4CPTA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cptA00
3TTPA 3ZPSA 2Q54A 3LIZA 3S43B 3KDBA 4QJ9A 4CKUA 3OXVA 5DR3A 5EZZA 2VA6A 4Y3ZA 5P06A 5P1SA 3OGQA 1W5VA 1HEFE 4DI2A 5P0UA 2ZJNA 4CPSA 3EKTA 5P55A 2F3KA 2I4QA 4M8YA 4B1CA 3SKFA 4I11A 3L5DA 3CIDA 5P1AA 5P1IA 5P42A 3EL9A 5P77A 2AOJA 5OZ2A 1LF4A 1FFIC 5P6HA 1LYBA 2QU2A 5P24A 3ER5E 5P8MA 1EC3A 1MERA 2JE4A 5P3TA 4S1GA 1EPPE 1T6EX 2OHMA 3D1XA 5P62A 5P57A 1E81E 5DQ2A 3BHEA 5P0ZA 1SIPA 1TSQA 3OUAA 2F81A 3PI5A 1DMPA 4Y3JA 1BXQA 1TCXA 2PC0A 1FG6C 1LYBB 1QBUA 1HEGE 4J1CA 3Q70A 5OZ5A 1FMXA 5P7RA 5P4HA 4K8SA 2G94A 4Y3GA 5AH9A 5P0EA 5COKA 5P4BA 5P19A 3S8IA 1FIVA 5P7AA 3T7PA 5P5HA 4Y36A 4EWOA 3UQPA 1A94A 3O9GA 5P0HA 5P83A 5P5UA 5HU0A 5DR7A 1AJVA 4I0DA 3G6ZA 2IKUA 1VIJA 1BXOA 1F34A 1RL8A 3AIDA 4RZ1A 5P47A 5P5JA 2ZDZA 4Y41A 4YDGA 2VKMA 5P40A 5P1ZA 5AH8A 5OZBA 5P1KA 5P4YA 5P3CA 5P4UA 1LEEA 1NPWA 4ZPFA 4EJDA 5P3PA 1YTJA 4B1DA 4FSEA 4J55A 4OBKA 3EKPA 3NDWA 1K1TA 4HZTA 5OZMA 5P67A 3VYDA 4R91A 3RTHA 5I3XA 3O9HA 3GI0A 4HE9A 4Q5MA 1QDMA 5OZWA 5P7VA 5P4FA 2OHTA 5KR1A 2FXDA 4L7GA 4Y4BA 5P5DA 4CPTA 2AODA 4QLHA 5P5VA 5OZYA 5P6EA 3PWMA 2NR6A 1SP5A 5OYZA 5P6ZA 4FS4A 2QP8A 4I0ZA 5P09A 3SA7A 4FRSA 3NDTA 1APVE 5HCTA 5P3SA 5P72A 4GIDA 2A4FA 5BWYA 3UPJA 1EAGA 3VFAA 1EPRE 2FNSA 4NJUA 4AZYA 5KQXA 4Y4AA 4B1EA 1IBQA 5P2UA 4EJKA 3QRMA 2AOIA 2WEDA 1BV7A 5AH7A 1EPLE 3TOHA 2G1SA 4YD4A 3OAGA 5P0PA 3Q4BA 3GGXA 1ZLFA 4GJBA 2AZCA 2OHQA 4D85A 4GJAA 3DK1A 5P6CA 4ZLSA 5OYVA 4Y50A 5P2MA 4K4QA 3O99A 2WF1A 3LZSA 1NPVA 5KQFA 3EL0A 4FAFA 1B11A 4NPTA 5OZRA 4GB2A 5P2EA 5P0WA 5P2XA 4APEA 3ZKQA 5OZQA 2R8NA 3L38A 5HDXA 5P75A 3OAGB 1G35A 2IKOA 4GZFA 3VG1A 2H6SA 2IGXA 2V13A 3ZKMA 1K2BA 4TVGA 3BVAA 5C9DA 4GJCA 5P2NA 5IVSA 2QK5A 3B80A 1OD1A 4YA8A 3FNSA 3R1GB 4N00A 5P6NA 5P2OA 5P7NA 1W5YA 4OC6A 3S7LA 5P7UA 5DQCA 1MTRA 5P5EA 5P0LA 5P00A 5OZGA 2XFJA 3RU1A 5E5KA 3QN8A 5OZ9A 3TKGA 1XN2A 5P3UA 3LPIA 3TPJA 3UHLA 5P4ZA 