4DIGA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with n-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with N-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 115
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA02
3MC2A 4OYVA 3OSRA 3PMVA 1SW5A 1MY3A 2QL3A 2OK2A 1POTA 2XX8A 1R9LA 5KDTA 1B46A 4BLAA 1NL5A 4OENA 1B5JA 3T9XB 2I0BA 4NF8A 1I6AA 4H67A 1N7XA 3UGWA 1PB7A 3BFUA 1ZJLA 1MH3A 5FTIA 3MUQA 1LBCA 3IOVA 4G8NA 5JTYB 1Z7ME 3TDJA 4IO6A 4K3FA 2DE2A 3H6TA 3QIMA 3FXUA 3V83A 1NH7A 3ZKLA 3S4UA 1QUKA 1TWYA 2REGA 3OOAA 4R2BA 4P0IA 1B7ZA 3E3KA 3LR1A 4R9GA 2A5TB 5DEXB 1FTLA 3ECRA 3SESA 1A8FA 4N07A 3C34A 2V3UA 1B1HA 1IXCA 3GXAA 2D21A 3Q27A 2RC9A 2Y7KA 4OHNA 1MPDA 3IOWA 3Q26A 1B52A 2Y84A 3FVNA 5KCJB 1LGBC 3EQ1A 1M5CA 1ZLQA 4FEDA 1FTMA 3VV5A 4HCWA 1US5A 3OELA 4L17A 4G2ZA 4N6PA 4X9TA 2O6AA 2BJJX 3VDFA 3MQ9A 2THIA 3IO4A 3D4CA 2X7PA 2ZNSA 1UTBA 3C33A 3IJOB 2O7UA 3DP6A 3O6HA 2PX1A 3FIRA 1DOTA 4O3BA 3N6UA 2V84A 4MH5A 3IAZA 2I58A 5JTYA 1FTKA 5CBSA 4TLMB 1USYH 3ZSFA 1R1NA 5H8SA 1LBBA 4F19A 4PFUA 2H9BA 5FHNA 4U2RA 2F34A 4PP0A 3K6UA 4RJZA 1NNPA 1Y4CA 4IO3A 2O1LA 3N5LA 1N76A 2HZKA 1SVXB 3UP9A 1SW4A 2XXRA 3OO8A 1B3FA 4C0RA 4I8CA 3HN0A 1MM6A 1B6HA 3SEXA 1CB6A 2XXIA 5I58B 3CFXA 4FECA 4LA9A 3F11A 4IY6A 5TPAB 4RNSA 2XXTA 1MQGA 1SQYA 2VD2A 3M3LA 5HPQA 2E0SA 2F5XA 1FTOA 4NF4B 4O3AA 4WEPA 3SERA 3GZGA 3C4MA 3KN8A 3VLUA 2IEEA 3FGSA 4JDFA 3ZKKA 1J1NA 5AA4B 2O84X 1ZBMA 1KWHA 3OO9A 5ITOA 1QKAA 1MS7A 2ANJA 1GGGA 1H44A 4YKIA 4U21A 1AH5A 1ANFA 5CC2A 1EZOA 4U4SA 1IUDA 1IXIA 3DP8A 5CRYA 3KSXA 5H8QA 1FW0A 3T66A 3VVEA 4IO7A 5I2NA 2NOOA 2QMXA 3T22A 1BLFA 1YCJA 4DCYA 4EUOA 1MG1A 1P1WA 1JW5A 4MBPA 3W9WA 2DSFA 4QSCA 3LSLA 3G3JA 2CMOA 2V3TA 4GD5A 3PPNA 1PBPA 2NUVA 5I58A 3HHFA 2Y7PA 5TPAA 3VFJA 1MXUA 4DXUA 3OD7A 5K2YA 5I56A 4KYSA 2DXYA 4NF4A 2QS1A 4YU0A 3I3VA 3I6VA 1B2HA 1B0LA 3U8QA 2XHDA 3EHTA 3QUFA 4LZ5A 3MP6A 4EF2A 4F3PA 5I2KB 2REJA 1N7WA 1TXFA 4GF8A 1MY4A 1DMBA 3RNNA 3TFLA 5BWJA 2DS9A 5FTHA 2DQVA 3TTLA 5K2XA 1LCTA 1B7HA 2Q89A 4F1YA 2NXOA 4I1DA 4OWDA 5I59B 2VGQA 2WKYA 3TCFA 5DVFA 4KPTA 4Q5TA 2I6EA 