4CJ3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj3A00
3OYIA 3DI6A 4DU1A 1C1AA 3AVHA 3HP6A 4PY5A 3V1QA 3NE6A 4KI6A 1WN7A 3VQ9A 3KLFA 4FXDA 4DF4A 1RNHA 3DRPA 3DRRA 1WNSA 4FJ8A 4DWIA 3S9HA 2IOCA 5C25A 2RPIA 1QHTA 4BACA 3AO3A 2FBXA 3PX4A 2HNYA 3MEGA 4WE1A 4W5QA 2E4LA 2P1JA 1TK0A 2OZMA 1TVRA 4DFKA 3S3NA 3IRXA 4M3ZA 1B92A 4Y1CA 1KVBA 1NOZA 3KKRA 4CFCA 5C42A 3DOLA 4KAZA 2JLEA 5J2NA 1NK5A 3LP2A 1RCHA 5SZTA 2G8VA 3SUQA 3AVCA 3VQ5A 4CFDA 1IH7A 4E0DA 4IKFA 5HRNA 1J54A 4NCGA 3DLEA 3QEXA 1T03A 5DK5A 1UWBA 4B08A 3IG1A 4W5NA 4AHSA 4AHUA 3ZT4A 3SZ2A 4CEFA 1RTHA 2G8WA 2RF2A 4FJ7A 2OPPA 1UAXA 4M3RA 3KJVA 2HVIA 3LWLA 1B9FA 3RWUA 3HT3A 4DQQA 1XC9A 4B9SA 4UQGA 2X6SA 1HYSA 3VQPA 2O4GA 3PV8A 2OPQA 1RTJA 3OYFA 1WAJA 4DG1A 2X74A 2XO7A 1S6PA 2QK9A 1U49A 1VSLA 4FJMA 4OGCA 2G8HA 2Z1JA 3LALA 1JL2A 1BIZA 1KFSA 3OYNA 3F73A 3MEEA 3RMAA 4E1NA 2EX3A 4HUFA 1D9DA 1HQEA 1W0HA 3KLGA 1RDDA 1SL1A 1ZBHA 1QSLA 4FW1A 4ZTFA 1NK4A 1KLNA 1TAQA 2BE2A 1IG9A 1C0MA 4O0JA 3NHGA 4DTOA 4NYNA 1LWEA 1NKBA 1X9WA 2DFHA 3HK2A 1CZBA 4CF8A 1RT4A 4I7FA 1NJZA 4FLTA 3QO9A 2E6LA 1FXXA 1CXUA 4LSLA 4I2QA 4FW2A 4C8KA 1MU2A 4FJXA 1ZYQA 3SUOA 2G8IA 2IS3A 2YKMA 1VK0A 3TAEA 3LP1A 1VSIA 3VQQA 1NK7A 3VQ7A 3K58A 3PO4A 4J2BA 4M3UA 3S3OA 4CGFA 1BGXT 1KVAA 4KTZA 4QOZB 5KI6A 4CJVA 3OYCA 2F8SA 3AO4A 3QNOA 4FJIA 2YHAA 4FZZA 2KZMA 4AHVA 2F96A 5KRSA 3L8BA 2A1SA 1LAVA 3DOKA 4MQ3A 4CEDA 1RT7A 4CJTA 4HHTA 1WSHA 3I0SA 3O4NA 4B8CA 4DFPA 3KD5E 4N41A 1HMVA 4QCLA 3K5NA 4CF0A 3C6TA 1T05A 3NF6A 3K5MA 2VWKA 4CJQA 1KRPA 4B3OA 1RT6A 4CHOA 3PX0A 4B9TA 2YHBA 4CK1A 3OYLA 3CFOA 1IO2A 4M42A 5CZ1A 2Q3SA 1I3AA 2GUIA 3CYMA 3OYDA 2G8FA 5I42A 4B9NA 1B9DA 2VG6A 1J53A 3MAQA 3KIOA 4AHRA 4F3TA 1JLBA 3PUFA 3LDSA 2OPRA 4GVMA 4QAGA 5J1EA 3PO5A 2PY5A 3ZSRA 2RKIA 3MXJA 4CJ5A 4CEZA 4DTSA 5HRRA 5K14A 1LWCA 1HJRA 1RTIA 2GBZA 1ASWA 3HYFA 4EP4A 4BDZA 1XWLA 3PX6A 1S6QA 2R7YA 2OA8A 4DS5A 3K5OA 3DLGA 3KLEA 1VSMA 3KTQA 1A5XA 2YNGA 2YV0X 3T19A 2XY8A 3HXMA 1RBUA 4GW6A 4N47A 3K57A 3NGYA 4KRFA 4RW9A 3SYZA 1XHZA 4B9UA 3ZCMA 4H4OA 4CIEA 4FJLA 