4DE8A

Lytr-cps2a-psr family protein with bound octaprenyl monophosphate lipid
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
EYSLSVAVLADSEIENVTQLTSVTAPTGTDNENIQKLLADIKSSQNTDLTVNQSSSYLAAYKSLIAGETKAIVLNSVFENIIELEYPDYASKIKKIYTKGFTKKVEAPKTSKNQSFNIYVSGIDTYGPISSVSRSDVNILMTVNRDTKKILLTTTPADAYVPIADGGNNQKDKLTHAGIYGVDSSIHTLENLYGVDINYYVRLNFTSFLKMIDLLGGVDVHNDQEFSALHGKFHFPVGNVHLDSEQALGFVRERYSLADGDRDRGRNQQKVIVAILQKLTSTEALKNYSTIINSLQDSIQTNVPLETMINLVNAQLESGGNYKVNSQDLKGTGRMDLPSYAMPDSNLYVMEIDDSSLAVVKAAIQDVMEGRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Attachment of Capsular Polysaccharide to the Cell Wall in Streptococcus pneumoniae.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Cps2A
total genus 118
structure length 374
sequence length 374
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03816 LytR_cpsA_psr Cell envelope-related transcriptional attenuator domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.260.150 Mainly Alpha Orthogonal Bundle 434 Repressor (Amino-terminal Domain) 434 Repressor (Amino-terminal Domain) 4de8A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4de8A01
4KD5A 3LSWA 1N76A 1MQJA 1FTLA 2LAOA 4XKQA 3A09A 1LAXA 5CRYA 3W9WA 2FNCA 4POXA 2XX8A 3CRBA 4U1OA 5IAIA 5KCJA 4YICA 4PE5B 4R9FA 3SEWA 3M3FA 5AA2D 1Y20A 1EZ9A 1IIWA 3FASA 3QK6A 3GXAA 4O3AA 4F3BA 2Z8FA 1P1OA 4FECA 4R9GA 4RA1A 4GVOA 1B51A 2I3WA 2XXWA 3UA8A 2QSXA 3OEKA 1SI1A 3IORA 2E1SA 2VD3A 3CFLA 4LVQA 4DLDA 2Q9TA 2M8CA 3FZVA 1Z7ME 1QVSA 1B3FA 1B9JA 4I62A 2ZYMA 1XS5A 3CR9A 3HN0A 4YKKA 2Y84A 3RNNA 2OWTA 2QS4A 3CG1A 2DWIA 5B70A 1B7HA 2D3IA 4U21A 4DE9A 3TCFA 3U93A 4E0WA 4HW8A 1B3HA 2I0BA 1NFTA 3QYTA 2ONKE 4ELOA 4LA9A 5L9OA 5J1DA 2UYEA 3FXQA 1BP5A 3V83A 2NOOA 3GLBA 3M8UA 4IY6A 4NF5B 3VXBA 1P1WA 3LBSA 