA 4B9TA 4FJKA 4RW4A 3F9KA 3DLHA 4H4OA 4N56A 2YNGA 3HSTB 3MXJA 2HNDA 4BWMA 5E41A 4W5TA 1X9SA 4DMNA 3K5NA 4B9VA 2PY5A 1BISA 3QIPA 3DLGA 4CK2A 3CFPA 4DS4A 3KKRA 4DTUA 3KK3A 4O5BA 2Y1IA 4ELTA 4DQSA 2Z1GA 1S1VA 1NKBA 1BCOA 3CFRA 4FLUA 2G8FA 3UIQA 3P1GA 4BDZA 4DS5A 3TI0A 3ZCMA 3OS1A 2HVHA 3OYGA 1C6VA 1TKDA 4Z4HA 4RW8A 5HRPA 3PX0A 1C0TA 1S9GA 4E1NA 2PYJA 1LV5A 2XY7A 5FDLA 1NK5A 3SQ1A 4CEBA 4F3TA 2D0CA 2E6MA 3ZSWA 4F8RA 1HYZA 4CERA 1HQUA 3SPZA 3NCIA 4FJGA 2ETJA 2LSNA 3VQEA 1JLCA 4KI4A 4FZXC 3HP6A 5FROA 3SV3A 1TL3A 4E3SA 3VQDA 1JXBA 3CM5A 4CIFA 4CGFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KFSA 5KPTA 5C10A 1GLJO 3R9PA 4DTMA 2HBLA 4FLXA 3ULDA 3V9WA 1RT6A 4K43A 2O8DA 2CGKA 5BPMA 2IS3A 5GADP 3OA9A 5LJWA 4CJRA 2YI1A 1XMQK 1BI4B 1S1TA 1XNQK 3JAMO 1ZBFA 4DCHA 3SUPA 4YORA 1HR0K 3H6EA 1IV0A 1N33K 3OYEA 3BDPA 4I2QA 3V81A 1EX4A 3D0PA 1B92A 3ENBA 1TK0A 4ISGA 1D4XA 2DFEA 1IG9A 3K59A 2D0BA 3T1YK 1OKJA 4YOVA 4M3XA 1E3MA 5JVGL 3VERA 4JI7K 2NRXA 3KD1E 4DHYA 4DF4A 1M90O 1ATSA 4NO7A 3BGRA 3NAEA 1GLAG 3CG7A 2UU9K 4E1MA 5C2FA 1KAYA 5LJVA 4CI6A 3FZKA 2HHVA 5HOOA 1ZBSA 2CH6A 2Z1JA 1HUXA 4MO5A 3CC7N 1NGCA 4DR7K 4CZEA 4XH1A 3B6OA 4B1YB 2HHSA 4BWJA 2Q0UA 4I7FA 3ID8A 2NUBA 4E89A 3AVKA 1JLQA 3CMAN 4C8NA 5AQIA 4AHTA 3K58A 3AA2A 2O8CA 4KRFA 1J53A 4DFMA 3MWTA 3PLAA 4OGCA 4LH4A 4W5NA 5AQJA 4DFJA 2ZGZA 4JS5A 1T03A 4CF9A 4CHPA 4DR2K 4B3TK 3T1HK 5J2PA 3FFIA 4KH4A 1VQNN 4DTRA 3WXKA 3VTIA 3ZSRA 1DKGD 1GLBG 1K73O 3MX5A 4WFAL 3TU5A 2E88A 1UOCA 4BQZA 4CK3A 4CFCA 1X3MA 3O3GA 3KLFA 4LY7A 5C24A 1ZBIA 2W42A 4FLTA 1NK4A 4OVLA 4DV5K 3KK1A 1S1WA 2DFHA 3CF5L 3QNNA 4BRQA 4IG3A 4DV4K 1X3NA 4CHYA 4FWLA 1NK0A 4KHQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DLE A;  2RHK A;  3AVF A;  4LSN A;  2IC3 A;  5JS2 A;  4XIU A;  1XHZ A;  3UE5 A;  2NRR A;  3DLE A;  2FBT A;  2X74 A;  3CIP A;  2KTQ A;  4H0P A;  3KK2 A;  3O80 A;  3ZYY X;  3T19 A;  1RBV A;  3PUF A;  4A57 A;  4CF0 A;  4KH6 A;  2YNH A;  3M8Q A;  4JNE A;  4NXN K;  3QB0 A;  3VEN A;  1UAX A;  5BPN A;  4IG0 A;  3TSU A;  1D9F A;  1VQ4 N;  5F1X A;  1XC3 A;  4BRE A;  4J2E A;  2P5O A;  4CZI A;  3CQX A;  1RTI A;  3CER A;  4KB0 A;  3JSM A;  1VAZ A;  2OZM A;  1WSH A;  3NMU A;  4FJK A;  4BRO A;  5AZI A;  3HST B;  2VQE K;  2HND A;  3H3O B;  5E41 A;  5DM7 L;  3CC2 N;  3AGR A;  1P90 A;  3QIP A;  4KH5 A;  3H1Q A;  1MA9 B;  2QI2 A;  2Y1I A;  4DQS A;  3CFR A;  4FWN A;  3P1G A;  3F5T A;  4DS5 A;  3L4I A;  3ZCM A;  2HVH A;  5E84 A;  2IVN A;  2P9I B;  5AZJ A;  5FDL A;  3RSE A;  3ZSW A;  1HYZ A;  4BGB A;  1HQU A;  1FJG K;  2OTJ N;  1S22 A;  3HP6 A;  4E3S A;  3DRP A;  3R6M A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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