4CJTA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
b'SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjtA00
3ZT0A 3TAFA 2BDPA 1RDAA 1TAQA 2KQ2A 2OPRA 5DK5A 2Y1IA 1WN7A 2GBZA 3MXMA 1NKBA 4FXDA 3QLHA 3ZT2A 3VQ9A 5T7BA 2QXFA 3MEDA 4M3TA 1NKCA 5FRNA 3KTQA 1UOCA 2ITGA 3AO4A 3ASMA 1MU2A 4RW8A 5JS2A 4CJSA 2DTUA 3KLHA 4CERA 4FLYA 5J2NA 4BDPA 5J1EA 3SYZA 3IS9A 3RRHA 1U48A 3RR7A 1WNSA 1IKYA 3RRGA 2O4GA 2FBTA 2XRIA 1S1TA 4FJLA 4Z4EA 3LAKA 1K6YA 1QTMA 1SL1A 4DFMA 1C6VA 1S9EA 3NF6A 2RF2A 3OS1A 4HCCA 1WAJA 4KHUA 5FROA 3M8QA 4M3RA 2XY7A 3OYDA 3AA5X 4Z0UA 3ALYA 3V6DA 4F8RA 4CGGA 3B6PA 2IC3A 3LP3A 1IO2A 1JLEA 3OYKA 2G8HA 2D0BA 3G0ZA 4CESA 2HW3A 3KD1E 3ZSZA 4AHTA 3ZSVA 1S6PA 4BE1A 1SL2A 3PV8A 3OJSA 1CXUA 5CZ2A 4C8OA 1RBSA 3IRXA 1A5WA 1L3UA 3LDSA 4OKJA 1U4BA 4PUOA 4KPYA 3U3GA 2XHBA 3LP1A 3TWHA 3ZT1A 1NJXA 4AHCA 4HVJA 4CEEA 3AVGA 2GUIA 3CFRA 4CK1A 5K14A 3KLIA 3OYBA 4H4OA 5J2QA 3HYFA 2A1SA 4KO0A 4FLWA 3QEXA 1S5JA 3LP2A 3LPUA 1X9WA 3C6UA 2AJQA 3OYLA 4CEOA 4C8MA 1EETA 2YKMA 1I39A 4M42A 2JLEA 1VSLA 4BDZA 4E7LA 1KSPA 2F8SA 4CFCA 3K58A 3AV9A 4MFBA 1VK0A 1RDDA 4CJTA 3KLEA 5DMRA 3VN5A 4W5TA 4DQQA 2PZSA 1NK0A 3NDKA 4FJKA 1XC9A 4O4GA 4F4KA 3CFOA 4M3XA 3DRSA 1RTIA 4EZ6A 4FJHA 1UAXA 4ID5A 2G8WA 4AHSA 4CJ3A 1TKDA 3DI6A 4KAZA 4JS5A 1L3SA 1SUQA 3DRRA 4Q5VA 2EHGA 1HNIA 4FVMA 3PO5A 4BE0A 4ELTA 4OVLA 2OPPA 4RW7A 2EX3A 3K5NA 3VQCA 4DQRA 4NCBA 2Z1JA 3D0PA 3DLEA 3VQQA 4CHNA 3KLGA 1B9FA 3AVAA 4CK2A 2OPQA 1BL3A 3AA2A 3MEGA 1G15A 4CF9A 1N5YA 4CFAA 4LSLA 1SV5A 4JS4A 3HXMA 4Z4FA 1LW2A 4DFJA 5FRMA 2X78A 3DLRA 4CJRA 1O1WA 2DFFA 3NF8A 5HLFA 1DLOA 1TK0A 3QEIA 5KI6A 3F73A 2FC0A 4FZXC 4DSKA 3QESA 3F9KA 2ZE2A 3VQPA 2HHSA 4FJIA 3B6OA 2B6AA 3OYFA 1QSYA 3SUPA 1LAWA 2HMIA 1CLQA 4M3WA 1LWEA 2ZD1A 3EZ5A 1RT1A 4CEBA 4W5OA 1S1XA 3SUNA 3K5OA 4QAGA 4PWDA 4QOZB 1LWFA 3ISNC 1WSIA 2LSNA 3A2FA 3KKSA 4CHOA 1NK7A 1L3TA 2FBVA 4UQGA 3OY9A 3OS0A 3OYHA 3O3FA 3K57A 1N6QA 4HUFA 1BIUA 5CZ1A 4ZTFA 3AVJA 1ZYQA 1QSLA 2WONA 1JXEA 1WSEA 3P5JA 5D3GA 1T8EA 4CJUA 4E1MA 3D45A 4CJEA 3PUFA 4FM1A 1C1AA 1FK9A 4IG3A 