4CJEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjeA00
2HHWA 1TL3A 3QESA 3M8RA 3RMAA 4C8LA 4YNQA 4LH5A 3LZJA 4Z4FA 3DOKA 3V9ZA 3HL8A 1X1PA 4CGDA 4CJQA 1S9GA 1ZBIA 3SCXA 4GW6A 1C1BA 3HXMA 4Z4HA 3MAQA 1ASUA 1X9WA 1QSYA 2B5JA 4E7JA 1LW2A 4I2PA 2X6NA 1RTHA 3KK3A 4FK0A 4FXDA 1SKSA 3D45A 1HYZA 4KPYA 4DTSA 3C6UA 1CZ9A 4CJKA 3DLEA 3I0SA 4NYFA 4E89A 4IG0A 1Y97A 3NH1A 3QERA 3TAGA 3SPYA 1U49A 1VSFA 1NOZA 3TAPA 1KCFA 4B9TA 3HYFA 1NJWA 3E01A 4R5PA 3OYGA 1YTUA 2KTQA 1NJZA 4RW7A 2Z1IA 1QHTA 3NFAA 4DLGA 4DTUA 2ZD1A 2P5OA 2WOMA 2F8TA 4QCLA 4O0JA 1VSKA 4HUFA 4CJSA 4DFJA 1WAFA 4FJKA 3NH0A 4CEDA 1FXXA 1D9FA 4M3TA 4B3OA 3MXJA 2G8UA 2BDPA 3QIPA 4KI6A 1A5XA 2B6AA 3ITHA 2HW3A 3HVTA 1L3UA 1VSLA 3F9KA 4N5SA 3S3OA 1JLCA 1HQUA 1X9MA 2PY5A 4OLAA 4FLZA 3CFRA 1NKCA 3IS9A 3K2PA 2B4JA 4YFUA 4KHWA 1RBRA 1U04A 4UQGA 4CJVA 3L2WA 1W9HA 4JS5A 1IKXA 3LPTA 5CYMA 2XY5A 4C8KA 2QKBA 3RRHA 1B92A 3EY1A 2G8HA 4I9LA 2EHGA 2VG6A 5C25A 1FKOA 1WLJA 4CEZA 5E41A 4CEBA 1S9EA 4CHZA 4BDZA 4CF2A 3QINA 4RW8A 4PQUA 3DOLA 4OKKA 3IRXA 3DLGA 3ZSXA 3ZSZA 5J1EA 3OYKA 4CHPA 3U6FA 2P5GA 3IG1A 3V6DA 1QQCA 1JLBA 3MECA 3HP9A 3U3YA 3UIQA 4J2EA 1Q9XA 1CZBA 3L2RA 5FRNA 3PX4A 1RBTA 3OVNA 5KTQA 3M8PA 3D0PA 3P1GA 2XHBA 2P51A 3LWLA 4TSXA 2XO7A 3NF6A 2RKIA 3T3FA 4J2DA 3TAMA 4HTUA 3VQDA 4HUEA 2KZMA 3ISNC 3HP6A 1LW0A 3JYTA 3AO5A 1BIUA 3OYFA 3OYDA 2HB5A 4CHNA 3K57A 5J2NA 3PO4A 3DMJA 3LWMA 3SYZA 2NUBA 4Q0BA 1XWLA 2FBXA 3KLEA 3V9XA 3AA5X 4F4KA 4KB1A 1Z25A 3T1AA 4WE1A 4F3OA 1GOCA 3DI6A 1RTJA 4QAGA 3QLHA 1HPZA 4J2AA 4DTNA 1EP4A 1NOYA 2A1SA 4ELUA 1HMVA 3O3FA 4CJPA 3AO1A 4FZYA 4N56A 4CHYA 3RMDA 2OZMA 4Y1DA 4AHSA 4IFVA 4DF8A 4EZ6A 2ATQA 2YKMA 3LP2A 4I2QA 1YVUA 2ZE2A 1IKYA 2WONA 2Y1IA 1Z26A 4HCBA 3DM2A 1GOBA 3KLIA 1HQEA 4ID1A 4CF1A 3LP3A 1KVBA 4CEQA 4FLUA 4DSFA 4FJ5A 5HBMA 2YNGA 5FROA 4H4MA 3WNHA 