3LBSA 4IGRA 4TQUQ 1A8EA 4HS7A 5KZTA 1HSLA 2XXWA 5EHSA 4NE4A 1DSNA 1A54A 2I48A 2ABHA 4H5FA 4ZZAA 3THIA 4YAHX 2I4CA 2P0SA 3K2DA 3MVXA 4FEBA 3CG1A 5I57A 2YLNA 2LAOA 4X1DA 2VD3A 3MVZA 3CFZA 1B4ZA 2RCBA 3UK4A 1D3KA 3MZBA 1RYXA 1LB8A 2OJTA 3PPOA 1MM7A 4G68B 4KYEA 3PPRA 5A5XA 2DE3A 5I2KA 1FQBA 3H6WA 2XD3A 1SD3A 3O6IA 1R9QA 3CRBA 1UTHB 3MZ1A 4N13A 4F29A 3TELA 3UN6A 4HCYA 3MAMA 1II5A 3PMWA 2Q2AA 2QPQA 5IKBA 3C35A 2UVHA 4Z0IA 3DP4A 3RN8A 3EHSA 1IQ7A 1RKMA 3IK6B 4OZ9A 2FA7A 1B5HA 1IXHA 2IA4A 2QS2A 1M5EA 2VHAA 5I59A 3RQTA 1B4HA 4H65A 3JV9A 3SDFA 2I0CA 3G7WA 5FHMA 1S9TA 2AIXA 3OO6A 2DWIA 2R6GE 5JK4A 4NF6B 3MPKA 3USDA 4AB5A 3LSXA 1JQFA 1N04A 1URSA 3PUVE 4POWA 4P11A 3N6TA 4ZEFA 2X7QA 4YB5A 3VXBA 4GIZA 4PETA 3VLWA 1OLAA 3HHGA 3T9HB 1Y3QA 3O2AA 4LVQA 1XT8A 4RXLA 1A55A 3KN7A 4GXSB 3B6TA 4R72A 3M3KA 4F2QA 1UIVA 2ZYMA 4QFNA 4OVJA 1OMPA 2ZYNA 4GQOA 4QFPA 5H8FA 4YKKA 1JEVA 3O9PA 1MDP1 4G68A 3O6GA 4KYDA 3O29A 4JBZA 4FAJA 4Z7EA 4LQ2A 3K1NA 3IJXB 3FJ7A 3IB0A 4IO2A 2ZXTA 4BDRA 1LFHA 2I3VA 2OBGA 4KCDA 3Q28A 3RT8A 1ZKBA 4QFOA 2Y7WA 4F2OA 2I3WA 3H4ZA 4OETA 3SEYA 4H5GA 2HXWA 1MDQA 1D9VA 3EPEA 2HFBA 3C9HA 3FVOA 5F1QA 4M1VA 2ONKE 1WODA 1ZTYA 4OFJA 4F31B 5ISUA 2F6PA 3ODBA 4Q0CA 5H8HB 1O64A 3S2VA 2UYEA 1L5TA 4U22A 3V5AA 5L9OA 1EZPA 3CSGA 2Q2CA 4MFIA 2P2AA 3MZ9A 1XVXA 3QUJA 3PU5A 3TEPA 1SBPA 2VOZA 3ILUB 4G8MA 1P99A 1DPEA 3RPWA 1Y3PA 1XHYA 4LP2B 4F18A 4EXKA 4YKJA 1XOCA 4E0XA 1WDNA 2F35A 3ZS6A 1NH8A 4Q8RA 1MXXA 2D5WA 5CMKA 2O1MA 4JWOA 2PT2A 4PE5B 3TZAA 4KQPA 2ALUA 1IEJA 4F1UA 2Z23A 3TTNA 1A99A 3FXQA 4GL8A 4OXVA 3TODA 5AE4A 3L6HA 4DCXA 2A5TA 1N0TA 5DEXA 2I49A 4H8IA 2GRVA 4P0GA 1SI0A 1URGA 2QRYA 2XX9A 4LZ7A 1OIBA 3T96B 4RK9A 1TT1A 1MQJA 3PPQA 4LZ8A 3DELB 1GR2A 3PV0E 1EZ9A 4HTGA 4Q30B 4GFRA 1Y4TA 5L8DA 4OQOA 3UORA 3KSJA 3RY3A 3MPLA 2B65A 3K02A 1OQHA 2AL5A 4WEDA 2YPNA 3R26A 1MY0A 3HV1A 5KCJA 1JW1A 2H25A 2QSXA 1O7TA 4C1TA 4LATA 4I62A 3HPIA 3OO7A 5H8NB 3E13X 4LUBA 3LSWA 4YMAA 4GLIA 1MY2A 2H98A 5LOMA 3MW0A 1MXVA 1B1XA 2E1SA 4MLVA 1MPCA 1NNKA 2NWJA 2G29A 3H6VA 4F39A 2QMWA 4XKRA 2XXYA 1TFAA 4LONB 4QF9A 1NMUA 4LQ5A 4QHQA 