4D8CA

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxd552, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d8cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d8cA02
5P8BA 5P06A 4RROA 5DGWA 4LHHA 4DJVA 4OD9B 5DQ4A 5P4ZA 3EL1A 1ZSRA 5P1FA 2V13A 2ZGAA 5P5PA 4LL3A 1LYBA 5P7LA 3PMYA 3VUCA 5P02A 5I3VA 1GNOA 5OZ6A 5P41A 3APPA 5P6OA 2FXDA 4I11A 5P6NA 5P54A 5KOQA 3LIVA 4FAFA 2ER6E 3OQFA 4QGIA 1UH9A 3DV1A 3F9QA 5P3FA 1E82E 5P80A 4OBZB 4TRZA 1YTJA 2VJ9A 5P5WA 3I25A 3VV6A 4YCTA 3U7SA 1LYWA 2HPEA 2G22A 4DQHA 6UPJA 5P4RA 4YOAA 1B6KA 5P4HA 4XXSA 4I0HA 3GGVA 5OZPA 2WECA 3IGBA 3URIA 3UQPA 5COPA 1ZPKA 5P6ZA 3UDPA 4F76A 1OEWA 2VNNA 4LXKA 4H3GA 3OTSA 3CKRA 2I4QA 3OUCA 5P13A 4K9HA 1BXOA 4JPCA 3TL9A 5P59A 3EKYA 4CPWA 5P19A 4Y4UA 2B7ZA 3RU1A 4CPSA 2Z54A 2HAHA 2R9BA 5P0KA 1KZKA 1F34A 1EPME 5HDZA 3L5DA 2B60A 2ZYEA 3S2OA 5JODA 1MTBA 2RMPA 2FDPA 4Z50A 1HEFE 1LYBB 3ZOVA 4R93A 5P2MA 2ZJMA 4JECA 2QK5A 2ZHSA 2AZBA 4DJWA 3NU9A 1XL2A 4ZLSA 4EJDA 2PH6A 2QP8A 3SA7A 3LZUA 5P0BA 3L5EA 1BDLA 2OHLA 4KUPA 5P8DA 2RKFA 4AMTA 4DJRA 2ZJLA 3TKGA 2QHZA 4Q5MA 2AVQA 5P6IA 4DV9A 5KR2A 3R4BA 3G6ZA 2FXEA 1OEXA 2ZDZA 5P5AA 5APRE 4Y4GA 2UY0A 1TZSA 3UQXA 5P5LA 3VV8A 2HS1A 5P3QA 4HE9A 5P0VA 1LYWB 1IBQA 3WSJA 5P56A 2WF4A 3VSXA 5KR1A 4A6CA 5P2AA 5P4LA 3D20A 5HE7A 3QPJA 4J0TA 5AHCA 3SA6A 1B5FB 4HA5A 1BDQA 3T11A 2IGYA 2HIZA 5KQYA 3R1GB 3KM4A 5P7HA 4Y35A 4Y3FA 3Q4BA 1FKNA 1W5VA 3S45A 4YOBA 5P45A 2AVSA 2QCIA 4Y4JA 3OQKA 4Y57A 3WB5A 1FIVA 3LZSA 4YA8A 3KT5A 3VF3A 1KJHA 1BILA 5DR1A 5P4IA 5PEPA 4Y5BA 5P04A 5P6SA 4COEA 1Z1RA 4EP2A 5P87A 3KDBA 5OZBA 3SACA 4ZPEA 5OYTA 2G94A 4EPJA 2CENA 1SIVA 4FE6A 1W5YA 5OZRA 2NNPA 2WL0A 3ZPUA 3NU3A 2WHHA 4FSLA 2ZJIA 4RGHA 4Z2ZA 1SDTA 1XE6A 2FGUA 4WTUA 3KFPA 5P52A 4FM8A 4ZPGA 5OYYA 5P0LA 5P3BA 4Z4XA 5P0OA 5P63A 2G1RA 5UPJA 3MXDA 4YHQA 4J5JA 4EQ0A 4YCYA 5ISJA 3B80A 3D91A 4DH6A 2AOHA 2F3KA 3UFNA 1HTGA 6APRE 2JXRA 3CKTA 2P83A 5COOA 1FFIC 4EJKA 1IZIA 1DIFA 3S54A 