4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
2FBTA 3F9KA 2JGUA 4QOZB 2YKMA 4CEZA 4DTNA 1JLGA 3VQEA 2OZMA 3OYJA 1TAQA 2YHBA 4CJPA 5J1EA 4ICLA 3V9UA 1Q8IA 4M42A 1TL3A 1WNSA 4F3TA 3PV8A 3AVIA 3KLFA 3MEEA 4CGJA 3F73A 4DQPA 3VQ5A 3HP6A 2E4LA 3K59A 4FJHA 4B9LA 1RBTA 1S1WA 3DLEA 3EZ5A 1HYZA 3MECA 2OPQA 3OYCA 1SL1A 4IBNA 3V6DA 5J2QA 5D3GA 3VQ9A 4UQGA 1KLNA 3ZSRA 4CGIA 5DK5A 1KTQA 4YFUA 3EYZA 2HNZA 3RRHA 2Z1GA 3LWLA 2OA8A 4IDKA 1NKEA 2QK9A 5KI6A 1W0HA 1BHLA 2E6MA 1F21A 2XY5A 3SI6A 4FJMA 4DG1A 1NJYA 3RR8A 4CEQA 4OGEA 1HJRA 5J2PA 4O55A 1XHXA 1JXEA 4CEBA 3QIPA 4CEAA 3RWUA 4M3XA 3TWHA 4M41A 1I39A 1YT3A 1VRUA 3IAYA 4NCAA 4G1QA 4FK2A 4OKKA 4KHUA 5HRSA 3V9XA 3K5LA 3QEIA 4CJ3A 3KLEA 3ZT0A 4M3TA 2XO7A 1SKRA 1RDBA 4I2PA 1RT7A 2W42A 1T7PA 5E41A 1VSKA 2HVIA 3ZT4A 3NBPA 1RBRA 2DY4A 4OVLA 3O3HA 1SKWA 1LW2A 1QQCA 3TAEA 1L5UA 2E6LA 3AVLA 4OLAA 1JLAA 3B6PA 3TAQA 3LALA 1T8EA 3SUPA 1WLJA 1MU2A 1G15A 1WSGA 1X1PA 3V9WA 4N76A 3AO4A 3QO9A 1VSIA 1RDDA 2EHGA 4AHTA 3VQ8A 1JLQA 3IG1A 4N47A 4R5PA 3HVRA 4KTQA 4Q0BA 5JS1A 3LP1A 4DQSA 4KI4A 4O44A 3NH0A 1B9FA 4BE1A 1K6YA 1NJXA 2PYJA 3DOLA 1C1AA 1HQEA 3AV9A 3K5OA 1ZBLA 4OLBA 2P51A 4CFBA 4Z4CA 3OYEA 3QEPA 2KZZA 2IOCA 1A5WA 2G8HA 4W5NA 1S1UA 3K2PA 4B8AB 1YVUA 3AVBA 3JYTA 4KHQA 4FJIA 3AO2A 4MQ3A 3KKRA 4F4KA 4Q5VA 3AVJA 2B5JA 1RT5A 4FCYA 4FK4A 1RBSA 2HMIA 4IFVA 3S3MA 1QSSA 4CERA 3RR7A 4FM2A 4B3OA 5CY4A 4O0IA 4FJJA 5DMRA 3OYLA 4C8KA 1I3AA 1U48A 3HT3A 3UIQA 1R0AA 2KZMA 4W5QA 3OYGA 4CJEA 4KKOA 4O0JA 4KRFA 3QERA 3B6OA 1DLOA 2Z1IA 3M8SA 1VSFA 2I5JA 4CGDA 3PO5A 2PZSA 2KTQA 3PO4A 1CZ9A 1TAUA 4KAZA 4FK0A 1N5YA 1SL0A 1EX4A 3NHGA 2HW3A 5SWMA 3AVMA 3LZJA 1ITGA 4CIGA 1QHTA 2Z1JA 1NK6A 1JLFA 3SZ2A 1JL2A 1ZBUA 3I8DA 1BL3A 4B9UA 4GMJB 4CFAA 3MXIA 2OPRA 1LV5A 3AA2A 3NH2A 4FYDA 2HVHA 2EX3A 2DTUA 3WNHA 1S9EA 3NF8A 2G8FA 3L2QA 3KK2A 3TAMA 1HPZA 3VQQA 4E3SA 3C94A 3T19A 1UOCA 3SQ0A 3DLGA 4F8RA 2ATQA 3AA4A 3L2RA 1ZBIA 3TAPA 4Z4IA 3LZIA 3SPYA 3VQPA 3AVKA 4CHOA 4KHWA 4FJ7A 1Q9XA 4KTZA 3QEVA 3QESA 3TR8A 4OGCA 4KHYA 2LSNA 2VG6A 4RW7A 