4D88A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxq490
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d88A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d88A02
5P5ZA 3KDDA 5P5WA 1TW7A 1LYWB 4ACUA 2Q15A 5P45A 4Y4BA 2Z4OA 2PC0A 1D4KA 4L6BA 4U8WA 1ZLFA 5P2TA 1YTHA 2ZHUA 4R5NA 1EC0A 4CPWA 5P7WA 3DV1A 4A6BA 4Y4XA 4Y3MA 2IRZA 1HVRA 5P1TA 1TSQA 3WZ6A 3BUHA 3HDKA 4A6CA 4L7GA 4QJ9A 4ACXA 5DQ2A 2UY0A 4OBZB 5P2LA 4M8YA 5P3TA 5P02A 3I7EA 5KOSA 3CICA 5P5YA 2IENA 5P8BA 1WBKA 1YTIA 5B18A 3TOHA 2ZHVA 3T3CA 5OZFA 5P2WA 5IS4A 5P1NA 3IN4A 2P3CA 2G69A 2PWRA 4FIVA 4RLDA 3D1YA 2V16C 3TPJA 3QN8A 4IVSA 2G1RA 2PH8A 4Z50A 3EL9A 1F34A 5HDUA 1HXBA 4Y3EA 3UDRA 4DQCA 4GJDA 3PJ6A 3DK1A 5AH8A 4K4QA 2HAHA 4Y3QA 3G6ZA 5DR0A 3ZOVA 4FRKA 4Q1YA 5P8LA 4B1DA 3EBZA 1NPAA 4Y3AA 5KR1A 4GYEA 1IVQA 1NPWA 5P3YA 4QJ6A 5P3KA 5P10A 2QMDA 5P53A 5P8OA 2IEOA 5JODA 4DPIA 5P4MA 2PSGA 2HB3A 4ZSQA 2IL2A 3PCZA 4TRWA 5P1IA 2P3BA 5OZIA 4H3IA 5I3VA 2WEDA 1YT9A 3PSUA 4GJ7A 1HXWA 3L3AA 5P7EA 1DIFA 4I8ZA 1EPQE 3S43A 5P0CA 4YD7A 1HEFE 1ODWA 2Q64A 1B6LA 2I4WA 4S1GA 3NU5A 1W5VA 3NWQA 2AQUA 2WF4A 5P3XA 4B0QA 2BQVA 1QBRA 1EPNE 4B77A 3QAAA 4AMTA 3NUOA 2QD7A 2O40A 1MVPA 5P4LA 5P5LA 2B7FA 1META 5P01A 2AOCA 3ZKXA 5P7CA 2ZJNA 1HVKA 4JPCA 4DJQA 1BWBA 2FXDA 2QCIA 1FMUA 3UDJA 3Q4BA 3L5DA 3PGIA 4LBTA 5OZEA 5P83A 2QP8A 5P0ZA 2PYNA 1K6VA 2G21A 2F3KA 1C70A 3VSWA 5P7KA 3RTHA 3QBFA 4I10A 1T7KA 4Y6MA 5P5AA 5P5SA 5DGUA 5P6AA 4ER1E 3NU3A 3L5FA 4XX3A 5P32A 3CYXA 3HVGA 2VNNA 1BAIA 1CZIE 5P1GA 1IDAA 4PZWA 5JG1A 2NMYA 2JJIA 4FSEA 5P2MA 2RMPA 2ZJMA 5P7IA 1HWRA 1G2KA 4X7IA 5P8FA 5HDXA 1HTGA 5OZVA 2SAMA 4HDFA 4N00A 1LYBA 2ZHSA 3VF5A 4H3GA 4B1EA 5IVQA 1MT7A 2O4PA 5P0FA 5P3LA 2QZKA 3BVAA 3IXJA 5DR8A 5P0DA 3VUCA 1FMXA 5DQ1A 5P4VA 3PLDA 4R93A 5P5QA 4EXHA 2AOEA 3PHVA 4FRJA 5P3DA 4DVFA 4DUSA 3SPKA 3GW5A 5P5EA 1SDUA 4X2LA 4FGXA 1FG6C 2QD6A 2ZGAA 3S54A 5OZYA 1IZDA 4M8XA 5P33A 3VSXA 3SM2A 1RQ9A 4J1IA 1BDLA 