3PWRA 3SKGA 1RQ9A 3HVGA 4Y3LA 5P43A 3TOHA 5P0JA 3UQUA 4Y3JA 5P1LA 5P4CA 4Z22A 5P1GA 2NMZA 3KMXA 4XX3A 1QDMA 1HTFA 3IVHA 3TOFA 3ER5E 4ZSQA 5HDUA 4MC6A 3EKTA 4K8SA 1SP5A 4RZ1A 2Q11A 3PB5A 3TPPA 1BVEA 5P4QA 3NDWA 2VJ6A 1RL8A 3UHLA 4EQJA 2NMYA 5P8TA 1G0VA 2IENA 1ER8E 5EZZA 3SQFA 1EC0A 2AOEA 5P7CA 3R0YA 3M9FA 5P86A 3DCKA 1NPVA 4Y54A 4FIVA 5P4MA 4K4QA 2FLEA 3SM1A 2AVVA 1T6GA 3G72A 1EPLE 5AH7A 5P3AA 4EXHA 5P1HA 4S1GA 5P0UA 5P4FA 1D4KA 5OZLA 3FNSA 2R3TA 2HM1A 2A1EA 2ZHRA 5P1ZA 3FNUA 3DUYA 5P57A 3KF0A 2QMPA 3LITA 4FAEA 4CPTA 5OYWA 1HVRA 4J1FA 3EM6A 2VIZA 5C9BA 2QMGA 4Y38A 4DI2A 5P4JA 3N3IA 1K6VA 5P1PA 4FRJA 2HC0A 5P61A 5P0WA 5P5IA 1HPSA 4YBFA 4APRE 5P5YA 4Y58A 2BJUA 1GKTA 1EBYA 5P36A 2PMAA 3LNKA 2BKTA 5P67A 1VIKA 1YTGA 3Q6YA 5P3LA 4YE3A 3OHFA 2R43A 1IIQA 5P3CA 2HB2A 3OTYA 4WY6A 5OZHA 1SBGA 2IEOA 1T7KA 4Y9WA 2Q54A 1BVGA 1RV7A 5OZVA 4H3FA 5P7SA 1EPQE 3OQDA 5P38A 5P1MA 1B11A 2O4LA 1QBUA 5HCTA 5P5BA 3Q70A 3L58A 4PZXA 5P3HA 2FDEA 5HD0A 5P8PA 3WZ8A 5P4YA 4X2LA 5HDXA 3D1YA 3BGBA 3DK1A 3UTLA 5OYXA 3NWQA 4GJ5A 1PSAA 2G26A 5P8CA 5OZ9A 3CYWA 5P71A 1UH8A 2SAMA 3IN3A 2ZHUA 3PCZA 4J0PA 1XS7D 2JYSA 5DQ5A 3NLSA 1W50A 4B1DA 1BXQA 5FIVA 1UH7A 5P1EA 1AXAA 3SA3A 3IN4A 5P5EA 1QBTA 2QZLA 5P4DA 5OZ1A 3L5CA 4Y39A 4Y44A 3TKWA 4Q1XA 5P12A 1TQFA 4D85A 2QD8A 3R2FA 2V0ZC 5P62A 2QNNA 3LPIA 2G24A 3MSJA 5P7IA 4Y4XA 5P65A 3LINA 3O9GA 5P2FA 3ECGA 5P6JA 3KYRA 4R5NA 2OHQA 2EWYA 2FNTA 5P6VA 5P66A 5P48A 4J55A 1HWRA 3KN0A 5P33A 5P37A 3KMYA 3BXRA 5P46A 5P5UA 4Y5PA 5P2TA 5P0CA 4J0ZA 3O9EA 2HPFA 4K4PA 4J1KA 3S7MA 5P0FA 2WF1A 1DP5A 3NR6A 1A9MA 5OZEA 2V11C 4EXGA 2IRZA 3EKXA 2ER9E 5I3XA 5DR0A 3NXEA 1LZQA 3ZMGA 5P8RA 1IZEA 4ER1E 4PEPA 5P8EA 5DR4A 3ST5A 3AIDA 3EKQA 4Y5NA 5P32A 1AM5A 4AUCA 3HLOA 4NKKA 5P08A 2ASIA 2IKUA 4RLDA 5P2EA 2B8VA 5P3NA 3UCBA 2R38A 3Q3TA 4B78A 5KQFA 5P73A 4XX4A 2ZJNA 3ZKNA 1NH0A 5P6QA 5P7QA 3FIVA 3QBHA 2JE4A 3BHEA 4IVSA 4LXMA 5I3YA 1E81E 1HIVA 3UDYA 1HVSA 1VIJA 3OU3A 4JP9A 