1ASWA 3SNNA 2OZSA 3HSTB 4KPYA 1Z25A 4JRPA 3P1GA 4B08A 4RW6A 3LP3A 1XHZA 3KJVA 3S3NA 1RDAA 1T03A 4RG8A 2G8UA 4F2RA 2O4GA 3ZSOA 3MXMA 4HHTA 3QEWA 2FC0A 2AJQA 1S1TA 3AVGA 4CJFA 3LPUA 1SL2A 2FBXA 2A1SA 2GV9A 2HHXA 1EXQA 2D0AA 1XWLA 3BGRA 3LAMA 5T7BA 3HPOA 2KFNA 3U3YA 1NJWA 1A5XA 4CJ5A 4MFBA 2FBVA 1VSMA 4DF8A 3AVAA 4M45A 3AA5X 4DS5A 2G8IA 3OYNA 2VWKA 1S1VA 4PQUA 1BCOA 3VQBA 5C24A 2HHQA 3V1RA 4CF9A 3AO5A 1U04A 1TK0A 2BANA 4FJXA 3ZT3A 3S9HA 3WNGA 5C42A 1IKYA 2R7YA 3OYHA 4DQRA 1JKHA 3EY1A 4HVJA 1Q9YA 1QTMA 2IS3A 3TANA 4LH4A 4CGHA 3MAQA 5JS2A 2YKNA 1IG9A 4OJRA 3O4QA 3L8BA 1FKPA 5HBMA 1TKZA 3RMCA 4CK3A 2X6NA 1S6QA 3D0PA 3T3FA 1VSEA 3DYAA 4E7HA 4E7JA 1LWEA 3I0RA 5CZ2A 1WAJA 4B8CA 3K57A 3AVFA 4JS4A 4FLZA 5J2MA 3ITHA 3V4IA 1CXUA 1EP4A 1RILA 1IKXA 1S1XA 4ELUA 1BIUA 4KHNA 3LAKA 3BDPA 1RNHA 4KHSA 4O4GA 3SPZA 4M3ZA 3DM2A 1JLEA 3M8QA 1RTJA 1NK4A 3VN5A 2DFHA 4E7KA 4LSNA 4HCBA 1RCHA 4CF1A 4CK2A 4C8LA 2F8TA 1IO2A 4AH9A 3K58A 1XI1A 3PUFA 1LAVA 4DQQA 1KFDA 1ZBHA 3CFRA 1QE1A 1S9GA 3M8PA 3AVCA 1QSYA 1FKOA 1J5OA 3PX6A 4DMNA 4DLGA 1UA0A 3IRXA 4DLEA 3NF7A 4FZXC 1RTDA 2PYLA 3VA3A 4AHSA 4FLVA 3SUOA 3VQ6A 3IS9A 4OPJA 4AHUA 3TI0A 4NCGA 3V1OA 1WN7A 1LW0A 2F96A 5HRRA 4FZZA 4DSKA 3C95A 1WAFA 3QIOA 4LH5A 4Y1CA 4E19A 1IH7A 4CHNA 4FLUA 4B9VA 2Y1IA 3ZSZA 3OJUA 3AA3A 1VSDA 4OKEA 3DRPA 4DSIA 2D0CA 1ASVA 2RF2A 4CGGA 1VSLA 4Z0UA 3WNFA 4GW6A 3SUNA 5I42A 4DWIA 2KFZA 3RTVA 1ZYQA 3KTQA 5FRMA 4ELTA 5K14A 1C1CA 4CFDA 1JL1A 1CXQA 3RMAA 4FJKA 4BWMA 3AO3A 4YNQA 3KD5E 2YHAA 4J2DA 1BQMA 4DU3A 2OPSA 1O1WA 4W5TA 4CE9A 5J2NA 3ALYA 2Z1HA 4K8XA 2HHVA 4CJQA 4IG3A 4Y1DA 4CEOA 4QCLA 3OYFA 4E1MA 3SUQA 2BGGA 1BCMA 2YV0X 4HUFA 1UWBA 1TKDA 3DMJA 4CJSA 1YTAA 2KQ2A 1UA1A 3PY8A 2WOMA 3NH1A 4M3WA 1FXXA 1TVRA 2HNDA 1TKXA 4F3OA 1CLQA 1NJZA 3HL8A 1HQUA 2ETJA 4BDYA 2HHTA 5I3UA 4FLTA 3ISNC 3NFAA 4BACA 2XRIA 4AHCA 4CF8A 4CJUA 3LDSA 4JS5A 1KCFA 3KKSA 1SV5A 4ID1A 2DFFA 3DLRA 1HNVA 5CYMA 4CECA 4DTUA 2BDPA 4H4MA 3NDKA 1HNIA 4I7FA 1QS4A 4DU1A 3QETA 4CCHA 4DTJA 4I9QA 1KFSA 1NK5A 4PA1A 5FRNA 3ZCMA 4B9MA 1KVBA 