4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hormone receptor/antagonist
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
3SB6A 2HULA 197LA 4G71B 3PQRA 168LA 1P7SA 3MBVA 2LC9A 1L99A 4X32A 2OE9X 1B6IA 3ZPQA 108LA 138LA 1MGYA 1KNIA 1C6AA 1QTDA 3EH4B 3HT9A 1C6HA 1L71A 1F50A 1FBBA 4EKPA 4G7SB 4G7QB 1D2YA 4GRVA 165LA 3FADA 5A45A 1L75A 1DYBA 4FAAB 1QTZA 1L85A 254LA 3COCA 1C65A 149LA 195LA 4L6RA 2R4RA 5AHYA 1L48A 167LA 1KG9A 1L56A 1P37A 3OE0A 2PEDA 1L42A 150LA 1KS3A 1QSBA 3DN6A 5KKHA 3SN6R 5AX1A 1P2LA 2ANVA 2EI4A 2VT4A 3QBGA 2QB0B 1KY0A 1L51A 166LA 4I7JA 1F4ZA 5H2LA 3C9MA 250LA 3WQJA 1CVKA 1M0MA 1EPYA 110LA 245LA 3BVDB 4W56A 1O0AA 2I21A 4WW3A 159LA 1BM1A 5H2NA 196LA 1L41A 3DKEX 1L74A 4EPIA 1L61A 1L76A 235LA 2WJKA 2YDVA 4UG2A 2O79A 2B75A 1C6JA 3D4SA 2ZZLA 1F88A 3HTGA 151LA 5JJJA 211LA 1L37A 4BEZA 4N4WA 2RB2X 1L18A 1C61A 232LA 169LA 1JTNA 4EKRA 5G53A 1L35A 1L94A 1CU5A 1C6KA 2F2QA 3G3XA 3SB9A 3L64A 147LA 4XTOA 3HT7A 1C8RA 4GBRB 3HU8A 2B7XA 1IXFA 4NC3A 1L80A 4W58A 1LYDA 2Y03A 3PWHA 1L69A 2OU9A 2LNLA 2A4TA 5B2NA 248LA 1L23A 1L20A 184LA 1L29A 1L0JA 1L45A 1PQKA 3OE9A 4QIDA 4BWBA 262LA 4N6HA 5H2PA 1L79A 1LW9A 1DYAA 7LZMA 3QBKA 4ARMB 2YCYA 3CAPA 143LA 185LA 218LA 3RUNA 3SB8A 2QPDB 1P3NA 1QUGA 1L93A 2RH1A 239LA 4IAQA 2F47A 1L9HA 1QTCA 2NTHA 4LDLA 2G87A 4X31A 4W57A 1CU3A 1QS9A 4QRYA 1PXSA 3UG9A 4AMJA 5BR2A 5G54A 5H2IA 2B73A 1I6SA 1LI6A 1LI2A 3T45A 3HARA 1P2RA 1SX2A 1C60A 1C6NA 1K28A 221LA 164LA 1CTWA 3DQBA 1PQDA 137LA 5ITEA 2M3GA 5B0WA 5BR5A 171LA 3ZPRA 4E97A 242LA 3GULA 1QT3A 238LA 3UZCA 130LA 3DDLA 1GZMA 3CDQA 107LA 4XT1A 1QT4A 5TGZA 4ARPA 1G0KA 131LA 1G1WA 3QJUB 1CU2A 3HT8A 3GUKA 3DN3A 1P64A 3QBLA 3V2WA 4EKQA 1CWQA 2Y02A 1OV5A 5I14A 119LA 3EMLA 4N4YB 2B74A 1BRDA 1L88A 1LYJA 2KSBA 170LA 5DYSA 4K5YA 181LA 214LA 3DMVA 1C63A 2Z73A 4I7OA 4ARQB 3HWLA 129LA 1XJIA 191LA 228LA 4HYJA 224LA 3SB7A 3HH3A 3C8RA 1JV6A 3SBBC 1Q5IA 1JQUA 1QT5A 4OV0A 3S3CB 1CX6A 2F32A 4YXAC 4S0WA 1H2SA 1PQJA 2B6XA 2RAYX 1LPYA 1R2NA 5F8UA 1U19A 1CX7A 1QTBA 220LA 257LA 1G0JA 1GU8A 2HUKA 1CUPA 1LYIA 198LA 1TN5A 2F93A 3A7KA 3S3BB 3S8GB 175LA 3KJ6A 4I7TA 3DN1A 3X3CA 1L95A 1R84A 1CU6A 2OE7X 