4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hormone receptor/antagonist
source organism Homo sapiens
publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
1L0MA 2YCYA 2R4SA 3QBLA 1E12A 4PXFA 3AYNA 1C68A 2I35A 3UTVA 1EHKB 3SB8A 1CU3A 1L27A 4EJ4A 3DMZA 5H2HA 4BVNA 1C60A 3HDEA 1L60A 4K5YA 1M0KA 4X32A 2EI4A 1L23A 1P5CA 2LC9A 1L04A 3FA0A 3HH5A 4YXCA 4E97A 3HTBA 1D9WA 1IXFA 3CAPA 3X3BA 3ZPRA 4IARA 3DDLA 1L90A 1R84A 4JKVA 2OU8A 3UTXA 1KNIA 4GYCA 1QT3A 4UHRA 1CX7A 3DN6A 1D3FA 4KLYA 1DZEA 2KSAA 1L49A 1L88A 1L19A 1AP9A 244LA 2L78A 5G2CA 173LA 1QUOA 5EN0A 3QJRB 4N4WA 4FA7B 2QPDB 1L31A 3GUJA 1L55A 5I14A 5G36A 145LA 2OU0X 156LA 3DN1A 1CUQA 3FI5A 4I7LA 119LA 2B74A 2B6ZA 1PXRA 228LA 4I7NA 257LA 1P2RA 5B0WA 140LA 1L91A 1P2LA 212LA 229LA 2OU9A 103LA 1JTMA 5ITCA 128LA 260LA 3HAOA 3VG9A 102LA 3HT9A 1C8RA 1G06A 5LWEA 190LA 4I7TA 2NTHA 2F47A 5H2IA 3GUPA 2BRDA 1SSYA 211LA 3GUNA 1L30A 1P8UA 233LA 1MGYA 4Y9HA 1SX2A 1L00A 2B6XA 1GU8A 1L12A 174LA 246LA 1SSWA 108LA 1CUPA 175LA 1LI2A 5H2PA 3HANA 5ETZA 1OYUA 4ARLA 114LA 1E0PA 3DN0A 2WJKA 4MBSA 1TN0A 1C6GA 1JGJA 1KG8A 3SB9A 4L6RA 1BRXA 1G1WA 5JJJA 2RAYX 3HWLA 1L73A 4XXJA 3OE9A 2LZMA 3QJUB 3SBBC 1L26A 1L34A 1L83A 1C64A 1L97A 3QBGA 262LA 226LA 3DN2A 1F4ZA 3RUNA 1GUEA 1L37A 3EH4B 109LA 5DHGA 139LA 115LA 1L24A 2Q9EA 3T45A 1L10A 3HTFA 1LI6A 1OVHA 1LGWA 3DN4A 3QBKA 1L09A 2B6WA 1C61A 1G0JA 1H68A 2KSYA 1FBKA 236LA 1QHJA 3OAXA 2RBQA 125LA 1LPYA 1CU6A 3HUQA 3QJQB 5B35A 4AMJA 1JQUA 2ANXA 1OVJA 1T8AA 2R4RA 3DN8A 172LA 1B6IA 2KSBA 4YXAC 2Z55A 3QDCA 1SWYA 178LA 1L43A 5H2NA 1L80A 237LA 2X72A 1TLAA 4ARJA 3C8SA 4N4YB 1LWKA 3UG9A 1QTHA 1P3NA 107LA 3C82A 1L64A 1X0K1 1L13A 1QUGA 231LA 4GP8B 1DYAA 1L11A 1IW9A 3REYA 1L81A 2OE4X 2OTYX 3S3DB 5H2MA 1QTBA 3CDQA 3CDVA 3PXOA 1L74A 220LA 261LA 2HULA 4S0WA 4HYXA 4I7OA 1T97A 3HH6A 3CDOA 5G28A 168LA 2RBPA 3HH4A 1G0LA 1QKPA 1KMEA 5JJNA 2B6YA 1FBBA 4I7JA 2RBOA 1L53A 1S8LA 3EH3B 2OTZX 1ZYTA 161LA 3X3CA 188LA 4KNFA 5B6YA 177LA 5ITEA 2I1XA 5B34A 1UCQA 195LA 1L47A 4IB4A 1L99A 225LA 2A4TA 2CUUA 3C7YA 1PQMA 3QAKA 4W58A 4PK0A 1QTZA 167LA 4LDLA 1P7SA 3S8GB 3BVDB 3HU9A 4DJHA 1C6LA 1L75A 2QB0B 201LA 2F32A 1BRRA 