4DHZA

The structure of h/ceotub1-ubiquitin aldehyde-ubc13~ub
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
LAYDEAIMAQQDRIQQEIAVQNPLVATLAPFSILCAEYDNETSAAFLSKATELSEVYGEIRYIRGDGNCFYRAILVGLIEIMLKDRARLEKFIASSRDWTRTLVELGFPDWTCTDFCDFFIEFLEKIHSGVHTEEAVYTILNDDGSANYILMFFRLITSAFLKQNSEEYAPFIDEGMTVAQYCEQEIEPMWKDADHLAINSLIKAAGTRVRIEYMDRTAAPNGGWHYDIPSDDQQIAPEITLLYRPGHYDVIYKKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The mechanism of OTUB1-mediated inhibition of ubiquitination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ubiquitin thioesterase otubain-like
molecule tags Hydrolase/signaling protein/ligase
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature ec 3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1.
pdb deposition date 2012-01-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1300.20 Mainly Alpha Up-down Bundle 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases 4dhzA02
3.30.200.60 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4dhzA01
2ZFYA 4FJVA 4DDIA 4DHIB 4DHZA 3VONA 4I6LA 4LDTA 4DDGA 1TFFA 4DHJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VRAD 3MSSA 3R8UA 5I5ZA 4MWHA 2VO7A 4KRDA 3MFTA 2B53A 3GC0A 4H1JA 5C4KA 3P4KA 2WTKC 2IPXA 5DGZA 3ERKA 2J0KA 4FC0A 3ENMA 2VTHA 4WNOA 2UVXA 4QMXA 5K3YA 3FZSA 4GU6A 4HGEA 1JSTA 4YT0D 2YIWA 3UIUA 1T46A 3ZONA 2B9FA 3MIAA 3O8PA 3OXTA 2GMXA 3PVUA 3I7CA 4EH4A 1VR2A 2JBPA 4YTFA 2NPQA 4HVIA 4XV2A 3SVVA 3FI2A 4DFNA 2WD1A 3LCTA 3ZZWA 3HP5A 1PXMA 4X3FB 1AQ1A 4RJ3A 1YW2A 3TL8A 3WF5A 5HQ0A 5J9YA 1O6KA 2C6KA 3C1XA 2W1EA 4FE2A 3GQLA 3DNDA 4WA9A 5CASA 4IVAA 5HGIA 2JDSA 4QOXA 3EFLA 3SW7A 3CGFA 3RHKA 3UC4A 3V5LA 3ZDUA 4A9RA 1KOBA 4XG2A 4I6HA 3QCXA 4WG3A 5HVJA 3EN7A 1E1XA 3W2OA 2CCIA 3MH0A 3ZLSA 3EFKA 4FSWA 4GUBA 4YSMA 3AC1A 3BLAA 4IB3A 4QT1A 4KSQA 1KV1A 2EXCX 2XCKA 3BE9A 3F66A 1UU8A 3E64A 4IC8A 3WZUA 1JKSA 1YI3A 1XH8A 2V5QA 3GU5A 2WFYA 3CJFA 3UVQA 1ZY5A 3QXOA 3UTOA 1H1RA 2OK1A 3ODYX 1OL7A 3NNVA 2C5YA 1GZKA 1G5SA 4FV5A 3SFDC 5DG5A 3PXRA 5E8TA 3VQHA 3EQBA 4IIRA 4DT8A 3VS1A 1KWPA 2OGVA 3ORIA 4HNIA 4R1YA 3TKHA 3UZRA 4ORKA 1STCE 3FY0A 3BCEA 5FEDA 