3SQ4A 4DSIA 3VQ8A 4CJSA 3JYTA 4PA1A 4KREA 3M8RA 3CQ8A 4HTUA 4BWJA 2GV9A 1WSFA 5CY4A 3EZ5A 3RR8A 1BCOA 1SV5A 4OVLA 3NF8A 3P83D 3ZSWA 2P5GA 4E19A 2LSNA 4I2PA 3CM5A 1D8YA 4N76A 5I3UA 3V4IA 3DLBA 4IG3A 3QEIA 2DTUA 4ELTA 1SKSA 3ZSYA 4FLVA 4HUEA 3SJJA 1VSEA 3K2PA 4JS4A 2HHXA 2HB5A 1CLQA 2BGGA 3P5JA 3SPYA 4E7LA 3M8PA 1WLJA 4FYDA 4DQSA 3NH1A 4BDYA 1HPZA 3OS1A 4FLXA 3AA4A 4I9LA 1U47A 2HMIA 1BISA 1FK9A 1RT3A 3OYAA 3ZT1A 3L2VA 1SL2A 3B6PA 3WNGA 2AJQA 4DF8A 4CJRA 3SQ1A 1JL1A 3OYKA 1FKOA 1RT1A 3HJFA 1BHLA 4FJNA 1TKDA 1GOCA 3I0RA 1HYZA 4EZ9A 1A5WA 4AILC 3OYHA 3TWHA 4Z0UA 1Q9XA 4YFUA 4KI4A 2D5RA 1R0AA 4KTWA 4CF9A 4B9LA 1TKZA 3LPUA 1X9SA 2PYLA 1SL0A 5FRNA 4H4MA 1Q9YA 1S1TA 3QEVA 1KTQA 1YTUA 1RBSA 1C1CA 1JLEA 4CJEA 1VRTA 1JXEA 4M41A 3DLRA 4CJUA 4M3XA 3NH2A 1SKRA 2QXFA 2ZQBA 4FM2A 3DMJA 4LH5A 4J2EA 3HPOA 3AVNA 1S1VA 3O4QA 4CHPA 1J9AA 2KZZA 4FZXC 1HNVA 4O55A 3LPTA 4W5RA 4FM0A 3CM6A 4ELUA 3HVTA 1QE1A 3KD1E 3VQCA 2KFNA 3U6FA 3MXMA 2HHSA 3NF7A 1ZBFA 2WOMA 1NOYA 3M8SA 1C0UA 3I8DA 2YNHA 4OLBA 3RMDA 1REVA 3L2WA 1RTDA 2JGUA 4J2DA 3SNNA 3ZSZA 4DLEA 3TI0A 4I9QA 1LW2A 3RR7A 3OS2A 2HW3A 2DFEA 1TGOA 4E7IA 2HVHA 1NKEA 1RDAA 3BGRA 1C0TA 1RBVA 3HL8A 4RW8A 1G15A 3LZJA 3TAPA 4KTQA 5HP1A 2XY7A 1QSSA 4CEQA 1EKEA 2NUBA 1KFDA 1YVUA 4KKOA 5KGXA 1U45A 3VA3A 3AO2A 2FC0A 3TABA 1QSYA 4MFBA 1TK5A 1RT2A 3KLIA 3OYBA 4FCYA 3SCXA 1EXQA 2OZSA 2KTQA 4W5TA 3OJUA 1N6QA 3UIQA 3OYGA 4E89A 1XI1A 4OLAA 4CJ4A 1UOCA 1WSEA 4Z4HA 4CF2A 4OPJA 4B9VA 1JKHA 3MECA 5KGWA 2DY4A 4BE2A 2YNIA 3HSTB 4FVMA 3DRSA 3QIOA 4FM1A 1IKVA 4DSFA 2A1RA 3T1AA 3QIPA 3WNHA 4Y1DA 1NJWA 3V9WA 3TANA 2D0CA 1WSIA 4CHYA 4CK3A 2HNDA 3QEWA 1VSFA 3RTVA 3S3MA 1TL3A 4DSKA 1RBRA 3EY1A 1D9FA 1KLMA 2DFFA 2Z1IA 4ZTJA 1W9HA 3HP9A 3OY9A 3KK1A 4F8RA 4OJRA 3U3GA 3V1RA 3ZSOA 1NJXA 3SI6A 4Z4EA 2ZE2A 4AH9A 5FDLA 3NCIA 1ASVA 2B5JA 4H8KA 3VQDA 4M3WA 1BIUA 1X1PA 3L2UA 2Z1GA 1HRHA 2D0BA 3LWMA 5J2MA 1N5YA 2VG7A 4DTMA 3VQAA 1Z25A 5T7BA 3NGZA 1ITGA 3DLHA 4BDPA 4DQIA 3SV4A 4FJGA 2FBVA 2Y1IA 3AA5X 3AVJA 3QESA 3U3YA 2Y1JA 4ELVA 2YNFA 4KB1A 