4DIGA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with n-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with N-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 115
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA02
1FQEA 3DLNA 4YMAA 3MW0A 4FJPA 4YKJA 4FECA 1EZOA 4DE8A 4O3CA 1D3KA 1Q1KA 1US4A 1MM7A 1WVJA 2XD2A 4KYSA 1R6ZA 4GF8A 4DXUA 1B3LA 3CG3A 4WXJA 1IQ7A 3S9MC 5I2KA 2YPNA 3SEWA 3K0VA 2DOJA 3N26A 4R6YA 3TCGA 1FTOA 2QS2A 4RY1A 1H45A 4JBZA 2VGQA 1B1HA 3VDFA 3L6HA 4DIGA 2HZKA 4YB6A 2QJEA 2X26A 4WEDA 2FYIA 3DM0A 4ZEDA 1M5BA 3T9HB 2QMWA 4KYDA 2NVUB 2A5TB 2P0SA 2O1LA 5KDTB 1IXCA 3K4UA 2F7AA 1LGBC 1TFDA 2ZNTA 3WAEA 5L9MA 4HTGA 5ICTA 2F97A 2LAOA 2DS9A 2GFEA 3HN0A 1NH8A 4Z0IA 1JETA 3FVGA 4DZ1A 4F3PA 4NF6A 4HW8A 3QUJA 1LFGA 5FHMA 2XXXA 2E0SA 3OEMA 2NWJA 3RY3A 5EHMA 3SDFA 4NF8A 3FD3A 4OFJA 3F11A 1EU8A 1B3GA 1FQFA 4RA1A 2ESNA 2O1MA 1A54A 1QUKA 5DVFA 3VE1B 4HS7A 3TDJA 4LZ8A 1QUIA 3U1OA 2P1SA 3MP1A 5HM4B 5DTBA 4POXA 4YMBA 1ZBMA 1TT1A 4BDOA 2OWTA 1OQHA 3TCFA 3TELA 5ISUA 3PPOA 4Z7EA 2YJPA 2H4IA 4KYEA 4ZEBA 1D9VA 3G3HA 3SEYA 3O66A 5A5XB 1B46A 4MBPA 1MPBA 3M8UA 4QFNA 2PT2A 4QHQA 1JW4A 2I3VA 3EN3A 1EZPA 1OQGA 2QS3A 3TTNA 3K02A 3E4RA 3SEXA 4G68C 2W7YA 4G68A 1SYHA 4BDLA 1IIWA 3MAMA 2DSFA 3PUYE 2HAVA 1Y1ZA 1R9LA 3P7IA 4ELPA 2H5YA 3MZBA 4HCYA 1Y4TA 4OERA 2I0BA 1GVCA 1OMPA 3KZGA 3MPLA 4EUOA 3I5OA 3LSLA 3RN8A 1B05A 1P1WA 1BKAA 2D5WA 2XXHA 2V3QA 1KWHA 2ONRA 3IORA 4LQ2A 3MVZA 4F22A 1B5HA 3K6XA 4F1YA 4U2RA 1ZIUA 3AXFA 1SQYA 4GIZA 1LAGE 2Y7RA 4XTCQ 5K2YA 1M5DA 4GL0A 4JWOA 1H76A 1B3FA 5CMKA 1GTKA 5DYHA 1MXWA 4QSCA 4I8CA 5AA4B 1P1OA 2DXYA 1MXUA 4H65A 1N3WA 4QFLA 1JW5A 1PDAA 1DPPA 5H8FA 5I56A 2ONKE 2XXPA 4R2BA 1FQAA 4KCCA 1UTBB 4OXVA 3LSXA 4NF5A 2O7UA 4N07A 4U21A 5DEXA 3KJ7A 2DYXA 3C35A 3TCHA 1B5IA 1LB9A 1QUJA 3S9NC 2QRYA 4GLIA 1DMBA 5CBSA 3N6TA 3PUVE 2Z23A 2DE2A 1MY0A 4OQOA 3MBPA 1B9JA 1ZLQA 3MJNA 2PYYA 1MS7A 3FJ7A 1O7TA 4ND9A 3G3IA 4X9TA 3O2AA 1B7HA 3EHTA 2R6GE 3TZAA 3CIJA 1B7ZA 1MH4A 4Q0CA 2HZLA 3JYRA 1NNTA 3CFLA 3LUYA 3RUMA 3SESA 1LAHE 1EZ9A 3ONMA 4QSDA 4LATA 3N6UA 3SETA 1MDP1 