4DJRA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp97
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djrA00
1EBZA 1BV9A 1SDTA 4Y56A 5P0AA 5JODA 1TCWA 1A8KA 3ZKXA 4YHQA 4GMIA 5OZLA 1HHPA 4I11A 1W51A 5P4NA 3ZKGA 5P5SA 3QN8A 4Y4ZA 5OZ0A 3OXXA 1HTFA 5P4LA 3M9FA 2QU2A 1HVIA 2Z54A 2AOEA 3O9FA 5OYRA 2G20A 5P45A 1META 3KT2A 1B6KA 2BPWA 5P6DA 1EPOE 1EPPE 4XX3A 5OZOA 1UH7A 5AH6A 1HBVA 3FNSA 4B1CA 3PEPA 5DGWA 4Y57A 2NNKA 5P1EA 3VYDA 5OYXA 5OZWA 4FLGA 3FNUA 4EXHA 1G35A 5P4GA 5P84A 3G72A 4D85A 1HIVA 5P3VA 5HU0A 3UDNA 5P1AA 1GKTA 3SA8A 2MIPA 4Y3JA 5KQZA 3UDRA 4RVXA 4R93A 5P0RA 5SXNA 1FQXA 3SPKA 1MRWA 5P42A 5DR3A 5P2WA 5P08A 5P38A 5P6XA 4Y37A 3O9GA 4CP7A 4OC6A 3EL9A 4J0VA 4J0PA 3CMSA 4I8ZA 3GI6A 2BPYA 1EC1A 3Q3TA 4AUCA 5P7WA 4PZWA 3IN4A 3SA7A 3O9AA 1T6EX 1TZSA 2OHMA 3GGUA 3OQDA 4PPHA 4J1KA 3R0WA 3EXOA 2VJ7A 4EQJA 3URIA 5P8NA 3RVIA 2FNTA 2QZKA 1HPSA 3QVIA 3D1YA 5P0ZA 1AZ5A 5P3NA 4Y3HA 2QK5A 5P2SA 4LL3A 4ZSPA 3KN0A 3QAAA 2ER6E 3G6ZA 4Y5BA 4QGIA 5J25A 3OOTA 3CIBA 3EKWA 1HPOA 5P2MA 4Y3SA 3IGBA 3OTYA 3HAUA 5DR4A 5P5IA 4L7GA 2FIVA 5P2RA 3NU9A 4Y4DA 4Y3MA 3TKWA 1HVSA 3PJ6A 5P6TA 3NWXA 5P3UA 1TSQA 4JECA 4EP2A 3GGXA 1HSIA 5P71A 2F81A 4AMTA 1MTBA 1A94A 3NDTA 4ER4E 2F3FA 1OD1A 1XS7D 4M8YA 4Q1XA 5I3WA 5P0OA 3IXOA 3MXDA 3LPIA 4FIVA 1EC0A 3FIVA 5P7PA 3CYXA 5HDUA 1T3RA 4YD6A 3VLBA 2UXZA 3S7MA 4EJKA 3UQWA 3PHVA 1C6YA 3UDKA 5DQ2A 3EBZA 5P2NA 1BDQA 2Q5KA 5OZQA 3Q6YA 4D83A 1BVEA 4DUSA 4J1IA 5P24A 4Y9WA 1YX9A 5P0VA 3OAGB 4WY1A 1ME6A 3EKTA 2P3CA 2I0DA 2PYNA 4NKKA 3OU1A 4YD7A 5P1RA 5P80A 4LXKA 4Y43A 1D4HA 5P82A 2QMGA 4DPIA 4YA8A 5C9BA 3PI5A 5DPZA 5P7OA 5P81A 5P6KA 2PSVA 4OBFA 4R95A 5P5AA 3T3CA 3RSVA 3OUAA 1YTHA 4RROA 5P61A 3O9LA 1E81E 1XDHA 5P1DA 2ER7E 3LIQA 2VIYA 3EKYA 1B5FA 1CMSA 4Y44A 1FEJC 5P13A 3LIYA 3R0YA 