2ZD1A 4IFYA 4DFJA 1J5OA 3C6UA 4KB0A 3ZT3A 4B8AB 4BE1A 3HPHA 4KPYA 4KHWA 4CEAA 3WNEA 4AHTA 4JS5A 5HROA 3G10A 2XHBA 4M45A 3D0PA 1I39A 5HRSA 3BDPA 4CF1A 1ASUA 1DTTA 3L3VA 4KV8A 4CGDA 2IDOA 1RDCA 1JLGA 3V9XA 2XRIA 3TAFA 4HCBA 4M3TA 3AVIA 1NJYA 1T8EA 4CJLA 1NK9A 3AVFA 4DTJA 4XIUA 1LWFA 3V9ZA 1JLQA 1LAWA 1WSJA 1QS4A 4ZHRA 1L3VA 1T7PA 1ZBIA 2Z1HA 4E7JA 3D45A 1GOBA 4Q0BA 2RN2A 3E01A 4W5OA 4CJPA 4B9MA 4FZYA 4CJ3A 4FK4A 3TR8A 4K8ZA 2HHUA 2KQ2A 3CFRA 1CXQA 2VG5A 1RT5A 3LAMA 4ID1A 4CJKA 3OYMA 4DTPA 2ATQA 2XY6A 1L5UA 4RW4A 3V1OA 4OPKA 4EZ6A 1SUQA 2KFZA 2FBYA 3LAKA 1HNIA 4KHUA 4NYFA 3L2QA 1NK8A 3ZSXA 4C8OA 3AO1A 4CEOA 4OKJA 3LP0A 4PQUA 1Z26A 3NGIA 4DTUA 4OKKA 5KTQA 3TARA 1NKCA 4RG8A 4JRPA 4DU3A 4DSEA 2HHTA 4KHSA 3ZSVA 3ULDA 3OYJA 3V6DA 1S5JA 1TL1A 3AV9A 5CYMA 4CGGA 3KK2A 4NCAA 5D3GA 1TKTA 2P51A 2BANA 4TSXA 4DSLA 5FROA 3ZT2A 1TAUA 1RBTA 3C94A 3AVAA 4CECA 4F2SA 4YNQA 1K6YA 1U48A 4ICLA 3SV3A 1C6VA 3T3FA 3QETA 4OGEA 4IG0A 4CHZA 3NFAA 1RILA 4R5PA 3QERA 3V9SA 3VN5A 4OKEA 4CGIA 1NK6A 4PWDA 4FJJA 2OPSA 3VQ6A 2P5OA 4FJ5A 4CE9A 4ID5A 2W42A 3JSMA 3NBPA 1KSPA 4LD0A 4Q5VA 4CJFA 1IKXA 1S1WA 3VA0A 3RRHA 3RRGA 3OVNA 3VQ4A 4CK2A 1RDBA 1JXBA 3M8QA 4E7KA 4CGJA 4HVJA 3G0ZA 4FJHA 5FRMA 1GOAA 1X9MA 1EP4A 4LY7A 3K59A 1HQUA 4E3SA 3AVBA 4JLHA 2PYJA 4J2AA 4Z4GA 3MEDA 3AA3A 2X6NA 5HBMA 3NH0A 2B4JA 4L8RB 1VSHA 2IC3A 4DS4A 4CERA 1BQMA 2ETJA 5CZ2A 3SQ0A 4E1MA 1TK8A 1KVCA 3AA2A 1VSJA 3VQEA 5C24A 1Q8IA 4O44A 3CFPA 4AHCA 3L3UA 3ISNC 1L3TA 1UA1A 3V81A 2OYQA 3C95A 3ZT0A 4CEBA 1DLOA 4G1QA 4Z4CA 5J2QA 1U4BA 3VQBA 3SUPA 3TAQA 4IDKA 2F8TA 3IS9A 4CFBA 4CHNA 4M3YA 1LV5A 3B6OA 2PZSA 3OYEA 3FFIA 2BDPA 1IKWA 2G8KA 1YTAA 4C8MA 4CESA 5DMRA 4CJWA 3L2RA 1BI4A 1LW0A 4N56A 3HVRA 4DTXA 1L3UA 3AVKA 5J2PA 3ASMA 3MXIA 1BI4B 2ITGA 1EETA 1HYVA 2I5JA 3F9KA 1QTMA 4PUOA 2O4IA 3LZIA 3KK3A 4BE0A 1VRUA 4HCCA 3THVA 3AVGA 4GMJB 4CIFA 2XY5A 3HO1A 2X78A 1BQNA 4KHYA 2HHQA 1SKWA 2B6AA 2HNZA 4DTNA 2YKNA 4FK2A 1JLCA 3EYZA 3NDKA 4CFAA 4F4KA 5SWMA 4O0IA 1FKPA 1KCFA 4IFVA 4CIGA 4DLGA 3QEPA 2FBTA 3IAYA 1BL3A 5JS2A 