3PI0A 1LYBB 5P07A 3APRE 2HC0A 2HB2A 5P4UA 2BPYA 1BWAA 4Y4UA 5P6JA 1QS8A 4F74A 4L7HA 5P67A 5HU1A 2G1NA 3DJKA 4RRSA 2WKZA 4Z2ZA 3NU4A 3SAAA 5P6KA 2R5QA 3GGAA 5P6UA 4J0YA 5P3UA 4DJRA 5BS4A 3NU9A 5KOQA 1IVPA 1FQ7A 2FGUA 4OBGA 4DH6A 4FAEA 2PH6A 4K4RA 3PCWA 2AOGA 5P1YA 4MC2A 5P5IA 2VJ7A 3MSLA 5P1KA 3B80A 5P2UA 4DFGA 5AH7A 5OZPA 1E81E 2V0ZC 5P54A 5P0UA 4DQFA 3D1ZA 1SP5A 3FX5A 5P2FA 5P4BA 6UPJA 5P0VA 5P4YA 3PI5A 1HPSA 1Z1HA 1FLHA 1W51A 3O9IA 2VIZA 5P0GA 5BWYA 1MRXA 2HB4A 1KJ7A 1K6PA 1RV7A 5P4GA 4J55A 3K5CA 4Y43A 3SA8A 1LS5A 1IBQA 5P7ZA 2PK6A 1Z8CA 3R1GB 5P31A 3TOFA 5P47A 1M0BA 4KE0A 2OHMA 3T7QA 4PEPA 2XFIA 5P2YA 2A4FA 5P6SA 4Y4EA 3NDTA 3SFCA 4Y57A 2WF3A 1M4HA 1HVHA 5OYYA 3KF0A 4QJAA 5BRYA 5P62A 1HPXA 4OBJA 3WZ7A 3R0WA 4YBIA 2QZWA 5P80A 2WJOA 2G22A 2OHQA 1YM4A 3MSJA 4Y4JA 5HDZA 5P3NA 3PSGA 5P28A 5P7JA 3TKWA 5P00A 4TVGA 5P77A 3LZSA 5AHBA 3KN0A 5P1HA 2P3AA 3RU1A 5DQCA 4EP3A 2B8LA 4XX4A 2AVVA 3BGBA 2BPZA 4RROA 3D91A 1U8GA 3R2FA 1XE5A 2O4NA 3VEUA 5KR2A 4NJSA 5P7OA 4RYGA 4EPJA 4DQBA 3OXVA 3ZMGA 3GI6A 5HD0A 5IVTA 5P6CA 5HDVA 3O9AA 4IVTA 4B05A 5P7VA 5P48A 3HLOA 3SA3A 4DJVA 5P3ZA 4EP2A 4BEKA 1W5YA 3OGQA 4NPTA 5P1EA 3Q3TA 2BJUA 1WKRA 2R43A 1HVCA 2G1YA 5KQFA 1D4JA 2HPFA 3WSJA 5P6WA 2G24A 2I4VA 1OEWA 3OXXA 4H3JA 2QNPA 3INFA 2FNTA 3KA2A 5P1DA 5P1FA 3NYGA 1CPIA 5AH9A 4PPHA 5P74A 2IGXA 5P5HA 1G35A 2ZJJA 3QP0A 1FQ8A 5P7XA 2HS2A 1IIQA 5P6HA 4Y5EA 3IVIA 4I0GA 3L5BA 5P7AA 4K4PA 3ST5A 1N49A 2JE4A 3OGPA 3OQ7A 2AIDA 3I2LA 2QI1A 5P15A 4BELA 3OK9A 4I0IA 1DMPA 4L7JA 4Y47A 3S7LA 5HE4A 5OZMA 4YCTA 5P3QA 3IN3A 3BVBA 4Y36A 4Y5AA 2Q11A 2PK5A 5P4IA 4J17A 2QNQA 3OWNA 2RKFA 5P2SA 1XL2A 5P13A 5P1WA 5COOA 5OZBA 2OHSA 5P69A 3U7SA 1SMRA 1MSMA 5P7BA 3UHLA 3PMUA 2QI4A 2QZXA 1EAGA 3BUFA 4APRE 4NJUA 3PVKA 5P4PA 1ZPKA 1B11A 4J1CA 1HVIA 2Q54A 3B7VA 3UQXA 4ZSRA 5P6XA 1A8KA 5P3HA 5P8TA 3FNTA 4DQEA 3OY4A 4DI2A 4RVXA 3VFBA 4GZFA 4MC6A 1DAZC 5P7LA 1EPOE 5P1LA 4Y3RA 5P2KA 1EPPE 4YBFA 3OAGA 