4DDDA 3T9VA 3PPNA 3BKIB 3C9HA 1N7WA 3O97A 1MQHA 3EPEA 1XT8A 2A5SA 3N5LA 4LZ7A 1MM6A 3Q27A 3T22A 4QSEA 5I58B 3AXFA 3S9NC 4YKPA 3OSQA 1QULA 3Q29A 4HTGA 1IXHA 4ZDMA 3K4UA 2XXQA 4JWYA 4U22A 3OELA 3FVOA 4R75A 5FHMA 1L5TA 1FQCA 5ELVA 2OJTA 3U72A 2PYYA 2O69A 1LFIA 2G93A 3MZBA 3HV1A 4GQOA 4LP2B 2HFBA 3MVYA 2H4IA 1IZ1A 3D4CA 4IO5A 1B05A 3THIA 3FXUA 2R6GE 2Y7PA 5I58A 5H8NA 3O6GA 1MQIA 5EYFA 1A7LA 1B6HA 3FJ7A 1B52A 1TXFA 4ELQA 1UTHA 3OD7A 4OBMA 1MY4A 5CC2A 4F22A 3O66A 3O2AA 4GXSB 4I8CA 1TFDA 1MDQA 2OK2A 3E3KA 3IB2A 1IXGA 1H3DA 5DTBA 2X7QA 1FQBA 3TTMA 4ECFA 3PE5A 1IUDA 2HAUA 1ELJA 3MPKA 3H6WA 1MQGA 3H7MA 3SEXA 5F1QA 3KN7A 4G68A 4GL8A 5FHOA 3SESA 3C36A 4N13A 3G3FA 3TCGA 5BUUA 1MRPA 4WEPA 1MG1A 5I84A 4M1VA 5LOMA 1YCJA 2I49A 3H06B 3K2DA 4FATA 1LAHE 2R9JA 3O6IA 4ZEBA 5JTYA 3U1OA 2ZNSA 3OXNA 3MP8A 4RYAA 4MLVA 1RYXA 5A5XA 1QUIA 5DT6A 1IXCA 3UK4A 2Q89A 4EF1A 2ESNA 1PDAA 3PU5A 4K3FA 5FTIA 4THIA 3TTNA 4QSCA 4F2OA 4DZ1A 3VE1B 3S9EA 3RGYA 3TUSA 4H67A 1R1NA 4EF2A 4XXUA 1I6AA 4LONB 1M5EA 2QL3A 4BDRA 2OLBA 4OERA 2OBGA 5HBCA 3T9XB 3O28A 3FJMA 5CMBA 1EZPA 3F11A 2I6EA 3FIRA 1A8EA 2D5WA 4DXUA 4AB6A 1EZOA 4PFYA 5I2KB 4C0RA 4OEUA 3VXCA 3KZGA 3PPOA 4KCDA 2V3QA 3C34A 3KFMA 4ND9A 3K0VA 2R71A 3OWQA 4WKMA 3CVGA 5AA4B 4H1XA 5I2NA 2AIXA 1SYIA 1DTZA 1F9BA 1IQ7A 4YAHX 1SW4A 4R74A 4EQ7A 2O7IA 2UVJA 1MPBA 2B3FA 4JWXA 3T9HB 4YZZA 4NF8B 2F5XA 2D21A 4QFKA 4NF6A 4R6KA 1AL3A 5AA3A 4EQBA 2ZYKA 4Q30B 2QRYA 3PD9A 1SDXA 5AA2B 1MY0A 2ZMBA 3DP4A 5EHSA 5JEIA 2ZYOA 5ICQA 5ITPA 4H8JA 3RUMA 1ZMGA 1JETA 3VLWA 2NWJA 2FA7A 5H8FA 1D3KA 1D4NA 3K01A 2X26A 4X1BA 4KI0E 5ITOA 1BIYA 4OETA 3FUZA 5CM6A 1Y3QA 2RKMA 3NROA 1FQAA 2PMSA 3GBBA 3JZJA 3QIMA 3U8QA 5I56B 2XD2A 2ONRA 5I59B 3OO6A 4FJPA 4XTCQ 4JSDA 4Q5TA 2DWJA 1B7UA 4YKIA 4Z7EA 3IOTA 1XHYA 2RCAA 3ILTB 3MW0A 