1ZBUA 3VA3A 4CGIA 4CIFA 4KHQA 4MFBA 3TWHA 5T7BA 4JS4A 4E7HA 2HNDA 4BWJA 4FK2A 4OLBA 3JSMA 4G1QA 1C1CA 2KW4A 1QTMA 4FW1A 1BIZA 3NF7A 4CK3A 3KK1A 4DG1A 4FLYA 4DQRA 4CK2A 1TK5A 1R0AA 4FZZA 5HRSA 2QXFA 3V4IA 4PA1A 4DTXA 3LAMA 1NK7A 4IG3A 1HNIA 3V1OA 4AILC 4M3ZA 4LSNA 4OKEA 2W42A 4W5NA 4B9MA 4FJNA 2Z1GA 1LAWA 1JLAA 2E4LA 4H8KA 3V1QA 4LH4A 1S6PA 4CJFA 1FKPA 3SPZA 2HHXA 2R7YA 4CFCA 1VRUA 4AHVA 1NJYA 4CE9A 3PUFA 3KJVA 3TI0A 1ZBLA 4KB0A 3U3GA 3VQ5A 3O4NA 4H4OA 5K14A 4K8ZA 5D3GA 4NCBA 3I8DA 4FJIA 4J2BA 3VA0A 1EXQA 4CEFA 3B6PA 1N6QA 2D5RA 3KIOA 3K5OA 2G8WA 3DLBA 3OS2A 3MEDA 5FRMA 1WSFA 2HNZA 5SWMA 4HHTA 5KRTA 2HHSA 3ZSOA 2OPQA 1HJRA 1BCOA 3F73A 1NK9A 2YHAA 1SL2A 4NCGA 2YV0X 4ELTA 2ETJA 4M42A 2X78A 3SNNA 5KGWA 4CJ4A 2DTUA 1RDCA 4DQPA 3AVHA 3VQCA 4O44A 4CGFA 3VQ6A 1RDBA 1L3VA 4IDKA 3OYHA 1XHZA 1RNHA 4BWMA 2PYLA 3C95A 1IG9A 2G8KA 4ZTJA 1W0HA 3SV3A 1SKWA 2OZSA 1KFDA 2IOCA 2Y1JA 1JXEA 1RTIA 3HM9A 3AO2A 1TKDA 3WNEA 1RDAA 4W5RA 5DK5A 1L5UA 4FJ9A 3KLFA 1J9AA 3L8BA 3V9UA 1NKEA 3OYCA 4LD0A 1LAVA 1L3SA 3TR8A 1BCMA 4FCYA 4EP4A 1REVA 1IKWA 1TL1A 3M8SA 1TV6A 3ULDA 4N47A 3AVNA 1UOCA 3MXMA 4JRPA 2JGUA 3ZCMA 4DTRA 4CGGA 5FDLA 1WSHA 1JL2A 1QSSA 4IKFA 1RT2A 1EX4A 3TANA 4FW2A 4M3WA 1G15A 2IC3A 1A5WA 3DRPA 3P5JA 3HPOA 1JLFA 4FLXA 5KI6A 3WNGA 4E1NA 1BI4B 4Y1CA 3L2VA 2HHUA 3OYBA 3V81A 1S6QA 3TAFA 3HJFA 1C0UA 4CGJA 1ZBFA 2FC0A 4CJWA 1ZYQA 4DQSA 1KVCA 4Z4EA 3VQ9A 3VQBA 3ZSRA 4AHTA 1J54A 1TGOA 1DLOA 1C0MA 1RILA 1QSLA 4B9LA 4N41A 4M3YA 1VK0A 1TK8A 3HVRA 1KLNA 2OA8A 4B9NA 3B6OA 3OYAA 4C8OA 4FJGA 3L2UA 1HNVA 1ITGA 4CJ5A 3I0RA 4DU3A 3VQEA 4BE2A 3DRRA 4DFMA 2X6SA 4CJUA 4BE1A 3P83D 1KLMA 3ZSYA 4F2SA 2OPRA 3OY9A 1N5YA 2G8VA 4Q5VA 4RW4A 4DF4A 3AVKA 4KHSA 2D0AA 3VQAA 1SL0A 4FLTA 2PYJA 2LSNA 5HRRA 1WAJA 3HO1A 3AVAA 3V9SA 1T03A 3KTQA 3OS0A 4CERA 3QEVA 4Z4GA 1TK0A 1C1AA 