4DIGA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with n-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with N-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 115
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA02
2H5YA 4LA9A 2M8CA 1LB9A 3JYRA 1EZPA 1EU8A 2Q8JA 5ISUA 1JQFA 4RPOA 2PVUA 5TU0A 1SVXB 3KJ7A 1MS7A 4I1DA 1YTVA 4NF8B 5H8FA 5ITPA 4HS7A 1SW2A 5FTIA 2I58A 3UGWA 1MH3A 4NF6A 1JEUA 4RNSA 3SETA 2ZXTA 3UK4A 1TT1A 4ZZEA 4BDRA 4DXBA 5HPQA 5F7VA 2R9JA 3EN3A 3OSRA 4U1ZA 3RLFE 3D4GA 1SW1A 1MPDA 3R26A 1B5IA 3OMBA 3TPAA 4FIMA 1BLFA 2F36A 3R7XA 5AA4B 3CI8A 3FD3A 1A8FA 3T66A 2B3FA 1N3WA 2XXVA 4H67A 4X1BA 2H4IA 3PUZE 1NFTA 1T0KA 5FHMA 4RA1A 1FW0A 4HW8A 3UIFA 1FQDA 1MQHA 1TFAA 3C33A 3DLNA 1JEVA 3K1PA 2I6EA 4RXLA 1YPNA 2OK2A 2OZZA 3OO8A 1MDQA 1MXXA 1FQCA 2XX8A 1MQGA 1N04A 3MVYA 4PETA 3RNNA 3RT8A 1PEBA 4IO2A 2V93A 3K6UA 4TQUQ 2QL3A 2VHAA 2Y7RA 1M5EA 2DE4A 3Q25A 1PBPA 4N6PA 4UACA 5DTBA 5DVIA 2XXQA 1MM6A 3ZKKA 1SYIA 3V83A 1LBBA 4POWA 3USDA 4C1UA 1URGA 2Z23A 3EF7A 4EXLA 2XXWA 1HSLA 2AL5A 2HCAA 4GLIA 1HSJA 1M5CA 3VLUA 4DIGA 3FV2A 3EPEA 3IR1A 4GL0A 4GQOA 3LR1A 1D4NA 2A5TA 3C9HA 2O6AA 4XKPA 3SEXA 1LGBC 1UQWA 3V89B 4WEPA 1P1OA 3W9VA 1UIUA 3GLBA 2VOZA 3FJGA 3H6TA 3RTWB 3N26A 4IO7A 3CRBA 3Q27A 4PFWA 3C36A 4P11A 3CG1A 3CFZA 4NF4A 2OWSA 1ZU0A 4OERA 5ELVA 3T9HB 1B40A 1NL5A 1XVXA 2OJTA 3DM0A 1CE2A 2AYSA 1I6QA 1ZKBA 2DE2A 2Q2CA 3MC2A 3MVXA 3OO7A 3OSQA 5CMCA 3ZSFA 4BDNA 2UXAA 3JZJA 3VLVA 2E0SA 3BKIB 3N6UA 1MQJA 4R6KA 2DXYA 1Y4CA 1P1QA 3LSWA 3OEMA 2O68A 4NF4B 2HFBA 2XXHA 2ALUA 2O1MA 4KYDA 3T9VA 4R73A 3ZKLA 1RYOA 1B58A 4H65A 3HO7A 1D9YA 2ESNA 4EQ9A 4YMBA 4FAJA 3TTKA 4ELRA 2ZNUA 3OOAA 1MPCA 5EHSA 3HCQA 1JW4A 2HQ0A 2XXYA 3EQ1A 4FORA 1JVXA 4G8NA 4NF5B 4QSCA 4OMBA 3RTFB 3C4MA 1MXZA 3U93A 1NMUA 4Z7EA 1M5DA 1IITA 2I0BA 2X7PA 2Y7PA 4YMAA 3MP8A 1WVJA 4XKQA 4ESWA 2YJPA 1IUDA 4NWCA 3T93B 1H43A 5CMBA 3A3UA 3RN8A 2DWIA 1QVSA 3R6UA 4H0WA 4IB2A 4U23A 1RKMA 2XXRA 3JV9A 1O7TA 5HBCA 1GGGA 2O7IA 4K3FA 1ATGA 1B1XA 1PB8A 1PBQA 3E3KA 3TMGA 1S7YA 2F7BA 3L6HA 1FTLA 1D3KA 1R9LA 2ANJA 1UTBB 1WDNA 2ONKE 