4D85A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bvi151
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d85A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d85A02
1D4JA 4RGHA 3ZMGA 1DP5A 4CP7A 5P7DA 3GGVA 2V16C 3VYEA 5P0KA 2IKUA 3SA4A 1HVHA 5ENMA 1EBWA 4GJ5A 1FEJC 1YG9A 5P4XA 4GYEA 5SXNA 5P3QA 3I2LA 3K5CA 5P2KA 5P0HA 5P7LA 4DJVA 4H3IA 3KM4A 3SPKA 5P3HA 4I10A 4DQGA 3OAGB 3SLZA 3H0BA 3BRAA 2ZJMA 5P14A 2J9JB 5P1YA 2IENA 4EP3A 2IKOA 3UHLA 1TCWA 1JLDA 4QLHA 3HLOA 8HVPA 5PEPA 3EKVA 3IXKA 3ZPTA 1KJFA 4ER2E 5P44A 4L1AB 1SMRA 4J5JA 4Y43A 2AVQA 1DAZC 4Y51A 3CKTA 4Q1YA 3FNSA 3OU4B 5P2OA 1XE5A 4CPTA 5P1FA 4Y41A 2IEOA 3ZOVA 2WF4A 3GGUA 1DMPA 3HW1A 2Q64A 4Y3AA 3TLHA 1LS5A 2ER9E 5P8SA 4J1FA 5P5SA 1LYAA 3BVAA 4NPUA 5P0PA 5P3VA 2AOGA 1ZBGA 2SAMA 3PCZA 1IBQA 1YTGA 3QRVA 2AOIA 1MEUA 2G69A 5P6JA 3OTSA 1UH7A 4J54A 1OHRA 1MSMA 4I0DA 1U8GA 5P8CA 4MC6A 4FAEA 2AVSA 2I1AA 2G20A 2ZGAA 3GI6A 4I8ZA 5P3JA 4EQ0A 1MSNA 1YX9A 5P42A 3A2OA 5P83A 5P5TA 5P5WA 3ZPSA 1LV1A 4GJ6A 4ZLSA 3NWXA 5OYTA 1T7IA 1EPOE 5P2ZA 2R5PA 1XL2A 5P7TA 4Y53A 5P5LA 2NMYA 1QBTA 4Y56A 2ER6E 5OYVA 3NU9A 4GJAA 3OU3A 3FV3A 4J0ZA 3CYWA 2V13A 5P3OA 1F34A 4D89A 4DFGA 2VJ9A 1HVLA 1IDBA 1RPIA 4ZSRA 5P7UA 1YTHA 2PQZA 1APVE 2QK5A 2R38A 4ZSQA 3U7SA 5DPZA 1PSAA 4RCDA 1XE6A 5P89A 2VIJA 3GGAA 2I4UA 1ZJ7A 3ZKXA 3OUDB 3NUJA 5P60A 3Q6YA 5P35A 5P41A 3EM3A 2XFIA 3VSWA 3K5DA 3SA8A 3KFPA 5DGUA 3NR6A 5P1JA 3O9DA 5P47A 5P1AA 4Z4XA 2PMAA 3URIA 2IL2A 2OHNA 4ZSPA 5P4VA 5DQ4A 3AIDA 4Y5MA 3G70A 1META 1Z1HA 4I0ZA 1UH9A 2G27A 2R5QA 3LPIA 1EC3A 2XFKA 5P59A 3IXOA 5P1BA 2Q63A 4FM6A 2BPVA 4DQHA 3AUPA 3EKTA 1FMUA 5P4DA 5OYUA 3PSGA 5P74A 3ZKNA 4CPWA 1HPXA 4DV9A 1OEWA 5P4TA 3S2OA 2WJOA 1HEFE 4I0GA 5P66A 3TOGA 4H3GA 