4DF4A 4CJLA 4CGFA 4PUOA 5EU7A 3NAEA 1D5AA 3L3VA 4E1NA 3CYMA 4FLYA 1TGOA 3RMDA 4NCBA 4AHVA 1NOZA 3TARA 1Y97A 3L2UA 1B92A 2F8SA 4FM1A 3TAFA 2G8WA 1S6PA 4CEFA 3WNEA 1DTTA 1W9HA 3DLKA 3LWMA 3T1AA 3O3FA 1TK5A 4RW8A 4LSLA 3C6UA 3HVTA 1U45A 5HRPA 4CJTA 2JLEA 3LP2A 4IKFA 4O5BA 1U4BA 4AILC 1C6VA 1ASUA 3OJSA 3QNNA 1X9SA 4CJWA 3PX0A 1L3VA 1JLCA 2X78A 4FLXA 1D9DA 5FDLA 3MEDA 4CHYA 4PWDA 2X74A 4E7IA 3HO1A 4CFCA 3VQ7A 4N5SA 1WSIA 4F2SA 4CIFA 3PX4A 4CHQA 1KVCA 3L2VA 2QKKA 1HRHA 1VRTA 1C0TA 5FROA 1FK9A 4DS4A 4FJGA 5KGWA 4Z4HA 4CIEA 4EP4A 3CM6A 3ZSVA 3OS2A 3SYZA 4BDPA 3AO1A 3CG7A 1CZBA 1LWFA 4H8KA 4I2QA 2HHUA 2WONA 4DU4A 1EKEA 2B6AA 2P1JA 5KRSA 4DSLA 3DLBA 4OPKA 4GVMA 1TK8A 3DLHA 3ZSXA 3SQ4A 3ZT2A 4DFMA 1REVA 3P83D 4FLWA 3NGIA 3QLHA 1JLBA 4WE1A 1S5JA 1VSJA 2D0BA 4W5RA 1NK0A 2QXFA 2QKBA 4BWJA 5CZ1A 4RW4A 4Z4GA 1UAXA 4FW1A 4CHZA 3HJFA 1HYVA 3OVNA 1DTQA 4C8NA 4DSFA 4B9SA 1J53A 3ASMA 4FW2A 2XHBA 4C8MA 4FJ8A 3RMBA 1KSPA 4CHPA 3MXJA 4ID5A 1Z26A 1LAWA 3OY9A 3QINA 3KLGA 3KD1E 3DRSA 2A1RA 2P5GA 3FFIA 3L3UA 4BE0A 4FJ5A 1RTHA 1ZBFA 3S3OA 4W5OA 4CF2A 4CJKA 2VG5A 2XY7A 1GOAA 2YNFA 4ELVA 4CF0A 4HCCA 4J2AA 4PY5A 3OYDA 1NKBA 1NKCA 4FJ9A 1RDCA 1RT6A 3CFOA 2DFEA 4M3RA 3QEXA 4C8OA 2RPIA 2GBZA 4LD0A 3NGZA 2YNHA 2VWJA 1NK9A 4J2BA 3L2WA 3V9ZA 3V9SA 1JXBA 4KREA 3HPGA 3V81A 1RT1A 1J9AA 2IGIA 2VG7A 3HYFA 1RT2A 3G10A 3OS0A 1NK7A 4XIUA 4FJLA 4DSEA 4KB1A 1IKVA 1C0UA 1BI4B 1QSLA 3TABA 1IKWA 5HP1A 3OYKA 1KRPA 3TAGA 2XY8A 3VA0A 4KB0A 2P5OA 1L3TA 4AHRA 2Q3SA 3LANA 3K5NA 4DTSA 4J2EA 2D5RA 1B9DA 4B9TA 1A5VA 3HM9A 4JRQA 3H08A 5C25A 3C6TA 3KK1A 1XC9A 4FM0A 1WSJA 4DQIA 4E89A 2RN2A 3THVA 2HHSA 3VQ4A 3KLIA 1WSHA 1RBVA 3ULDA 1L3SA 1D9FA 5SZTA 4NYNA 3SQ1A 1L3UA 4FJNA 4KO0A 2YNGA 3HPHA 3QNOA 4M3UA 2HNYA 3OYIA 3HXMA 3U3GA 4E0DA 1TL1A 3G0ZA 4CJRA 4Z4EA 4CJVA 2NUBA 1KLMA 4ZTJA 4KV8A 3OYBA 1GOBA 1N6QA 2G8KA 4OKJA 3AVHA 3NCIA 4EZ9A 4BDZA 4IFYA 4FVMA 4FXDA 4H4OA 4L8RB 3NE6A 5KTQA 4KTWA 3OYAA 2G8VA 4RW9A 3NF6A 3SQ2A 1T05A 4CEEA 1RT3A 4DTPA 5CYQA 3OYMA 4DTRA 4CESA 4N41A 3ZSYA 2Y1JA 3M8RA 2O4IA 