4D83A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bur436, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A02
2B42A 2XFIA 3DCRA 2AZ9A 5E5KA 1F7AA 4DQFA 3OWNA 1CMSA 5JG1A 5P1QA 4OD9A 3VYDA 1D4YA 5P67A 1FMBA 4GJ5A 5P88A 5P0NA 5P1RA 4QJAA 1SH9A 5P3YA 2QI5A 2OHTA 3QROA 2HIZA 3EKXA 1G6LA 1SDVA 2ZHTA 3HZCA 4J17A 2QI4A 2OHMA 4LAPA 4DJOA 5P17A 5C9BA 2WJOA 5P30A 1IBQA 2AVSA 3GI6A 1SGUA 4BFDA 1QDMA 3PBZA 3BRAA 2FNTA 5P7IA 5ER1E 5P3LA 3FSMA 2O4LA 2VIZA 1M0BA 3OUDB 5PEPA 5P16A 4GMIA 1N49A 4EPJA 5P1MA 3LZYA 4ER1E 5P7LA 4DJPA 5P3IA 1B6MA 5P5SA 1ENTE 4FIVA 4U8WA 5P6MA 2QD6A 1IZDA 5P25A 2PSVA 4Y44A 3ECGA 2G69A 5P1IA 3PEPA 3VG1A 3OTYA 5P3QA 4I1CA 1BV7A 5BWYA 1EEDP 1GVTA 3EL9A 5P6QA 1IZHA 2IENA 4Y3EA 3R0WA 2VA7A 4M8XA 1ZPKA 1GVXA 2V00A 3S8IA 3HAUA 4Y5AA 3WSJA 2RKGA 2QZXA 5P7WA 4QJ7A 4TRWA 3G70A 3JVYA 4ZPFA 5P5GA 3WB5A 2F8GA 3UF3A 4NKKA 1HVSA 5P8LA 3OUCA 4K8SA 5P8UA 1DMPA 3LZSA 3D1XA 5OZEA 4Y4BA 3LIQA 5COPA 4LXKA 5P1YA 3R4BA 5P2AA 5HDXA 4R93A 3PB5A 4XKXA 4ZEAA 4I0GA 2VNNA 4Y57A 4GJ8A 2ER0E 1FFFC 2XYFA 1HWRA 4ZSMA 3DV5A 3OXVA 2J9JA 1B6KA 2WL0A 1BDRA 3INEA 1ODYA 5P0SA 5P35A 3ZKMA 5P43A 3BGBA 3AUPA 5P05A 4B0QA 4FS4A 4Y41A 1EPNE 5P3TA 1APTE 3CYWA 1VIJA 5P8KA 4CPXA 5HE7A 3PMYA 1YX9A 3CIDA 1SMRA 4PEPA 4RYCA 5P0XA 4RROA 1PROA 3TL9A 5F01A 5P5YA 1MSMA 4Y48A 1AIDA 1WKRA 3KF0A 5DR4A 5P1FA 5P47A 3QRMA 3RTNA 5P52A 1IDAA 2G24A 4HDPA 1PSNA 5OZDA 5P4JA 5P1UA 3RTMA 3SLZA 3GI5A 5P73A 1TSQA 2RMPA 2QP8A 3ZPUA 5P1BA 4YDFA 5E5JA 4H1EA 4Y4GA 3UPJA 2NMYA 3ZKSA 1HPXA 2ER7E 4MC2A 3VFBA 3EKVA 1UH9A 1DP5A 4EJ8A 1K2CA 2P3BB 2BB9A 3S53A 3VSWA 2F3EA 4FCOA 5P4EA 1ME6A 1RNEA 5P8GA 2QU2A 3UFNA 5KOSA 3LINA 2Q11A 4D89A 4OC6B 2QHYA 5P0MA 5P4QA 3PHVA 4Y5NA 2R5PA 3L5DA 