4CK1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck1A00
1A5VA 2D0AA 3QIOA 1S9GA 4DU1A 1ZBLA 4M3WA 1RCHA 1RT6A 3CFOA 3UIQA 5HP1A 1T7PA 2O4IA 1D5AA 1C0TA 1QTMA 3OJSA 4KHQA 2XY8A 4OJRA 3L2VA 4PY5A 1WSHA 3HPOA 4CHQA 4YFUA 4DQPA 3V1QA 4BACA 3G0ZA 3ZSQA 4GW6A 3SQ1A 1RBRA 2OPQA 1KTQA 4BDYA 1C1AA 5CZ1A 3RMDA 3K59A 1QQCA 1NK0A 4F8RA 3SI6A 2KZZA 1A5WA 3KLFA 3SV3A 3AVCA 3NF9A 3T19A 2G8FA 2D0BA 3IG1A 3NE6A 1EX4A 3HJFA 1WLJA 1VSFA 4MQ3A 2WOMA 3VQQA 3EYZA 4IBNA 5C42A 4W5RA 4JRPA 4CHNA 4DTXA 1VSHA 4PUOA 3AVAA 4CFDA 2EHGA 1NJWA 3OYKA 4KFBA 2PYLA 2BE2A 4DSKA 1IO2A 1IH7A 2QKKA 4CEBA 1O1WA 1IKWA 2HB5A 4C8OA 3AA4A 3TAFA 3QESA 4M41A 2KTQA 3AA3A 4ELTA 4F2RA 1X9SA 1BCMA 4E7IA 4B8CA 1UAXA 4DSEA 4KB1A 2FBTA 2VWJA 2F8TA 3E01A 1U04A 1LAVA 3LAKA 2XY6A 3U3GA 1NJXA 4KHYA 1RDDA 3MXIA 3VQ7A 2ETJA 2X78A 3HVTA 4JRQA 4DTOA 2OZMA 4FJGA 1LW2A 3RRHA 1EXQA 2IOCA 4RG8A 1G15A 3VQDA 2Y1JA 3LZJA 2B5JA 3NGIA 4DU4A 1IKXA 1BI4A 3V9ZA 4B3OA 3ZCMA 4PWDA 3SQ2A 4KI4A 3KLHA 4CJUA 1W9HA 1TAQA 2OPPA 4PA1A 3OYAA 3ZT4A 1S9EA 1RDBA 3LALA 5EU7A 1L5UA 1D8YA 3VQPA 4FJHA 3VQBA 4FZYA 4FLVA 1RDCA 4RW6A 3KK2A 3NAEA 4NCGA 1SUQA 4BE0A 1BHLA 4FYDA 3AVHA 4FK0A 4H4MA 1S1WA 3I0SA 4CEDA 2BANA 4K8XA 2FBXA 2XY5A 4CFBA 3SPYA 3P1GA 4CGFA 2BDPA 2Y1IA 2VG6A 1LV5A 1RDAA 1S5JA 4E19A 4FLTA 2I5JA 4CJSA 3V9WA 3TAGA 4QAGA 1B92A 2NUBA 3VQCA 2GUIA 4BDZA 2PY5A 1WN7A 2YNIA 2X74A 3NF8A 2Z1JA 4HHTA 4KTWA 1UA1A 1X9WA 4KHNA 4CFAA 4PQUA 3HK2A 1XHXA 1YTAA 3L2RA 3K5LA 3NH0A 3S9HA 4ZHRA 3QIPA 3K5NA 4HUFA 3RRGA 4M3XA 3C6TA 2B6AA 1TVRA 2Z1IA 1L3VA 1RT3A 2G8HA 1JL2A 3D0PA 4M3ZA 5T7BA 1XWLA 2P1JA 4OVLA 1JLCA 3DRPA 2VWKA 4HUEA 5I42A 2ATQA 3DOKA 3SUNA 4CFCA 3RR7A 4B9TA 4HCCA 3ZT0A 4CF0A 1KFSA 3CFPA 4F3OA 3DRSA 4NCBA 3OYCA 1B9DA 3NDKA 1NJZA 4M42A 3VQ4A 4OKJA 3RTVA 1HNIA 3DLEA 4CIEA 4C8KA 5D3GA 2YNHA 4CJLA 4J2BA 1WSEA 3T1AA 1LWFA 3ZSWA 4AHTA 1S1VA 1WNSA 4I7FA 4Q5VA 3QEVA 3NH1A 1JLEA 1CLQA 1KLNA 4N5SA 2G8VA 4AHRA 4B9LA 4Q0BA 1WSGA 3HP6A 3M8QA 4H4OA 3SNNA 4ZTFA 2HVHA 3I8DA 2VG7A 1JLAA 3SJJA 5CY4A 1KVAA 4E1MA 4CJRA 3O3GA 