4CJEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjeA00
1WAJA 4KHWA 4Y1DA 5FRMA 4FXDA 1JKHA 4F2RA 3HPHA 4FLZA 3TANA 3V81A 1VSJA 4F4KA 1QSYA 3OS1A 3HL8A 4DTSA 1T03A 2O4IA 3RWUA 1C1AA 3MEDA 2F8TA 2O4GA 4MQ3A 3DLEA 4DQSA 4N76A 4C8NA 4HVJA 3K5LA 4KFBA 3U3YA 5C25A 3HM9A 3C6TA 4FCYA 4CEDA 1X9SA 4KHYA 2VWKA 1B9DA 1RTJA 4RW4A 4EZ9A 1X9WA 4NYFA 3LAKA 1GOBA 1S1XA 2X78A 3KIOA 4CJKA 5D3GA 3VN5A 2D5RA 2HVHA 3RTVA 2JGUA 4NCBA 4ZTJA 2OA8A 3L2UA 1JLCA 1JL1A 2Z1JA 1LW0A 1WLJA 1L3UA 3V6DA 3O3GA 3LP0A 4TSXA 4FLYA 3PX0A 5SZTA 3O4NA 1SL1A 1TK0A 1RBSA 4LH4A 4KB0A 2D0BA 4FJIA 3V4IA 2DY4A 3DLGA 4JLHA 1WSHA 4FJLA 3PO5A 4DQPA 1EP4A 3ZSRA 4M41A 1UWBA 3L3UA 4GVMA 1C1BA 2XY7A 1SL0A 4CEQA 1NKCA 4DTRA 3NF6A 4JS4A 1RT6A 4UQGA 3NCIA 3RRHA 1JLGA 1Q9YA 3NGYA 1VSDA 2F8SA 4CGDA 3S3NA 3MAQA 1U45A 3LPTA 2WOMA 3NGZA 3QNOA 4CJQA 4E1NA 1U04A 4E7KA 4B3OA 1GOCA 4F2SA 3VA0A 2EHGA 1IKXA 1C0UA 1VSHA 3AA2A 2HNZA 3SQ2A 4CGFA 4ELTA 3KD5E 3AO5A 1VRTA 4Z4CA 4FJGA 1CLQA 3SNNA 3TI0A 2ATQA 2Y1IA 4CHPA 4DSEA 4I9LA 1BISA 3ZSZA 2P1JA 4CGJA 3LDSA 2QKBA 3CM5A 2FC0A 2E4LA 3LANA 1GOAA 3QEIA 3KD1E 4CHNA 3ZSWA 2YNGA 4CIGA 2KW4A 4DFKA 5KGWA 1RT1A 5DMRA 4EP5A 1D9DA 3CYMA 4AH9A 3CQ8A 4Q0BA 3CFPA 1TAQA 2A1SA 1A5XA 3M8SA 1XHZA 4ELUA 3TABA 3D45A 3ZT4A 4DF8A 3MXIA 3ZT1A 1I39A 4IDKA 3AVLA 3HVTA 1G15A 3QIOA 4CJ3A 4FJMA 3K58A 3TAEA 3P1GA 4ELVA 1HMVA 4DTNA 2QXFA 1Z26A 1ZBIA 4FLXA 1XWLA 3DMJA 4BE0A 1RDAA 3BGRA 1NK4A 4FZZA 3QEWA 2I5JA 3QETA 2B6AA 1F21A 3O3FA 1I3AA 1KVCA 3M8RA 3EYZA 4CJUA 4E7HA 3KKSA 1UA0A 4KB1A 3HJFA 2KZZA 2KFNA 1L3TA 4BE2A 5SWMA 4CK2A 3MXMA 4BWMA 3CFOA 1TKTA 2FBTA 3L2WA 4CEAA 3AV9A 1IKVA 4M3WA 1ZBLA 3ZSXA 5CYQA 4QOZB 3VQPA 1B9FA 2OZMA 4O44A 3SQ0A 3SQ1A 4GMJB 3TAFA 1FKPA 4KTWA 5JS1A 1RDCA 3VQEA 1TL3A 3T19A 3AVHA 4B8CA 3KLEA 4LH5A 1J5OA 1SL2A 4Z4FA 4FJ9A 3RRGA 2KZMA 4BDYA 3KKRA 3ZSOA 3P5JA 4AHSA 4CIEA 4CF2A 1SKRA 3RR8A 5J1EA 1D8YA 4KTZA 4BACA 3HVRA 2XY6A 4DSIA 1SUQA 2Z1IA 5HRRA 4AHTA 1UAXA 4CK1A 4Z4IA 1RT5A 3NAEA 4NCGA 1UOCA 4HHTA 4DFPA 4RG8A 4K8XA 4KHUA 1NK7A 1XHXA 1IO2A 3OYJA 