4CJ3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj3A00
1WNSA 3KK2A 2IAJA 4MQ3A 4WE1A 2XY6A 3THVA 1SKSA 4YNQA 1BCMA 4CF0A 2WOMA 3OYLA 4FXDA 4DTMA 4BWJA 4RG8A 3T19A 1QS4A 5DK5A 3I8DA 4DU4A 5J2NA 1BQMA 1SL1A 1TK0A 3VQBA 4CGHA 5FROA 5HRPA 4PQUA 2KZZA 4CHYA 1QHTA 2KZMA 4AHSA 4OPJA 2HHXA 1NK5A 3C6TA 3D45A 1D8YA 4DSJA 4IBNA 1T03A 1ASVA 3NF7A 1RDDA 1UA1A 3WNEA 3PX6A 1BIZA 4CEFA 3V9UA 1VSMA 3T3FA 4FJIA 2BANA 1T05A 3U6FA 4IDKA 1SV5A 3V81A 1UAXA 4I9LA 3TR8A 3BDPA 2OZSA 2AJQA 1RBRA 2G8UA 1S9EA 3CM6A 3KIOA 1U4BA 3OYKA 1W9HA 4DSKA 4FLZA 1WLJA 2G8VA 1HNVA 1WN7A 1TKDA 3CFOA 1KSPA 1QSLA 4Y1CA 5FRMA 3ZT3A 3K5MA 1NOYA 2XY7A 4O4GA 3SPZA 5I42A 1ZBLA 3VA3A 4Y1DA 1NKCA 4MFBA 2G8HA 3LAKA 3CFRA 3MEGA 4FLWA 3SUOA 1KVBA 3ZT2A 4B9LA 4M3TA 1JLQA 2VG7A 3K5OA 4J2EA 3OYHA 3RMBA 2HHWA 1WAFA 2VWJA 1FXXA 4M3XA 1HQUA 5E41A 2Y1JA 1LW2A 3CQ8A 4ID5A 1RDAA 3ZCMA 3ZSVA 4F3OA 3LZJA 3AO5A 3L2UA 4FJNA 3G0ZA 1IKWA 1BIUA 1RT1A 3D0PA 3LP1A 1TAUA 4HCBA 1RBUA 1U04A 3V4IA 3HO1A 3ZSZA 4DTNA 2YHBA 3OYMA 4FM2A 1I3AA 3G10A 3PUFA 5C42A 4L8RB 4KHQA 3QEVA 4CK3A 4FJ5A 4FK2A 3MEDA 4FLYA 2RF2A 1TL3A 1VSJA 5J2MA 1RBVA 2QXFA 1X1PA 4HTUA 4KB1A 4KTQA 1S5JA 4Z4IA 4JRPA 4EZ6A 1KFDA 1LAWA 4RW9A 4OKKA 3RMAA 1X9MA 1FKOA 3DLKA 3KJVA 3DRSA 4FJLA 1IH7A 4FJGA 4UQGA 3V9WA 4CJLA 3RTVA 4CIFA 4CJ4A 3MXIA 1TKXA 1DLOA 2HNDA 3MEEA 4KHWA 4M45A 3OYEA 3HPGA 4F8RA 3VQ9A 4Z4FA 2OPPA 3HM9A 3O4QA 4FLVA 3WNGA 4NYNA 5DMRA 2B5JA 1VSLA 4CF8A 3TAPA 4DSIA 3UIQA 4N76A 5KGXA 4IG0A 3OYBA 1S6QA 3O3GA 3KK3A 3TABA 4DFMA 3WNFA 1A5WA 3AVGA 4Z4EA 4AHRA 2OPQA 2A1SA 1ZBFA 4C8NA 4EZ9A 3HSTB 2Z1IA 3I0SA 4KFBA 3V1RA 3L2QA 4CJ5A 3AO4A 4HVJA 2W42A 4E7IA 2G8WA 1Y97A 4FJHA 4JRQA 1KTQA 2OZMA 1YTUA 4E7KA 3RR7A 2P5OA 4AH9A 1JLBA 4DTJA 1G15A 3QIPA 4LD0A 3PV8A 3CM5A 4RW4A 3PO5A 3OY9A 4ELUA 1XHXA 1O1WA 2GUIA 3MXJA 4EP5A 1S1VA 5J2QA 4CGFA 1TKZA 3KD5E 4DQPA 2YNIA 3P83D 4ID1A 1VSDA 1ZBIA 2VWKA 3S3NA 1CZBA 3V9ZA 2G8KA 3ZT1A 2NUBA 1K6YA 3B6OA 2JGUA 3P5JA 1SKRA 4ELVA 1IO2A 1QE1A 4CGGA 4CEOA 3KLEA 3HT3A 1EETA 4I7FA 5CZ1A 3VA0A 1UA0A 3NCIA 