4OKEA 3B6OA 3LP0A 3G10A 4CEAA 3AVLA 3NH2A 3OYNA 3QNOA 3SUQA 4ICLA 3AVBA 3HYFA 1NKCA 1QHTA 4CGHA 4CE9A 4HTUA 3KLGA 4Z4GA 3D45A 1T05A 3DM2A 2OPSA 4FW1A 3LZIA 3ZT2A 3MECA 3AO3A 4AHUA 1YTUA 3SCXA 1JLQA 3F9KA 4HVJA 3KLIA 3MAQA 2P5GA 1WAJA 5SZTA 4DQQA 1GOCA 3CM5A 4IFVA 4QCLA 2YNGA 3VQ5A 2JGUA 2VG5A 1U45A 4KRFA 3HM9A 3AVKA 4CK1A 1J5OA 5HRRA 3AO4A 1HYVA 3KD1E 2X6NA 3AA5X 2F96A 4CJ5A 5KGXA 2QK9A 3VN5A 3O3HA 1TAUA 4ZTJA 4WE1A 3TARA 2GV9A 5DMRA 4O5BA 4CF2A 4DU3A 4CEEA 4K8ZA 1X1PA 2Z1GA 4DQSA 2XHBA 2P51A 3V4IA 3P5JA 3KD5E 2DY4A 3CFRA 4C8LA 4CJEA 1SKWA 4B9UA 3QO9A 1NK5A 4FJ5A 4J2EA 4OLAA 4OGCA 4DTSA 1IG9A 1NJYA 4NYFA 3TAQA 4E0DA 1QSYA 3NHGA 2OYQA 4Z4CA 3C94A 1VK0A 3MXMA 2A1RA 3V9UA 2HVIA 2HHVA 4ID5A 4OKKA 3ZT1A 4IG3A 4KHWA 1TL1A 2DFHA 5FROA 1GOAA 3OYIA 4DF4A 1S6QA 1YT3A 4FVMA 4FCYA 1F21A 3CM6A 3TABA 3KKRA 4CJ4A 4OPJA 4E1NA 3PUFA 4BWMA 4KREA 1RT4A 3AVGA 2E6MA 3TI0A 4CERA 1YVUA 2ZD1A 1DLOA 1FKOA 2E4LA 2O4GA 1T8EA 4N76A 3HO1A 3L3UA 1C1BA 1Q8IA 3K58A 3SUOA 1RTJA 3LAMA 4AH9A 4IG0A 3ALYA 3OYFA 2DFEA 3M8RA 4E3SA 3AO5A 3NGYA 2HHXA 1LWCA 4CGJA 5KRSA 4FLYA 3S3OA 4DS5A 2RPIA 1BQMA 1LWEA 4DFPA 4L8RB 1ZBIA 3WNGA 3L2QA 1Y97A 4DFKA 2G8KA 2W42A 3MEEA 1FK9A 1CZ9A 4OLBA 1Q9YA 3MEGA 4MFBA 4J2DA 3K5OA 1RT2A 3DLHA 3U3YA 3RMCA 3S3NA 4CCHA 3PX4A 4AHVA 1TK0A 4FJKA 1KVCA 1J9AA 1XC9A 1RNHA 3LDSA 1D9DA 4DSIA 3ITHA 4CEQA 3OYBA 1HJRA 3DI6A 1BL3A 1TKZA 3DYAA 5JS2A 3QEPA 2IDOA 5CZ2A 5HLFA 5HBMA 1KFDA 5J2PA 2DFFA 5HRSA 3P83D 2IC3A 4E7JA 1U4BA 2FBVA 3PO5A 1TKXA 2P5OA 4Z4FA 4FJ7A 1RBVA 1Z25A 1DTQA 4KHSA 1JLBA 4I2PA 1TK8A 3OS2A 2BGGA 1IKYA 1TV6A 4FJ8A 2GBZA 3HPHA 1QSLA 4CF1A 2HNZA 1BGXT 4M3UA 4CJVA 1U49A 2HHWA 2YHAA 1S6PA 4O55A 4CF9A 4FJIA 3DRRA 1LW0A 1VRUA 3AVFA 1ITGA 4N56A 1Q9XA 4C8MA 3QEIA 1REVA 3ZSXA 4H8KA 1L3SA 4FJXA 1ZYQA 2IS3A 4CHYA 4FLWA 4NCAA 1BCOA 2XRIA 3C95A 3DMJA 3OYHA 2ZE2A 3S3MA 3KLEA 1JXEA 1HQUA 3OYEA 2OZSA 4DQIA 3PX6A 1HNVA 1VSMA 4KKOA 4AILC 4FJMA 3NGZA 3TAEA 3QEXA 1NK7A 4TSXA 4F2SA 4B08A 5C25A 2F8SA 4RW4A 1C0UA 1HYZA 1RILA 2RKIA 3BGRA 4BE1A 1BQNA 3TAMA 