2OPPA 4B9VA 1X9SA 3CFPA 3ALYA 4N76A 4HCCA 4CF0A 3NGZA 3C94A 4CFDA 2XY6A 4DQQA 1B9DA 3VQ4A 4LY7A 5DMRA 3QEIA 3NF8A 1S1UA 4CF8A 3ZT1A 3RR7A 3KKSA 3L3UA 4M41A 2VWKA 3PV8A 1LWCA 4BDPA 1KFSA 1HYVA 4DU4A 4FM0A 3O3GA 4EP5A 4CJEA 3KLHA 3QNOA 1UWBA 2KQ2A 1NK8A 2HHVA 2Z1JA 1SKRA 4KKOA 2X74A 4AHRA 3DRSA 3PX0A 2P1JA 3OYLA 4CIEA 3NDKA 4F3TA 2DY4A 3SI6A 2E6LA 3LP1A 3SV4A 2YNHA 4Z4CA 4DTMA 3DLRA 2RPIA 3L2QA 1K6YA 3WNFA 4FLWA 4FJ7A 1ASVA 2EX3A 2E6MA 4I9QA 4FJLA 3AVBA 3AA2A 3QIOA 4B9SA 1RBSA 3A2FA 3AVFA 3C6TA 1TVRA 2VWJA 1BQMA 4OGCA 2IGIA 4CJRA 3HSTB 4M45A 3NAEA 1DTQA 1GOAA 4O4GA 4CEAA 4B8AB 2O4GA 1BL3A 4C8NA 3OS1A 3AA3A 3OYEA 3SUPA 4BDYA 1VSEA 1U4BA 2JLEA 4KTZA 5CZ2A 4DFKA 1MU2A 1WSGA 3OYNA 4BE0A 3AV9A 2BGGA 1S1TA 4DTOA 4DWIA 4FJ8A 3MEGA 4OPJA 4DSIA 4XIUA 3AVIA 4FZXC 2ITGA 2AJQA 3KD5E 1JLEA 1CXUA 4FM2A 3L3VA 3NE6A 1NK6A 1I39A 1WSJA 3T19A 1RT7A 3EYZA 3TARA 4DLEA 4Z4IA 5J2QA 1NK4A 3AVJA 3HPHA 3RMCA 1IKVA 1D9DA 2D0BA 1KRPA 3ZT0A 2HMIA 4CCHA 1YT3A 1IO2A 5SZTA 3MXIA 2OYQA 2RF2A 1IH7A 1JKHA 4E1MA 4CJLA 4FLVA 3S3MA 1RBUA 1F21A 4W5TA 1JLQA 1CXQA 3H08A 5JS2A 4BACA 2OPSA 4OVLA 3ZT4A 3CG7A 4AHCA 4GMJB 4CEOA 3SQ2A 2FBYA 4E7LA 2G8FA 4ID5A 3K58A 2BANA 3O3HA 3K5NA 4JLHA 4LSLA 3K5LA 3NHGA 2GUIA 4E7IA 1VSMA 1BGXT 3QNNA 1J5OA 1JLGA 2VG7A 4B9UA 2G8IA 2QK9A 4CECA 2KZZA 2F8SA 3ZSQA 1VSDA 1RCHA 1S1VA 4W5OA 1S1XA 2A1RA 1XHXA 2I5JA 5HRNA 4FM1A 5I3UA 1FK9A 4O0IA 2Z1HA 5KRSA 4FJJA 4MQ3A 1SV5A 3LANA 2ZQBA 4CFBA 4KI4A 4RW9A 4B08A 4KRFA 1O1WA 3SZ2A 4DTJA 4KAZA 3BGRA 4Z0UA 4DTPA 4DS5A 1SUQA 2YNIA 3AVGA 3LP0A 1J53A 3M8QA 3O4QA 5HRPA 3TAQA 1QE1A 3KKRA 3V9WA 4GVMA 3SUOA 1ZBHA 1JL1A 5HROA 2DFEA 3S9HA 1RT6A 1JXBA 4ELVA 4KTWA 4OKJA 3S3NA 2IS3A 2HVHA 4CFAA 3NGYA 4IFYA 4E7KA 3PO5A 3ZT2A 4KFBA 4RG8A 3OYMA 3QEPA 1LWEA 1RDDA 3CM6A 4KV8A 4DU1A 1TKXA 2XY8A 4KO0A 4C8MA 1RT3A 