4YCTA 2FDPA 2CENA 5P8TA 5F00A 5SY2A 2Q15A 4LP9A 5P5DA 5P5PA 3URJA 3KMXA 2V13A 2XFJA 1LF4A 2P8HA 5P56A 5P85A 1HBVA 2AZBA 2BKSA 2G22A 5P2VA 4RCFA 4DQBA 4OBZB 5P7UA 3JW2A 4TRYA 3HAWA 5P5CA 1YT9A 2WF3A 5P0YA 4K4QA 1HSGA 5P6UA 3L59A 5P69A 5P74A 2WECA 1XL5A 4I11A 4FM7A 5P7FA 4OD9B 3PCWA 3OTSA 5P27A 4Y4TA 3PI5A 1OEXA 5P2CA 4R91A 4EXHA 2NMZA 2ZHSA 4EWOA 5P4TA 5P5RA 5P4IA 3BVAA 1MVPA 4FL8A 3PSYA 5P6RA 1HVRA 5P2WA 3T3CA 1ZJ7A 5P0KA 4AA9A 2I4XA 2R5QA 3D1YA 5P0BA 3UDYA 5P5VA 2AVMA 4DJVA 5P5UA 3GGAA 3LZVA 5P48A 1HTRB 4Y5BA 4IVTA 2EWYA 1SDTA 5HCOA 2P83A 5P3BA 1TSUA 4YBIA 1IVQA 3Q4BA 2FNSA 5AHBA 3L3AA 3NWXA 1D4IA 4YDGA 3S7MA 1EBYA 2ANLA 3BHEA 4DJWA 5C9DA 1D4LA 1M4HA 5P44A 5P7TA 1K6TA 1XN2A 5P53A 2I4VA 2APRA 4EXGA 3I8WA 1DIFA 1DPJA 2NTRA 1SIPA 1IZIA 4YE3A 5DR0A 4CPUA 3O9LB 1XDHA 5DGWA 2BPZA 5OYWA 3ZKQA 1PFZA 1EPOE 3LNKA 4BEKA 5SZ9A 2AIDA 4Y38A 1MIQA 3ZOVA 5P89A 1QBRA 5P8IA 4J0ZA 5P7ZA 2WEBA 1B6PA 1KJGA 3MXEA 5P4KA 3PMUA 1YM4A 3S43A 5P7DA 2QI1A 4BFBA 2WEZA 1FG6C 5OZ6A 5P0DA 2AOGA 4NJUA 3LITA 2R8NA 1PPME 2H6TA 2G20A 3WZ7A 5P1VA 3UDNA 4LC7A 2ER6E 5JFUA 1W51A 4Q5MA 2QAKA 2J9JB 4NJSA 1B6LA 4B72A 1FLHA 4APRE 5P2UA 5IE1A 5P8EA 5KR1A 2I4QA 3EL5A 4J0YA 5P0GA 3I7EA 5OZJA 1ZAPA 2OF0A 5P8DA 4D88A 5B18A 5P79A 1HTFA 1GVVA 9HVPA 4ZSRA 4YCKA 5P2RA 2AOCA 5P0FA 2VJ6A 4MC6A 4Y50A 3T11A 5IVRA 4EJLA 3ZLQA 5P14A 5DQ2A 5P09A 3PJ6A 1E81E 3VYEA 4GJCA 3JVWA 4COEA 1BAIA 4DUSA 1HPOA 1JLDA 1GVUA 2FGUA 1T6GA 4KE1A 5P66A 1EBZA 1B5FB 3OU4A 1CPIA 3INHA 1BVEA 1BVGA 3HBOA 5I3XA 1GNNA 1LF2A 5P2QA 1LS5A 4B78A 4B00A 5COKA 5P3UA 4H3FA 2XFKA 1C6YA 5P2DA 1D4JA 3S85A 3EL0A 4J0PA 2PSGA 3NLSA 2CEJA 2Q54A 4M8YA 4L7JA 5P7HA 5EZZA 1MERA 2OHSA 3EM6A 5P83A 3PWMA 4RLDA 2PWRA 3OXCA 5P6GA 