4CJUA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjuA00
4CEFA 1BCOA 3SUQA 4CJVA 4Y1CA 4KRFA 4B9TA 4ZHRA 1ASUA 3M8SA 3OYEA 4GW6A 4FZYA 3PO4A 4W5NA 3SV3A 3ASMA 2QKBA 1LWCA 3QINA 4FCYA 3S3NA 3CM6A 1ASVA 4FJKA 2HVHA 4FW2A 2E4LA 1HJRA 5E41A 3RR7A 2KTQA 1TKXA 3D45A 3MXIA 4BWJA 2VWKA 4OVLA 4Z4FA 3V1OA 3KLIA 2JGUA 3G0ZA 1S9EA 4IDKA 3KLGA 3SCXA 4OLBA 3KLEA 3QIOA 4B9UA 3CM5A 3TAGA 4N41A 4CEOA 4OPJA 4W5QA 4HVJA 4CJPA 1KRPA 1JKHA 1HPZA 2HNZA 4LH4A 4CFDA 4DU1A 1S6QA 1VSDA 1IKXA 1VSHA 4H4OA 1S5JA 4DMNA 5DMRA 4DLEA 4KO0A 4KHWA 4Z4IA 3KKSA 2E6MA 4DU3A 5FRNA 5C24A 2HVIA 1KVBA 4DWIA 4EZ6A 4ZTJA 2X74A 1UA0A 4M3ZA 2RKIA 3TR8A 1BL3A 5KTQA 1LWFA 4JLHA 3F9KA 3ZCMA 1Q9XA 2KZZA 1ZBFA 4CJ4A 1JXBA 2HHWA 4M41A 4KV8A 3TAEA 3AVJA 1QHTA 3QEXA 3MEDA 3ZSWA 4DTPA 3OS1A 3OYHA 3AVKA 3AO3A 4W5OA 3RR8A 4DQPA 1BHLA 1DTTA 3KLHA 3AO4A 2BANA 3DRSA 3LWLA 3LWMA 3DLBA 4KPYA 1NK0A 3OJUA 3KK2A 4B9MA 3OYJA 4EZ9A 3IRXA 5HRPA 2OYQA 4F2SA 3HPHA 2HW3A 1NJWA 4E7JA 4M3UA 3O3GA 5J2QA 2LSNA 3DM2A 3V9ZA 4I2PA 1VSIA 4FLZA 1WSFA 4WE1A 4KHSA 4E19A 4CEDA 5J2MA 1GOAA 3SZ2A 1Z26A 4DFPA 3NGZA 4KFBA 4OKKA 5HP1A 1BISA 3NF7A 4FW1A 4CFAA 4JRPA 3VQPA 1Y97A 1NK7A 1GOCA 2OPSA 2VG6A 4KTWA 4FM1A 2YKMA 2JLEA 1HRHA 3OYAA 4Z4HA 2OZSA 1VRUA 1RDBA 3RMBA 1UAXA 3DI6A 1QE1A 3SV4A 3V4IA 3BGRA 1U49A 2OA8A 4RW9A 3AVGA 4F4KA 5SWMA 3DLEA 2R7YA 1WSIA 1CXUA 4KB1A 3HM9A 1TAQA 1RT7A 1HQUA 1VSFA 2KW4A 4FJ5A 1BQNA 4CCHA 2ATQA 3OY9A 4DTRA 3SUOA 5HROA 2G8KA 1KSPA 3LAMA 3QNOA 1VSKA 3T1AA 2HB5A 3NH1A 4KTQA 3VA0A 2FC0A 1S9GA 1U04A 4FVMA 5CZ1A 4CHQA 1RT3A 1NJXA 3IAYA 1IH7A 4GVMA 4DS5A 4O55A 4QAGA 4CHOA 1JXEA 2GUIA 1CZ9A 1RTIA 3ZSOA 1ITGA 5J1EA 4J2AA 2ZQBA 1BGXT 1SKSA 3EY1A 1WAFA 4ELVA 3AVFA 1I3AA 5HRSA 4BE1A 1RBRA 4RW8A 1RBSA 4ZTFA 4GMJB 4O5BA 2OPRA 3RTVA 1KLNA 2RF2A 3AO1A 1D5AA 1RT6A 4E1NA 3ZSVA 2G8HA 3AVIA 4E0DA 1N6QA 4FJIA 3SYZA 1JLCA 1FKPA 1QS4A 1O1WA 4ID1A 2YHBA 1JLBA 3HP6A 1BIUA 3QESA 4Q5VA 1TAUA 4E7LA 1VRTA 4CJKA 4CGHA 1D8YA 1ZBIA 1FK9A 4DTOA 1DTQA 4BDYA 3VQ5A 4CEAA 3DMJA 3LPUA 3JYTA 3RMDA 3NE6A 4FJ8A 1HNVA 