4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
5JG1A 3QPJA 4J0TA 1EPOE 5P49A 3Q6YA 4Y3AA 3CMSA 1GVTA 2UXZA 5P7ZA 5OZAA 3O99A 2PSVA 3ZLQA 5P0PA 1T7KA 1IZEA 2J9JB 3FV3A 3BUGA 2WF1A 3PSYA 5P2HA 4OBDA 5OZRA 4DJUA 2I0AA 2OHKA 1HIIA 3LNKA 5P11A 5OZ2A 4Y5NA 2RENA 4I8ZA 2OHPA 3DCRA 2ZDZA 3VSXA 1ODXA 1FLHA 3KA2A 3ZKXA 4Y50A 5P1PA 2FS4A 4K4PA 2VJ7A 1MUIA 3LPJA 4LHHA 3LHGA 5P56A 4EXHA 4Z2ZA 4I1CA 1E80E 2AQUA 3QRSA 2A4FA 4HVPA 5P32A 5OZZA 4EJLA 4I0IA 4D8CA 5IVSA 4Y54A 4ER1E 3PSUA 4J0VA 1F34A 4FRKA 4Y48A 5P05A 3S8IA 5P12A 3QBFA 5P3GA 3FNSA 4H3GA 2PSGA 5P0FA 4I11A 4QGIA 5P8DA 4ZLSA 1ODYA 5P3NA 1EPNE 1BBSA 2NMZA 4A6CA 5P7DA 3JVYA 3UDYA 2H6SA 3KDBA 5EZXA 1HWRA 3OHHA 5KR8A 5P4JA 2WECA 1YM4A 3QS1A 3QRVA 3EL1A 3UQWA 1APTE 2R43A 1G6LA 5P1HA 5P6CA 2G1YA 4XKXA 4OBKA 1MT8A 1MIQA 5P47A 5P1WA 3BHEA 1CPIA 3CICA 1FQ8A 5P75A 4OBZB 1KJFA 3O9DA 3ZKSA 3NU3A 5P7KA 3T7XA 5HDUA 5P3XA 5P44A 5P7BA 2OHNA 2HS2A 5P24A 1NPWA 5P6AA 5HTZA 2XFJA 5I70A 4AZYA 2OHUA 3DM6A 5P3OA 4L1AA 3T3CA 4Y4ZA 1C70A 2P3DA 5OZ3A 4CMSA 3D91A 5P27A 4GJBA 5HDZA 1HTRB 1IZHA 1HSGA 5P0NA 2P8HA 5P2NA 5P86A 3LITA 3T7PA 1HSHA 4F75A 5P18A 3DOXA 1HHPA 3GI5A 3VV8A 2BPYA 3OQKA 1NSOA 5P1IA 5COPA 4MC9A 5P8OA 4ACUA 4CKUA 5P2DA 2F80A 5P0MA 5P1FA 5P0QA 3RSXA 1XDHA 1SGZA 5P1KA 4HZTA 2IEOA 1BXOA 4GJ8A 4A4QA 5DR7A 5ENMA 5P0AA 3EL4A 1HRNA 1FGCC 2AOJA 5AHBA 3CYXA 4H3FA 3PCZA 4DFGA 4Y53A 4ZIPA 5P8CA 5P3LA 2V00A 1BWAA 4Y4GA 5P0IA 4Y5PA 5OZCA 2HAHA 5P4OA 2ZJLA 5P0CA 5P4CA 1AJXA 5SZ9A 2I4DA 2I0DA 4LXMA 4RCDA 1RNEA 3NUJA 3OUAA 2SAMA 4B1CA 1AZ5A 1IVQA 1TSQA 3IAWA 5P38A 2ANLA 1PSAA 2QZWA 5AGZA 2AZ8A 1A94A 3SLZA 5JFPA 3K4VA 4Y3DA 5OYUA 5KQXA 2OHLA 4PEPA 3TKWA 3UDJA 1HVJA 3PI0A 4LC7A 3WZ8A 4U7VA 