4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
4CFDA 3DLGA 3THVA 1WAFA 3PV8A 4Z4CA 1D9FA 1UWBA 3TAQA 4CEOA 2X6SA 1Z26A 3KLFA 2BE2A 3V9WA 3OVNA 5HLFA 3PY8A 4NCAA 1RBSA 4DTNA 4ZTFA 4J2AA 2YKNA 4MFBA 1VSEA 3O4NA 4N47A 4DU4A 3BGRA 1QSYA 1U45A 1U4BA 2IDOA 2IS3A 3DLBA 2EX3A 3SPZA 4RG8A 3QETA 4O55A 3KLGA 4J2DA 1J53A 3V9UA 3NH2A 4KKOA 3ZSYA 4FLVA 5HRSA 4PA1A 3AA5X 3LAMA 1BCOA 1N6QA 1A5WA 1RT3A 4F3TA 3ZSZA 4JRPA 2G8WA 1RNHA 3HM9A 4R5PA 4Q5VA 3SQ1A 4I9QA 3K5OA 2W42A 3T3FA 4QAGA 4DTMA 4M3RA 4K8XA 1RBRA 1I3AA 4BDYA 3ITHA 5J2NA 3SV4A 1RBVA 1BIZA 4KHYA 4HUGA 1S1WA 2KZZA 1DTTA 4HCBA 2D5RA 3HO1A 4Z0UA 3SPYA 4M45A 1U48A 3AVAA 1R0AA 2KW4A 3DM2A 1TAQA 3P1GA 5C24A 1JL2A 2O4IA 4N56A 3U6FA 1D9DA 1B9DA 1SUQA 3DRPA 1GOAA 1TL1A 1I39A 3AO5A 4FJIA 3VA3A 4IKFA 1KTQA 2IOCA 4FLXA 1JXEA 3NH1A 3QINA 1TKXA 4IDKA 4M3WA 1WSEA 3IS9A 1KVCA 3L2RA 1LAWA 3CYMA 4IG0A 2OYQA 4CJ5A 4CE9A 1RDAA 1XI1A 1NOYA 3K2PA 1RT4A 3L3UA 1HRHA 3SCXA 4FJKA 4E7LA 3V81A 4HHTA 4BDPA 1BQMA 5J2QA 4H8KA 2BDPA 4CJFA 3DRRA 4CEEA 3RR7A 3KKRA 4FYDA 1GOCA 2HHXA 4ICLA 2DY4A 3HYFA 5KGXA 1EKEA 3SYZA 1S9EA 1LWEA 4FLWA 4MQ3A 1S1UA 4E7HA 3V9ZA 3TR8A 2A1SA 1ZBUA 2ATQA 2ZE2A 3QEWA 2F8SA 3VQDA 4CJQA 1C0UA 5FRNA 4F2SA 4CJWA 1X1PA 3O4QA 2VWJA 3NGIA 3TWHA 3RMAA 1RT7A 3C94A 4HTUA 1QS4A 2ZQBA 3KLHA 1SKSA 2B6AA 1VRTA 3WNEA 4CIFA 1Q9YA 4OGEA 4CHOA 2YNIA 1T03A 1RTHA 3HSTB 2OPSA 4B9VA 1XHZA 1F21A 2BGGA 3IRXA 4CFAA 1XC9A 4KB0A 1FKPA 3KLIA 1UAXA 4FJ8A 2E6LA 2KZMA 3NDKA 3OS1A 2D0BA 3SJJA 2P5GA 3OS0A 4KHSA 3ZCMA 4DS4A 4FM0A 1RTJA 4KPYA 1JLQA 2G8IA 3L2UA 4Y1CA 3CFPA 3SQ0A 4DTRA 2GUIA 2FBYA 1IKYA 1LAVA 5JS2A 2Z1IA 3L3VA 4IBNA 4DFMA 3MXMA 1IG9A 4OLAA 4HCCA 1C0TA 4FLUA 3RMCA 2KFNA 4ID1A 2DFHA 1X9WA 2F96A 3OYLA 3VQQA 1LWFA 3V1QA 1BCMA 4B08A 3NAEA 1T7PA 2FBXA 3LP3A 2PY5A 3NGYA 4CHNA 4O0IA 3QLHA 2X6NA 4KTWA 3ASMA 3QEIA 3IAYA 3I0RA 3O3GA 1VSIA 3DYAA 3LZJA 1HNIA 1UOCA 1REVA 4M41A 3AVCA 4DF4A 3QEXA 1LV5A 4Z4EA 3VA0A 3L2WA 3C6UA 3ISNC 1T05A 1BIUA 1L3UA 4M3ZA 3CQ8A 2RN2A 3SUNA 4KO0A 2HNZA 4OKKA 1IKXA 3PX6A 3OYKA 3SQ4A 