4CJFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjfA00
1ZYQA 4KTQA 3KKSA 1EETA 3VQCA 4H4OA 4CIEA 3L8BA 3DOLA 4Z4FA 3F9KA 5HRRA 5C24A 4CF2A 3WNGA 4CJTA 1X1PA 4FLYA 4FK0A 2RKIA 3KD5E 3RR8A 1TAUA 3SQ4A 2RPIA 4RW4A 4JS4A 3TWHA 3SJJA 1D9FA 4NCBA 1HQUA 1HRHA 4DG1A 4I2PA 3CFOA 4LSNA 3C6TA 3IRXA 4JLHA 4CF8A 4CF0A 4FJ7A 2HW3A 3HL8A 1NK0A 3SCXA 2R7YA 4Q5VA 2IDOA 2IS3A 4HHTA 3KLIA 3IG1A 1ZBFA 1BISA 3IS9A 3SUNA 3AVMA 1QSYA 4PY5A 2FBXA 1EXQA 1K6YA 3I0SA 3OYEA 5FRNA 1TKZA 4OJRA 5KRSA 3DRRA 1YT3A 3AVGA 3LWMA 1T7PA 1KLMA 2G8IA 3HPHA 3ULDA 1TAQA 3SZ2A 3HJFA 5HROA 2GBZA 5KTQA 3AVIA 3LDSA 1XHZA 4FJHA 4F2RA 3SPZA 2KW4A 1VSIA 3ZT1A 1N6QA 2P5OA 2HB5A 2ZE2A 3RMAA 1L5UA 1RBSA 3KK3A 4E7IA 2KFZA 1SKSA 2YV0X 2E4LA 3VA3A 1U48A 1SKWA 3FFIA 1ITGA 3HT3A 3HPOA 5J2NA 3V4IA 4FJGA 4CEOA 2KZMA 4ICLA 2F8TA 1KVAA 3THVA 2KQ2A 4KHNA 1TL3A 2OZMA 4CGDA 4ID1A 1UA0A 3DOKA 4OGEA 4C8KA 4HCCA 2FBVA 1LWCA 3V1OA 2IOCA 4O0IA 1X9MA 3OYLA 3NHGA 2IAJA 4KREA 1KFDA 1VRTA 1NK9A 1VRUA 4CE9A 4TSXA 3HO1A 2G8FA 3VQBA 3HXMA 3LAKA 1VSLA 4NYNA 4EP5A 4C8OA 1CXQA 4G1QA 3VQEA 4CEAA 1X9WA 3PX0A 4I9QA 3MXMA 4CFAA 4I7FA 1VSJA 4CJVA 4B3OA 1TL1A 4KHUA 3VQ5A 3SPYA 2DY4A 3JSMA 2X6SA 4CEBA 4FW2A 1EKEA 1L3TA 3L2UA 1B92A 2YHAA 3ZT4A 2VWJA 4CHOA 1KVBA 1UOCA 4IDKA 4KTZA 4C8NA 3TAMA 5DK5A 2OZSA 3U3YA 1IG9A 3OYNA 4M3XA 3KIOA 1D5AA 4CEQA 3C95A 1L3VA 4CEFA 3MXIA 3NF8A 4E3SA 3KLGA 3QEXA 4CHYA 2F8SA 1RBTA 4R5PA 2X6NA 4KHYA 1RT4A 3EYZA 2O4IA 1XWLA 1HYVA 2QXFA 4FVMA 1VSHA 2HHVA 5KGWA 3KD1E 4DU3A 1ASUA 4KKOA 5FRMA 3ZSYA 4FXDA 4BE2A 2OPRA 1BQMA 2EX3A 1BCMA 1VSFA 3AV9A 3O4NA 3RMDA 3VQ6A 4CJSA 1HPZA 1FXXA 4PA1A 2O4GA 3QIPA 1RDBA 4M45A 1FKPA 4CGGA 1U04A 4WE1A 1S6PA 1VSKA 2G8WA 4FCYA 1HNIA 1RT6A 2HNYA 3L2VA 3CYMA 1RDCA 4OKJA 3LZJA 4JRPA 4M3YA 3O3FA 2HNDA 1KVCA 2Z1HA 1QQCA 4FW1A 4E0DA 4DQSA 2X78A 3LAMA 4CHPA 3DM2A 4ELUA 2XRIA 4CFBA 2Y1IA 1JLQA 3QETA 4FYDA 2X74A 3NBPA 3HPGA 1JLFA 4UQGA 4DTJA 1HYZA 3NCIA 1ASVA 4B8AB 4N76A 4CEZA 4DFMA 3S9HA 4W5NA 2HNZA 3S3MA 1U47A 1QSSA 3AO4A 5K14A 1WN7A 3TAPA 1C6VA 5CYMA 3V1RA 