4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords HIV INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
2HHWA 3AVLA 4ID5A 3C94A 3LANA 4C8MA 1CXQA 3LAMA 3VN5A 3SV3A 3SCXA 3TI0A 3L3UA 1XHZA 4PUOA 4MFBA 3NCIA 3EY1A 2KFNA 3AO2A 4HCCA 1RTIA 5CYQA 4E0DA 1TV6A 4CJUA 1LWCA 1IKYA 3NAEA 1IG9A 1XWLA 3DLEA 2HHVA 3IG1A 4CK1A 1L3TA 2XY6A 1LW2A 4CJVA 3TR8A 3NF6A 4F3TA 3HYFA 1NK9A 2YHBA 5C42A 4FJJA 1ZBIA 1A5XA 1SL1A 4BE2A 3LAKA 3ZT4A 4DSFA 4DF4A 3OS2A 3HP6A 5HLFA 4FZXC 4DLGA 1U45A 3ISNC 1SKSA 2HB5A 2HHUA 4KPYA 3DI6A 1BI4A 2OPRA 4OVLA 1Z26A 1EP4A 1TK8A 1NKEA 1QHTA 4Z4CA 3NH1A 4FJMA 4KHNA 3G0ZA 4KKOA 4CJFA 2G8KA 1Y97A 3HO1A 3U3GA 3FFIA 3QIOA 4OLBA 3VQEA 3V9UA 2XO7A 4CIEA 4RW8A 4CGDA 4OKKA 1XHXA 3AVCA 2HVHA 1KVCA 3MAQA 4CFDA 3K5NA 1NK7A 4CCHA 1S1TA 4KHWA 4QCLA 3ZCMA 2PYJA 1IO2A 1SKWA 3VQ7A 4CFAA 3DLBA 2HNYA 3QERA 1SKRA 2OPPA 2O4GA 4AHCA 3V9ZA 4CIFA 3ITHA 2BGGA 4CGIA 2FC0A 2HNDA 1WLJA 2ZQBA 4E89A 3U6FA 2VG7A 1X9SA 3O4QA 3QLHA 3SQ0A 2ZD1A 4ELTA 3MEEA 2B5JA 4FM1A 1HYSA 3DMJA 4IG3A 1CZBA 1MU2A 4DFJA 3QESA 1NJWA 4ID1A 4CHYA 4YNQA 4KHUA 2X6SA 4CEOA 4KRFA 4J2EA 2KZZA 1D5AA 3VQ4A 3JYTA 1L3SA 5DK5A 3MXMA 3B6OA 4CF8A 4W5OA 4JS5A 2QKKA 2KW4A 3TABA 3C95A 4O5BA 4RW6A 5KI6A 3OYKA 3KTQA 1BCMA 1TAQA 1KVBA 3KK1A 2BDPA 2NUBA 1RBSA 1ZBLA 4KHYA 5HRPA 4QOZB 1KSPA 2ZE2A 4O4GA 4FJ5A 2D0BA 1C0UA 1LWEA 4FZZA 1U4BA 1NK6A 4FJ7A 3KD1E 1QTMA 4RW7A 2WONA 3MXJA 4FZYA 3PO4A 4B9UA 1CZ9A 3NH0A 2KFZA 4EP4A 4Y1CA 5K14A 3DOKA 3D45A 5JS1A 3L2WA 4DTUA 1NK0A 3SPYA 4CJ3A 3DLHA 3NF7A 2IGIA 1JLGA 4DSLA 1KRPA 1S1UA 3DYAA 4FM2A 1SL0A 3MECA 4FJNA 3AA2A 3AVJA 4ZHRA 3NHGA 4DTMA 4KTWA 1NJXA 4KTZA 4CEBA 1QSLA 3HP9A 4WE1A 5FRNA 2VWJA 1BISA 1WSGA 1LW0A 2B4JA 1QE1A 2VG5A 1WAJA 2XHBA 1SUQA 1KFSA 1RNHA 4IKFA 1WNSA 3RWUA 2KZMA 1C1AA 2JGUA 3LWMA 4M3XA 3RMDA 3ZSYA 3G10A 1U48A 1C6VA 4DMNA 3S3MA 1RDCA 3LPTA 1NK8A 1EETA 4KAZA 3HT3A 5FDLA 4DSEA 2FBYA 5SWMA 4DWIA 1U04A 1VSJA 4W5TA 1JXEA 4E7LA 3V4IA 1TVRA 4ZTJA 1SL2A 3S3NA 2IAJA 4LH5A 4E19A 1X9MA 4FK4A 1HQEA 3VQ9A 4DQPA 1S9EA 3VA0A 1Q9XA 4FYDA 3K57A 1F21A 