5HLFA 3HK2A 4FXDA 1T05A 1X9SA 3SPYA 1JLFA 1FKOA 5CY4A 4W5RA 1WSEA 1NK9A 2FBTA 4CJLA 5KGXA 1A5WA 3U3GA 1C1AA 3LP1A 4O0IA 4JRQA 3SJJA 1IG9A 2IS3A 2IGIA 3OYGA 3QERA 4FJJA 3MXMA 4DSKA 4I9QA 4CHPA 4CJ5A 4Y1DA 4QCLA 2NUBA 3AVNA 4RW6A 4DTNA 4EP5A 1NK6A 3KTQA 1SKWA 3PY8A 4ELTA 1EX4A 4PWDA 4DTXA 1C0UA 1XI1A 1X9MA 2HHQA 1C6VA 2IC3A 3IS9A 3KIOA 1T03A 2P5OA 2HHTA 1CXQA 3O4NA 2IAJA 1QTMA 2RN2A 4MFBA 4IG0A 4M3YA 4DSLA 3CG7A 3DLKA 2W42A 1X9WA 3UIQA 1Q8IA 1QQCA 4CK3A 3NDKA 4NCGA 1Z25A 2HMIA 4OGCA 2F96A 3LAKA 4CJEA 4F3TA 3DRPA 4DFKA 3AA5X 1D9DA 4FJHA 2FBXA 1KFDA 5D3GA 4DTUA 3VQ8A 1Q9YA 3HO1A 1C0TA 3VQ6A 3KD1E 2Z1JA 4HCCA 1C0MA 1VSJA 1EETA 2G8VA 4N76A 3AO2A 1TKZA 4CGIA 3KLFA 1KCFA 2B4JA 2KQ2A 2XRIA 2Z1GA 3ZSZA 3JSMA 3VQQA 2YV0X 3P83D 3S3OA 3O4QA 3SQ2A 2P5GA 1RTDA 3M8QA 3U6FA 1TKDA 4CHNA 4CK1A 2GBZA 3AA2A 4H8KA 3M8PA 4OPKA 1BCMA 4B9NA 1KTQA 1ZBUA 3AVMA 3HVRA 3V6DA 3AA3A 4IKFA 5C42A 5DK5A 2D5RA 4H4MA 4OKJA 2OPPA 4Z0UA 4N5SA 3T3FA 1HYSA 3V1QA 3QO9A 1WLJA 4CJ3A 1A5XA 4YFUA 1SL0A 4FYDA 4E7HA 2E6LA 4DTMA 1RT4A 3KD5E 1FXXA 3IG1A 3VQ9A 3K57A 3CFOA 4KHQA 4RW4A 4M45A 2FBYA 3QEPA 4L8RB 4FK4A 4FK0A 3B6PA 4BE2A 4E3SA 1NOYA 2XHBA 1B9DA 2G8IA 1QSLA 1UWBA 3NF9A 4E7IA 4Z4GA 3TAMA 3WNEA 3VQ7A 1T7PA 4IFVA 4DQQA 3NF6A 2X6NA 4K8XA 1ASWA 4OJRA 1SUQA 1YT3A 3OYMA 3HYFA 3TWHA 4KI4A 2XY8A 3PX0A 4LY7A 3E01A 3RMCA 1NK8A 3RRHA 1NK4A 2PYJA 4J2BA 3AVHA 1EXQA 1HYZA 1TL3A 1RT2A 4KAZA 4CE9A 1ZYQA 4CIGA 5I3UA 4IG3A 4KI6A 3VA3A 4TSXA 3CFRA 2RPIA 3EZ5A 3VQ4A 4AILC 3HSTB 4J2DA 2P51A 4FJ9A 4ID5A 3NCIA 5SZTA 3M8RA 4KHNA 3ZSRA 5J2PA 1JLEA 4M3WA 4OGEA 4Z4EA 4C8KA 3NF8A 4DSFA 3FFIA 4LD0A 4CHZA 3B6OA 1C1CA 1RBTA 1IO2A 3ZSYA 3HPOA 2ZE2A 1TK0A 3OYCA 2XY7A 3CYMA 1SV5A 5FDLA 4PY5A 2DY4A 4CGFA 3DLRA 4BWMA 4KHYA 2YNIA 3AVAA 3AV9A 3WNGA 1KLMA 2QKKA 1W9HA 1WSJA 4C8OA 4XIUA 4HHTA 3LP2A 4EP4A 2VG7A 3K5OA 3S9HA 4Q0BA 1RCHA 4ICLA 4RG8A 3HP9A 3QNNA 1WAJA 1B9FA 3K5NA 3NGIA 2YNGA 1X1PA 3K2PA 1YVUA 1A5VA 1W0HA 4CF8A 1SKRA 3QEVA 2XY5A 4CGJA 3PO5A 3WNHA 3I0RA 2YHAA 4E7KA 1NJZA 3ZT3A 1NKEA 1MU2A 2BDPA 