3F9QA 1DPJA 3LIQA 5P89A 1LV1A 3PVKA 3BUHA 2B8VA 5P0DA 4ZSQA 5P6LA 3NYGA 2PMAA 4KE0A 5P19A 1D4YA 3GI4A 9HVPA 2Q3KA 4Y5EA 5P0UA 3NDTA 4JOOA 2G22A 2BJUA 2VA7A 1QBRA 3FKTA 1TCWA 5OZ8A 3KFNA 2ZHVA 5P8QA 2BBBA 3PMYA 5P4WA 4GZFA 5F01A 2JYSA 3SA4A 4JPEA 3EKYA 1HIHA 1EBKC 3QROA 1MSNA 1EBZA 5P83A 2B42A 4Y3PA 5SXNA 3PEPA 2H6TA 5DR4A 4Y58A 4QJ8A 4L1AB 5P69A 5P7YA 3EKVA 3DV5A 2FNTA 5P4BA 5P8NA 5P3BA 5P5BA 4Y3EA 1MSMA 2V10C 3IVHA 3L5BA 2Q15A 5P1CA 4DH6A 5P0HA 4DJXA 2NXDA 4NJTA 5P1OA 4XX4A 1EC1A 2RKFA 1AM5A 2ER7E 3MXDA 5OZDA 1B11A 4L6BA 4QJ9A 1MTBA 1NPAA 3PM4A 4K4QA 3GI6A 3LPKA 3EM3A 4FM8A 4YD7A 1D4LA 3NU9A 2JE4A 4Y3RA 2G20A 4GJ6A 5P0BA 3H5BA 4ZPGA 3I25A 5ENKA 3VSWA 1E81E 4F76A 1FG8C 1HTGA 5JODA 4TRZA 2BPWA 1W51A 1C6YA 3HAUA 5DGUA 5P6OA 3FIVA 5P2AA 1NPVA 3ZL7A 3K5CA 1LYBA 1QBTA 1KZKA 5PEPA 3CKTA 5OZYA 3PLDA 2WJOA 1GNNA 2WEDA 4Y3HA 2HPFA 2OF0A 4ZEAA 1HBVA 3SO9A 2Q64A 1TSUA 2R38A 2P4JA 4I12A 2ZE1A 3LIXA 5HE7A 5P20A 2ER9E 1XS7D 4TRYA 3CKPA 3QIHA 4FSEA 5P17A 2B60A 1FQ6A 5P7HA 5AHCA 5CONA 5OYQA 4RZ1A 3PI5A 3FNTA 3SQFA 4Y4WA 5HCTA 5P72A 1Z8CA 5P1DA 5P64A 5P5PA 3HDKA 5P34A 5HU1A 4APEA 5OZBA 3QAAA 3EL0A 1EC3A 3JVWA 4LXAA 1KJ7A 3UDMA 1FMUA 1G35A 5P70A 5P22A 4XXSA 5IS4A 3IXJA 2WF0A 2R9BA 5P8GA 5P6QA 1OHRA 2QZLA 4GMIA 5P6MA 5P0JA 3VLBA 3G72A 4Z50A 3MSLA 1EBYA 4JP9A 4UPJA 3OGPA 5P2WA 6APRE 5P43A 4QJ7A 4M8YA 1BILA 5P0TA 3BVBA 1ME6A 3SABA 4Y5GA 2FXEA 1ZTZA 5P4DA 5P52A 4CPWA 1B6MA 5P4VA 4Y3XA 2WEAA 3UDPA 3KFSA 5P6GA 4OC6A 1K2BA 4HDFA 1EPRE 2B7FA 4Y4UA 1HOSA 3AIDA 5P6UA 1FB7A 1BDLA 3URJA 1HPVA 2V13A 3SA8A 3OXVA 1PSOE 5P13A 3U6AA 3OU3A 3LIZA 1A8KA 4PPHA 3CKRA 2FDEA 4PZXA 5OZTA 2HM1A 3QN8A 4DJOA 3WB5A 1D4JA 1CZIE 4I0JA 1PPKE 4K4RA 3GI0A 