3RTNA 3L5EA 4D8CA 5HVPA 1YM4A 5P02A 2UY0A 5ER2E 5P4ZA 1SBGA 4CPQA 4Y4DA 2ASIA 5P6LA 2QD7A 3PB5A 5P32A 1K2CA 3QBFA 4GJ8A 4Y5AA 3K1WA 3PWRA 1QS8A 3OHFA 2Z4OA 5P5JA 3N3IA 4HDPA 5OYXA 3GI4A 4DJYA 2B8VA 4J1EA 5CLMA 4YD6A 4TRZA 3QVCA 4YCKA 3L59A 3GGXA 4U8WA 1F7AA 3D20A 3KFSA 4COEA 1W50A 3SA9A 4Y4BA 1AJXA 4D88A 1NH0A 2XYFA 1EPME 2NR6A 3UDJA 3FKTA 1MT9A 2VIEA 1C70A 1FB7A 1LEEA 2AZ8A 2OHQA 2I4XA 3O99A 2FS4A 4YCTA 5P0YA 1K6TA 4YDGA 2VA5A 5P2UA 2Q55A 4Y4JA 1DW6C 4ACUA 2JJJA 5P28A 5P26A 5IE1A 5ISKA 1K6VA 3OHHA 1A9MA 2AQUA 3WB4A 4FAFA 2QI7A 3NDUA 5AHBA 5AH6A 4Y3EA 1LYBB 3GI0A 3LNKA 5P73A 3QAAA 1ZLFA 2V10C 3VUCA 1FQ5A 4YD5A 5P22A 3GI5A 5P5XA 5DQ2A 2QAKA 3S45A 4OBFA 2OHRA 2OF0A 5P2TA 5P7HA 4Y3GA 2O4PA 1LYWB 4RLDA 3BXRA 5KR8A 4Y5CA 1WKRA 3OXCA 5OZTA 2O4LA 3PMYA 1HPVA 3UFLA 1HIHA 5P5OA 1ER8E 3UDMA 2G1OA 2HB4A 3EL1A 3PI0A 4YBFA 4DPFA 1GVTA 5P3RA 1A8KA 2ZHUA 3WZ7A 1HBVA 5IVRA 1HTFA 3NU3A 3U71A 2P8HA 2NNPA 5P4HA 4DJUA 5P6PA 5OZ6A 5P3LA 1MVPA 5P39A 5P7AA 5OZHA 4QJ9A 3INFA 4QJ6A 4Y5PA 4BELA 3MWSA 3KT5A 5P2JA 3CKRA 3WZ6A 2WKZA 3OU1A 3SA6A 5TOLA 4Y54A 3QBHA 5P75A 5DR0A 1KZKA 3RVIA 1M43A 2PWRA 2B7ZA 3ZKQA 1Z1RA 5OZIA 5P05A 4Q1NA 1QRPE 5IVQA 1APTE 1T3RA 3H5BA 4Y4XA 5HE4A 2F3KA 4RVXA 4Z2ZA 3G6ZA 5P3TA 2RSPA 1BXQA 2O40A 5P5DA 2JJIA 3BGCA 1RL8A 4Y47A 2HAHA 1BV7A 1W6HA 4Y37A 4X7IA 4GJDA 3T7PA 5P5AA 1D4HA 4JOOA 2PK5A 5P0VA 4AUCA 5P34A 2B42A 3PGIA 4DI2A 1SH9A 3VG1A 4WY6A 1GVUA 2FNTA 5P6DA 3O9GA 2QHYA 2AVMA 2G21A 4OBJA 4FLGA 1HEGE 2P4JA 5I3VA 1TW7A 5JFPA 3OQFA 3EL9A 3NYGA 1AXAA 3EL5A 3IN3A 1AIDA 3EC0A 4K4QA 1PPME 4CMSA 1HTGA 3OUCA 2I4QA 4GJBA 2PSGA 3VF7A 2G26A 5KR0A 1IZDA 1ODXA 5P3MA 1LZQA 5P8GA 4OBDA 3INDA 5P61A 4XX4A 3OY4A 5P00A 3B7VA 3GW5A 4F73A 3BC4A 3JVYA 4A6BA 