4CJUA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjuA00
2XY7A 1NOYA 4O55A 4KI4A 3P83D 4CEDA 2QXFA 1GOCA 1ASVA 3NAEA 2HVIA 3NGZA 2F8TA 1X9WA 4DQPA 1LW2A 3OYLA 1IKYA 2B6AA 4FLXA 3ISNC 1NJZA 3LAKA 1WNSA 3KLIA 4FW2A 2GV9A 5KI6A 4CJ4A 3T1AA 3AVFA 2D5RA 3V9XA 3KK3A 4YFUA 3SUPA 3SNNA 1QSYA 4L8RB 3WNHA 3NBPA 4QOZB 4QAGA 1WSEA 3QNNA 3RMBA 2HW3A 4J2BA 4CK1A 4CHQA 4DWIA 3LPTA 3LP2A 2D0AA 3OYNA 1J9AA 4ELVA 3O4QA 2W42A 1RT2A 3RTVA 1BGXT 4DFKA 4DQSA 4FZZA 1TGOA 3M8PA 5I3UA 2ATQA 4CJ5A 4DSJA 4J2DA 3V1QA 5KRSA 4FVMA 1W0HA 3HO1A 1GOBA 3LZIA 4B08A 3HP6A 1HYSA 3MXIA 4DTUA 2KTQA 3VQEA 3WNGA 2QKKA 4ICLA 4M3TA 1HMVA 1TL3A 5HRPA 3LZJA 2X78A 2XRIA 1IO2A 4HCCA 1BIUA 1HQUA 1WAJA 4BDZA 3HK2A 1HQEA 4E1MA 4CFBA 4DF8A 1BQMA 3VQPA 2I5JA 3VQ7A 5HRRA 4I7FA 3V81A 2YV0X 2Z1JA 5FRMA 4Y1DA 1X9MA 1HNIA 2HHXA 2HHUA 3KKRA 3QEXA 1WAFA 5DK5A 4CJKA 4ZHRA 3M8QA 1LWEA 4CGIA 1S1XA 1SV5A 2F96A 3B6OA 4BWMA 4AHVA 4DG1A 3TWHA 3OYBA 3PX4A 1TK0A 1NKCA 1LWFA 2DY4A 3AVNA 4AILC 1GOAA 1D8YA 3CYMA 5KGXA 2PY5A 4FJLA 1KVAA 1HYZA 3NH2A 2LSNA 3U3YA 1HPZA 4OKKA 4CK2A 4DSIA 1RBUA 2ZE2A 4W5NA 1RTDA 2O4GA 4PY5A 1S1WA 3AA4A 1RDCA 1QS4A 3CM6A 4KV8A 3OS2A 3QEIA 4DTXA 1VSDA 4KO0A 3V6DA 5HLFA 2X74A 4ELUA 3HPGA 3ZT3A 3TAEA 1KVCA 2Z1GA 1RBSA 3MXJA 4F3OA 4MQ3A 3HPOA 3PX0A 3TR8A 4FK0A 4NCBA 4IKFA 1L3SA 3HSTB 3VA3A 3U6FA 3NCIA 2IOCA 4CHYA 4DSKA 4DQIA 4F2SA 2RPIA 3SUQA 4CJVA 1Q9XA 4DSEA 4LSNA 2G8FA 5HRSA 1S1VA 4CE9A 4EP4A 3ULDA 4FLYA 5J2MA 4K8XA 2FBXA 1O1WA 1WN7A 3SV4A 2Z1IA 4J2AA 4W5TA 4O0IA 4W5RA 3QETA 3OJSA 2D0CA 4B9VA 3SUOA 2YNIA 4FJKA 3RR7A 4N5SA 2KZZA 3MEGA 4CJPA 1IG9A 2E6MA 4KB0A 4PUOA 2VWKA 3ZT0A 3DM2A 4HUGA 1BIZA 3O3GA 2FBTA 3DYAA 2YNGA 4B9UA 3RMAA 2F8SA 1CZ9A 3K5MA 3AVKA 4FXDA 1SL0A 1CLQA 3DRPA 3HXMA 3NH1A 2EHGA 3LALA 2RKIA 3VQBA 1RT5A 2KFNA 3PUFA 1F21A 3U3GA 3LP1A 4KB1A 4IDKA 5J2PA 1UA0A 4KHNA 1L3TA 4B9SA 1DTQA 1CXQA 1YVUA 1LWCA 2YHAA 3AVMA 3L2RA 4DQQA 2XY6A 4B9MA 4Y1CA 3K5OA 1QQCA 3KK1A 4CJSA 4IBNA 3QINA 1R0AA 1VSMA 1S6QA 2E6LA 2VG5A 3M8SA 1ZYQA 3QLHA 4KHWA 2BANA 4RW7A 3K5NA 1LW0A 