4D89A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxd552, derived from a soaking experiment
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d89A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d89A02
3KM4A 3IVIA 5P30A 3PRSA 3NDUA 4KE1A 3EL9A 5JFPA 4Y3AA 1C6YA 5P6PA 3KT5A 3L5FA 5P2YA 5E5KA 2P3DA 5OZSA 2WEAA 4H1EA 4FL8A 4NJUA 3SPKA 3DJKA 3O9FA 1EC1A 3EKQA 5DQCA 5J25A 2HB2A 2PSUA 5OZZA 5P25A 3PI5A 3VSWA 5P5XA 4D89A 3FV3A 5P3LA 3GI0A 4NJTA 1HVLA 1EBWA 3PMUA 1TSQA 5P3BA 4B1DA 2QZXA 1HBVA 3HBOA 5P82A 1XDHA 1FMXA 5P6JA 5DR3A 5HE4A 3UFLA 2AOFA 2IGXA 5P0OA 2ER6E 5P02A 2APRA 5P1WA 2QD8A 4RCFA 5CLMA 3T7PA 4YDGA 4Y5KA 3WB4A 5KQZA 5AH8A 1IZDA 4Y57A 2G1SA 4LXAA 1FG6C 4ACXA 1APWE 4Y5CA 5P70A 2SAMA 3S2OA 1W6IA 4Y50A 5P0IA 5P3OA 3TH9A 1BVEA 3K4VC 3DM6A 2G26A 1HIHA 5P75A 3JVWA 1VIKA 5ENMA 5P14A 1SIPA 4Y6MA 2I0DA 2B60A 3OU4B 4MC1A 4Q1NA 2NR6A 5P8NA 1J71A 1PPKE 5P4VA 5AHBA 1B6MA 5P2QA 4H3JA 3WB5A 4B00A 4CP7A 4J0TA 3UDRA 1WBKA 5COKA 3OHHA 2AIDA 4RYGA 4M8YA 3D3TA 3NDTA 2R5QA 4Y43A 4Q5MA 3QBHA 4Y44A 1B6PA 5HDVA 4CPSA 5PEPA 4J5JA 3LITA 4RZ1A 5P7IA 3RU1A 2UXZA 3PLLA 3OUAA 5P7HA 3SLZA 1MVPA 1SDTA 5P24A 4PZXA 3R2FA 5P7BA 2NXLA 5P6TA 5OZAA 3CKPA 3PWRA 3KFSA 4YDFA 4EJDA 1HVSA 4AUCA 4DQGA 4I0DA 2ZHSA 3D1XA 5P3NA 2Q55A 5P7XA 3SAAA 5P0TA 5P2LA 5P1VA 1HWRA 1HTEA 4H3IA 3L5EA 3U6AA 2BPYA 1MT7A 2IS0A 2VIEA 5P63A 5C9DA 5P8DA 3BGBA 4GJBA 2OHQA 5P0JA 1DAZC 4LBTA 4EHCA 5P4EA 3QAAA 4QLHA 1HIVA 5OZ7A 1KZKA 4Y5MA 5ER1E 5P0FA 5P5ZA 4Y4JA 3SA4A 5P0UA 3KFRA 4BELA 4YBFA 3ZKSA 3O9HA 4QJAA 4QJ9A 5P66A 5F01A 5P5OA 5OZEA 3OUBA 3EKWA 5P6FA 5P5PA 5P8IA 3LIYA 5P4GA 3D91A 5AH9A 1D4YA 2H6SA 3UPJA 5P7QA 2QU3A 3OWNA 5DR1A 4QJ2A 3RVIA 3T7QA 3S43B 1IZHA 3M9FA 5P49A 3Q70A 3UF3A 3CIDA 