4CK1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck1A00
4KB1A 3HT3A 4ELVA 2VWJA 4O5BA 1UA0A 4LY7A 3KD5E 4CEEA 3QEPA 5FRMA 4CHYA 4RW8A 2VG5A 3AVNA 3KK3A 1XWLA 4TSXA 4AHRA 4M3UA 1U4BA 4KTZA 3CM6A 3OVNA 2P51A 3ZT2A 4AILC 4RW6A 3SJJA 3SNNA 1T7PA 4FJ5A 4KHSA 4Z4FA 4CGGA 3OJSA 3NAEA 5J2MA 4IKFA 4M3TA 2HHVA 4CIEA 1RT6A 3QNNA 2F8SA 1Y97A 3AO4A 4HUGA 4CEOA 4HUFA 2DFEA 1L3SA 4C8KA 1VSLA 4N47A 1WSIA 4CHQA 4CFDA 3U3GA 1C0UA 3VQAA 4FLUA 2KFZA 4LSLA 1JLFA 3NBPA 3O3HA 3S3MA 4DQIA 1VSFA 1JKHA 2ZD1A 4OKKA 2X78A 3KKSA 2FBTA 1FKOA 1TKDA 2X6SA 3P83D 4M3RA 3AA4A 4CHNA 4C8LA 2IDOA 4J2DA 1KVBA 1VSKA 1WNSA 3HPHA 5JS2A 4DTMA 3TABA 4PUOA 4FZZA 1B9DA 3WNFA 1J53A 4EP5A 3S3OA 3QO9A 3CFOA 3M8RA 3RMCA 4DU1A 4B9TA 5HRSA 2BANA 3NH2A 3JSMA 3A2FA 2PZSA 4O0JA 4CIGA 3S9HA 4CFCA 1HQEA 3C94A 2Z1JA 1VSMA 4RW4A 4CJLA 2OZMA 4DSLA 5EU7A 3LAKA 1IH7A 2D5RA 1TK8A 5C25A 4IFYA 4CGDA 4N56A 1EKEA 3ZSYA 4BE1A 4EZ9A 3O4NA 4RW9A 3ZSWA 3DRRA 2XO7A 3SUNA 4F8RA 2Y1IA 2O4IA 1UA1A 1HJRA 3RRHA 3TAPA 3QEIA 2D0BA 1KFDA 3HPGA 4CGJA 2Z1HA 3RWUA 3V9WA 1CZ9A 3AVHA 4Z4CA 1ZYQA 3SUPA 3AA3A 3IRXA 3TR8A 1IKVA 5CZ1A 1EETA 1VSEA 4B8CA 4CFBA 4NCGA 3ZSZA 3K2PA 4KRFA 2HVIA 4UQGA 4FW2A 1S1VA 1LWCA 4Q0BA 3VQ7A 3HSTB 5FDLA 4FJMA 4FK4A 2YNGA 1Z26A 3CFPA 1LWEA 4DU3A 1LV5A 3F73A 2YNFA 2YNHA 3B6PA 4HTUA 3HP6A 2BGGA 2A1SA 1ZBIA 4FLYA 1TAQA 5CYMA 1NK6A 1C0TA 4FM2A 4AHUA 3D0PA 4DLEA 2W42A 3VA0A 3RMBA 4E7LA 1RDBA 3SCXA 3VQ4A 3NH1A 4QOZB 4KTQA 4F3TA 4CHZA 1NOYA 1LW0A 1F21A 4CJ5A 4DFJA 2KFNA 5DK5A 3ZT4A 1HRHA 2LSNA 4CE9A 2QKKA 1KLMA 1WN7A 3T19A 3LWLA 4KPYA 3V4IA 4DFMA 2RN2A 5J1EA 4KHWA 1RTJA 5FRNA 4J2AA 3KD1E 4BACA 5HLFA 1L3VA 4BWMA 2B4JA 3OYAA 2KQ2A 1D5AA 2FBXA 1TL1A 3DMJA 3PV8A 1S9EA 1XI1A 4M42A 3THVA 1JLEA 1RDAA 4I7FA 1SKSA 1D8YA 4KHNA 4C8OA 1JL2A 1TKXA 3RMAA 4OKJA 3DRPA 1C1AA 1JL1A 3I0RA 3U3YA 4GVMA 5E41A 5I42A 4CEBA 1O1WA 3ZT1A 4KB0A 1KLNA 4C8NA 4KFBA 5JS1A 4KHUA 4M3ZA 2JLEA 2VWKA 4DFKA 1RDDA 4KO0A 3QNOA 4DFPA 1XC9A 4CEDA 1WSEA 1UWBA 2OPSA 5HP1A 1BCMA 1IO2A 4CF1A 4OLAA 3WNHA 4DS4A 4ZTFA 1C6VA 2P5OA 