1IDBA 2A1EA 3IA9A 2XYEA 5IVQA 2IKUA 4Y9WA 1MSNA 1EC3A 2A4FA 5P8HA 3L5EA 4FM8A 1A9MA 5P8VA 2WF4A 5OZTA 4J54A 3A2OA 4GIDA 3QBFA 5P7XA 4CP7A 4B1CA 3L58A 2QD8A 1YG9A 5JFPA 3PLLA 5P8BA 1IVPA 4R8YA 3SFCA 3ER3E 3DV1A 5P6HA 3N4LA 1UH7A 3OGPA 5P7NA 1LYWA 3VF7A 4RCEA 5KOQA 5P1ZA 3EXOA 2VIEA 5P39A 5P3HA 5P0WA 1A30A 3UDHA 3APPA 4HDFA 3L5CA 1Z1RA 5HDUA 5P6SA 4QJ2A 4Y3NA 3UQPA 4CPQA 5P0VA 1HVKA 2AOIA 1K6VA 2O40A 5P20A 3UDPA 4QJ6A 1MPPA 2QNPA 3IGBA 1TCWA 3OY4A 5P86A 1MT7A 3RVIA 3BVBA 3FNUA 5P33A 1QS8A 4TVGA 1FG8C 4GYEA 4QJ8A 2J9KA 4Y35A 2AOJA 1FB7A 3QN8A 5OYQA 5P0QA 4FLGA 4ACUA 3GGVA 2QMGA 5P8JA 3QVCA 4DFGA 5P5QA 4OBDA 3L5BA 1FIVA 2NR6A 1W5YA 4Y3FA 2UY0A 3SABA 1RQ9A 3PGIA 4FAEA 5KAOA 5P5IA 5KQFA 5P84A 3SPKA 1MT8A 4F73A 5P15A 2IGXA 4I12A 5P34A 2QCIA 2FIVA 5OZSA 3R1GB 5CONA 3NU9A 5P6IA 4Q1YA 3RTHA 1C70A 4GJAA 5P03A 3EKTA 4H3GA 5P3VA 4PHVA 1SBGA 3OQKA 4Y3MA 1APWE 4FE6A 4B05A 5T4SA 4FRKA 3HVPA 1YTGA 3S43B 4AMTA 1LV1A 4U7VA 5P61A 4Y6MA 2IEOA 5P7PA 3DOXA 3Q5HA 1ER8E 5P4PA 3ZPTA 3ZKIA 1W6HA 3FIVA 4AZYA 1BXOA 4YHQA 2I1AA 5P70A 2JXRA 5KQYA 1MESA 4DJUA 5P1NA 1VIKA 5DQ1A 4E43A 1AVFA 2UXZA 5P0ZA 2RENA 1K1TA 1C6ZA 2JE4A 3IN3A 4RCDA 5ENKA 5HE5A 1D4SA 3LPJA 5DR8A 3SA6A 3NDUA 5P2KA 5P0EA 3U71A 5P5WA 5AH8A 1A8KA 2QI0A 2Z54A 4Y5PA 5P7VA 1C6XA 5OZZA 1BXQA 3DCKA 2AVVA 4GJDA 3TOFA 1QRPE 5P7YA 5P0RA 5P4WA 1FMXA 3UTLA 3K5DA 5AH6A 5P4BA 4HDBA 1HIIA 3VEUA 4Y3LA 5P2HA 4HA5A 1YM2A 5DPZA 1GKTA 5P0JA 1EPQE 3TLHA 3BXSA 5P8OA 1AJVA 4YD7A 5ISJA 1HXBA 3IXKA 3FX5A 4NJTA 1T7KA 1TW7A 5I70A 4EJDA 3RSXA 4HE9A 4APEA 3MSLA 1IIQA 3PSUA 5P75A 5P55A 4DJQA 5P60A 2JJJA 3SA8A 1FQ5A 1ZSFA 2B60A 3KFRA 3UQUA 2AOFA 1AJXA 3KFPA 5P6XA 2ZHRA 2V11C 3O9HA 2VIJA 4ZE6A 1ZLFA 4Q1NA 5P4UA 3LZUA 