1B0LA 3LUYA 1RYOA 2OCUA 3Q28A 3SEVA 1B7ZA 3ODBA 3KOTA 1SBPA 3KBRA 2GH9A 1Y3NA 2XXIA 3IB0A 2W7YA 3MP6A 1IEJA 3MAMA 1SW1A 3QUJA 4QFPA 1YAEA 1FQFA 1IXIA 1Y4TA 2DE2A 2X7PA 3GBAA 3HO7A 4IO2A 4RPNA 1ZTYA 3C35A 1QUJA 3IO4A 2XXUA 4RNSA 5L9MA 4GRKA 3KOSA 3MEJA 1LCFA 1ZIUA 3H03A 1LFGA 1XC1A 2XX9A 4FE8A 4U4SA 1SVXB 4C1UA 4KHZE 1LGBC 3TKDA 1MXYA 3MVWA 1UIUA 2I48A 4LZ8A 1H76A 1D9VA 1Q1KA 2CMOA 3OMBA 1NNPA 3IX1A 5FHNA 3USDA 1XVXA 5K2YA 3RTFB 4GD5A 1PB9A 4FEDA 3PUZE 1B3GA 3OO7A 3E9XA 3EHSA 2YJPA 3KJ7A 1JVYA 1M5BA 4R2FA 3RN8A 2ONSA 3KEIA 4OQOA 2H25A 4G2ZA 1A54A 1ATGA 3RY3A 1URDA 1MY1A 4GIZA 4RK9A 2DWHA 2F78A 4QHQA 3IO6A 2PT2A 3OOAA 4ELRA 4OFOA 2O51A 1YTVA 4GLIA 1SQYA 3SEUA 1AOVA 4UACA 4KYDA 1FTJA 3R26A 1N3XA 1HSJA 3TFLA 3FV1A 4ESXA 4IGRA 2HZLA 3N6UA 4KQPA 3V89B 3WAFA 4F1VA 1Y4CA 3D4GA 3TMGA 5CI5A 4OVJA 4F1UA 4H6DA 3PUYE 1FTOA 1R6ZA 3B6TA 3KN8A 4G68C 1N0TA 4JXIA 3GZGA 3QXMA 4NF4A 1OVTA 1I6BA 3ILUB 1GV8A 5CBRA 4OYVA 1AIVA 2HEUA 1O64A 3T93B 1LB8A 3QSLA 4X9TA 3VV5A 4WEDA 2O7UA 4F1YA 2AYSA 2F8DA 4P11A 3R7XA 1QUKA 3IAZA 1N84A 4JB7A 1MY2A 3JV9A 4F39A 4OFJA 5I57B 1RKMA 4XKRA 4RY1A 4GL0A 1Q35A 1FQEA 4PFWA 4R73A 1LLSA 4X48A 1USYE 3T9UA 5IKBA 1N04A 1Y9UA 2DXYA 3PUWE 3IOUA 1JW1A 1I6QA 1XVYA 1Y1ZA 2P1SA 2RCBA 3PMXA 4LQ5A 4QSDA 4BLAA 1SW5A 2QPQA 4NF4B 1LB9A 4DE8A 3MP1A 4F3GA 1US5A 3IR1A 4H65A 2GFEA 3FVNA 5KDTA 2KLFA 4ZE9A 4OZ9A 1ZU0A 3IOVA 2V3TA 2UVGA 3TPAA 3B6QA 3SETA 4O3BA 2ALUA 4FORA 1LCTA 3RPWA 2RC8A 2ZXTA 3K1NA 3TELA 1DPPA 1MQDA 1OMPA 3QFIA 1MPCA 2HZKA 3C4MA 1M5DA 3OO8A 2QS1A 4MBPA 2XD3A 4WXJA 4YB7A 1JW4A 3RLFE 3T96B 4H5FA 1PC3A 1KWHA 1VR5A 2UVIA 3KSXA 4O3CA 4UA8A 5TU0A 1CB6A 2PX1A 2V3UA 3EHUA 3K1MA 3MC2A 3PUVE 4M4GA 4EUOA 4EDPA 2DE3A 3PGFA 1SI0A 2I3VA 3Q26A 4OXVA 4ELPA 5I57A 2H98A 4ZE8A 3RTWB 1P1UA 2DVZA 2PBWA 