4CP7A

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cp7A00
3OAGA 5JODA 5DGWA 5B18A 4R5NA 5P6CA 1B6KA 5P89A 4J0ZA 4HA5A 3ER3E 4GYEA 2OHKA 2BJUA 5P43A 3LPJA 1ZTZA 4TRYA 1BBSA 1SH9A 3EKVA 3BVAA 4WTUA 1ZP8A 5P8GA 4L7JA 1HIVA 5P4BA 4Q1NA 1TCWA 4XX3A 1PPKE 4YD6A 5P0SA 4JP9A 5P7LA 3PWWA 3EL0A 5P4ZA 5P3MA 4KE0A 3C9XA 4DQEA 2I4VA 4OBDA 4QGIA 1ZJ7A 1MRWA 5P8IA 5I3XA 3D20A 5JFUA 2P3AA 3S2OA 2QHZA 3NSHA 5OZGA 5P19A 2VIJA 1C6YA 5F01A 1A8GA 3PEPA 5P1BA 1FMBA 3QIHA 3MXDA 1BXQA 3EM4A 1A9MA 1MEUA 5P3FA 4DJOA 1APTE 3ZMGA 4FSEA 3LINA 2Z4OA 2RSPA 1SGUA 1DPJA 5P1WA 4Y4EA 4YOBA 5P4XA 5P75A 3VV6A 3OU4A 2ZHTA 2OHSA 5P3RA 3O9DA 5P55A 1EPME 4DFGA 1AXAA 4J1EA 5HDXA 1HBVA 2B8VA 2WF2A 1HPXA 3BUGA 2NXDA 4H1EA 4FL8A 2HAHA 3SKGA 5P6PA 4EXHA 3OHFA 3TTPA 5P4DA 5P72A 3VLAA 5P23A 3VSWA 3EMYA 1C6XA 4Y4WA 5P03A 5OZ4A 3PLLA 1C70A 3PI5A 5P5QA 5P2EA 5P3SA 8HVPA 3LITA 3PMYA 2V0ZC 3K5FA 5OZ8A 4PZXA 2VA5A 1LF2A 1HPOA 2MIPA 2NR6A 5OZEA 3OADA 1Z1RA 2OHQA 3R0YA 3VUCA 2RKGA 1QRPE 1FQ7A 5SXNA 3UPJA 1IDAA 6UPJA 3ZKMA 4FAEA 1IDBA 4ZIPA 3G70A 2WEZA 1APUE 1UH8A 4D85A 3D1XA 1ER8E 4J0TA 3RTMA 3TOHA 4Q1XA 5P44A 2HS1A 5P2HA 4Y51A 3UQXA 2QI6A 3KFNA 3T7QA 1D4JA 3LZYA 1TSUA 1K6PA 3AUPA 3PRSA 5P6AA 5P0ZA 1A8KA 5P8NA 3N3IA 5P2BA 1BAIA 2ER0E 2O40A 5P57A 5P2CA 5OZBA 3KFPA 2B8LA 5P4NA 1LYWB 3FKTA 3IN4A 5OZTA 2IKUA 2JJJA 5P0YA 2R3TA 2ER9E 9HVPA 5P71A 3TOGA 5P3DA 2AVSA 1HWRA 4QJAA 1WBMA 3KT5A 1DMPA 3I2LA 2R8NA 4OBHA 1PSAA 3SM2A 1K6VA 3OU1B 5HD0A 1FMUA 3OQ7A 3QVCA 4Q1WA 5KR8A 2OHRA 2UXZA 4B1DA 3CKTA 4J5JA 5P2DA 3TPRA 4DUSA 2Q15A 5P33A 2WEAA 2B7ZA 4ZE6A 1MT8A 5P3GA 4D89A 2G20A 2PC0A 3PVKA 3UHLA 4Y35A 1FQXA 2ASIA 1FQ4A 1UH7A 5P47A 4AA9A 4Y3GA 4L7HA 2WEBA 5P5CA 5IE1A 5P5FA 