3QO9A 4AILC 3SNNA 3U3YA 1RT7A 1CLQA 4FJIA 2Y1JA 4OKEA 5HROA 1WSEA 4NYFA 1C1CA 3F9KA 4IFVA 2DFFA 1NKBA 3RR7A 4LD0A 3P5JA 3TAGA 3OJSA 1LAWA 4FLVA 3PV8A 4DSIA 4FJGA 1FKOA 3SJJA 4RW9A 1VSHA 3WNGA 1VSKA 3DOLA 3OY9A 4KO0A 2F96A 2DTUA 1BIZA 3NDKA 3AO4A 4CJRA 1D9DA 3IAYA 4J2AA 3C6TA 1WAFA 4H4MA 3SQ2A 1YVUA 1RILA 1BGXT 4IDKA 1U47A 1YT3A 1I3AA 4CIGA 2HHXA 3M8PA 4DSKA 1ZBHA 1X9WA 1BHLA 3WNHA 5J2PA 5I3UA 1ASVA 4HUGA 4KB0A 1WSJA 4FW1A 4M3TA 1I39A 3ULDA 1T05A 3L3VA 3M8RA 4L8RB 3V81A 4M3RA 4FJLA 4E1NA 5E41A 4HCBA 2ATQA 2XY8A 3HPGA 4NCAA 1LAVA 3AVBA 2YV0X 1RTDA 3K5OA 4CJPA 2Q3SA 1GOAA 3CM6A 5KTQA 4Z4EA 2F8SA 3NGZA 3KK3A 1RT4A 4M42A 3NGYA 3VQ8A 2QK9A 4B08A 3DLRA 3TWHA 3EZ5A 3RMCA 1JLAA 4GMJB 1EX4A 4YFUA 4OJRA 3K5LA 3V1OA 3SPZA 4Z4IA 3VA3A 1TAUA 1T7PA 1BCOA 3QEVA 1D9FA 4M3YA 4BWMA 3AA5X 4CE9A 5J2MA 4DU1A 4AHTA 1C1BA 3OYAA 3THVA 1A5VA 2G8FA 4J2DA 4FJKA 3VQQA 1TKTA 2IDOA 4KFBA 4CECA 4B8AB 1N6QA 4G1QA 4Y1DA 5CY4A 3ALYA 4CHZA 4OPKA 1ZBFA 3AA3A 4CHNA 2PYLA 4BDZA 3SYZA 4JLHA 4F2RA 4B9VA 3LP2A 1KCFA 4JS4A 4F3OA 3RRHA 1GOCA 2DY4A 1NJZA 3HJFA 1BIUA 4FLWA 3AVMA 1L3VA 3I8DA 4CJWA 4PWDA 4I2QA 4KI4A 4KV8A 4O55A 1QS4A 4DTNA 1JL1A 3T19A 3LPUA 4FK2A 4TSXA 1ASUA 3L2RA 3L8BA 4K8XA 2I5JA 3OYNA 1C0TA 3OYHA 2Z1IA 4B9SA 3DLGA 3QIPA 4CGGA 1ZYQA 3ZT0A 4RW4A 4DLEA 3OYBA 4DFKA 4B9NA 2E4LA 4CEDA 3RMAA 3SUQA 3TAFA 2QKBA 1IKWA 4CJLA 1T8EA 1B9DA 3V1QA 1U49A 3NF9A 4M41A 3SV4A 4LY7A 4CEAA 2GBZA 1T03A 1VSLA 4CK2A 3O3GA 3VQCA 1RBTA 4E3SA 2BANA 5KGXA 2Z1GA 4M3WA 3HVTA 4I9LA 1TL1A 5HP1A 3A2FA 2G8HA 1KLMA 3AVKA 1O1WA 4KB1A 3LZJA 4LSLA 1RT5A 1EXQA 4HUFA 3SI6A 3SQ4A 2IS3A 1RT1A 2D0AA 2YKNA 1B92A 4OGCA 1HMVA 3ZSQA 3OYFA 3SQ1A 1HYVA 3L2VA 4DTOA 3PX0A 4EZ6A 4DFMA 3SUNA 4CESA 1S1WA 3T3FA 1RBRA 3LP1A 4O0JA 3ZSRA 3PX6A 4KHSA 1J53A 1ASWA 1HPZA 4K8ZA 3OVNA 2X6NA 3WNEA 5CZ2A 4DS4A 4O44A 1HRHA 3TAMA 1RTJA 3P1GA 4N56A 3OYMA 1LV5A 1L3UA 2G8WA 1KVAA 4FJXA 3M8QA 4IFYA 4CHOA 3V9XA 3ZT3A 1JLBA 3KLFA 4ZTFA 4CF0A 4C8OA 4PA1A 4CJKA 4R5PA 3CQ8A 3VQ6A 3RMBA 3TARA 4DTJA 4CGFA 4KHQA 2EHGA 2Z1JA 3CFPA 1K6YA 5CYMA 3OYIA 