4CPXA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Synthesis of P1'-functionalized macrocyclic transition-state mimicking HIV-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpxA00
5OZLA 5P4AA 2BPXA 3QP0A 3DOXA 5P7HA 5COKA 4YCTA 3FX5A 1ME6A 3UDKA 1B6JA 1HIVA 5P0RA 4Y5KA 1W50A 5P0CA 2AOCA 3OTYA 4Y38A 2WF3A 4FRKA 3SA3A 4DQEA 2IQGA 1E81E 1YTIA 5DR8A 5P69A 3Q4BA 7UPJA 3UDMA 3BXSA 3WB5A 4D83A 1XDHA 5P3SA 1XE5A 4OD9B 1EC1A 3OTSA 3KT5A 3AUPA 5KQFA 5P29A 3OQ7A 5E5KA 1CPIA 3MXDA 3NU9A 2WJOA 4WY6A 5HD0A 5ISKA 4RCFA 5P6KA 4GJ7A 4L7GA 5JG1A 1LYAB 5P2EA 4X7IA 3EXOA 4Y53A 5P4ZA 3O99A 5OZWA 3VEUA 1HVKA 2P3BA 3TPRA 3OQKA 5P63A 4D85A 5P4TA 3UFNA 4YD6A 1A9MA 3OU1A 1K1UA 3DCRA 1WKRA 2J9JB 4Y36A 5P2RA 4Y3EA 5ER2E 6FIVA 1F34A 1MESA 3LITA 5P0XA 1BV7A 4RRSA 5P7UA 5P62A 2V0ZC 5P65A 3KYRA 5P44A 3IXKA 5P13A 3VSWA 5P1FA 4LP9A 3FNSA 2WF4A 5OZIA 4Y4XA 5P4WA 3HAWA 4YCYA 4FSEA 1HSGA 4EP3A 5P1ZA 1HVJA 2QHZA 5COPA 5DR3A 5P2BA 3INHA 1E5OE 1A8KA 1GNOA 3T6IA 2IGYA 3S43A 4LHHA 1ER8E 5P1GA 2I4XA 5P7PA 5P5YA 4AA8A 1EC0A 3H5BA 3DJKA 4J1EA 5P0GA 4K9HA 5DR4A 2APRA 1SMRA 2IGXA 4Y3WA 5P8LA 3I2LA 2AVMA 5P6HA 3MXEA 2VIEA 3S7LA 3LZVA 2ZHUA 5P8RA 5P3MA 4RYGA 3EC0A 1MIQA 5P3HA 5P1JA 5P2CA 5P50A 5OZOA 3OWNA 2QMFA 4R95A 4DVFA 2R3WA 2P3CA 3VFAA 1BVEA 3LINA 3O9DA 5P88A 3APRE 1BILA 2PWRA 5P38A 3PEPA 5P8QA 4F74A 3NU3A 2CEMA 3ZOVA 4Y5GA 4K4QA 1LYBA 5B18A 5P0YA 2B60A 5IVSA 5P3EA 4L7HA 4F73A 4TRYA 1UH9A 3L59A 1T6EX 5P5KA 2ZYEA 5P07A 1APUE 5P4FA 4QJ2A 3VG1A 1E82E 2ZJHA 4Y4AA 2O4LA 5P1AA 5TOLA 3HDKA 4FRSA 5P2IA 2OHUA 2AVOA 5COOA 2RSPA 4FRIA 5P8BA 1EPLE 3BUHA 4GJCA 2ER0E 1ZBGA 2AVSA 1D4KA 1FG8C 4MC2A 5P0VA 4QJ6A 5P0SA 4Y3HA 3HAUA 3INEA 2VNMA 3RTNA 5P1PA 3WZ8A 3UQWA 3UDJA 5I3XA 3PJ6A 