4DAJA

Structure of the m3 muscarinic acetylcholine receptor
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
432
structure length
429
Chain Sequence
IWQVVFIAFLTGFLALVTIIGNILVIVAFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLACDLWLSIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEKMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYLIKEAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTYWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTTFKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Structure and dynamics of the M3 muscarinic acetylcholine receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
total genus 159
structure length 429
sequence length 432
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dajA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dajA01
3HT7A 1L71A 3PDSA 209LA 211LA 228LA 2F32A 1GZMA 3QBGA 4S0WA 109LA 2OU0X 1LI3A 1L56A 253LA 1L65A 4AMJA 5ETZA 3S3DB 5H2MA 1L46A 3GUJA 1L97A 2F93A 1L22A 1P2RA 1P3NA 1S54A 172LA 3C81A 3QAKA 1K28A 1L58A 1L07A 5A45A 1P5CA 222LA 3DN8A 2Z55A 4HYJA 163LA 3C9LA 1SSYA 215LA 4LDOA 3CDRA 1MGYA 247LA 1DYFA 1L04A 3FA0A 147LA 1XJUA 4ARJA 5JJNA 213LA 223LA 4AMIA 1QTZA 3K2RA 2I1XA 1QT8A 2OE4X 2ZFEA 4W57A 1QT4A 1L70A 4GBRA 1T8GA 1QUOA 1L82A 3RUNA 143LA 1L95A 1QT7A 4ARLA 1FBBA 1M0LA 3NSBA 4FA7B 4LDLA 1OVKA 3HWLA 1TN0A 3ABWA 3SB8A 1L0MA 2R4SA 5H2JA 1P8IA 5BR5A 114LA 2B73A 1OVHA 161LA 1L63A 4BVNA 1S53A 5LZMA 1L75A 3VG9A 3OAXA 254LA 246LA 1CVKA 4IAPA 3HAPA 2OU8A 4GP8B 2LC9A 1L73A 1LYGA 1P36A 4LZMA 1KG9A 1L0JA 1LYFA 250LA 4OO9A 1PQMA 128LA 1U19A 3CDTA 4BWBA 225LA 3G3VA 1DYBA 140LA 1QTVA 183LA 3DQBA 1QTHA 3L64A 1L41A 3EH4B 3HANA 2X72A 2ZIYA 5F8UA 4EPFA 2NTGA 2F2QA 214LA 1D3NA 1L18A 3CDQA 3DDLA 2O4WA 1Q5JA 1CU0A 1LLHA 2B74A 1XJTA 2Y02A 5G2CA 1L68A 1L39A 1L92A 3JR6A 1L77A 4W53A 4J4QA 241LA 5G54A 1QT5A 3OE8A 3X3BA 1LYIA 4ARMB 188LA 1C6DA 1L66A 1QKPA 245LA 1L05A 5H2LA 1SWZA 1XJIA 3S8GB 156LA 1L72A 3HTBA 3HT8A 176LA 2OEAX 187LA 1KNIA 3FADA 4IB4A 1LI6A 2B6WA 2NTWA 1C6JA 152LA 1KMEA 1UAZA 2OE9X 3C80A 1H2SA 1QSQA 7LZMA 1FBKA 4FAAB 3S3CB 1CX6A 4XT1A 1L38A 3FI5A 1DYGA 1S51A 1QUHA 237LA 5DHGA 1IW9A 1C6NA 1L54A 3HDFA 3SB5A 3BVDB 104LA 1SX2A 4W52A 3CDVA 217LA 1QM8A 3VVKA 4K5YA 1X0I1 5B2NA 5B6YA 5JJEA 4ARQA 1PQDA 