4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
4CEQA 3T3FA 4PY5A 3CFRA 1B92A 1VSKA 4E3SA 3AVHA 4RG8A 3DOLA 3SI6A 1TKDA 4K8XA 2LSNA 4CE9A 1Y97A 3OS1A 4M3RA 4H4OA 3SUNA 1U45A 1GOAA 2KW4A 1NK0A 1BIUA 3CFOA 3D0PA 4OGCA 1VRTA 3NH2A 3AVIA 5KI6A 1BISA 1D5AA 3LWMA 4F8RA 1RBSA 4TSXA 1EKEA 3TI0A 5KRSA 2Q3SA 2RPIA 3RMCA 1QS4A 3VQ5A 2E6LA 2W42A 5SZTA 1NJWA 3K2PA 4C8KA 3O3GA 2R7YA 1GOCA 3T1AA 2D0BA 4Y1DA 3OYNA 3V4IA 3NE6A 3QEXA 2X78A 3ZSOA 1WSHA 2P51A 1JLQA 3I0SA 4OKEA 4KB0A 4DTSA 4DF4A 4BWJA 4FK0A 1A5VA 1JLBA 4M41A 4DMNA 3K58A 3SQ0A 4KPYA 4KHYA 2XRIA 3MEGA 1C1BA 1N5YA 2OZSA 1C1CA 4ID5A 3M8RA 1U47A 4OKKA 3IAYA 3BDPA 5DMRA 3ZSYA 3MEEA 4OJRA 4CF2A 1RT3A 4Z0UA 3KK1A 1T7PA 1RDAA 2Z1HA 4FJHA 3SPZA 4M3TA 1JL2A 2KZMA 3OYEA 1JL1A 1WLJA 4LSNA 1Z26A 2VWJA 3L2VA 2KZZA 3RRGA 4KHQA 4IDKA 4DSJA 2OZMA 4AHCA 1UWBA 3AVKA 1SV5A 1WAFA 4FK2A 4CJKA 3HJFA 4AHRA 1XHZA 1RILA 3LWLA 1RT6A 4N5SA 4OLAA 3ITHA 4DTRA 1LWEA 1D9DA 3AA2A 1TKTA 4O55A 4C8LA 3SQ1A 2A1SA 3SUOA 3ZT0A 1VK0A 5CYQA 1MU2A 4FVMA 3QESA 3MXMA 3KLGA 3SNNA 2HNYA 4CGGA 4DG1A 4Z4CA 1TGOA 3ZSZA 4B9NA 1QSSA 3M8SA 2XY7A 4BWMA 4DTMA 2QKBA 4RW4A 3QLHA 4CGFA 3HP6A 2XY5A 4KO0A 3QINA 2E6MA 5C24A 4BDZA 4FZXC 2G8UA 4DSKA 4C8NA 4JRQA 1S9GA 1TL1A 2G8FA 2YHBA 3OYBA 1XHXA 4PWDA 3AVFA 4LSLA 4KREA 1HYZA 1CZBA 1C1AA 2D0CA 4IFYA 2YNGA 4GW6A 4FW1A 3PX0A 1L3UA 4DSIA 1LAVA 3ZSWA 3S9HA 4CJLA 3SJJA 4BDPA 4F3TA 2OPRA 2DFHA 3HSTB 5I3UA 3CQ8A 1ASWA 1DTQA 1KLMA 5CYMA 3K5LA 4GMJB 3AO4A 4DFPA 1NJZA 5HLFA 3MAQA 1XI1A 4M3XA 4CCHA 4FLTA 3U6FA 1RT5A 2NUBA 3PY8A 1XWLA 4DTXA 1LW2A 3VQQA 4CEBA 4DLGA 4CGDA 4CJ3A 3THVA 1HRHA 4B9LA 4G1QA 2HHUA 3DLEA 3IG1A 3C6UA 3NF7A 3AO2A 5KRTA 4OGEA 4R5PA 1VSHA 3K59A 4EZ6A 4KHUA 4AHUA 4AILC 2HHTA 1WSEA 4DLEA 3L3VA 3HPGA 3K57A 1QSYA 4CEFA 4DSEA 3QNOA 3AVAA 3AO1A 3RMDA 3QEPA 4H4MA 5JS2A 1NKBA 2G8KA 3SV4A 4JLHA 3ZT1A 4IBNA 3V9ZA 4DTUA 4DQIA 3HT3A 3OYFA 1S6PA 1ZBFA 1NK4A 4FLYA 1JXEA 4CJFA 4FJ8A 2EX3A 3WNGA 1U04A 4FM0A 4FLWA 3TAEA 3L2WA 1X9MA 1VSLA 4KHSA 2HVIA 4O4GA 3OJUA 4J2BA 4KKOA 4RW7A 4CHNA 2BGGA 