1E80E 5P2TA 5P6EA 1BVEA 1DW6C 3O9CA 4Y3YA 5P0CA 4Y3PA 2PSGA 5P1ZA 3JVWA 4TRWA 4ZPEA 3QS1A 3TNEA 2R38A 1FB7A 4Y5AA 1NPWA 3UCBA 4H3GA 4I8ZA 2ZJHA 5P10A 3GI0A 2IQGA 5P65A 1SP5A 1IVQA 4GJ9A 3OQKA 3IVHA 5P62A 5AHCA 4Y56A 2HC0A 5KR0A 4Z4XA 1WKRA 4Y41A 4ZSPA 3ZLQA 1GVXA 3Q4BA 4ACXA 5DPZA 5T4SA 4GJCA 4ZEAA 1B5FB 1OD1A 3ZPUA 3O9EA 5P7FA 3OWNA 2QMPA 3O9LA 5P4LA 4GZFA 1PFZA 5P8RA 1PSOE 2RKFA 4J55A 5P50A 1LV1A 3ZPTA 2VNNA 5OZSA 2ZHVA 3IVIA 1K1TA 3BHEA 4X7IA 5P13A 1MTBA 5P52A 3M9FA 1BWBA 5P1XA 3FSMA 5P5SA 3UTLA 4NKKA 5P73A 4R95A 1AIDA 5ISKA 1XL5A 3OUDA 1YG9A 5OZVA 2G69A 3HDKA 5P78A 3D1ZA 5E5KA 5P1PA 4RROA 5P7NA 3INDA 5P1DA 5P4IA 3GGXA 5P32A 4I0EA 5OZKA 5IS4A 2HB2A 5P5AA 5P3BA 3TKWA 5P24A 4OC6B 3ZKSA 5P6UA 3T6IA 4OBZB 4DQHA 3PB5A 4B78A 1D4YA 1RNEA 1XE6A 2WKZA 2P3DA 1EEDP 1Z1HA 5HE4A 4YD3A 1SDUA 1TQFA 4Y48A 1W6HA 5P06A 5P1LA 5P1QA 2FGUA 4APEA 1GVUA 1AJVA 3NDXA 1QS8A 2A4FA 3LZVA 4DQBA 5OZJA 5P2VA 3DUYA 2H6SA 4Y5GA 3SQFA 4ZSMA 1FFIC 3HVPA 1AVFA 3L5FA 5KQYA 4YD5A 3VG1A 5P0IA 1EBYA 5P3WA 2BKTA 5HTZA 1A30A 5P0OA 4NJUA 2QI5A 1W50A 1Q9PA 3O9BA 4YCKA 1XS7D 1UH9A 5P15A 5P4PA 3PWRA 1EC1A 2WF3A 4Y43A 1IBQA 1HTGA 5UPJA 5P7WA 2QMFA 4Y4BA 1HTEA 2IDWA 1YT9A 1ZBGA 5SY2A 3SABA 5OZ7A 1B6PA 5P30A 2G27A 2UY0A 2FXDA 4DVFA 5P3LA 5J25A 1HVRA 1MT7A 4Y4GA 4CPWA 2ER6E 5P2KA 1HSHA 1K6CA 5P0AA 2OAHA 4CPTA 5P27A 2FNSA 1CPIA 2I4XA 2AZCA 1YTIA 1NPVA 1AJXA 5OYUA 4BEKA 3URJA 2WF1A 4Y3MA 4QJ6A 4EPJA 2Q54A 5P70A 3PCZA 3QP0A 5P45A 5E5JA 2AOHA 3T7PA 4Y4TA 5P8PA 2FNTA 2QP8A 3OUCA 5P3UA 2CEJA 2XFIA 5DQ1A 2PK6A 3OXWA 2PWRA 2XFKA 3KM4A 4Y3WA 3NYGA 5IVQA 2WEDA 5P8TA 4I8WA 4RZ1A 3U6AA 3TPJA 1A94A 5C9BA 1T3RA 3D3TA 5OZXA 5P0TA 5OZLA 2R43A 4TRZA 5P1AA 1J71A 4AUCA 4DI2A 