3V1QA 5KRTA 3SV3A 4B9NA 3ZSQA 3OS1A 4M3YA 1TKTA 4IG0A 4ZHRA 4DTOA 2YNIA 3O4NA 2KW4A 4CEDA 2ZQBA 3CQ8A 1NK8A 4HTUA 3DOKA 1BI4A 2IC3A 1U47A 3JSMA 4DTMA 3ZSWA 4EZ6A 3E01A 4JLHA 2ZD1A 3U6FA 4KI6A 5HROA 1YTUA 1BISA 4CK1A 1TV6A 1KVAA 5HRNA 4DSJA 5KGXA 1J54A 1C0MA 4Z4FA 1RBUA 2X6SA 3DI6A 3I0SA 3CFPA 1SUQA 1BGXT 1VK0A 3K5MA 1BQNA 2BE2A 1LWCA 3NGYA 3RRGA 2ZE2A 4DFJA 4DFPA 2HB5A 4NYFA 3AVNA 4CJ4A 1GOCA 3DRRA 3HP9A 1D8YA 2IDOA 1X9MA 4E7LA 3CM5A 1EETA 2RKIA 4TSXA 1WSEA 2OPPA 1HYSA 2GUIA 4LY7A 4DTXA 4FZYA 1BIZA 3LPTA 3NF9A 4N56A 3LP0A 4DFKA 3SCXA 3SJJA 3KK3A 1U49A 3HK2A 3KLHA 2HHWA 4ZTFA 2OYQA 3VQAA 3ZT1A 4K8ZA 1RT4A 3KIOA 3VQDA 1RTIA 2IAJA 3MEGA 4KFBA 4I9LA 3P5JA 4EP5A 4HUEA 2XY6A 3A2FA 3SV4A 4QAGA 1HMVA 1NOYA 3VQCA 5HLFA 2B4JA 1X9WA 3D45A 1SKSA 2FBYA 1WSFA 3O3GA 4HUGA 1VSHA 4BE2A 2ITGA 1C1BA 2PY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRIA 3F9KA 2JGUA 5IWAK 4QOZB 3P4IA 5AQGA 2YHBA 5J1EA 1TL3A 3PV8A 3MEEA 3F73A 5AZJB 4FJHA 1GLLO 1N36K 1RBTA 1S1WA 3EZ5A 1XMOK 4F9OA 3OYCA 5ELZA 3BEXA 4DV5K 1O13A 3SMSA 5BRHA 4X64K 5J2QA 5D3GA 2QKBA 3ATUA 1KTQA 3H46O 4IO8A 3RRHA 3LWLA 2QWLA 4H5NA 1S22A 2OA8A 2E6MA 1BHLA 1F21A 2XY5A 4DG1A 4OGEA 2P9NB 3U9DA 2VQFK 4KHPK 4M41A 4QS7A 2Q1NA 4YDUA 4KHUA 3QEIA 1KAZA 4U67L 4FWPA 2EWSA 2HSTA 2CH5A 2KLAA 1VSKA 2HVIA 2E1ZA 3NBPA 2E2PA 3LDNA 3H3OB 5BPNA 4DR2K 3TAEA 1V4TA 3AVLA 5GINA 2FF6A 1OH6A 2D0OA 3SBGA 2ZGYA 3MN7A 3TAQA 1BG3A 1T8EA 4B3RK 1WLJA 3VESA 1X1PA 3VQ8A 3IG1A 4N47A 4K43A 3CCJN 4DQSA 2NRTA 5M1FA 4BE1A 1B9FA 2NRWA 1C1AA 3K5OA 3VMFB 4BVOA 1QVGM 4CFBA 4Z4CA 1ZXOA 2KZZA 4IOXA 1YVUA 2B5JA 3F2KA 1MDUB 3S3MA 1QSSA 3RR7A 3CHWA 4O0IA 5AJ3K 2Q36A 3OYLA 1I3AA 3DJCA 5KPZA 2H3GX 2Z1IA 2I5JA 4CGDA 5C12A 3PO5A 3BZKA 2PZSA 2KTQA 3WQTA 3K0SA 4YOWA 3AY9A 2IIRA 1QZ6A 5BPMA 2E5LK 3AA2A 2DTUA 1S9EA 3MK6A 2G8FA 3O08A 2E2OA 1VQ8N 3VQQA 2ATQA 3RVCA 3CMEN 3L2RA 3FZFA 2P9KA 4KH6A 3TAPA 4MLEA 2A42A 5EY4A 3AVKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BRI A;  3F9K A;  2JGU A;  5IWA K;  4QOZ B;  3P4I A;  5AQG A;  2YHB