210LA 2Y01A 1L32A 2YDOA 1DYCA 3C83A 2Z55A 128LA 3HDFA 2RB0X 1C3WA 2O7AA 2CUUA 3LZMA 3GUPA 215LA 5B6VA 1L19A 160LA 4MQTA 4XXJA 4XTNA 3C7WA 1LYHA 3CDVA 4G7RB 3NS0A 145LA 1L89A 2I1XA 1L54A 3ODUA 1D2WA 1D3MA 5C1MA 1BRXA 1L22A 1L98A 1L26A 1L67A 1L86A 4AMIA 4W51A 1ZYTA 1G0MA 1C6PA 241LA 4EPFA 5H2KA 1L12A 234LA 3UONA 1E0PA 1G07A 1L24A 3DNAA 3QJVB 4Y9HA 1DYGA 5G2AA 4EKSA 182LA 1C6FA 4ZPUA 1L70A 4PJZA 1FBKA 3RFMA 5H2OA 2OTZX 4I7MA 3C7ZA 1DZEA 1NHBA 3GUOA 140LA 1QM8A 3PXOA 1S52A 1DYFA 1C68A 3CDTA 5G2CA 158LA 3V2YA 2BRDA 1LI3A 1AT9A 3AYNA 5H2MA 2B6TA 162LA 2I35A 5H2JA 5B35A 1QT8A 3GUMA 2O4WA 1JTMA 4IARA 2JAFA 144LA 4I7KA 5B6XA 2NTGA 4J4QA 5AZDA 1D3FA 1LWKA 188LA 3HDEA 4GP5B 243LA 3HUQA 4GYCA 225LA 1C69A 1X0I1 4EJ4A 174LA 3REYA 3QJSB 1D3NA 1OYUA 1QTVA 2KSYA 4G70B 3UTVA 1Q5JA 1L65A 1LGUA 227LA 2F95A 1QT6A 4PXFA 1UCQA 1D3JA 1XMEB 2Q9DA 1L15A 1C64A 112LA 1XIOA 3RZEA 4EXMA 152LA 192LA 2B6WA 1XEPA 1QUHA 2ANXA 2RB1X 2HPYA 3HAQA 1L16A 1L02A 240LA 1T97A 189LA 1C6BA 187LA 2B6YA 1L46A 4I7SA 1KGBA 4HYXA 2J4YA 3C8QA 3EH5B 1T6HA 3UTWA 2I20A 4W52A 1G0LA 3HH4A 4JR8A 1L52A 3ZEVA 1KMEA 1VJMA 2RBPA 3DMZA 3DN8A 1M0KA 4MBSA 1L27A 5AWZA 1L47A 5A44A 219LA 1P8IA 212LA 5EN0A 4FBZA 1T8FA 3HTFA 4I7NA 1LYFA 5JJNA 3C82A 4PK0A 3QAPA 1L66A 4MD2A 5B6WA 120LA 2OEAX 3SB5A 1QUDA 1DYEA 3VW7A 3EH3B 3NSBA 4W54A 1L43A 1L34A 1SWZA 5ITCA 2YCXA 4A4MA 2AT9A 3CDRA 5J7AA 2L78A 199LA 3ABWA 3F8VA 5H2HA 4MQSA 2RAZX 2R4SA 4GPOA 4IB4A 3SBAA 123LA 4MD1A 1IW9A 1L39A 1E12A 1QUOA 3UTXA 4G72B 1SWYA 3QJQB 1LWGA 2KS9A 3HAOA 1G0QA 4W53A 1L05A 3VHZA 3HU9A 1L57A 3HUAA 1QHJA 200LA 3C81A 233LA 3UTYA 3OE6A 1L87A 1L62A 2Z6BA 3PDSA 1L84A 1QSQA 6LZMA 1M0LA 1KW7A 1C6QA 1G0GA 5A8EA 1XJTA 3NY9A 1HZXA 1LLHA 5ETZA 3UZAA 1L64A 261LA 3DN2A 1TLAA 256LA 1S53A 4YX7C 3X3BA 1P56A 1P6YA 1L11A 1KG8A 4HWLA 178LA 5AX0A 3G3VA 2NTUA 4LDEA 1L63A 2KSAA 230LA 1G0PA 1P5CA 216LA 4JQ6A 1OWYA 2ZIYA 1L21A 4PXKA 4BVNA 1WTHA 209LA 3HTBA 4DJHA 2QARC 1AP9A 5B6ZA 3HANA 1XJUA 3AYMA 1L09A 3HT6A 4XTLA 1X0SA 1JV7A 5B6YA 3HAPA 5LWEA 1S8JA 4BEYA 5DHGA 2B70A 4I7LA 1QKOA 142LA 1L38A 102LA 1ZWNA 1OVKA 1L53A 111LA 206LA 125LA 4ARJA 1S51A 3HH6A 1KY1A 155LA 1L01A 4W59A 