5P8DA 3EKYA 4ZSMA 5P87A 5P3JA 5P1BA 4I11A 1FEJC 4APEA 4WTUA 1W6IA 4ZPFA 3TL9A 1K2BA 1FF0C 5OYRA 2G27A 3S2OA 3GGVA 2VS2A 1ZP8A 1Z1RA 3RVIA 1AZ5A 5C9BA 5OYXA 5P7UA 1LEEA 5SZ9A 5P2CA 3O9GA 5P2VA 5P7SA 1SGUA 1K1UA 3ZPSA 1KJ4A 2WEAA 2CEMA 5P2XA 1W5WA 5OZ5A 3OQKA 5P43A 5ISJA 5P7HA 3SM1A 2BKSA 4I0JA 5P20A 3OAGB 5P3EA 1YTGA 1MIQA 3ZKIA 3T6IA 5P55A 5P6QA 4Y48A 2PYMA 1HRNA 4ZLSA 1SDVA 5P8NA 1IZIA 1ZBGA 1Q9PA 4FSLA 3EMYA 1HPOA 3IGBA 5KR0A 4Y3HA 5P04A 4I0HA 3O9CA 3SQFA 1A94A 5P0NA 3DV5A 5SY2A 2OF0A 1HHPA 1T6EX 3SKGA 1JLDA 5CONA 3EL0A 5OYUA 1E5OE 5P8HA 4Q1XA 1MESA 3PB5A 5P5RA 2FNSA 3VF3A 2P8HA 3CKPA 1ZPAA 3EC0A 3FNSA 5P2GA 1D4HA 2WF0A 5P85A 4AA8A 1LF4A 4AUCA 4J0TA 2QHYA 5P4HA 3UDMA 5P39A 5P25A 1QBTA 5P84A 5P1UA 4EHCA 2VA7A 3UFNA 1SGZA 3IA9A 3NXNA 3H0BA 2AZCA 4CMSA 3HW1A 5UPJA 5P88A 3EKQA 3LPKA 2ZJKA 5P6MA 3HVPA 3BXSA 3SA6A 4I0EA 1LF3A 1RNEA 3ZKSA 2HM1A 2O4KA 4DJUA 4RCFA 1BDQA 2OHPA 2VA6A 5P7MA 2QI5A 4GMIA 5DR1A 3G70A 1RPIA 1IZHA 4I0FA 5P4ZA 3DOXA 3TPRA 5P1PA 3KYRA 5OZJA 5OZ8A 3S45A 3QRMA 2ZE1A 4D8CA 4Q1NA 4QJ8A 1NPVA 3URJA 2VJ6A 3UQWA 4Y5MA 3L58A 5P37A 4D89A 3M9FA 5P3VA 4Y45A 5P2IA 1SMEA 6FIVA 2IDWA 5P8VA 2B60A 5P7DA 5P0MA 1K2CA 4R91A 3BUGA 2B8VA 1F7AA 2VIJA 2P3DA 2IKUA 4Y3NA 1ME6A 4NJTA 3A2OA 4YD6A 3UFLA 2WECA 4LAPA 5P76A 3SACA 4Y3TA 1FG8C 5P2RA 1G0VA 3NWXA 5PEPA 2VIEA 1MT8A 5P66A 2J9KA 4TVHA 2QHZA 3APPA 2P3BB 5OZQA 5P42A 1ODXA 4DPFA 5P8PA 5OYVA 4Y4DA 5P89A 1AVFA 2QI6A 3S43B 2ER7E 4QJ7A 1D4LA 1EC3A 2IGYA 1TCWA 5OZCA 4RVJA 2ER9E 3JW2A 4CPUA 3QI1A 3AIDA 4R95A 3QROA 4YOAA 3SABA 3TPPA 1TQFA 1APTE 5EZXA 1EEDP 3PLLA 5OYTA 4UPJA 2Q63A 2I0AA 5P09A 2QAKA 3GGUA 4OD9A 3S53A 4LHHA 2H6SA 4CKUA 5P6BA 2EWYA 2QI3A 5COKA 2PQZA 4MC1A 2QU2A 2FDDA 4YA8A 5P40A 5P3AA 3OXWA 5P75A 5P6OA 2HPEA 4COEA 5KQXA 3K5FA 2NNPA 1ZJ7A 4HA5A 1UH8A 1MEUA 1DW6C 3UDHA 2ZJLA 3PBZA 4I0ZA 4YD3A 5IVSA 5P0IA 1W5XA 3WB5A 2A1EA 5P35A 3WB4A 1CMSA 4GJ9A 3TKGA 4QLHA 1BILA 3INDA 5P06A 1VIJA 2NNKA 