3QEWA 4KTQA 1NK0A 1RT4A 4CESA 4K8XA 4L8RB 3LZIA 3KK2A 3DYAA 4DMNA 4M3UA 1KVAA 4M3XA 1RT5A 2GBZA 4F2RA 1BI4A 3NCIA 4KHYA 2IAJA 3AVMA 1UA0A 5HP1A 3VQ7A 2KFNA 3CM5A 2F96A 4CIGA 3NH2A 4JRQA 4DFPA 1NKBA 2QKKA 3PY8A 2VG5A 3SUQA 4DQIA 4FJXA 1T7PA 1WNSA 3G10A 4AH9A 3HT3A 2HVIA 3AO4A 3RTVA 1RT1A 3LPUA 3K5MA 3KLGA 4NYNA 4O55A 4DSLA 1EETA 2IDOA 3NF9A 1SL1A 2BE2A 1XI1A 1UA1A 1T8EA 4CGHA 1QS4A 3SQ0A 3G0ZA 1A5VA 5JS1A 3RMBA 4KHUA 2DFFA 3AVLA 1BISA 2YKNA 1D5AA 1S1WA 2XY7A 2DFHA 3OYJA 1D8YA 4CF9A 4HUGA 4ZHRA 4KHNA 3IAYA 1LWFA 4CEEA 4HVJA 1ASWA 3ZSWA 1NJXA 4AHUA 2FBVA 3LAKA 3AO3A 1LV5A 1HRHA 3EZ5A 1KSPA 4E19A 4CJ3A 3TAEA 3RR8A 1VRTA 3AVCA 4M3RA 1YTAA 3LDSA 4E3SA 1RBVA 4B8CA 1UAXA 4DS4A 4FK4A 1U45A 3THVA 3K59A 4PY5A 4KREA 5EU7A 3HK2A 3PX6A 1EKEA 1XC9A 5C24A 3DLHA 3KD1E 3NGIA 3CQ8A 1NK5A 3MEEA 1WN7A 3V1RA 4FJMA 1RTDA 4E0DA 2HHQA 1C6VA 4CJTA 3OJUA 2PZSA 3VQQA 2KFZA 4EZ9A 3HPGA 3OYIA 1L3TA 1VSHA 3QETA 5CY4A 3QO9A 3NBPA 1HYSA 3ZSVA 3CYMA 1TKZA 1KTQA 3LALA 1BQNA 2RN2A 4FVMA 4ICLA 1WSIA 2FBTA 3DLKA 1U47A 4DSJA 5CZ1A 4OGEA 1Q8IA 4CHOA 3SUNA 4QOZB 1C0TA 2YHBA 3ASMA 3VQ8A 4I7FA 3SJJA 3VN5A 4FYDA 5C42A 4DSEA 4DSKA 2GV9A 2O4IA 4W5QA 1VSIA 4ZTFA 3ZT3A 5J2MA 4NCAA 1TKTA 3TABA 1VSJA 5KGXA 3OJSA 4F8RA 1Q9YA 1BHLA 1DTTA 3CFOA 3SQ1A 5J2PA 4RW6A 4OJRA 1TAQA 2HHTA 1WSEA 3QEXA 3RWUA 4IBNA 1TAUA 4O5BA 4PWDA 2D0CA 3AA4A 2YNFA 3SQ4A 1U48A 1I3AA 3BDPA 2XRIA 3FFIA 4FJHA 1B9FA 2HNYA 1S5JA 4CHQA 3VQPA 2Q3SA 1T05A 5CYQA 4PUOA 4CK1A 1CLQA 4OPKA 5I42A 3RRGA 5HLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FLOA 4YNQA 3DWLA 2HBLA 3HL8A 4CJQA 1NBWA 1W7AA 1C1BA 4JI3K 4JK9A 1X9WA 4E7JA 4PKGA 1Q86O 1KAYA 4FXDA 1SKSA 3D45A 1HYZA 4KPYA 2RHKA 4CJKA 4C23A 3I0SA 5GIOA 4B3SK 1U49A 4B1WB 1VSFA 1NOZA 4YOWA 4BRPA 4WCEL 2Q31A 2Z1IA 1DGKN 2P5OA 2F8TA 4HUFA 1OH7A 1FXXA 3J7AP 3CI5A 