2A1EA 2B60A 2G1RA 5IE1A 3O9DA 3EC0A 1A30A 3VSXA 3ST5A 4OC6B 3NXNA 3EKVA 5P4QA 5P49A 2AOHA 4RROA 3DV5A 5P32A 5SXNA 1SDTA 5P1MA 4ZEAA 4F73A 2AOEA 3MSKA 5P0AA 5P0YA 3OHHA 2V11C 4Y4XA 5OZTA 4EJLA 1GNNA 5TOLA 4TRYA 5P1UA 5B18A 3EKYA 3SACA 5OZUA 3EM4A 1GVUA 1HIVA 4K9HA 4Q1NA 1D4YA 1T3RA 3OTSA 4Y3EA 3O9LA 2ZGAA 1BDQA 2EWYA 5P03A 5P1DA 2G20A 3UDPA 4Y51A 4EJ8A 4JOOA 5P3AA 3LIYA 5COOA 2RSPA 3C9XA 5OZJA 5I3YA 2Q5KA 3I25A 5OZDA 2VJ9A 5P2GA 1OHRA 3URJA 2RMPA 2O4PA 5OYUA 2BPXA 3SA5A 1EPOE 2VNMA 5P7IA 4DVFA 1ODWA 5OYTA 4OBGA 5P01A 2R3TA 3CYWA 4Y3FA 1EPQE 5P4LA 5P1XA 3O9LB 3KFPA 4DQEA 1ZJ7A 2FS4A 5ER2E 2G21A 4J0VA 5KR0A 1SDUA 5P1BA 1J71A 3BRAA 3M9FA 3KMYA 2F80A 3PMYA 5P5QA 3ZKXA 5P8UA 1BBSA 4KUPA 5P4CA 1AM5A 1DPJA 5OYSA 1BIMA 4EXHA 5KAOA 4HLAA 4DJYA 4QJ8A 5OYRA 4PYVA 1FMUA 1FB7A 3VYEA 1T7KA 5P8SA 3OQKA 5P07A 2QMFA 3TPLA 5P64A 5P80A 4BELA 2ER6E 2HS1A 3QROA 3I2LA 5P1HA 3LIVA 1FQ4A 3KMXA 1ZSFA 4YCYA 1HPOA 4I0EA 4D89A 1HIHA 2RKFA 5P2ZA 1M43A 3VSWA 4UPJA 4PZXA 4Y48A 5P1CA 4H1EA 2BPZA 2OHNA 3SA6A 5SY2A 2FDEA 5P0GA 4B00A 3ZKIA 1HWRA 1TW7A 4FIVA 5P5CA 3WZ8A 2BKTA 3Q6YA 2O4KA 2OF0A 5HE5A 2NNPA 3D1ZA 5P7QA 5P73A 3BGBA 4Y47A 5J25A 3R0WA 3OQAA 1HRNA 1YG9A 1SDVA 5P3RA 4AA8A 2WEBA 4A6BA 4CPXA 3PSGA 4R8YA 3EL5A 3PWWA 5P48A 3RSVA 5EZXA 4B05A 4ZPEA 2QZKA 3IN4A 4NJSA 5P05A 5P5GA 2AVQA 2R5PA 3NU4A 4Y4ZA 4ZIPA 4DPIA 1Z8CA 4FRJA 4H3JA 5P3LA 1FQXA 2ZE1A 1HVCA 3UQUA 1HSHA 4CMSA 5P0QA 5T4SA 5DQ5A 5P5SA 3OU1A 2R3WA 5P4DA 4FLGA 5ENMA 1APUE 5P6KA 3LINA 5P1EA 2QNPA 3MSLA 3ZKNA 3U6AA 5P6SA 5P1YA 1YTGA 4TVHA 1FQ8A 5P23A 1MIQA 1PSAA 5P4NA 2NXMA 3QRVA 2PWRA 4GJ9A 4PPHA 5P4WA 3IVIA 4LXMA 4U7QA 5APRE 5HVPA 4Y3LA 1MSMA 2ZJIA 5P0FA 5AHBA 1SIVA 5P3XA 1G0VA 5OZEA 5P6PA 4WY6A 4Y5PA 3OU1B 1JLDA 5P6BA 3TPRA 2VJ7A 3H0BA 5P6LA 3N3IA 2ZHRA 3DM6A 4I0IA 5OZOA 3BGCA 4DUSA 3PVKA 3VLBA 1ZSRA 2PWCA 3ZKGA 5F00A 2I4VA 4FRIA 3NDUA 4Q1YA 4Y4EA 4RYCA 1HTRB 1MT7A 2OHPA 5P4IA 5C9FA 