4MD2A 4KLYA 1C6FA 248LA 1BM1A 1DYEA 3ZEVA 6LZMA 1QTDA 3F9LA 5G53A 1L01A 5H2HA 142LA 168LA 1I6SA 169LA 1DYCA 138LA 191LA 216LA 4G7QB 1C6HA 1C6QA 1D3JA 1LYDA 4YX7C 4WAVA 1L25A 1D2WA 3HTGA 1E12A 171LA 4N4YB 1HZXA 249LA 197LA 4YXAC 1CV4A 4MQTA 1LGXA 1C64A 4X1HA 1KW5A 2HUMA 2Q9EA 1LGWA 2Y01A 1QT3A 3PQRA 3X3CA 2YCWA 1S52A 5JJJA 4I7RA 1SWYA 2LNLA 235LA 2B72A 3PXOA 4X31A 1G0KA 1X0SA 1ZYTA 257LA 4I7TA 1L20A 5I14A 1S8JA 4IARA 3QJTB 2OU9A 4A4MA 1M0KA 1C6KA 1CU3A 4FBZA 227LA 190LA 1JV7A 230LA 4W59A 1D3FA 1L51A 2HUKA 3C8RA 1CTWA 3DMZA 1C6TA 2KSAA 3HARA 1ZWNA 3HH6A 139LA 1P2LA 3F8VA 170LA 1L09A 1CV3A 1L98A 1OWYA 2RBNA 1KW7A 3HU9A 4I7QA 3A7KA 4GP5B 5ITCA 3DN2A 3VW7A 1L49A 4QI1A 5B6WA 2KS9A 201LA 1P7SA 1L15A 234LA 1L10A 251LA 5G28A 4QRYA 3UG9A 3DN6A 3PBLA 4MQSA 2RBQA 1QTCA 3HU8A 4I7SA 233LA 122LA 4BEYA 2LCBA 1C60A 2YDVA 1P37A 1L69A 1CU5A 1L80A 229LA 1G07A 1C6EA 1QHJA 4MBSA 1L11A 180LA 2OTYX 4XT3A 3DN3A 1LWKA 1LYJA 2NTUA 129LA 4EJ4A 3AYMA 1D9WA 4I7KA 2QPEB 5A44A 3QJQB 4LDEA 167LA 1G0JA 157LA 4ARPA 2PEDA 2Z6BA 1LI2A 3DMVA 1C66A 3C8QA 1P46A 4FPDA 5H2KA 1DYDA 3NY9A 2YDOA 2M3GA 1JTNA 5AHZA 150LA 3EMLA 1L47A 1C6PA 3GULA 3AYNA 1D2YA 1BRDA 3GUMA 1XIOA 3QBKA 4JQ6A 1G0GA 1P64A 1JGJA 2L78A 1C6BA 4YXCA 1LYHA 205LA 4I7JA 137LA 1PXRA 4GP4B 4N6HA 4BUOA 3QBIA 1XMEB 258LA 166LA 1L16A 224LA 1L76A 4KNFA 103LA 2QB0B 2QARC 5G36A 1P6YA 1KY1A 125LA 192LA 5G2DA 1CV5A 1SX7A 2ANXA 3G3XA 5B6XA 1PQJA 4PXFA 5B0WA 3HH5A 1OVJA 3DNAA 1QS5A 1L62A 3UTVA 2J4YA 4W56A 1C67A 1CUPA 5ITEA 1L21A 1L23A 3NYAA 3CODA 1CU6A 1L86A 1SSWA 2A4TA 255LA 2HPYA 1KS3A 1OV5A 4EA3A 115LA 4PXKA 3SBBC 1L44A 1TLAA 4I7PA 3GUNA 1C6MA 4TL3A 1GU8A 1G1VA 4W51A 1R84A 1F4ZA 1Q5IA 206LA 1ZURA 1EPYA 4EIYA 3C9MA 5H2OA 5B6ZA 1NHBA 3C8SA 1TN5A 1C6CA 1T6HA 1QS9A 4MD1A 3EH3B 4G70B 1L17A 1LWGA 1LPYA 220LA 2B6ZA 3EH5B 1PQOA 1L99A 1L35A 1CV1A 1P56A 4AQNA 3QAPA 2JAGA 239LA 1T97A 2B7XA 3V2WA 2QPDB 1C62A 1JV6A 196LA 1G0QA 1L94A 4EXMA 198LA 1KY0A 3KJ6A 3UTXA 1L29A 4ARMA 3GUIA 4G72B 175LA 5LWEA 1CU2A 3G3WA 1L40A 3SB6A 2O7AA 1C8SA 4XXJA 2WJLA 141LA 1L52A 111LA 1G06A 1L43A 1C65A 2O79A 2RB0X 155LA 2RB1X 4I7LA 181LA 3QJVB 1OV7A 256LA 3SB7A 184LA 3HAOA 3P0GA 1LYEA 4HWLA 2Z73A 1E0PA 1L03A 2RB2X 3DMXA 1CV6A 1JFPA 2I35A 5AX1A 1L19A 112LA 1L31A 2VT4A 3WQJA 3HDEA 1CX7A 3REYA 