4DJQA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp86
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djqA00
1MESA 5P7JA 5P0EA 1K6CA 1A9MA 7UPJA 9HVPA 1D4YA 2JYSA 1FKNA 4B1DA 3GGAA 1IZIA 3NUJA 2OHNA 4BFBA 4F73A 5OZZA 5P2CA 1RPIA 4R92A 3PLDA 4EJDA 4Y38A 3IA9A 4YCTA 5P4XA 4Y4WA 3NXNA 4Y3PA 4ZSRA 1MEUA 1MIQA 5P5AA 2BKSA 2Q15A 3OXVA 5C9FA 5OZYA 4APRE 3VLBA 4E43A 3OGQA 3PSYA 5P7HA 4ZEAA 2XYEA 3OUCA 2O4NA 4X7IA 5P7SA 4L7GA 1APVE 1ODYA 5OZ9A 3N4LA 5P7PA 2CENA 2OHMA 5P12A 3BC4A 2OF0A 5P5OA 1HXBA 3QRVA 3KYRA 3UDYA 4RVXA 1K1TA 1BIMA 5DR3A 4HA5A 1HIHA 4KUPA 5P2VA 5P0CA 4TRWA 5P0AA 4QJ9A 5OZNA 4Y4TA 5P70A 4D89A 3PMUA 3EL9A 2BBBA 2FDEA 5KR0A 3FNTA 1IDAA 1NH0A 1IDBA 3UDJA 2WEZA 4FM6A 4X2LA 4J5JA 5P10A 5P06A 1A8GA 1W5YA 3LZYA 3OK9A 4D85A 4RGHA 4GB2A 5P4GA 4RYGA 4B77A 5CONA 5P8SA 4Y3RA 4LXMA 4Q1YA 5P6LA 3D1ZA 5P2RA 2B8LA 3VYDA 1HPVA 5ER2E 4A4QA 4Y5EA 1GVWA 5P4OA 4DPIA 2G22A 5P17A 3DOXA 2QI5A 3T7XA 5P7UA 8HVPA 3SO9A 1T3RA 5IS4A 1K2BA 1HIIA 4CPUA 2APRA 4GIDA 2VIEA 5P0LA 3BXSA 4FGXA 4Y3JA 5OZHA 5P3WA 2P8HA 5P42A 4YE3A 3WZ6A 5P4ZA 1GNNA 2VJ6A 5P5WA 5P6RA 2QAKA 5P5KA 5OZWA 5P5RA 2R43A 2WKZA 3UDHA 1M4HA 5P1ZA 3PVKA 4AZYA 2G1YA 5P2XA 3OTSA 3UQWA 2ANLA 2QI3A 3Q6YA 1B6JA 1EBWA 3U6AA 5P8CA 1MRXA 3DV5A 5P34A 2BKTA 5P8NA 3QVIA 3VG1A 2I4QA 5KR2A 2ASIA 5P47A 3GI5A 5P2OA 5P08A 4S1GA 4OD9B 5AHAA 1D4LA 3S53A 4F74A 3NU9A 3R4BA 5P2FA 2B8VA 3L5CA 3R0YA 3QP0A 4PYVA 4YOBA 1ZSFA 5P05A 5P0TA 3EL0A 4QLHA 2IENA 3D1YA 2Q64A 4OBZA 5P36A 4ACUA 5P6NA 2IQGA 1LYAB 4OBDA 4EXGA 2VS2A 1AXAA 1IZEA 3IN3A 3QPJA 3OUDA 3ZL7A 5P6UA 3AIDA 3OUBA 3EKYA 1BAIA 1D4KA 4D88A 1BBSA 5P7LA 5ENMA 5P3QA 5DQCA 3OWNA 1BILA 5P14A 1XL5A 5P8HA 5P02A 4Y5BA 5P3JA 3C9XA 2WEAA 2FLEA 4RVJA 