4K9HA 4DPFA 2APRA 3L5CA 5P1IA 4K4PA 1FKNA 5OZCA 4MC6A 3NLSA 4DJRA 5ENKA 3LPKA 2O4KA 3ST5A 5P53A 1LZQA 2ZHSA 4R92A 3CICA 4EJDA 5DQ2A 1G2KA 2I4WA 5P20A 2QD8A 5OZMA 1IZHA 5P8QA 6FIVA 1BDRA 2P83A 3NDTA 5OZ3A 3NU5A 2QHCA 3TOFA 2AZ9A 5P0EA 2VS2A 3S7LA 1OEWA 3S45A 4H3FA 5OZHA 1ZLFA 4DQCA 5P5WA 1ZPAA 2WHHA 1CZIE 4NPTA 5P68A 1DAZC 4CPUA 4F73A 3CYXA 3AIDA 5OZDA 5HCTA 1GVVA 3ZL7A 1QBRA 3NU6A 3IN3A 4OBKA 3WB5A 3FNUA 4ER4E 2FIVA 2P4JA 1YM4A 4DH6A 2G94A 5HVPA 4J1KA 2IL2A 3OK9A 3PI0A 2VJ7A 5DR3A 3HVGA 1FG8C 5P7RA 5P14A 4Y37A 1IZEA 2AOCA 4OD9B 4Y5EA 5P79A 1ZAPA 3EBZA 4J1IA 2G1YA 4FAFA 3OAGB 5P3OA 2QZKA 3ZPSA 5HDUA 2V10C 1FMXA 3N4LA 2G26A 5P3AA 5P6KA 4Y3QA 5I3YA 3PBZA 3DCKA 1EC2A 4DJYA 4DQGA 1K2CA 2JE4A 3NUOA 4MC9A 1D4LA 4D8CA 1SDVA 1YTGA 3PSUA 2FMBA 2Q11A 3Q70A 4PPHA 5P1UA 2BB9A 4GJ6A 3MWSA 1IZDA 5P3NA 4EJLA 1HVCA 4RLDA 4YBFA 1NSOA 1GVWA 3OY4A 5HU1A 4DJXA 2G21A 4NJVA 3INHA 4GMIA 5P4OA 3NWQA 5P3EA 3DM6A 3FIVA 4Y3EA 3GGAA 5P8EA 4JECA 4WY6A 5P7QA 2G1SA 3T7XA 5P5KA 3PSYA 3DV1A 4DJWA 5P2OA 1HPSA 2WL0A 4Y9WA 4IVTA 4E43A 5P51A 3JVYA 2OHLA 4MC1A 2VIYA 3QRMA 5P1HA 1FG6C 2BPVA 4J1FA 1TW7A 3ZKXA 3LHGA 1DIFA 4CKUA 3INEA 3OGQA 3PHVA 5P8JA 5BS4A 5FIVA 3D1YA 4RCFA 3PBDA 4RYCA 1APVE 3Q5HA 2PK5A 3OUBA 4BFBA 1KJGA 3UF3A 4GB2A 1YX9A 1BV7A 1HOSA 4YDGA 5AH8A 5KQXA 5P1OA 4FM8A 3T3CA 1KJFA 4RYGA 4LAPA 1F34A 4FS4A 5EZXA 1WBKA 1ZPKA 5P35A 2NNKA 5P6ZA 5P1VA 3H5BA 3MXEA 1RPIA 4PZWA 2ZJNA 2P3BB 5P0PA 1FGCC 5KR1A 4F74A 3PJ6A 5P08A 4K4QA 1E82E 5P3YA 1HIIA 4YD4A 5P8AA 3L5BA 4PYVA 3IXKA 2ZJKA 4KB9A 2AVMA 2I1AA 1EPPE 5P59A 3G6ZA 2AODA 3SA8A 4TVGA 4ER2E 3UFNA 3SACA 5P3VA 3PGIA 2P3CA 5P6HA 2I0DA 2FDEA 2B60A 3EKTA 2PH6A 3BGBA 3IGBA 4HDFA 2ZJJA 5P64A 5P0WA 3ZOVA 1VIJA 