3RTHA 3OADA 3ZPSA 3PWMA 4M8XA 1XN2A 2Q54A 3JVYA 3INFA 5P1HA 4EP3A 2PWRA 4R91A 1PPME 4J0VA 5P0VA 4K4QA 3EXOA 4ZSMA 4S1GA 5P2IA 1IVQA 4A6BA 2WF0A 2G1NA 3NUOA 5P6NA 3G6ZA 2QI3A 2Q63A 3EKYA 4GYEA 1GVTA 1PSAA 5P34A 5P5EA 3ZKGA 5BRYA 5HE5A 2NNKA 5P4UA 3S85A 1K2BA 2ZJJA 4LHHA 3AUPA 2IL2A 2AOJA 4K4RA 1M0BA 3FIVA 4RVJA 5P38A 5IVQA 5P0MA 1TZSA 2VIYA 3VLAA 3KT2A 4DPIA 1SGZA 1ZTZA 4FSLA 5P39A 3TKWA 5DR7A 4DVFA 2B7ZA 4YCYA 2PK5A 4Y5NA 7HVPA 3TLHA 1ZAPA 2WF4A 3OU4A 1W6HA 3RSVA 4FAEA 4Y3XA 5P5JA 1QBSA 5E5JA 4Y38A 5JG1A 4Y36A 3O9BA 1W5VA 4HDPA 5OZ4A 1WBMA 4I0ZA 4LL3A 5P6HA 5P5BA 4Y3LA 4EQJA 2V13A 3DV1A 5P1RA 2BBBA 3K5DA 1M43A 2WHHA 3OQ7A 3VF5A 3KDBA 1YTGA 4YD6A 1APTE 3SKFA 1T7JA 4Y3MA 4CPRA 3GI5A 5HU0A 3BC4A 5P2VA 2QI4A 5P0QA 3URLA 4DJYA 2QCIA 5OZYA 1YTJA 1LF3A 3OAGB 3D20A 5P84A 5P4OA 2I0AA 5P45A 5P5KA 5P4DA 4ZE6A 3EM6A 2G1RA 2AVOA 3UQWA 1BDRA 5P6MA 3GI4A 2PMAA 4OC6B 2FXEA 1LEEA 2AVMA 4J17A 5P6ZA 5P48A 3S7LA 3ER5E 4XXSA 3LINA 4BFDA 4GIDA 3QPJA 4ZLSA 5P0PA 2R3WA 1HPSA 3UDPA 2QNQA 3ZKIA 5P11A 4Y3SA 3NU9A 4HZTA 2BPXA 1HSHA 3OGPA 3L5DA 2WJOA 2WKZA 1GKTA 5OZVA 3CYWA 3UCBA 1DMPA 2G21A 2AVQA 4XX4A 3MSJA 4OBZA 1EPME 5P2EA 1META 4GJAA 3NU5A 3UDQA 1YT9A 1LZQA 3Q6YA 5P5NA 4LXKA 4Z2ZA 5SXNA 2QD6A 3SO9A 5P05A 2O4NA 1B5FB 1FIVA 4K9HA 1ZP8A 2AZ9A 5P42A 5P76A 1SDVA 5BS4A 1XL2A 5DPZA 3DOXA 4B1CA 1BIMA 3PJ6A 1FQ7A 4ER2E 1PFZA 3APPA 4DJWA 5P5YA 4Y41A 3KDDA 3GGVA 4Y3HA 5DQ5A 4L6BA 5P8SA 3T11A 4GJCA 1QS8A 2HM1A 3UDHA 5P1GA 3I8WA 5P09A 5DQ4A 4ER4E 5P8EA 1Q9PA 1YM2A 3QVCA 5P2XA 1FF0C 4L7JA 5P7KA 2ZYEA 5P6SA 2ZHRA 5P4XA 5C9FA 5P8UA 1HPVA 3SA6A 5P74A 5P2DA 5P8JA 3OGQA 5P2ZA 1C6ZA 5KOQA 1FQ6A 2VNNA 4CMSA 3URIA 5OZNA 2FLEA 3VSXA 3S54A 1F34A 5P5GA 5P1YA 4YD7A 1AXAA 1U8GA 4FRKA 5P15A 