4Q5TA 2PMSA 1TWYA 1TFAA 4LP2B 1UIUA 3V89B 2WKYA 1MQGA 4H8IA 4FORA 3Q25A 3K1PA 4C1UA 1MQJA 2E1SA 4EXLA 2G93A 3IAZA 4YKKA 3HSTA 3OENA 5JK4A 1N0TA 4OENA 4LZ7A 4YB5A 1FTLA 3FUZA 2B65A 1NNKA 3SEVA 2XHDA 1DTZA 2AIXA 3IX1A 3QK6A 1LBCA 3CG1A 2F35A 1N84A 4JB7A 1II5A 2RINA 3CFZA 2Y7PA 5K2XA 3A09A 3S4UA 2X7PA 1MXZA 3PU5A 2UXAA 3RQTA 2AYSA 3JZJA 4EQ9A 2ANJA 5I57B 2DXRA 4OETA 3TFLA 5ITOA 2H98A 5FHOA 1M5EA 3OSQA 5HBCA 1O63A 1NFTA 3MP6A 4JXIA 3OXNA 3PPPA 2XXYA 5H8SA 1PB7A 3M3FA 3SERA 4F1VA 1XOCA 4L17A 4MLQA 1LAXA 4MLVA 1RYXA 5CMMA 2PVUA 4R6KA 1LSTA 3QYTA 3KEIA 1TXFA 3TQWA 3U8QA 1MQDA 1UTHA 4U22A 4M4GA 4JDFA 4JWYA 2IA4A 2IEEA 3FIRA 1XVXA 1AOVA 1USYH 4BDNA 2RC9A 3TTRA 4KQPA 3N5LA 3HHFA 1JNFA 3MC2A 4ZDMA 1I6BA 5FTHA 4PP0A 1XC1A 4N13A 3IR1A 1B52A 3IL1B 3KN3A 2V84A 1LCTA 2Y7IA 4F3GA 2HAUA 1Y1MA 3RGYA 1ZJLA 3O29A 3USDA 2QPQA 2PBWA 5CI5A 2GRVA 5IKBA 3UK4A 1QKAA 2I3WA 3EF7A 4F29A 4OESA 2I4CA 2H99A 4GXSB 3LSWA 2F34A 4GWOA 2D21A 2Q89A 2Y84A 1GR2A 4ZE9A 3H6TA 1Q35A 1LBBA 1YCJA 4IGTA 5I59A 1PEBA 2I49A 1D4NA 5H8QA 2QL3A 2I58A 1B0HA 3TTMA 1RYOA 2YLNA 2I0CA 4P11A 2HQ0A 3GBBA 4PETA 4DXCA 5CMCA 3V83A 3GZGA 3IOTA 3RTFB 3EHUA 5I2NB 1LAFE 3C9HA 2ZNSA 1MXXA 1QULA 5KCJB 5AA4A 1VE4A 3TODA 1EH3A 2I4BA 4YB7A 3G3FA 2DVZA 2QS4A 4ZEIA 3VV5A 1QW0A 4AB5A 2O51A 2A5SA 3IJXB 4I9DA 4ELOA 5JEIA 1B1XA 3OEKA 3KFMA 3TUSA 4I1DA 5CM6A 3HO7A 3VVDA 1B0LA 4IY5A 2HXWA 4RNSA 3U72A 4YU0A 3RTWB 5M2VA 1ELJA 2X7QA 5TP9A 4R6HA 3VXCA 3LSFB 1JVYA 1N7XA 4OVJA 3MWBA 3ILUB 3M3KA 2B3BA 3PPRA 3T9XB 2XXRA 2O84X 3VXBA 1N04A 3PD9A 5CRYA 2NXOA 1LLSA 5H8HB 2Q2CA 3FXUA 3IB0A 2ALUA 1MRPA 2Z8DA 4YICA 4ZS9A 2O6AA 2P2AA 1Y3QA 3H3GA 1XT8A 3K2DA 4BDMA 2XXIA 4YKIA 2VP1A 5BUUA 1A7LA 1B4ZA 3BKIB 3R7XA 1ZKBA 2OZZA 2V93A 1SBPA 5JTYA 1HSJA 1AL3A 5I2KB 4AB6A 1B32A 1B5JA 5L9SA 3I3VA 5B70A 1MDQA 3R26A 1R9QA 3PMVA 4U23A 4KFQA 1Y4CA 4GQOA 1QKBA 5CC2A 1HSLA 2O7IA 2Z8EA 4NF4A 4QF9A 4U4XA 1VFEA 5TPAA 4ESXA 3A3UA 1ZU0A 3PMXA 3VVEA 1VR5A 1JQFA 3H6UA 4R73A 2XX9A 3CFXA 2UVIA 2AL4A 1UIVA 3EHSA 4XKQA 1ATGA 3TPAA 3DP6A 4NTLA 3CRBA 3Q29A 5I58A 4O3AA 4OZ9A 1BTJA 2XD3A 4YKPA 3ECRA 