1QSLA 4GMJB 4E0DA 1KSPA 3HJFA 4Q5VA 2KW4A 3RMDA 1RNHA 2G8VA 4HVJA 4M3XA 3H08A 1B9FA 2RN2A 2FBYA 1UA1A 3LPUA 3AVJA 1RBVA 4NCGA 3BGRA 3K58A 4E7KA 2DFHA 2IS3A 1D9DA 3ZSVA 4WE1A 4FJ9A 4J2EA 1JL1A 3NF9A 3IRXA 3PO5A 1T03A 2IGIA 1JLEA 2OPRA 1BQNA 3DLEA 3SQ1A 1WSFA 4HCBA 3LWMA 4Q0BA 4CJTA 3MEDA 1KFSA 1RT3A 1D9FA 3KK2A 4E7HA 4N56A 4KPYA 1RTJA 1TK5A 3OYJA 4TSXA 4OPKA 3PV8A 4BE1A 1UWBA 4B9LA 1D5AA 1C0TA 2D0BA 3OYCA 4M3UA 4AH9A 3HVRA 4E1NA 1KTQA 3OY9A 3MXMA 4Z4FA 3CFRA 3S3OA 2HNYA 2KQ2A 4BWJA 1ITGA 3AA3A 4CFAA 5SWMA 3CFPA 5DMRA 4FLWA 3V9ZA 4DQRA 3O4NA 4DS5A 4DTSA 1BL3A 5FDLA 4KFBA 4HHTA 3SYZA 1XHZA 4CGFA 3OYFA 3QEPA 3M8RA 3V9SA 4KI6A 1Z26A 4CHOA 2XO7A 3V4IA 3SI6A 4OVLA 3RRHA 4AHSA 1LV5A 1EP4A 3OJUA 5CYQA 1J5OA 4DTOA 4CF8A 4DTRA 4BACA 4C8MA 4KTQA 2O4IA 4CIEA 1MU2A 3DRRA 5J1EA 4DTJA 4KRFA 4K8ZA 2KFZA 3QESA 1ASUA 3NE6A 4CFDA 3VQ8A 5FRNA 5HRNA 1TK8A 4GW6A 4RW9A 3SCXA 4FLVA 3VQ4A 5KRTA 4CJEA 1EX4A 3HM9A 4B3OA 3B6PA 4DS4A 3HPHA 4IG3A 1JLGA 5HBMA 4EZ6A 1S6PA 4E19A 3ZT2A 4CF2A 3TABA 3DRSA 2OA8A 2DFFA 4CEOA 3AO1A 1Q8IA 2P5GA 5T7BA 4FM2A 3KTQA 4KHYA 4F3TA 3QNOA 3NHGA 1U47A 4CF0A 2YNFA 4NYFA 2IDOA 5KTQA 1TKTA 4JRPA 3LP3A 1NOZA 1ZBLA 1BI4B 1S9GA 2ZQBA 5CZ2A 4YNQA 2QK9A 3NFAA 2RF2A 4H4OA 3EY1A 1NK5A 4Z4IA 1KLNA 1VRUA 2BDPA 1KCFA 3QERA 4DSFA 3AO3A 1IKXA 4RW6A 4CFCA 4DTPA 1U4BA 2HHTA 3AV9A 1ASWA 3C6TA 3S3MA 1U48A 4KHUA 1FXXA 2WONA 1J54A 3FFIA 4FLTA 4I2QA 1X1PA 1B9DA 2E4LA 3EZ5A 4C8NA 3NGYA 4CERA 3G0ZA 3DI6A 3WNEA 2VWJA 1VSLA 3TAGA 3ASMA 4GVMA 3V9WA 2HHWA 1Q9YA 3HVTA 5CY4A 3P1GA 3ZSZA 3SZ2A 1DLOA 1CXUA 1JL2A 4UQGA 1NK4A 3CM5A 4LH5A 1RDAA 4DLGA 3LAMA 3SPYA 1KLMA 4AHCA 3TAQA 1NJWA 3PO4A 1RDDA 1UOCA 4DFMA 1SL1A 4JRQA 4OLAA 3V9UA 1HRHA 1JLAA 1NK8A 4CCHA 4Z4EA 2P1JA 1KVBA 4O4GA 4BDYA 4JLHA 1TKXA 1REVA 4CEBA 4OPJA 1HYVA 3OS0A 1HNVA 2NUBA 4KAZA 4FJ8A 4QCLA 3VQ9A 1YT3A 3KJVA 1X9SA 4NCAA 2OPPA 3QIPA 4BE0A 4CEQA 4CEFA 4Z0UA 3DLBA 3DLGA 2YKMA 4CK3A 2FC0A 1SUQA 2JLEA 3NDKA 3ITHA 2KZMA 4FLZA 3DOLA 4E3SA 5J2NA 1A5WA 5HP1A 3HP9A 3NF7A 3AVAA 1TKZA 3HYFA 5I42A 3AA2A 