3DI6A 3KLIA 3ZSRA 2X6SA 2HNYA 2YNHA 3NGYA 1C1BA 2B4JA 3VQEA 4FM1A 3IAYA 1Z25A 3NFAA 3KKRA 3V1OA 4ZTFA 3DOLA 3HVRA 3DRPA 1C6VA 3QETA 2QKBA 4E3SA 1MU2A 5JS2A 5HRSA 4NYFA 4CJKA 3AVLA 3L2RA 2YV0X 4HHTA 2DFEA 3SV3A 2QKKA 1LWEA 4NCGA 4CF2A 4CFAA 4DSEA 3U3YA 1SL2A 1RILA 1A5XA 2RKIA 3LAMA 4GW6A 5KTQA 3ALYA 1LWCA 1QSSA 3EZ5A 4CHOA 1JKHA 1CLQA 1VSEA 4CJTA 3KTQA 4CJRA 2D0AA 4CIEA 4AHVA 2ZE2A 1JL2A 2F96A 4FM0A 3ZSXA 1J9AA 4CHNA 2B6AA 3B6PA 3AVCA 3S3MA 1YTAA 4J2BA 4FZXC 2RPIA 3L3UA 2X78A 4E7LA 3ASMA 2GBZA 4DWIA 1C1CA 3ITHA 4HUFA 3QESA 3VQ5A 3AVMA 4FK0A 4PUOA 3P1GA 4DMNA 4DLEA 4FZZA 2RN2A 2JLEA 4CHZA 4AILC 2F8TA 1HQEA 4PWDA 5JS1A 1WSJA 3A2FA 2KFZA 1CXUA 2DFFA 4DTOA 4JS5A 4W5NA 3SQ2A 3TAQA 2IGIA 3LALA 2F8SA 2HVIA 3U3GA 1D9FA 3HYFA 4W5QA 4CFBA 4H4OA 4OGCA 1WAJA 1ITGA 3OS2A 2ETJA 3L3VA 3VQ7A 3OYDA 1NK4A 2XY5A 4CF9A 4KHUA 3T1AA 1VSIA 2VG6A 3VQ8A 1TK5A 1KCFA 4ELTA 1Q8IA 1YVUA 2FC0A 3AVFA 2A1RA 3HL8A 3NHGA 1NJZA 4Q0BA 2PZSA 3AA5X 2KFNA 4CJVA 2G8FA 3OYCA 4BACA 3RMCA 4B9MA 4I9QA 4FJXA 1UWBA 4CEQA 3QNNA 2HW3A 1TAQA 4FW1A 4CCHA 1JLCA 3TAFA 1X9SA 1DTTA 3BGRA 3O3FA 4FJ9A 1BI4A 2OPRA 4R5PA 3V9SA 3TI0A 1T7PA 2OA8A 4W5OA 4C8LA 4IKFA 4M3UA 3K57A 4DSFA 5HROA 4FJ8A 5SWMA 1ASUA 3LDSA 2G8IA 1RTJA 1HYZA 4CEEA 4DU1A 4J2AA 1VSFA 4CIGA 4KV8A 1IKYA 1TK8A 3S3OA 1HYSA 2ITGA 3DLEA 4CHPA 4E7JA 1HMVA 4JS4A 4OKJA 4BWMA 3AVKA 3V6DA 4CEZA 4BDZA 4DTUA 4B8CA 3QEIA 4I2QA 3NH2A 4CE9A 5J2PA 1J53A 3ZT4A 4C8KA 3ZSOA 5C25A 1RDCA 5T7BA 5J1EA 4KI6A 1C0UA 1FKPA 1TV6A 1U47A 1REVA 2KW4A 4Z4HA 1L5UA 1GOAA 4E1NA 3WNHA 4DS4A 2EX3A 4O5BA 3RRHA 4LSLA 4ZTJA 2YKNA 3FFIA 4QOZB 3RWUA 4W5RA 1KFSA 4DTXA 3DM2A 4CJUA 1C0TA 3I0RA 4CJQA 3KKSA 1JLFA 3L8BA 1S9GA 3QLHA 4KHNA 3NF8A 4FJJA 3NBPA 1ASWA 1BCOA 2LSNA 2HHUA 4DQQA 3SNNA 1WSIA 2P1JA 4CF1A 4LSNA 1JL1A 2IOCA 2XO7A 1JXEA 1UOCA 1WSHA 4O0IA 3AVNA 2WONA 3LP3A 4DFJA 4E0DA 3SV4A 4BE2A 2HHQA 4CGIA 3VQ6A 3SCXA 3SJJA 1DTQA 2D5RA 3QERA 1NKBA 3SUNA 4F2SA 4NCBA 5I3UA 5KI6A 3NH0A 1ZYQA 4N41A 4FYDA 1S1XA 4O44A 2YHAA 1SUQA 2IC3A 4QAGA 2FBVA 3DLRA 2OPSA 3KLFA 4DS5A 