3VQAA 3HXMA 5J2MA 4DQRA 2G8UA 4FJJA 5FRNA 3H08A 3DLBA 1ASWA 3HVRA 4C8NA 4CECA 3JSMA 1VSJA 3F73A 1RBSA 1XI1A 4HCBA 3VQ6A 3HL8A 3V1RA 3OYDA 1R0AA 4DSLA 3QNNA 1JLGA 4NYNA 4N47A 4O4GA 4CF8A 1XHZA 1RTDA 3NBPA 4BE2A 1CXUA 4LSLA 4KTZA 4Z4EA 2RN2A 3LPTA 4CEOA 3OYLA 2A1SA 1WSJA 3CG7A 3AV9A 5HRPA 1FXXA 4CJTA 4XIUA 3L8BA 3NF7A 3QERA 4B9SA 4EZ9A 2WONA 4EP5A 4JS4A 4FJ9A 1VSEA 4M3TA 3KIOA 4I9QA 4KAZA 4GVMA 4W5OA 1EKEA 3V9SA 3RMAA 4KPYA 3ASMA 3AA2A 1CXQA 1QS4A 1S1TA 3PO4A 4CEZA 2AJQA 4CJWA 3VA3A 1KVBA 3OY9A 1UA0A 5J1EA 4Z4HA 1TK5A 4FLXA 3C6UA 4CJKA 3SZ2A 4EZ6A 2KZMA 4KO0A 4Z4IA 4AHCA 3NCIA 4DTMA 3SQ0A 4QOZB 4IKFA 4IDKA 4HUGA 1EETA 1NKEA 1CZBA 4KTQA 1HRHA 3CYMA 4CHZA 1N6QA 4ELUA 2KFNA 4CK3A 2HNYA 1GOBA 4ID1A 4DTUA 4FM2A 2G8IA 4ELVA 3HSTB 4DLEA 4DTJA 4OGEA 4DSJA 3SV4A 3TWHA 2KW4A 1C0MA 1J53A 3I0RA 4AHSA 2B4JA 4DWIA 4GMJB 1HYSA 3K5MA 5SWMA 3K57A 4FXDA 5CYQA 4F3TA 1ASUA 2FC0A 4O0JA 2IAJA 4J2AA 4N41A 2YKNA 1WSFA 4E7KA 1SL0A 1VSLA 3NF6A 3EY1A 3AVNA 1JKHA 5KGWA 4RW8A 3L3VA 4I9LA 1RBUA 3K2PA 4CGIA 3L2UA 3EZ5A 3OS1A 4E89A 3LWLA 4UQGA 1NOZA 2E6LA 4CGGA 5HROA 2HMIA 1RT1A 2JLEA 3DLKA 1EP4A 1JLFA 3KKSA 3WNEA 4CHPA 1SKRA 1L3UA 4LH5A 4M3YA 5I3UA 3OVNA 2YNFA 1QSSA 3SUPA 4DLGA 3O4NA 3SPZA 1WSIA 4YNQA 5KI6A 1I39A 3T3FA 4CGDA 3DLGA 3THVA 4CJPA 3L2WA 1SV5A 2HHTA 2Z1HA 4BWJA 4JLHA 3ZSRA 4DFMA 3AO2A 5FDLA 1A5XA 3VQ8A 1NK6A 1KCFA 1SL1A 1KLMA 4O0IA 2YHBA 3OYGA 1S1XA 3LANA 4DTRA 4CJFA 1BIUA 3ZSVA 1TKTA 3O3FA 1U47A 4CIFA 2ITGA 3QINA 2XY7A 1B9FA 4LY7A 1L3TA 3AO1A 3JYTA 1W0HA 3ZSOA 2LSNA 3RR8A 3AVJA 3MEDA 4E7LA 1VSKA 4FLUA 1KRPA 1VSDA 1RTHA 2DTUA 2OPRA 2HHUA 4W5TA 1MU2A 4BDPA 3SYZA 3RMBA 2QKBA 2EX3A 4CJQA 3U6FA 1Z26A 4KV8A 3LWMA 3AVMA 4FM1A 2HHQA 4DMNA 4Y1DA 3HP9A 4R5PA 4FK2A 3PY8A 3B6PA 3TR8A 2R7YA 1VRTA 4LSNA 4KI6A 2D0CA 3LPUA 4FLZA 3V81A 1KSPA 2HW3A 4FZXC 5E41A 1SL2A 4O44A 4E7HA 3IS9A 1BIZA 2YKMA 3NFAA 3OS0A 3ZSYA 5HRNA 2OA8A 2PZSA 4B9VA 3OYMA 1J54A 4M3RA 2YV0X 3QETA 4LD0A 3KK3A 1NOYA 2FBYA 1HPZA 4DTPA 3VA0A 1IKVA 1BISA 4RW7A 5J2NA 1BI4B 1TL3A 4M45A 1D9FA 4DTNA 1FKPA 