258LA 1L0KA 3QJRB 2LCBA 1PXRA 4FA7B 173LA 1L59A 1H68A 5AHZA 1C6TA 252LA 2B6ZA 1L50A 2OTYX 1C6LA 3HH5A 141LA 183LA 1C66A 186LA 223LA 244LA 1L0MA 1C67A 205LA 1C6MA 1D9WA 3QDCA 231LA 1P8UA 4BV0A 1CV6A 118LA 2LZMA 1L49A 4OO9A 1P8HA 1GUEA 1PQIA 3DMXA 3S8FB 2IGCA 1C6CA 3DN0A 4IAPA 1PQMA 1IW6A 1L82A 2B72A 255LA 1PY6A 1C6EA 1C6DA 3HTDA 5FJGA 1CV5A 1L36A 3GUIA 1VGOA 3HUKA 4W55A 3S3DB 3P0GA 2ZFEA 3FI5A 4X1HA 5B34A 109LA 161LA 114LA 4EA3A 1L55A 1P36A 3JR6A 1L83A 2OU0X 3QJTB 172LA 148LE 2RBNA 4KLYA 2JAGA 1L33A 2RBRA 1SSYA 4ARLA 190LA 1L68A 251LA 4L35A 4QI1A 5G28A 3CDOA 1CV0A 3VI0A 1L44A 1QTHA 260LA 217LA 1EHKB 259LA 1PQOA 237LA 1L28A 1CV1A 1C8SA 139LA 3C8SA 1OVHA 2Q9EA 2RBSA 3NYAA 4DKLA 222LA 1G1VA 1C6GA 4I7RA 4GBRA 3C80A 2RBOA 1S8LA 4GP4B 1L60A 1LN6A 3F9LA 1CUQA 115LA 1L13A 2OU8A 5LZMA 1L58A 1L25A 1T8GA 2QPEB 4GP8B 1L17A 4I7PA 229LA 1JFPA 163LA 2HUMA 4WAVA 176LA 1L72A 1S54A 3OE8A 1OV7A 3L2XA 1KW5A 3OAXA 1L97A 1L03A 4ARMA 2Y00A 3NY8A 3QAKA 1OWZA 3FA0A 2WJLA 3HASA 1L00A 4XT3A 1L91A 127LA 3CODA 1L40A 4I7QA 1L07A 1LYEA 126LA 3VG9A 2RBQA 1LYGA 201LA 3K2RA 4KNFA 1C62A 3GUJA 1L10A 236LA 177LA 1ZURA 3C9LA 3GUNA 113LA 4LZMA 2YCWA 3C7YA 1BRRA 253LA 4LDOA 2YCZA 1DYDA 1L73A 1L06A 1P46A 1QS5A 1SSWA 5JJEA 4AQNA 1UAZA 1L31A 1L90A 1L77A 146LA 3DN4A 1L04A 2Y04A 1QKPA 4BUOA 5G2DA 3G3WA 226LA 1X0K1 247LA 246LA 3PBLA 3AM6A 103LA 122LA 1QT7A 157LA 1L92A 4DAJA 1LGWA 4FPDA 4JKVA 4TL3A 5G36A 1CV3A 104LA 249LA 4UHRA 2X72A 1JGJA 2L6XA 180LA 1L81A 1OVJA 1SX7A 3VVKA 4YXCA 1CV4A 1T8AA 2NTWA 3VGAA 1L96A 1L08A 4ARQA 156LA 2OE4X 5DHHA 1G06A 213LA 1TN0A 1CU0A 3QBIA 1C6IA 4EIYA 1L30A 1LGXA 1L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G71B 1P7SA 1FLQA 3A94A 1D0KA 4WO9A 1BQLY 3A90A 4NFVA 193LA 1D2YA 5A45A 1L75A 1DYBA 1QTZA 1L85A 3A6CY 1L48A 167LA 1KG9A 1L56A 3OE0A 5KXXA 1QSBA 1KXWA 5FELA 4BAFA 4AGAA 4I7JA 5H2LA 2X0AA 3WQJA 1EPYA 5KXWA 245LA 3BVDB 4PRUA 4W94A 4WW3A 5KXYA 1BM1A 3DKEX 4WM1A 1L76A 3ZEKA 5JJJA 4C5FA 2ZZLA 1F88A 3AZ5A 211LA 1BWIA 4N4WA 232LA 1L35A 1C6KA 3G3XA 1GBZA 1GB8A 5F14A 4GBRB 1NF5A 1F6RA 4NC3A 1LJ3A 1L80A 5I4WA 3PWHA 1DKKA 1CKCA 1TEWA 4HSFA 1L29A 184LA 1L45A 1XEJA 1LJIA 