4BFDA 4DJYA 4GZFA 4JECA 3ZKNA 4CPRA 2WL0A 5SXNA 5P0IA 5P2AA 3PB5A 5P5OA 2AZ9A 2G69A 5P31A 5OZPA 3QVCA 3UFLA 3FIVA 5HDXA 2ZJNA 2I4WA 3B7VA 3BGBA 2I4QA 1DPJA 3NR6A 3NXEA 1ZTZA 4HA5A 5HVPA 4YD5A 5P5FA 3BXRA 1A30A 5P6OA 3URLA 4AA9A 4J0ZA 4Y3GA 1APTE 3R2FA 3LPJA 5P7EA 1EBZA 3LIVA 5P6YA 5P6NA 4I10A 1G2KA 5P4DA 5P56A 2PK5A 5P3DA 3RTMA 5HCOA 3UCBA 5P4YA 2QZLA 3TPLA 2CENA 1JLDA 4D89A 4DJVA 5AH6A 3OGPA 5KR2A 5P7VA 1APWE 1C6YA 1QBUA 4GJ8A 1EPPE 5ISJA 1G0VA 2PYMA 4S1GA 4YOAA 1EPME 5P70A 4QGIA 1QBRA 5P6IA 4DQHA 5P5JA 3ECGA 1EEDP 5P08A 5P5MA 5P3JA 1BV9A 5FIVA 2OHTA 5P24A 1ODYA 1HEGE 4J55A 5P6DA 3VV7A 6APRE 1BXOA 3EKQA 4Z22A 4Y54A 3ZPSA 3VYFA 5AH8A 5HU1A 5P73A 5OZKA 5DQ2A 4LC7A 4R91A 5P7OA 3VF3A 5P66A 3GGAA 4J17A 2XFKA 3FV3A 5IVTA 3LZYA 5P6UA 3N4LA 4YHQA 3NDUA 5KR0A 2IKUA 4CPSA 3U71A 3QRSA 4OBDA 3OHFA 1W5XA 3BRAA 5IVRA 3L5EA 2AODA 5P2GA 1FMXA 4ZSRA 5P78A 4YD3A 4NJTA 1K1TA 5P4CA 5P02A 5AH9A 5OZRA 5P11A 1TSQA 4ZLSA 2HM1A 3FSMA 4OBKA 5P1VA 4FCOA 3TLHA 4Y3AA 3UQXA 1FMUA 4I0DA 5P2ZA 3IN4A 3LIXA 1GNNA 4YE3A 3TL9A 4I0EA 1XN2A 1HTRB 3O9IA 4Y51A 2QP8A 3S45A 5JFUA 1OEXA 3GGVA 5P0OA 2G1SA 3OAGA 2IEOA 2ZDZA 3OOTA 3ZLQA 4GB2A 2VJ9A 5P0ZA 4J1CA 5HE5A 5OZ9A 3O9LA 5P7DA 3OXWA 2HPFA 1E80E 5E5JA 1T7JA 5P1KA 2OAHA 1LF4A 4CMSA 4GYEA 4LBTA 4EWOA 5C9DA 3WZ7A 4CP7A 3ZKQA 2QMGA 1MTBA 4DJQA 5OZYA 4RZ1A 5HCTA 3T7PA 2V00A 3IA9A 5P0HA 5P25A 4H3JA 5OZSA 5OZ5A 5P8DA 2IL2A 5P0PA 1IIQA 4H3FA 1IVPA 5P30A 3VV6A 5OYTA 2VA6A 3EL1A 5P1XA 3IGBA 2XFJA 1IZEA 5SY3A 1FG6C 1UH7A 3T7QA 5P2HA 5OYZA 3UPJA 5P3CA 4Y4UA 4Q5MA 1TCXA 1WBMA 4EJKA 2AOIA 1RL8A 2A4FA 3O9GA 5OZBA 1B5FA 3Q70A 3GI0A 1ZLFA 2R43A 3PLLA 4ACUA 3PMUA 2RKFA 1MUIA 4CKUA 5P5EA 4RVIA 3OUBA 4FM6A 3TPPA 1Z1HA 2HIZA 4Y4TA 4J0PA 2NPHA 1T3RA 