3EKPA 2AOIA 5P0EA 3VV6A 5HU0A 5P7PA 2JJJA 3O9BA 5P59A 4Y58A 5P50A 5P4OA 4OBHA 3HBOA 2RKGA 3Q6YA 3OQFA 3OU4A 4Y3JA 1KJGA 4OD9B 4FCOA 1FKNA 3UQRA 3OTYA 4FL8A 1EBYA 1GKTA 2PWCA 4RRNA 5DQ4A 2QMGA 3OQDA 5P7YA 3S8IA 3FIVA 1XN3A 2OHKA 3VV8A 4YD4A 1T3RA 5P44A 4QJ2A 3EM3A 4GB2A 1HIIA 1M43A 2FDEA 3DCRA 3QVIA 5SXNA 5OZ1A 1D4IA 2G26A 4Y4AA 2WHHA 2JYSA 5P6FA 3SA5A 5P8AA 4OBFA 4OBDA 4K8SA 1AXAA 1SIPA 1YG9A 3EXOA 3OU4B 5EZZA 5P1VA 1XE6A 3GGXA 3NLSA 4ZSPA 4Z22A 5P73A 5OZ7A 4Y5BA 4KB9A 3S56A 3LZVA 2PSVA 3EL1A 3GI4A 3QVCA 4LC7A 5P8EA 5P0BA 4R92A 5P81A 5P0WA 2H6TA 5P4WA 2FLEA 5P0PA 5P2BA 2ZJIA 4DJOA 5P4NA 3K5GA 3KDCA 2NXDA 3PWRA 3NSHA 5OZNA 1HEGE 5P0AA 5P65A 9HVPA 2WF1A 5OYZA 5P30A 3SO9A 3INHA 3UF3A 3C9XA 1T7JA 1GVVA 5P1RA 3MSKA 2ER0E 3BXRA 5E5JA 5P1OA 1PSAA 5P4SA 4Y3WA 3BRAA 3FSMA 1BVGA 1DP5A 3D1XA 3JVWA 1ZSRA 5P8QA 2NR6A 3VV7A 3L5EA 4Y5CA 1E80E 3EM4A 1PPME 4L1AA 3R0YA 2BBBA 3UDQA 3UDKA 3H5BA 2QU3A 5P14A 3I8WA 3PBDA 5CLMA 3L59A 2V00A 3I6OA 3SA7A 4FS4A 4U7QA 3GI5A 1B5FA 3FNUA 2ZHRA 1ZSFA 5ER1E 1D4SA 3EKXA 5P3IA 3D20A 1AJXA 4Z4XA 5P63A 3NDXA 5P8IA 3IXOA 1ER8E 5DPZA 2ZJHA 3LIQA 3VYEA 4OBKA 3QPJA 3PMYA 5P8UA 5JFPA 5P56A 4DQGA 1HSHA 5P4KA 1PPLE 3BGCA 3UQPA 4L1AB 3KT5A 5P5MA 4B1CA 2QI7A 3CYWA 1HTRB 2F81A 1ZAPA 3TPLA 2ASIA 3VG1A 3ZKGA 3EKWA 5P0YA 4HVPA 4Y53A 4AA9A 1B5FB 3EKVA 5P1ZA 1AIDA 4XXSA 1IZEA 2WF2A 2HS1A 4Y9WA 4J54A 4Y4ZA 1FB7A 3OUDA 3S7MA 3RTNA 2IQGA 5I70A 2QMPA 1HSGA 5P16A 5HCOA 1C6ZA 1OEXA 3NXEA 2J9JA 4Y38A 3QRSA 5P1AA 4JP9A 1FQ4A 5P08A 5P7NA 5F01A 1HOSA 2OHNA 2AZ8A 3MWSA 1A8GA 3MXEA 5P5CA 2BKTA 3OU3A 1MRWA 4Y3SA 4Y4GA 2V12C 1LF2A 1FQ5A 5OZ9A 3KMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5Z A;  3KDD A;  5P5W A;  1TW7 A;  1LYW B;  4ACU A;  2Q15 A;  5P45 A;  4Y4B A;  2Z4O A;  2PC0 A;  1D4K A;  4L6B A;  4U8W A;  1ZLF A;  5P2T A;  1YTH A;  2ZHU A;  4R5N A;  1EC0 A;  4CPW A;  5P7W A;  3DV1 A;  4A6B A;  4Y4X A;  4Y3M A;  2IRZ A;  1HVR A;  