4Y4WA 1AJXA 1F7AA 5P11A 5P6RA 5P8SA 1APWE 1D4KA 2IKUA 3EL0A 2G26A 4QJ8A 1D4IA 5APRE 3OQKA 4RRSA 2F3EA 4HDPA 1TW7A 4U7VA 5P68A 2JYSA 5KAOA 3QIHA 5HE7A 4EXGA 2NTRA 1K6CA 3T6IA 5P6EA 3RTMA 2UY0A 3ER3E 4Y38A 1CPIA 5P3IA 4GJ6A 1QDMA 1PROA 4OBDA 5ER1E 5P1QA 5P0HA 5P63A 4NPTA 1NPVA 5KOSA 1LYBA 4Y4BA 1GVTA 1QBTA 5P65A 2AVSA 5P7IA 5P8AA 1Q9PA 3LZUA 2I4WA 5P3JA 5P1YA 4L1AA 1MPPA 3OUBA 2Q15A 5OYZA 3VF3A 3K5GA 3PSGA 1LF4A 5P69A 4J0YA 3HBOA 1KJ7A 4DPFA 5DR7A 1ZLFA 3FSMA 4ZSQA 2R5PA 2F8GA 1SGUA 2APRA 3ZPUA 2PYMA 4FL8A 5P3ZA 4RRNA 2J9JA 2V0ZC 3HDKA 3R2FA 2G22A 2V13A 1IDBA 3DV1A 3IVIA 5COPA 3UDYA 4D89A 1T7KA 2VKMA 5P5MA 3TKGA 3S8IA 4DQCA 4J17A 1NH0A 4QJ2A 1IBQA 3BGCA 3NXNA 1RPIA 2IRZA 1T6GA 5OYWA 5P5CA 3TH9A 5P1LA 5P1XA 5P88A 4Y3QA 1XN3A 4RLDA 4Y36A 4Z4XA 5P3GA 3UDPA 5HCOA 2ZJLA 4F74A 4DJVA 5P2IA 2VA6A 5P3KA 1XE6A 5P1BA 1IVPA 4IVSA 3QS1A 4DJQA 3EC0A 1HTEA 2AQUA 3OQFA 4J55A 5P5PA 5P6JA 4HEGA 3UQRA 1C6XA 2JE4A 5P43A 2SAMA 5P41A 1SGZA 2VIZA 4D88A 4OBZA 3ECGA 3PWMA 3O9EA 4RZ1A 1Z8CA 1FQ8A 4IVTA 3QVCA 5P5KA 4J0TA 5P33A 1MEUA 1W5YA 3NSHA 3UFNA 3RTNA 2ZJIA 2BPVA 3UDJA 4K4PA 5P3WA 2NPHA 3L38A 3TPLA 4RYGA 5P4SA 2Q64A 3OWNA 5P1VA 1FLHA 5P7NA 2FNSA 2AVMA 4H3GA 3O9HA 5P5RA 3UQUA 2G1SA 4OBZB 4S1GA 3I25A 4KE0A 4FCOA 5P0DA 5P5ZA 4U8WA 3U7SA 3ZMGA 3L5EA 5P0GA 2BKTA 2ZE1A 2ZGAA 3QRSA 5P7FA 1LEEA 5P19A 3PCZA 4HDBA 5OZPA 1T7JA 4F75A 4X2LA 9HVPA 1FB7A 3IAWA 5PEPA 3NDXA 3C9XA 1Z1HA 2HPEA 1B11A 2RMPA 3BHEA 1MUIA 2WEBA 1SP5A 4Q1YA 3VV6A 5OZGA 2VNNA 3BUGA 1HIHA 5P0BA 5P2EA 4J1HA 3INDA 5P5OA 3L58A 1EEDP 4DJOA 2QAKA 5P0WA 2ZDZA 4Y5AA 3KFRA 1ODXA 1ZPKA 5P5YA 2FGUA 2QU3A 5P05A 2F80A 1AVFA 3OXCA 4HVPA 3OU4A 3VLAA 4ZPGA 2AOCA 5P46A 5OZ4A 1BWAA 2OHKA 2HS2A 3F9QA 3BC4A 5DR0A 2PC0A 5OZ6A 3QRMA 2R43A 3S43B 5P6ZA 5OZVA 1K1TA 1TCXA 1BIMA 4Y5MA 