1D4YA 2Q11A 1ZPAA 3KDDA 1AZ5A 4Y3FA 5P1NA 5I3VA 2HPEA 5P6BA 4QJ8A 2QK5A 2QD6A 2UXZA 4IVSA 1XL2A 4Y3TA 5KQZA 2RMPA 2Q5KA 4RVXA 3O9FA 2V16C 1KJHA 1KJFA 2JYSA 4DPFA 3EL5A 4Y4WA 4U7QA 3G70A 4I0IA 2I1AA 2CEJA 1SIPA 3OXVA 3TPJA 4Z4XA 5OZFA 5P61A 5P8HA 3OADB 3WSJA 1F7AA 1SIVA 4Y3NA 1MPPA 5P28A 5OZUA 1HVHA 5P1MA 2G1NA 2WF2A 4R5NA 1M43A 3SQFA 4ZSMA 3GI5A 5P7WA 2ZHSA 5KAOA 2G24A 1APVE 2BQVA 3RU1A 1HPXA 2WEBA 3FNTA 5P7BA 2AVVA 2HB4A 7HVPA 4H1EA 5J25A 2QI3A 3EKTA 4RYCA 1AXAA 1QS8A 5OZQA 2FS4A 4TRWA 3QRVA 2NXMA 1SGUA 3CKRA 1GVVA 2EWYA 5CLMA 4FGXA 4FRJA 1ODWA 2I4VA 3ZPUA 4Y47A 5P5WA 5PEPA 5DGUA 4Y4EA 1MT7A 2QZKA 1FKNA 5P26A 5OYYA 3Q3TA 3OQAA 1A94A 2JJIA 2VKMA 1HVRA 3NYGA 5P06A 4NPUA 1AAQA 3D1XA 2G27A 3IVHA 4J0VA 1MT8A 4OC6A 4K4RA 3VLAA 4APRE 4TVHA 1YM4A 2O4PA 3ZKIA 3PLDA 3UQRA 4EP2A 4DJOA 4K8SA 3CMSA 3HW1A 5P85A 3NXNA 4Y3ZA 3HLOA 1ZP8A 4CPTA 5AHBA 5P27A 5P3XA 1AJVA 4J0YA 2P3DA 3PCZA 5P8FA 5P7SA 4YD7A 4ZPFA 3WZ6A 2ZHTA 5P01A 2OF0A 1ENTE 2OHLA 5P1WA 5P87A 3SA8A 2F3EA 3OU4A 5P2WA 5P5AA 5OYSA 3RSVA 2QZWA 4RCDA 2P83A 4I11A 5P1QA 2OHSA 3VF7A 5P6XA 3D1ZA 4Y3QA 3OUDB 4LXAA 3D3TA 3ZKSA 1EC2A 4Y39A 2P3AA 3VCMA 4DPIA 2Q64A 4R8YA 3IVIA 3RVIA 2R38A 5P36A 5JODA 1T7KA 5P4XA 4RCEA 3G72A 3OK9A 5OZCA 5P8OA 3PMYA 4J1FA 5CONA 5OYVA 5P4QA 5P0EA 4Z2ZA 1UH8A 2JJJA 5P6FA 5P14A 3ZL7A 5P23A 4H3GA 1TW7A 4WTUA 2I0DA 3N3IA 3BUGA 5P8TA 5P57A 5P67A 1T6GA 3H0BA 5P0AA 2A1EA 4HDPA 2Z4OA 5P1SA 5P5RA 5P80A 1FMBA 4I12A 2ER6E 5P5QA 4XX4A 3EL0A 5AHCA 1BXQA 4E43A 5P5ZA 3HBOA 5OZ6A 4Y5MA 4Y57A 4J54A 5P0TA 4Y4BA 1HIIA 3PSGA 5DR1A 2IRZA 5I3YA 3PM4A 2NTRA 3VV8A 3K4VC 3KMYA 4DQCA 1B11A 5P0FA 1YTJA 2QAKA 5SY2A 5P7LA 3U6AA 4BEKA 4FAFA 1HXWA 4OD9A 5P3LA 5OZNA 4AMTA 3LIZA 5OYRA 3VF5A 3ER5E 1VIKA 