4TQUQ 1LBBA 4H8IA 2O1LA 2F36A 3BFTA 2DP8A 2DQVA 3DM0A 5A5XB 1PB8A 3H6UA 3HPIA 3LR1A 1NKXA 1PEBA 3U92A 3O6HA 1MXWA 2BJJX 4FIMA 1WDNA 3C32A 1DSNA 2O6AA 2XXTA 2NUVA 1QJMA 1VFEA 3G3KA 3IOWA 4ZEKA 4NWCA 5TPAA 3S9MC 4LQ2A 4HCWA 1S9TA 4ZEDA 3FVGA 4LZ5A 3MZ1A 2G29A 3FJGA 4RK2A 4BDLA 1OIBA 3LSFB 3BBRA 2V84A 4XKNA 5F7VA 4IO3A 4OTEA 1JQFA 1MDP1 1FTKA 3K6UA 3TYHA 3K6WA 4BDQA 1O7TA 4X1DA 2I58A 3ZSFA 1Y1MA 1MXVA 1PB7A 3N6TA 4G8NA 4R6YA 4E0XA 1Z7NE 3RT8A 1H44A 3R6UA 3H6TA 4OENA 4N6PA 5KCJB 3S9LC 3VVFA 2F35A 5FTHA 3G3HA 4PETA 1CE2A 1GVCA 2A5TB 1B4HA 4IO7A 4ISUA 5KDTB 4ZZAA 2QS3A 1JVXA 2Y7WA 3OEMA 3QUFA 1NNFA 3HCQA 1MPDA 2QMWA 1T0KA 1DTGA 1YPNA 2Z8DA 4P0IA 1TWYA 1URGA 5L8DA 1GTKA 2O68A 1J1NA 3KGCA 1SW2A 1DOTA 4RPOA 4GXAA 1LSTA 4MF3A 5DEXA 1VFDA 2Y7KA 4ZS9A 2UYFA 3OKZA 3IL1B 2Z8EA 1POY1 1R9QA 3UN6A 2O84X 1OQHA 4G8HA 1OQGA 2YLNA 3ZS6A 2A5TA 1POTA 2HCAA 3PMWA 4DXBA 5JK4A 3CI8A 3UORA 3HSTA 3TEPA 1B5HA 3CSGA 3FGSA 3MVZA 4GWOA 4NMYA 2DXRA 2REJA 1EH3A 1N7XA 1UTHB 3K00A 4QF9A 4TLMB 5M2VA 4AB5A 4EXLA 4QFNA 1M5FA 4PP0A 4Q0CA 3SDFA 4H5GA 3V5AA 3FXRA 1B5JA 1FTMA 2NVUB 2VGQA 3LSLA 4QRZA 4EXKA 3ZKKA 2H9BA 5DEXB 3VLUA 4RJZA 1R9LA 2AL5A 3C33A 1GR2A 4DCYA 4I1DA 2ZNTA 3TTRA 1B5IA 4MFIA 4U2RA 1HSLA 3W9VA 1HSEA 4G68B 3MWBA 3CSBA 3E4RA 3FD3A 4GFRA 1UTBA 4YB5A 3DELB 3HHGA 1JNFA 3RT6B 2XXHA 3PPPA 2HQ0A 3IB1A 4F2QA 5HM4B 1S7YA 5ISUA 3SERA 4F29A 1NNKA 2RF1A 3DLNA 4RXLA 3O29A 5H8QA 3B6WA 5KZTA 3TQWA 2IA4A 2XX7A 3NXHA 1PBPA 2UVHA 3CIJA 1OLCA 3N94A 3EHTA 4IO6A 4XKPA 1JW5A 4F19A 5TP9A 4DIGA 3PUXE 1MH4A 3KN3A 1MM7A 2DE4A 3V8XB 3B7DA 5ICTA 2O1MA 5HPQA 2VP1A 4YMAA 4R72A 1MH3A 2P0SA 2ZYNA 4KCCA 2DSFA 1P1NA 3MUQA 1LAFE 2GHAA 1MXUA 1ZBMA 1ZKBA 3G7WA 2IEEA 4MLQA 3K6XA 2DWAA 4ZEFA 1VE4A 4G4PA 1MXZA 3VDFA 5H8HA 4U23A 2XXVA 2REGA 3TODA 3QAXA 4JDFA 