4AHSA 1R0AA 3O3HA 2Z1IA 4N56A 1KVCA 4BE0A 4DQSA 4DSIA 3VQDA 1IKVA 1VSLA 4NCAA 1LV5A 4B9LA 4CECA 2G8WA 5KGWA 4CHYA 4CERA 2P1JA 4CJUA 3MECA 4CJRA 4O0JA 4CF9A 1U48A 4B9SA 4FLVA 3TANA 3QIPA 2F8TA 4CF1A 1RT1A 2D0CA 4AHTA 4AHUA 1BI4B 5HRRA 1EKEA 4CGDA 3MEEA 2OPQA 3CQ8A 1VK0A 4O44A 4CJTA 5CYQA 1C1BA 1RNHA 3OYBA 3K5MA 3OYLA 3HVTA 3AVLA 4AHCA 4CIFA 4M3TA 3C94A 3C6UA 3NFAA 3HPGA 4C8MA 1L5UA 1B92A 1WSHA 1IKWA 3NH0A 1S1VA 4JS5A 2XY6A 2O4IA 4CESA 3OS2A 3L2VA 3ISNC 3LZJA 3RRGA 3DOKA 4G1QA 3QEIA 2QK9A 1RT5A 1TGOA 3ITHA 5KRTA 1RILA 4DQRA 4NCBA 2Y1IA 1L3SA 2D0BA 4CEQA 3EYZA 1LAWA 3OYKA 3ULDA 1U47A 1XHXA 3ZT1A 4FLUA 2A1RA 3KK3A 4CEEA 1JLAA 4FLXA 4J2EA 1L3VA 3ZT4A 3AVBA 4CEBA 2D0AA 2FBVA 1VSMA 3SQ0A 1HNIA 1TK8A 2F8SA 4FJNA 3T19A 3SUNA 1REVA 1TVRA 4DS4A 1U4BA 2KFNA 1BQMA 2DFFA 2YNFA 3P5JA 3L2RA 4HTUA 3WNFA 3V9UA 3LANA 3U3YA 5I42A 3NGYA 1NKCA 4B8CA 2ETJA 3V1RA 2XO7A 3SUPA 4FJLA 1LW0A 3OVNA 3NH2A 4B08A 3K58A 1YTAA 5J2NA 1NK5A 1L3UA 1G15A 3QLHA 4OKEA 4JS4A 1J9AA 5EU7A 4AHVA 3H08A 5C25A 3THVA 4C8NA 1TK5A 1IKYA 2IDOA 1U45A 2HNDA 2X78A 4DQIA 4FM0A 3ZT2A 4FJ7A 2BGGA 5HBMA 1QSYA 3L3UA 1BIZA 1DLOA 1RTJA 1HMVA 4RW7A 4YNQA 4FLYA 3V9WA 1RDDA 3ZSQA 4CFBA 4R5PA 1RBVA 3QEWA 4DSJA 4FJMA 1J5OA 2DFHA 3MAQA 1S6PA 3PX4A 1LW2A 2I5JA 3TAQA 4CJWA 1J54A 3TAFA 4DG1A 2YNHA 4OLAA 3TI0A 1XC9A 1T8EA 2B6AA 2ITGA 3DOLA 3I8DA 4FJXA 4LH5A 4HUEA 3VQCA 2DTUA 2OZMA 3L3VA 4N47A 3P1GA 3I0SA 1D9FA 2EHGA 4CK2A 4DFMA 2A1SA 2PY5A 4KHUA 1JLQA 3D0PA 4E1MA 3V9XA 2BE2A 2O4GA 2DFEA 3LALA 5JS1A 4DLGA 5HRNA 3VQBA 4CGGA 1JL1A 2HHVA 4I7FA 1QSSA 3S3MA 3PX6A 4BDPA 1K6YA 3DLGA 2HHSA 2EX3A 3PUFA 3LP0A 5K14A 4FM2A 3PV8A 3O3FA 2KZMA 2KFZA 5KRSA 3VQEA 4M3RA 1HYVA 4NYFA 1RDAA 4IFYA 4AH9A 3NAEA 3RMAA 1CZBA 2WOMA 4I9LA 3TAPA 3SQ1A 4FJGA 4CFCA 2GV9A 3DRRA 1KVAA 1S1WA 3AO5A 3OYNA 1UOCA 2YKNA 4DFJA 3L2QA 3KKRA 3V9SA 3DLHA 4HUFA 1I39A 4FZXC 3TABA 5FRMA 3HXMA 1NJYA 3MXJA 3VQAA 3RWUA 5CZ2A 4QOZB 2B5JA 3G10A 1L3TA 4F3OA 3NBPA 4DF8A 3VN5A 4HUGA 4PQUA 3SPZA 3C95A 3DYAA 4FLWA 4M42A 3K59A 2HNYA 4BDZA 1NOZA 1TKTA 2HHUA 