4QCLA 3AVIA 1NKCA 3VQ6A 4E7IA 2XY5A 4I2QA 2YHBA 3ZSXA 3OYKA 4DTUA 4FVMA 5HROA 1NK9A 1Q9XA 3DYAA 3NDKA 1S9GA 2P5GA 5HRNA 3TANA 4KI4A 3NGZA 4FW1A 4CEFA 1SKWA 1RT7A 1A5WA 4FCYA 4OPJA 4F2SA 2A1RA 4KV8A 4CJEA 4B9NA 3TAGA 4CEZA 4JLHA 1QSLA 3PY8A 1BL3A 3C6TA 3SUOA 1KSPA 1RT1A 4DTXA 3H08A 4CESA 1JLAA 1ASVA 1IKXA 1NKBA 4FJLA 3P1GA 3KLHA 2F96A 1VSJA 4CEQA 4FJ7A 1KFSA 2XRIA 1RCHA 3LP0A 3VQ8A 4CJRA 4DTNA 2HVHA 3IG1A 1EP4A 1CLQA 1TL3A 4O44A 3DLRA 1ZBHA 3SQ1A 3DLBA 3V9XA 4FJNA 1S6QA 4CF8A 3OYFA 3U6FA 2HHQA 4G1QA 4BWJA 4B3OA 4O0IA 4FZXC 1C1CA 1TVRA 2E4LA 4FLVA 3AV9A 4FM0A 1R0AA 1TK5A 1SL0A 1RT4A 1WSGA 3SQ2A 4FJIA 3HXMA 4ICLA 3V9SA 3D45A 4FJXA 2BE2A 3V1OA 3HVRA 3L2RA 2G8KA 4W5RA 4LH4A 4W5OA 4F2RA 3HM9A 3LWMA 1L3UA 4J2BA 3LALA 4CK1A 5KTQA 3OY9A 1J9AA 3C6UA 1TK0A 2HHWA 2XHBA 3LZJA 5D3GA 4Z4IA 1N5YA 1B92A 1NJWA 2G8WA 3LZIA 5FROA 5J2QA 2GBZA 1TGOA 3PX0A 4CGHA 1RTHA 4DSIA 3QEXA 5K14A 3NHGA 2PYLA 4K8XA 3LANA 3AO3A 2QK9A 3TAMA 1QHTA 3OS2A 4FJJA 4RG8A 1KVCA 4BDZA 1X9SA 1BI4A 3EY1A 1RDCA 2WOMA 3ALYA 3PUFA 1Q8IA 4DTOA 5I3UA 5KGXA 1NJZA 3RR7A 2Q3SA 4N41A 1NK0A 3TI0A 5CYQA 2HHTA 4B9MA 2OA8A 4FK0A 1TKZA 1U45A 4DMNA 4KREA 2QKBA 3SV4A 2OZSA 1HNVA 4KAZA 3O3FA 3HJFA 3QIOA 1CXQA 2YKNA 1JLGA 3OYGA 1I3AA 1UOCA 4CERA 4W5QA 1SKRA 4K8ZA 1BGXT 1WSJA 3E01A 3OYCA 3OYLA 1NKEA 3K5MA 1J5OA 3AVAA 5HBMA 4DU4A 3AVMA 3NE6A 4PQUA 4FJKA 3OYDA 4CJTA 2HNDA 4FLXA 1ZBLA 1RT5A 1KCFA 5KI6A 4E7JA 1WAFA 3PO5A 1TKTA 1BHLA 4B9LA 1QSYA 1T8EA 1RTIA 1GOBA 1NJXA 3TARA 2YV0X 1JLQA 4OKEA 1BISA 3K5LA 4FJ8A 3DRSA 3K57A 3AO1A 4AHTA 3QLHA 3PX6A 2IAJA 3CYMA 4CEAA 4CJVA 3QIPA 3NF8A 3O4QA 5DMRA 1CXUA 4CJPA 3VQCA 1WSFA 4HCBA 3CM5A 4DTSA 2HHUA 3CQ8A 4JRPA 3SI6A 4B9SA 1BCOA 1JXEA 1C1BA 4IBNA 3F9KA 3KJVA 4O55A 3ULDA 2DTUA 5HRRA 1X1PA 4LD0A 4NYNA 2VG6A 4GMJB 3VQ5A 4FK2A 1WLJA 1LWFA 1DLOA 1HYVA 3KLFA 2DY4A 4ID1A 3KLEA 2HMIA 2PY5A 1BIZA 1HQUA 4OJRA 2Y1JA 3NFAA 1NK5A 1BQMA 1YT3A 3ASMA 3M8QA 4WE1A 3TAFA 1IG9A 4J2EA 4DG1A 2IS3A 1J54A 3KKRA 5C24A 3SQ4A 3SYZA 2WONA 4CK3A 4M3XA 3HVTA 3KTQA 4KHYA 1NK8A 4HUEA 