1LEEA 1AJVA 5P74A 4YD7A 1HIIA 4Y51A 5P3DA 4Q1NA 5P5DA 4FGXA 3ZL7A 2I0DA 3R0WA 5F01A 3BC4A 2APRA 4I8WA 5P3TA 2Q64A 5P3XA 5P6CA 4B72A 1IDBA 5F00A 5EZXA 1B6PA 2WKZA 4U8WA 5TOLA 4JPEA 5P1NA 3DOXA 5P7PA 5I70A 1MT8A 2QU2A 4J1HA 5P3WA 2WF3A 5P3KA 2F3FA 3K5GA 4Y45A 5P17A 2RENA 3QVIA 3PLDA 5P22A 5P5XA 3ZPSA 4J17A 4L7HA 2I4DA 5P2NA 2QI4A 4I0FA 1ENTE 5P5JA 2H6TA 2WEZA 2PH8A 5C9DA 3ZKXA 5P82A 4B77A 2NR6A 5OZAA 3NU6A 2AVOA 4FM6A 4FRSA 3VEUA 4TVHA 5SY2A 1BWAA 5P2OA 5P7FA 3SM2A 4MC2A 3OADA 2P4JA 2XFJA 3D1XA 5P3ZA 4CPRA 5P5HA 4DQFA 1LS5A 4EHCA 5P29A 5BWYA 3O9BA 4Q1WA 1BIMA 1SH9A 5IE1A 3JW2A 5P6TA 5P5OA 4K4RA 3T7XA 5OZOA 3S53A 3OXWA 2ZHVA 2I4VA 1HRNA 2WF2A 2O40A 2UPJA 1AJXA 5P6MA 3D3TA 4OC6A 4ZPFA 5P2UA 2FMBA 2WJOA 1HPVA 1MUIA 4A6BA 4HZTA 1HVHA 5OYRA 2PWCA 4GB2A 5P2ZA 1ME6A 5P2GA 3ER3E 5P2XA 2P3DA 4Y3XA 3FKTA 2G69A 5AGZA 4Y4AA 4CPUA 5P0AA 3PJ6A 4YBIA 4H1EA 2G27A 1ODXA 1A8KA 5P7MA 2PQZA 2PYMA 5P3OA 2P3CA 4BFDA 4CP7A 5P8MA 5P31A 3S43A 5P4TA 5P5SA 4Y37A 3UDJA 2QI5A 5HCOA 5IVTA 4LP9A 5P69A 5P5RA 4EJ8A 4LXAA 3NUJA 1DW6C 3PI0A 2ZE1A 4QJ6A 4Y4EA 5BS4A 1HEGE 3BRAA 3OADB 5P11A 4D8CA 3QIHA 2QAKA 3LIYA 1CZIE 5P3RA 2QNPA 4OBFA 5P7DA 4DPIA 4EP3A 3JVWA 1T7IA 4R95A 4JOOA 4QJ2A 1HTEA 5P0YA 4IVTA 4FLGA 4R92A 4Y48A 3QN8A 3UDHA 3UQRA 5P7ZA 5P8AA 2OF0A 5P64A 3SABA 5P0TA 1C70A 5P2SA 1NPAA 5P6LA 4Y5KA 4D83A 5P28A 3GGUA 1ZAPA 3L38A 2J9KA 2AZ9A 1E80E 1B6LA 5P4AA 5E5JA 3S7LA 5P16A 5OZ5A 3DJKA 3WB4A 4Y4WA 2F3EA 5JFPA 3GW5A 2AOCA 3PMUA 1KJGA 4EJLA 5P60A 5P7VA 3OUAA 3OXCA 9HVPA 1D4YA 5P40A 3BUHA 4Y6MA 5ER2E 1BWBA 3B7VA 5P7KA 5P6PA 3PSYA 2AOGA 3NUOA 3SA4A 5P6UA 2PC0A 5P4SA 2B42A 4Y5LA 4X7IA 4L1AA 4Y41A 4Y3DA 1YM4A 4U7VA 1ZP8A 3MXEA 5P6HA 3OWNA 1CPIA 3UF3A 4PHVA 1WBMA 4LC7A 4DJQA 2VIEA 3LIZA 3VFBA 3KFSA 1MT9A 3S8IA 3HDKA 3OU4A 1W6HA 5P5ZA 5P6YA 1NPWA 4BELA 5P1QA 1XL5A 3CICA 4Y3RA 1FMBA 1T3RA 5P09A 5P8UA 2BB9A 5P7YA 5OZGA 4EYRA 4Y3PA 2PWRA 1G35A 3PI5A 4OBDA 5OZUA 5HE5A 3EL4A 3O99A 4AA8A 