4CJEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjeA00
4O0IA 4CF9A 3VQQA 1D5AA 1TVRA 3CG7A 3TR8A 3LP2A 4FJ5A 2PYLA 5HP1A 4DS5A 2RN2A 1LWCA 4CHQA 4KREA 3QIOA 3VQ6A 3ZSQA 3MXIA 4CHZA 4QCLA 1UWBA 4KPYA 2HHSA 1MU2A 1FXXA 4DSLA 4LSNA 1TAUA 5KRTA 2IAJA 2YKMA 4FZYA 1GOCA 2BANA 3V1QA 4W5RA 3RRGA 1HNIA 1T7PA 3CM6A 3MAQA 3AO4A 3PV8A 3QIPA 3NF8A 1W9HA 1IG9A 4FLZA 4CJKA 3V9WA 4F2RA 2F8TA 4FJGA 3EZ5A 1SKRA 3AVLA 2XY6A 1ZBIA 1WSIA 4KHQA 5D3GA 4CIGA 1VSFA 3OYIA 2HNYA 3QEXA 1U4BA 1KRPA 3ALYA 4JS4A 2HHUA 1XC9A 4CF2A 2ATQA 4DTOA 1ITGA 3QERA 4AHRA 3FFIA 4FJMA 4DWIA 1EP4A 1QQCA 4RW9A 1U47A 3ISNC 3AA3A 1Z26A 1U48A 2E6LA 1ASVA 3V9ZA 5JS1A 3SJJA 4OKJA 4CK3A 4PWDA 1JXEA 2FC0A 2HB5A 2YV0X 3SUPA 1NK5A 4CEQA 2XY8A 5T7BA 3NAEA 4CFBA 1X1PA 4CJ4A 3VQ7A 4FJ9A 2VG5A 1J9AA 4NYFA 3O4NA 1NK4A 5HRRA 3NHGA 4FK0A 3DM2A 1XI1A 1S9EA 4IKFA 4H4MA 3QEPA 2DFFA 3TAEA 1EX4A 4R5PA 1JXBA 3OYAA 1QSYA 3PO4A 2X6SA 4KKOA 1CXUA 1YVUA 1GOAA 1F21A 2D0BA 2Z1JA 5FROA 5CZ1A 4E7JA 3AVJA 1JLFA 3T3FA 2XHBA 3TAPA 2HHWA 4LD0A 4ZTFA 4CHNA 1G15A 3I8DA 4KB1A 4CFDA 1C1AA 4CJTA 4FM0A 3ZT0A 4KV8A 3ITHA 1IKYA 4KFBA 4O44A 4K8ZA 4IFYA 4DQPA 1IKWA 3LPTA 3VQEA 4CJSA 3DRSA 3LP1A 3ZSYA 1NJXA 1RT7A 2YNHA 4DFMA 4NCBA 4C8OA 2DFEA 3WNFA 4DFKA 2X6NA 1LW0A 4CHOA 3DRRA 1VSDA 4PY5A 1C1BA 3NCIA 1C0MA 1TAQA 2O4IA 3LDSA 2HHTA 4Z4IA 4Z4FA 4DSFA 3IG1A 4CE9A 4FVMA 2HMIA 3G10A 4KB0A 3HPOA 1UOCA 1FKOA 1IKVA 3LPUA 4BWJA 2ZD1A 4N47A 1KVAA 1KSPA 4M3YA 4AHTA 3NFAA 2OPSA 4E89A 1U45A 1TL3A 3P5JA 1VSLA 1SKSA 4AHCA 1L3TA 4OPKA 3AVNA 1HPZA 2KQ2A 1L3VA 3WNGA 2WOMA 3NGIA 5HRNA 1KTQA 4HUEA 3AVGA 3C94A 1JLEA 3NF9A 4B9LA 4KTWA 1ZBFA 3L3VA 4IG3A 4JLHA 4AHSA 5CZ2A 4CK1A 3OYMA 3PX6A 1D8YA 2KFNA 2FBXA 3S3NA 2X74A 4CEZA 3C95A 3L2UA 2X78A 3AVKA 3I0RA 4KTZA 3SUQA 4CIEA 3RR7A 2DY4A 1RT5A 1WN7A 3KD1E 1RDBA 1RT1A 4W5OA 4KHWA 3TAFA 2W42A 3O3GA 3RMBA 3QINA 1WSJA 3KLFA 4Q5VA 3MEDA 1EXQA 1D9FA 4ICLA 4CESA 1XHZA 2OYQA 1JKHA 2B6AA 2Q3SA 3VQAA 3SI6A 4AHUA 4DQIA 4CEBA 1Z25A 4DG1A 3NBPA 4DTMA 1Y97A 3DLEA 3K5NA 2GUIA 4ELUA 2YNFA 5FRMA 3O3FA 