5IA0A 4E8AA 4EK5A 1CM8A 4CXAA 2OXDA 2ZM4A 4N4SA 3MFRA 4C7TA 2WU2D 3F5PA 2GS6A 5CYIA 2QQ7A 4OTRA 2QG5A 4AN3A 2O0UA 2V7AA 5IDNA 1Q8YA 2H96A 3GU6A 4XH6A 2C6IA 3ZRLA 3IPHA 3MN3A 3RPRA 5A54A 4UV0A 3C50A 2CKQA 4E1ZA 2B76D 5IH5A 1H4LA 5A14A 3AT3A 2XAMA 4YBJA 5AUYA 3BBTB 2PMNX 3HP2A 3CE3A 4O96A 3UP7A 4F4PA 3L9LA 4IBMA 4NL0A 4S30A 3TXOA 4AZWA 3DPKA 3DCVA 2P2HA 2RGPA 4X3FC 5HVYA 1BMKA 2R3JA 3P23A 4M15A 5DOSA 2VTIA 3AKKA 4Y8DA 3C0HA 4FIFA 5AJQA 5EM7A 4FL1A 4O2ZA 4QQ5A 3Q4UA 3DAJA 4A9SA 4CRLA 4QYHA 2PHKA 3R9HA 5LMKC 2ZJWA 2G2FA 5LQFA 4I4FA 3T3UA 2GFCA 4D55A 4FA2A 2WTVA 2AUHA 1XR1A 1OECA 1NVSA 1ZP0D 2PVJA 3NPCA 4JR7A 5HO7A 4XV9A 5HCZA 3RI1A 3WE4A 3KXMA 4W4YA 3ZHPC 4FSQA 2Y0AA 5C01A 3B2TA 3E88A 3MPAA 3FL5A 4YTNC 4FT3A 2W4JA 4RWIA 3ZYAA 4CT1A 2J0JA 3ZC5A 4MXZA 3HV5A 3PXYA 4A4OA 4CCUA 2BDFA 4B8MA 1BI7A 3PE2A 3GU7A 2VAGA 3WI6A 4RX9A 4TRLA 3N4VA 5D7AA 1NW1A 2I6LA 5A46A 4CVAA 4BGQA 4GW8A 3OY1A 3Q60A 4L44A 3V5WA 4EH7A 1H1QA 3E8EA 1NVRA 3EKNA 3W8LA 3ZMMA 4DFYA 4FSMA 2B9HA 1FQ1B 3KK9A 3TTIA 3EL7A 5AFVA 2XZSA 2BCJA 3HV6A 2FA2A 2XS0A 3BHHA 1JKLA 2E9PA 4FG7A 5GJDA 3EFJA 1JBPE 3NUPA 5C8MA 4ZSGA 5JRSA 1ZRZA 5FP5A 3RCDA 4F70A 4C4JA 5ANDA 3MI9A 4M13A 3TV6A 4BR3A 3HVCA 2JKQA 3CTJA 4ZS4A 3R7YA 2VTRA 4ZP5A 4F9BA 3LFFA 3AMYA 3ACKA 1DS5A 3D14A 3EQDA 4FTLA 2YDIA 4S2ZA 3W0RA 4CFMA 3MH1A 2OIBA 4ID7A 2C69A 2NP8A 4A9TA 4FNWA 1FVRA 3LW0A 4HNFA 3QFVA 3MY1A 5DVRA 3FE3A 3PWYA 1F5QA 4HZRA 4KSPA 4KBKA 1NXKA 4LDTA 5AP7A 1UNLA 4EC9A 1PF8A 4ZLYA 3AD4A 3BV2A 4QPSA 5DNRA 4Y83A 3DTCA 4ALVA 2PMOX 1PMNA 1XWSA 3S00A 5EYKA 2BRGA 3KMMA 3QRIA 4OTGA 5LARA 2XVDA 3Q52A 3FAAA 2HCKA 1OPJA 2XB7A 4IB5A 5IA4A 3GU4A 2C6MA 4XP3A 2WB8A 3ORPA 2VRXA 3E3BX 4FNZA 3F3ZA 5CTPA 2YFXA 3Q5IA 4FYNA 5CEOA 3V51A 5DI1A 4QNYA 3A62A 1U59A 4FKUA 4IB1A 4Q2AA 5EI6A 3GCQA 1H25A 3PFQA 5M44A 3P4RC 2CMWA 5ACKA 3MYGA 4DGOA 3QC4A 5E92A 5KCVA 3QTUA 2F57A 2QC6A 2YM4A 3UC3A 2X8DA 5LVNA 3U6HA 3HA8A 1RQQA 3CR0A 3OTUA 4O38A 2X7FA 4IW0A 4XOZA 1WFCA 3M42A 3VVHA 3KXXA 3H4JA 4G9RA 3MVHA 2JIUA 4TN6A 4KS8A 4F0IA 4RJ7A 2PUNA 3GOKA 5J5SA 4FSYA 3PY1A 4F9WA 2UZVA 2VWIA 1YQ3C 2QOIA 5M09A 5CANA 2V7OA 1QPCA 4LV5A 3EJ1A 