2XY7A 3I0RA 3ZSVA 3H08A 3QEWA 1D8YA 1HQUA 3F73A 3HK2A 4W5NA 2E6MA 2HNZA 4E7IA 3K5MA 3MEDA 4M45A 4N76A 4BWJA 1XI1A 1XC9A 1EKEA 3RTVA 3TAQA 5HRNA 4DU3A 4I9QA 1S6PA 3IRXA 3HPHA 2FBTA 3AVHA 4DG1A 4N5SA 4E7JA 1VSEA 4Z0UA 4NCGA 4BDYA 1KTQA 4DQRA 5HRSA 4DS5A 4Z4HA 4DTSA 2P5GA 4CFBA 3V9SA 2RPIA 3NE6A 4B8CA 1KFDA 3ZSOA 2JLEA 3NGIA 4E7HA 1FXXA 2RN2A 5SZTA 4Q5VA 4AHSA 3OYLA 3KJVA 4AHRA 4FLXA 3KLGA 2FBVA 1HJRA 3ZSXA 2YNFA 3KLHA 1TKXA 5J2QA 5KGWA 2LSNA 2G8UA 2P5OA 4B9LA 1FK9A 4B3OA 2F8TA 2HMIA 4CF9A 4C8LA 1IKXA 4OLAA 1C0MA 1L5UA 3AA4A 4DTPA 3QEPA 1VSFA 4CGJA 3AO5A 4Z4GA 5HBMA 4ICLA 5C25A 3SZ2A 1DLOA 3AO3A 3LDSA 4HTUA 4FLUA 4I7FA 2HW3A 4LH4A 3O3FA 4CERA 4N47A 2YHAA 3CYMA 4FVMA 1S1XA 3C6UA 3UIQA 1J5OA 4N41A 2XRIA 1TKZA 3KLIA 2OZSA 1BQMA 4CEEA 1Q9YA 3AVGA 4BE1A 1Q8IA 4DQQA 4E1MA 3TANA 4CJEA 3BDPA 1IH7A 4CHQA 3OS1A 4DQSA 2P1JA 1WN7A 3AVIA 3K58A 4FJHA 1G15A 4F4KA 4BDPA 2VWKA 1JL2A 4OPJA 3AVAA 4C8NA 1W0HA 1R0AA 1JKHA 1UAXA 4FLZA 4W5QA 4DU4A 4CEFA 2XY5A 4EP5A 2E6LA 3OS0A 3ZT1A 1JXBA 4B9TA 3E01A 3K59A 1UOCA 3MEGA 3TAPA 1JLCA 3RRGA 2IC3A 4M3ZA 2G8VA 1RBUA 1Z25A 3EYZA 2PZSA 3CFOA 1REVA 5HRRA 3PUFA 3HXMA 1RBVA 1GOBA 5D3GA 2KTQA 5C24A 3KLEA 2X78A 4CJ5A 3S9HA 2EX3A 3K2PA 1ZBUA 3AVFA 4IG0A 3OYEA 4NCBA 4JRQA 1S9GA 4JRPA 4AH9A 2IOCA 3V6DA 1TK5A 1W9HA 2RF2A 1JLEA 1X1PA 2YNGA 4BACA 5FRMA 4KREA 4CF1A 4DQIA 1QSSA 1IKVA 1LWFA 1TL3A 4DF8A 1B9FA 3L2UA 4CFCA 3AV9A 3LP0A 3HM9A 5I42A 4FW2A 5J2NA 2HHQA 2GUIA 4KI6A 1S6QA 1RT3A 2OA8A 1JLFA 5KRSA 1YTAA 3O3HA 3BGRA 5J1EA 3HL8A 1YTUA 2KQ2A 1VRUA 2X74A 4OKJA 4DFPA 2BE2A 4FM0A 3CG7A 4EZ9A 3ZSWA 1QQCA 3KKSA 4GVMA 1DTTA 4CHPA 1RT6A 3OJUA 4FLYA 3QETA 1NOYA 3DRSA 5T7BA 4M3UA 2D5RA 1RDBA 4HVJA 1S1VA 4CEQA 4CJTA 3KD5E 1BL3A 1DTQA 2DFHA 2B6AA 3O4NA 4CF2A 1UA1A 4ELVA 4Z4FA 2P51A 1J9AA 4DSJA 3KKRA 4MQ3A 3HPOA 3HSTB 1NK5A 1JLQA 4PY5A 4BE0A 3RR8A 1A5WA 3QNOA 1ITGA 3PO5A 2OPQA 3PX4A 2R7YA 2PY5A 4B9MA 1RCHA 3LZIA 2OZMA 3CFRA 2O4IA 3LP3A 1VSMA 3AVNA 1WSFA 4RG8A 1SV5A 3VQDA 3JSMA 5DMRA 1RDAA 1TK0A 1NOZA 4FJ9A 5EU7A 4CK3A 4QAGA 5FROA 3TAEA 5JS2A 4CJ4A 