5C42A 4MFBA 1S1WA 3T1AA 3ZT3A 1S9GA 2QKBA 4DF4A 1BI4B 4IBNA 1XWLA 4B9MA 3DLRA 3S9HA 4CFAA 3NF7A 1RBSA 5KGXA 2G8FA 1S1UA 3TANA 3OYHA 3OYBA 3LWMA 4DTSA 2GV9A 5KGWA 4F8RA 4I9LA 4NYNA 3ULDA 3K5OA 3AO3A 1HMVA 3D0PA 3A2FA 3DOLA 1Q9YA 3ZSVA 1S1TA 2D5RA 3V9SA 2Y1JA 1QTMA 4DTPA 4J2BA 5HLFA 4O55A 1RTDA 4B3OA 1QE1A 4DTRA 3SQ2A 4Q0BA 3OYGA 3K57A 4I9QA 3DLGA 3AVBA 2KFZA 2A1RA 1VSJA 4CJFA 1DTTA 4FCYA 3KJVA 3O3HA 4F2SA 4FJLA 1WAFA 3DLKA 2HNZA 4DFPA 3QNNA 1T8EA 3PY8A 3CM5A 5KRSA 2OZMA 3RMDA 1YTUA 3JSMA 1I39A 3CYMA 4FZZA 3BGRA 4CEEA 5KI6A 4FLVA 4KI4A 3SZ2A 2Z1GA 4H4OA 5C24A 4CF0A 2EHGA 2G8IA 3F9KA 3AVAA 1ASWA 3NDKA 3SCXA 1L3UA 4F3OA 4B8AB 2KZMA 1RBRA 1I3AA 1HRHA 2R7YA 1KVCA 3OYCA 2VWJA 1JL2A 5DMRA 3VQ8A 4OPJA 1C6VA 3B6OA 4E19A 4KHYA 3MEGA 3OYNA 1J54A 2OZSA 1SUQA 4KI6A 3PUFA 3VQ4A 3OJSA 2KZZA 4HTUA 4M41A 4BE1A 4FXDA 2B4JA 3LZJA 4ZTJA 4PUOA 4M3WA 3KKRA 3VQ5A 1IO2A 1RNHA 1RT4A 3H08A 3L2WA 4B9SA 3K5MA 4CGDA 4BACA 4IDKA 4C8MA 3L2RA 1HJRA 2IOCA 5KTQA 4FLWA 1VSKA 2HHXA 3IRXA 1TK0A 1KFSA 4ID1A 4FJ8A 4DLEA 2ITGA 3RTVA 5E41A 1RDDA 4GW6A 1LWFA 4F4KA 5FRNA 1TL1A 1LV5A 4FJKA 3QLHA 4I7FA 1JLQA 4I2QA 3AA4A 4M3RA 3ASMA 5I42A 1VK0A 3VQCA 3LAMA 3AO2A 3DLBA 4O5BA 4E1MA 4DFJA 1N5YA 3VQPA 1S1VA 5FDLA 3AO5A 4DQQA 3HSTB 2YKNA 4YFUA 1YT3A 4ZHRA 3HO1A 4FYDA 5CYQA 4B9VA 4CGHA 4DSJA 4M3ZA 3ZSRA 4QOZB 1RDCA 4DQRA 5J2PA 2DFHA 1VSMA 4RW4A 1NK9A 4CERA 5J2QA 1SL2A 3SUOA 4ID5A 3L3UA 1L3SA 3AVFA 4OVLA 5HRPA 1NKCA 1HQUA 1WNSA 1ZBLA 1BQNA 2E6MA 3AA2A 2G8WA 4FK4A 2BGGA 1X9SA 4CHYA 4YNQA 3C6TA 3M8QA 5EU7A 3TAMA 4CJ3A 2XO7A 1JLAA 1EKEA 3TARA 4DSIA 3HJFA 2I5JA 3SUNA 4DU4A 3SPZA 4EP4A 3KTQA 4N41A 4BDPA 1RT6A 3AVHA 3VN5A 1QSSA 4KHUA 4CEFA 1BISA 1CZ9A 4KO0A 3L2VA 2OPPA 4EZ6A 1YTAA 1WAJA 3I0SA 4LSLA 3F73A 1K6YA 4J2AA 3LP0A 3DOKA 3VA0A 2ZE2A 4CGIA 3HP9A 1SL0A 4M3TA 3JYTA 3RMAA 4E7HA 3UIQA 3MEEA 4E3SA 1GOBA 4CFCA 1WSEA 2KTQA 3ZSWA 2QXFA 4DU3A 4KHSA 3KKSA 2EX3A 3O4QA 4RG8A 3OS2A 1NJWA 3IS9A 4IFVA 4LH5A 3OYJA 3K2PA 4DTXA 1NK6A 1VSHA 1CXQA 4M3UA 4IG0A 3HPHA 1RTJA 3CFRA 3SPYA 4CJWA 3NGZA 