4DJUA

Structure of bace bound to 2-imino-3-methyl-5,5-diphenylimidazolidin-4-one
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djuA02
1SH9A 1EPME 2IRZA 1YM2A 5P1NA 5P2DA 5P4GA 4QLHA 4Y50A 3UDRA 3EBZA 3O9GA 1EC3A 3UTLA 3BXSA 5P83A 3NWQA 5P5TA 5OZUA 4FIVA 5P5OA 2WEAA 1BV7A 1T3RA 3KMYA 5P2RA 5P85A 5P2MA 5AHCA 1MUIA 3BUFA 3LIVA 5P3CA 5P7DA 5P1MA 2FDEA 3ZPSA 2P8HA 3EXOA 1HSIA 4ZSRA 1ZTZA 3K4VC 3ZKNA 3BVBA 1C6XA 5F00A 5P1AA 5P1GA 1HEFE 5JFPA 1LYWA 3UDQA 1AXAA 4MC6A 4DFGA 1QBSA 1YTGA 5P0CA 5P2ZA 2PWRA 4HZTA 2ER6E 5P72A 3BGBA 4OBJA 2QU3A 1W5XA 4F75A 2ZJNA 5P3WA 1NPVA 5P3EA 1ZJ7A 2A4FA 1C6ZA 1JLDA 3L5CA 2BPVA 2QNNA 3DCRA 3UQRA 1M4HA 4FM8A 5COOA 3EL4A 5P76A 2I4UA 3O9EA 1APWE 3K5CA 5ISKA 2ER9E 2ZJIA 5P7ZA 1NH0A 2JE4A 4RYGA 5P6NA 4Q5MA 1LF4A 4Y36A 4Y5PA 1FB7A 4ER4E 4I12A 4JOOA 2SAMA 2G1OA 3CYXA 3INEA 5COPA 4CKUA 3VF3A 4IVSA 5P81A 3CKRA 3L58A 3VF5A 4FSEA 1DAZC 5P71A 3QVIA 3GI6A 5P0NA 2ZGAA 5P1IA 3NU3A 2ZJJA 5P0AA 1FEJC 2NNPA 3QBHA 1MSMA 2NTRA 4I10A 4K8SA 3O9FA 3O99A 1DW6C 2ZJKA 4DJQA 1ZAPA 5P32A 5P18A 5P7LA 4ZPFA 5P6RA 4FRIA 4FRKA 5P2KA 3OWNA 4ZIPA 4I8ZA 3OAGA 2WKZA 4U7QA 3OUBA 5KOQA 4YE3A 4D85A 3DJKA 5IS4A 1B6PA 4CPUA 5P7FA 5P0MA 5P69A 3SLZA 3SQFA 2ZDZA 2NPHA 1T7JA 4H3JA 5P5MA 3SM1A 5P15A 5HCTA 2O4NA 5P0KA 4I0JA 3PWWA 5P7IA 5DR3A 5DQ1A 3O9AA 3QS1A 3PWRA 1PSOE 5CLMA 5P8MA 2G27A 4AA8A 5ER1E 4YD7A 4Y4ZA 2QD8A 3NYGA 2NMYA 1MSNA 3LNKA 1XN3A 3OQFA 1MT9A 5P84A 4YD6A 4FRJA 2AOGA 5OYSA 5P0OA 5P87A 5P26A 3T7PA 1QS8A 3OXWA 4U8WA 3PLDA 2BBBA 4OD9A 4R8YA 2Q54A 1U8GA 1FQXA 3PMYA 3HDKA 5P6AA 5HU1A 2WF3A 5P8SA 4J0YA 3SA4A 3LITA 5P41A 2WF1A 5P3LA 1LEEA 5P6XA 5P4NA 4I0ZA 5P3OA 3QVCA 5DQ5A 2XFIA 5P07A 5P6LA 4WY6A 5P5IA 4L1AA 5P3IA 4DQBA 1MTRA 3UPJA 3PGIA 4FAEA 5P7MA 3GGAA 2P3CA 5TOLA 5P4QA 5P8KA 2F3KA 4Y51A 4DH6A 2OHNA 2QZWA 5P8BA 