1ZBFA 2KQ2A 5CYMA 1UOCA 1QE1A 3WNFA 2KFZA 1ASVA 4FW2A 3OJUA 3V1OA 3TAPA 4CESA 1N5YA 1C6VA 1JL1A 3LP1A 1UWBA 5J2QA 3BDPA 4CK2A 1I3AA 3LP3A 1C1CA 5KRTA 3TANA 1HQEA 3HT3A 4DSFA 1ZBHA 2ZQBA 4FZZA 4W5NA 1TGOA 3PV8A 1ZBUA 3RWUA 1NK8A 4I2QA 3ULDA 3IRXA 3WNHA 1X9MA 3LP2A 4KHUA 4LH4A 2G8WA 3QLHA 1LAWA 4IFYA 4KB0A 2HHSA 1HMVA 4FK4A 1WAFA 5DK5A 4JS5A 3KTQA 3IAYA 4FJNA 5JS1A 1RT5A 1RBTA 3ZSZA 4W5QA 3M8PA 1NK9A 3OYJA 3DOLA 4CJ3A 5KTQA 4FJLA 2D5RA 2QXFA 2HNDA 2XO7A 1JXBA 2IGIA 1TKDA 1K6YA 3DLRA 2RF2A 3AVIA 3HPGA 4B8AB 3V9XA 4DS4A 3MXJA 4FM0A 4DFJA 4DF8A 5FRMA 4CIGA 3M8SA 4EP4A 2PYJA 4CEFA 5K14A 4G1QA 4OPKA 4DG1A 3KJVA 3FFIA 5C24A 3VQ9A 2Q3SA 1RTIA 4CHOA 4B9NA 3ISNC 1VSIA 1S1UA 1SKSA 3PX0A 4Y1CA 1U48A 4F4KA 1T03A 3O4QA 1RT7A 2X6SA 1NK4A 1DTTA 4RW9A 1NKBA 3KK1A 3SQ4A 4B9MA 3ZT3A 3VQEA 3QEWA 3A2FA 3V6DA 3CQ8A 4Z0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5VA 3OW2M 5C0YA 3QIOA 2WC9A 4DU1A 1ZBLA 4JAXA 5HP1A 1D5AA 2P9NA 4KHQA 4OJRA 5AQWA 1FW6A 1XC3A 2E1YA 3CPEA 2FF3B 3SQ1A 1RBRA 4FL9A 4BDYA 2QEXN 1C1AA 5CZ1A 3RMDA 1Q18A 4U67L 4DQ8A 3AVCA 3NF9A 2P9UA 3C7NB 1XNQK 1VQKN 5GIOA 3CCEN 1WLJA 3WXJA 4MQ3A 3VQQA 1VSHA 2EHGA 1NJWA 3OYKA 3MMVA 2PYLA 2QKKA 1NGJA 3GG4A 4CEBA 1O1WA 4C8OA 4DSEA 1KAYA 3U3GA 1NJXA 2DPNA 3JAMO 2OZMA 2FLOA 1EXQA 1IBLK 1G15A 3MWTA 2Y1JA 3CCMN 4E1JA 3C0BA 4YDUC 4DU4A 1IKXA 3ZCMA 3MWPA 3BZKA 3GBTA 1W9HA 5FPMA 3OYAA 1VQ7N 3VMFB 1WBBA 1RDBA 1L5UA 1D8YA 3VQPA 4BRPA 4FZYA 3VENA 4NCGA 1YHQN 4H4MA 4DV4K 1S3XA 2BANA 4K8XA 1W7AA 1M90O 3SPYA 4I6MB 2BDPA 3F5TA 4FLTA 3O08A 4QAGA 1B92A 4YY3K 4BDZA 4CD1A 4PL7A 2PY5A 3NF8A 2X74A 2Z1JA 4KTWA 4BGAA 3HK2A 3K5LA 4HUFA 3RRGA 4FOIA 2Z1IA 1L3VA 3E1YA 4YOWA 1XWLA 2P1JA 5I42A 2UUBK 3SLCA 1I94K 3I8BA 1HPMA 3ZT0A 4F3OA 3CCLN 3M3ZA 1B9DA 3O80A 5GAEP 4CI6A 4AHTA 1S1VA 1CLQA 2QWLA 2QWNA 4N5SA 2G8VA 4JI8K 3M8QA 5ADXA 3I8DA 1JLAA 1KVAA 4OKEA 3NH2A 3LP0A 4CZIA 5BPLA 3OYNA 3SUQA 3SAGA 3PLAA 4ICLA 2BTFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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