4N6HA 5H2PA 2DQHY 1IX0A 1GB9A 3SB8A 1L93A 1LMTA 1GFAA 1NKHA 2F47A 1L9HA 4LYBA 2NTHA 1CU3A 4N8ZA 1QS9A 4AMJA 1FLUA 1GB5A 7LYZA 2ZQ3A 5I54A 1C60A 3DQBA 1PQDA 1BB5A 1KIRC 2HECA 3WU8A 3B0KA 2F2NA 4E97A 4OWAA 242LA 3GULA 3WPKA 3W6DA 1LSYA 3GUKA 5B1FA 1ALCA 1OV5A 5I14A 2YBLA 5HNCA 1LZ1A 2Z38A 3GXRA 1BRDA 1L88A 4K5YA 2Z73A 1MLCE 191LA 3ATOA 4P2EA 2EKSC 3HH3A 1GBYA 1YQVY 1GFEA 4H9CA 4OWHA 3A67Y 2BQNA 1PQJA 1UIGA 2YVBA 3TXDA 5F8UA 4NSHA 1U19A 1BGIA 1LYIA 1IP2A 4YF2A 3KJ6A 4I7TA 3DN1A 1L95A 3N9CA 2Y01A 2YDOA 3WUNA 2DQGY 1OUDA 3HDFA 1FBIX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4MD1 A;  1IW9 A;  1L39 A;  1E12 A;  1QUO A;  3UTX A;  4G72 B;  1SWY A;  3QJQ B;  1LWG A;  2KS9 A;  3HAO A;  1G0Q A;  4W53 A;  1L05 A;  3VHZ A;  3HU9 A;  1L57 A;  3HUA A;  1QHJ A;  200L A;  3C81 A;  233L A;  3UTY A;  3OE6 A;  1L87 A;  1L62 A;  2Z6B A;  3PDS A;  1L84 A;  1QSQ A;  6LZM A;  1M0L A;  1KW7 A;  1C6Q A;  1G0G A;  5A8E A;  1XJT A;  3NY9 A;  1HZX A;  1LLH A;  5ETZ A;  3UZA A;  1L64 A;  261L A;  3DN2 A;  1TLA A;  256L A;  1S53 A;  4YX7 C;  3X3B A;  1P56 A;  1P6Y A;  1L11 A;  1KG8 A;  4HWL A;  178L A;  5AX0 A;  3G3V A;  2NTU A;  4LDE A;  1L63 A;  2KSA A;  230L A;  1G0P A;  1P5C A;  216L A;  4JQ6 A;  1OWY A;  2ZIY A;  1L21 A;  4PXK A;  4BVN A;  1WTH A;  209L A;  3HTB A;  4DJH A;  2QAR C;  1AP9 A;  5B6Z A;  3HAN A;  1XJU A;  3AYM A;  1L09 A;  3HT6 A;  4XTL A;  1X0S A;  1JV7 A;  5B6Y A;  3HAP A;  5LWE A;  1S8J A;  4BEY A;  5DHG A;  2B70 A;  4I7L A;  1QKO A;  142L A;  1L38 A;  102L A;  1ZWN A;  1OVK A;  1L53 A;  111L A;  206L A;  125L A;  4ARJ A;  1S51 A;  3HH6 A;  1KY1 A;  155L A;  1L01 A; 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 2RBS A;  3NYA A;  4DKL A;  222L A;  1G1V A;  1C6G A;  4I7R A;  4GBR A;  3C80 A;  2RBO A;  1S8L A;  4GP4 B;  1L60 A;  1LN6 A;  3F9L A;  1CUQ A;  115L A;  1L13 A;  2OU8 A;  5LZM A;  1L58 A;  1L25 A;  1T8G A;  2QPE B;  4GP8 B;  1L17 A;  4I7P A;  229L A;  1JFP A;  163L A;  2HUM A;  4WAV A;  176L A;  1L72 A;  1S54 A;  3OE8 A;  1OV7 A;  3L2X A;  1KW5 A;  3OAX A;  1L97 A;  1L03 A;  4ARM A;  2Y00 A;  3NY8 A;  3QAK A;  1OWZ A;  3FA0 A;  2WJL