2QI0A 1G6LA 1MESA 2IQGA 4RVJA 5P49A 1IDAA 4Y4BA 1HBVA 4Y53A 5P2QA 5P8GA 2B8LA 1GVUA 1EPRE 4BEKA 4DFGA 5DQ2A 5P89A 4Y3AA 1D4JA 3OQAA 5P1AA 4HDBA 5DQ1A 5P44A 4Y3GA 5P8JA 2QMDA 4Y3TA 3RSXA 5OZZA 5KOSA 2QMFA 5P0NA 5P39A 1LF3A 3MSKA 5P3PA 4L7JA 3PSUA 1FQ5A 5P0DA 4L1AB 1FEJC 5OZMA 4GIDA 3RTHA 5P1SA 3URJA 3BGCA 4Y3QA 1AIDA 3SA5A 4GJDA 3NWXA 1LF2A 4GJCA 5P75A 5ER1E 2P8HA 1EAGA 4Y3SA 3VCMA 1FGCC 1G2KA 3VLAA 5P7OA 5P1UA 3BUFA 3H5BA 1EPNE 1PPME 5P68A 4Y47A 2MIPA 5P0MA 1W5WA 2CEJA 2VIJA 5P3JA 3TLHA 3PRSA 1N49A 5P7EA 3BXSA 3L5FA 5P0GA 5P6RA 5P0XA 5P8HA 1DAZC 3ZKSA 1PFZA 3T6IA 3QVCA 4Y4TA 4YD3A 2PSUA 2I4XA 2O4PA 3TNEA 5P2HA 5P7GA 1EBWA 4NPTA 4I0EA 3OOZA 3UDRA 1YX9A 4XKXA 5DR3A 4CMSA 4DJYA 5P1IA 3I8WA 5P20A 1ZBGA 1MEUA 3QROA 3SLZA 5P42A 3L59A 1QS8A 1HSIA 5P53A 1HXWA 3KDCA 5OZYA 5OYVA 1K1TA 4YD4A 1SGUA 2OAHA 2WEBA 2ANLA 2NXMA 5KQXA 3SA8A 2XFKA 5P07A 4Y5EA 2VA7A 5P4WA 4ZE6A 4GMIA 5P5QA 3HVPA 2QHCA 2G20A 5BRYA 4Y4ZA 1UPJA 1ODYA 4FL8A 5HTZA 1Q9PA 3BUGA 5P5CA 4DQGA 4FS4A 1ZSFA 4Y50A 2XYFA 4ZSMA 4FCOA 3OUDA 2FGVA 5P4VA 5P1CA 5P3YA 3INFA 4YD6A 2QI7A 1NSOA 2OHSA 1EC2A 4YDFA 1B6MA 5P8NA 3EM3A 5P3MA 1HSGA 1MTRA 4Y3HA 2P3BA 1D4HA 5P5TA 2XYEA 3EKVA 2WEAA 4GJ7A 5P81A 5HE4A 3UDKA 4OBJA 5P7RA 4ZSRA 2O4SA 2NPHA 5P6XA 4ER2E 5P1OA 3OOTA 4DQEA 2IS0A 5P8VA 3OAGA 5OZIA 5P70A 4APEA 2I0AA 1J71A 3U6AA 2I4WA 4YCKA 1GVWA 5P26A 3UDMA 2VKMA 3K4VA 3HAWA 3OK9A 4M8YA 3TPLA 1EPOE 3CMSA 3C9XA 1YM2A 3K5CA 5OZKA 3SAAA 5P4PA 2AIDA 3KA2A 3PGIA 5DQCA 2BQVA 1C6YA 1META 1LF4A 4WY1A 4Y5MA 5OZSA 1FG8C 2R5QA 1MIQA 3PBZA 3HW1A 1IVPA 1GVXA 5P34A 1WBKA 3OXVA 3UPJA 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8B A;  5P06 A;  4RRO A;  5DGW A;  4LHH A;  4DJV A;  4OD9 B;  5DQ4 A;  5P4Z A;  3EL1 A;  1ZSR A;  5P1F A;  2V13 A;  2ZGA A;  5P5P A;  4LL3 A;  1LYB A;  5P7L A;  3PMY A;  3VUC A;  5P02 A;  5I3V A;  1GNO A;  5OZ6 A;  5P41 A;  3APP A;  5P6O A;  2FXD A;  4I11 A;  5P6N A;  5P54 A;  5KOQ A;  3LIV