4CY8A

2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase (hbpa) in complex with fad
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
582
structure length
539
Chain Sequence
SAETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGINIEFSADLSSGDMYWMFRGVAALRMNKWICVEEKKIIHEIIGTDEIPEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGQAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structures of the Apo and Fad-Bound Forms of 2-Hydroxybiphenyl 3-Monooxygenase (Hbpa) Locate Activity Hotspots Identified by Using Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas nitroreducens hbp1
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 2-HYDROXYBIPHENYL 3-MONOOXYGENASE
total genus 179
structure length 539
sequence length 582
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.14.13.44: 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase.
pdb deposition date 2014-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4cy8A03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4cy8A01
2BK4A 1XANA 2XFUA 4K8DA 2YLTA 2YVJA 4LU6A 2BXSA 3UTHA 4CY6A 1H86A 3UOVA 2VRLA 1IJHA 3JSKA 2C75A 2JB3A 4FX9A 3AYJA 3FG2P 4FDCB 3RP6A 1DOCA 1RSGA 3AE8A 3K30A 1JRXA 4DNAA 3L8KA 2E4GA 3DJJA 3UKKA 1E7PA 3UP5A 1FOHA 5KXJA 5GRTA 4YTMA 2ZBWA 1GSNA 3NG7X 3BI4A 1L9DA 2EQ8A 1OJDA 2GVCA 3ITJA 2ARDA 3PO7A 1YY5A 2A87A 2GV8A 1YKJA 1EL7A 3VRDB 4K7ZA 5FS7A 3UOZA 1L9EA 2R9ZA 4IA5A 3II4A 1L9CA 2WP9A 2WESA 4NEVA 1K0IA 2VVLG 1F3PA 2GR3A 3LZWA 2C65A 2BS2A 5KOXA 2WOIA 4BK2A 2WDVA 4Y4NA 4CCRA 5CQFA 1PXCA 2JK6A 5IPYA 4USQA 1VG9A 1EBDA 4JY2A 3AD7B 4Z44A 4C77A 5BRTA 5HHFA 4EQXA 2R46A 4UDQA 4Z26A 2X99A 3AYLA 5J7XA 2YLXA 3AE3A 3BHFA 4JDRA 3UKFA 2GQWA 3AXBA 1H82A 2WU2A 1YQ4A 2YG4A 3NYEA 2RABA 4APNA 1NHQA 4OCGA 3DJGX 3CN8A 2JB1A 1TDNA 3CPIG 1O94A 3F8PA 3AE1A 3AD8B 3REDA 4Z2UA 2BC0A 3CNTA 1ONFA 2R0GA 1GRGA 1D4EA 2Q0LA 4C3YA 4EQRA 2DKIA 2NPXA 2GR1A 4ECHA 3F8DA 3M0OA 4GUVA 2YR4A 1KF6A 3GWFA 5BULA 2W0HA 1RYIA 3NK0X 3AE7A 3S5WA 5CKUA 2NVKX 1JOAA 2XLSA 3P4PA 5M10A 4RG3A 2XLRA 