3KC3A 4ANMA 5BMSA 3QTQA 3MB6A 5AADA 3R8PA 3TMOA 4YBKA 4YTIA 4F64A 2VO0A 2HZ4A 4GS6A 1H00A 4JDJA 1P14A 1URCA 5H8EA 2YEXA 2VTAA 4ITJA 1NVQA 3AOXA 4AG8A 4E7WA 4FG8A 1SNUA 2YM8A 4G6LA 4ENXA 1J3HA 2P2IA 4O82A 4X3FA 3UO5A 2YM6A 2ZM3A 1JKTA 2WEVA 2HY0A 3FDNA 4TKSA 4AZFA 3MBLA 4FZ6A 3TKUA 3UO4A 3VULA 3I0OA 4W4VA 4AQCA 4BI2A 3LFCA 5LMKA 1DI9A 1SVEA 3ZEWA 5L2WA 5CS6A 2E2BA 3CPCA 4UY9A 3U87A 4XCUA 4XMOA 3KREA 4QDEA 2BZIB 4J97A 3E63A 2BRNA 3AEGC 3KQ7A 1E7PC 4PDSA 4DH1A 3NVKI 3GB2A 3QD0A 1Y57A 3UVPA 3HUBA 4MD8E 3QQUA 1OL6A 2GNHA 4YO4A 4ZAUA 3O17A 2WMQA 5FRIA 4RFMA 2ERKA 3W16A 2QOLA 3OG7A 4ZY6A 3QCSA 4HYSA 2BROA 2PMLX 5EHYA 4ALWA 5TKDA 3M1SA 3T3VA 3A4PA 3LCKA 4ZZMA 3ZCLA 4ERKA 5KBRA 4CMTA 5M07A 4H05A 5J95A 2ZM1A 3QGWA 1HOWA 3AEBD 4GT3A 3PP0A 5DWRA 4A9YA 5HX6A 2HWOA 4P5ZA 2O5KA 4OBPA 3OWJA 3PJ2A 1MQ4A 2UW5A 4CV9A 4G3CA 3EQGA 1MP8A 1M2RA 3EYHA 4YJQA 3O8TA 4FSRA 3KFAA 3DK3A 4FGRA 2ESMA 4EJ7A 2XJ0A 1Q8TA 3QYWA 3EHAA 4FZ7A 4M3QA 3NYXA 3HV4A 5BVWA 5AUUA 2VWBA 3AC5A 3FZRA 1MUOA 1YI6A 3OHTA 4LL5A 3LFNA 2XAOA 5CVHA 3O2MA 4AOJA 3EFWA 4S33A 2BKKA 2O8YA 4AT4A 4CGAA 3RAHA 3AE7D 2PZPA 3ETAA 4CZTA 4BCJA 4DG3E 5IA2A 5E8WA 1FPUA 1SZMA 4WHZA 5BYYA 1MRYA 4O86A 3DA6A 1RDQE 3N9XA 2J0MB 2A2AA 5JFXA 3WARA 4KA3A 1GAGA 3MA6A 4G2FA 4I5CA 4MBLA 4GFMA 3VUHA 5E8SA 4FTKA 4EOOA 5CT0A 1R78A 3UBDA 3NYNA 3QRKA 1JWHA 5E4HA 1PXJA 5FTOA 4CFXA 3QUEA 1FGKA 2XP2A 4PDYA 4TXCA 4DG0E 4TL0A 5KHXA 2X7OA 2HOGA 4A06A 4QQTA 2HZNA 2VTNA 2WMRA 3CSVA 3MPTA 4HW7A 4QP1A 3VWAA 3AEAC 2XKDA 2PVNA 2UW7A 4KKEA 5EHOA 3DKGA 3LXLA 5EW3A 5IEXA 4FKPA 3OS3A 5CEMA 4IVDA 2PL0A 2EUFB 2WP9C 2QOCA 3E3PA 4IAIA 4JT3A 1W84A 2A1AB 2OBJA 3GEQA 1PMUA 4A9UA 4GT4A 2BZHB 5HTBA 4FIEA 3VS0A 1I09A 3HRBA 2CNUA 3BRBA 4I5MA 3O0GA 3PUPA 3HA6A 3QZGA 4FX3A 4FKGA 3FC1X 3LJ1A 4WUNA 3ZSGA 4ZTHA 4FV4A 5L6PA 4PWNA 4HOKA 5CENA 2ZYBA 4FOBA 4JDKA 1LP4A 2XK3A 3LXKA 1WBWA 2Y4PA 5CF5A 3LMIA 3I4BA 4G3EA 5D9HA 2XNOA 4EHGA 4BDIA 3TUDA 5JQ5A 4YTMD 5F1ZA 3LFQA 4UB7A 3TNPC 5HLNA 2UZLA 5D41A 2X9EA 4MX9A 5F94A 3WZKA 2WHBA 3U54A 4AOTA 4C35A 3FL4A 5AUVA 3G0EA 3BHYA 5M08A 4FTJA 5AP1A 4B8LA 3IW6A 2R3RA 3ZBXA 3DKFA 3AECC 4GVJA 3P5KA 