1XHZA 4H8KA 4KAZA 3O4NA 2VG5A 3AVHA 1R0AA 1NOZA 1RT6A 3HPHA 3OS0A 3M8SA 1BL3A 3S9HA 3TANA 3VQDA 1U48A 3DRRA 4H4MA 4FW2A 1S1UA 4CJWA 5HRNA 2Y1IA 1GOCA 4DSLA 1D9DA 3NE6A 4F2RA 3OYFA 1RBSA 1KVAA 1Z26A 4M3RA 1N6QA 2PY5A 1JLAA 4XIUA 1RTHA 1BHLA 3MXMA 4B08A 1TKTA 2PYJA 3DLGA 4M3ZA 3QNOA 2XY8A 3H08A 4PA1A 3O3HA 3AV9A 3EY1A 3AO3A 3KD1E 1EX4A 3ZSWA 1EXQA 4EP4A 2OYQA 2E6LA 1HPZA 3NF9A 4RW8A 1QTMA 3AA3A 4CJSA 4HUEA 1J54A 4GVMA 4NCAA 1VSHA 4CESA 1RNHA 1HNIA 2FBTA 5EU7A 1VRTA 4ICLA 3CYMA 4BDPA 2DFHA 4DQRA 4KPYA 4DFKA 3L2VA 2HHVA 1N5YA 3AVJA 2PYLA 3AO2A 4OPKA 4QCLA 3SI6A 4B9VA 3OYAA 2KQ2A 1LW0A 4JLHA 3M8RA 1RCHA 4DTSA 3PO4A 2Q3SA 3AVIA 4B9NA 1RT5A 5CY4A 4O0JA 4RW7A 4FK4A 2P51A 1A5VA 3NF6A 3LWLA 4DQSA 1NK0A 1ZBHA 4GMJB 1B9FA 2ATQA 5KRSA 1S1TA 3AO1A 2BGGA 2Z1GA 3CG7A 3NAEA 1C1AA 4BDYA 4DU3A 1B9DA 4B3OA 1GOBA 1W0HA 3VQ4A 1NJYA 3QIOA 3M8PA 5CYQA 3ZSYA 3HJFA 3IS9A 4DLGA 1X9WA 4YFUA 5HLFA 3NGZA 2FBYA 2BDPA 1RT7A 4E1MA 1QQCA 4IFVA 3ZSQA 2GV9A 1S1WA 1TGOA 2X6NA 3PX4A 3HPOA 1XI1A 2Z1JA 4AHCA 4B8AB 5CYMA 1ZBUA 5C24A 4FJMA 4HCCA 1I39A 4DF4A 3JSMA 4KKOA 2QK9A 3SQ4A 2D0CA 4AHUA 3OS1A 2I5JA 1KLMA 1IG9A 3C94A 3LPTA 4BE1A 1NK7A 5HP1A 4HUGA 4KTWA 3SYZA 4B9UA 4K8ZA 4FVMA 4J2DA 1IKXA 2D0BA 4DG1A 4KHYA 5D3GA 4CGJA 4CJ3A 3CFPA 3SZ2A 4IFYA 4G1QA 3LP2A 2R7YA 1J5OA 3NDKA 3DYAA 2FBXA 3K5LA 1HRHA 3VQAA 3HK2A 2HHTA 1LAVA 1TL1A 4OVLA 4RW6A 3TWHA 4CK2A 5KGWA 1NK8A 1B92A 4KO0A 1WSGA 2HVHA 1WSEA 3V1QA 4Z4GA 4B9SA 1XWLA 3AA4A 3AA2A 2EHGA 4CEDA 1CZ9A 1TVRA 3OVNA 1L3SA 4E19A 3K5NA 3DLHA 5FRNA 1BISA 4OLBA 1RTDA 4B9TA 3OYNA 2P5GA 4FJKA 4N56A 3SQ0A 3C95A 3M8QA 1NJWA 4DQIA 2O4IA 3TAGA 4KHSA 2YNFA 2XRIA 1RBTA 5CZ2A 1Q9YA 4OLAA 1F21A 4BE0A 4DTPA 4FJ7A 2KTQA 4CFDA 2HB5A 3DMJA 1HJRA 1BGXT 2YKMA 3K2PA 4OJRA 4OGEA 5HRRA 4C8MA 3ULDA 3QEPA 3RR8A 4Q5VA 3HVTA 4KREA 4CJPA 3ZT0A 4CERA 3QEWA 4K8XA 4KI4A 1JXBA 4CFCA 3KK1A 1C0MA 3OYJA 2O4GA 2HHSA 3QEXA 1VRUA 4O55A 2E4LA 4N5SA 4F4KA 4KB0A 4M42A 3TAMA 4KRFA 3MECA 2IDOA 3OYGA 1Q9XA 3JYTA 3C6UA 1NKEA 3KLHA 1XC9A 4DFPA 4F3TA 3EYZA 4M41A 4IG3A 