5P75A 1IVQA 5P58A 2OHUA 1W6IA 5P8OA 1MVPA 5P2HA 4KB9A 4B0QA 4Y5KA 3VSXA 4EJ8A 1BXOA 3K5FA 2R9BA 5P87A 3NU3A 2P4JA 1NPVA 5P4WA 5P7IA 4Y3FA 1MT7A 4PPHA 3K5DA 5P4KA 1ENTE 4DQHA 2R38A 3OHHA 5P4DA 4Y3GA 1LS5A 2VA6A 2V0ZC 5P69A 3VV7A 4Y39A 5P6PA 3OAGA 5DR8A 5P3IA 5P0IA 3TKGA 2QNQA 3L5EA 2F3KA 5P4JA 4YD4A 4DVFA 3WB4A 3PCWA 5P73A 2I4DA 2IKOA 1K6VA 1IIQA 1M0BA 2B7ZA 4BELA 6FIVA 5P67A 4OBFA 1TQFA 3LIVA 4I10A 5P85A 3SA4A 1SIPA 5OZAA 5E5JA 1KJHA 1GVVA 1MT9A 2IKUA 3OQ7A 4I0EA 3B80A 3BGBA 3VEUA 5P62A 5P6BA 3BVBA 2PH8A 4CPQA 3ZKSA 4EYRA 5P25A 5P0KA 3UQPA 1LYWB 4Q1NA 2O4LA 3L59A 1FFIC 4A6BA 2PK5A 2PWRA 5P50A 2R5QA 3KMXA 4OBKA 4OBJA 3GGVA 4A6CA 1LF3A 2NTRA 1G2KA 4OBHA 5DGWA 3R1GB 5OYZA 4Q1WA 2QHYA 5F00A 5P66A 4LC7A 4K8SA 2FS4A 3PHVA 3TOGA 4RCEA 4Y56A 2BPWA 5P4VA 3KFNA 3CKRA 2IGYA 3FIVA 1KZKA 2QNNA 1AAQA 5DR4A 4YA8A 4B1EA 5P56A 5DQ1A 5P64A 3RTNA 5P1GA 5KOSA 5P2SA 2ZHVA 1APWE 1BV9A 5P01A 2WJOA 2F3FA 3INEA 3ECGA 4Y45A 5P35A 3CKPA 3ZPTA 4WY6A 5P40A 5OZVA 5P6GA 3TPRA 2ZJKA 3ZKMA 5P3OA 4EP2A 4NKKA 4B05A 1AVFA 3ST5A 2WF0A 1EPPE 1KJ7A 4U8WA 5P3SA 4R5NA 2QI0A 4TRZA 3LIQA 4HEGA 4LP9A 3OUAA 1AIDA 1EC1A 3OXCA 3SA6A 3T11A 3M9FA 5OZDA 3DJKA 3TOFA 4QJ7A 2QZXA 4LL3A 5P2QA 1AJVA 2PSGA 5P3HA 3OU4B 2I4VA 1B11A 3NU4A 5P7EA 4B00A 2AZ9A 5P6IA 5KQFA 1FQXA 4FSLA 3TOHA 4YD6A 5OZRA 2OHQA 2Q63A 3DM6A 3VCMA 5P26A 3LIZA 5OYRA 3ZLQA 2QCIA 4DJPA 2UXZA 5P1CA 2HM1A 5KR8A 3LPKA 5P1AA 4Z50A 4D8CA 3LZVA 4F76A 1PPKE 2I1AA 4DQCA 1TCXA 4RCDA 4PEPA 2XFKA 3OTYA 5P5PA 4I0GA 3G72A 5P5UA 2PQZA 2Z4OA 5P2DA 1E80E 1UPJA 3NU6A 2AZCA 1FG8C 2BPYA 5I70A 1LV1A 4XX4A 5DQ2A 3NDUA 3EKTA 3JW2A 3EM6A 5P0OA 3O9DA 5P8RA 3VFBA 5P1PA 3OQDA 5P6OA 3FV3A 2QMDA 2XFIA 1EPNE 1MT8A 1TW7A 1RV7A 1ZPAA 4I1CA 