3P0GA 230LA 4I7PA 1LGXA 1QS9A 4X31A 1C67A 152LA 1L36A 3DNAA 1P8HA 1L85A 4I7SA 1TN5A 2NTWA 1L67A 1LI3A 4EXMA 1L01A 232LA 1HZXA 138LA 1L0JA 241LA 1PQKA 2J4YA 4EA3A 254LA 1L95A 4G71B 4EIYA 3VVKA 1L65A 1BRDA 1M0MA 2F93A 1C66A 1C6QA 1CTWA 2JAGA 1KY0A 4IAPA 1CV4A 255LA 3PWHA 1L45A 3HU8A 250LA 3AYMA 4G72B 213LA 4I7KA 2RBNA 198LA 5G2DA 1VJMA 4N6HA 1XEPA 239LA 1L33A 4G70B 4QIDA 1L66A 2B72A 1S51A 1LYGA 4PJZA 2RBRA 3RFMA 4W57A 1L63A 1L14A 3PBLA 4W51A 1QTCA 259LA 118LA 1L56A 1QTVA 1PQOA 3OE6A 185LA 4G7RB 3VGAA 1C6EA 146LA 1S53A 1T8GA 3FADA 1L51A 180LA 147LA 221LA 234LA 6LZMA 4BEYA 4I7QA 1L0KA 1C63A 3C9LA 3NY9A 4ARQB 3SB7A 1LYJA 4AMIA 1G0MA 3C7WA 4EPFA 1L17A 1AT9A 2NTUA 1C6NA 205LA 5DHHA 4AQNA 4I7RA 1QKOA 1ZWNA 1CV0A 1QTDA 5AX0A 1L79A 1D2YA 1L89A 2YCWA 1OV7A 3C81A 1L96A 4EKSA 1X0SA 1R2NA 4QRYA 1G0QA 4ARPA 4QI1A 3AM6A 1DYFA 235LA 4J4QA 3WQJA 4JR8A 214LA 4EKQA 149LA 2Y04A 192LA 126LA 1JTNA 1L54A 1DYBA 4GBRB 160LA 184LA 1CV5A 189LA 1L48A 219LA 5AHYA 199LA 2AT9A 5DYSA 155LA 2WJLA 2ZZLA 3VI0A 4FAAB 1L22A 2YDVA 1L57A 1L87A 3UTYA 3G3WA 1CU5A 4HYJA 4WW3A 1L9HA 4XTLA 3G3VA 4L35A 4OO9A 148LE 2OEAX 3C8QA 1DYDA 164LA 1CV6A 2RB2X 127LA 1CV1A 4XTOA 5H2KA 4BWBA 3G3XA 1P6YA 123LA 2JAFA 3KJ6A 4W54A 5JJEA 1C6FA 163LA 2LCBA 3OE8A 1L76A 2B73A 1XMEB 3QBIA 1L92A 3HUKA 3PDSA 3V2YA 1K28A 3GUMA 1S54A 4PXKA 4FBZA 1S52A 4EPIA 4G7SB 1LYEA 191LA 3CDTA 5J7AA 3DN3A 2OE9X 3GUKA 1H2SA 215LA 2Y00A 1LLHA 144LA 1L21A 1QSBA 1G0GA 1F88A 1M0LA 1CV3A 2ZIYA 5FJGA 1T8FA 137LA 1QUDA 3DMXA 1X0I1 1LWGA 1L70A 1LYHA 2RB1X 1CWQA 4XTNA 243LA 3K2RA 2I20A 4OV0A 4HWLA 1P37A 1KW5A 2B75A 3NY8A 1L06A 3RZEA 1L46A 3HUAA 1PQDA 196LA 1KG9A 3HAPA 1U19A 1C6KA 3C7ZA 4NC3A 1NHBA 5BR5A 1L62A 3NSBA 5G2AA 4ARMB 1LYFA 169LA 1JFPA 170LA 4TL3A 4IAQA 2RBSA 1P46A 1G0PA 2QARC 4GPOA 1LYDA 1QT8A 5C1MA 5B6VA 3D4SA 1C65A 2Z73A 1XIOA 4UG2A 3ZPQA 3SN6R 5A45A 158LA 162LA 3PQRA 5F8UA 5B6ZA 3VHZA 4EKRA 1KY1A 2Y02A 4JQ6A 3NYAA 3HTDA 171LA 1IW6A 1L69A 218LA 253LA 4MD1A 3L2XA 1C6TA 151LA 131LA 1L98A 200LA 2NTGA 3HTGA 4LDEA 1GZMA 3L64A 2VT4A 3F9LA 1C6MA 1I6SA 4XT1A 4X1HA 5A44A 111LA 3ZEVA 1XJUA 5BR2A 3V2WA 1L93A 1BM1A 5LZMA 3A7KA 3HT6A 1L94A 1QT7A 