1QO8A 1W4XA 4N9XA 1NDAA 1GXFA 2YQUA 3KPFA 4X9NA 1CBOA 2WOWA 3NYCA 2BACA 3IHGA 4H4SA 3AE4A 3ALLA 1MXTA 1EL8A 1NAAA 3AD9B 3V3NA 4DSHA 2VVMA 1TYTA 1PJ7A 2YLRA 2WPCA 2BK3A 4FK1C 2C73A 3GD4A 3NHOX 2YM1A 3OZ2A 3PVCA 4H7UA 1NEKA 2Q0KA 3AEEA 4OPLA 1LQUA 3GRSA 1CC2A 2XCGA 5JCNA 2CVJA 2X8GA 2Z5XA 1EL5A 4B63A 2XLTA 2BC1A 1CJCA 2WEUA 1CJ4A 2C70A 4NTCA 1B37A 4YSHA 2A8XA 2XVEA 2FJDA 4TLXA 2IVDA 1QLBA 4YTPA 3SFDA 3GMCA 3CIRA 1F8WA 2VVLA 3CGDA 3QSEA 3VRAA 4B1BA 1N4UA 1E1KA 1PN0A 1TDKA 2GB0A 2GAGB 2XVFA 1NHRA 1YQ3A 1X31B 2RGOA 3QSSA 3ALMA 3SGLA 2C67A 4H4VA 5JCKA 3BNUA 4O5QA 2Y6RA 1IUSA 1AOGA 5U1OA 4C5OA 1GRHA 3UP4A 4CY8A 4K22A 4OVIA 2F5ZA 3DGZA 2E1MA 1OJ9A 1ZKQA 2C3CA 5L46A 2RGJA 3DMEA 2V6OA 1ZX9A 4OPTA 4K5RA 2EQ9A 1L0VA 3ICRA 2WHDA 3HZLA 4EQWA 4X9MA 5JCMA 2Q6UA 2TPRA 1RP0A 1GV4A 5BUKA 2YLWA 3LXDA 1NG3A 2APGA 2AQJA 2BS4A 3K7QX 3CPHG 2GEWA 4JNAA 4TM3A 4A6NB 4WCTA 3BI5A 4H4WA 1BGNA 2XVHA 1DOBA 3C4NA 1S2YA 2XVIA 3NIXA 4OPIA 1LJ1A 1O95A 4H4YA 4TM4A 4WX1A 1F8SA 2XLPA 4U8LA 1K0LA 2YLSA 3LZXA 3NTAA 3NNEA 3P4RA 4EIPA 2XFOA 4J57A 2OA1A 1BWCA 4CBQA 5FMHA 4E0VA 4XWRA 2XYOA 2YVFA 1K4QA 4J33A 4TM0A 5M0ZA 4Z43A 2WBAA 3ADAB 4TM1A 2C72A 4OPUA 3UCLA 4YKFA 4U8IA 2DKHA 1E39A 2X50A 1FL2A 4JN9A 2GMJA 1CC4A 1YQZA 2WQYA 3RP7A 4A6NA 3L1RA 4YSYA 1GOSA 4EM3A 2VQBA 1IUVA 1CJ3A 3C96A 3CPJG 3QVPA 1B8SA 1ZOYA 1DOEA 1KNRA 4IVOB 3AEAA 1PXAA 2BS3A 4NTEA 2WS3A 4OPCA 3IC9A 3KVEA 3V3OA 3BI2A 2XDOA 1Z6LA 2GR2A 4BV6A 4AOSA 3B6DA 4CRTA 2YG5A 4O5UA 2R45A 2C64A 4USRA 1TDFA 4U8OA 2UZZA 1JU2A 1JNZA 2FBWA 3ICSA 4GF7A 3D1CA 4H4RA 3ICTA 3AEBA 4UDPA 2C3DA 1VG0A 2BA9A 2WDRA 3KKJA 1IUXA 4Z2RA 4H4ZA 4YT0A 1LVLA 1E1NA 2E5VA 1BGJA 2FJEA 2V60A 1TRBA 2V3AA 3O0HA 2GH5A 1V59A 4JY3A 2GQFA 4AT2A 1DNCA 1MOKA 1PBEA 2CULA 3NT6A 3NGCX 1NHSA 1GRTA 2ACZA 2TMDA 4KX6A 1E1LA 1XPQA 2PHHA 4EMIA 1P2HA 5FS8A 3AE6A 4CNJA 3T37A 3KA7A 3CGBA 3ALJA 1ZK7A 1N4WA 3VR8A 3QJ4A 1GESA 2YR5A 1BF3A 2WP6A 3ATRA 3DK9A 1FEAA 2VZ2A 4CCQA 4GCMA 1NENA 1ZP0A 4B69A 3AYIA 2OAMA 3URHA 3V76A 2GMHA 2YWLA 2WP5A 5TR3A 1ELIA 3GSIA 3K7TA 1NPXA 1JEHA 1BZLA 