5P1T A;  1TSQ A;  3WZ6 A;  3BUH A;  3HDK A;  4A6C A;  4L7G A;  4QJ9 A;  4ACX A;  5DQ2 A;  2UY0 A;  4OBZ B;  5P2L A;  4M8Y A;  5P3T A;  5P02 A;  3I7E A;  5KOS A;  3CIC A;  5P5Y A;  2IEN A;  5P8B A;  1WBK A;  1YTI A;  5B18 A;  3TOH A;  2ZHV A;  3T3C A;  5OZF A;  5P2W A;  5IS4 A;  5P1N A;  3IN4 A;  2P3C A;  2G69 A;  2PWR A;  4FIV A;  4RLD A;  3D1Y A;  2V16 C;  3TPJ A;  3QN8 A;  4IVS A;  2G1R A;  2PH8 A;  4Z50 A;  3EL9 A;  1F34 A;  5HDU A;  1HXB A;  4Y3E A;  3UDR A;  4DQC A;  4GJD A;  3PJ6 A;  3DK1 A;  5AH8 A;  4K4Q A;  2HAH A;  4Y3Q A;  3G6Z A;  5DR0 A;  3ZOV A;  4FRK A;  4Q1Y A;  5P8L A;  4B1D A;  3EBZ A;  1NPA A;  4Y3A A;  5KR1 A;  4GYE A;  1IVQ A;  1NPW A;  5P3Y A;  4QJ6 A;  5P3K A;  5P10 A;  2QMD A;  5P53 A;  5P8O A;  2IEO A;  5JOD A;  4DPI A;  5P4M A;  2PSG A;  2HB3 A;  4ZSQ A;  2IL2 A;  3PCZ A;  4TRW A;  5P1I A;  2P3B A;  5OZI A;  4H3I A;  5I3V A;  2WED A;  1YT9 A;  3PSU A;  4GJ7 A;  1HXW A;  3L3A A;  5P7E A;  1DIF A;  4I8Z A;  1EPQ E;  3S43 A;  5P0C A;  4YD7 A;  1HEF E;  1ODW A;  2Q64 A;  1B6L A;  2I4W A;  4S1G A;  3NU5 A;  1W5V A;  3NWQ A;  2AQU A;  2WF4 A;  5P3X A;  4B0Q A;  2BQV A;  1QBR A;  1EPN E;  4B77 A;  3QAA A;  4AMT A;  3NUO A;  2QD7 A;  2O40 A;  1MVP A;  5P4L A;  5P5L A;  2B7F A;  1MET A;  5P01 A;  2AOC A;  3ZKX A;  5P7C A;  2ZJN A;  1HVK A;  4JPC A;  4DJQ A;  1BWB A;  2FXD A;  2QCI A;  1FMU A;  3UDJ A;  3Q4B A;  3L5D A;  3PGI A;  4LBT A;  5OZE A;  5P83 A;  2QP8 A;  5P0Z A;  2PYN A;  1K6V A;  2G21 A;  2F3K A;  1C70 A;  3VSW A;  5P7K A;  3RTH A;  3QBF A;  4I10 A;  1T7K A;  4Y6M A;  5P5A A;  5P5S A;  5DGU A;  5P6A A;  4ER1 E;  3NU3 A;  3L5F A;  4XX3 A;  5P32 A;  3CYX A;  3HVG A;  2VNN A;  1BAI A;  1CZI E;  5P1G A;  1IDA A;  4PZW A;  5JG1 A;  2NMY A;  2JJI A;  4FSE A;  5P2M A;  2RMP A;  2ZJM A;  5P7I A;  1HWR A;  1G2K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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