4ZEKA 4AQ4A 3H3GA 4BDNA 1Q1KA 1GTKA 4BDQA 5TU0A 1QW0A 2O7IA 2Z8EA 2OLBA 1XVYA 1B32A 1AIVA 4RK2A 2DWJA 3MP1A 3KJ7A 1EH3A 4ELPA 3LSFB 4EXLA 3O97A 1JETA 1H76A 2H99A 3V8XB 3FATA 4ZEBA 1Y9UA 4UA8A 1B51A 2XXUA 3D4GA 5TP9B 3FJGA 3K1PA 1FQEA 4G4PA 3T9UA 1MQDA 3H6UA 1F9BA 2HCAA 5I84A 3DM0A 2ZYOA 4G68C 4M4GA 4PFYA 3TYHA 3CR9A 2XD2A 1BIYA 1JVXA 2DVCA 3G3HA 4KFQA 3T93B 1FQAA 3CI8A 3CFLA 3VLVA 4TOZA 2RCAA 3VVFA 5AA4A 3CSBA 4ZZEA 3TTMA 3SKPA 3KEIA 1FQDA 3K6WA 4DXCA 4NF5B 2DVZA 4G8HA 3EN3A 4IY5A 1Z7NE 3MBPA 3QSLA 1PDAA 4U4XA 4HW8A 2DWHA 4ZE8A 3FUZA 2A5SA 1P1QA 2ZMBA 3E4RA 4F3BA 3RTWB 1DPPA 4ZEIA 4U23A 4OFLA 5FHOA 3C32A 4IB2A 4KI0E 3CVGA 3O28A 1M5BA 3IO6A 1B3GA 1S7YA 3GLBA 4POXA 4DLDA 2F7BA 4F1VA 2F6GA 4GVOA 1PC3A 3K0VA 3OENA 4F3SA 3KN3A 3H03A 1UIUA 3A3UA 5TP9A 1S50A 4AB6A 3AXFA 5BUUA 1D9YA 4IO4A 1QVSA 2DOJA 4XKPA 3PD9A 2ZNUA 1LCFA 2GHBA 1R6ZA 2V3QA 1SW2A 4UACA 5ICTA 3RGYA 4GOTA 2CZLA 3ILTB 3LUYA 1XS5A 4ZDMA 4I9DA 3TTKA 4KHZE 1D4NA 1OLCA 2H4IA 1Y1ZA 3FVKA 4R6YA 3S9EA 2PT1A 1ELJA 2Q88A 2PMSA 5F7VA 2B3BA 5CMMA 4PFWA 2UVIA 5KDTB 5CBRA 3TCGA 1PB9A 1B0HA 4FJPA 1P1NA 2UYFA 2XXXA 4QFLA 1I69A 3MVWA 4NF8B 4ELRA 3P7IA 3DLNA 4YKPA 4YMBA 4GRKA 4OEVA 2XXHA 3OEMA 5EHMA 3W15C 2F36A 3RLFE 2HEUA 4JSOA 1FCKA 1VFEA 1LFGA 1MXYA 1JVYA 5AA3A 3G3FA 1B3EA 2RINA 4KD5A 4YZZA 2VP1A 3UIFA 5B70A 4ZECA 2HQ0A 3S9LC 1VSOA 4OERA 4XTCQ 3Q29A 4OMBA 3GBBA 1ZU0A 3OMBA 3SETA 1GV8A 5AA2B 2HAVA 2Y7RA 4NEDA 2ONRA 3G3GA 3PD8A 3FV2A 3VE1B 4U1OA 3G3IA 1B3LA 1B7UA 3HSTA 3VXCA 1NNTA 4JB7A 4TLLB 4QSDA 1PEBA 5AA1A 4GWOA 3H7MA 4R6HA 2R9JA 3WAEA 2AL4A 3PUZE 4FE8A 1FQCA 3MVYA 4GL0A 2O69A 1BTJA 1US4A 1IXGA 3S9NC 1UTHA 3U94A 3G3KA 4X1BA 4ESXA 4XXUA 4O3CA 1B3HA 1UTBB 2UVJA 1MY1A 1H43A 3FZVA 1LFIA 3U1OA 2QS4A 1N3XA 1Y20A 4DZ1A 1B05A 2M8CA 3KG2A 3BBRA 5ITPA 3RUMA 3LC8A 3WAFA 4MF3A 3MWBA 3IORA 5B7DA 3B7DA 3FV1A 4RA1A 2KLFA 1A7LA 3M3FA 5AA2D 1LAXA 3IL1B 5L9MA 3B6QA 3IOUA 1UQWA 4G77A 4NF6A 4OESA 1B40A 1BP5A 4QFKA 4PQJA 4RYAA 1ZIUA 3PGFA 2RF1A 1LAFE 1IIWA 3TAJA 5AA2A 1XC1A 2B3FA 1ZMGA 1GVCA 3IR1A 3QYTA 1B5IA 1I6BA 1CE2A 3TKDA 2PYYA 4BDOA 4JSDA 