3K7MX 3G5QA 3CNJA 4B68A 2BXRA 2GAHB 3DK4A 3FIMB 1IUUA 1K0JA 1ZDLA 4A7AA 4LIIA 4IVMB 2VQ7A 1CL0A 2OLOA 2ZZCA 4HB9A 3QFAA 4AP1A 3P9UA 3NKSA 1D7LA 4GDPA 3AE2A 1D7YA 3CNSA 4NTDA 2GRTA 3RNMA 2B7RA 1BKWA 3FBSA 3AE9A 1S3EA 3RP8A 1S3BA 2R4JA 2ZZBA 4XXGA 4TLZA 2Q7VA 1VDCA 2GF3A 4J34A 4H4PA 4BJYA 2CDUA 3UKPA 5JCIA 1GETA 5GSNA 1E1MA 4PAAA 2OALA 2YVGA 3AWIA 5C2TA 3GDNA 5HXIA 4YTNA 2FJAA 1DJQA 1IUTA 1OJTA 1TDOA 2FJBA 2JAEA 3I3LA 1GEUA 2IVEA 2YAUA 1OJAA 3CNPA 1GREA 4GRTA 4M52A 5EOWA 2WPFA 4OPGA 4ZN0A 4U8KA 1PBDA 5BVAA 4Y4MA 3BHKA 2BK5A 1CHUA 1GERA 3ATQA 1GALA 3P1WA 1GTEA 1FECA 3AEFA 4X4JA 4U8MA 1E6EA 1O5WA 3CGEA 2J3NA 4H4XA 2EQ6A 4J56A 3KD9A 2JB2A 1PXBA 4B67A 3ZYXA 3IWAA 3EAOA 3GYJA 1GT8A 1H7WA 4H2RA 5IQ4A 4Z2TA 2Z5YA 3EPTA 4GDEA 4AP3A 1QJDA 3QSMA 2XVJA 2YG7A 4A9WA 3AE5A 1LTXR 3GDPA 4EQSA 2JKCA 1PBFA 3ABVA 3SM8A 2C76A 4BK3A 1H6VA 2C66A 3VR9A 3NLCA 1Q1RA 4A5LA 1KNPA 1KSUA 2BCGG 2C7GA 2I0ZA 2WETA 3NH3X 4XWZA 3WE0A 1N1PA 4REKA 3F8RA 1VQWA 3OC4A 2EQ7A 3UKQA 1EL9A 2B9WA 1SEZA 3G5RA 3H8IA 2XFPA 1ZMDA 4EMJA 1MO9A 5DBJA 2WPEA 4H2QA 5ER0A 2H89A 5LV9A 4U2SA 1ZOVA 4B64A 1PBBA 3NRNA 3I6DA 4J2WA 4BURA 1KDGA 4H4QA 3DH9A 5JCLA 1M6IA 1H81A 2YG6A 3UOXA 2B7SA 2X3NA 2WOVA 4FK1A 1CC6A 3UKLA 2R0CA 3DA1A 5EBKA 5KRQA 2R4EA 1REOA 1VRQB 4A99A 4GR1A 1ZMCA 4K2XA 2QA1A 1GTHA 4D04A 4U8NA 4IA6A 2XFNA 1F6MA 1S2QA 3NK2X 2XFQA 3GRTA 3IHMA 4U2TA 4YWOA 4I59A 3VQRA 3KU9A 1PBCA 1B4VA 4AOXA 4U8JA 3NYFA 4UDRA 2A89A 1NHPA 2VOUA 1FEBA 3DGHA 3PS9A 5EB4A 3UTFA 3LADA 3IF9A 4J36A 5FS9A 3DJDA 2O9ZA 1DXLA 4KPRA 4B66A 1IUWA 1D5TA 2HQMA 3R9UA 1H84A 3UOYA 1GNDA 3C4AA 5EB5A 2VRMA 4B65A 3FPZA 2BCPA 4DSGA 4YKGA 5IQ1A 1M64A 4NEWA 1D4DA 1Q9IA 3AB1A 4I58A 3ISHA 4DGKA 3NN0X 2YG3A 1FCDA 2WU5A 4NZHA 3UKHA 1Y56B 5HYMA 4A65A 4A79A 3P4QA 4BJZA 3CTYA 4ICYA 3VRBA 2YR6A 2JBVA 2B9YA 1B5QA 1DJNA 2RGHA 3QVRA 3AECA 1PHHA 1H83A 5KWFA 1ZY8A 4EMWA 1GRAA 4RG4A 1Q1WA 1Y0PA 5U63A 1HYUA 3B3RA 4CNKA 4H4UA 3GD3A 4OPDA 1Y56A 4JQ9A 3AEGA 1PS9A 3H8LA 3M13A 1JRYA 4LA1A 4AT0A 1DODA 3Q9TA 4H2PA 1XDIA 3FMWA 5FS6A 4EIQA 3UTEA 2BYBA 