4ISUA 3T9UA 3VXBA 1AIVA 3S9LC 4XIGQ 3M3LA 3G3HA 5DVFA 3U72A 4Q8RA 1GR2A 1XC1A 3IJOB 1EZ9A 3CIJA 3GZGA 3P7IA 3TELA 3E13X 4R74A 3SERA 5B70A 1URDA 3MPKA 4ELOA 1BKAA 2HAUA 1WODA 3ILTB 4FATA 3IO4A 3MW0A 4OTEA 5FHOA 5H8NB 1AOVA 4BDQA 3KN8A 2HAVA 3N94A 3H4ZA 3LSFB 4ZEFA 5H8SA 3D4CA 1H44A 3MZ1A 4H5FA 4YB5A 1EH3A 1TXFA 2Y7IA 2B65A 2IA4A 2YLNA 3E9XA 2R71A 4FEBA 3FXRA 3CFXA 3KSJA 3K6WA 4I62A 3RGYA 3SEUA 3W15C 4C0RA 5A5XA 2ZNSA 4Q0CA 1MXUA 2GRVA 4GD5A 4IO3A 4N13A 3TQWA 4R2FA 2DWHA 3G3FA 4GOTA 1B6HA 4DXUA 4MF3A 4OFLA 1XS5A 3KSXA 4F19A 3K00A 4G4PA 2HXWA 5FHNA 2HZLA 2GFEA 3EHTA 4UA8A 4F3GA 1Y9UA 4F29A 2Y84A 1LAHE 3PMWA 1SYHA 2Z8FA 3IB0A 1JW1A 1LAFE 5H8HB 3SDFA 4GVOA 4F3SA 4MBPA 3ODBA 3C35A 1FTMA 2QJEA 4KCDA 3OENA 1OLAA 1POTA 2HZKA 2I4BA 2XX7A 2XXIA 4R9FA 2FNCA 3IB1A 4LUBA 5H8FB 5I58A 4M1VA 5TPAB 4YKKA 1JETA 4JWYA 3MJNA 1URSA 3PUXE 4OVJA 3QK6A 3VXCA 2DQVA 3CVGA 4L17A 5J1DA 3HPIA 4ZZAA 5L9SA 1B3LA 3VLWA 3O6IA 2RC8A 3H6WA 4JBZA 2Q89A 3KN7A 4GRKA 4IY5A 4WEDA 4XKNA 5CBRA 1MDP1 1N7WA 1ANFA 1YCJA 2DVCA 3KZGA 2GHAA 4XXUA 1SBPA 1OVTA 1B46A 3KFMA 1Y1ZA 3VE1B 1FTKA 1OQGA 1P1NA 1Q35A 4FEDA 3LC8A 3V8XB 1ZJLA 3RQTA 3TFLA 4ELPA 5IKBA 3FVGA 5KDTB 3S9NC 1P1UA 3FUZA 1LCFA 3PUYE 4GXAA 3RUMA 4BDLA 2XXPA 3N5LA 2I49A 1IZ1A 4H6DA 3SESA 2DSFA 3FZVA 3TTLA 1N7XA 1SW4A 1QJMA 1US4A 4EQ7A 2I4CA 3GBBA 1KWHA 1ZLQA 1MQIA 3QUJA 5H8QA 2Z22A 4ZE8A 1FQBA 1JNFA 2YPNA 3FIRA 4JB7A 4LP2B 4OQOA 3K01A 3T9XB 4O3BA 3IOTA 4TOZA 5I2KB 1OVBA 1R6ZA 4LZ7A 1B9JA 5I59B 5CMMA 1NNKA 5I57B 3IJXB 2G29A 4R6HA 4U22A 1UTHA 4AB6A 4U1OA 4H1XA 2OWTA 3LSXA 3VFJA 2XD3A 3O6HA 5JEIA 4RK9A 3PV0E 5CM6A 4U2RA 2ONSA 5KZTA 2OBGA 4R9GA 5IAIA 1US5A 2DS9A 2V3UA 3H03A 3IOUA 4ZEBA 1B0LA 3HHFA 3KOTA 3MP6A 2O7UA 4JSOA 4KYSA 1LB8A 4WKMA 5DVJA 4F22A 1ELJA 3I3VA 3U8QA 1LLSA 1QUIA 1Y20A 1MY0A 3B7DA 3OO6A 4KR5A 1A55A 2DP8A 4LATA 1R9QA 2BJJX 4N07A 2F7AA 4OENA 3TZAA 5AA2B 4RJZA 1NH8A 5TP9A 3MZBA 1N3XA 1B7HA 4I9DA 4OETA 5EHMA 2F78A 3QSLA 3TQLA 1A40A 1FQAA 1AMFA 4OEVA 4PFTA 4QFKA 4JXIA 4ELQA 2PT1A 2QRYA 3DP4A 4KD5A 4MH5A 3UN6A 2RCBA 5I58B 2H25A 4KCCA 4MLQA 1MPBA 1Z7NE 4FE8A 