4AHTA 4CECA 3NGIA 1QSYA 4W5TA 1NJXA 1NK6A 3OJSA 3OYIA 1L3VA 2HMIA 3K59A 3HXMA 1D5AA 3RMDA 1FK9A 4FLTA 3LANA 1RT3A 1U45A 4E7HA 1SL0A 1RTIA 2ZQBA 4E89A 3MAQA 1U49A 2DY4A 2DTUA 1CXQA 4Z0UA 4DTRA 1L3UA 4OKEA 3SUQA 4CJEA 1WSFA 3TAEA 3SUPA 3PY8A 4CEBA 3AVAA 4PY5A 3VQPA 4Z4CA 4ZHRA 2IS3A 1YT3A 3HP6A 3F73A 1EP4A 4FLXA 1NK9A 4M3YA 5K14A 3QO9A 3L2WA 3V9XA 3LPUA 1SKWA 2Z1HA 1T8EA 4FZYA 1EKEA 4KTZA 1KRPA 1BI4B 3DLBA 5FDLA 1HYVA 2HNZA 3IRXA 3SPYA 3AVBA 4FCYA 3VN5A 3QINA 4I2PA 2BE2A 3VQQA 1JLGA 1VK0A 2X74A 3VQCA 4N47A 3TARA 1RDBA 1VSKA 2E6MA 1KVCA 4LH5A 4TSXA 4CHQA 3KLGA 3K58A 4FLUA 4C8OA 1BQNA 3LZIA 1RT2A 1KLNA 4M3WA 1JLEA 3DOKA 1S6PA 3SQ1A 1LWFA 5SZTA 3LWMA 3NH1A 1L3TA 3E01A 3ISNC 4CGDA 4CK1A 4DF8A 1IKVA 3HP9A 1RT4A 4CJFA 3LP0A 5HBMA 2ZD1A 4CEAA 5KRTA 3F9KA 3IG1A 4LY7A 2XHBA 3PX0A 1LV5A 4LH4A 3OJUA 3RRGA 2YNGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YVNA 3NMUA 1ATRA 3THVA 4B1YB 3OYLA 3BF3A 4IFEA 3WXMB 4DU4A 5J2NA 1QS4A 5EXWA 1QHAA 2KZZA 4CHYA 2KZMA 5M1PA 1MWKA 3C6TA 1T03A 1UA1A 1RDDA 1XMOK 2UXBK 5FLXO 4JI0K 4IOCL 3U6FA 5A2QO 1XNQK 2P9IA 2OZSA 1TUYA 2G8UA 2NRVA 3OYKA 3T1YK 2WC9A 4FLZA 1OH8A 1QSLA 1EWRA 3SJHA 4DV7K 2XY7A 3SPZA 5I42A 2QW9A 4Y1DA 4LFAK 3CFRA 3SUOA 4M3TA 1BU6O 3JAMO 2FLOA 1BG3A 1RDWX 1WAFA 1FXXA 5LL6Z 1HQUA 5E41A 2Y1JA 4M3XA 1MDUB 2HBJA 5LJWA 1RDAA 4MLEA 3ZSVA 3LZJA 3AO5A 3D0PA 1TAUA 2ZJPL 1RBUA 1U04A 3U4LA 3V4IA 3HO1A 3OYMA 2NRWA 4CZMA 4FK2A 4IDHA 1VSJA 5J2MA 4HTUA 1S5JA 4JRPA 1LAWA 3CCEN 1OVYA 4OKKA 3RMAA 4FJLA 3LM9A 4FJGA 1O13A 3ID6A 3V9WA 2AP1A 3C6HA 3T1HK 3TTFA 1BOTO 1DLOA 4M45A 3HPGA 2OPPA 3CCQN 4NYNA 3I56N 3VEYA 4CF8A 5AQPA 4N76A 5KGXA 3T69A 1Q82O 3O3GA 4WQ4A 3WNFA 2A1SA 1OVQA 4C8NA 2W42A 3V1RA 3L2QA 1Y97A 3VGLA 3O9SA 1VQPN 4JAXA 4CVNE 4EHTA 4JRQA 1YTUA 4C1NK 3RR7A 4B1WB 1K8KA 3FZHA 3PO5A 5KQDA 1O1WA 1V4TA 4LFBK 3MXJA 4XH5A 3SMPA 4CGFA 4DQPA 3CCMN 2YNIA 3S3NA 2G8KA 1T6DA 4ELVA 4CGGA 3AARA 1V4SA 3CQYA 1EETA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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