1KTQA 1RTHA 4DSFA 4PUOA 3E01A 4LSNA 2OPPA 4FLVA 5J2PA 2Y1JA 3OYAA 3OYIA 3LALA 2A1RA 1QHTA 4CCHA 3LZJA 1VSMA 3K2PA 4YFUA 2P5OA 3MEGA 3ZT0A 1JLBA 4CJ5A 2KTQA 4BE1A 2AJQA 1NK0A 1NJXA 1S9GA 5CY4A 4OKEA 4DTMA 4L8RB 4RW7A 2HW3A 3WNGA 2G8WA 2RKIA 2P51A 4FYDA 1BGXT 2G8HA 3NDKA 3VQCA 4OPJA 1JLEA 1TVRA 2YNIA 2E6MA 3OJSA 2YHAA 3NGIA 3RMAA 3QLHA 2ZE2A 3AVKA 1EKEA 2B5JA 3VQAA 4AHUA 4KREA 2HHQA 1J9AA 4BDPA 4CJRA 4CFDA 4IFVA 3VQ7A 3L2VA 4KAZA 4FJKA 1WSGA 4DTUA 1XI1A 3SZ2A 3SV3A 1RT4A 2BE2A 4Z0UA 1NOYA 4OGEA 3ZCMA 1QSLA 1KSPA 1EXQA 2G8VA 2DFHA 1QQCA 4F8RA 3D0PA 3AVMA 3KK3A 3HP9A 1J53A 3IG1A 4CESA 1MU2A 4H4MA 5HP1A 2XRIA 4KPYA 1JL2A 3DI6A 3BDPA 1B92A 1FK9A 3HXMA 4KO0A 4C8OA 4OLAA 1RT7A 4J2EA 3C94A 3TAGA 2Z1GA 3DLRA 4N41A 3ASMA 1KFSA 4M3RA 2P5GA 2X6SA 4CF0A 1L3VA 1S1VA 1KLMA 4J2BA 4QCLA 1O1WA 3NFAA 3DOLA 4CFBA 4IFYA 4FVMA 2RPIA 3A2FA 4ZHRA 4CIFA 3KK1A 4DF4A 3S3MA 3AVBA 1SV5A 1ZBUA 1U4BA 1VSLA 4DQIA 3SQ4A 3SPYA 1WSIA 1RNHA 4CJWA 4B08A 1S1TA 2X74A 2XY8A 4B9TA 2OYQA 1RT2A 4KHSA 2RN2A 1Y97A 3EY1A 5KTQA 3PO4A 1IKYA 1FXXA 2PZSA 4DSKA 5HRPA 1QS4A 1C0TA 1CZ9A 3NF9A 5K14A 4DTOA 1HPZA 3CG7A 3LPUA 4AHVA 4CFCA 4OPKA 1REVA 3LZIA 2ZQBA 3LP1A 4PA1A 4E7JA 1QSSA 4FLTA 1RTIA 3DYAA 2Z1HA 4W5NA 4HUEA 1U49A 1T05A 3OYBA 3ISNC 3K5NA 4FZXC 1BIUA 1VSFA 3I0SA 1LV5A 3H08A 4AILC 1YVUA 3SI6A 4DSJA 3QEPA 4FJ8A 4KV8A 4CJVA 4QAGA 3DRPA 1IKWA 3WNHA 4NCAA 2BANA 4FW1A 2KFZA 2X6NA 4O5BA 3LP3A 1QTMA 3U3GA 5DK5A 3NH0A 3QNNA 1DLOA 3L8BA 4E3SA 4HCCA 2HHWA 2ZD1A 1LWCA 2VG5A 1HNVA 3NH1A 3V9WA 3M8QA 1C0MA 4FM1A 4HUGA 4OVLA 3LP2A 3M8PA 1ITGA 1RBVA 1RBRA 4W5QA 4JRQA 3SUNA 4DU1A 5EU7A 3I8DA 5J2MA 1S6PA 3B6OA 3ZSVA 3NHGA 1CZBA 2YNHA 1NK6A 4CEEA 4F3TA 1KLNA 1A5VA 2YV0X 4O55A 3OYEA 4DWIA 1BQNA 3TAPA 3C6UA 4ID1A 3ULDA 3NF8A 1DTTA 3K57A 4M3ZA 5I42A 1KRPA 2QKKA 1X1PA 1BCMA 3DLBA 3VQ4A 3NH2A 3AO1A 3B6PA 1ZBHA 4CECA 2YHBA 4DTPA 4B9VA 1BI4A 4FK0A 2KQ2A 4DMNA 2HHXA 3OYMA 4CE9A 1RILA 3SJJA 3DRRA 3FFIA 1BI4B 4ICLA 1RCHA 3LWLA 4E7LA 4J2DA 1C6VA 4M3UA 3WNFA 1JLQA 3SV4A 1S6QA 1ASUA 3HPOA 1HQEA 4R5PA 