3SQ4A 2X6SA 3C6TA 1UA1A 1LWEA 3AVCA 1ZBLA 4Z4CA 4BACA 3OYFA 3OYIA 1GOBA 4E89A 3OJSA 3KJVA 4UQGA 4IBNA 4FLTA 2Y1JA 1KFSA 3NHGA 1LAVA 4HCBA 4FK2A 4DSEA 3ZSXA 4I2QA 5T7BA 3K5LA 2IOCA 4MQ3A 4CF2A 3KK1A 3L2UA 3F73A 1S1UA 1RDCA 4DF4A 4ELUA 1S1TA 4CJFA 3L2WA 3LDSA 3SNNA 3CFPA 1XWLA 1WSGA 4F8RA 4NYNA 4CJSA 2VWJA 3SI6A 1N5YA 1JL2A 4KTZA 1VSEA 2Q3SA 4FZZA 3MEGA 4CIEA 2G8UA 1YTUA 1RBUA 4KREA 4B9VA 3OYDA 3TARA 3L8BA 3HL8A 4DTSA 4C8LA 5CYMA 4AHRA 1HQEA 2PZSA 4DU4A 2AJQA 1BI4A 2VG5A 5JS2A 3BDPA 3ALYA 1J53A 2G8FA 4PA1A 2Z1HA 1EP4A 4LSLA 2HHXA 2QXFA 4B8AB 4CEZA 4DTJA 1F21A 4M3XA 1RTHA 2PYLA 3LPTA 2WONA 3ZT0A 1S1XA 4K8ZA 1WNSA 4O4GA 5KI6A 1SL2A 4PUOA 1XHZA 4F2RA 1TV6A 4CJQA 3HT3A 3QETA 3LZIA 1TL1A 2ZD1A 1NKBA 3HJFA 3LP3A 5FROA 1CLQA 1JLGA 1SL1A 4CF0A 1WN7A 3AA4A 3V81A 4KB0A 3OS0A 4KKOA 4LSNA 1ZBHA 4W5TA 3A2FA 4B3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEFA 1GLLO 4CI6A 2O8BA 2QW9A 3M8SA 3QB0A 4GW6A 1OH8A 1MWKA 3ASMA 1LWCA 2V52B 3A8YA 1IG8A 4DV2K 4BR0A 1MA9B 2VWKA 4QS9A 5AQJA 4CD1A 3V1OA 4OO1J 2NRRA 3JS6A 3KLEA 4B9UA 4KH6A 3TAGA 4OPJA 2YX6A 2D0OA 3S41A 1JKHA 1HPZA 4LH4A 4CJPA 3FZFA 1S6QA 1VSDA 2D0PA 2A42A 4DMNA 1S5JA 3OA9A 4DLEA 4Z4IA 4H03B 1YJWN 3KKSA 3UB5A 4CD3A 5M1NA 1KVBA 5BR8K 1T3VA 4CBWA 3BEXA 1BL3A 5KTQA 1LWFA 5AQPA 2ITMA 3VEWA 3TAEA 3ZSWA 3AO3A 4W5OA 1VAZA 3PSIA 3FZLA 4IEEA 3G4SN 3LWMA 4KPYA 3W3DA 1WUAA 3OJUA 4DV0K 2VCPA 4FWPA 5AQFA 5HRPA 3OYJA 2CH6A 2OYQA 1ATNA 4E7JA 3O3GA 5J2QA 2LSNA 1VSIA 5GAEP 4DFPA 4OKKA 4U67L 1M90O 4FW1A 4JRPA 2P9UB 3VQPA 1GOCA 2OPSA 4KTWA 3DXMA 3FZHA 3OYAA 4Z4HA 2VQFK 1RDBA 1UAXA 4QS8A 2DPNA 3KWIA 1U49A 1KXPA 3CC2N 4FWNA 1CXUA 3HM9A 3WT0A 5GIPA 1RT7A 2KW4A 3K0SA 3OY9A 4DTRA 2G8KA 3QNOA 4KTQA 2FC0A 2WTUA 4DS5A 3OW2M 1JXEA 4JI2K 3ZSOA 3EY1A 5HRSA 4BE1A 1RBRA 4RW8A 4O5BA 4IOXA 1D5AA 1RT6A 3ZSVA 2G8HA 3AVIA 3L4QA 1FKPA 2W6LA 3T1YK 4ID1A 5FPDA 1QZ5A 4E7LA 4CJKA 1ZBIA 5AQKA 1FK9A 4JKGB 4DTOA 3VQ5A 4CEAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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