5P6VA 5P7LA 3UQXA 1KJHA 1HXBA 5P7MA 3BUGA 5P6XA 5P59A 4DJUA 1BVEA 5P12A 4DJRA 4Y54A 5P8LA 1KJGA 2XFIA 5CONA 5P13A 3VFBA 2QHYA 1OEXA 3HW1A 3QP0A 2IL2A 2ZYEA 1MPPA 3A2OA 5P7FA 4NPUA 2I4DA 6FIVA 3PLLA 3H5BA 3SO9A 1TSUA 3APRE 4AA9A 3ZMGA 2QD7A 5P3IA 4HVPA 4Z22A 4DV9A 1HSIA 4EPJA 4J0YA 3UF3A 2IENA 3OUDB 4WY1A 2XYEA 3T6IA 4LL3A 3N4LA 2J9KA 2O4LA 5P2VA 5P60A 2R38A 2AQUA 1RQ9A 3RVIA 3L3AA 1A9MA 2UY0A 1HVHA 2FGVA 5P2RA 1TCWA 2P8HA 3KA2A 1W6IA 3GI4A 1XS7D 1G6LA 4XKXA 2FDPA 5KR8A 2JYSA 5SY3A 5P68A 2V0ZC 3R2FA 3QS1A 2QAKA 3UDJA 5P35A 5P54A 1CPIA 4I12A 5HDZA 3NYGA 4CPUA 3OQ7A 1YM4A 4YOBA 5OZAA 2R5QA 1T7IA 4APRE 1KZKA 3SFCA 5OZCA 5P25A 3NLSA 3SQFA 4EP2A 3UDYA 5P2TA 2IDWA 5P53A 2IEOA 5OZ0A 3EKWA 4FE6A 1B6LA 2PSVA 2Q15A 4Y45A 2CENA 3VCMA 3HZCA 3VF3A 2JJIA 3DUYA 5P31A 5P8IA 4CP7A 2QMDA 5P22A 5P2LA 3LIXA 1PPME 5E5JA 5OZVA 2AZ9A 4J1HA 5ER1E 2F8GA 3RTMA 2QI7A 3UCBA 4YCTA 5P84A 4MC2A 5P7WA 3HD8A 1GNMA 2AOFA 1HVSA 5ISJA 5P4XA 4Y3WA 5P58A 2B42A 5P5XA 1YX9A 5P33A 1EBWA 2VA7A 4YD3A 4FM8A 1KJFA 4RCEA 4WTUA 4Y38A 3NDXA 4QJ2A 2JJJA 2V00A 4QJ6A 4Y5LA 5P04A 3GGUA 1UH8A 4NJVA 3T11A 5P8BA 5P71A 4B78A 4Y3MA 1UH9A 3O9EA 1SBGA 5P0CA 4F74A 5P7XA 1DW6C 1A8GA 4OD9A 3ER3E 1HVJA 3EL4A 1WBMA 4R5NA 2FNTA 4HDFA 3FX5A 1MT9A 4ZSMA 4ZSPA 2PYMA 1BAIA 3HBOA 4L7JA 4BFBA 1W50A 1F7AA 5P18A 1BV9A 5JFPA 5OZ6A 5P6MA 1K1UA 5OZ1A 5P28A 3BVBA 4B0QA 2ER0E 5P26A 5P50A 4FRKA 5P4TA 4DQGA 4Y5CA 2ZJHA 3QIHA 4OD9B 5OZPA 2VIZA 5P08A 4YE3A 5P17A 5P3FA 5P27A 2FMBA 2ZJJA 3IGBA 1BVGA 4OBFA 5P0BA 4OBDA 5P5MA 2I1AA 3INDA 5OZ7A 2SAMA 2I0AA 5DQ4A 4LBTA 8HVPA 3PEPA 3EM6A 3OXCA 3TLHA 3AUPA 4XX3A 1FGCC 1HIIA 3R0YA 3PBDA 4Y4UA 3Q5HA 4DPFA 1WBKA 2HB3A 3SA9A 2RENA 1FKNA 5P70A 4ACXA 5P8JA 1PPLE 5P0VA 2APRA 2PH6A 5PEPA 5P4PA 1HHPA 4OBZB 5P5KA 4FM6A 5P4EA 1HTEA 4GJ8A 4DQFA 3PI0A 4XXSA 4Y57A 1QBRA 4Q1WA 3NXEA 1DP5A 4Y5BA 5P0SA 3ZKSA 4J17A 2NTRA 4X2LA 4FL8A 1FG8C 4E43A 5P38A 2R43A 5P1JA 