4DJXA 4DJUA 5AH6A 3OQKA 2RSPA 4GJ7A 1CPIA 3L38A 5P4UA 5OZKA 2AZ8A 5P04A 3CMSA 3PGIA 4ZE6A 3S7MA 5OYQA 3ZPSA 5P2TA 5P7VA 4Y50A 4YBFA 3CKTA 3NDTA 4Y4EA 1LF4A 2AOCA 2R5PA 1FIVA 5P4MA 4CMSA 2ZHTA 3EL4A 5P7GA 2I4XA 1HWRA 3ZKQA 5JFPA 3HDKA 5OZTA 5COOA 4L7JA 2QD6A 5P4LA 5P7FA 5HDVA 2PWCA 3G70A 4RZ1A 4DQGA 5BRYA 4Y3XA 1TCWA 2I0AA 4B72A 5P13A 4Y3MA 2NNPA 2QI6A 4TVGA 3I6OA 4YDGA 2H6SA 2QMFA 3WZ8A 3SA3A 2R8NA 2CEJA 5JG1A 5P0NA 2UPJA 5OZUA 1Z1HA 1BV7A 4I0HA 3D1XA 1PSNA 4N00A 4HE9A 5P2AA 4ZLSA 5P84A 4KE0A 5P8LA 3SLZA 3O9LB 1ZP8A 5HDZA 5P7QA 4QGIA 3MXEA 1SDUA 3SAAA 1VIKA 5P1NA 5P3XA 3SM2A 2XFJA 3NWQA 2FIVA 2BB9A 5OZJA 5P88A 3LZSA 2Q54A 2FXEA 4H3IA 1HOSA 3SA9A 2V12C 3S43A 5EZXA 5P6WA 3GGUA 5OZ2A 3SACA 1NPWA 4YBIA 5HU0A 1IZHA 1T7KA 3ZMGA 2BJUA 4BEKA 2QU2A 5P0QA 1HVIA 3QRSA 2QZLA 1ZAPA 4EQ0A 2QP8A 3NU5A 1YT9A 1Z1RA 3SABA 2G26A 3GI0A 1PFZA 5P5IA 5SXNA 3ZKGA 3LIYA 1MSMA 5P0HA 5P7NA 2NNKA 1J71A 5P5YA 1HHPA 3LNKA 5COPA 2PYMA 2NPHA 1IZDA 5P82A 3MXDA 1HVLA 6UPJA 5P0DA 4XX3A 1EPRE 3KA2A 3OU1A 4GMIA 5KQZA 3IGBA 5P3YA 4Y41A 4I8ZA 3OY4A 3TKWA 3KMYA 5P3LA 1ZJ7A 3VF3A 2A1EA 1HTRB 4B78A 1DP5A 2SAMA 2HB3A 4NJSA 1T6EX 2QMGA 5HDXA 3O99A 3DCRA 5P15A 5P5NA 5P2JA 2ZYEA 4R93A 1VIJA 3SPKA 1FQ5A 1SGZA 3CYXA 5P24A 1AM5A 3IN4A 1A30A 2AVMA 1GNMA 5SY2A 3Q3TA 5HE7A 4L6BA 5SZ9A 2PH6A 3EBZA 4Y57A 3MSLA 5P57A 3OADA 5P81A 4Y54A 5P1IA 4CPTA 5P8VA 5KOQA 2ZJIA 2WEBA 3PSGA 1ODWA 3EM4A 4DJWA 4BFDA 2WHHA 4J1HA 4J0YA 5P4SA 4J17A 3CIDA 1OEXA 2ZJHA 2IGXA 2PMAA 3UFLA 1OD1A 3RTMA 5C9BA 4LXAA 1T7IA 5OZPA 4RROA 3O9GA 3VF7A 3PLLA 3QS1A 2WF2A 3CICA 1G0VA 1ZPKA 1GVXA 3OOTA 5P2BA 1NPAA 3I25A 2VJ7A 3BUGA 4Y36A 2RKFA 2AZBA 3NXEA 4NJVA 1KJGA 4Y3TA 3ZOVA 3KT5A 5P39A 1TSQA 1APTE 3HBOA 1QDMA 