A;  4FAF A;  2ER6 E;  3OQF A;  4QGI A;  1UH9 A;  3DV1 A;  3F9Q A;  5P3F A;  1E82 E;  5P80 A;  4OBZ B;  4TRZ A;  1YTJ A;  2VJ9 A;  5P5W A;  3I25 A;  3VV6 A;  4YCT A;  3U7S A;  1LYW A;  2HPE A;  2G22 A;  4DQH A;  6UPJ A;  5P4R A;  4YOA A;  1B6K A;  5P4H A;  4XXS A;  4I0H A;  3GGV A;  5OZP A;  2WEC A;  3IGB A;  3URI A;  3UQP A;  5COP A;  1ZPK A;  5P6Z A;  3UDP A;  4F76 A;  1OEW A;  2VNN A;  4LXK A;  4H3G A;  3OTS A;  3CKR A;  2I4Q A;  3OUC A;  5P13 A;  4K9H A;  1BXO A;  4JPC A;  3TL9 A;  5P59 A;  3EKY A;  4CPW A;  5P19 A;  4Y4U A;  2B7Z A;  3RU1 A;  4CPS A;  2Z54 A;  2HAH A;  2R9B A;  5P0K A;  1KZK A;  1F34 A;  1EPM E;  5HDZ A;  3L5D A;  2B60 A;  2ZYE A;  3S2O A;  5JOD A;  1MTB A;  2RMP A;  2FDP A;  4Z50 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VA5 A;  5SXN A;  3OU1 A;  5DR8 A;  4QLH A;  3EBZ A;  5OZT A;  2BPY A;  1APT E;  6FIV A;  2NNK A;  5E5K A;  4I12 A;  5HVP A;  3QRV A;  1T7J A;  3PVK A;  5ENM A;  4Y5C A;  3G70 A;  3GGX A;  5P4K A;  5P7T A;  3KDD A;  2AQU A;  3TOG A;  4FRK A;  3ZPT A;  4DPF A;  2Q55 A;  4Y3M A;  5P88 A;  3AUP A;  4NJS A;  1FQ4 A;  5P0P A;  3OGQ A;  3FX5 A;  5P51 A;  1AVF A;  1M43 A;  1HVC A;  4TVG A;  3SKF A;  3PWW A;  1TW7 A;  3IXO A;  3GGA A;  4Y5G A;  1FQ7 A;  5AHB A;  1ODW A;  2G1O A;  2B7F A;  4DJP A;  2BKS A;  3IXK A;  2QZW A;  5P2C A;  5P6F A;  5AH8 A;  4LAP A;  5P1T A;  3UDN A;  1XN3 A;  3EM4 A;  1B6J A;  5P05 A;  4GJ8 A;  1MSM A;  4RCD A;  4F74 A;  4CKU A;  1HTR B;  3EKW A;  4KB9 A;  1HVI A;  4OD9 A;  3LIQ A;  1BDR A;  2AOJ A;  2HB4 A;  4U7Q A;  1A8G A;  4DJU A;  2VNM A;  4J1E A;  4B0Q A;  1APU E;  2H6S A;  1MSN A;  4NJU A;  5P7A A;  1GVV A;  3HBO A;  2QHY A;  3OU1 B;  1IVQ A;  1KJF A;  1QBR A;  2PSV A;  5P8Q A;  4AZY A;  2VIY A;  3WZ7 A;  1IZD A;  2QI6 A;  4UPJ A;  5KAO A;  2IKO A;  4YD5 A;  1EBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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