4FLTA 3TABA 1SKWA 1QSSA 2QKBA 4DSJA 4DQSA 1QQCA 2XY8A 3ZSQA 4FJXA 3NGYA 1BCMA 1D9FA 4FJ5A 4QCLA 4W5QA 3KK3A 3HPHA 1ASVA 3VQ7A 1WSFA 3NFAA 3O3HA 1KFSA 2OPSA 1BISA 1W0HA 2IDOA 4Z4IA 3AVLA 2HHUA 3HSTB 2P5GA 4E19A 2Q3SA 3PO4A 3P83D 3S9HA 5HRRA 4CJVA 4CE9A 4L8RB 2ZQBA 4CJLA 3ZT3A 1ITGA 4BE2A 4FJJA 4YNQA 3E01A 3FFIA 3VQ6A 4ELUA 2HHTA 3ITHA 1KVCA 3CG7A 4KKOA 1EX4A 4E7HA 1T7PA 2X6SA 3I0SA 4TSXA 3NCIA 3VQDA 4JRPA 4CFDA 1L3VA 4DU3A 2PY5A 1IKXA 1C1CA 5J2MA 4KI6A 4DSFA 4B9NA 2X74A 1KTQA 1DTQA 1S9GA 3CM6A 3NF7A 3T3FA 3G10A 4Z4HA 3HP6A 1SKSA 4GVMA 4B08A 3KK2A 3DLHA 5SZTA 3MECA 3BDPA 1LAVA 4N56A 4OGCA 1J53A 1RBUA 2PYJA 1D9DA 1TAUA 3QIPA 2OYQA 1FXXA 1VSEA 3JYTA 1Y97A 2F8TA 2G8IA 4H4MA 3LWLA 4YFUA 3LAMA 3CM5A 2D0AA 1RBRA 4LH5A 3VQ5A 1GOCA 4CECA 1VRUA 3K5LA 4E7KA 1TK5A 3L2UA 3AVNA 2HNZA 1QHTA 4CFBA 3NE6A 1HRHA 4DU4A 4DG1A 4PQUA 2HHVA 3V9SA 3BGRA 5C25A 3QNNA 4NYNA 5HRNA 1VSFA 4Y1DA 3L8BA 1LV5A 1Q9YA 4DSIA 1UA1A 2Z1GA 4CHQA 3SCXA 1BQMA 1JL1A 1HJRA 3LP0A 4KFBA 3SQ0A 3IAYA 1WLJA 4ICLA 1ZBUA 1I3AA 3V9UA 4E0DA 4E7IA 1A5XA 1C1BA 1FKOA 2F96A 3ZSWA 4CGIA 3MXIA 2G8KA 1C0UA 3SJJA 4DQPA 4NCGA 2IOCA 3RMBA 4DTSA 4O55A 4B9SA 3AA4A 3SQ1A 1ASUA 1RCHA 3UIQA 3PY8A 4J2BA 3ULDA 2QK9A 2XO7A 4F2RA 2OA8A 1IH7A 2B5JA 1WSGA 1RT5A 1R0AA 4NYFA 3OYEA 4FLUA 1TGOA 2RPIA 2DY4A 4W5NA 3OYNA 1RT4A 3RMCA 3CYMA 3V1OA 3TI0A 4DSEA 4DU1A 4ELVA 1U04A 3OJUA 1NK9A 1QS4A 2X6NA 4CF0A 1BHLA 4ID1A 1HQUA 4DTMA 4B9LA 2ATQA 4OJRA 4O0JA 4M3ZA 2BGGA 2RN2A 4E7JA 3HP9A 4I2QA 3AVBA 1RTHA 3T19A 4CHPA 1CZBA 4E1NA 4EP4A 4KB1A 4DTRA 4FYDA 4I9LA 5SWMA 1IKWA 1WSJA 3NH0A 2RKIA 2ETJA 5KTQA 3TR8A 1X9SA 4GMJB 1RILA 1KLNA 4LY7A 1HMVA 2IAJA 1JLGA 2HVHA 4G1QA 3CQ8A 1JLBA 4FK0A 1T05A 3VQ8A 4Z4GA 1S1WA 4N47A 1L5UA 1J5OA 1BIZA 4IFYA 3OYJA 4CGJA 3KKRA 1S1UA 2HNDA 3SNNA 1JLAA 4DLEA 2OZSA 1IKVA 3KD5E 1TK8A 3LWMA 4DTXA 1Z26A 3KIOA 3LZJA 2O4IA 4FK4A 4AH9A 3ZCMA 3AVHA 2P5OA 3EYZA 4FK2A 4LSNA 1U45A 1UA0A 2JGUA 3C94A 1KVBA 1YVUA 3NF9A 2YNHA 4O5BA 4CEAA 3MAQA 3DM2A 1UWBA 3QERA 3SQ2A 4R5PA 3TAGA 4IDKA 3SV3A 3SUOA 4F3OA 4FJ8A 3O4QA 3TAPA 