1BI4A 4E0DA 1WSFA 2P51A 3E01A 5DK5A 3KLHA 3EY1A 1IH7A 4DMNA 3KLEA 3DLHA 3DYAA 3SV4A 4RW7A 1RTHA 4CJ5A 1RT3A 3MECA 3K5LA 2G8VA 3LANA 3KIOA 1TK8A 2HVHA 3WNEA 4F3TA 3AV9A 1B9DA 5HRSA 4CGGA 4KHNA 4FW1A 3P83D 4E7IA 4BDYA 4HHTA 4CCHA 4LY7A 1SL1A 4HCBA 3CFOA 4CEAA 1CZBA 1Q8IA 3HVRA 3SV3A 3NH0A 2XRIA 3U6FA 3BDPA 1U49A 2YHBA 3ZCMA 4PA1A 1ASUA 1C0UA 1HQEA 3V81A 1LWEA 1VSEA 4O4GA 1RT2A 2WONA 3V1RA 2XY7A 1IKXA 3V1OA 2RKIA 4AILC 1HYSA 1WSGA 2HHVA 1XHXA 4DTNA 3OYDA 3AA5X 2G8KA 3CQ8A 3QETA 3K59A 2RF2A 3U3GA 4E7LA 4W5QA 4OKKA 3VQBA 1BHLA 4OJRA 3M8SA 3TAGA 4NCGA 3QNOA 2BE2A 3RRHA 3NF6A 2DTUA 4FLTA 3TABA 5JS2A 4CGFA 2AJQA 1REVA 4DS4A 3HYFA 1QSLA 3S3OA 4DTUA 2NUBA 5SWMA 3V9XA 4J2EA 4N56A 2HNDA 4OGCA 5CY4A 1RBUA 1ZBUA 3NH2A 4B9NA 4Z4GA 4J2DA 4M42A 1SKWA 3G0ZA 1VRUA 2IC3A 4FLUA 1HNVA 1HYVA 1B92A 3QEIA 1FKPA 1LAVA 3NGYA 3ZT4A 4C8NA 1LAWA 3PX0A 3LAKA 4DTJA 1NK8A 2OPRA 3HT3A 5SZTA 3WNHA 2GBZA 1TKDA 2BDPA 4W5TA 3MXMA 4CJQA 3KK2A 1KLNA 4M3XA 1NOYA 4PQUA 3VQDA 4H8KA 4LH4A 1ZYQA 3KD5E 1TV6A 2YNIA 3MXJA 1TKZA 3TWHA 4B08A 4CECA 3OYLA 3HM9A 3IAYA 1S5JA 1VSIA 1LW2A 1RBTA 3ZT1A 4Z4CA 4KAZA 2P5OA 4DF8A 1BCOA 4BE2A 1NJYA 3C6UA 1A5WA 1ZBHA 4JRPA 5I3UA 3P1GA 4UQGA 4OLAA 2HHQA 4CJRA 1U04A 1HYZA 4HCCA 4B9TA 3THVA 4ELVA 1NOZA 4AHVA 1KFDA 3HK2A 3OY9A 1SV5A 1C1CA 3DI6A 3OJUA 2RPIA 1FK9A 4ELTA 3AO1A 4FLXA 3V4IA 2Z1IA 3OS1A 4CHPA 1VRTA 4HUGA 1KCFA 1TKTA 2IS3A 3T19A 1JL1A 4Y1CA 4CJLA 2JLEA 4JS5A 4CJPA 1UA1A 1NK0A 4L8RB 4Z4EA 1EETA 1S6PA 1KLMA 5J1EA 5CYMA 2F96A 3EYZA 1DLOA 2O4GA 1BGXT 3M8PA 4BDZA 3SQ0A 2G8UA 2VG7A 2IGIA 4CEOA 2OA8A 4E7KA 2F8SA 2Z1HA 4FJHA 1RBVA 5HBMA 3U3YA 2PZSA 4FJJA 3VA3A 1BIUA 1T03A 4MQ3A 4FJIA 3SYZA 1NKBA 3B6PA 4OLBA 2E4LA 1QHTA 4JRQA 3S3MA 2HVIA 3SQ1A 4FJNA 3SNNA 1W0HA 2VG6A 4FJXA 3HL8A 4QAGA 2ETJA 1R0AA 2FBTA 2QK9A 3KLGA 4OGEA 1Q9XA 3KLIA 1BQMA 3OYEA 3KK3A 4DQSA 3HPGA 3TI0A 1JLBA 1WLJA 3AVIA 3TAQA 3L8BA 4FZXC 4FK2A 3LZIA 2YHAA 3NE6A 3V9UA 4FW2A 1O1WA 3OVNA 1NJZA 4I2PA 2FBYA 2VWKA 1BIZA 3ZSOA 4WE1A 5K14A 4DLGA 2Y1IA 1X9WA 1TGOA 1C0TA 4CGJA 1J5OA 