5P4MA 4Y50A 2RSPA 5P7QA 2B7ZA 2PH6A 5P7RA 5UPJA 1HRNA 1MT8A 4LC7A 4J1FA 1RV7A 1G2KA 1SIPA 4Y5KA 3RSXA 3ZKIA 3S7LA 2O4NA 1ZP8A 2G1OA 2R8NA 2G24A 3PM4A 5SY3A 5P73A 4AA8A 2ZHVA 3FV3A 1HVLA 3EKQA 2P83A 4YCYA 1YT9A 5P03A 2QD7A 2QI7A 5P3AA 1VIKA 5OZXA 1HEGE 2OAHA 1YTIA 5P8EA 2V10C 3D3TA 2VA5A 5P60A 3LHGA 2ZJNA 2OHPA 5OYQA 2V16C 5IVQA 5DQ5A 5C9DA 4FRKA 5P86A 3I2LA 5P79A 2HAHA 3K5CA 5OZRA 5P1ZA 1K2CA 5OZAA 3PBDA 2H6SA 5CONA 5P2OA 4L6BA 5P7MA 5P54A 4D8CA 4Y3PA 2PK5A 5P5QA 4EWOA 1A30A 4YD5A 5P2XA 2I4QA 5P8VA 4TVGA 5P83A 5P32A 5P58A 1LF3A 3EMYA 5P85A 5EZXA 5P3RA 4BELA 7UPJA 1BILA 4YBIA 1SDUA 2FMBA 3D1ZA 1HSGA 4FM6A 4OBJA 1FQ6A 1YTJA 2G1YA 4Y5EA 5P89A 4Y53A 3T7XA 2AVVA 1QBRA 5P49A 3INFA 4ACUA 4CPTA 3OTSA 3TLHA 2ZHSA 4MC2A 5P77A 3HVPA 4ZSRA 2AOHA 4LXAA 5P5BA 4I0DA 2AOFA 5P0NA 4RVJA 2J9KA 1APUE 4GJ8A 2Q11A 2QNNA 2Q54A 4DJRA 3ZOVA 1B6PA 3QI1A 3MSKA 5P1MA 3KF0A 3MSLA 5P17A 4I0EA 5P0JA 1BXQA 4YOBA 1EPQE 2O4SA 3LINA 2ZJHA 4Y3YA 5E5JA 5P2YA 5P4JA 5P15A 4RYCA 3NYGA 5OZCA 4H3IA 1K6PA 3UFLA 5T4SA 1MVPA 3SAAA 1FG6C 5AHBA 5P2CA 4H1EA 2CENA 3VYFA 5OYUA 3K4VA 3OUCA 4TVHA 5OZEA 3U71A 1FQ7A 3BXRA 2FLEA 2XYFA 5P1JA 5P5GA 1NPWA 1F34A 5JFUA 3OHFA 4OC6B 4ZEAA 4ZSMA 3VV7A 1FQ4A 1BBSA 5KOQA 5P6HA 4I0GA 5P8LA 2R3TA 5P2DA 3OQAA 3NXEA 4DI2A 5P8MA 3QROA 5COOA 5P10A 1M43A 3PVKA 2XFKA 4J5JA 1DIFA 4QJ9A 3TOFA 2HB3A 3LITA 4RCFA 5P7HA 5P8FA 1HXBA 4QJ7A 3KMXA 4COEA 4A4QA 5KR0A 4GJCA 5P0QA 4JPEA 1IDAA 1TSUA 2ZHTA 4RVIA 5P5HA 4F73A 3IVHA 4I0JA 3HW1A 4LP9A 6FIVA 3BRAA 5P2LA 2QZXA 3HD8A 5P23A 1FF0C 5P7EA 1YM2A 3BUFA 2OHNA 1HEFE 1W5VA 3H0BA 2VJ9A 4Y35A 2BKSA 4CPQA 3UHLA 4Y3GA 5P55A 5HTZA 2IQGA 3LPJA 5HDXA 3CKTA 3EKPA 4RGHA 4B72A 5P8KA 1K6VA 2I0AA 1MRXA 2R3WA 2HC0A 4GIDA 2AZCA 4OBKA 4GJBA 4Y4EA 3NDWA 5KR8A 4AZYA 2PWCA 5P7ZA 3LNKA 3KYRA 3OY4A 