2WF2A 3IVHA 5HDVA 3C9XA 1HVCA 1AAQA 4B70A 5KOSA 2BJUA 1A30A 5P48A 1T6GA 2QU2A 4GMIA 5P1NA 3PSYA 1KJGA 3KN0A 5OZRA 5P09A 5OZYA 5P0EA 3KMYA 3VCMA 3U6AA 2RKFA 5P3UA 4DJRA 2G1YA 1T6EX 1VIKA 3FIVA 5P7EA 1M4HA 3T11A 4B77A 4A6CA 3EKWA 3IA9A 3L5BA 3QN8A 1BDLA 4YBIA 2QHCA 4RRNA 1HRNA 1XN3A 1LF2A 3OUAA 4PYVA 5C9DA 4EJLA 2RKGA 4F74A 5OZBA 2Q3KA 2QU3A 4GZFA 4IVTA 5DR4A 5P0UA 1HVIA 3I6OA 2ER7E 5HCTA 1HVJA 1FFFC 4Y4EA 3HVGA 3R0YA 2OHUA 3CICA 4OD9A 2IGYA 5P4MA 3PMUA 5P17A 1FQXA 3EKXA 5P25A 4QJ8A 5APRE 5OZSA 5P5BA 1SIPA 3FSMA 2HM1A 2Q11A 5P4GA 5P0IA 1WBKA 4HEGA 4Y44A 5P7JA 1HTRB 2VA6A 4I12A 5P8PA 5P3IA 5OZ5A 1QBSA 4MC2A 5P4FA 2Q5KA 5HCOA 2I0AA 1PFZA 3HAUA 3PWWA 4Y4ZA 3ZLQA 1FQ6A 3SABA 5P1WA 3T7QA 3LPKA 5P54A 1HIIA 1FMXA 5P36A 4OBHA 3SA5A 5IVSA 5P7ZA 4ZSMA 1B6KA 5I3XA 1MERA 5P4LA 4Y3RA 4NPTA 1ZPKA 5P3FA 2CENA 5P7FA 3OQDA 2A1EA 4Q1XA 2NMZA 4AZYA 5P1OA 2G1SA 5P0MA 3LZSA 1W51A 3Q3TA 3JVWA 1E82E 4Y45A 2B8LA 1J71A 5P38A 5OYYA 6UPJA 1AJVA 2G1NA 4UPJA 5P0AA 4LAPA 5P56A 4EXGA 1ODYA 4RCFA 4DJPA 2QZKA 5P20A 5P8OA 4Q1WA 5OZXA 3VFBA 4YCYA 2VIZA 3PLLA 5JFUA 5P2QA 5OZEA 5P8VA 1WBMA 1GNMA 5P8UA 2Q54A 5OZZA 3UTLA 4FSEA 4B1EA 2ZJIA 5P4AA 2QI3A 4HLAA 3ZKSA 2ZJJA 2FDDA 3UDYA 2BB9A 3UQPA 1BBSA 3D1XA 5P1ZA 1ZSRA 1ZAPA 3LIQA 4KUPA 3EM4A 2QZLA 3SQFA 3OXVA 5P1XA 5P15A 1MTBA 2VNNA 2WHHA 1EBYA 1EAGA 2Z54A 1FQ7A 1E5OE 3KDCA 1SDTA 4A4QA 2QI4A 4J0YA 3SA7A 3OAGA 5T4SA 1CMSA 3O9HA 3QVIA 5P7NA 5HE7A 3INEA 1HXWA 3DJKA 2J9JA 4RRSA 5P65A 4QJAA 3PVKA 1T7JA 5P3PA 1D4SA 2AVOA 4JPEA 3UQWA 2ZHVA 3TKWA 4FIVA 5P10A 5BWYA 1IZIA 5CONA 4L1AA 5P4KA 5P6NA 1BDRA 4RYCA 2BPXA 4Y5LA 3OU4A 4IVSA 4PZXA 3VYDA 2P3DA 3UQUA 4WY1A 5P1KA 2F81A 3PI5A 3O9LB 5OYQA 5AHAA 2HB3A 3IAWA 2F3EA 5OZ3A 5OZFA 5SZ9A 4I0FA 