4YICA 4IGRA 3G3IA 1QULA 2H9BA 3S4UA 3L6GA 4NMYA 1DMBA 3VVEA 2DYXA 1M5BA 3FJMA 3PMXA 3HSTA 1IXGA 3IORA 3QUFA 4MFIA 1JVYA 2NVUB 1SI0A 5CMKA 1MM7A 4NF6B 2I48A 3PPQA 2DE3A 4U21A 4QRZA 1AL3A 3FV1A 3M3FA 3H6UA 4GF8A 3RY3A 5EYFA 1XOCA 1MY1A 1A99A 2Y7KA 3KBRA 3O2AA 3OD7A 3E4RA 3H7MA 5L9MA 1OLCA 2DWAA 2V84A 2KLFA 4HCWA 4KI0E 1UIVA 4DZ1A 1B5JA 2Z8DA 3K1NA 4F39A 4G8HA 5CC2A 3FVKA 3KOSA 4QFNA 3QXMA 2UVIA 1DSNA 1VE4A 1USYH 2D5WA 5DEXB 5AA2A 3O66A 3BFUA 2B3BA 4EF2A 4QSEA 2F7CA 1GTKA 2UVGA 3FXUA 4QHQA 2VGQA 1EZOA 2REJA 2P2AA 1QKAA 1MXWA 3FJ7A 4E0WA 4YKJA 4R72A 1GV8A 4DCYA 5I56A 1OIBA 4P0GA 3IB2A 4G68B 4MLVA 4R2BA 2H99A 4WXJA 5L9OA 3KGCA 5HM4B 3MVZA 2DOJA 4LQ2A 2QS3A 1S50A 3PUWE 1FCKA 3C32A 5ITOA 4DXCA 1UTHB 3RT6B 2VD3A 5AA2D 1VFDA 3FVNA 5K2YA 4U4SA 1MQDA 5KCJB 2PBWA 3MAMA 4YB6A 1B5HA 4IO6A 4QFLA 1DPPA 3OO9A 4IY6A 2XXTA 1B3FA 1LCTA 2A5SA 2CMOA 3PPNA 4GWOA 1JW5A 4DLDA 2D21A 2F35A 3O29A 4X9TA 4DE8A 1II5A 2XXXA 3KJTA 1MY3A 1BP5A 5ICQA 2CZLA 4F3BA 4IO5A 4X48A 2GH9A 5L8DA 3CG3A 3QAXA 3TAJA 2PMSA 1SI1A 2ZMBA 2PT2A 4YU0A 3HV1A 4OHNA 2QMXA 4ZEDA 2PYYA 3TTRA 3I5OA 1SW5A 3K1MA 3MPLA 3OEKA 1YAEA 2UYEA 5JTYA 1D9VA 1MXVA 1TFDA 4KPTA 5FTHA 3IL1B 1GVCA 4H8IA 4AQ4A 5I2NA 1A8EA 3KEIA 1F9BA 4EXKA 4GL8A 3O6GA 2NXOA 2O1LA 5ICTA 2I0CA 3AXFA 5TP9B 5LOMA 4LZ5A 1VR5A 2X26A 3MVWA 3TEPA 4KQPA 4Q5TA 2RC9A 2THIA 4O3CA 4YB7A 1MH4A 3WAFA 4EQBA 4ZE9A 3UORA 4O3AA 1TWYA 2Q88A 1SDXA 4RPNA 4THIA 1QUJA 1Y3QA 3I6VA 2R6GE 1PB7A 2RC7A 3LBSA 2W7YA 1N76A 3FVOA 2NWJA 3HHGA 1ZTYA 2O84X 1MXYA 2ZNTA 3UP9A 3FATA 4ZS9A 3RPWA 1O64A 3TTMA 5B7DA 3PPPA 4F31B 3EHSA 3PD8A 3G3GA 3MUQA 3LUYA 1I6BA 3PU5A 4G8MA 3SEWA 1Y4TA 5I57A 4F1UA 1LAGE 2ZYKA 4OWDA 2V25A 4RK2A 3KN3A 4YKPA 5TPAA 3K02A 5JTYB 1B7UA 2F34A 4GXSB 4PE5B 4PP0A 4XKRA 4F1VA 2OLBA 4QF9A 3IO6A 5H8QB 1DOTA 1USYE 1Y3NA 4XTCQ 2NUVA 1P1WA 3U92A 5JK4A 3B6WA 1N0TA 3PD9A 3LSLA 4LVQA 1FQFA 2HEUA 4OYVA 4PQJA 1FTJA 1XHYA 1BTJA 3MQ9A 4ONYA 2Z8EA 2F8DA 1PB9A 3SEVA 3VVDA 4KFQA 4JSDA 3DELB 4NTLA 2H98A 1L5TA 4DDDA 5I56B 2F5XA 4NWDA 3K2DA 3PGFA 3VDFA 5A5XB 5I84A 2E1SA 1B51A 2Y7WA 3FGSA 4EUOA 4Q30B 