1W5VA 5P1UA 4U7VA 5OZ4A 5P3FA 2AVQA 5P8MA 1FGCC 1FG6C 3UDQA 4Y3HA 3EXOA 1NSOA 3HVPA 4PZXA 5P4EA 2ZHUA 3U71A 5P09A 1BVEA 3EL5A 4Y4BA 2ER9E 3PWWA 1EBKC 1MRWA 4FRKA 1EEDP 3BGCA 4NPUA 1B6LA 1EBZA 5P1DA 4NJUA 1OHRA 2VKMA 1E81E 3O9EA 2RENA 5P2ZA 5OYXA 5P0ZA 5P1MA 1CMSA 4FM7A 4YDFA 4JP9A 3UDMA 5P8AA 4EP3A 3S54A 5P7CA 5F01A 2HC0A 2CEMA 3EKVA 3EM3A 4ZPGA 4H3FA 2HAHA 3FX5A 4Z2ZA 3UF3A 1HSIA 4OBZB 3O9IA 5OZMA 4LBTA 5P72A 3G6ZA 1SMEA 2ZHSA 5ISJA 3R2FA 3SM1A 1PPME 1D4IA 4Q1XA 3TLHA 2P83A 3OUDB 5P1LA 1HRNA 3D91A 2FMBA 2MIPA 2NXMA 1FMXA 1HTGA 1T7JA 2V16C 5P2GA 5P7BA 4GJ8A 4TVHA 5KR1A 5P16A 4DJQA 3VYEA 5P89A 1TSUA 3L3AA 4UPJA 4Y35A 4I0FA 1KJFA 5OZSA 5OZXA 2G24A 4J0VA 1MSNA 4Y3QA 4YD3A 5P5MA 2NMYA 5P52A 5P76A 5HVPA 2OHLA 4H1EA 2G94A 5ISKA 4DQFA 5P4AA 1B6KA 1M43A 5P0UA 3UDNA 5P0SA 4AA8A 5SY3A 4IVTA 2HIZA 3O9CA 3UPJA 4K9HA 3DCKA 3UQXA 3QBHA 4J0TA 3MSJA 5OZ0A 3PEPA 2JXRA 4B70A 4JOOA 3EMYA 2AIDA 4L1AA 5AGZA 5UPJA 2R3WA 2OHPA 4OC6A 4TRYA 3OXWA 1DIFA 5P4YA 4JPCA 1HPOA 1HTEA 1A94A 5P7XA 4AMTA 4DJYA 3OQFA 5P31A 5P6VA 1GNOA 5P4IA 1Z8CA 3JVWA 5P78A 5P7MA 1HVKA 4Y3NA 5P41A 1XDHA 4ZSMA 5P6FA 5P1EA 3VFAA 5P6QA 4HDPA 5AH9A 3K4VA 1EAGA 5P33A 4F75A 4YOAA 3OOZA 1YTGA 1HEFE 2I4WA 5P71A 2I4UA 5P7YA 5OYVA 3UDKA 3OXXA 5P8QA 1HPSA 5P19A 3L5FA 4L7HA 3WZ7A 4FIVA 3SQFA 2QI1A 4Y58A 5HD0A 2FXDA 6APRE 3IVHA 4EWOA 1K2CA 4J1FA 3APRE 2ZE1A 2J9JA 2VJ9A 5P5DA 3R0WA 4Y3LA 3ZKXA 1LF2A 3NDXA 3QBFA 4Z22A 3S2OA 4HDFA 4FL8A 5P07A 2HS1A 4MC6A 1ER8E 3IVIA 1D4HA 4H3GA 2AOHA 1HVCA 2AOEA 4FM8A 1BVGA 3OQAA 4I0ZA 3DV1A 4LHHA 5P2UA 4Y4ZA 1APUE 3TPPA 4COEA 5P6YA 3S56A 4CPSA 1PPLE 5P45A 5P1VA 4DUSA 1F7AA 1BDLA 2G21A 4GJAA 1LYBA 1EC0A 4J1EA 4J55A 2BPZA 5P8UA 4GJDA 4Y3SA 3TL9A 1N49A 1LEEA 