1C6VA 4CFBA 4IG0A 4CIGA 1TK8A 1JLAA 5D3GA 1BQMA 4H8KA 1YTUA 2HVHA 3KLHA 4B9UA 3AVJA 4O5BA 4E19A 2IC3A 2ATQA 1C0MA 3KLEA 5SWMA 5J2QA 4LD0A 4CHQA 3DLKA 1NK6A 2G8IA 1FKPA 1HPZA 3S3MA 4Y1CA 4KI4A 4OLBA 2F8SA 2BANA 3QNNA 1RNHA 4I9LA 2IAJA 2WOMA 3V9UA 1T05A 2AJQA 5CY4A 3SUQA 4NCBA 3NCIA 2YKMA 3DOKA 3P5JA 4Z4HA 4EZ9A 1U49A 2JLEA 1T03A 1UA1A 4DS5A 4NYFA 4W5OA 3VQAA 1U4BA 1TKXA 2YHAA 3DLGA 3RR7A 2OYQA 3JSMA 3QIOA 4B8AB 3EYZA 3AVGA 4CFAA 4UQGA 4HHTA 4DFKA 4HUFA 1XC9A 3CM6A 3KLFA 2HHVA 3HPHA 2IOCA 1BL3A 3HVTA 3DRSA 1NJXA 1J53A 2Z1GA 3RRHA 1W9HA 4FLUA 1CXUA 3HL8A 1O1WA 2ZQBA 4NYNA 4M3UA 3H08A 5HRRA 3RWUA 5K14A 2D0AA 1JXBA 1NK5A 4DQPA 1RT1A 3ASMA 1D9FA 3TAGA 1KVCA 4OPJA 1UA0A 4AHVA 4FLZA 2DFFA 3AVCA 4B9MA 4J2DA 3ALYA 1A5WA 1RBRA 1VSJA 4XIUA 3NF6A 5C42A 4J2EA 4YFUA 1QE1A 2RKIA 2BE2A 4B3OA 3U3GA 3MXJA 5FRNA 1RTJA 1SKSA 4CJQA 4CJWA 5JS1A 3VN5A 1SKRA 3QIPA 1I3AA 3OYCA 2O4GA 3DM2A 1WNSA 3HM9A 4N76A 4DTJA 1TL3A 4CESA 4CEOA 4DF8A 4C8OA 4Z4GA 1VSMA 2IS3A 3DLRA 4FLXA 1WSGA 3LP0A 4CEDA 4B9SA 4LH4A 3PO5A 4N41A 1VSEA 3E01A 1HQEA 1SUQA 3NAEA 4F3OA 1NKCA 2F8TA 3SUPA 3KKSA 4M3WA 1BGXT 3SYZA 3RMBA 4HUEA 4HUGA 4W5RA 4N47A 3F9KA 2GBZA 3P83D 4M42A 2KFZA 3VQEA 3ZCMA 1K6YA 5I42A 3RR8A 2QXFA 4CJPA 2EHGA 3VQPA 4LH5A 3DYAA 2Y1IA 1B9DA 4DU4A 1NK9A 3V9WA 3OYDA 2XY8A 1CZ9A 1HYVA 1KFSA 1KSPA 4B9VA 1LAWA 4CK1A 4E7JA 1WSFA 3V9XA 1IKVA 2YNIA 4AH9A 1QQCA 4W5QA 3OYHA 3C6TA 1S9EA 1NK7A 1FKOA 2VG7A 4CGIA 1KVBA 3AV9A 3WNFA 4AHTA 4FJ9A 4O44A 2E4LA 1RT2A 3T19A 5C25A 3O4QA 1VSIA 5HBMA 5HRSA 1BQNA 1C0TA 3VQ8A 3V1RA 1J9AA 3SQ4A 4PQUA 4KHNA 2KFNA 4B08A 4W5TA 2P5OA 2HMIA 2B4JA 1TAUA 3LDSA 1BCMA 4Q5VA 3TWHA 5J2MA 1RCHA 1ZYQA 4QAGA 1KFDA 1EP4A 4E7HA 1RTIA 1BI4B 4E1NA 3OYKA 1RT4A 4BE1A 4FJ5A 4FM1A 5FROA 4EP5A 4BE2A 3VA0A 4FJLA 4DU3A 1L5UA 4HVJA 3VQBA 3TR8A 2G8WA 3LPUA 4CGJA 3DMJA 5HRPA 3RTVA 1RT7A 3DI6A 2X74A 2YNFA 4GVMA 3ZSVA 3HK2A 2OPQA 1C0UA 3KKRA 3NFAA 2DTUA 3WNEA 3NHGA 3SCXA 1TV6A 1RTHA 4DQQA 3G10A 2HNDA 3RMAA 2XY6A 1X9WA 1BIZA 2PYLA 3ZSQA 3A2FA 1ASUA 1RDCA 1ZBUA 1X1PA 1KLNA 