1LWEA 3DRPA 1NJWA 3L2RA 4HVJA 3K59A 1IO2A 4MQ3A 4CK3A 1JLCA 4I9LA 1CZBA 3TAFA 4E7LA 3TARA 3ALYA 2E6MA 4E19A 4M3UA 3NDKA 4M3TA 2XO7A 1CXUA 1A5WA 1UWBA 4IBNA 2P51A 4KFBA 3MAQA 4CERA 4KI4A 1JL2A 3MXJA 2HHTA 3K2PA 4FJLA 2Z1IA 3CQ8A 4W5OA 2XY7A 1DTTA 3D45A 2B4JA 2VG7A 3TABA 4OLAA 4DSLA 5FDLA 3M8QA 3VQPA 1NKCA 4FM0A 2YNIA 3AVKA 3NAEA 5C25A 3OY9A 1I3AA 3QEIA 3RR7A 3ZT2A 4N41A 3PX4A 2IC3A 1MU2A 3ZSZA 1JKHA 1Q8IA 1VSMA 1WSGA 2GUIA 3OYGA 3CFPA 4LH5A 1NKEA 4DSIA 1WSEA 3ZSRA 4CJRA 1RT1A 4B9SA 4PUOA 1TKTA 3O4QA 3SI6A 5D3GA 1RT5A 3NF6A 4CIGA 3LZIA 4B9VA 3OYAA 4CK2A 4ELVA 3WNHA 4GMJB 4Z4EA 1RNHA 1NK7A 4ZTFA 4CJUA 1WSJA 4Z4CA 1TKXA 1KCFA 4CESA 4CJFA 4H4MA 4DMNA 3V9SA 3SQ2A 2EHGA 4E89A 3OYKA 1SKRA 1UAXA 1IKXA 1S9EA 4FJMA 4FJNA 4DS4A 4CJ4A 3QEPA 1VSEA 4EZ6A 3DI6A 1B9DA 4KHSA 2D5RA 3DYAA 3KLEA 4BDZA 4DFKA 4Z0UA 3VQ8A 1D9DA 5T7BA 3MEEA 4E1NA 3T19A 1G15A 4O0JA 4CF1A 4KO0A 1RDAA 1VK0A 2VG6A 2D0AA 3AVFA 3NGZA 4FLVA 4KHWA 1RDDA 1J5OA 4DLGA 1ZBHA 3TAGA 3AVLA 3AVJA 2GV9A 4O44A 4HUEA 1Q9YA 3PV8A 1NOZA 3DLKA 3O3HA 1U45A 1W0HA 3EY1A 4JRQA 2YKNA 2G8UA 3NGYA 5CY4A 3ZT0A 1HQEA 4H8KA 5SZTA 3SUPA 4M3RA 1C1AA 1JLAA 1NJXA 1TVRA 4KTWA 4E7KA 1FKOA 4CHQA 1S9GA 3PX6A 4ZTJA 1C0MA 1R0AA 4IG0A 4Z4GA 4RW6A 2I5JA 4Q0BA 1TK8A 2Y1JA 1YTAA 4M3ZA 5J2MA 1BCOA 1RTJA 2PYJA 1F21A 3U3GA 2HHXA 3DMJA 1ZBLA 1B9FA 1HYSA 4AHTA 3EZ5A 3K5LA 3QINA 4J2EA 3OYFA 4BACA 3AA5X 1A5VA 3AVAA 3RWUA 3IAYA 4FLZA 4M41A 2LSNA 3KLHA 1RTDA 1S1XA 1WAFA 3BGRA 3DLGA 3SUQA 3OYIA 3V9XA 4BDYA 1BI4B 4ELTA 4Z4IA 4AHRA 2WOMA 3PY8A 2YKMA 2Z1JA 4AHUA 1LAVA 1Z25A 4W5QA 1JXBA 1X9SA 4KPYA 1RT3A 3SNNA 3PO4A 4ZHRA 1SL2A 3V6DA 3V9WA 1LWFA 3T3FA 4J2DA 4FZZA 3NFAA 4OKKA 3AO5A 3K58A 3HSTB 5I3UA 1VSDA 1A5XA 3ZT3A 2DFEA 2ZD1A 4AHVA 4LD0A 3ZSOA 4O55A 4YFUA 4DQRA 4FJKA 4FJ9A 1BIUA 2BANA 3P1GA 1REVA 3L3VA 4OVLA 3LWLA 3V9ZA 2VWKA 1S5JA 4DU1A 4B9NA 2HHUA 1BQNA 3TR8A 4Z4HA 4DSFA 3VA0A 4CJKA 4RW9A 1DLOA 4KRFA 2JLEA 2G8HA 4CECA 4O4GA 4DTXA 1KSPA 4DTOA 4JS5A 3KJVA 3AO2A 2VG5A 4RW7A 4B9MA 1RCHA 1J9AA 4DQPA 1NKBA 4M3WA 3U6FA 5HRSA 