1JV7A 2YDOA 4W53A 1L25A 1L18A 3C83A 1Q5IA 1QM8A 3DQBA 3GUIA 1L20A 3UZAA 4LDOA 1JV6A 1G0KA 4ARQA 245LA 1L38A 4ZPUA 1PY6A 2B7XA 2YCXA 2RH1A 3EMLA 3S3CB 1L84A 1OV5A 3SB6A 129LA 5TGZA 4DKLA 1KS3A 247LA 1QUHA 1L29A 3SB5A 2M3GA 1L86A 4A4MA 2Z6BA 5G53A 4DAJA 1S8JA 1PQIA 3C9MA 1L42A 223LA 1L40A 186LA 1C6DA 2O4WA 1G1VA 1L32A 222LA 2RB0X 1F50A 252LA 4W59A 2O7AA 3UTWA 3VW7A 1L72A 238LA 2LNLA 3QAPA 5H2LA 2O79A 3S3BB 1D3MA 1SX7A 4GBRA 1LW9A 1C6JA 2RAZX 5AZDA 1C6AA 3C8RA 1CVKA 2G87A 1CU2A 5G54A 4BV0A 4GRVA 1SWZA 3HASA 4XT3A 2I21A 5B6WA 1KGBA 1XJIA 2F95A 4W55A 210LA 3OE0A 3MBVA 130LA 2YCZA 4BUOA 1L50A 1L39A 1C62A 159LA 256LA 3QJVB 1D3JA 1L02A 150LA 2L6XA 3CDRA 3F8VA 120LA 1C69A 2IGCA 4LZMA 1VGOA 1L68A 7LZMA 1EPYA 4FPDA 248LA 143LA 3HT8A 2F2QA 3QJSB 2HUMA 4W56A 249LA 4EKPA 258LA 4WAVA 183LA 4I7MA 1O0AA 3HARA 3HDFA 1Q5JA 166LA 104LA 1L58A 1ZURA 240LA 1P36A 5AWZA 1L71A 209LA 251LA 142LA 1OWZA 3GUOA 4GP5B 3C80A 182LA 3DKEX 3GULA 2Y03A 1L28A 157LA 1L77A 1QT6A 3LZMA 1D2WA 1XJTA 1PXSA 1C8SA 2KS9A 1DYCA 5B2NA 1L15A 3DMVA 1C6PA 1WTHA 5A8EA 1UAZA 5H2OA 4G7QB 1C6HA 1L35A 176LA 1C6CA 1QS5A 2ANVA 5KKHA 112LA 217LA 3NS0A 197LA 1QT4A 5AHZA 224LA 181LA 2Y01A 2HPYA 216LA 2PEDA 3EH5B 4ARMA 5AX1A 1L82A 1P8IA 1PQJA 242LA 206LA 2Q9DA 4MQSA 1QT5A 1L41A 3JR6A 1LYIA 3UONA 1C3WA 4MD2A 1DYEA 110LA 1T6HA 4W52A 5H2JA 1C6BA 3QJTB 1P64A 3COCA 3HH3A 1C6IA 122LA 5B6XA 1L44A 2ZFEA 1L07A 1L03A 3ABWA 4MQTA 1QSQA 2OE7X 3S8FB 4BEZA 113LA 1G07A 4YX7C 187LA 1L16A 165LA 1DYGA 4GP4B 2HUKA 1OWYA 2B70A 3UZCA 141LA 1L59A 2QPEB 1L08A 1L61A 1OVKA 3CODA 3ODUA 1LGUA 3HAQA 1KW7A 3HT7A 227LA 1CX6A 1L52A 1L05A 3SBAA 1LN6A 1D3NA 1P56A 2B6TA 1CU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4D9ZA 3QBLA 4TUNA 3AYNA 3IWRA 1REXA 2I35A 1EHKB 3DMZA 4N8ZA 5HLLA 1XEKA 1GE2A 1L23A 2RSCA 3ZVQB 3FA0A 4E97A 1IXFA 3DDLA 2OU8A 1QT3A 1B5VA 1FLWA 1L88A 4IJ4A 2FYDA 1YANA 5KKJA 2C8OA 5EN0A 1B2KA 1L55A 5I14A 2OU0X 1LSBA 3DN1A 4NWEA 228LA 3A3QA 257LA 5B0WA 140LA 1LSCA 1P2LA 212LA 1HFXA 1GXXA 1JTMA 3HAOA 190LA 4LYOA 2F47A 3GUPA 1LZ6A 1L30A 3TXFA 233LA 3TXBA 4Y9HA 1SX2A 2BAAA 2X0AA 5ILCA 4B4EA 2FBDA 4ZIXA 1HMKA 1CUPA 1ZVHL 1OYUA 4DDCA 