5AH7A 4R91A 5P0TA 1JLDA 5P3TA 3S85A 1K1UA 4FE6A 5P3SA 3T7PA 2OHUA 4GB2A 4RCDA 3UCBA 4FRIA 5P06A 5P50A 3NWQA 3OK9A 1ZTZA 4I0FA 2QI5A 1EC3A 4BEKA 5P7XA 5P0UA 3L5CA 5P5LA 2WHHA 5P44A 1BVGA 4JP9A 5P6CA 5OZ7A 4J1EA 2QI4A 2RENA 1DAZC 1SMRA 2Q63A 5P0LA 1IVQA 1MERA 2O40A 3QBHA 5P8HA 5P31A 4Y4AA 3T7QA 5I70A 3IXJA 5DQCA 4CKUA 5P4QA 2OHSA 3SABA 3OU1B 4Y48A 4FAFA 5P6GA 3GW5A 5P5NA 1ENTE 4ACXA 1HPVA 4EYRA 4M8XA 2I4DA 4FSLA 3LIXA 5P0FA 5P7GA 5COKA 4Y3ZA 5P4TA 3EL4A 4I8WA 2WF2A 2P8HA 3O9LB 5OZBA 2WEAA 1PPKE 5IE1A 4Y3EA 1KZKA 2AODA 5P0PA 2IENA 2BQVA 1HWRA 3OU3A 3WB4A 1B5FB 5P0EA 4GJ9A 5P18A 5HD0A 5SZ9A 2IGXA 4YBFA 5P16A 4YCTA 1WKRA 5P09A 2QD8A 3JVYA 1MSNA 5B18A 2H6TA 1EPME 1HVKA 2UPJA 3KDCA 3K1WA 5P1WA 3UDQA 4BFDA 1E82E 1A9MA 5P76A 5AHAA 2FGVA 3D91A 5AHCA 4HZTA 5HDVA 5P04A 5P7LA 3CIDA 2OHQA 5P40A 2AZ8A 4K4QA 3D1XA 5P3MA 3EKXA 4BFBA 3NR6A 1LYBB 4Y58A 3LZYA 1AJVA 5P22A 1UH8A 5P51A 4GJ7A 5OZJA 2VIJA 4L1AB 5P6VA 5P5WA 4Y3AA 5P12A 4WY6A 2FDEA 3N4LA 4FM8A 4DQBA 3ZKMA 2CEJA 4E43A 1D4YA 3WB5A 4U7QA 4FM7A 4HLAA 3I6OA 1EBYA 2ZYEA 3O99A 3SM2A 1OEXA 5P78A 3S54A 1KJHA 3K5FA 4NJVA 1VIJA 4Z50A 2J9JB 1KJGA 8HVPA 5P0SA 5P8BA 5OZFA 2NNPA 5P1GA 5P2TA 5P3CA 3VCMA 4Z22A 3BUHA 1EBKC 4FS4A 3VSWA 5P7CA 5TOLA 5P4VA 3PGIA 3K4VC 5P4FA 3PLDA 4H3JA 1AXAA 1LF2A 1AM5A 3HZCA 3EL5A 1E5OE 2VNMA 5DR1A 2IS0A 5P6YA 4GJDA 4GZFA 3NU4A 5P6UA 4XXSA 1FQ5A 5P47A 1GVXA 1IZEA 4KUPA 4Y4GA 3URLA 3ST5A 5OZHA 4EP3A 1RL8A 2XYEA 4L7JA 2B7FA 2P3BA 3G70A 5P02A 5AGZA 5P1CA 2NXMA 3DCRA 4ER2E 4OD9A 5P1IA 4K4RA 5P3LA 5P6OA 4ZIPA 2QHCA 4N00A 5OYSA 5P0IA 2WKZA 3INEA 3DJKA 2VA7A 1ZJ7A 5P6SA 3KFNA 4KB9A 2RKGA 5P2FA 1FMXA 3PMYA 1EC2A 3KDDA 3ZKQA 5C9FA 3QBFA 4OBGA 4APEA 3SKFA 4Y3DA 3RTHA 5P34A 5P3PA 3PI0A 4TRZA 5KR2A 3CYWA 3NLSA 5P5EA 3LIVA 5P39A 3OUDA 3KFSA 2WF0A 5OZ3A 