4TRYA 2WF3A 1Z8CA 2R3WA 5P3GA 2NXLA 4ER1E 1EPLE 5HDZA 4XXSA 2OHKA 2AOEA 1FG6C 5OYZA 5BRYA 3MSJA 3O9AA 4J55A 4NJSA 5I3YA 5P7CA 5P1PA 1B5FB 5P8KA 3TTPA 1OEXA 2HPEA 3B80A 5C9FA 3NXEA 2R8NA 3PLDA 4Y57A 5P6HA 5DGWA 1XS7D 3BVBA 3LINA 5COOA 5OZMA 5P2WA 3L3AA 4YDFA 1LF4A 2FGUA 1IVQA 4F76A 2WEDA 1MT8A 2MIPA 5P5MA 4DVFA 1CZIE 5P85A 1B6LA 2UPJA 1M0BA 5P81A 3ECGA 3LHGA 5C9BA 3PBDA 5P8IA 1FIVA 4FRJA 1C6YA 3IXJA 1FKNA 5SY3A 5P46A 2VJ6A 5OYSA 5P8JA 4XKXA 4Y3LA 1BIMA 3DUYA 5OZVA 1HSGA 5P87A 3NDTA 1PPKE 5P88A 3L5DA 3QS1A 3OUDA 5COPA 3S7LA 1OD1A 1KJ7A 5P0NA 3PWMA 3PM4A 5P0SA 2FDPA 4Y3MA 1CPIA 1RNEA 3S85A 1D4YA 4HDFA 3CIBA 1IIQA 4OC6B 4EJDA 5P8EA 2V12C 5KR2A 1SGZA 2OHPA 2ZE1A 2HS1A 2FLEA 2BPWA 2J9KA 5P80A 2BKTA 2OAHA 2JE4A 3BUGA 4LXKA 1MT7A 2FGVA 5AH9A 5ISJA 4B78A 5OZ7A 2FXDA 2QMPA 1HOSA 5OZWA 3KFRA 1HTEA 5HDUA 5P2NA 3LPJA 3MXEA 3OADB 5P5ZA 1K1UA 5P2VA 1G0VA 4DUSA 4YOBA 4QGIA 2BKSA 4Z22A 1D4IA 3LITA 2F8GA 5P8LA 3EL0A 3SKFA 5P7VA 2VA7A 1EPQE 2EWYA 2QMFA 5P6ZA 1FG8C 3D1YA 2A4FA 5P64A 5P8HA 3KFNA 4ZEAA 1MUIA 4Y38A 5P6TA 5P0GA 3VFAA 4Y48A 2IQGA 5BS4A 4B72A 4BFDA 1ODWA 3K4VC 5P6QA 1PPLE 4S1GA 5P27A 5P5QA 5P0DA 5AHCA 4K9HA 5P72A 5P0BA 4JPCA 5P5HA 3ZKMA 2VIYA 5ENKA 1XN2A 4TVGA 4EP2A 1W5VA 2QZXA 4H3FA 1C6ZA 5P7WA 5J25A 1KJHA 5AH7A 5OZUA 1FLHA 5P4BA 1ZSFA 2HPFA 5P16A 3OQAA 5P1LA 4LBTA 4LHHA 4AMTA 1HSIA 4Y3QA 5P06A 1GVVA 5P4PA 1MRWA 4FRKA 5F00A 5P57A 2O4NA 1HVKA 2HS2A 3EBZA 4R91A 3R1GB 4FGXA 5P0OA 5P37A 3TOHA 4FM7A 3URLA 4E43A 1APWE 1W5XA 3DV5A 5JODA 5P2LA 2AIDA 4DQFA 5P13A 5KR1A 1LYBA 3I8WA 3BHEA 3UFNA 5P0XA 2PK6A 5P7KA 3L5FA 4DQCA 2QZWA 5P78A 3TPRA 5P6IA 2QI6A 1KJ4A 4FRSA 5P2BA 4J1CA 5P1RA 4LXMA 1LYWA 2V0ZC 4JECA 1AZ5A 2B7FA 1LF3A 3OGQA 2XFJA 2QD6A 2NXDA 3VEUA 