2ZJMA 1FQ6A 3QBHA 4KE0A 5P43A 5OZNA 5OZ4A 5OYQA 3OGPA 2O40A 3QVIA 1PSOE 4FSLA 5P52A 4YOAA 2WKZA 1SMRA 5P65A 5ISKA 5P29A 3CKPA 4KB9A 2QZXA 2OHRA 4Y3TA 5P5BA 4L1AA 4F76A 3OXXA 2FXEA 5P4VA 5P5YA 4RVXA 3MXEA 3OUBA 3SABA 2QI3A 3QRSA 4HEGA 2ZHTA 2RKGA 5P6RA 5KQZA 4A4QA 5OYWA 5OZKA 1HTFA 2OHKA 4TRWA 3NU6A 3BXSA 1KJ7A 1MVPA 5P4KA 2I4XA 2WF4A 4J1IA 4R92A 5P0OA 3UQWA 1QBSA 3DCKA 2NNKA 1B6JA 1IZDA 3B7VA 5P0RA 2WEAA 3LZUA 1T6GA 5P6AA 4Y3QA 4L1AB 1YTHA 1CMSA 3O9IA 3SA3A 5P2DA 1D4SA 5P5AA 5HU1A 2G1OA 3BUHA 3NR6A 3KFNA 3OOZA 3FV3A 2HM1A 3EBZA 3NUOA 1FFFC 5P3HA 2H6TA 1LS5A 1ZTZA 2V10C 2VJ6A 4GJ7A 2WHHA 1W6HA 1PFZA 3IN3A 3S2OA 2BJUA 5P89A 5P1TA 4NJTA 5P0TA 1EC0A 2P3DA 1HBVA 4Y4TA 5P3OA 3SLZA 1EBZA 5P5NA 2XYFA 2O4NA 2HPFA 5P0IA 3CYXA 2WL0A 4Y5EA 1NH0A 4FAEA 1C6XA 5JFUA 4J54A 1XE5A 3KN0A 4Y6MA 4LXKA 3EMYA 3D3TA 1K2CA 1KJ4A 3SM2A 5OYYA 3SA4A 3VYFA 3K1WA 2FGUA 5P6QA 5P3NA 4EXGA 4ZSQA 1EPME 1W51A 4B77A 3CIBA 4X7IA 2ZHSA 1EC1A 3S85A 4YBIA 4FCOA 4YCKA 4Y3RA 3D20A 5P7DA 1D4LA 5P1FA 4U8WA 3OU4A 4BEKA 1QRPE 2OHSA 1ZAPA 1EC2A 1SGZA 3PLDA 2ZJLA 3UDQA 1U8GA 5P1WA 4ER1E 4KE1A 2I0DA 2ANLA 1LF2A 3O9FA 2QHZA 5AH6A 5P39A 5P8NA 4RLDA 2PH8A 4NKKA 2QI5A 5P0DA 5P10A 5CLMA 5P3KA 1K6CA 5P85A 3OU4B 2FIVA 3U7SA 4Y3XA 1SGUA 5P5IA 1HPVA 5P6DA 3INHA 1XE6A 5P7EA 3L5BA 5KOSA 4A6CA 3TOGA 3U71A 5HE7A 4Z50A 4I10A 3BC4A 2WF3A 3R4BA 4Y37A 2WEZA 4CPQA 4RVIA 1N49A 1SMEA 7HVPA 5P1RA 5HE4A 5P88A 1D4KA 4YBFA 5P8HA 5P7OA 3GI5A 1MT8A 5P3GA 1AXAA 4ER4E 2PYNA 2QMPA 2QD6A 3LIQA 2B7ZA 1EBYA 5P2YA 4K4RA 4JECA 3DOXA 1D4IA 5P8TA 3S7MA 3QI1A 2AIDA 2ZJKA 4Q1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TTP A;  3ZPS A;  2Q54 A;  3LIZ A;  3S43 B;  3KDB A;  4QJ9 A;  4CKU A;  3OXV A;  5DR3 A;  5EZZ A;  2VA6 A;  4Y3Z A;  5P06 A;  5P1S A;  3OGQ A;  1W5V A;  1HEF E;  4DI2 A;  5P0U A;  2ZJN A;  4CPS A;  3EKT A;  5P55 A;  2F3K A;  2I4Q A;  4M8Y A;  4B1C A;  3SKF A;  4I11 A;  3L5D