5P5JA 1APUE 3QS1A 4J1EA 4FRJA 4FSEA 3EMYA 3K4VC 5KR8A 4PZXA 3TPRA 2B8VA 2HS1A 3PCZA 4RGHA 5P3JA 3LPKA 1FQ6A 5P08A 1AAQA 1NSOA 4Y3HA 3B7VA 5P7MA 5EZXA 5P6VA 5P7QA 5OZKA 1AM5A 3UDRA 5OZXA 2OHPA 3GI4A 1LYWB 5P8QA 1LEEA 3WB4A 1HVLA 5KQXA 2R43A 2FDDA 4A4QA 1HPVA 5P3KA 1HXWA 1RV7A 3INFA 4GB2A 4Y56A 5P8AA 5P2ZA 1HVHA 2R9BA 5P4VA 3NDXA 5P7RA 5P6YA 3S54A 2NNKA 1W5VA 1NPVA 2UPJA 4Y4UA 3OUAA 2BKTA 2V0ZC 5OZFA 1KJFA 4OBKA 3FNSA 3CKTA 3KA2A 4DQEA 5P6WA 3L38A 5P4YA 3O9CA 8HVPA 2ZJLA 2WF2A 3VFAA 4TRZA 1FF0C 4Y37A 5P64A 4YD5A 2QNNA 3D20A 5P5LA 1UPJA 5DQ4A 5HVPA 4Q1XA 5P01A 3K4VA 4YD6A 3INDA 1NH0A 3SA4A 5P5XA 3H5BA 4GJ7A 7UPJA 1HEFE 2QI7A 5P13A 5P81A 2QZWA 2HAHA 5P24A 1HTEA 1FMUA 5APRE 3CKPA 2AVOA 3OK9A 1FQ4A 5P6PA 3S2OA 3BXRA 4WY1A 3UDMA 5FIVA 4CPTA 5OYTA 3DUYA 5P1TA 3PSGA 3MSJA 4ER2E 1XL2A 1HRNA 2PQZA 1LYAA 2ZDZA 4X7IA 5P1AA 5P1KA 1F34A 4Y45A 4JECA 4MC1A 4Z22A 5P0PA 5P0HA 3H0BA 1T7JA 1G35A 4FRIA 3TPLA 3OU3A 3VUCA 3R0YA 3EKYA 5P7SA 5P5HA 3IVIA 5ENMA 3LIVA 1W5WA 4EQJA 4GJBA 4RZ1A 5TOLA 3TOGA 4F75A 3KFSA 3UQXA 2VA6A 3SM2A 3ZPSA 4DQHA 2B8LA 5P3RA 5P65A 4PPHA 3NXNA 2R38A 3NUJA 2ZJJA 5P6NA 4EYRA 5P6BA 2PWCA 2G1NA 5P7EA 4I0HA 3D1ZA 5P2SA 5P40A 3T6IA 1ZBGA 4Z50A 5P00A 3T7XA 2V16C 4Y4XA 4DJXA 1NPAA 5P0IA 1YTJA 2CEMA 5P3CA 1HPSA 2FLEA 2Q55A 3OOTA 2B7FA 3SA3A 4Y54A 3NU3A 1DAZC 5P37A 1FQ7A 3RSVA 2Q3KA 3ST5A 3TTPA 5DR3A 1GNMA 3IXJA 2RSPA 5P4DA 1FFIC 5KR0A 3NU4A 5OZ8A 4CPSA 2WF1A 2V10C 3TPJA 3TH9A 2BQVA 5P2FA 5P0TA 2AVQA 4L6BA 4HEGA 5P5AA 1EBWA 3NU5A 1ZPAA 1CZIE 4WY6A 3NWQA 2ZJMA 1AXAA 5P4MA 1LYBA 2VIYA 3K5FA 5OYYA 4RRNA 1RL8A 1ZTZA 5P2BA 5P4XA 5P0AA 3OOZA 4YA8A 5P10A 5P5KA 5P58A 1WBKA 6FIVA 4Y5EA 5OYUA 4ZPGA 2Q64A 5P11A 5P5EA 2QU3A 3O9AA 3NUOA 2FS4A 