4CEZA 2ITGA 3OYJA 1NJYA 4H4OA 2GV9A 1QSYA 4DTXA 3ASMA 1VSIA 2D0CA 4NYNA 2ETJA 2RKIA 3OYDA 4DTRA 3DRRA 4OGEA 3KK2A 4FCYA 1VK0A 1TGOA 3NH2A 4E7KA 4J2BA 2W42A 3QEXA 2FBXA 2VG6A 3NF8A 3SUOA 3S3OA 4HUEA 1RTHA 2A1RA 4H8KA 1UA0A 4ELUA 3OYCA 3LWLA 3ZSZA 3IS9A 3HVRA 5CZ1A 1TKDA 2YKMA 4KTQA 3DLKA 1CXUA 3LALA 3VQAA 4XIUA 3OYGA 1BQNA 4FLTA 2OYQA 2HVIA 4Q0BA 2Y1IA 1KLNA 1RT2A 3T1AA 4UQGA 4PQUA 4HHTA 1HNVA 4F2SA 1HYZA 3ZT2A 4FK0A 2Z1HA 4I2PA 1J54A 2A1SA 4LSNA 4CJSA 2HHTA 5KRTA 3CM5A 1S5JA 3L2QA 2OPSA 3QINA 4CGHA 3VQPA 1NK4A 3SUPA 3QNNA 4IBNA 4W5RA 3D0PA 1VRTA 2AJQA 3VQBA 4AHVA 3NBPA 3V9WA 2DFEA 1HNIA 3I0SA 4FJ8A 2YNHA 2YNIA 3DRPA 4FXDA 3V1RA 4O0IA 2WOMA 3NFAA 1VSDA 4GW6A 1WSIA 3VQ5A 2G8IA 2HHSA 3DM2A 3M8SA 4C8KA 1FKPA 3MXIA 3PY8A 1BI4B 1WSHA 3B6PA 3KIOA 4CJQA 4F8RA 4AHUA 1N5YA 3P83D 1RDDA 1UWBA 2QXFA 3QEIA 1NKCA 3WNFA 3AO1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NU0A 3AVLA 1NGFA 3C94A 5BPMA 1CXQA 3TI0A 3EY1A 3E9PA 3AO2A 3THXA 3DLLL 4E0DA 4IOAL 3NAEA 1XWLA 3DLEA 3MN6A 2FSNA 3QMLA 1VQLN 3QFUA 1X3MA 3DXKA 3TR8A 3HYFA 1NK9A 5C42A 4FJJA 5EX5A 3LAKA 1NGHA 3C6HA 1U45A 5C2DA 1W2BM 4KPYA 4OVLA 1N36K 1NGAA 2W41A 1HUXA 1TK8A 1NKEA 4FJMA 3MX5A 4B1WB 4CI6A 3JAMO 3NVKA 1NG9A 4OLBA 2P9PA 3V9UA 3ZYYX 2Q1NA 3R9PA 1KVCA 3ZEUB 4CCHA 5BREA 1S1TA 2P9NA 4DV0K 4DV7K 4IZ9A 4XH5A 3TTCA 4AM6A 5AZIA 4CIFA 4CGIA 2FC0A 2NRVA 3VTIA 2VG7A 1X9SA 4CD3A 5MLCQ 2ZD1A 4FM1A 2B5JA 3I33A 2A3ZA 4KHPK 1NJWA 3WT0A 4JHDB 4KRFA 1D5AA 5DK5A 2NRZA 4JS5A 3C95A 4RW6A 5AFUA 3WQUA 3HOSA 1BCMA 3KK1A 4LF4K 2ZJPL 3DAWA 4BG8A 4FJ5A 5GAEP 3P4IA 2D0BA 1C0UA 1U4BA 5JVGL 4RW7A 3MXJA 1Q18A 3PO4A 4B9UA 3R8EA 4Y1CA 3DOKA 5I9EB 5JS1A 3M5RA 4CZLA 4DSLA 4I6MB 1VQKN 1S1UA 3VF4A 3AA2A 4ZHRA 3NHGA 4DTMA 4KTWA 4BRKA 4CEBA 4WE1A 1WSGA 5C2FA 1QE1A 2VG5A 2VGMA 4NXNK 1WNSA 1NNEA 5FPNA 3RMDA 3G10A 3U9ZA 3G71N 1NK8A 1EETA 5GAGP 4W5TA 4B9NA 1TVRA 4ZTJA 5ELZA 4NXMK 3VQ9A 4DQPA 4QS8A 1Q9XA 1F21A 1CLQA 4FJIA 3CQYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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