2PZ5A 3ZLXA 2XIRA 3R83A 2H89D 2AYPA 3VC4A 4MAOA 4BBFA 4N70A 2BRHA 4JBQA 5EI8A 1ATPE 2BS3C 3DOGA 4EHVA 2OFUA 5AV3A 4U8ZA 5LVPA 1UKHA 2WDRC 1XH4A 2J6MA 2QG7A 5HX8A 3VS5A 2C0TA 3MY5A 4O7ZA 5EM6A 4QP6A 5CEKA 3TNHA 5CQUA 3EH9A 3MH2A 1ZYCA 2BAKA 4TNBA 2OKRA 3NVMB 4AA5A 5EYDA 2DQ7X 4ARKA 2H9VA 4FL2A 2JDTA 5FLFA 2JITA 3AT4A 4AXAA 1Y91A 2OFVA 4XLIA 4AW2A 3R01A 2BVAA 4BDBA 1UNGA 2EVAA 2OO8X 3CCNA 3HNGA 2BILB 3WYXA 1OPKA 3AE9C 5TO8A 2QO7A 4BDGA 4EOJA 3NNWA 4B99A 5BVEA 1PYXA 2P3GX 3IGGA 1Q97A 3DDQA 3I79A 4IX6A 4GSBA 4DINA 2F49A 3FQSA 2GNJA 5AP4A 3VN9A 5JT2A 4O21A 1ZOYC 4DCAA 5CSVA 3MJ2A 2YJSA 3BPRA 4OBOA 4M14A 4D28A 5LXMA 5ETIA 5KX8A 2UZTA 4W4XA 4EK8A 3U9CA 3QTRA 3TUBA 3FXXA 4NZWB 3HMNA 3CIKA 5J9ZA 4YZMA 2ETRA 1M7NA 2PVKA 5B7VA 4FSNA 4UZHA 5CSPA 4YJOA 3E7OA 2PZIA 3PJ1A 4X2FA 4BVUA 4RWJA 3DBDA 3F5UA 4IM3A 2OF2A 3PJ8A 1H08A 2VWYA 3QLFA 4R7HA 3EQCA 4F08A 3D5WA 3FQHA 3RAIA 4MK0A 3VUDA 4DGNA 1G8JA 1RE8A 4L43A 4RQKA 3SHEA 5M55A 4PNKA 2KTYA 3C13A 4CT2A 2XK9A 4KNBA 4B6LA 1PW2A 1HCLA 4J98A 5CAUA 3H0YA 2HZ0A 5H9BA 3K3JA 4MHAA 4L7FA 4ZLOA 4C3FA 4X2GA 2CGVA 3R7OA 3UOKA 3WZJA 2RL5A 3N51A 4QTEA 4XLVA 2Z7QA 5E1SA 3ZLYA 4CFVA 4X6RA 3HL7A 5CWZA 5CXZA 2IZUA 3PZEA 4YJPA 4IWPA 3SOAA 3BKBA 1FGIA 4NKAA 3G6GA 2PVHA 4OR5A 2ZV8A 5HNBA 3EMGA 3OC1A 4GH2A 4QRCA 4TWCA 5HORA 3Q2JA 3UIXA 2R3KA 4WNPA 4E6CA 5DIAA 3NSZA 2J5FA 1E9HA 3TM0A 2F7EE 3AE1D 3ZRKA 3A61A 3QKMA 3FZTA 1Y8YA 3GT8A 4V01A 4DE4A 4O7VA 4ANQA 4DLJA 4QQJA 4P2KA 4BCIA 4G3FA 2WMBA 4EUTA 3POZA 4B4LA 3DFAA 4MYGA 4YJUA 4I0SA 3I6UA 3AEFC 4PRJA 5HE3A 4BGGA 3W0MA 2OJGA 3FSKA 4I20A 1OGUA 2I1MA 3QX4A 5C8KA 2Y6MA 3KY2A 2R3PA 1J7IA 3EB0A 2OU7A 3TWJA 3ORTA 4FK3A 4D4SA 2J9MA 3ZO2A 3PJCA 5FD2A 1R0EA 1XKKA 4ZSJA 4AA4A 4AAAA 1DI8A 3EIDA 2XCHA 2PUIA 1KF6C 3EOCA 4RLLA 3LFBA 3UQGA 3ORXA 4C61A 5IQHA 3QA8A 4Z7HA 2ACZD 5DLSA 3CTHA 3FHIA 1OUYA 1BUHA 4U7ZA 5F9EA 1L8TA 3ULIA 4JJRA 2WDVC 5E8UA 5CEIA 4C4EA 2B9IA 2VO6A 1M52A 3OT3A 4ZLZA 3D4QA 3F2NA 2ITYA 4L67A 5FXSA 3TNIA 2PVMA 4KRCA 3RALA 3W2RA 4FUXA 4EQMA 4BCFA 3FMEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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