3SPKA 2A1EA 3PMUA 3TLHA 2JXRA 3OADA 1UH9A 5P61A 4XX3A 4Y5KA 4AA8A 1HSIA 3LZSA 2PK6A 3ZKNA 1HVKA 3KFPA 3QVCA 4Q1NA 3APPA 2AZCA 1OD1A 5P8VA 7HVPA 4Y4EA 2RMPA 1LYBB 4J17A 5P2XA 3S54A 1FMBA 5P7WA 5P37A 5I3XA 2WF4A 3UDKA 4Y6MA 2CENA 5P4HA 8HVPA 3EKXA 5P59A 5P77A 1FQ5A 5P4IA 1UH7A 1LF2A 3SFCA 5JFUA 3ZKGA 4YOBA 5P02A 5HE5A 3L5DA 5P7AA 4GJDA 5P01A 5P2ZA 5P2SA 4CP7A 2QMFA 5DR1A 3WSJA 4Y3LA 3FSMA 4NKKA 2Q11A 4Y56A 3IN4A 5P50A 4PHVA 5OYRA 4Y3WA 4Y44A 1EEDP 3OXXA 5P16A 5HDXA 3HW1A 5KOQA 3QI1A 4EHCA 1ZBGA 5UPJA 3I7EA 3L5EA 3ZOVA 3NSHA 3MSKA 1PFZA 1MRWA 4Y4TA 1B5FA 4NJUA 1HTEA 5P7FA 5P55A 4RCEA 5P26A 2PSUA 2HPEA 5P8MA 5P25A 3D3TA 3S56A 5P7LA 1K2CA 3HBOA 4YD5A 1BXQA 5B18A 3HVGA 5KAOA 2VJ9A 2V16C 2VKMA 2PH6A 5P8KA 4RGHA 3VG1A 4FLGA 3DUYA 4Y41A 1IZIA 3OHFA 5P40A 5TOLA 1XN2A 4OBHA 1AVFA 1M4HA 2FXDA 3O9EA 5P23A 5P6RA 4J54A 1IBQA 3IVIA 4Y5AA 4J0YA 1GVVA 5P4MA 3O9AA 1U8GA 2XFIA 5DGWA 5HE4A 3PB5A 1HVIA 2G1SA 4J1IA 1W5YA 4OC6B 5P0RA 2ZJIA 2IGXA 3VF7A 1HVRA 5P7RA 4Q5MA 5P2BA 1AAQA 3OXCA 2QNPA 2OHSA 2OHRA 5P45A 4Y38A 2JJIA 5P76A 5SY2A 2Q55A 4CPXA 1PSNA 3EM4A 4B70A 3ZPUA 4EJ8A 5P4YA 4U8WA 3EM6A 3T6IA 1HVSA 5P82A 4EYRA 4HDBA 1HEFE 1W5XA 3VFAA 1W5VA 2QHCA 2OAHA 4N00A 1GVWA 5P41A 1GKTA 3OADB 5I3YA 5P4XA 2FDDA 1XE5A 2BB9A 5P6SA 4Y5MA 2BPZA 3S85A 2PQZA 1HPOA 1YM2A 5AHAA 2G27A 3SA3A 5P0KA 4LBTA 4Z4XA 4ER2E 1GNMA 1LYAB 5P51A 1RL8A 1MESA 5P5FA 2I4QA 2G1OA 5DPZA 1XN3A 2F3KA 5P2LA 3O9LA 2QMDA 5P5GA 5P06A 2ER6E 1FG6C 4B05A 1B6LA 5P58A 5ER2E 3EMYA 5P53A 5KR0A 2QZKA 3MXEA 3D20A 1F7AA 1YTHA 2R5PA 4J1KA 4QJAA 5P0ZA 5P7GA 3N4LA 4PYVA 4H1EA 5P8FA 5P2FA 2FDPA 1FIVA 3EKPA 3KYRA 5P2RA 2G1RA 5P5DA 5OYTA 2G94A 3S53A 4ACXA 1ZLFA 3PCWA 3ZKIA 1W6HA 5P2CA 2IGYA 