4BDPA 1GOCA 1N6QA 3FFIA 2GV9A 4CK2A 1QE1A 3DOLA 4OVLA 1YTAA 3DM2A 3K58A 3QEVA 5J2NA 1SL2A 1W9HA 2D0AA 4CHOA 5CY4A 3L3UA 3K59A 2ATQA 3LAMA 4JS5A 2EHGA 4Z4HA 3AO5A 3MEDA 4N5SA 3OYHA 4DSKA 4BDYA 1SV5A 2NUBA 2ZE2A 3M8PA 4BE0A 3LP3A 4FJ9A 4DTPA 1HYZA 3ZSOA 1XHXA 3OYMA 4DTJA 1CZBA 4Y1DA 3S3NA 2Z1IA 2OPRA 2B6AA 4CJ3A 3TAQA 2ZQBA 4DS5A 4AHVA 2YNIA 3L8BA 4B8AB 4CJWA 4Q5VA 1C0MA 4DQRA 3G0ZA 4F4KA 1TAUA 1RBVA 4H8KA 1QSSA 2FC0A 3L2WA 3MXIA 4Z4EA 3KK1A 4ELUA 3ZT0A 1A5XA 3WNEA 4DQPA 4CFAA 4W5TA 2R7YA 3BDPA 1RT2A 2B5JA 4N76A 3HP9A 4FXDA 1IKWA 3LP1A 4HHTA 2F8TA 2KZZA 3CFRA 1KRPA 1UAXA 4H4OA 1KTQA 3KIOA 3DLKA 4YFUA 3HO1A 2O4GA 1T05A 4OGEA 4E0DA 4M45A 1D9FA 3JYTA 3V1QA 3IAYA 2DFHA 1HPZA 2XY6A 2G8UA 3NF7A 4C8MA 4AHSA 1Q9YA 2PYJA 2VG7A 3SQ0A 4CJ4A 4CCHA 3IS9A 2OPPA 3OS0A 3NF6A 1VRTA 2ETJA 3WNGA 4FJHA 3BGRA 3V9ZA 1BQNA 1U47A 3VQPA 1U48A 4DSEA 3RMDA 3AVJA 4KKOA 5HRPA 4ELTA 4I2PA 1XHZA 4KTWA 1HYSA 3HL8A 2KTQA 3G10A 3MXMA 4IFVA 4DQSA 1B9FA 1BIUA 1HNIA 5CZ2A 1G15A 4DF4A 4PA1A 3MAQA 1VSHA 4E7KA 4DSFA 4HCCA 4OLBA 3C95A 4CJUA 4E3SA 4B9VA 4FJGA 4CF9A 3LPTA 5KRTA 4B9UA 2JGUA 4FLTA 4FZYA 3ITHA 1DTTA 2IGIA 4CJKA 5SZTA 1GOAA 3L2VA 3LP2A 1IKYA 3L2UA 1S1XA 3AVKA 4Z4GA 2X6NA 1S1WA 4E1NA 4YNQA 4EZ6A 1ZBUA 2G8FA 3DI6A 2FBVA 3ISNC 2HB5A 3TWHA 1NJYA 1QS4A 3VQEA 3ZT3A 4M3WA 2RF2A 2XY8A 4FYDA 3RRGA 4I9QA 4OPKA 3K5NA 3VQQA 3QERA 3HPOA 1U49A 1U04A 1JLBA 4CIFA 4LSNA 2EX3A 2RKIA 1S1TA 4FM1A 3V81A 1RT3A 1NK4A 3P5JA 1QTMA 4M41A 4CECA 2IOCA 4RW7A 2OPQA 4XIUA 1VRUA 1RILA 3B6OA 3K5OA 3T3FA 3KK2A 2IC3A 2E6MA 3OYNA 1W0HA 4CHPA 1FK9A 4CF2A 1L3TA 1FXXA 1KVAA 4AH9A 3MEGA 5T7BA 1EXQA 3ZCMA 4DLGA 2KZMA 1RBTA 4FLZA 2ITGA 4F3OA 4CJQA 3DLEA 3DLGA 3I0SA 4BE2A 3VN5A 4CGIA 3SZ2A 5C42A 2HHSA 4JS4A 3NF9A 1LAWA 3M8SA 1YTUA 5J2PA 3DLHA 4DQQA 4OGCA 1T03A 4QAGA 2HW3A 2I5JA 3ZSRA 3VQ9A 4MQ3A 1S6PA 1D9DA 1SUQA 3LDSA 5KRSA 2G8HA 4PY5A 3O3GA 1WAJA 2QXFA 3NGYA 2HNZA 2HNYA 2P1JA 5SWMA 3HYFA 3RTVA 4KHQA 3CG7A 1RBUA 3ZSQA 3I8DA 3RR8A 3MXJA 1S5JA 1VSIA 3DOKA 3OYJA 4ZHRA 4CJSA 1WSHA 3QINA 4LH5A 1NK7A 2X74A 