2AOCA 3N3IA 2OHRA 3EKPA 5P7DA 5P7PA 5P2WA 2B8VA 5I3XA 3AIDA 5P4LA 7UPJA 3ZMGA 3IGBA 2I4XA 2Q15A 3S53A 3KDCA 2P83A 3ZL7A 3IVHA 2I4QA 5AH6A 5P5TA 4I0GA 3VEUA 5P3HA 4DI2A 2VS2A 3ZOVA 4I1CA 4NJSA 5P6EA 5P0DA 3FSMA 5IE1A 2XFIA 5DGWA 5OZIA 2HS2A 5P0HA 2WF1A 1K6PA 2AODA 4FLGA 5P0GA 5P7LA 2B42A 5IS4A 5P6CA 4COEA 4Y9WA 3HW1A 3TPLA 3SM1A 3LIXA 2IRZA 1ME6A 1BILA 4EP2A 5APRE 1DPJA 5OZ6A 1XE5A 5P8QA 4R8YA 4AA8A 3LNKA 4OC6A 2VA6A 5P35A 3VV7A 3D1ZA 5P1FA 1MSMA 3QRVA 2HB3A 5OZ8A 5P5MA 3KMYA 3QRSA 2JJIA 3U71A 2ASIA 1D4SA 1LF2A 3NLSA 3KF0A 3BUFA 5OZCA 5P32A 1QRPE 3QS1A 5P3PA 3ZKQA 5SY2A 3O9LA 1IZEA 5P4BA 3Q4BA 3R4BA 5P79A 1B11A 5P10A 1A94A 3OU1A 5FIVA 2HPEA 3OXVA 3SFCA 2UPJA 5P0NA 4FM6A 4B72A 4RVXA 4KUPA 1LYWB 2JYSA 1IBQA 5P1CA 4D85A 3VF3A 1K1TA 2F80A 5P7GA 5P8FA 2P8HA 2HC0A 2VA5A 5KQYA 4R92A 3OQAA 1UH8A 3CKTA 8HVPA 3BUGA 3UTLA 4ER1E 5P1IA 5OZLA 2G94A 4I11A 1B5FA 4U7QA 1LV1A 4ACUA 3L3AA 9HVPA 2NMYA 3SM2A 1ODYA 3VYDA 1OD1A 5P5IA 3VV6A 4Q1WA 5P4JA 3L5BA 1HTRB 3EKTA 4APEA 1AVFA 2R3TA 2O4PA 3R1GB 3UDNA 2NMZA 5P6QA 4ZSQA 2QD7A 3QIHA 2ER7E 1GVUA 2G1YA 4OD9A 1HSIA 1E82E 3K1WA 3SA5A 3HAUA 1LF4A 5P6WA 3UDYA 1BDQA 5OZ1A 3O9EA 2J9KA 4DPFA 5P43A 4R5NA 5P8LA 4J0ZA 3UQUA 2NNPA 4Y48A 5P2UA 1W5YA 2IKOA 4KB9A 2PK6A 1MSNA 3L5CA 3PBZA 5P2SA 2WEBA 3EL0A 5P6LA 4TVHA 3PVKA 2WF3A 4FRIA 5P4MA 3WZ7A 4Y4UA 3OUDB 4GJ6A 1LYBB 1D4JA 3TPJA 3LIVA 4B70A 4OBFA 1A8GA 5JFUA 1RPIA 1RQ9A 5DR0A 4HVPA 4ZIPA 4J0PA 2V00A 5OYYA 4RVIA 2JE4A 2F81A 2QZWA 4F76A 5P3WA 4FAFA 3O9CA 4J1KA 2ZHTA 4RYCA 3HAWA 4Y3YA 5AHCA 4JP9A 3EBZA 1ZPAA 5P3VA 2NTRA 1HSGA 3L58A 5I3WA 1B6KA 3S8IA 2G1OA 5P2HA 5P4RA 3DK1A 2RKGA 4GJ7A 5T4SA 3G72A 5P2JA 4YD3A 2Q64A 2R9BA 1MT9A 4J1EA 2RSPA 4GJ5A 3GW5A 2PYNA 2A1EA 1Z1RA 3CYXA 1HVKA 1N49A 