5EHMA 4ESWA 4YKJA 2AL4A 3MZ9A 1BTJA 2GHBA 4G8MA 4EQ9A 2B3BA 2XXPA 5I2NB 4JWOA 3CFXA 5I59A 5DVIA 3OSRA 4XIGQ 3G3GA 4R2BA 1N3WA 2ANJA 2F97A 2V25A 1EU8A 1XOCA 1ZLQA 2XXYA 1B2HA 2F7BA 4P0GA 1B46A 1H43A 4F3SA 2OWSA 3I3VA 3KSJA 1ZJLA 3MVXA 1NH7A 2HAVA 4MH5A 2PVUA 5B7DA 4N07A 1DPEA 1H45A 3H4ZA 1WODA 4FEBA 2F34A 1QW0A 3KJTA 2PT1A 1Y3PA 4IGTA 3W15C 4TOZA 4C1TA 2F7AA 5BWJA 2I4BA 2F6GA 3CFZA 4G77A 4KYEA 4NE4A 5DVJA 3TTKA 1BKAA 4BDOA 2Q2CA 2QJEA 3PPQA 4ONYA 5H8FB 5CMKA 5I56A 1AMFA 4IB2A 4HS7A 3PPRA 2Q88A 4OESA 1VSOA 1FCKA 3N26A 4OHNA 4F18A 4F3PA 3IK6B 2E0SA 3RQTA 1OVBA 3C31A 3K6VA 2Z23A 3SKPA 2GRVA 1B40A 2VD2A 3H6VA 4NTLA 1NNTA 3TDJA 1P1QA 3MJNA 5TPAB 3UP9A 1MY3A 3M3KA 3TAJA 2QS2A 1A40A 4NF6B 4IY5A 2VHAA 3M3LA 3G3JA 1S50A 2RC7A 4OFLA 2I4CA 4LUBA 1A8FA 2ZNUA 4OEVA 1I69A 2ABHA 3A3CA 2YPNA 4YB6A 5DVFA 2Q8JA 4KFQA 3VVEA 1ANFA 1NL5A 3ONMA 1OLAA 3L6HA 1TFAA 4H0WA 3IJXB 2Y7IA 2XHDA 5H8HB 5AE4A 1O63A 1NMUA 3OENA 4TLLB 1B1XA 3EQ1A 2Q2AA 3K02A 3O9PA 1BLFA 3OO9A 4NEDA 1USYH 3WAEA 4YMBA 4F31B 2OZZA 5H8NB 4FAJA 2RINA 4HCYA 1JEVA 4OWDA 1UQWA 1JEUA 2F6PA 2NXOA 3S2VA 3TCHA 3BFUA 4AQ4A 1B0HA 3T66A 3DP8A 4U4XA 2CZLA 5CMMA 3U94A 2DOJA 1A99A 2THIA 5I2KA 3EN3A 1FW0A 3UGWA 1QKBA 1US4A 3KG2A 4I9DA 3HHFA 3P7IA 2VOZA 1SD3A 3LSXA 3L6GA 1MS7A 3LC8A 3PV0E 1B1HA 2H5YA 3Q25A 4IO4A 3TZAA 4BDMA 2F7CA 1LFHA 4PFTA 1B58A 1LAGE 1LBCA 1UIVA 4Q8RA 1A55A 4ZECA 5JTYB 4JSOA 1SYHA 1FQDA 4QFOA 3TTLA 3VFJA 2I0CA 2HXWA 2QMXA 3MPLA 1P99A 1QKAA 3K1PA 4L17A 3CG3A 4POWA 2B65A 1B4ZA 1D9YA 2DS9A 3VVDA 4BDNA 4DCXA 1TT1A 3I5OA 2Y7RA 4ZZEA 3UIFA 4NWDA 4KYSA 2H99A 1B32A 2FYIA 1IITA 4DXCA 1MXXA 3G3IA 2XXRA 3FV2A 1UTBB 5AA1A 1PBQA 3VLVA 4GF8A 1NH8A 1B3LA 5CMCA 4PFUA 3I6VA 3FATA 1B3EA 4ZEIA 4GOTA 2Z22A 4JBZA 3MBPA 4NF5A 1GGGA 4Z0IA 3DP6A 2V93A 1WVJA 5DYHA 