1ASUA 3EYZA 3AVLA 4O4GA 4Z0UA 3OJUA 4R5PA 2YHAA 4DTRA 4M3YA 4PWDA 4H4MA 2OYQA 1ASWA 3QEWA 1I39A 1MU2A 2FBYA 1RBRA 4DWIA 1X9WA 1VK0A 3NH0A 1X9MA 3VQDA 1ZBFA 4B08A 1FKPA 1JLCA 3V1RA 3L2QA 3EZ5A 2G8VA 4DSJA 3QESA 4I9LA 4KI6A 1S1UA 3V9UA 1TV6A 3MEEA 3NCIA 2D0CA 3SV3A 4NCBA 1ITGA 1JXBA 2YKMA 1NOZA 1LAVA 4AHCA 4JRQA 1RNHA 2AJQA 3AVCA 1HMVA 1RBSA 3SPZA 4NCAA 2HHXA 4CJFA 3L3VA 3MECA 2XY7A 2BDPA 1YVUA 2DFFA 3AVBA 1A5VA 1QQCA 2E6LA 4E1MA 1BI4B 1SL1A 4E7HA 4EP4A 3KLGA 3AA2A 4IDKA 2GUIA 1VSDA 3OS1A 1K6YA 2KW4A 4MFBA 3VA3A 3UIQA 3TAEA 4CF0A 3AO2A 1LW2A 3NGIA 3AVFA 4E19A 4Y1CA 4L8RB 3HK2A 3PX4A 2G8IA 1REVA 1Z25A 4HVJA 4IG3A 4IG0A 4E89A 3AVGA 1DTQA 3V6DA 3QETA 1L5UA 3LPUA 3OYIA 4CGFA 3SPYA 1RTDA 3T1AA 4ID5A 3ZSVA 3OYBA 4ZTJA 3VQBA 3AA5X 2Z1GA 4FLWA 3SUQA 4NYFA 4DF8A 4W5NA 2RPIA 3KLIA 4GW6A 5KGWA 3OYEA 3PO4A 1EX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKGA 4CEEA 4DR1K 3IKMA 4FWLA 1XWLA 4TSXA 4H0TB 3ATVA 2P9PB 4B3TK 3CHWA 3CM6A 3TTDA 4FJ5A 3OJSA 5J2MA 3TSUA 1X3NA 4WF9L 1L3SA 4C8KA 2DFEA 5M1FA 1VSLA 4N47A 2KFZA 4CHQA 1C0UA 4FLUA 3O3HA 5AQTA 3S3MA 2HF3A 1ZC6A 1JKHA 2ZD1A 3U8XA 1VQPN 1FKOA 3CCJN 4M3RA 4C8LA 1YJWN 4K41A 1WNSA 2QWPA 3S3OA 4YY3K 3CPWM 4BRMA 3M8RA 2BANA 3JSMA 3A2FA 3THWB 1J6ZA 3C94A 3AY9A 3WXJA 4DSLA 1IH7A 1IV0A 3VEVA 4ISEA 1NGEA 4DV2K 2Y1IA 1UA1A 2QWOA 3CJBA 4JEPA 1KFDA 3HPGA 4A62A 1HKBA 3I56N 3CF5L 4Z4CA 3IRXA 5EXWA 3KHYA 1VSEA 3ZSZA 5I9EB 2HVIA 1LWCA 2D1KA 3DXMA 5FDLA 3R9PA 5IT9O 4R79A 2YNHA 3B6PA 2BGGA 1ZBIA 4FLYA 2UXCK 4FWOA 2VQFK 3SCXA 3VQ4A 4NXMK 4CZLA 3PLAA 4KTQA 1NOYA 1LW0A 3CJ7A 2LSNA 3VGLA 2E8AA 1WN7A 3T19A 2I7PA 4DFMA 1RTJA 3QDKA 3ATUA 4ISGA 4B1XB 1X9JA 3UKUA 3KD1E 4B1VA 4BWMA 2B4JA 4BRQA 2ZJPL 3PV8A 1S9EA 5TKWA 1OH6A 4FPBA 1JLEA 3THVA 5AQRA 3WQUA 4OKJA 4BQZA 3SMSA 1E4GT 2P9LB 2JLEA 4EHUA 1XNQK 4DR3K 2OPSA 1QQMA 2H3GX 4DS4A 1C6VA 4QCLA 1OVQA 3LM9A 5M1PA 2XY5A 1NK9A 1NGIA 3ZSXA 2P9IA 5FRMA 3A5LC 3DYAA 3NDKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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