3OVNA 1LAWA 3D0PA 3TAMA 3PY8A 4FJMA 3C6UA 4FJXA 1JLQA 3CG7A 3RRGA 3I0RA 2HMIA 3KD1E 2HVHA 1TVRA 3OYEA 2BGGA 3RMCA 3I0SA 3T3FA 4CEAA 1T8EA 1ZBHA 1NK0A 3VQCA 1NK9A 4B8AB 2G8UA 1XI1A 3TAPA 3L2WA 2DFEA 1NJXA 3VQAA 1I39A 2VG6A 4E7LA 5SZTA 3O3FA 3KLEA 1RT4A 3DMJA 3L2VA 3SQ4A 2HB5A 1IKWA 1TAQA 1L5UA 1LAVA 1BI4A 4DSLA 1S1UA 1JLCA 4CJLA 1TKDA 3AVBA 3HL8A 1SL2A 2HHQA 3RWUA 3C95A 1JKHA 3DLHA 1RDBA 2GUIA 3RR8A 4FYDA 3KLFA 4O0JA 4LSLA 4AHRA 3F9KA 3SJJA 4XIUA 1L3UA 5JS1A 4E89A 1N5YA 3S3NA 3VQ6A 1RT6A 4F8RA 4CESA 1JXBA 1U45A 1IH7A 2IAJA 4FJGA 4DLEA 4KREA 2YHBA 3VN5A 3AVLA 1RCHA 5CZ1A 4LD0A 2OZSA 4ZTJA 4MFBA 1S5JA 3AO4A 4LH4A 4OGCA 3TARA 4DTMA 1FKOA 4RW8A 4PQUA 1C6VA 1A5XA 3OS1A 2EX3A 3KLGA 4KKOA 2G8KA 4I9QA 3AA5X 3LANA 2HNDA 3AO2A 3LDSA 4FLUA 3QEVA 1HJRA 3QEWA 1VSFA 3D45A 3JYTA 3TI0A 4IG0A 1KRPA 1XC9A 4IFVA 3OYIA 1FKPA 1WSGA 2BE2A 2ITGA 3E01A 4Z4CA 4FJIA 2PYLA 1NJYA 1Z25A 3DLRA 1NKBA 4CJUA 1NK7A 4CF1A 4RW4A 3OYGA 3VA0A 4CJFA 1KFDA 3NGIA 1CZBA 3ZT1A 2XY5A 1YTAA 1QSSA 4BDPA 1U04A 5KGWA 1EXQA 2G8HA 3WNFA 3HT3A 4C8KA 2JGUA 4CIGA 3KIOA 3JSMA 3K57A 2P5OA 4IFYA 2HHVA 1QE1A 4FZYA 3AO5A 4KTZA 1T05A 1UAXA 1NKEA 3K59A 2OPSA 4OLBA 4HUFA 3L3UA 4ZTFA 3G10A 1NK6A 4CJRA 4B8CA 4OKEA 3F73A 1A5VA 2G8WA 1I3AA 1WLJA 1DTTA 2ZD1A 1JXEA 2HNZA 2WOMA 4OJRA 2OPQA 4PA1A 3OYMA 4DTNA 4N47A 4M3ZA 2R7YA 2HHSA 3OYHA 4FJ5A 4M3RA 3VQDA 3DOKA 4CGGA 3LWLA 4FM1A 1IKVA 4FZXC 4FJNA 1T7PA 4B9NA 1S1TA 5CYMA 4AHTA 5D3GA 2PYJA 4FJJA 1JLFA 4H8KA 1RBTA 3TANA 4G1QA 3CFOA 3SQ2A 1TAUA 4M41A 1RBRA 3ZCMA 1BCMA 5K14A 4CEEA 4DFJA 3KKSA 4N76A 4PWDA 1QTMA 3DLKA 4EP5A 3K2PA 3P5JA 5FROA 3MECA 3KD5E 1BISA 1RTIA 3ZSYA 1B92A 3QIOA 2DTUA 1TV6A 1VRTA 4W5OA 3ZSOA 4ELTA 1VSJA 1RTHA 4OGEA 1W9HA 3VQQA 1BCOA 4KHQA 5EU7A 1EKEA 1WSHA 3AVHA 3T19A 3L8BA 5C25A 4FCYA 4DF4A 3MAQA 2PZSA 3V1RA 3L2UA 4F2RA 4KHSA 4FJHA 3IS9A 1ZBIA 4M45A 4CHNA 4DMNA 4CIFA 4DFPA 4FW1A 4OKJA 1N6QA 4C8OA 1RILA 3ZSXA 4RG8A 1RT7A 2A1SA 2AJQA 1QHTA 1SKSA 1VSHA 3O3HA 4O5BA 4CEZA 1ZBFA 2QKBA 3EYZA 3KLHA 2OZMA 2X6NA 4W5QA 1C0MA 3ALYA 3V1OA 4B9TA 