1IG9A 3L2QA 3DLBA 4ZTJA 1W0HA 1HQUA 3OVNA 3NDKA 5HROA 4B9TA 3AVMA 2XO7A 3C94A 4CF0A 3QEWA 3OS2A 3LP3A 2Z1IA 4JS4A 1LV5A 1EX4A 3D45A 3QEVA 4F2RA 4FJ7A 2DY4A 2PY5A 4ELUA 4DU1A 5T7BA 4CHZA 3C95A 3NH0A 4CFCA 1ASVA 4O0JA 4M3ZA 2XHBA 3NBPA 1ZBLA 4JS5A 2VG5A 5FRMA 1QHTA 5KGWA 4CIEA 1RDDA 3QETA 4I7FA 4ID1A 4YNQA 2RF2A 1JLCA 2Y1JA 1LW0A 4RW6A 4CERA 2P1JA 2IDOA 4JRPA 4DTPA 2OPSA 3M8PA 4OPKA 2HHXA 2YNHA 3LP1A 1SL0A 4M45A 4OKJA 4Z4IA 2KTQA 2QK9A 1TVRA 4KTWA 4ELTA 3NGYA 1DTTA 4DSLA 3PO4A 4FJNA 4W5NA 3L3UA 2HHWA 3O3HA 1ZBIA 4IKFA 4CJSA 1RBVA 1RTDA 2VWKA 3NGIA 3WNHA 4DFMA 4CF8A 5EU7A 3ZSXA 3ZSRA 2PZSA 4I9QA 4KTQA 4E0DA 4DS4A 3LPTA 2YV0X 4NCGA 3OY9A 1J5OA 1IH7A 3LAMA 3L2UA 4CHOA 1N6QA 3HVRA 2G8VA 4I2PA 3V9SA 4E7LA 1FXXA 1WSIA 3LAKA 3NF8A 3VQ9A 3UIQA 4Z4FA 2O4IA 2HB5A 1CXQA 1LWCA 3KIOA 3V1OA 2FC0A 2GUIA 2X6SA 3I0RA 3OYIA 3AA4A 4PA1A 2OPPA 1WN7A 1YTAA 4CF9A 3EZ5A 3CYMA 4CHYA 1DLOA 5FDLA 1X9SA 1T8EA 1KVAA 4FM2A 1S5JA 4CGHA 1BCOA 3TAMA 4CJVA 1TAQA 4CK2A 3BGRA 3SV3A 4FLVA 5J2NA 1VRUA 2ZD1A 2PYJA 3PUFA 3DRRA 3HPOA 3IRXA 1L3SA 3KJVA 4HCCA 3OYGA 3QO9A 2ITGA 1TKZA 1WSJA 3LP2A 3TAPA 2VG6A 3TAQA 4KAZA 5KGXA 4F2SA 1SKWA 3O4NA 4ZTFA 3V81A 4FZYA 1G15A 4RW8A 3TABA 3LALA 3AVNA 2A1RA 3HXMA 4DQSA 3P1GA 1UOCA 3OYLA 2FBXA 2KQ2A 3AVLA 2B6AA 3VQCA 1JLFA 4DQRA 1HNVA 4E7KA 2G8HA 4CJUA 3JYTA 3M8QA 3I8DA 2IGIA 3KK2A 3L2RA 4DSFA 5J2PA 5HRNA 2ZE2A 2HW3A 1VSFA 3CG7A 1Q9YA 4E89A 4FK4A 1Q8IA 4CK3A 1I39A 3TAFA 4KV8A 1NKEA 3B6PA 3KD5E 4NCAA 1ZBHA 2B5JA 1NOYA 1NJYA 2QKKA 4Q0BA 3PV8A 3KLIA 1J54A 3F73A 1RBTA 3AA5X 3KTQA 3HO1A 5CZ1A 1D8YA 1HJRA 3O3FA 3OJSA 4FJJA 4CECA 3FFIA 1EETA 4KB1A 3HYFA 3SQ2A 2I5JA 2YKNA 4E1MA 4FJXA 1BHLA 4KHWA 2DFEA 3HP9A 4N56A 1ITGA 4CJ5A 4CHPA 3AO5A 1A5XA 3KD1E 1BI4A 5HP1A 3OYJA 3TARA 2FBTA 4CJ4A 3U3YA 4L8RB 4CJTA 4ICLA 4FCYA 3L8BA 1NK8A 3LZIA 1B9FA 1RDBA 2FBYA 3VQ4A 3S3OA 4FYDA 4CEAA 3B6OA 4E7IA 2HNZA 3V1QA 1VSDA 4BE0A 4M3YA 3SPYA 4AHSA 1F21A 3EY1A 3AO3A 4RW9A 3NH1A 4BDYA 1TK0A 3OYAA 1QSLA 2F96A 4LY7A 1IO2A 1JKHA 4CIFA 4J2AA 5CZ2A 2FBVA 4FJGA 1L3TA 3IS9A 