3QO9A 4HVJA 4CIFA 1TK5A 4N5SA 4B8CA 4DU1A 4DSEA 2IDOA 3NH1A 4CJEA 2LSNA 4KTQA 1RILA 3ZSZA 4C8KA 3RWUA 1CLQA 2D0AA 1BL3A 1RDAA 3ZT2A 3LALA 3QESA 3HXMA 1JLCA 2P1JA 3LP3A 1TKXA 1NK7A 4GMJB 1J53A 4K8XA 4XIUA 4HUFA 1UAXA 3DRPA 3ZSXA 4FLYA 1UA0A 1N6QA 3HVTA 4FJ7A 3SQ4A 1DTQA 4DSKA 1JLGA 2YNGA 4Z0UA 4CK2A 3RMCA 3L2QA 3AVMA 4N76A 4Z4HA 3VQ9A 3D45A 4NCAA 3M8RA 3HP6A 2FBVA 4E1NA 1RTIA 2PY5A 4O0JA 2QKKA 5J2MA 4FM1A 2KW4A 1L5UA 2JGUA 4TSXA 4W5NA 3OS0A 3PX4A 4OKEA 4FM2A 3QEWA 3AVCA 4GVMA 4B9UA 4KRFA 5HROA 4RW8A 2ZQBA 4BE0A 2D0CA 3QEVA 4CF8A 2A1SA 1NKEA 2PYJA 4CJUA 3V6DA 2G8HA 4G1QA 1QS4A 3K58A 1S1XA 3CFPA 5J2NA 4RW6A 1B9FA 4BWMA 3OYKA 4M45A 4CF1A 3LWLA 1BCMA 4EZ9A 1D9DA 2HW3A 2OPQA 1A5XA 1X9MA 1KVBA 4C8LA 5C25A 3KK1A 1T05A 2P5GA 1S6QA 1WSHA 2B5JA 4CEDA 4EP5A 3DMJA 3RR8A 3PO5A 3OYFA 2XY5A 1RCHA 4AH9A 1A5VA 4Y1DA 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWRA 3VQQA 3CG7A 5AJ3K 3TR8A 3LP2A 3THWA 4FJ5A 4KREA 1NWKA 3MXIA 4KPYA 3C65A 4IOCL 2E2OA 2BANA 4FWKA 3UKRA 4CD3A 5HOOA 1HNIA 3CM6A 4IWVA 2FF6A 4FLZA 2F8TA 3EZ5A 3GOIA 1LCUA 3VTHA 4DV3K 3PIPL 5A2QO 2HNYA 5AQZA 4H0VB 5AZJB 3MN9A 4RW9A 2E6LA 1ASVA 3GDQA 4NLBA 4CK3A 2FC0A 2YV0X 3SUPA 2ITMA 2XY8A 3NAEA 2RHKA 1BUPA 4K43A 4NYFA 3DM2A 4ILHA 1EX4A 3J7YP 3OYAA 5FROA 2Q0RA 1WUAA 1YVUA 2Z1JA 3AVJA 2XHBA 2HHWA 3ZEUB 4ZTFA 4CHNA 3HSCA 1ATSA 4JKGA 4KB1A 1C1AA 4FM0A 3TTDA 3CCRN 4KFBA 1GLAG 1Y64A 2QWOA 4DQPA 1EWQA 3DRSA 3LM9A 3ZSYA 2YNHA 3WXIA 4DFMA 4C8OA 2DFEA 3WNFA 3O9TA 3VEXA 1LW0A 1VSDA 3LDOA 2ASOA 2HHTA 4Z4IA 3R6MA 4FVMA 3G10A 3I8BA 1FKOA 1IKVA 2J4RA 2ZD1A 4N47A 4JI7K 3G71N 4ISFA 4E89A 2OPSA 1L3TA 3O9SA 3AVNA 1HPZA 3NGIA 1K8KA 3CMAN 4PKGA 3T1HK 1KTQA 4KBOA 4CJ7A 5AQFA 4B9LA 3TU5A 1ZBFA 3M1FA 4AHSA 2KFNA 3ZX2A 3PX6A 1W97L 4A2AA 4CIEA 4C1NK 4KHWA 3O3GA 1NMDA 3UB5A 3KLFA 2WBNA 4Q5VA 4CBWA 5JICA 2UU9K 4CESA 5M1OA 3NBPA 1XNRK 4JI8K 4QS8A 5AQGA 3VGLA 3ZT3A 2YI1A 1BI4B 4IBNA 1XWLA 3CC7N 3S9HA 1S1UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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