1FQDA 3TEPA 2Y7KA 4NF6B 2Q8JA 4BDQA 4OMBA 2NOOA 4H8JA 2F7CA 2GH9A 1SVXB 3IOUA 2RCBA 4P0GA 1YTVA 2ZYKA 3IO4A 1M5CA 1O64A 3MQ9A 1OIBA 2R9JA 2XX8A 4U1ZA 4KR5A 1GGGA 1S7YA 2ZYMA 1I6AA 3BBRA 3K6WA 5L8DA 4C1TA 4E0XA 1H3DA 5AA2A 4OTEA 4MFIA 3W9VA 3U92A 3N94A 4TQUQ 4PFYA 1QJMA 2Y7WA 1AH5A 4ESWA 5ICQA 3D4CA 5AA1A 1MY3A 5FTIA 1IXIA 3K6VA 4GRKA 1MY1A 1P1UA 3TTKA 4DDDA 4PFUA 2PT1A 2ONSA 3H03A 3IB1A 1JVXA 2I48A 2REGA 3C36A 3ZS6A 3VLVA 4R9GA 4EQ7A 4XKPA 1POY1 1AMFA 4F18A 4F2QA 1PC3A 2UYEA 3FXQA 4FE8A 4IO2A 3B6TA 4G68B 5L9OA 2FNCA 3QIMA 3B6WA 3D4GA 2REJA 2XXWA 1OVTA 1B3HA 1B2HA 1DPEA 2DQVA 2RKMA 3KSXA 4KI0E 3FV2A 3K01A 5KZTA 3EQ1A 5F7VA 3PUZE 2Q9TA 1XVYA 3VVFA 4PFTA 5ELVA 1MM6A 3TKDA 2QMXA 3TTLA 5H8NB 2OCUA 1WODA 2F78A 3O97A 1JEUA 2A5TA 1A8FA 5KDTA 2OBGA 1M5FA 4YZZA 4R9FA 1AIVA 3PUWE 4LONB 3FJMA 2O69A 3EPEA 4UA8A 4QFPA 4RPOA 1IITA 5I56B 5LOMA 3QXMA 1T0KA 3DELB 1B6HA 3OD7A 4RJZA 3RLFE 1NH7A 1DOTA 3B7DA 3OELA 3M3LA 2F6GA 1NNFA 1FW0A 3V5AA 2H9BA 4BLAA 3G3JA 4TOZA 4NF5B 4RYAA 4G4PA 2D3IA 4OFOA 5DEXB 4X1DA 4H5GA 4OHNA 4THIA 1Z7NE 3E9XA 4N6PA 4ZEKA 2F8DA 3RPWA 4QRZA 1MPCA 1SW4A 2I6EA 1FQBA 3THIA 2XXUA 4LVQA 1N3XA 1MQHA 4JSOA 3UN6A 3OO8A 5A5XA 5I84A 4F19A 4WKMA 1D9YA 5B7DA 1VSOA 3W15C 1ZTYA 1URGA 3G7WA 2BJJX 4FATA 3S9LC 1MXVA 4Q8RA 4GFRA 5IAIA 2CMOA 1DTGA 2UVGA 5FHNA 3O6IA 3FXRA 3UORA 3ILTB 3FVKA 2Z22A 4OFLA 1MG1A 1JEVA 1SI1A 2DE4A 1MH3A 3K1NA 2KLFA 4DCXA 2RC8A 2DWIA 5EYFA 2DWJA 3W9WA 2DWHA 4JSDA 2F6PA 4GVOA 2GHAA 3JV9A 3G3KA 1IXGA 5DVJA 1R1NA 4PFWA 2AL5A 3UGWA 3FVOA 1MQIA 3DP8A 4G8NA 1P1QA 3FZVA 5HPQA 1B3EA 3FATA 4POWA 4IO6A 4H1XA 1USYE 2V25A 1SI0A 3OOAA 3FVNA 1I6QA 4X48A 1B7UA 2V3TA 3S9EA 1XS5A 1SYIA 1S9TA 4GXAA 2DVCA 3O9PA 4QFOA 2HEUA 1SW2A 5J1DA 1FTMA 3BFTA 4KCDA 4UACA 4P0IA 3FGSA 3TMGA 2QS1A 1MXYA 3FV1A 1PBQA 1I69A 4IGRA 3U93A 1UTBA 4LA9A 3ZKLA 2PX1A 3G3GA 1N76A 3O28A 4G8HA 1B4HA 3VFJA 3T9UA 3MP8A 4R74A 5AA3A 2Q2AA 4RK9A 4XXUA 4KHZE 4ELQA 3CR9A 3H4ZA 1IUDA 1Y20A 4WEPA 1Y3PA 2RC7A 2XXVA 4H67A 5F1QA 3ZSFA 4EF1A 3TAJA 1FTJA 2M8CA 4BDRA 4EXKA 4FIMA 4TLMB 3ZKKA 1NNPA 1LFIA 1UTHB 4F2OA 4U1OA 