4GB2A 5P1VA 4HEGA 2BPVA 2QCIA 4R93A 4ZE6A 3SAAA 1EC0A 1IDBA 2OHMA 4LL3A 5P8PA 3I2LA 3MSJA 5P2YA 1IIQA 1MERA 1MVPA 3SM1A 1HIVA 3QBHA 1B5FB 1T6EX 1XL2A 4X2LA 1K6PA 1ZPKA 4OBFA 3GGUA 4DPIA 5OZQA 2IRZA 4NPTA 3EL5A 3OQAA 4K9HA 4R91A 5BS4A 5P4PA 2G69A 3UDHA 2CEMA 2AZBA 2HB3A 2MIPA 2QMGA 5P5KA 5P7VA 1CMSA 3TH9A 4HLAA 3RU1A 2ASIA 5P3IA 5P8EA 4OBJA 4NPUA 3L5FA 5P1MA 2O4SA 3H0BA 3UDNA 1D4SA 1KJ4A 1E5OE 2P3BB 4PZWA 5P5SA 4I8WA 5P2KA 3OAGA 2WHHA 2I4XA 2PYMA 2P3AA 5DQ4A 2UY0A 3EC0A 1YG9A 3K5GA 1KJHA 4J1HA 3ECGA 3HAWA 5P10A 5P5CA 3D1XA 2APRA 3SACA 4RLDA 4H3IA 4GYEA 1AXAA 1YTIA 3ZKMA 1B6JA 4DQEA 4EP3A 3OXWA 5C9DA 1B6KA 2QI0A 4RRNA 3EKQA 3OY4A 2QI7A 3VUCA 4HA5A 2ZHTA 5P5XA 3LZVA 1SIPA 5P73A 2IDWA 2V0ZC 2O40A 4Y57A 4BFBA 2ZGAA 4Y51A 2QI5A 4Y3NA 7UPJA 1BAIA 4DJQA 4EXGA 2CEJA 3BC4A 4Y37A 5P5IA 3D1YA 2NR6A 4Y4XA 3HVPA 4J1CA 5P00A 2XFKA 5HD0A 1KJGA 5OZLA 2V11C 3B80A 5P4SA 1T6GA 3O9LB 2NMYA 3GGXA 5IVRA 3HZCA 4YBFA 1FEJC 2Z4OA 5HCOA 3VFBA 4AUCA 5KOSA 2VIYA 5OZSA 5P57A 1J71A 3OWNA 3FX5A 5P2QA 2WEBA 5DQCA 2F8GA 5P6TA 2I4WA 4FAFA 3UPJA 4OD9A 3KT2A 3CIBA 5P08A 5P6KA 2JJJA 4YA8A 2WF3A 4Q1YA 4Q1WA 5OZ0A 5P04A 5P0SA 4FGXA 3QRMA 5COOA 1VIJA 5P5YA 5DQ5A 3R0YA 4L7JA 4Y5LA 3PHVA 2RSPA 4FE6A 1HXBA 3OOZA 5P3ZA 5P7TA 4YDGA 5P6YA 5OYYA 4RROA 2QD7A 1HPSA 3OUCA 5P54A 3INEA 4I0EA 3K4VC 3PBDA 4DI2A 4EJKA 2Q63A 2BKTA 4Y9WA 3EBZA 3K1WA 2QAKA 4FAEA 3O9HA 2WKZA 4Z22A 4D89A 2PK5A 5AH7A 3R4BA 1ZSFA 4HE9A 2QHZA 1FF0C 4GJ9A 3B7VA 1QDMA 5DR8A 3DJKA 4ZPFA 4DV9A 3ER3E 1PPLE 4B0QA 5P84A 3ER5E 5P87A 3ZPTA 1T7IA 5P1JA 3NR6A 2IKUA 1LEEA 3OAGB 3BXRA 1K6VA 5P4GA 5P1EA 3PWWA 5P3RA 3SKFA 1Q9PA 3APRE 4ZPEA 1TZSA 3SA6A 2ZHRA 4AA9A 1RQ9A 3OU1A 5OZVA 4X7IA 1T3RA 2B8LA 5P1BA 