5P1HA 3OUDA 1SBGA 4L6BA 2O40A 1RNEA 5P6TA 1LYAA 4FE6A 1ZSFA 4QJ9A 1HTFA 2ZJMA 1EPOE 5P8UA 2XYFA 3CKTA 5P6EA 3GGUA 4YDFA 1QBSA 5P1EA 3LPIA 4MC6A 2Z54A 3UDNA 5KOSA 1LZQA 4HLAA 3L5FA 2J9JA 4CPXA 4PYVA 1WBKA 5P58A 2AVQA 4Y6MA 5P8IA 3PWMA 2PMAA 5P8PA 1HTEA 2QNNA 3OOZA 1NPWA 2PYNA 2Q55A 5P79A 5HTZA 4HVPA 4CPUA 5P8NA 5P4IA 1FQXA 5OZHA 5P5VA 1RV7A 5P55A 1HEFE 1EPNE 5P4SA 3PCWA 3URJA 4DJXA 4Q1NA 4Y3XA 5P20A 3VYEA 5P39A 4EJLA 1AM5A 3GW5A 3URIA 1B6MA 3EKYA 4JOOA 5P4MA 2FGVA 3PSUA 5P41A 5P8AA 2AOHA 2ER9E 1EPQE 2QI4A 3SABA 4DUSA 4Y3MA 3GGXA 5OZGA 1M4HA 1FQ7A 4XKXA 1D4HA 4GIDA 4U8WA 2QNPA 2PSGA 5P7ZA 2Q63A 5P0UA 5P7MA 5EZZA 2O4KA 3MSJA 1PPME 3UF3A 2PK6A 5DQCA 1GVUA 4UPJA 1G35A 4DJWA 1FQ4A 2B7FA 2F80A 4F75A 1SDTA 2ZJIA 4NJSA 5P3BA 5P5IA 3DK1A 2PH6A 5P3NA 5P46A 3BGCA 1FEJC 4ZE6A 1FQ5A 1D4LA 5P0QA 1PROA 5P8MA 1IZDA 2HS1A 3L3AA 5F01A 2V10C 3OQDA 2ZJJA 3CYXA 2HAHA 5P16A 3F9QA 4KB9A 4KUPA 4K4PA 5OZVA 5P4UA 2AZ8A 2F3KA 3PSYA 2UY0A 2MIPA 5P6MA 2G1YA 5P1DA 2Q54A 2PSVA 4Q1XA 5KQYA 3KFRA 1OEWA 5P2UA 5OZEA 3T7XA 4EXHA 5P6CA 1Z1RA 5P42A 3BVBA 2G21A 4DQGA 2VIYA 4PHVA 1GNMA 5P3GA 3EM3A 1LS5A 4COEA 4LAPA 1HSHA 3VSXA 1YM2A 5P00A 1HSIA 1HVLA 3EBZA 5P5NA 4OBZB 3PWWA 5P7YA 1TZSA 3TOHA 5P76A 3OQFA 5DQ4A 5P19A 3UDPA 4X2LA 3Q6YA 4HEGA 3S8IA 5OZ3A 4YD4A 4ZEAA 5HDZA 3DUYA 1GVWA 1HPSA 3SO9A 4Z50A 4YBFA 5P2DA 4Y48A 5P47A 2ZGAA 5P8CA 3O9EA 1W5VA 3M9FA 2ER7E 2BPWA 5P2FA 4Y4ZA 1CMSA 2OHPA 5P3OA 4OBFA 3LHGA 2ZHRA 5P84A 5P7AA 3KT2A 4XXSA 2Q3KA 4BFBA 1M0BA 2ZJKA 4DI2A 4ZSPA 3CYWA 2BBBA 4JPCA 5P6RA 2H6TA 1FFFC 4I0ZA 2AOGA 1MT9A 1K2BA 3PBZA 3C9XA 5P22A 1QDMA 5P5LA 3ER3E 4ZIPA 2AOEA 4APEA 5P2JA 3G6ZA 3O9CA 3S56A 1PFZA 4J1HA 3IAWA 3R1GB 5P2NA 2R5PA 5OZ1A 5P05A 3SFCA 5AHAA 5BRYA 3PVKA 3KMXA 