4DU4A 3OS2A 5T7BA 1Q8IA 2IOCA 3RMBA 5FDLA 4DLGA 1SKWA 4C8KA 1NJZA 3ZT3A 3UIQA 4CEOA 2HB5A 3V1RA 5KGXA 4FLWA 1QE1A 4CHQA 2R7YA 2DTUA 5JS2A 1JLFA 1WAFA 4LSLA 3AO3A 1EETA 4W5OA 4PQUA 5FRNA 4DS4A 1T7PA 4DTXA 4DQRA 5I3UA 4EP4A 1WSJA 4Y1CA 4M3YA 1TKZA 2DFEA 2F96A 2OPQA 1ASWA 1ASVA 1JXBA 1JXEA 4O0JA 1NK5A 3K5OA 2DFFA 1YTAA 2HNDA 5J2NA 1SKSA 2IAJA 1U48A 2PYLA 1FKOA 4W5RA 1LWFA 3OYHA 4DSLA 2OZSA 3HK2A 3JSMA 2OPSA 3QO9A 3TAQA 1ZBFA 2VG7A 4OKKA 5HLFA 4H8KA 4CJPA 3JYTA 3KLIA 5CZ1A 4CHYA 1LWEA 2LSNA 3G10A 2HHTA 5HRSA 3AVAA 4W5TA 4I2PA 1NJYA 3KJVA 4FZYA 3OVNA 3VQ6A 4CJFA 3VA3A 4BWJA 4KRFA 3NBPA 3OY9A 2HHSA 4FW2A 3TWHA 1NK8A 4CFAA 1LW2A 1KVAA 1TGOA 1VSEA 2GUIA 3PUFA 1L3SA 1TV6A 3PX4A 4J2AA 4N5SA 3ITHA 3HT3A 1CXUA 4FK2A 1NKEA 1W9HA 3DLKA 1YTUA 3V1OA 4E19A 4CHZA 2HNYA 1HYVA 4RW9A 3OYDA 4FM2A 1EX4A 4M3XA 1KVBA 1S1WA 3VQDA 4B9LA 4Z4GA 2XHBA 4Z4HA 4HCBA 1TAUA 1Z25A 3HPGA 2IS3A 1T8EA 3KTQA 4E0DA 1YT3A 2IDOA 3QINA 4H4OA 3NE6A 3VQ8A 3V9SA 3QEXA 4DQQA 4AHRA 1J54A 4YNQA 3MEEA 4KTQA 4CEFA 2Q3SA 3MXJA 3VQ5A 4B9SA 4Q5VA 4C8MA 3SYZA 2YNFA 1XC9A 1W0HA 4M3TA 1HJRA 4I2QA 4DS5A 1RTDA 3SCXA 4B8AB 3VQBA 1HRHA 3IAYA 4LD0A 3AA5X 4IG0A 1IH7A 1RT3A 3TAMA 1ZYQA 3KLFA 3V9UA 1RDBA 3QESA 3SUQA 2PY5A 4FJJA 3AVNA 3LWMA 4AHCA 3V9XA 4ZTFA 4KKOA 4CGGA 4F3OA 4O0IA 4HUFA 4IBNA 1JLAA 4N47A 2RF2A 3L2RA 1WSFA 4DG1A 3S9HA 3AVFA 3AO2A 1N6QA 3EZ5A 1HYSA 2VWJA 1VSIA 1S1UA 3DM2A 4I7FA 4MFBA 4KI4A 3VQ9A 2G8IA 4IG3A 3OYKA 4PY5A 1NKBA 3T1AA 2OPRA 4O4GA 1C1CA 1VRUA 2GBZA 3ZT2A 3OJUA 4CEZA 1D9FA 2FBVA 3SUPA 1TK5A 3CM6A 3AVCA 4CEBA 5HRNA 5HROA 2B4JA 5KRSA 2WONA 2XO7A 2IC3A 3C95A 4FJHA 3RMDA 4OLBA 2VG6A 4G1QA 1X9MA 4B9NA 2XY5A 4DFJA 3AVGA 1BL3A 1N5YA 3NF7A 4K8ZA 3OYGA 3HSTB 4RW6A 3L3VA 5KI6A 4FJNA 4PWDA 2W42A 4EZ6A 1Q9XA 4KHQA 3AVIA 1LAWA 3OS0A 3MECA 1TKDA 1CXQA 3U6FA 2BGGA 4CF8A 1TL1A 4LY7A 3I0RA 1VK0A 4OKJA 3AA3A 3OYCA 3OYFA 3RMCA 2QK9A 4DFMA 4E1MA 4CJ4A 4CJEA 3OYLA 4CHOA 4FK4A 2D0CA 1HYZA 1RBUA 4IKFA 2YKNA 3AA4A 3PX6A 2G8KA 3OYNA 4CK3A 5KRTA 2ETJA 5CYMA 4JRPA 5C24A 1HNIA 4I9QA 1RBTA 2E6LA 