5DT6A 3KZGA 5J1DA 3C31A 5HBCA 1HSEA 4R2FA 2H5YA 3JYRA 1DTZA 4JXIA 4OTEA 2PVUA 2UXAA 1P1OA 1B9JA 1AMFA 5M2VA 3FASA 4EQ7A 3PUXE 2V25A 2F7CA 3KFMA 4IO5A 3RT6B 2PBWA 2XXQA 2F78A 2ONSA 1NNFA 2O68A 4R73A 1PB8A 1M5DA 1FQFA 3BFTA 3SEVA 5ELVA 2DXRA 1B58A 1NKXA 5DYHA 3TMGA 4DXBA 4KCCA 1POY1 2O51A 4ONYA 5IAIA 3PMXA 3K6XA 5H8QB 1A40A 3IB2A 1MXWA 1RYOA 2D3IA 4F3GA 3H06B 1USYE 3R7XA 3B6WA 5I2NB 4F22A 3K00A 4H0WA 3QK6A 2P1SA 1FTJA 2GH9A 2W7YA 2DE4A 1LAHE 5CM6A 2V93A 1NFTA 5DTBA 1QUJA 4QRZA 2DWAA 5H8HA 4RPNA 2RC8A 1LB9A 3R6UA 4MLQA 3IOTA 3U93A 4RY1A 4ESWA 3QXMA 5L9SA 1H3DA 5EYFA 4FIMA 3U92A 1MQIA 3RTFB 4ECFA 4R6KA 4XIGQ 3HCQA 1SW1A 5I56B 4NWDA 1Q35A 3IB1A 1BKAA 3N94A 3V89B 2HZLA 1IITA 4OEUA 2XXVA 2Q8JA 2GFEA 2DYXA 2Z8FA 4NWCA 4WXJA 1DTGA 1SYHA 4JWYA 3T9VA 4IGTA 2F7AA 3Q25A 2OWTA 3FD3A 1HSJA 1SYIA 2XXPA 3KBRA 1SI1A 4FATA 1IZ1A 2QS3A 4XKQA 3PUWE 3A3CA 1LLSA 4ZS9A 1ATGA 2OZZA 3FJMA 3K6VA 4JWXA 1O63A 3C36A 4FORA 2F8DA 4X48A 1MH4A 4U1ZA 2QJEA 4ND9A 3HO7A 3KJTA 4QSEA 3CIJA 2HAUA 4BDLA 3KOTA 4ELOA 3FXRA 3O66A 1MXZA 3KOSA 3MJNA 2Q9TA 4GXAA 1YPNA 4NMYA 5DVJA 4EQ9A 3N26A 1YTVA 1P1UA 5H8NA 4H1XA 5I57B 1Y1MA 3SEWA 2YJPA 4R75A 1N3WA 2ZYKA 1OVTA 2F97A 4ELQA 4PFTA 5A5XB 2R71A 5CMCA 3TTRA 2RC7A 3K4UA 3TPAA 4EDPA 2ESNA 1I6QA 2UVGA 1QKBA 1PBQA 3S9MC 4DDDA 1VFDA 3TQLA 1N84A 2DP8A 2I4BA 3MP8A 4OFOA 5DVIA 3VVDA 4EQBA 5JEIA 1VE4A 1YAEA 1OVBA 1AL3A 2XX7A 3CG3A 3ONMA 1MQHA 1JNFA 5HM4B 3K01A 1TFDA 3OSQA 2OWSA 3OEKA 4WKMA 1OQGA 3I5OA 3OXNA 4ZEDA 3TUSA 1QJMA 4C1UA 3PPPA 2NVUB 4H6DA 1AOVA 4ISUA 3QAXA 3FVGA 3E9XA 1WVJA 4YICA 3M8UA 3IX1A 4RPOA 2OCUA 1MPBA 3EF7A 3W9VA 4DIGA 2G93A 4H8JA 1JEUA 1QULA 1LSTA 3L6GA 3KGCA 3A09A 3JZJA 3PUYE 4NF5A 5H8FB 4BDMA 3TQWA 4DE8A 4ZE9A 2GHAA 2RKMA 1QUIA 2Z8DA 2AYSA 1H45A 3K1MA 5CI5A 3TCHA 2FNCA 1Y3NA 3EHUA 2ZNTA 1VR5A 1JW4A 2Y7IA 5CMBA 4R74A 1SDXA 1LAGE 4EF1A 4THIA 1T0KA 5ICQA 3GBAA 1M5FA 3U72A 2FYIA 4YB6A 4R9FA 1EU8A 2X26A 2Z22A 3SEUA 4KR5A 3BKIB 1URDA 1MRPA 4NTLA 3UA8A 4XKNA 4YB7A 4E0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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