4MBSA 1GE0A 1TN0A 1PZYA 1KG8A 1WVUA 5JJJA 3RW8A 3OE9A 3SBBC 1B7MA 3G3BB 4LT3A 1ALCA 5I4YA 3RUNA 1L37A 1GF8A 4GCBA 1LHJA 1MLCE 1G0JA 3A92A 2F30A 4LT2A 2ZWBA 2Z18A 1QHJA 3OAXA 1LYOA 4J1AA 2H5ZA 4L41A 1B6IA 4HTQA 3TMXA 4YXAC 4DD2A 3WH1A 5D5CA 1L43A 237LA 4H93A 4ARJA 4OWCA 1LWKA 1D6PA 1NQIA 5I4WA 4NGYA 1L64A 1L13A 5I5QA 1L11A 4NHPA 1IW9A 2OE4X 3S3DB 5H2MA 1IR8A 3CDQA 3N9CA 3PXOA 261LA 1IP2A 4HYXA 1JJ0A 3CDOA 168LA 3B0IA 1Z55A 1XGTC 3W6CA 1J1OY 4I7JA 3EH3B 2OTZX 4LYCA 3LN2A 1GF5A 2N5ZA 2Z37A 188LA 177LA 2WARA 5B34A 4EOFA 1L99A 2A4TA 2CUUA 3C7YA 1WQOA 1B7NA 1P7SA 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 7LZM A;  1EPY A;  4FPD A;  248L A;  143L A;  3HT8 A;  2F2Q A;  3QJS B;  2HUM A;  4W56 A;  249L A;  4EKP A;  258L A;  4WAV A;  183L A;  4I7M A;  1O0A A;  3HAR A;  3HDF A;  1Q5J A;  166L A;  104L A;  1L58 A;  1ZUR A;  240L A;  1P36 A;  5AWZ A;  1L71 A;  209L A;  251L A;  142L A;  1OWZ A;  3GUO A;  4GP5 B;  3C80 A;  182L A;  3DKE X;  3GUL A;  2Y03 A;  1L28 A;  157L A;  1L77 A;  1QT6 A;  3LZM A;  1D2W A;  1XJT A;  1PXS A;  1C8S A;  2KS9 A;  1DYC A;  5B2N A;  1L15 A;  3DMV A;  1C6P A;  1WTH A;  5A8E A;  1UAZ A;  5H2O A;  4G7Q B;  1C6H A;  1L35 A;  176L A;  1C6C A;  1QS5 A;  2ANV A;  5KKH A;  112L A;  217L A;  3NS0 A;  197L A;  1QT4 A;  5AHZ A;  224L A;  181L A;  2Y01 A;  2HPY A;  216L A;  2PED A;  3EH5 B;  4ARM A;  5AX1 A;  1L82 A;  1P8I A;  1PQJ A;  242L A;  206L A;  2Q9D A;  4MQS A;  1QT5 A;  1L41 A;  3JR6 A;  1LYI A;  3UON A;  1C3W A;  4MD2 A;  1DYE A;  110L A;  1T6H A;  4W52 A;  5H2J A;  1C6B A;  3QJT B;  1P64 A;  3COC A;  3HH3 A;  1C6I A;  122L A;  5B6X A;  1L44 A;  2ZFE A;  1L07 A;  1L03 A;  3ABW A;  4MQT A;  1QSQ A;  2OE7 X;  3S8F B;  4BEZ A;  113L A;  1G07 A;  4YX7 C;  187L A;  1L16 A;  165L A;  1DYG A;  4GP4 B;  2HUK A;  1OWY A;  2B70 A;  3UZC A;  141L A;  1L59 A;  2QPE B;  1L08 A;  1L61 A;  1OVK A;  3COD A;  3ODU A;  1LGU A;  3HAQ A;  1KW7 A;  3HT7 A;  227L A;  1CX6 A;  1L52 A;  1L05 A;  3SBA A;  1LN6 A;  1D3N A;  1P56 A;  2B6T A;  1CU0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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