2PH8A 4F75A 4Q5MA 3K5CA 3QROA 3NR6A 5P5DA 2QI0A 5P4FA 3VFBA 2QI1A 5P0UA 3GGVA 5P60A 3NDWA 2JXRA 2EWYA 3OOZA 1OHRA 4OBFA 5P46A 5OYQA 1EPLE 3K1WA 4RRNA 3VFAA 5P2SA 3L5DA 5OZZA 5P40A 5P5TA 7UPJA 3EL1A 5P7GA 2QCIA 4J0PA 5I3VA 5ER2E 3NUJA 2NMZA 3EC0A 3PM4A 5COOA 5P6BA 5P3XA 3I6OA 3KDCA 1Z8CA 3VLBA 5DR4A 4YA8A 1ODXA 2Q63A 3R0WA 5P17A 5P1GA 3QRSA 1LYWA 3QPJA 3UQPA 4A6BA 5I70A 3IXJA 1D4IA 5HE7A 3LIZA 5P38A 2FDPA 4GJBA 1MRXA 4LHHA 1B6JA 5P7PA 2AOJA 5OZ9A 2F3FA 5P0XA 3I25A 5P5VA 4Y4XA 1NH0A 2G1OA 3OU1A 3VV8A 5P05A 3HD8A 3TLHA 3OTSA 4ZPFA 2J9JB 5SY3A 1HVHA 3OXVA 4Y3HA 1W51A 5P1FA 1K2BA 2ZYEA 3HAUA 5P2GA 1OEXA 4QJ7A 5P3PA 5P5GA 5P6FA 1EAGA 4YDFA 5P0KA 4DQFA 2VA7A 3A2OA 4M8YA 5OZPA 5OZIA 5P76A 3QI1A 4L7GA 4FLGA 3EM3A 1BIMA 3FNTA 4ZSQA 3PCWA 4Y36A 3GI5A 2ZHRA 4QJ9A 4N00A 3B7VA 3OU3A 3U71A 5P2YA 3ER5E 3SA9A 1W5VA 2FS4A 5P41A 5P1CA 3VEUA 1SDTA 3F9QA 5P1MA 1BDQA 5P58A 3OXCA 2FLEA 1LYAA 3TPPA 1D4KA 5P4JA 2QU2A 2HS2A 4HE9A 3EKYA 5F00A 4I0FA 5P5HA 4M8XA 4Y5MA 4A4QA 2HPFA 5P4HA 3VSXA 1HTFA 1RL8A 5P31A 2J9KA 3BC4A 4CPXA 5OZ0A 4DV9A 1YTHA 5OZ2A 2O4SA 4TVHA 2PMAA 3OOTA 1B5FA 4Y5KA 5P2LA 1LYBA 4JPEA 2QZLA 5I3WA 2ZDZA 5P5JA 5P2ZA 1HPVA 5P6WA 4I11A 5P6YA 5P2NA 2CEMA 4QJ2A 5P4VA 3G72A 4NJSA 5P1EA 1SBGA 1LEEA 3SA4A 4HZTA 4L6BA 5DQCA 3UDMA 3EKPA 4Y5CA 5APRE 3LIVA 2VJ9A 5P2IA 2NXMA 4B0QA 1YM2A 1E5OE 2AZBA 5OZUA 2ZGAA 1EC0A 2R3WA 5OYYA 5P5PA 5P7IA 1MPPA 2R5PA 1PPLE 5P4SA 5P4RA 5P8KA 2I0AA 1ZSFA 3OGPA 2V11C 1DP5A 2O4PA 3GI4A 1ODYA 5P8DA 4Y3XA 1ENTE 3WZ8A 3L38A 2Q3KA 5OZYA 2RMPA 1AM5A 3Q6YA 5OYRA 5P77A 3VF5A 1M4HA 3S43A 5P48A 5P80A 4RVIA 4CPQA 2HM1A 4QLHA 4EYRA 3VYFA 4EQ0A 3NU9A 1HTRB 4EP2A 4R91A 3OXXA 5P5NA 4U7VA 1QBSA 1KJ4A 1HIHA 2Q5KA 1QBTA 