4YSZA 1COYA 1KSSA 4ZCCA 4K5SA 4BK1A 1GRBA 3EF6A 4U2LA 4ZCDA 1P2EA 3NK1X 1GPEA 2CFYA 2GR0A 3D8XA 3LB8A 2Y6QA 3E1TA 5U25A 4YSXA 2BABA 3S61A 1TDEA 2H88A 4Z25A 1F8RA 1XHCA 1LV0A 4P9SA 3SFEA 4HA6A 4U8PA 1UKVG 2B9XA 4Z24A 3GWDA 3Q6JA 2AR8A 3COXA 2QA2A 4PABA 2OLNA 1PDHA 4H2NA 5KOWA 4UP3A 4YXDA 2PYXA 3CGCA 5C3JA 5J60A 3KLJA 4RSLA 3LJPA 2V61A 4JNQA 2B76A 3ZDNA 3CNDA 3G5SA 4C3XA 1LPFA 3UKAA 1LQTA 3DK8A 1NG4A 1JRZA 3EANA 3P4SA 1KFYA 3RHAA 1TYPA 2IIDA 1GRFA 3AEDA 1CF3A 3NTDA 1OJCA 4C74A 2X8CA 2X8HA 4J31A 5KVIA 3DJEA 3UTGA 1PJ6A 3GMBA 4EM4A 5HY5A 2ZZ0A 2YM2A 2R0PA 2YLZA 4IV9A 1H7XA 1JNRA 2XLUA 4H50A 3SQPA 3BNMA 4Y4LA 3M12A 2QAEA 2V3BA 3H4KA 2QCUA 3NN6X 5KVHA 1CJ2A 1D4CA 2WDQA 4D03A 1N4VA 3LOVA 4H4TA 3QFBA 1PJ5A 2AAQA 4MJWA 3GYIA 4ADWA 2V5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YCDA 2BXSA 2N5BA 3UOVA 1SD8A 1X9SB 3AYJA 3FG2P 4ACSA 2A4VA 3SYIA 1M2AA 2E4GA 3DJJA 5D96A 3CBUA 1YF0A 2C8UA 4FH8A 2IN3A 2ZBWA 1ABAA 4XIHA 4NV5A 2LTKA 4FIWA 2ARDA 1YKJA 3VRDB 1O81A 3KM6A 1PFOA 4K8MA 1PX6A 3UARA 1JZDA 1MDJA 3W6GA 2WESA 1KNGA 4FYUA 2GR3A 1K3OA 5GAND 2BS2A 5KOXA 2C65A 4GTUA 1U3IA 1WRYA 2B7KA 3D22A 1XW9A 4Z44A 5BRTA 4EQXA 5DJLA 1UVZA 2J9HA 3WGXA 2R46A 2WGRA 4MMMA 3UKFA 3R2QA 1H82A 3NYEA 3GTUA 4IQAA 2RABA 5EY6A 2JB1A 3ERGA 3BBYA 3F9UA 3MNGA 2IL3A 2BC0A 1GRGA 2IMFA 4EQRA 4ECHA 3QDNA 4EDYA 3ZITA 3GWFA 2W0HA 1THOA 2HXKA 3AE7A 4K7NA 2NVKX 5GSTA 6GSTA 2VOCA 2NVLA 1SJZA 2KHPA 2YQUA 4X9NA 1HQOA 4G9KA 2FUG2 3NYCA 4KNDA 4H4SA 3AE4A 3ALLA 1EL8A 1NAAA 1EEJA 1ZYPA 3AD9B 5HFIA 2VVMA 4FK1C 2C0EA 3OZ2A 3AEEA 2Q0KA 4OPLA 1LQUA 2CT6A 3WT1A 2GTUA 4TR3A 2GSTA 3F63A 1WJKA 4V2MA 4B63A 2O89A 2WEUA 2NBSA 1OYJA 4NTCA 4YSHA 1PSQA 1R7HA 2VCTA 3ZFBA 4BVXB 2XVEA 2DJJA 4YTPA 1YZXA 3SFDA 2QC7A 3FZ4A 2LNTA 1F8WA 3U5RE 3CGDA 4B1BA 1E1KA 2GB0A 5ECKB 4LL1B 2MZCA 4PTSA 3G7IA 3F8UA 3TKSE 3CRUA 3GKNA 2GZZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YCD A;  2BXS A;  2N5B A;  3UOV A;  1SD8 A;  1X9S B;  3AYJ A;  3FG2 P;  4ACS A;  2A4V A;  3SYI A;  1M2A A;  2E4G A;  3DJJ A;  5D96 A;  3CBU A;  