3WB4A 5P4LA 5P74A 3PRSA 5P68A 3APPA 3SACA 5DR7A 8HVPA 4ZPEA 4B77A 2PWCA 1XN3A 1BDLA 1FLHA 5P18A 5BWYA 1W6HA 1LV1A 1QRPE 3TH9A 3NUJA 5P3ZA 4NJUA 4Y3DA 5P32A 3BC4A 4Y5BA 3IXJA 3UDHA 1GKTA 4M8XA 2NMYA 2BPVA 4OBJA 1BBSA 3EKWA 3VFBA 4B1CA 2BPZA 3L5BA 4ACXA 4FIVA 2QI7A 2VA7A 4JP9A 5P83A 2FGUA 3NDTA 5P5CA 5OZXA 5P5PA 1XS7D 2R3TA 5P2OA 1D4IA 3DCKA 3KFPA 3D1YA 4WY1A 4L1AB 3K5GA 1YTHA 5P4NA 1MTRA 1BIMA 2AZBA 3LIYA 3TOFA 5C9BA 5P4JA 4KE0A 1QBTA 2QHYA 5KOQA 1B6LA 5P09A 1B6KA 2FDDA 1HVSA 4I8ZA 5P4PA 2BKSA 3I6OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZL A;  5P4A A;  2BPX A;  3QP0 A;  3DOX A;  5P7H A;  5COK A;  4YCT A;  3FX5 A;  1ME6 A;  3UDK A;  1B6J A;  1HIV A;  5P0R A;  4Y5K A;  1W50 A;  5P0C A;  2AOC A;  3OTY A;  4Y38 A;  2WF3 A;  4FRK A;  3SA3 A;  4DQE A;  2IQG A;  1E81 E;  1YTI A;  5DR8 A;  5P69 A;  3Q4B A;  7UPJ A;  3UDM A;  3BXS A;  3WB5 A;  4D83 A;  1XDH A;  5P3S A;  1XE5 A;  4OD9 B;  1EC1 A;  3OTS A;  3KT5 A;  3AUP A;  5KQF A;  5P29 A;  3OQ7 A;  5E5K A;  1CPI A;  3MXD A;  3NU9 A;  2WJO A;  4WY6 A;  5HD0 A;  5ISK A;  4RCF A;  5P6K A;  4GJ7 A;  4L7G A;  5JG1 A;  1LYA B;  5P2E A;  4X7I A;  3EXO A;  4Y53 A;  5P4Z A;  3O99 A;  5OZW A;  3VEU A;  1HVK A;  2P3B A;  3TPR A;  3OQK A;  5P63 A;  4D85 A;  5P4T A;  3UFN A;  4YD6 A;  1A9M A;  3OU1 A;  1K1U A;  3DCR A;  1WKR A;  2J9J B;  4Y36 A;  5P2R A;  4Y3E A;  5ER2 E;  6FIV A;  1F34 A;  1MES A;  3LIT A;  5P0X A;  1BV7 A;  4RRS A;  5P7U A;  5P62 A;  2V0Z C;  5P65 A;  3KYR A;  5P44 A;  3IXK A;  5P13 A;  3VSW A;  5P1F A;  4LP9 A;  3FNS A;  2WF4 A;  5OZI A;  4Y4X A;  5P4W A;  3HAW A;  4YCY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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