5OZ2A 3LPKA 3NU6A 5P2AA 1A8GA 7HVPA 4I12A 1PPME 1T7IA 5P7SA 5P7UA 4Y3TA 3D20A 3QRVA 3U6AA 2F3KA 5P2JA 2BB9A 3PSUA 2ANLA 5P07A 5P3BA 3ZKNA 3VV8A 2PSUA 4B1EA 1GNMA 5P01A 3AUPA 3OXVA 5P2QA 4F76A 2XFJA 5P5JA 1OHRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EBZ A;  1BV9 A;  1SDT A;  4Y56 A;  5P0A A;  5JOD A;  1TCW A;  1A8K A;  3ZKX A;  4YHQ A;  4GMI A;  5OZL A;  1HHP A;  4I11 A;  1W51 A;  5P4N A;  3ZKG A;  5P5S A;  3QN8 A;  4Y4Z A;  5OZ0 A;  3OXX A;  1HTF A;  5P4L A;  3M9F A;  2QU2 A;  1HVI A;  2Z54 A;  2AOE A;  3O9F A;  5OYR A;  2G20 A;  5P45 A;  1MET A;  3KT2 A;  1B6K A;  2BPW A;  5P6D A;  1EPO E;  1EPP E;  4XX3 A;  5OZO A;  1UH7 A;  5AH6 A;  1HBV A;  3FNS A;  4B1C A;  3PEP A;  5DGW A;  4Y57 A;  2NNK A;  5P1E A;  3VYD A;  5OYX A;  5OZW A;  4FLG A;  3FNU A;  4EXH A;  1G35 A;  5P4G A;  5P84 A;  3G72 A;  4D85 A;  1HIV A;  5P3V A;  5HU0 A;  3UDN A;  5P1A A;  1GKT A;  3SA8 A;  2MIP A;  4Y3J A;  5KQZ A;  3UDR A;  4RVX A;  4R93 A;  5P0R A;  5SXN A;  1FQX A;  3SPK A;  1MRW A;  5P42 A;  5DR3 A;  5P2W A;  5P08 A;  5P38 A;  5P6X A;  4Y37 A;  3O9G A;  4CP7 A;  4OC6 A;  3EL9 A;  4J0V A;  4J0P A;  3CMS A;  4I8Z A;  3GI6 A;  2BPY A;  1EC1 A;  3Q3T A;  4AUC A;  5P7W A;  4PZW A;  3IN4 A;  3SA7 A;  3O9A A;  1T6E X;  1TZS A;  2OHM A;  3GGU A;  3OQD A;  4PPH A;  4J1K A;  3R0W A;  3EXO A;  2VJ7 A;  4EQJ A;  3URI A;  5P8N A;  3RVI A;  2FNT A;  2QZK A;  1HPS A;  3QVI A;  3D1Y A;  5P0Z A;  1AZ5 A;  5P3N A;  4Y3H A;  2QK5 A;  5P2S A;  4LL3 A;  4ZSP A;  3KN0 A;  3QAA A;  2ER6 E;  3G6Z A;  4Y5B A;  4QGI A;  5J25 A;  3OOT A;  3CIB A;  3EKW A;  1HPO A;  5P2M A;  4Y3S A;  3IGB A;  3OTY A;  3HAU A;  5DR4 A;  5P5I A;  4L7G A;  2FIV A;  5P2R A;  3NU9 A;  4Y4D A;  4Y3M A;  3TKW A;  1HVS A;  3PJ6 A;  5P6T A;  3NWX A;  