A;  3HAS A;  1L00 A;  4XT3 A;  1L91 A;  127L A;  3COD A;  1L40 A;  4I7Q A;  1L07 A;  1LYE A;  126L A;  3VG9 A;  2RBQ A;  1LYG A;  201L A;  3K2R A;  4KNF A;  1C62 A;  3GUJ A;  1L10 A;  236L A;  177L A;  1ZUR A;  3C9L A;  3GUN A;  113L A;  4LZM A;  2YCW A;  3C7Y A;  1BRR A;  253L A;  4LDO A;  2YCZ A;  1DYD A;  1L73 A;  1L06 A;  1P46 A;  1QS5 A;  1SSW A;  5JJE A;  4AQN A;  1UAZ A;  1L31 A;  1L90 A;  1L77 A;  146L A;  3DN4 A;  1L04 A;  2Y04 A;  1QKP A;  4BUO A;  5G2D A;  3G3W A;  226L A;  1X0K 1;  247L A;  246L A;  3PBL A;  3AM6 A;  103L A;  122L A;  1QT7 A;  157L A;  1L92 A;  4DAJ A;  1LGW A;  4FPD A;  4JKV A;  4TL3 A;  5G36 A;  1CV3 A;  104L A;  249L A;  4UHR A;  2X72 A;  1JGJ A;  2L6X A;  180L A;  1L81 A;  1OVJ A;  1SX7 A;  3VVK A;  4YXC A;  1CV4 A;  1T8A A;  2NTW A;  3VGA A;  1L96 A;  1L08 A;  4ARQ A;  156L A;  2OE4 X;  5DHH A;  1G06 A;  213L A;  1TN0 A;  1CU0 A;  3QBI A;  1C6I A;  4EIY A;  1L30 A;  1LGX A;  1L14 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GUL A;  3WPK A;  3W6D A;  1LSY A;  3GUK A;  5B1F A;  1ALC A;  1OV5 A;  5I14 A;  2YBL A;  5HNC A;  1LZ1 A;  2Z38 A;  3GXR A;  1BRD A;  1L88 A;  4K5Y A;  2Z73 A;  1MLC E;  191L A;  3ATO A;  4P2E A;  2EKS C;  3HH3 A;  1GBY A;  1YQV Y;  1GFE A;  4H9C A;  4OWH A;  3A67 Y;  2BQN A;  1PQJ A;  1UIG A;  2YVB A;  3TXD A;  5F8U A;  4NSH A;  1U19 A;  1BGI A;  1LYI A;  1IP2 A;  4YF2 A;  3KJ6 A;  4I7T A;  3DN1 A;  1L95 A;  3N9C A;  2Y01 A;  2YDO A;  3WUN A;  2DQG Y;  1OUD A;  3HDF A;  1FBI X;  5LVH A;  3LZM A;  3TMU A;  1T6V L;  5II3 A;  4ML7 A;  4M6D A;  160L A;  4XTN A;  1FLW A;  3TXG A;  3NS0 A;  1WTN A;  2MEE A;  4ETB A;  2I1X A;  1GBW A;  1AT5 A;  4DT3 A;  1LYZ A;  5KJ9 A;  1IY3 A;  1NMM A;  4XAD A;  1L26 A;  1L67 A;  1YL0 X;  4HV1 A;  3N9E A;  4Y9H A;  1DYG A;  4EKS A;  1FBK A;  5H2O A;  1IC7 Y;  1NHB A;  1QM8 A;  2W1L A;  4UWU A;  5G2C A;  3V2Y A;  2BRD A;  1AT9 A;  1WQN A;  2B6T A;  162L A;  3HBH A;  4QGZ A;  1GF7 A;  1BVX A;  2DQD Y;  4IAR A;  4I7K A;  3AZ6 A;  1IP7 A;  3EBA B;  1LSF A;  4Z98 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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