A;  5J1E A;  1TL3 A;  3PV8 A;  3MEE A;  3F73 A;  5AZJ B;  4FJH A;  1GLL O;  1N36 K;  1RBT A;  1S1W A;  3EZ5 A;  1XMO K;  4F9O A;  3OYC A;  5ELZ A;  3BEX A;  4DV5 K;  1O13 A;  3SMS A;  5BRH A;  4X64 K;  5J2Q A;  5D3G A;  2QKB A;  3ATU A;  1KTQ A;  3H46 O;  4IO8 A;  3RRH A;  3LWL A;  2QWL A;  4H5N A;  1S22 A;  2OA8 A;  2E6M A;  1BHL A;  1F21 A;  2XY5 A;  4DG1 A;  4OGE A;  2P9N B;  3U9D A;  2VQF K;  4KHP K;  4M41 A;  4QS7 A;  2Q1N A;  4YDU A;  4KHU A;  3QEI A;  1KAZ A;  4U67 L;  4FWP A;  2EWS A;  2HST A;  2CH5 A;  2KLA A;  1VSK A;  2HVI A;  2E1Z A;  3NBP A;  2E2P A;  3LDN A;  3H3O B;  5BPN A;  4DR2 K;  3TAE A;  1V4T A;  3AVL A;  5GIN A;  2FF6 A;  1OH6 A;  2D0O A;  3SBG A;  2ZGY A;  3MN7 A;  3TAQ A;  1BG3 A;  1T8E A;  4B3R K;  1WLJ A;  3VES A;  1X1P A;  3VQ8 A;  3IG1 A;  4N47 A;  4K43 A;  3CCJ N;  4DQS A;  2NRT A;  5M1F A;  4BE1 A;  1B9F A;  2NRW A;  1C1A A;  3K5O A;  3VMF B;  4BVO A;  1QVG M;  4CFB A;  4Z4C A;  1ZXO A;  2KZZ A; 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 1N33 K;  1YJW N;  3HM9 A;  4LF5 K;  4E89 A;  3THV A;  2HHS A;  5SZT A;  1MWM A;  2P9S A;  3CXC M;  3SQ1 A;  3CQX A;  1L3U A;  1NG9 A;  2UXB K;  3JXU A;  2HNY A;  3WEE A;  3G0Z A;  4GKJ K;  1CZA N;  2G8K A;  3HBT A;  3AVH A;  4A57 A;  1P90 A;  2HF3 A;  1IBL K;  3CCS N;  3O1B A;  4H03 B;  4CEE A;  3E9P A;  3V1Q A;  4JKC A;  4B9N A;  3T69 A;  4ZHR A;  4IG0 A;  4DTO A;  3O4N A;  2ZQB A;  4HTU A;  1BI4 A;  2IC3 A;  1U47 A;  3RSE B;  2P9P B;  2QTD A;  1YTU A;  1BIS A;  1TV6 A;  4OPA A;  4JKA A;  2VGM A;  5KGX A;  1J54 A;  1C0M A;  4BQZ A;  1RBU A;  2BUP A;  2X6S A;  3I0S A;  4JI0 K;  3O8M A;  3MDQ A;  4A2A A;  1LWC A;  2F9T A;  5BN9 A;  5AQX A;  1NBW A;  3ZX3 A;  4CJ4 A;  1VQ7 N;  3DRR A;  2W41 A;  2JWK A;  1GLF O;  2GUI A;  4FZY A;  4N56 A;  4FWL A;  4CZL A;  3ZT1 A;  1FW6 A;  3F9M A;  1IV0 A;  3P5J A;  1HMV A;  1SS6 A;  1HR0 K;  4HUG A;  2P9P A;  4FVM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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