5P3U A;  1TSQ A;  4JEC A;  4EP2 A;  3GGX A;  1HSI A;  5P71 A;  2F81 A;  4AMT A;  1MTB A;  1A94 A;  3NDT A;  4ER4 E;  2F3F A;  1OD1 A;  1XS7 D;  4M8Y A;  4Q1X A;  5I3W A;  5P0O A;  3IXO A;  3MXD A;  3LPI A;  4FIV A;  1EC0 A;  3FIV A;  5P7P A;  3CYX A;  5HDU A;  1T3R A;  4YD6 A;  3VLB A;  2UXZ A;  3S7M A;  4EJK A;  3UQW A;  3PHV A;  1C6Y A;  3UDK A;  5DQ2 A;  3EBZ A;  5P2N A;  1BDQ A;  2Q5K A;  5OZQ A;  3Q6Y A;  4D83 A;  1BVE A;  4DUS A;  4J1I A;  5P24 A;  4Y9W A;  1YX9 A;  5P0V A;  3OAG B;  4WY1 A;  1ME6 A;  3EKT A;  2P3C A;  2I0D A;  2PYN A;  4NKK A; 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 4RYG A;  5P4S A;  2Q64 A;  3OWN A;  5P1V A;  1FLH A;  5P7N A;  2FNS A;  2AVM A;  4H3G A;  3O9H A;  5P5R A;  3UQU A;  2G1S A;  4OBZ B;  4S1G A;  3I25 A;  4KE0 A;  4FCO A;  5P0D A;  5P5Z A;  4U8W A;  3U7S A;  3ZMG A;  3L5E A;  5P0G A;  2BKT A;  2ZE1 A;  2ZGA A;  3QRS A;  5P7F A;  1LEE A;  5P19 A;  3PCZ A;  4HDB A;  5OZP A;  1T7J A;  4F75 A;  4X2L A;  9HVP A;  1FB7 A;  3IAW A;  5PEP A;  3NDX A;  3C9X A;  1Z1H A;  2HPE A;  1B11 A;  2RMP A;  3BHE A;  1MUI A;  2WEB A;  1SP5 A;  4Q1Y A;  3VV6 A;  5OZG A;  2VNN A;  3BUG A;  1HIH A;  5P0B A;  5P2E A;  4J1H A;  3IND A;  5P5O A;  3L58 A;  1EED P;  4DJO A;  2QAK A;  5P0W A;  2ZDZ A;  4Y5A A;  3KFR A;  1ODX A;  1ZPK A;  5P5Y A;  2FGU A;  2QU3 A;  5P05 A;  2F80 A;  1AVF A;  3OXC A;  4HVP A;  3OU4 A;  3VLA A;  4ZPG A;  2AOC A;  5P46 A;  5OZ4 A;  1BWA A;  2OHK A;  2HS2 A;  3F9Q A;  3BC4 A;  5DR0 A;  2PC0 A;  5OZ6 A;  3QRM A;  2R43 A;  3S43 B;  5P6Z A;  5OZV A;  1K1T A;  1TCX A;  1BIM A;  4Y5M A;  5P4M A;  4Y50 A;  2RSP A;  5P7Q A;  2B7Z A;  2PH6 A;  5P7R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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