5HE4A 5P6ZA 5OZ5A 3INFA 4RCFA 3FNUA 3OGPA 2V00A 5P6EA 4M8XA 3O9HA 3NSHA 5P60A 1META 2IS0A 5P4BA 4I11A 3BUHA 4GJ6A 5P00A 5P4PA 4CPRA 1HVJA 4ACXA 3GI4A 5IE1A 5P83A 2WF4A 5P5LA 3TNEA 4Y3YA 3QN8A 5P23A 3S8IA 1EBYA 2VA5A 4ZSPA 5P5SA 5OZQA 3JVYA 1MUIA 5BS4A 5P4TA 2QHCA 1ZBGA 2P3BA 5OZ8A 5J25A 5P8KA 2WL0A 5OYTA 5P6CA 1PSAA 2JJIA 1PSOE 1FMBA 5P0JA 2Q3KA 5P18A 2OHRA 5HTZA 4FAEA 3KFSA 1XE5A 1HBVA 2VNNA 5HE5A 2Z54A 3HZCA 5P28A 2QI7A 5I3XA 1SDVA 1GVTA 2QI4A 5DQ5A 5P1WA 4J0ZA 4Y37A 4DQEA 1XE6A 5P8TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MES A;  5P7J A;  5P0E A;  1K6C A;  1A9M A;  7UPJ A;  9HVP A;  1D4Y A;  2JYS A;  1FKN A;  4B1D A;  3GGA A;  1IZI A;  3NUJ A;  2OHN A;  4BFB A;  4F73 A;  5OZZ A;  5P2C A;  1RPI A;  4R92 A;  3PLD A;  4EJD A;  4Y38 A;  3IA9 A;  4YCT A;  5P4X A;  4Y4W A;  3NXN A;  4Y3P A;  4ZSR A;  1MEU A;  1MIQ A;  5P5A A;  2BKS A;  2Q15 A;  3OXV A;  5C9F A;  5OZY A;  4APR E;  3VLB A;  4E43 A;  3OGQ A;  3PSY A;  5P7H A;  4ZEA A;  2XYE A;  3OUC A;  2O4N A;  4X7I A;  5P7S A;  4L7G A;  1APV E;  1ODY A;  5OZ9 A;  3N4L A;  5P7P A;  2CEN A;  2OHM A;  5P12 A;  3BC4 A;  2OF0 A;  5P5O A;  1HXB A;  3QRV A;  3KYR A;  3UDY A;  4RVX A;  1K1T A;  1BIM A;  5DR3 A;  4HA5 A;  1HIH A;  4KUP A;  5P2V A;  5P0C A;  4TRW A;  5P0A A;  4QJ9 A;  5OZN A;  4Y4T A;  5P70 A;  4D89 A;  3PMU A;  3EL9 A;  2BBB A;  2FDE A;  5KR0 A;  3FNT A;  1IDA A;  1NH0 A;  1IDB A;  3UDJ A;  2WEZ A;  4FM6 A;  4X2L A;  4J5J A;  5P10 A;  5P06 A;  1A8G A;  1W5Y A;  3LZY A;  3OK9 A;  4D85 A;  4RGH A;  4GB2 A;  5P4G A;  4RYG A;  4B77 A;  5CON A;  5P8S A;  4Y3R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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