1SKRA 3NF6A 4DU3A 1ZBUA 1K6YA 2X6SA 3C94A 3ZSWA 4CECA 1TL1A 1YTUA 4I9LA 4CHZA 3OYKA 4HTUA 3BDPA 2Q3SA 1FK9A 3ZSQA 2YNHA 1U49A 4N41A 2G8IA 4FK4A 1BHLA 5JS2A 1C1AA 2B5JA 3A2FA 4KTWA 3MEEA 4I2PA 3ZSRA 1S9EA 2Y1IA 4EZ9A 1RT1A 4ID5A 3L2QA 4DU1A 4M3WA 4O44A 3S9HA 3TAFA 4NYNA 1JLBA 1VSIA 3THVA 2FBVA 4CF9A 1EETA 4BE2A 5J2QA 1L3VA 3OYDA 2OYQA 3UIQA 4HUEA 1C0UA 3AVCA 1VSEA 4H4MA 4CJWA 3CQ8A 5C42A 2GBZA 3OYAA 4JS5A 3NH0A 1SKWA 2Z1HA 2P51A 4E7JA 4FJ7A 3NF8A 4FM0A 3K5LA 3SQ0A 3IAYA 4CGDA 3LP0A 5E41A 2IC3A 4Z4HA 2XHBA 2B4JA 5HROA 3I8DA 3PX6A 4FK2A 4M3YA 2A1RA 1J53A 4LY7A 3SV3A 1VK0A 4CGJA 1C1CA 4DU4A 4E7IA 2ETJA 4R5PA 1XHXA 4AHUA 1WSJA 4C8LA 1Y97A 4M42A 3VQ5A 1XWLA 4CHPA 2XY8A 4ID1A 4JS4A 1C1BA 3IG1A 3L3VA 4CJ3A 2Y1JA 1WSIA 3SUNA 5C24A 3AVIA 4CGHA 4F4KA 1G15A 3QO9A 1VSKA 2VG7A 3AVGA 3ZT4A 4CJQA 3SPZA 4Z4GA 2YKNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY7A 3D2EB 4CEDA 2VYPA 3NGZA 3O80A 4A61A 2B6AA 3WEEB 4FLXA 4HWIA 3AGKA 5KI6A 1KQSM 1BA1A 3AVFA 2RE2A 4YFUA 3WNHA 3NBPA 4QOZB 1NMNA 4CHQA 4DWIA 4A2BA 3LP2A 1J9AA 3TSUA 1TGOA 2FSJA 4DSJA 2Q36A 4PHTX 4FVMA 5GAHP 2GEMA 4B08A 1XC3A 1OVYA 4ICLA 4WYBA 2XRIA 4I6MB 1HQUA 4HCCA 3DJCA 3FZHA 3VQ7A 4ISEA 2A3ZA 5BRHA 3MN6A 2Z1JA 4Y1DA 2VWBA 1X9MA 2HMPA 3U8XA 3KKRA 4DUZK 1WAFA 5DK5A 3QEXA 3M8QA 1S1XA 1SS6A 3B6OA 4BWMA 3TWHA 3PX4A 4C1NI 3AVNA 3OTOK 2DY4A 1D8YA 4DHYA 5KGXA 3J80O 2PY5A 2D0PA 4U7BA 1S3XA 4L3QA 3NH2A 3DLLL 3SBGA 4W5NA 3AA4A 3QEIA 1QS4A 3OBYA 1N36K 4DTXA 3V6DA 1KVCA 1RBSA 1V4TA 3QFUA 3QFPA 3BP8A 3TR8A 1L3SA 1V4SA 3HSTB 3U6FA 4CHYA 3BZKA 4DQIA 3SUQA 4H0OA 4LSNA 5C12A 4EP4A 4CE9A 2HHHK 2FBXA 4W5TA 3P38A 3OJSA 4FJKA 1DGKN 5B8HA 4CJPA 1ZBSA 4BR0A 4DCHA 1IG9A 4HUGA 4GY2B 2ZJQL 4K41A 1FJGK 1F21A 5CHIA 4DQQA 4Y1CA 3P39A 3KK1A 3QINA 4KHWA 2O8CA 3M8SA 2NRTA 1QSLA 4BRLA 4E0DA 4BC5A 2KW4A 4M3XA 1B9FA 1UA1A 4CW7B 1BG3A 1QQNA 1T6CA 5LY3A 2IS3A 3L4QA 2HBKA 3H1VX 1T03A 3DWLA 4A59A 4M63C 3SQ1A 4Y0WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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