3I0RA 3VQDA 4AH9A 3OYCA 1TK0A 4QCLA 1N5YA 3K5OA 1S1TA 4QOZB 4B8CA 5E41A 3M8RA 1O1WA 4OPKA 5DMRA 2BGGA 3PUFA 1WSHA 2OPQA 1JLBA 1RILA 3AVHA 4DTMA 2W42A 3QEWA 3PO5A 1KTQA 1DTQA 5KGXA 4J2BA 2A1SA 1S1WA 2FBYA 5J2PA 4OKEA 2PZSA 3LALA 3SQ1A 3SYZA 1NK4A 2HHSA 4FLTA 1L3SA 3L2QA 1GOAA 1UA1A 4E7JA 3QNOA 1HMVA 3RRGA 4O5BA 3F73A 1LV5A 4BE1A 4OPJA 3K5MA 4W5RA 3LPTA 4B08A 3OYMA 3VQ9A 4CCHA 2HVIA 1KFSA 3K5NA 2G8VA 3SV3A 2ZQBA 4DU4A 3QO9A 4FM1A 1C1BA 3CM6A 1RBVA 4CGJA 3DLHA 4CJ3A 1QSLA 2PYLA 3H08A 3NF9A 1EP4A 3AVCA 5I42A 1LW0A 5FROA 2HHQA 2XY5A 4DLEA 4FK4A 3HP9A 3HVRA 2YNHA 4FM2A 4CGFA 5C42A 3RMBA 3M8PA 3RRHA 4GW6A 3NH0A 4KAZA 1Y97A 1WSIA 2P1JA 5EU7A 4CGIA 4DQIA 5HLFA 2QKKA 4J2AA 1RT2A 2DFFA 4K8XA 2YNGA 3KLFA 1S1VA 2OPPA 1LW2A 5SWMA 5HRNA 3VQAA 2JGUA 4W5TA 4HUFA 2HMIA 4KB0A 3WNEA 1WLJA 2G8KA 2XHBA 1LAWA 2IGIA 3BDPA 2RF2A 1NJYA 3A2FA 3L2WA 4IKFA 4FJIA 2DFHA 3JYTA 4RG8A 4BWJA 4FLUA 1TK5A 2P5GA 1SUQA 3P5JA 4N47A 3SV4A 3C94A 1TKDA 4F8RA 1BI4A 1T03A 4FJXA 1KRPA 2OPSA 3LANA 3LP2A 4DSEA 4DTSA 3QNNA 3AA2A 4CJLA 4BWMA 4YNQA 2PY5A 4FK2A 4DTNA 3V9UA 1NK6A 3NF7A 4CJQA 1D8YA 1KLNA 4FLXA 3KKRA 5CYQA 2HHWA 3TI0A 3AVNA 4Y1DA 4CJEA 3NE6A 3V81A 4PQUA 1ZBUA 4FJ5A 1IKYA 2FC0A 2B6AA 2D0CA 3AO1A 4RW8A 2ATQA 4CFCA 3KK1A 1NK8A 4C8LA 4F4KA 3LP3A 1ASWA 4AHCA 3LP0A 4ID5A 5HBMA 3OS1A 4L8RB 4LSLA 1SL1A 1BIZA 2ETJA 1JXEA 3LPUA 4HTUA 4N56A 3K57A 2YNFA 4NCAA 3OYBA 3OYJA 1C0TA 1RT7A 2F96A 4KHQA 3E01A 4BE0A 1U4BA 2NUBA 1QHTA 2KZZA 3AA3A 2OA8A 4B9LA 4AHSA 3VN5A 1IKWA 4HCBA 4CGHA 2BDPA 3T1AA 4K8ZA 2QKBA 3OJSA 4EP4A 2RN2A 3B6OA 5JS1A 4FZYA 4IFYA 1RBRA 2B5JA 3OVNA 3CG7A 1S1UA 3ITHA 4KV8A 3OS2A 4DWIA 4DQQA 3DLEA 1BL3A 2BE2A 1HJRA 3G10A 1RTHA 3OS0A 3DLBA 4DTUA 3HP6A 3ZSWA 1T8EA 3ASMA 4FLWA 1BGXT 1S6QA 2ITGA 4CEDA 1HNVA 3ZSXA 1BHLA 3RTVA 1RTIA 1WSFA 2WONA 3ZCMA 3TAQA 4EZ9A 3OYHA 3HK2A 4LH4A 1GOBA 5CZ1A 2E6LA 2Z1GA 4CJ5A 1L3UA 4PWDA 3QEVA 4Y1CA 4C8MA 5J1EA 1YVUA 4CK1A 1NJZA 4KI6A 3UIQA 3MEGA 4CJPA 3DLRA 3D0PA 3I8DA 3HYFA 4LY7A 4CIFA 5J2QA 1SL0A 1CLQA 4M42A 1FK9A 1QE1A 3V1QA 2QK9A 3OYDA 