1R2NA 1AT9A 1L84A 164LA 2LZMA 3CDOA 4XTLA 1L50A 4Y9HA 221LA 1CV0A 1G0LA 3OE6A 1PXSA 2OE7X 144LA 5J7AA 1T8FA 5EN0A 1L06A 2RAYX 3PWHA 4XTOA 2ANVA 3D4SA 4HYXA 2RAZX 189LA 1C6IA 4I7NA 113LA 1L36A 5A8EA 2AT9A 4W58A 1C6GA 2B75A 2RBOA 3S8FB 1G0MA 126LA 1LGUA 1BRRA 2KSYA 120LA 1JQUA 5H2PA 4I7MA 1L42A 158LA 3DN1A 3C83A 4WW3A 5AX0A 1C8RA 1D3MA 4NC3A 4GRVA 1BRXA 4UHRA 1C63A 4QIDA 2R4RA 5H2NA 1L48A 1L57A 1L37A 4OV0A 1JTMA 108LA 3C7YA 151LA 1L81A 3HASA 4XTNA 1LW9A 1L9HA 5AWZA 1L02A 2B70A 1C6LA 1H68A 1C68A 1L79A 4GBRB 110LA 4L35A 2ZZLA 210LA 3C82A 4E97A 3UZCA 1L34A 1QUGA 1QSBA 3HUAA 1WTHA 260LA 1L93A 3HTDA 244LA 195LA 1AP9A 3V2YA 1KGBA 4GYCA 4DJHA 1L91A 226LA 242LA 3ZPQA 232LA 3DKEX 2I21A 1L60A 3HUKA 1C61A 3MBVA 2RH1A 1F50A 5FJGA 3HTFA 107LA 3T45A 1L64A 1OYUA 1X0K1 2IGCA 5AHYA 3VGAA 127LA 1L96A 146LA 4GPOA 3UTYA 1L88A 1IW6A 1UCQA 262LA 4L6RA 3HH4A 231LA 4G7RB 4IAQA 252LA 1L83A 238LA 3LZMA 1M0MA 4JR8A 149LA 1L0KA 1CWQA 199LA 1PQKA 130LA 1L08A 1O0AA 5B6VA 4X32A 3HUQA 2YCZA 186LA 3SB9A 2CUUA 1PY6A 3CAPA 1L33A 165LA 1L87A 1LN6A 1L53A 4EKSA 259LA 3GUKA 5BR2A 2RBRA 2RBSA 5DYSA 1L74A 1QTBA 200LA 1L14A 159LA 2G87A 177LA 1L61A 5G2AA 3QJUB 2Y03A 2B6XA 1IXFA 2JAFA 1T8AA 3DN0A 2EI4A 1C6AA 4EKPA 102LA 1L55A 4N4WA 1L45A 119LA 3RZEA 240LA 1VGOA 1L89A 4EKQA 3QDCA 5C1MA 3UTWA 3VI0A 1QUDA 2RBPA 2F47A 3L2XA 1KG8A 4BEZA 4G7SB 1L32A 1QT6A 3HH3A 1B6IA 243LA 2F95A 1DYAA 3ODUA 1L00A 2KSBA 123LA 4ARQB 1L59A 2OTZX 4W55A 3OE0A 3QJSB 3UZAA 4ZPUA 2WJKA 2B6TA 145LA 1CUQA 3GUPA 261LA 2HULA 236LA 174LA 3OE9A 3NS0A 5TGZA 3QJRB 173LA 4PK0A 212LA 1P8HA 4G71B 3AM6A 182LA 3SN6R 5DHHA 1L30A 162LA 1OWZA 1GUEA 1C3WA 1L26A 219LA 2I20A 4DKLA 1L28A 1L27A 3C7ZA 1F88A 4UG2A 1L85A 3DN4A 2Y00A 2NTHA 1L13A 1L24A 4JKVA 3QBLA 1S8LA 4W54A 4BV0A 1PQIA 3C7WA 1QKOA 3ZPRA 3HT9A 118LA 160LA 131LA 1DZEA 5KKHA 2B6YA 3SBAA 2YCXA 3UONA 2YCYA 1L12A 5AZDA 3S3BB 1G0PA 4PJZA 185LA 178LA 1XEPA 2Q9DA 4EKRA 3GUOA 2Y04A 148LE 4DAJA 218LA 1L90A 1EHKB 3VHZA 2BRDA 3HAQA 1C69A 3HT6A 3COCA 5B35A 1L67A 4I7OA 5H2IA 3RFMA 1VJMA 1P8UA 5B34A 2L6XA 1G1WA 3NY8A 4EPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HT7A 1L71A 209LA 2F32A 4DC4A 2OU0X 1GBXA 1LI3A 1LMAA 253LA 4AMJA 2FBBA 3S3DB 5H2MA 1L46A 4J1BA 4DDAA 1L22A 1P2RA 1P3NA 1XGRC 3CSRA 1G7LC 3TXEA 1L07A 1HF4A 