4O44A 3PX4A 3S3OA 2G8KA 1K6YA 3HPGA 1S6PA 4NCBA 3AO4A 4KV8A 4RW4A 5I3UA 1QE1A 3O3FA 3H08A 4J2EA 3B6PA 4ID5A 3RRHA 4EZ9A 4E3SA 1D5AA 1U49A 4LY7A 4FM1A 3PUFA 3LP1A 1FK9A 3CM5A 3AVMA 3RMBA 4CJ4A 2YHAA 1NKEA 3M8RA 4F4KA 2RKIA 1DTQA 1TKDA 3PX0A 2OZSA 1A5VA 4CJSA 1KRPA 3SI6A 3RTVA 1S1VA 3D45A 3KK1A 3C95A 1NK0A 3KD1E 4FJGA 2WOMA 3OYCA 1RT1A 3HJFA 1RT5A 3NFAA 2OPPA 3M8SA 3EY1A 4OKEA 3AVIA 2VG5A 4CK2A 1CZBA 1RDBA 1BHLA 2XY7A 3DLEA 1J54A 1N5YA 2B5JA 4FJXA 3HP6A 5HBMA 4AHTA 4KTQA 2G8VA 3NGZA 4KI4A 4M3UA 3OYBA 2XRIA 3AVGA 3T19A 3QNNA 4OJRA 4HUFA 4RW6A 4OVLA 2P51A 3T1AA 3U3GA 3L2QA 4E7KA 3SUOA 4C8OA 4CJRA 4PUOA 3AO1A 2KFZA 2DFFA 3ALYA 4QOZB 4JLHA 3IG1A 4IFYA 1KSPA 1SL1A 3QEPA 4J2BA 4UQGA 1RDCA 1WSHA 3OY9A 1QSLA 4LSLA 1UA0A 2YV0X 4RW7A 4CHPA 4DWIA 4DSEA 4CJPA 3VQEA 1C6VA 3QO9A 2VWKA 4DTJA 4DG1A 4B9MA 2Q3SA 1RTIA 3DOLA 3OJUA 3NF6A 4KFBA 3KK2A 2A1RA 1WNSA 2XO7A 2DFEA 1VRUA 3P83D 3NF7A 4CJUA 3V1RA 4FCYA 4CGDA 5J2MA 4K8ZA 3LWMA 5JS1A 4I2QA 1HYSA 3SV3A 4PQUA 4E1MA 3AA4A 4FJNA 4M42A 1ZBFA 3LZIA 1JL1A 3AVLA 3ZT3A 4FK2A 4NCGA 4CEBA 3V9XA 3V1OA 1L3SA 5CZ2A 3SUQA 2B4JA 4W5NA 1ZBHA 1SKWA 2RPIA 1T8EA 4HUEA 3OYGA 1TK5A 1L5UA 4KHNA 3SUPA 1VSHA 4W5RA 3OYDA 2GV9A 4CHYA 3JSMA 3AVJA 4CIGA 3LDSA 1QTMA 3VQ9A 4Z4IA 2IC3A 1XWLA 2IGIA 3V6DA 1J5OA 2PYJA 4DSLA 1HQUA 2KTQA 1G15A 3K5MA 1U04A 2OZMA 2XY5A 1EP4A 2HHSA 4DTSA 5CZ1A 3BDPA 3G0ZA 3VQ8A 5SWMA 1VSFA 1KFSA 4E7JA 2QKBA 2BANA 2Y1IA 2EHGA 4I2PA 3WNGA 4C8LA 1QHTA 1S1TA 3KTQA 3LPUA 3AA3A 3VN5A 1TK0A 2YNHA 1JLBA 4BWJA 1QSSA 4EZ6A 3QERA 3HPOA 4FLZA 3NF9A 4CJLA 1BGXT 4Q0BA 3F73A 2RF2A 3MXJA 4BWMA 2HNYA 4H4MA 1NOZA 4LH4A 2ZD1A 3ZSQA 4CHZA 3KKSA 1S1XA 3DOKA 4FW2A 1WSFA 2VG7A 4OPKA 3OJSA 3EZ5A 4FZXC 1C1AA 2I5JA 2OPQA 3CFOA 3QESA 3TAGA 5KTQA 2HHVA 1RT6A 4TSXA 1U47A 4C8KA 4CJTA 1XHXA 5SZTA 1NJYA 1IKWA 4DU3A 1KLMA 4OLBA 3LALA 1Q9XA 4DMNA 3KLEA 4CJEA 4CCHA 2G8HA 4E0DA 3KJVA 4FZZA 1EXQA 2XY6A 1MU2A 1WSIA 1Z25A 2E6MA 4CFCA 4LSNA 2AJQA 1KVBA 4FJLA 3ZT1A 4KTZA 3TARA 2HHQA 4RW9A 5K14A 1GOBA 1WAJA 3B6OA 3MEGA 2NUBA 4DTXA 1NK9A 3K59A 4DLGA 1CXUA 3PO5A 4F2RA 4CGJA 1HNVA 4CF8A 1EETA 5KRTA 3DLKA 1D8YA 1ITGA 4FK0A 3NHGA 1B92A 1X9SA 1TVRA 1BISA 4B9TA 3LPTA 3RR8A 3OYNA 1JLAA 1NK6A 2YHBA 4LD0A 4CESA 3AVHA 4CJVA 4FJHA 4CEQA 3ULDA 4CJ3A 4FJ5A 4F3OA 1SKRA 4KHWA 3DI6A 4E19A 5DK5A 2HW3A 1VSDA 3VQ7A 5C42A 2XHBA 1NKCA 3KIOA 3HT3A 1CZ9A 1JXBA 4DQRA 3I8DA 1ZYQA 2FBVA 4O0JA 3PO4A 4O4GA 1SL2A 1J9AA 4KB1A 4DSKA 1S5JA 3OYMA 4PWDA 4H4OA 3HVRA 1TL3A 1RCHA 4DFPA 1YTUA 2Y1JA 2E4LA 1ASUA 5HRRA 1VSKA 5KRSA 4M3TA 1TKZA 1A5XA 3AO2A 4O5BA 3VQ4A 5T7BA 3MEEA 3AVNA 1IH7A 3LAKA 4CF0A 1C1BA 5HROA 3V9SA 4FVMA 4M3XA 1S9GA 1FKOA 2GBZA 4CERA 4W5QA 3KD5E 2Z1HA 3VQBA 3S9HA 4ELUA 3TAMA 3NE6A 2HVIA 4OGCA 2YKMA 4B9NA 1Y97A 4CF9A 2D0AA 2ETJA 1HQEA 4DU1A 1NK5A 4N76A 1VSJA 3MAQA 1WLJA 4NYFA 4FK4A 2Z1JA 1RTDA 3AVKA 3VQPA 3TAEA 3ZT0A 4N5SA 1HMVA 1BI4A 2VG6A 5J2PA 4KAZA 1JLFA 3P5JA 1W0HA 3CM6A 4BE1A 1TKTA 3ZSWA 2FC0A 4Z4GA 1WSGA 1HYZA 2QXFA 3FFIA 1C1CA 4NYNA 4AH9A 4Z4FA 2D0CA 3OYFA 5KGWA 3AO3A 1LW2A 1HYVA 1O1WA 4ELVA 4CECA 1KFDA 2HHWA 1KVAA 4B8CA 4DFKA 3CFRA 4DS5A 2OA8A 4KHQA 1IKVA 1JKHA 1RBUA 1ASWA 3SNNA 4ELTA 1WSJA 1TK8A 1LWCA 4AILC 5CYQA 3MEDA 3ZSRA 3V4IA 4B9UA 4FLTA 4KI6A 4FLYA 4BACA 4DQPA 1IO2A 3A2FA 1TV6A 4B8AB 4W5TA 3VQCA 3O3HA 3OYJA 2P1JA 3D0PA 1SL0A 4IG3A 3SZ2A 3ZSXA 3UIQA 1DLOA 4QCLA 4AHUA 1L3TA 3QIPA 3CG7A 3DLRA 4CEDA 4CK1A 5E41A 4AHVA 4W5OA 3QEVA 1QQCA 5KI6A 3SQ2A 2Z1GA 1W9HA 2HB5A 3C6TA 4DF8A 2XY8A 4E89A 1CLQA 1VSLA 4LH5A 4XIUA 5HRPA 1X9MA 1YVUA 4DTPA 1NK8A 1BQNA 2X74A 4Z4HA 4CGFA 3AV9A 1KLNA 2OPRA 3NH0A 3VQAA 4DSFA 4FM2A 1TGOA 4CF1A 4B3OA 4CK3A 3LWLA 2ITGA 3LP0A 4G1QA 2HMIA 2KQ2A 4DLEA 1NK4A 3K58A 3VQ5A 1LW0A 2IAJA 5C25A 3OYEA 3QIOA 4CIEA 1ZBLA 1NJXA 4CJKA 1ASVA 5CY4A 4M3YA 3DMJA 4CEZA 1JLGA 4Y1DA 4GW6A 3DLHA 4OKJA 2P5OA 1NJZA 1BL3A 3WNHA 4CEAA 2X78A 4YFUA 1HJRA 3K57A 3F9KA 3DRSA 3G10A 3OYHA 3HVTA 3QNOA 1HPZA 4OPJA 3TABA 4RW8A 2PYLA 3LANA 3LP2A 2FBTA 2HNDA 3ZSVA 4FXDA 4C8MA 1B9FA 5EU7A 4DQQA 3OYAA 4EP4A 1YT3A 4FJJA 3HPHA 4C8NA 5HRNA 4I7FA 2YNFA 3HP9A 3S3NA 4FJ9A 2WONA 4B9SA 4FJMA 