2ZGAA 5P6GA 1SGUA 4J1IA 2F3KA 5OYRA 5OZGA 1T7KA 2VIZA 4Z4XA 5P4FA 1GVWA 2PC0A 2ZJNA 2FMBA 3MXDA 3SA3A 4FGXA 2QI1A 5P6RA 3WSJA 3QN8A 2OHSA 5KR1A 3PWWA 5P7CA 4ZPEA 2UY0A 1C6XA 3I2LA 5P4SA 3PEPA 3I7EA 3BUHA 4Y5AA 5P77A 1BDLA 1BBSA 2JXRA 3ECGA 3OUCA 3DUYA 2FDDA 1LYWA 2ZE1A 5HVPA 2BPVA 4Y51A 5KOSA 1MERA 5P67A 2QZKA 3OHFA 1MRWA 5COPA 4JPEA 1E80E 1G0VA 1MT8A 5P56A 2XFJA 3BVAA 5P5RA 3C9XA 4DJQA 3B7VA 4I0EA 1HXBA 4J0YA 2G27A 5P2NA 4B05A 1BXOA 1E5OE 3HD8A 2IENA 2QI0A 5DR8A 4R93A 5P73A 3EKXA 4YOBA 5P5DA 3O9GA 1HVCA 4RCEA 3H5BA 5P8CA 3HVGA 2B8LA 2ZDZA 4Y53A 3QI1A 3IA9A 4RRNA 1SH9A 5P44A 5P64A 3RTNA 3NYGA 2G69A 5P3XA 2VA7A 3ZKMA 5P8KA 4Y54A 4Y4DA 3EKVA 3NXNA 5P3YA 4BEKA 3NU3A 5P69A 5P3EA 1AJVA 3PM4A 2IEOA 4TVGA 3SQFA 5P55A 5P17A 3SKGA 4LC7A 1EC0A 2FDEA 2OHMA 2I1AA 4D88A 2J9JB 4EPJA 5P2KA 5P16A 1QBTA 5P01A 2QMGA 4DJOA 2R5PA 5P12A 3O9AA 2ER9E 1BV9A 5P5UA 3KA2A 5ISJA 5P8HA 1A8KA 4DV9A 1YM4A 1B6LA 1EBKC 3O9DA 5P3MA 4OBKA 5OZKA 4QJ6A 3PB5A 2VKMA 3HVPA 4YCTA 3KN0A 3UQXA 4Y47A 5OZHA 4FE6A 5P87A 2G22A 1QBRA 4FSEA 5P6OA 5HDXA 2FIVA 4X7IA 4Y4BA 5P1LA 5P4AA 3BHEA 3T7XA 1D4LA 1K2CA 1HTFA 5P2BA 2V11C 4Y3QA 1K6CA 4Y3DA 2QHCA 4EXHA 4Y4GA 1D4KA 1BVGA 3LPKA 5P7MA 1A9MA 2BJUA 1ZJ7A 4X2LA 1XN3A 4NPUA 1FGCC 3LIZA 2AOGA 3MWSA 1TSUA 3OQKA 4Y58A 4K8SA 4Y3JA 5OZ2A 1IZIA 4I8WA 5P4QA 3O99A 4Y3PA 2P3AA 1TCXA 5P7OA 5OZ5A 5IVSA 3ST5A 5OZMA 2G24A 5B18A 3JW2A 5OZ3A 5P4NA 5EZZA 4B1EA 4A4QA 3I25A 1MEUA 1SMRA 1DP5A 5P7SA 3CKRA 3HDKA 3OU3A 5DQ2A 5P53A 3FNUA 5P2RA 2ANLA 1PPLE 1HVHA 4WTUA 4MC6A 3G70A 3OQDA 4I0IA 4FIVA 2HIZA 3D1YA 5P33A 4APRE 3EM3A 2BKTA 5P1QA 1SBGA 4DQBA 3PLDA 1YX9A 4PPHA 4E43A 2VNMA 4HE9A 1ZPKA 5HE7A 1EC2A 3B80A 5P7UA 3LPIA 1EPNE 4D83A 3FKTA 4DQFA 1Z8CA 4RGHA 1HPOA 5P1KA 