4DS5A 1GOCA 3AO3A 3VQ7A 1C1CA 1JLGA 1SV5A 2FBTA 5HRPA 4F2SA 2XY8A 3LP1A 3O3GA 5KRTA 4DF8A 3OJUA 3ZSQA 4AILC 3TANA 3QLHA 1NOYA 4B9UA 4NCGA 4BDPA 3L3UA 4NYFA 4CJWA 4XIUA 5JS2A 4E7HA 3B6PA 4DSJA 3QIOA 3QESA 1C0UA 1QS4A 3SUOA 1U49A 1YTUA 1WNSA 3RMCA 1XC9A 1QTMA 3NGIA 4DTPA 3SQ0A 4CHZA 4FJJA 1RBUA 4DSKA 4IG3A 4IFVA 1XI1A 1T05A 3ZSVA 4DF4A 3CFRA 3MEDA 4DFPA 1TGOA 1TV6A 4QAGA 4N5SA 4I2QA 4E1MA 4MFBA 2AJQA 3AA4A 2HVHA 3P83D 3C6UA 5CZ2A 3WNFA 3CM5A 1I39A 3HM9A 3S3OA 2DTUA 1J54A 2KTQA 4F3TA 1JL1A 4CEEA 3KTQA 5KI6A 4CF9A 4DFJA 4GVMA 2XY6A 3S3NA 1XHXA 1W9HA 1IKVA 3VQQA 4CHNA 3VQ4A 3G0ZA 4KB1A 3HVTA 4FJ8A 3NH2A 3QERA 1JLEA 2KFNA 2Q3SA 2D0BA 3DRSA 1WAJA 3ISNC 3NH1A 1ZBIA 4HUGA 5HP1A 4F3OA 3KK2A 3TAEA 4OGCA 2OYQA 1CZ9A 3AVBA 3M8SA 4DTRA 4B9TA 1EX4A 1Q9XA 1NK5A 2A1RA 1Z26A 1IH7A 4CFDA 4FZXC 1J53A 2YHBA 4OLBA 3MECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR4A 3SAHA 5H1SQ 2E8AA 3WNGA 1K8KB 1X1PA 4LFAK 2VWBA 4YORA 1D9FA 5AZIB 2QWPA 1K9MO 1NK0A 3CPWM 4DB3A 2R7YA 2QWNA 4HHTA 4PY5A 1YJNN 5FRNA 1TKZA 2P9KB 3AVGA 1Z05A 1T44A 4LF6K 2G8IA 3SAGA 3MCAB 5HROA 2GBZA 3MN9A 4YOWA 3ATUA 3DXKB 2ZJRL 2ZE2A 1RBSA 1N36K 3IDHA 3CCUN 3H46O 3MK6A 3FFIA 3HT3A 3SBGA 2KZMA 2KQ2A 3CCRN 2NRXA 2V7ZA 4OGEA 3VPZA 2BUPA 4KBOA 2UUCK 2FBVA 3V1OA 4BY9C 4O0IA 4KREA 4CD1A 3NHGA 4LF4K 1KFDA 2HOEA 1LOTB 1NK9A 4TSXA 4OO1J 2E5LK 5M1OA 3MDQA 4V19S 1O13A 3D2FB 1EO1A 4CJVA 3G6EN 1TL1A 3JSMA 2X6SA 1VQ5N 2Q0RA 1B92A 1DEJA 4I6MB 4IDKA 4NLBA 5AFUH 3C95A 1HKBA 3MXIA 3QEXA 4JI0K 4O5FA 4R5PA 2X6NA 4KHYA 1HYVA 2HHVA 3KD1E 3CJBA 3O4NA 1BCMA 1VSFA 3VQ6A 1FXXA 1HNIA 3CC7N 3L2VA 3CYMA 1RDCA 3EE8A 2I7NA 3O3FA 2HNDA 2WC9A 3QDKA 5LL6Z 1N34K 4E0DA 2X78A 2QW9A 4B1YB 2Y1IA 1JLQA 5AQKA 3QETA 3MN6A 3NBPA 1XQSC 4BRCA 2QA4N 4B8AB 4WCEL 4IEEA 3TTDA 3UKUB 1W7AA 3L2RA 4MQ3A 1JLCA 3TARA 3ALYA 3EL2A 2E6MA 3NDKA 2XO7A 3HRGA 3OHRA 4B9QA 4H0XB 4KFBA 2HHTA 1DTTA 1ESVA 4DKWA 2VQEK 1E4FT 2ZJQL 2UXBK 4DSLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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