5H8QB 3H3GA 5CBSA 4YU0A 1AH5A 5AA4A 4R6HA 3IJOB 3FVKA 4KPTA 4LATA 4PQJA 4OMBA 3A3UA 4QFLA 5TP9B 1M5CA 1URSA 3MQ9A 3E13X 3S4UA 4U1ZA 3SEYA 2P2AA 2UXAA 2DYXA 3EF7A 3ZKLA 1II5A 2DVCA 3ECRA 4NF8A 4KR5A 3TQLA 1DMBA 5AA2A 5H8SA 2RC9A 3PMVA 5K2XA 5L9SA 2XXXA 3PD8A 3JYRA 2WKYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LSWA 4XKQA 1MQJA 4PE5B 1Y20A 3QK6A 1IMEA 4R9GA 1B51A 2QSXA 4PTKA 1PRVA 3FZVA 1Z7ME 3SZPA 1LBYA 2JVLA 3MSTA 5B70A 2JCGA 4E0WA 4I8TA 3G0TA 2I0BA 3QYTA 3T0JA 4ELOA 2BJIA 3V83A 4IY6A 4N6DA 3PPNA 3EPEA 1ZAYA 4QSEA 4OVRA 3S9NC 2PUDA 3Q29A 3OELA 2ZZWA 2OJTA 3U72A 2G93A 3MZBA 4GQOA 2HXRA 3O9XA 3QF3A 2H4IA 2BNOA 3F51A 3D4CA 3FXUA 2R6GE 1MQIA 1A7LA 3FJ7A 2M4HA 4ELQA 5LDZA 4OBMA 3HFUA 4GXSB 4I8CA 5DW8A 2X7QA 1CQTA 1RIOA 4ECFA 3DNVB 1ELJA 3OQMA 5F1QA 2ICPA 1JWLA 4G68A 5BUUA 1YXIA 1MG1A 4WEPA 4FATA 1LAHE 5JTYA 4MLVA 1QUIA 5DT6A 1IXCA 3UK4A 2PUFA 3PU5A 1R1NA 2AXUA 1M5EA 2QL3A 3QMFA 2F3BA 3FIRA 2D5WA 1EZOA 3PTYA 3KXAA 1LLIA 3CECA 3VXCA 3KZGA 4KCDA 3KFMA 4N81A 1DTZA 2AIXA 1SW4A 4EQ7A 2UVJA 2B3FA 3T9HB 4YZZA 4NF8B 5AA3A 2ZYKA 5AA2B 3SCHA 1SDXA 4O94A 2ZYOA 3RUMA 1JETA 2FA7A 1D3KA 3LV0A 4X1BA 1BIYA 1ZVVA 3QYXA 1Y3QA 3NROA 1U2ZA 3JZJA 4JSDA 2DWJA 3IOTA 1XHYA 2RCAA 3ILTB 3LUYA 3Q28A 1B7ZA 4NDWA 1SBPA 1Y3NA 2PFZA 2W7YA 2WUSR 4EK9A 5J16A 1IXIA 3HO7A 3GBAA 4I40A 1ZTYA 3C35A 3L1PA 2EF8A 4OA4A 1ZIUA 1LFGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1B4Z A;  4DCX A;  2L5V A;  3UIF A;  2OWZ A;  1IIT A;  3FV2 A;  1PBQ A;  1NH8 A;  3FAT A;  2Z22 A;  3MBP A;  4Z0I A;  5K98 B;  1WVJ A;  3FVK A;  4OMB A;  3A3U A;  5TP9 B;  3SEY A;  3ZKL A;  5AA2 A;  3ECR A;  3TQL A;  1DMB A;  2RC9 A;  3TRB A;  3PD8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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