4F74A 2OHQA 1EC0A 1B11A 3NU6A 4KE0A 3Q3TA 2VJ9A 2AOHA 3TNEA 3KN0A 5P1XA 4DVFA 5CLMA 3OADA 4HLAA 4Y36A 4Y3YA 5OZ9A 3B80A 3QRSA 3QVIA 1BBSA 4ZSQA 1FKNA 1YTIA 4AUCA 1MTBA 1K6CA 1HHPA 1HIHA 4L7HA 3S7LA 3L5FA 3BUHA 4DPIA 2ZHUA 3ZKGA 5KR2A 4B77A 1Q9PA 2VKMA 2AZCA 3QP0A 4CPWA 5AH7A 4WTUA 2WKZA 5C9FA 4J1CA 3OUBA 4Y4JA 4D83A 5OZ2A 1T3RA 2I4WA 2O4KA 3OQFA 5P4GA 5I3YA 5AHCA 5P3WA 3SA7A 4S1GA 4IVSA 4K4RA 5P49A 5OZ1A 3M9FA 4QLHA 4OBHA 2QI3A 1BV9A 1E5OE 4I0EA 2BPYA 5KQZA 2FXEA 3EKWA 3QI1A 5P87A 1HEGE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B42 A;  2XFI A;  3DCR A;  2AZ9 A;  5E5K A;  1F7A A;  4DQF A;  3OWN A;  1CMS A;  5JG1 A;  5P1Q A;  4OD9 A;  3VYD A;  1D4Y A;  5P67 A;  1FMB A;  4GJ5 A;  5P88 A;  5P0N A;  5P1R A;  4QJA A;  1SH9 A;  5P3Y A;  2QI5 A;  2OHT A;  3QRO A;  2HIZ A;  3EKX A;  1G6L A;  1SDV A;  2ZHT A;  3HZC A;  4J17 A;  2QI4 A;  2OHM A;  4LAP A;  4DJO A;  5P17 A;  5C9B A;  2WJO A;  5P30 A;  1IBQ A;  2AVS A;  3GI6 A;  1SGU A;  4BFD A;  1QDM A;  3PBZ A;  3BRA A;  2FNT A;  5P7I A;  5ER1 E;  5P3L A;  3FSM A;  2O4L A;  2VIZ A;  1M0B A;  3OUD B;  5PEP A;  5P16 A;  4GMI A;  1N49 A;  4EPJ A;  5P1M A;  3LZY A;  4ER1 E;  5P7L A;  4DJP A;  5P3I A;  1B6M A;  5P5S A;  1ENT E;  4FIV A;  4U8W A;  5P6M A;  2QD6 A;  1IZD A;  5P25 A;  2PSV A;  4Y44 A;  3ECG A;  2G69 A;  5P1I A;  3PEP A;  3VG1 A;  3OTY A;  5P3Q A;  4I1C A;  1BV7 A;  5BWY A;  1EED P;  1GVT A;  3EL9 A;  5P6Q A;  1IZH A;  2IEN A;  4Y3E A;  3R0W A;  2VA7 A;  4M8X A;  1ZPK A;  1GVX A;  2V00 A;  3S8I A;  3HAU A;  4Y5A A;  3WSJ A;  2RKG A;  2QZX A;  5P7W A;  4QJ7 A;  4TRW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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