4DFMA 2IGIA 3HPGA 3LP3A 2IAJA 3P1GA 3QINA 4IBNA 3RMCA 2HHWA 1DTQA 4DQPA 1UA0A 1VSKA 4DQRA 4EP5A 4CGHA 3CG7A 4KO0A 2QKKA 3KKSA 4LH4A 4DMNA 4FLYA 3AO5A 2D0AA 1JLFA 1QQCA 4BWMA 3TAMA 4FLUA 3V9UA 4HUGA 1C1BA 1F21A 3SPZA 5HLFA 4FLZA 5KRTA 1YT3A 4F3OA 4KHQA 1A5VA 1VSDA 4FK0A 3O3HA 2WONA 3DYAA 3K5LA 4RW7A 5CYQA 3ZSQA 3OS0A 3QNNA 3HM9A 1L3SA 1JLAA 4CCHA 1U04A 1D5AA 1S1XA 2VWJA 3DLKA 3QLHA 3H08A 3O3GA 4E7HA 5HRPA 3TAGA 3ALYA 4RW6A 4CEEA 4DSJA 2EHGA 4Z4IA 4Z4FA 2KW4A 3RMBA 3NAEA 3WNFA 3SQ2A 3LANA 1IKYA 4O5BA 3O3FA 4FJKA 3KLHA 4K8XA 4DTRA 1NK0A 4NCBA 4FLWA 5E41A 4KHNA 1XHXA 4DU4A 5JS1A 3AVLA 3AVMA 1WSGA 3ITHA 1WAFA 4JRQA 3NF9A 3PY8A 4KFBA 4C8LA 1O1WA 1BCMA 1TV6A 3SUNA 1S9EA 4F2RA 1S1UA 1ZBUA 4O4GA 4C8NA 4CHQA 5EU7A 2E6MA 2G8UA 1TKXA 2HHVA 1EX4A 1ZBLA 1Y97A 3OJSA 1CZ9A 3A2FA 4FJ9A 4LSNA 2QKBA 1S9GA 3DM2A 4N5SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYIA 1C1AA 3AVHA 1DT9A 4OPHA 3KLFA 1YVNA 2YJFA 2RPIA 2FBXA 2OZMA 4FO0A 3S41A 5GINA 1TVRA 3VOVA 5C42A 4KAZA 1QQNA 3LP2A 4CZIA 3AVCA 2Q31A 5HRNA 1YAGA 1T03A 3I33A 3ID6A 1UWBA 4B08A 1XMOK 4CEFA 1RTHA 4YY3K 2OPPA 2QM1A 4JHDB 2HVIA 3LWLA 4MO4A 4B9SA 4UQGA 1RTJA 2QK9A 2ZGYA 2Z1JA 1QZ5A 3F73A 2EX3A 4YOWA 2HBJA 1RDDA 1N32K 1KLNA 2PFUA 3PSIA 4JI7K 3C7NB 4BRKA 2FSKA 2BE2A 4O0JA 4IEEA 4NYNA 4FWMA 4CBXA 2A6AA 3A0IX 5AQLA 5AZIA 3QO9A 5GAGP 2E6LA 1FXXA 4FWRA 3KZBA 4H5RA 4IOXA 2P9SA 1ZYQA 3L4QA 5AQOA 3MK6A 2YKMA 3LP1A 1VSIA 1NK7A 5BRDA 3PO4A 3BZKA 1KVAA 1OKJA 5KI6A 2F8SA 4CD3A 4FJIA 3M1FA 5BREA 4AHVA 3L8BA 4IJNA 3I0SA 2YCHA 1NGAA 4QCLA 2QTDA 5FPNA 3ATUA 3TTCA 3MN7A 4M7XA 2VWKA 1KRPA 4B3OA 4LF6K 3CJAA 3CFOA 3SMPA 4B9NA 2NRWA 3MAQA 3PO5A 3GBTA 3LM9A 3MXJA 4CJ5A 4DTSA 2V7ZA 4CJ7A 3UE5A 1HJRA 3HYFA 4B3TK 2OA8A 1TYQA 3K5OA 4LC9B 3KTQA 5FPEA 2P9KA 4RW9A 1XHZA 3KVGA 3UKUB 3AARA 4FJLA 1S22A 4KREA 2F9TA 3SBTA 5CY4A 2P5GA 4OVLA 4MO5A 3NF8A 4ILHA 4N76A 4E19A 4I2PA 4IG3A 3CC4N 4QS9A 1SKSA 2VYPA 4FLVA 4HUEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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