5CLMA 5P7CA 3KFSA 4D83A 3O9IA 2ZJIA 4LC7A 5P5BA 2WECA 4PEPA 5HDZA 3KF0A 2XYEA 1BVGA 2F80A 1EC3A 4Y3JA 2WJOA 1GVTA 5P69A 2F8GA 2G1RA 3QN8A 3GI6A 5P2JA 5P4TA 4RCEA 2AVVA 4Y44A 5KQZA 5P7YA 5AGZA 1HVJA 4U8WA 4EP3A 3KT2A 4HDPA 5P56A 5P61A 5P3KA 5KQFA 3CKRA 3BUFA 1MT9A 4APRE 4Y4DA 1HXBA 5P81A 5P8LA 2I4UA 4Y4UA 5P87A 1LS5A 2NNPA 5P6IA 3SA3A 4HVPA 4DJVA 3B80A 4D88A 2NPHA 1W6IA 4L1AB 1MTRA 2AOIA 2XFJA 5P6OA 4UPJA 5P8VA 5P8SA 1LF3A 1W5XA 2G24A 5P0HA 3TPLA 3SA5A 1SGZA 3IXOA 3LPIA 5P5RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAG A;  5JOD A;  5DGW A;  5B18 A;  4R5N A;  5P6C A;  1B6K A;  5P89 A;  4J0Z A;  4HA5 A;  3ER3 E;  4GYE A;  2OHK A;  2BJU A;  5P43 A;  3LPJ A;  1ZTZ A;  4TRY A;  1BBS A;  1SH9 A;  3EKV A;  3BVA A;  4WTU A;  1ZP8 A;  5P8G A;  4L7J A;  1HIV A;  5P4B A;  4Q1N A;  1TCW A;  4XX3 A;  1PPK E;  4YD6 A;  5P0S A;  4JP9 A;  5P7L A;  3PWW A;  3EL0 A;  5P4Z A;  5P3M A;  4KE0 A;  3C9X A;  4DQE A;  2I4V A;  4OBD A;  4QGI A;  1ZJ7 A;  1MRW A;  5P8I A;  5I3X A;  3D20 A;  5JFU A;  2P3A A;  3S2O A;  2QHZ A;  3NSH A;  5OZG A;  5P19 A;  2VIJ A;  1C6Y A;  5F01 A;  1A8G A;  3PEP A;  5P1B A;  1FMB A;  3QIH A;  3MXD A;  1BXQ A;  3EM4 A;  1A9M A;  1MEU A;  5P3F A;  4DJO A;  1APT E;  3ZMG A;  4FSE A;  3LIN A;  2Z4O A;  2RSP A;  1SGU A;  1DPJ A;  5P1W A;  4Y4E A;  4YOB A;  5P4X A;  5P75 A;  3VV6 A;  3OU4 A;  2ZHT A;  2OHS A;  5P3R A;  3O9D A;  5P55 A;  1EPM E;  4DFG A;  1AXA A;  4J1E A;  5HDX A;  1HBV A;  2B8V A;  2WF2 A;  1HPX A;  3BUG A;  2NXD A;  4H1E A;  4FL8 A;  2HAH A;  3SKG A;  5P6P A;  4EXH A;  3OHF A;  3TTP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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