3TYHA 3UP9A 4IO3A 4DLDA 2Z8FA 2UVJA 4MF3A 1RKMA 1S50A 4IO5A 1SDXA 1NL5A 1LFHA 3V8XB 3HV1A 4NWCA 4RXLA 3C32A 4DCYA 4OYVA 3IB2A 4ONYA 3C4MA 3GXAA 3KBRA 4LQ5A 4GL8A 3HPIA 3OO9A 2R71A 1DSNA 4G77A 4ZEFA 3RT8A 1B58A 3MVXA 3CI8A 1NKXA 1J1NA 4OEVA 3PPNA 4EF2A 2UYFA 3C33A 4KPTA 3H6WA 4XIGQ 3SEUA 3H7MA 3O6HA 1YPNA 4E0WA 1URDA 4C0RA 3CVGA 1Z7ME 2DE3A 3Q27A 3PD8A 2Q88A 1URSA 4ECFA 5I59B 3KOTA 5BWJA 1HSEA 1JW1A 3OO7A 3MVWA 3IOVA 5H8QB 5H8NA 2QSXA 3T96B 1WDNA 1YAEA 3HCQA 3O6GA 2THIA 4R72A 1OLAA 4O3BA 4AQ4A 1LB8A 2DP8A 3B6QA 4EDPA 4HCWA 3KG2A 3LC8A 2OK2A 3UA8A 4IB2A 4IO7A 3L6GA 2VD3A 1B40A 3IK6B 5I57A 1CE2A 3R6UA 5CMBA 3KOSA 2XXQA 1IEJA 3MVYA 4ISUA 4LUBA 4NF8B 1PB8A 3K1MA 3QUFA 3T22A 3E3KA 5ITPA 1A55A 5AE4A 3LR1A 4Q30B 4F39A 1LCFA 2HFBA 3RT6B 3BFUA 3MPKA 3U94A 4F31B 3KN7A 3RNNA 2G29A 1H44A 4XKRA 1BP5A 1FQCA 4ZZEA 4ZECA 2V3UA 1B51A 1UQWA 4G2ZA 5TP9B 3OMBA 2GHBA 1A40A 2B3FA 4GOTA 1N7WA 3QAXA 2XX7A 3S2VA 4ZE8A 3T93B 4H6DA 3ODBA 5DT6A 1Y9UA 4LZ5A 1P1NA 3HHGA 3VLUA 4NWDA 1ANFA 4QSEA 3GBAA 3VLWA 2ABHA 1Y3NA 2XXTA 1FCKA 3IJOB 4IO4A 3TQLA 4H5FA 2ZYNA 2OLBA 4NMYA 2NUVA 3KN8A 4QFKA 1MY2A 4TLLB 3FASA 1QVSA 1MY4A 4H0WA 4F3SA 1MPDA 1VFDA 2ZMBA 3KGCA 1P99A 4PQJA 4G8MA 4FEBA 3MZ1A 5JTYB 1L5TA 2ZYOA 1ZMGA 1SD3A 4F1UA 2O68A 3A3CA 4NEDA 3SKPA 2RCAA 4DXBA 1IXHA 3PPQA 1GV8A 2VHAA 3H6VA 4X1BA 4K3FA 1A99A 3GLBA 4YAHX 1BIYA 2HCAA 3OO6A 3PV0E 4FEDA 5DVIA 3KSJA 4MH5A 1FTKA 1XHYA 2OWSA 4XKNA 4ZZAA 4OEUA 2H25A 4NF4B 3I6VA 3WAFA 5TPAB 1SW1A 3Q26A 4JWXA 2DWAA 4KD5A 3PUXE 2F5XA 4OWDA 3K00A 1F9BA 1H43A 3PMWA 5I2NA 4GD5A 3IOWA 3CSGA 2VOZA 3E13X 5EHSA 1OVBA 4U4SA 5KCJA 5TU0A 4ELRA 2CZLA 3CSBA 3K6UA 5H8FB 4NE4A 3UIFA 5I58B 3DP4A 1OLCA 3FJGA 2ZNUA 4R75A 1IZ1A 3LBSA 1PB9A 4RPNA 2F7BA 1POTA 5AA2D 1CB6A 4IY6A 4I62A 3QSLA 3KJTA 4F3BA 4FAJA 3T9VA 4M1VA 1US5A 3T66A 2F36A 1A8EA 3C31A 4RK2A 2OJTA 3IO6A 5AA2B 3Q28A 4R2FA 2RF1A 2ZXTA 3C34A 1PBPA 3MZ9A 2VD2A 4EQBA 1NMUA 2FA7A 3OSRA 3H06B 5CBRA 2UVHA 3PGFA 5H8HA 4PE5B 1SW5A 3MUQA 1BLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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