1HNVA 1XWLA 3VQAA 4J2DA 3NBPA 3SI6A 1SKRA 1HYSA 4ZHRA 3ZSXA 3ZSYA 1B92A 1VSJA 1VSKA 2WOMA 4DTPA 5KGWA 4FW1A 3I8DA 1RT7A 2OZMA 4DTNA 4FJ7A 4KHSA 1HYZA 3OS2A 3DLGA 3QINA 2QKKA 4FJMA 3AVFA 4B9UA 4DQIA 3DOKA 4HHTA 4HCBA 1BQNA 1JXBA 5CYQA 5C42A 4F2SA 4AHRA 1S6QA 2VWJA 4LD0A 4M41A 1NK5A 4KHYA 4MQ3A 3AO2A 4KTQA 5JS1A 3S3NA 3L2WA 2KW4A 3AO3A 4ZTJA 4DS4A 3DLBA 1JL2A 3NH1A 4FCYA 1VSHA 3QIOA 3OYAA 4DLGA 2YHAA 2VG7A 3QNOA 4DFKA 3VA0A 5HBMA 3RWUA 4M3UA 4CGHA 4CJPA 3AA3A 4J2EA 3QO9A 2HHXA 3L2QA 2KFNA 2Y1JA 1JLFA 3DRPA 4CEQA 4OKKA 4N5SA 3V81A 4Q0BA 1BI4B 2XY6A 2GV9A 2FBYA 1ASWA 2D5RA 3VQ4A 3VQEA 1X9MA 4KRFA 3HVTA 4LH4A 4E89A 4EZ9A 2VG5A 3HL8A 4DFPA 4BWMA 1TV6A 2KZZA 3M8SA 4FJ9A 4CF2A 2Z1HA 3QEWA 1RNHA 3PX0A 5EU7A 3NGIA 3V9WA 4KHWA 1Z25A 4FZZA 3HO1A 1W9HA 4O0IA 1KVAA 1Q8IA 4CJ5A 5J2PA 4CIEA 4EP5A 3ZT4A 4M45A 3HJFA 4AHVA 1IG9A 4KI4A 4OPKA 2YNFA 4FM2A 1YT3A 4K8ZA 1NOYA 3QETA 4HUGA 2YKNA 3WNFA 1C0TA 4DF4A 1CXQA 3PX6A 5HROA 2NUBA 4CK3A 1JLQA 1RBTA 4B8CA 1RT3A 1KLMA 5HP1A 5KRTA 2KTQA 3VQBA 4CJFA 1NOZA 1WAFA 4IBNA 4FLVA 3U6FA 4KTWA 3V1RA 4H8KA 3LZIA 2P51A 1KCFA 1RBVA 3V9ZA 3PX4A 5E41A 2W42A 2YHBA 3V9XA 4KTZA 1NK8A 1XHXA 4KB0A 2E6MA 4C8NA 4CJKA 3HVRA 3NGZA 3ZSRA 3HT3A 5KRSA 3O4NA 1HQEA 1RDBA 1NJYA 4O44A 1D5AA 4RW9A 3M8RA 5FDLA 2VWKA 3THVA 3EY1A 3U3YA 1XI1A 3DOLA 3LANA 4CEDA 4CGDA 3V1QA 4KHQA 4BWJA 3L3UA 3HPGA 4DTUA 3OVNA 3K5MA 4I2PA 4DWIA 3O3GA 1JLCA 3NH2A 3L2RA 4FM0A 3SQ4A 4AILC 1SL0A 2KZMA 3WNHA 3KJVA 1HPZA 2E4LA 4IFVA 4OGEA 1TKXA 3VA3A 1CZ9A 4KV8A 4BDYA 2A1RA 4CCHA 2BANA 3SPYA 3S3OA 1B9DA 1NK6A 1NK4A 1KFDA 4RG8A 3ZSOA 3KK1A 2R7YA 1EP4A 4DS5A 2PYLA 4B3OA 2G8FA 4F3TA 1VRTA 2HNYA 4FJGA 1YTAA 5C24A 1X1PA 3NHGA 1KRPA 1RT6A 3I0RA 4PA1A 4OKEA 3LPTA 3CFPA 3TARA 4FW2A 4RW6A 4WE1A 1Q9XA 5CYMA 3C6TA 2YNGA 4IG0A 4HTUA 4DTJA 3AVCA 3H08A 1D8YA 1VSDA 2D0CA 3MXJA 2I5JA 4GW6A 4CEZA 1ZBHA 2Z1IA 2YV0X 4CHZA 3TAQA 3LALA 2IS3A 3SZ2A 1BI4A 4N41A 1TL1A 2DFEA 4B9TA 1LWCA 3AO5A 2HVIA 5HRSA 1EXQA 4FJNA 1RTJA 2HB5A 4C8KA 3DLKA 2YNIA 3WNEA 1A5VA 3DMJA 3M8PA 3MEEA 4I9QA 1ZBIA 1QE1A 2IGIA 