3MXJA 3Q7CA 1NJIO 4FWRA 4KI6A 2B6AA 3ITHA 1L3UA 3OA9A 1YXQA 1E4GT 2D1KA 4YFUA 4CZFA 1IJJA 4IOAL 3QBXA 1W9HA 4H5WA 3ZETB 2IVOA 3CJ9A 2VG6A 5AQMA 1FKOA 1Z05A 4CEZA 5E41A 4BDZA 1S9EA 1O13A 4OKKA 4OPAA 1HNXK 5AQLA 3DLGA 4RTFD 3U6FA 3IG1A 1BWFO 1CZBA 3I8BA 3L2RA 1RBTA 5KTQA 1K9MO 2P51A 2QM1A 3H6EA 3OBYA 3ULEA 4TSXA 3WXIA 2XO7A 3QBWA 4HUEA 4QS9A 4DR5K 5C0YA 3JYTA 5IT9O 4BVOA 3R6MA 2HB5A 2ZJPL 3KLEA 3V9XA 5KPZA 4MLHA 4DV7K 4CZMA 4QAGA 4WYBA 3O3FA 1V4SA 4CHYA 5FPEA 3GG4A 4IFVA 3ID8A 5BRFA 5JS1A 1FJGK 3LP3A 1YJ9N 2E2OA 1N32K 5FROA 3WNHA 4WQ4A 4KHQA 4EHTA 2E8AA 3MN7A 4E7HA 5AQGA 2CGKA 4G1QA 1C1CA 1M90O 1NGBA 4CK2A 2QXFA 4PA1A 3HBTA 3E9PA 4IG3A 4AILC 2W42A 4XH4A 1LAWA 2E4LA 1S6PA 1HNZK 2E5LK 4DV0K 3PUFA 3VTIA 3TI0A 3VEXA 3O4NA 4BC3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5BPM A;  4KH5 A;  5AQU A;  2BE2 A;  1XI1 A;  4CGH A;  1QS4 A;  2ITM A;  3MX5 A;  5KQD A;  2YKN A;  1NMD A;  1S1W A;  4CF9 A;  4HUG A;  1K8K A;  1ASW A;  3ZSW A;  1NJX A;  3LAK A;  3AO3 A;  1BU6 O;  3EZ5 A;  4E19 A;  1NGH A;  3QDK A;  3LDS A;  1RBV A;  3WT0 A;  3K59 A;  3THV A;  4KRE A;  2O8C B;  5EU7 A;  3PX6 A;  1XC9 A;  2E20 A;  4LF4 K;  4H0V B;  3CQ8 A;  3CD6 N;  3A0I X;  1WN7 A;  1RTD A;  2Q0R A;  2HHQ A;  1NGA A;  4CBX A;  1MWK A;  2KFZ A;  1GLJ O;  2A6A A;  2HF4 A;  2HST A;  3NBP A;  1KTQ A;  4MO5 A;  1IBM K;  4A61 A;  3SUN A;  2YHB A;  3PSF A;  4HWI A;  3VN5 A;  2GV9 A;  4W5Q A;  1IG8 A;  1TKT A;  4A2B A;  3J80 O;  3O9Q A;  3RSE A;  3DXK A;  4JI0 K;  3TU5 A;  3SQ1 A;  4RW6 A;  1WSE A;  3QEX A;  1WOQ A;  2V51 B;  4IBN A;  4M7Y A;  3AA4 A;  1I3A A;  3BDP A;  2XRI A;  3NVK A;  2UXC K;  5AQW A;  1EWR A;  4BR2 A;  2IVP A;  1CLQ A;  3LDL A;  5HLF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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