3EC0A 3LZUA 1YG9A 5CONA 3S43A 1T6GA 3DV5A 3PCWA 3BXSA 3NWXA 2FDPA 3VF7A 4AMTA 4L1AB 2FGUA 2PYMA 5P23A 3PMYA 1NPAA 3L59A 3F9QA 1EC3A 5P0CA 4YA8A 4AA9A 3S56A 3VYEA 1KJGA 2OHNA 5AGZA 3H0BA 3PSYA 3SA8A 5OZPA 3QVIA 2BPZA 1FQ4A 2BQVA 4Y3TA 3UDMA 2QNPA 4LP9A 3WZ6A 2MIPA 5P2TA 5I3VA 3U7SA 5P1PA 5P72A 3VG1A 1EPLE 4BFBA 3EL4A 4DJUA 3PSGA 3FX5A 3PHVA 1HHPA 5OYTA 5AHAA 4IVSA 4L7HA 3UHLA 1HRNA 4JPCA 2VJ9A 1GNNA 3OXXA 1AAQA 2WF2A 5P18A 5OZDA 5P3JA 5SY3A 2I4DA 4FRJA 5IVRA 5P5FA 5P7EA 4EJLA 1XL5A 1AJXA 2IQGA 1YTHA 4GMIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KM4 A;  3IVI A;  5P30 A;  3PRS A;  3NDU A;  4KE1 A;  3EL9 A;  5JFP A;  4Y3A A;  1C6Y A;  5P6P A;  3KT5 A;  3L5F A;  5P2Y A;  5E5K A;  2P3D A;  5OZS A;  2WEA A;  4H1E A;  4FL8 A;  4NJU A;  3SPK A;  3DJK A;  3O9F A;  1EC1 A;  3EKQ A;  5DQC A;  5J25 A;  2HB2 A;  2PSU A;  5OZZ A;  5P25 A;  3PI5 A;  3VSW A;  5P5X A;  4D89 A;  3FV3 A;  5P3L A;  3GI0 A;  4NJT A;  1HVL A;  1EBW A;  3PMU A;  1TSQ A;  5P3B A;  4B1D A;  2QZX A;  1HBV A;  3HBO A;  5P82 A;  1XDH A;  1FMX A;  5P6J A;  5DR3 A;  5HE4 A;  3UFL A;  2AOF A;  2IGX A;  5P0O A;  2ER6 E;  5P02 A;  2APR A;  5P1W A;  2QD8 A;  4RCF A;  5CLM A;  3T7P A;  4YDG A;  4Y5K A;  3WB4 A;  5KQZ A;  5AH8 A;  1IZD A;  4Y57 A;  2G1S A;  4LXA A;  1FG6 C;  4ACX A;  1APW E;  4Y5C A;  5P70 A;  2SAM A;  3S2O A;  1W6I A;  4Y50 A;  5P0I A;  5P3O A;  3TH9 A;  1BVE A;  3K4V C;  3DM6 A;  2G26 A;  1HIH A;  5P75 A;  3JVW A;  1VIK A;  5ENM A;  5P14 A;  1SIP A;  4Y6M A;  2I0D A;  2B60 A;  3OU4 B;  4MC1 A;  4Q1N A;  2NR6 A;  5P8N A;  1J71 A;  1PPK E;  5P4V A;  5AHB A;  1B6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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