5A45A 1P5CA 5C6JA 3AGIA 163LA 5FSTA 1GFVA 215LA 4XJHA 3AZ5A 1L04A 147LA 1EQ4A 4WO6A 223LA 2HU1A 4N1EI 4W57A 1QT4A 4GBRA 1O23A 1QUOA 3RUNA 143LA 1QT7A 4LDLA 3ABWA 5F81A 1L0MA 5KXWA 3W6AA 5BR5A 1YROA 1Z55A 5B59A 3TXDA 1UICA 1S53A 1IWTA 4WG7A 3J6KA 3OAXA 246LA 3WU8A 4NSJA 5F16A 2LC9A 4LZMA 1KG9A 1L0JA 250LA 3TXIA 1PQMA 2BQFA 3G3VA 140LA 3WMKA 3HANA 4BAPA 4G4BA 2ZIYA 2NTGA 2F2QA 1LZRA 214LA 4OWEA 1L18A 3CDQA 3WW5A 5KXNA 4WM2A 2O4WA 1LLHA 2B74A 2YBIA 1LSBA 1L68A 2FBDA 4WM6A 3X3BA 188LA 1GBZA 1L66A 1JHLA 5H2LA 4HSFA 3S8GB 156LA 1UC0A 3A6CY 2HEBA 4TSCA 1LI6A 1LMCA 1H2SA 7LZMA 1LMPA 1CX6A 3ATOA 3FI5A 1C6NA 1L54A 3SB5A 1XGQC 104LA 3CDVA 1TBYA 1QM8A 3HFMY 1WQMA 1JKAA 1HSWA 4GN4A 6LZMA 5G53A 1L01A 3A6BY 5JENB 168LA 169LA 1IY4A 2MEIA 1LSYA 1LKSA 1C6HA 2RSCA 1GB6A 3P64A 1LZTA 4WAVA 1E12A 3TMVA 171LA 2BQLA 5HNLA 1CV4A 4RDSA 4QY9A 1GF7A 1KW5A 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 151L A;  1L81 A;  3HAS A;  4XTN A;  1LW9 A;  1L9H A;  5AWZ A;  1L02 A;  2B70 A;  1C6L A;  1H68 A;  1C68 A;  1L79 A;  4GBR B;  110L A;  4L35 A;  2ZZL A;  210L A;  3C82 A;  4E97 A;  3UZC A;  1L34 A;  1QUG A;  1QSB A;  3HUA A;  1WTH A;  260L A;  1L93 A;  3HTD A;  244L A;  195L A;  1AP9 A;  3V2Y A;  1KGB A;  4GYC A;  4DJH A;  1L91 A;  226L A;  242L A;  3ZPQ A;  232L A;  3DKE X;  2I21 A;  1L60 A;  3HUK A;  1C61 A;  3MBV A;  2RH1 A;  1F50 A;  5FJG A;  3HTF A;  107L A;  3T45 A;  1L64 A;  1OYU A;  1X0K 1;  2IGC A;  5AHY A;  3VGA A;  127L A;  1L96 A;  146L A;  4GPO A;  3UTY A;  1L88 A;  1IW6 A;  1UCQ A;  262L A;  4L6R A;  3HH4 A;  231L A;  4G7R B;  4IAQ A;  252L A;  1L83 A;  238L A;  3LZM A;  1M0M A;  4JR8 A;  149L A;  1L0K A;  1CWQ A;  199L A;  1PQK A;  130L A;  1L08 A;  1O0A A;  5B6V A;  4X32 A;  3HUQ A;  2YCZ A;  186L A;  3SB9 A;  2CUU A;  1PY6 A;  3CAP A;  1L33 A;  165L A;  1L87 A;  1LN6 A;  1L53 A;  4EKS A;  259L A;  3GUK A;  5BR2 A;  2RBR A;  2RBS A;  5DYS A;  1L74 A;  1QTB A;  200L A;  1L14 A;  159L A;  2G87 A;  177L A;  1L61 A;  5G2A A;  3QJU B;  2Y03 A;  2B6X A;  1IXF A;  2JAF A;  1T8A A;  3DN0 A;  2EI4 A;  1C6A A;  4EKP A;  102L A;  1L55 A;  4N4W A;  1L45 A;  119L A;  3RZE A;  240L A;  1VGO A;  1L89 A;  4EKQ A;  3QDC A;  5C1M A;  3UTW A;  3VI0 A;  1QUD A;  2RBP A;  2F47 A;  3L2X A;  1KG8 A;  4BEZ A;  4G7S B;  1L32 A;  1QT6 A;  3HH3 A;  1B6I A;  243L A;  2F95 A;  1DYA A;  3ODU A;  1L00 A;  2KSB A;  123L A;  4ARQ B;  1L59 A;  2OTZ X;  4W55 A;  3OE0 A;  3QJS B;  3UZA A;  4ZPU A;  2WJK A;  2B6T A;  145L A;  1CUQ A;  3GUP A;  261L A;  2HUL A;  236L A;  174L A;  3OE9 A;  3NS0 A;  5TGZ A;  3QJR B;  173L A;  4PK0 A;  212L A;  1P8H A;  4G71 B;  3AM6 A;  182L A;  3SN6 R;  5DHH A;  1L30 A;  162L A;  1OWZ A;  1GUE A;  1C3W A;  1L26 A;  219L A;  2I20 A;  4DKL A;  1L28 A;  1L27 A;  3C7Z A;  1F88 A;  4UG2 A;  1L85 A;  3DN4 A;  2Y00 A;  2NTH A;  1L13 A;  1L24 A;  4JKV A;  3QBL A;  1S8L A;  4W54 A;  4BV0 A;  1PQI A;  3C7W A;  1QKO A;  3ZPR A;  3HT9 A;  118L A;  160L A;  131L A;  1DZE A;  5KKH A;  2B6Y A;  3SBA A;  2YCX A;  3UON A;  2YCY A;  1L12 A;  5AZD A;  3S3B B;  1G0P A;  4PJZ A;  185L A;  178L A;  1XEP A;  2Q9D A;  4EKR A;  3GUO A;  2Y04 A;  148L E;  4DAJ A;  218L A;  1L90 A;  1EHK B;  3VHZ A;  2BRD A;  3HAQ A;  1C69 A;  3HT6 A;  3COC A;  5B35 A;  1L67 A;  4I7O A;  5H2I A;  3RFM A;  1VJM A;  1P8U A;  5B34 A;  2L6X A;  1G1W A;  3NY8 A;  4EPI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3S8G B;  156L A;  1UC0 A;  3A6C Y;  2HEB A;  4TSC A;  1LI6 A;  1LMC A;  1H2S A;  7LZM A;  1LMP A;  1CX6 A;  3ATO A;  3FI5 A;  1C6N A;  1L54 A;  3SB5 A;  1XGQ C;  104L A;  3CDV A;  1TBY A;  1QM8 A;  3HFM Y;  1WQM A;  1JKA A;  1HSW A;  4GN4 A;  6LZM A;  5G53 A;  1L01 A;  3A6B Y;  5JEN B;  168L A;  169L A;  1IY4 A;  2MEI A;  1LSY A;  1LKS A;  1C6H A;  2RSC A;  1GB6 A;  3P64 A;  1LZT A;  4WAV A;  1E12 A;  3TMV A;  171L A;  2BQL A;  5HNL A;  1CV4 A;  4RDS A;  4QY9 A;  1GF7 A;  1KW5 A;  1LGW A;  1HML A;  4TSB A;  1QT3 A;  3X3C A;  2B72 A;  3P66 A;  1EL1 A;  1S8J A;  1L20 A;  5I14 A;  3QJT B;  3N9E A;  5I4Y A;  3P68 A;  1LZG A;  1L51 A;  1C6T A;  3M3U A;  3ZVQ B;  4ET9 A;  1D0L A;  3HH6 A;  4O34 A;  139L A;  1TDY A;  170L A;  3HU9 A;  1D0K A;  3DN2 A;  1LJN A;  3VWO A;  2KS9 A;  1P7S A;  1LHH A;  1GFR A;  4QRY A;  3QNG A;  3HU8 A;  4I7S A;  1IR9 A;  122L A;  2BLX A;  4B4J A;  1D6Q A;  1C60 A;  2YDV A;  1L69 A;  1G07 A;  1C6E A;  4HJZ A;  1HSX A;  2OTY X;  1DXJ A;  1LWK A;  1LYJ A;  3RZ4 A;  4I7K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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