2ER0E 4Y3PA 2P3AA 3HVPA 4J0TA 3DOXA 3SACA 5P51A 3S7MA 2FNSA 2QI0A 3Q5HA 2ZDZA 1EEDP 3VLAA 3APRE 4Y58A 4Y3ZA 4AA9A 2NTRA 3VV7A 4Z50A 2PH8A 4OBZB 4RVIA 5P70A 2P3BB 4GJCA 2QHZA 2H6TA 3PCWA 1IVPA 1K6CA 1GVXA 5OZGA 5OZ0A 1HSHA 2IS0A 3TNEA 4I11A 2IGXA 1G2KA 3SAAA 3ER5E 4K8SA 1PROA 6FIVA 2OHLA 2AOHA 1GVWA 3IVIA 5P7OA 3S43B 5KAOA 4Y35A 4TRWA 1MPPA 2ZJKA 5P1DA 4RZ1A 4J1IA 2G22A 5P79A 5P1HA 4I0EA 1SDVA 1TSQA 5P4IA 3TPLA 3LIXA 5E5JA 5P3AA 1W5WA 2HC0A 2O4KA 2WEAA 5P7YA 5P23A 5P5YA 5P49A 3OWNA 3D3TA 5OZJA 5B18A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4J A;  4RGH A;  3ZMG A;  1DP5 A;  4CP7 A;  5P7D A;  3GGV A;  2V16 C;  3VYE A;  5P0K A;  2IKU A;  3SA4 A;  1HVH A;  5ENM A;  1EBW A;  4GJ5 A;  1FEJ C;  1YG9 A;  5P4X A;  4GYE A;  5SXN A;  5P3Q A;  3I2L A;  3K5C A;  5P2K A;  5P0H A;  5P7L A;  4DJV A;  4H3I A;  3KM4 A;  3SPK A;  5P3H A;  4I10 A;  4DQG A;  3OAG B;  3SLZ A;  3H0B A;  3BRA A;  2ZJM A;  5P14 A;  2J9J B;  5P1Y A;  2IEN A;  4EP3 A;  2IKO A;  3UHL A;  1TCW A;  1JLD A;  4QLH A;  3HLO A;  8HVP A;  5PEP A;  3EKV A;  3IXK A;  3ZPT A;  1KJF A;  4ER2 E;  5P44 A;  4L1A B;  1SMR A;  4J5J A;  4Y43 A;  2AVQ A;  1DAZ C;  4Y51 A;  3CKT A;  4Q1Y A;  3FNS A;  3OU4 B;  5P2O A;  1XE5 A;  4CPT A;  5P1F A;  4Y41 A;  2IEO A;  3ZOV A;  2WF4 A;  3GGU A;  1DMP A;  3HW1 A;  2Q64 A;  4Y3A A;  3TLH A;  1LS5 A;  2ER9 E;  5P8S A;  4J1F A;  5P5S A;  1LYA A;  3BVA A;  4NPU A;  5P0P A;  5P3V A;  2AOG A;  1ZBG A;  2SAM A;  3PCZ A;  1IBQ A;  1YTG A;  3QRV A;  2AOI A;  1MEU A;  2G69 A;  5P6J A;  3OTS A;  1UH7 A;  4J54 A;  1OHR A;  1MSM A;  4I0D A;  1U8G A;  5P8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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