3QEVA 1TKZA 3IG1A 1NKEA 4M3YA 4OPJA 2P1JA 2B4JA 1EKEA 3AO1A 2KFZA 3RTVA 4NCAA 3TANA 1TKTA 3SUQA 4CJ4A 5HRPA 3OYGA 2VG6A 4FLZA 3V4IA 4PY5A 3OYMA 1C0MA 4DMNA 4W5RA 3TAMA 3S3MA 1NJZA 1J54A 3QEPA 4J2AA 3OYCA 3JSMA 1DTTA 1WSHA 1LW0A 4FLXA 5CY4A 4CIGA 1BGXT 1RDCA 2HHWA 3P1GA 4B8AB 3TAEA 1F21A 1ZBLA 4FZYA 4DF8A 4IKFA 3K59A 3HK2A 4I7FA 4CGFA 4BACA 1YTUA 2E6LA 3L3VA 1U49A 1U47A 4CIFA 4XIUA 4JLHA 5I42A 1J9AA 3T1AA 2G8UA 3RMDA 4RW4A 1GOAA 4CF8A 3NAEA 4K8XA 3SPZA 2DFHA 2HHQA 4DTOA 4N76A 3L2VA 4B9VA 1ZBFA 4C8LA 3RMAA 3HM9A 4B9MA 3SV4A 3K2PA 1RT2A 4OLAA 1REVA 4Z4CA 1JKHA 1TVRA 3AVKA 3AVIA 4CF1A 5KGXA 1GOBA 5I3UA 1NJWA 4DSLA 1VSIA 4OLBA 1VSMA 2BE2A 3AVMA 4HUEA 1T03A 4CJWA 2FBXA 4CHYA 3RR8A 4JRQA 4KHNA 4E3SA 1TL3A 3OYIA 4KREA 1HYVA 3DYAA 4AHUA 4CEFA 4Y1CA 3KLFA 3WNGA 4CJQA 3HPOA 2XY5A 1RTDA 1FKPA 2G8VA 1XHZA 1BCOA 3C95A 1S1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BDPA 3TAFA 1RDAA 1TAQA 5DK5A 4B9QA 2Y1IA 3MXMA 4JI6K 3ZT2A 3VQ9A 2HSTA 5M1OA 2ITGA 1QVGM 3ASMA 1MU2A 5AQMA 3CPEA 4CERA 4FLYA 5J2NA 4H0OA 1HPMA 1IV0A 1U48A 2P9LB 1IKYA 4H5TA 4JKBA 5AQWA 3GG4A 4Z4EA 3LAKA 2P9SB 4B1XB 3AA5X 3KVGA 2F9WA 4CGGA 2G8HA 4DUYK 1JLEA 3P38A 4AHTA 3G25A 3ZSVA 1S6PA 3D2FB 4BE1A 2ASMA 1CXUA 3CC7N 5CZ2A 1IG8A 4C8OA 4H5NA 1SS6A 1A5WA 3LDSA 3OW2M 2YHXA 3AVGA 3THWA 3OYBA 2A1SA 1WBBA 3MCAB 3LPUA 1EETA 2F8SA 3T69A 3SAGA 1QZ5A 1VSLA 4BDZA 4E7LA 1T3VA 2UUBK 3N4PA 4MFBA 4JNEA 4W5TA 4FJKA 5CR4A 3CQYA 3DXKA 5BRFA 4U67L 5EOYA 3VTIA 1TKDA 5AQJA 3DI6A 4LF5K 4X65K 3WQTA 3H3OB 4Q5VA 3ID8A 4BRFA 5C12A 4WF9L 1JJ2M 2BH1A 4LFAK 2EX3A 3DLEA 3KLGA 3F9MA 2A41A 4WQ4A 1B9FA 3AVAA 2OPQA 4CF9A 3MEGA 4H0TB 5BR9A 1LW2A 2KHOA 1XUPO 3DLRA 1TUYA 1KD1O 1OH7A 1XNQK 1TK0A 1NJIO 4FZXC 3QESA 2ZE2A 2HHSA 1H1VA 3I8BA 2HMIA 4M3WA 1RT1A 2GTDA 3ZX2A 3SUNA 4JI2K 4BR9A 3FZHA 3R9PA 2HMPA 3OA9A 4CBWA 1LWFA 3ISNC 4B1VA 3KKSA 1N6QA 3O3FA 5FPEA 2HBJA 5CZ1A 4ZTFA 3AVJA 1JXEA 5D3GA 2E88A 4CJEA 5ADXH 3MK6A 5AQFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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