4Y3JA 2QD6A 5DQ1A 4FRIA 5OYSA 5P2EA 3S7MA 2PYNA 3VF5A 1QS8A 5DQ2A 5P2GA 1BIMA 4FCOA 2QK5A 4Y36A 1MPPA 5P3HA 5P7OA 2UPJA 3ST5A 2F81A 2O4KA 3SM2A 1YX9A 1LZQA 2NTRA 1SIVA 4Y45A 4DQHA 4TRWA 3BUFA 4QLHA 5P5JA 4RYGA 5P2TA 3EXOA 4J1FA 3INHA 4YD6A 5P4KA 1WBMA 5P0LA 5P2UA 4ZSPA 1JLDA 1LYWA 2AIDA 3BGCA 3O9BA 3PJ6A 5HDVA 3SA9A 1WKRA 4RVJA 4B72A 4TVGA 4B00A 4YD4A 1HPXA 4KE1A 1EBWA 2PWCA 2VNMA 3MWSA 5P71A 3K5FA 1ODWA 1MEUA 3NLSA 2ZJHA 5P1UA 2QZXA 3TL9A 5C9FA 4YBIA 5P6FA 3RVIA 2QI4A 3PRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JG1 A;  3QPJ A;  4J0T A;  1EPO E;  5P49 A;  3Q6Y A;  4Y3A A;  3CMS A;  1GVT A;  2UXZ A;  5P7Z A;  5OZA A;  3O99 A;  2PSV A;  3ZLQ A;  5P0P A;  1T7K A;  1IZE A;  2J9J B;  3FV3 A;  3BUG A;  2WF1 A;  3PSY A;  5P2H A;  4OBD A;  5OZR A;  4DJU A;  2I0A A;  2OHK A;  1HII A;  3LNK A;  5P11 A;  5OZ2 A;  4Y5N A;  2REN A;  4I8Z A;  2OHP A;  3DCR A;  2ZDZ A;  3VSX A;  1ODX A;  1FLH A;  3KA2 A;  3ZKX A;  4Y50 A;  5P1P A;  2FS4 A;  4K4P A;  2VJ7 A;  1MUI A;  3LPJ A;  4LHH A;  3LHG A;  5P56 A;  4EXH A;  4Z2Z A;  4I1C A;  1E80 E;  2AQU A;  3QRS A;  2A4F A;  4HVP A;  5P32 A;  5OZZ A;  4EJL A;  4I0I A;  4D8C A;  5IVS A;  4Y54 A;  4ER1 E;  3PSU A;  4J0V A;  1F34 A;  4FRK A;  4Y48 A;  5P05 A;  3S8I A;  5P12 A;  3QBF A;  5P3G A;  3FNS A;  4H3G A;  2PSG A;  5P0F A;  4I11 A;  4QGI A;  5P8D A;  4ZLS A;  1ODY A;  5P3N A;  1EPN E;  1BBS A;  2NMZ A;  4A6C A;  5P7D A;  3JVY A;  3UDY A;  2H6S A;  3KDB A;  5EZX A;  1HWR A;  3OHH A;  5KR8 A;  5P4J A;  2WEC A;  1YM4 A;  3QS1 A;  3QRV A;  3EL1 A;  3UQW A;  1APT E;  2R43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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