A;  3CID A;  5P1A A;  5P1I A;  5P42 A;  3EL9 A;  5P77 A;  2AOJ A;  5OZ2 A;  1LF4 A;  1FFI C;  5P6H A;  1LYB A;  2QU2 A;  5P24 A;  3ER5 E;  5P8M A;  1EC3 A;  1MER A;  2JE4 A;  5P3T A;  4S1G A;  1EPP E;  1T6E X;  2OHM A;  3D1X A;  5P62 A;  5P57 A;  1E81 E;  5DQ2 A;  3BHE A;  5P0Z A;  1SIP A;  1TSQ A;  3OUA A;  2F81 A;  3PI5 A;  1DMP A;  4Y3J A;  1BXQ A;  1TCX A;  2PC0 A;  1FG6 C;  1LYB B;  1QBU A;  1HEG E;  4J1C A;  3Q70 A;  5OZ5 A;  1FMX A;  5P7R A;  5P4H A;  4K8S A;  2G94 A;  4Y3G A;  5AH9 A;  5P0E A;  5COK A;  5P4B A;  5P19 A;  3S8I A;  1FIV A;  5P7A A;  3T7P A;  5P5H A;  4Y36 A;  4EWO A;  3UQP A;  1A94 A;  3O9G A;  5P0H A;  5P83 A;  5P5U A;  5HU0 A;  5DR7 A;  1AJV A;  4I0D A;  3G6Z A;  2IKU A;  1VIJ A;  1BXO A;  1F34 A;  1RL8 A;  3AID A;  4RZ1 A;  5P47 A;  5P5J A;  2ZDZ A;  4Y41 A;  4YDG A;  2VKM A;  5P40 A;  5P1Z A;  5AH8 A;  5OZB A;  5P1K A;  5P4Y A;  5P3C A;  5P4U A;  1LEE A;  1NPW A;  4ZPF A;  4EJD A;  5P3P A;  1YTJ A;  4B1D A;  4FSE A;  4J55 A;  4OBK A;  3EKP A;  3NDW A;  1K1T A;  4HZT A;  5OZM A;  5P67 A;  3VYD A;  4R91 A;  3RTH A;  5I3X A;  3O9H A;  3GI0 A;  4HE9 A;  4Q5M A;  1QDM A;  5OZW A;  5P7V A;  5P4F A;  2OHT A;  5KR1 A;  2FXD A;  4L7G A;  4Y4B A;  5P5D A;  4CPT A;  2AOD A;  4QLH A;  5P5V A;  5OZY A;  5P6E A;  3PWM A;  2NR6 A;  1SP5 A;  5OYZ A;  5P6Z A;  4FS4 A;  2QP8 A;  4I0Z A;  5P09 A;  3SA7 A;  4FRS A;  3NDT A;  1APV E;  5HCT A;  5P3S A;  5P72 A;  4GID A;  2A4F A;  5BWY A;  3UPJ A;  1EAG A;  3VFA A;  1EPR E;  2FNS A;  4NJU A;  4AZY A;  5KQX A;  4Y4A A;  4B1E A;  1IBQ A;  5P2U A;  4EJK A;  3QRM A;  2AOI A;  2WED A;  1BV7 A;  5AH7 A;  1EPL E;  3TOH A;  2G1S A;  4YD4 A;  3OAG A;  5P0P A;  3Q4B A;  3GGX A;  1ZLF A;  4GJB A;  2AZC A;  2OHQ A;  4D85 A;  4GJA A;  3DK1 A;  5P6C A;  4ZLS A;  5OYV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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