4ECFA 3G7WA 1I6AA 3K4UA 1BIYA 1QKBA 4KYEA 5KCJA 3S9EA 5CBSA 3C34A 3DP6A 3OELA 2ZYOA 1LAXA 1B2HA 1MRPA 1S9TA 2P0SA 3CSGA 2IEEA 1DTGA 1J1NA 1AH5A 1FTOA 1B05A 3K6VA 3TYHA 4R6YA 4C1TA 5BUUA 4RYAA 1B1HA 1IXIA 1NKXA 1VSOA 2V3QA 1SD3A 2Q9TA 2ZYNA 2OCUA 1A54A 1NNFA 3B6QA 2UVJA 3M3KA 1LSTA 3PPRA 4IGTA 1IXHA 1O63A 1CB6A 2F6GA 4QFOA 4NF8A 3H6VA 3Q26A 5DYHA 5CI5A 3TODA 4QSDA 1LFIA 1B0HA 4TLMB 3THIA 1MY2A 1HSEA 2ZYMA 2UVHA 3K0VA 4OFJA 5DEXA 1B3GA 4HTGA 5BWJA 3S9MC 3C31A 3MP1A 5I59A 3SEYA 1PC3A 2XXUA 4NF5A 3TCFA 3QIMA 2X7QA 3CR9A 1H3DA 4YZZA 1Q1KA 3IAZA 3H3GA 3BFTA 4OEUA 3N6TA 1H76A 3M8UA 2XHDA 1R1NA 3Q29A 4H8JA 3B6TA 3S2VA 4BDOA 3Q28A 4KHZE 2I3WA 4OXVA 3K6XA 4OFOA 4EDPA 1NH7A 4ND9A 3T22A 2O51A 3MBPA 3U1OA 3DP8A 4F1YA 1I69A 3MZ9A 4ZEIA 5KDTA 3SKPA 1LBCA 1XVYA 3IOWA 1IEJA 3FASA 4JDFA 4PFUA 1Y3PA 4F3PA 2DXRA 2VP1A 3ZS6A 4G68C 1NNPA 1Y1MA 2Q2AA 5H8NA 1A7LA 4TLLB 4BDMA 1B32A 1LFGA 4LZ8A 4GFRA 4POXA 1B3EA 1IIWA 2O69A 2PX1A 3PUVE 3U94A 1OQHA 5AA3A 2G93A 4LQ5A 1POY1 2V3TA 3O9PA 1IQ7A 2NOOA 1QUKA 2QPQA 3H06B 3T96B 4YKIA 2QSXA 1B7ZA 3UA8A 5M2VA 4DCXA 1ZIUA 4HCYA 3F11A 3IX1A 4RY1A 3GXAA 3QYTA 5F1QA 5I2NB 1QW0A 2FA7A 2REGA 4JWXA 4OESA 2AL4A 4YAHX 4AB5A 2RKMA 4PFYA 5AA1A 1SQYA 5I2KA 1LFHA 3HN0A 4E0XA 3ECRA 1DTZA 3A09A 3IK6B 4ZECA 1MY4A 1B4HA 3WAEA 3TUSA 4F2OA 1MG1A 1B3HA 1M5FA 4LONB 4ZEKA 1NNTA 2VD2A 3VVFA 3OXNA 2FYIA 2DWJA 2ONRA 4ESXA 2RCAA 2F97A 3O97A 3TTNA 1B52A 1ZBMA 4NEDA 4G77A 1RYXA 1Z7ME 2DVZA 2ABHA 4NE4A 2GHBA 2QS4A 3VV5A 2WKYA 4ZDMA 2QMWA 1OMPA 5K2XA 3G3KA 1H45A 3PMVA 2RINA 3FXQA 1P99A 3MWBA 1N84A 3ONMA 4H5GA 2AIXA 3PPOA 3TCHA 5CRYA 3GBAA 2F6PA 4FJPA 2QS2A 3W9WA 3ILUB 4G2ZA 5AA4A 3EHUA 4Z0IA 3G3JA 5DT6A 4FECA 4IO4A 4U4XA 2LAOA 4OZ9A 2D3IA 3KG2A 1XT8A 3CSBA 1DPEA 4QFPA 4G68A 2QS1A 2I3VA 2P1SA 1PDAA 2XX9A 4X1DA 1ZMGA 3TCGA 4F18A 4GIZA 4P0IA 2XD2A 1IXCA 3BBRA 4R75A 3O28A 1VFEA 2RF1A 2UYFA 4F2QA 4JWOA 3A3CA 3TDJA 3IOVA 3TKDA 5H8HA 3V5AA 4EF1A 1UTBA 4I8CA 2A5TB 5AE4A 4M4GA 1B4ZA 4BLAA 3CFLA 1FQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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