1HQUA 1S5JA 3HO1A 3K59A 3CFRA 3WNEA 2GV9A 3HYFA 3S3OA 3DOKA 2FBXA 2NUBA 3G0ZA 4CJTA 4N56A 3KLHA 3K5MA 2FBYA 4HTUA 3QEVA 2HHUA 2ITGA 4E7IA 3HP6A 3SPZA 4CGHA 4OGCA 5E41A 3KK2A 1NJWA 4CJLA 4KI6A 2EX3A 3ALYA 3ZSQA 2G8FA 1S9EA 1BHLA 1DTQA 1WNSA 2JLEA 3AVJA 1D5AA 1WSEA 1KCFA 2YKMA 3LAMA 4ID5A 3P83D 3ZSYA 5C42A 1L5UA 1BIZA 3V1QA 5FROA 2HHVA 1VSKA 3F73A 4CF9A 4FJ7A 1KFDA 3O4QA 3L2QA 2HVIA 3QIPA 3KLGA 4DU3A 4M45A 3V9ZA 2IGIA 3IS9A 3PV8A 5J2QA 2BDPA 3IRXA 3TR8A 4B9UA 1IG9A 1TKXA 3QERA 3TARA 1BCOA 4FLUA 1TK8A 4B9MA 4BDZA 1A5WA 3AO4A 1WN7A 3O3HA 2G8UA 4KHNA 1K6YA 1LAVA 4RW8A 5HBMA 4FJ5A 4JS5A 3SUOA 3PY8A 4M42A 1RDDA 4OJRA 1R0AA 1U47A 4WE1A 4GW6A 4CERA 4XIUA 4C8LA 1BQMA 4E89A 4DLEA 3VQQA 3RR7A 4FJXA 1NOZA 3DRSA 4CGIA 3DLHA 4CF1A 4FM0A 4DTJA 4Z4EA 4CJSA 4NYNA 3T3FA 1NK9A 2PYJA 1UA1A 2HMIA 2D0AA 3THVA 3F9KA 5CZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0PA 4Y1DA 3VF2A 3J7YP 4FLZA 4F4KA 1QSYA 3OS1A 2F8TA 2O4GA 4A59A 4C8NA 1W7AA 5M1FA 3NMUA 5C0YA 4CEDA 1HR0K 4FOIA 1MWMA 2OANA 3WXIA 4KHYA 1B9DA 2BH1A 1RTJA 5AQTA 1S1XA 2X78A 3KIOA 4CJKA 1BA0A 4CJ7A 2HVHA 3BF3A 2QEXN 2GTDA 4DV4K 1N8RO 4JKGB 3VPZA 2ZJPL 3O3GA 4TSXA 5SZTA 4LFBK 2KKZA 4FWKA 1RBSA 5FPMA 2DY4A 3E9OA 4BR0A 3L3UA 2O8EB 1NKCA 4CEQA 5AR0A 4DTRA 2E1YA 3IUCA 3NCIA 1Q9YA 3NGYA 3THWB 2F8SA 3S3NA 3MAQA 3LPTA 4H5NA 1HPMA 3BEXA 4BROA 2EHGA 1IKXA 1C0UA 4KI4A 4ELTA 4PL8A 2ATQA 3D6RA 3N4PA 2W6LA 3CM5A 4CD1A 2E4LA 4LF5K 5CR4A 2YNGA 2KW4A 5KGWA 4EP5A 1D9DA 3F2KA 2A40A 2D1KA 4BVOA 3CFPA 3D2FA 1ATSA 3G25A 3D45A 4DF8A 4ISGA 3IDHA 1GLLO 4IDKA 3AVLA 4K42A 3K58A 2A5XA 1GLCG 4IO9L 3BGRA 3KWGA 4QS7A 3QEWA 3QETA 2B6AA 3O3FA 4IEIA 4OX9K 2YX6A 5SWMA 4CK2A 3MXMA 4BWMA 1TKTA 2IVNA 3RSEB 5C12A 3AV9A 1J6ZA 4BC4A 5AQRA 3ZSXA 1IBMK 5CYQA 5BR9A 4EIAA 4B8CA 1NMDA 4BDYA 1SKRA 3U9ZA 5DM6L 2UYTA 2W40A 4DSIA 4V19S 2A6AA 2XY6A 5HRRA 1UAXA 4NCGA 3ULEA 4K8XA 1ATNA 3GDQA 1XHXA 3CETA 3NVMA 1H1VA 3OYJA 1KTQA 4PUOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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