3ZT4A 3M8QA 5D3GA 4WE1A 1KCFA 2HHUA 3NCIA 4FJ7A 3M8PA 4BDZA 2JLEA 4DSIA 3RWUA 1BI4B 4DQSA 3E01A 1JLCA 3ZSOA 2F8TA 5J1EA 1L3VA 3L2VA 3HK2A 3AVBA 4DTUA 2QKKA 4DQIA 4KRFA 4BE0A 1NK7A 4E1NA 1JLEA 4AHRA 4ZTJA 3NBPA 4JS5A 4DSJA 1TAUA 2O4GA 4BE2A 3WNFA 4F8RA 3MXIA 1C0MA 1FXXA 3EYZA 3K5LA 1S6QA 3KK3A 2LSNA 1VK0A 3AVFA 4AHCA 3L8BA 3HXMA 3MECA 2G8FA 2HVHA 4HVJA 4CFBA 4FZYA 1ZBIA 2YNGA 3OYIA 2HHTA 3NF8A 4DTOA 1EX4A 4AHSA 4E7IA 3K5NA 1SV5A 4FW1A 3RRGA 4PY5A 3AA2A 2DTUA 4JS4A 3TAPA 5FDLA 4GMJB 5I42A 2PZSA 3OS2A 4EP5A 3TAFA 4IFVA 4B9LA 4YNQA 4CHQA 1CXQA 1Q8IA 5FROA 1RT2A 1YTAA 3HL8A 3S3MA 4CGIA 4L8RB 1UA1A 4DFJA 3JYTA 4CEFA 5FRMA 1RDDA 1RBTA 5HP1A 4KREA 3TI0A 1NJWA 2QK9A 4GVMA 4I9LA 3RMDA 3U3YA 3TANA 2JGUA 1WN7A 3I0SA 4ZHRA 1RILA 1VSMA 5DMRA 4KHUA 4CGGA 4CF2A 3ZT2A 4N41A 2R7YA 1NKBA 5CYMA 3VQ6A 2G8UA 4JRQA 4CGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PV8A 3VEWA 1TYQB 1D9FA 1UWBA 1KQSM 3C7NA 5HLFA 2QXLA 2P9PB 4ZTFA 4A5AA 2YKNA 4MFBA 4YOTA 3BGRA 1U45A 2IS3A 4KHPK 3S41A 1EO1A 3QETA 4O55A 3ZSYA 3LAMA 1QQMA 4BC5A 1RDWX 1A5WA 4MO5A 1OVYA 3ZSZA 1N36K 2V51B 1RNHA 3K0SA 4JK9A 5AQJA 4DTMA 1DGKN 1W2BM 4BY9C 4WYBA 4F9OA 4Y0WA 1RBVA 2HBJA 4IDHA 1SS6A 4FSVA 3SPYA 4LF7K 1Z6RA 3AVAA 4K42A 3DM2A 4BRNA 1B9DA 4BRQA 2NRTA 2O8FB 1P90A 2HOEA 3NH1A 4IOAL 3F2KA 3CYMA 4BGAA 4CJ5A 1LOTB 1QZ6A 3K2PA 1RT4A 3SCXA 1DEJA 1NMNA 1BA1A 4BDPA 1N32K 5M1PA 1VQ5N 3OTOK 3DRRA 4CEEA 2P9NB 4FYDA 1GOCA 4IFEA 4PL8A 1S1UA 4AQYK 4E7HA 1ZBUA 1ZXOA 4A62A 3O4QA 3NGIA 3NMUA 1RT7A 4HTUA 2ZQBA 3KLHA 3QICA 2B6AA 1VRTA 3WNEA 1N34K 3SAHA 4CHOA 2CGJA 3MCAB 1P8ZA 4FWSA 5TKWA 5M1QA 4CFAA 1XC9A 4CVNE 2KZMA 3D7EO 3SBGA 3J7YP 3OS0A 4KHSA 3ZCMA 4FM0A 2G8IA 5KQ8A 3TPQA 3SQ0A 4DTRA 1IKYA 1YITN 3L3VA 3MXMA 3EO3A 5FPEA 1U6ZA 2F96A 4M7XA 5AQNA 1U2VA 4KTWA 3QEIA 4JKDA 3O3GA 3DYAA 3CPEA 4M41A 5AFUA 4M3ZA 1L3UA 5EX5A 3CQ8A 5EVZA 3PSIA 1HLUA 2GUPA 3SQ4A 4CZMA 4DR2K 4KV8A 3ZEUA 4IOCL 2E2QA 3E1YA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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