1YF0 A;  2C8U A;  4FH8 A;  2IN3 A;  2ZBW A;  1ABA A;  4XIH A;  4NV5 A;  2LTK A;  4FIW A;  2ARD A;  1YKJ A;  3VRD B;  1O81 A;  3KM6 A;  1PFO A;  4K8M A;  1PX6 A;  3UAR A;  1JZD A;  1MDJ A;  3W6G A;  2WES A;  1KNG A;  4FYU A;  2GR3 A;  1K3O A;  5GAN D;  2BS2 A;  5KOX A;  2C65 A;  4GTU A;  1U3I A;  1WRY A;  2B7K A;  3D22 A;  1XW9 A;  4Z44 A;  5BRT A;  4EQX A;  5DJL A;  1UVZ A;  2J9H A;  3WGX A;  2R46 A;  2WGR A;  4MMM A;  3UKF A;  3R2Q A;  1H82 A;  3NYE A;  3GTU A;  4IQA A;  2RAB A;  5EY6 A;  2JB1 A;  3ERG A;  3BBY A;  3F9U A;  3MNG A;  2IL3 A;  2BC0 A;  1GRG A;  2IMF A;  4EQR A;  4ECH A;  3QDN A;  4EDY A;  3ZIT A;  3GWF A;  2W0H A;  1THO A;  2HXK A;  3AE7 A;  4K7N A;  2NVK X;  5GST A;  6GST A;  2VOC A;  2NVL A;  1SJZ A;  2KHP A;  2YQU A;  4X9N A;  1HQO A;  4G9K A;  2FUG 2;  3NYC A;  4KND A;  4H4S A;  3AE4 A;  3ALL A;  1EL8 A;  1NAA A;  1EEJ A;  1ZYP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2YCD A;  2BXS A;  2N5B A;  3UOV A;  1SD8 A;  1X9S B;  3AYJ A;  3FG2 P;  4ACS A;  2A4V A;  3SYI A;  1M2A A;  2E4G A;  3DJJ A;  5D96 A;  3CBU A;  1YF0 A;  2C8U A;  4FH8 A;  2IN3 A;  2ZBW A;  1ABA A;  4XIH A;  4NV5 A;  2LTK A;  4FIW A;  2ARD A;  1YKJ A;  3VRD B;  1O81 A;  3KM6 A;  4K8M A;  1PX6 A;  3UAR A;  1JZD A;  1MDJ A;  3W6G A;  2WES A;  1KNG A;  4FYU A;  2GR3 A;  1K3O A;  5GAN D;  2BS2 A;  5KOX A;  2C65 A;  4GTU A;  1U3I A;  1WRY A;  2B7K A;  3D22 A;  1XW9 A;  4Z44 A;  5BRT A;  4EQX A;  5DJL A;  1UVZ A;  2J9H A;  3WGX A;  2R46 A;  2WGR A;  4MMM A;  3UKF A;  3R2Q A;  1H82 A;  3NYE A;  3GTU A;  4IQA A;  2RAB A;  5EY6 A;  2JB1 A;  3ERG A;  3BBY A;  3F9U A;  3MNG A;  2IL3 A;  2BC0 A;  1GRG A;  2IMF A;  4EQR A;  4ECH A;  3QDN A;  4EDY A;  3ZIT A;  3GWF A;  2W0H A;  1THO A;  2HXK A;  3AE7 A;  4K7N A;  2NVK X;  5GST A;  6GST A;  2VOC A;  2NVL A;  1SJZ A;  2KHP A;  2YQU A;  4X9N A;  1HQO A;  4G9K A;  2FUG 2;  3NYC A;  4KND A;  4H4S A;  3AE4 A;  3ALL A;  1EL8 A;  1NAA A;  1EEJ A;  1ZYP A;  3AD9 B; 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