4C8MA 4IG3A 3PX6A 1KTQA 1IKXA 3QEIA 4FW2A 4HTUA 4BACA 2P5GA 4DWIA 1S1WA 2WONA 3TANA 1SL2A 2GV9A 4ZHRA 3DRPA 1Q9XA 1HMVA 3CFPA 4QOZB 4DFJA 4WE1A 4CJRA 4FXDA 2OA8A 4F4KA 5J1EA 3CM5A 4K8ZA 3LANA 3ZT2A 4Z4EA 4QCLA 2X6NA 1GOBA 3MXIA 1IKYA 1S6QA 1S1VA 1JLGA 3MECA 4B8CA 1R0AA 3QERA 1WAJA 1TK5A 3ZT4A 1HYSA 1YT3A 2ETJA 3AVBA 4CJEA 3NGZA 1FK9A 4MFBA 4O0IA 4CF1A 3OS0A 4KTZA 4KRFA 2RN2A 3SZ2A 2JGUA 1UAXA 3NF9A 4CEZA 4DTNA 3MEDA 3V6DA 1S1UA 1YVUA 4FJKA 1S1XA 3OYMA 3K5NA 1JLEA 1KCFA 1NOZA 4FJIA 2HHSA 1SL1A 4FJMA 1QTMA 4CEEA 3ULDA 4DTOA 5E41A 4KI6A 3VQ7A 3K5MA 4KFBA 1HNIA 3S3NA 3VA3A 4ELVA 3LZJA 3PX4A 2BDPA 1U48A 1Z25A 1EXQA 3DLHA 1RBUA 1IKWA 4CFDA 3G0ZA 2D5RA 1L3VA 3AA3A 4HCBA 3KK3A 3VQ6A 4IFVA 4I2QA 1REVA 4EP4A 5DK5A 1CLQA 2Z1JA 4PUOA 3K5OA 3ZT3A 4FZZA 1KRPA 5KTQA 1S1TA 3VQDA 2HHQA 4OVLA 1LWFA 4MQ3A 3ISNC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQYA 3SBTA 3DOLA 4H5RA 3CPWM 3SI6A 4K8XA 4CE9A 2V51B 4M3RA 5AZIA 2KW4A 1NK0A 4GVEA 3D0PA 2QWNA 5AZIB 4F8RA 2E6LA 4BRFA 1IBLK 3HZ6A 4C8KA 3VF4A 3T1AA 4Y1DA 5C2DA 2P51A 4OKEA 1JLQA 3I0SA 3BEXA 4DF4A 4DMNA 4KHYA 3MEGA 4Z94A 1KXPA 4CW7B 1N5YA 4ID5A 4FPBA 3MEEA 1T7PA 1RT3A 4Z0UA 1RDAA 1JL1A 4LSNA 2VWJA 3VGMA 4MLEA 2KZZA 1HNZK 4DSJA 1WAFA 3HJFA 1RILA 4R79A 1D9DA 4U7BA 4DTRA 3J7ZO 1VQ7N 4A2AA 2O8BA 2GX9A 3DXMA 3T7ZA 4CGGA 4GKJK 4JI1K 2O8BB 4YOWA 1QZ5A 4DTMA 3C0BA 4RW4A 3HSCA 4CGFA 2XY5A 5C24A 4JRQA 2G8FA 4GY2B 4NXMK 4KREA 1HYZA 1C1AA 5M1PA 4PKHA 4DSIA 4GW6A 5I9EB 1VQPN 2YHYA 2DFHA 2D0OA 3MN5A 2KLAA 2IVNA 1XUPO 3H1QA 1LW2A 4CJ3A 3THVA 1HRHA 5M1FA 1ATNA 4AHUA 4DLEA 3L3VA 5AQUA 4A62A 2E1ZA 3RMDA 4H4MA 1T6CA 5GAHP 2G8KA 2UXDK 4JLHA 4DTUA 4DQIA 3M1FA 4JI3K 4CJFA 1MA9B 3WNGA 1U04A 1MWKA 2HVIA 3U8XA 3IUCA 3OJUA 4DR7K 4KKOA 1HKGA 5BRHA 4IG0A 4CIGA 3P4IA 1YJWN 1YTUA 2W6KA 4H8KA 4PHTX 4NXNK 1SQKA 4WQ4A 2ATQA 3KLEA 4PL7A 4CHQA 2GWJA 3DLKA 1NK6A 2BANA 3QNNA 2IAJA 1T05A 3AY9A 3BY5A 5CY4A 4NCBA 1P90A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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