5CONA 3ECGA 1T6EX 1BBSA 3QRVA 4EP3A 3O9IA 1KJGA 4L6BA 2UPJA 5P42A 3SA7A 3R0YA 2UXZA 5P3SA 3AUPA 1YM4A 5P8RA 2V0ZC 1SBGA 2OHSA 1A30A 5I3VA 5P8FA 1HVJA 4Y4BA 5P4YA 2BJUA 1HIVA 5P6FA 3QRMA 4EYRA 4TRZA 1N49A 2F80A 1IZHA 5E5JA 5OZ6A 5P6JA 3SA5A 4L7GA 4Y5CA 4FGXA 5OZZA 3S2OA 2BKTA 5P1OA 5OZFA 5P82A 2OHQA 1SDUA 2WF0A 3QBFA 1LYAB 5P1YA 5P65A 3ZPTA 3UFLA 2ZJLA 1GVWA 1RQ9A 2BPXA 5JG1A 4YOAA 3Q70A 4R95A 4D89A 1QBTA 5P3PA 5P4BA 2V10C 2ZHUA 5SXNA 3A2OA 3VYFA 4Y4AA 3EL0A 1APUE 2AZCA 2AVMA 3UQXA 4J1HA 3OUDA 5P16A 2QI5A 3K5FA 3UDNA 4I0GA 5P6UA 5P8PA 3EKXA 1D4YA 5P4MA 2ZHRA 4CP7A 2ZHTA 4JPCA 3F9QA 3PMUA 4Y4DA 2FS4A 4OBHA 3BC4A 5P20A 5P2NA 2HB3A 1HVKA 5P2YA 4Y3NA 3KT5A 1W51A 2VJ6A 2J9JA 3ER5E 1AAQA 5P70A 4XKXA 4DQEA 4YD4A 1B11A 3OHHA 5P5YA 4NJUA 5KR1A 1MPPA 1HWRA 2QK5A 5P4JA 3OGPA 3I2LA 4Y3HA 3BGCA 1CMSA 5P48A 5P14A 5P31A 5P6MA 3RTNA 2QHYA 4I8WA 3OAGB 4FS4A 3UDPA 1XL2A 3ZKQA 1HVSA 5KOSA 4Y4TA 4JECA 5P0YA 3U7SA 1LF2A 1HVRA 1TCWA 4EJDA 3Q3TA 5P1BA 3ZKMA 5P4IA 5HDUA 5P2SA 4Q1YA 2AZ9A 5P29A 5B18A 5P67A 4X2LA 5OZ3A 3TLHA 4E43A 5P86A 4Y6MA 2A1EA 1D4IA 3SA6A 5FIVA 3UDKA 5P4FA 2FLEA 5P7GA 1MVPA 1RL8A 5COKA 5P3UA 2HB2A 2QI0A 5JFUA 3ZKXA 4J0VA 4RZ1A 1ENTE 2JXRA 1TSUA 5P8HA 2P4JA 5P12A 4QJ8A 5HD0A 2OHUA 2QI4A 1K6CA 5P2QA 1QRPE 3SPKA 1D4JA 2PC0A 3K1WA 5P3QA 3KN0A 5P1WA 3QAAA 3KT2A 3VSWA 1FIVA 5OYVA 5P19A 4GJ6A 3FKTA 3GGXA 3IVIA 3SM2A 3FIVA 1KJ4A 3M9FA 2QNPA 4L1AB 5P4AA 2QD7A 3KFSA 4D8CA 2CEJA 2AIDA 5P0SA 4EXGA 2P3BA 1AM5A 4LXAA 5P8DA 2OAHA 2B42A 3WB5A 4Y37A 3TOFA 3LPKA 1BWBA 2HPEA 2QMDA 4Y58A 4ACUA 5OZNA 5P27A 2AOJA 2AVQA 3IGBA 5OZVA 3VLBA 4B0QA 5J25A 4Y5AA 3LZVA 3UDHA 4F76A 5OZ8A 3OU1A 1NSOA 3RTHA 1FGCC 4B72A 5EZXA 5KQZA 4HDPA 1K2BA 4Y9WA 5P2UA 5OZ4A 5P7WA 5P2IA 4HEGA 1HTEA 3PHVA 6APRE 4Y3FA 4Y3JA 4EPJA 1A8GA 3L59A 3CKTA 5P44A 4BFBA 3GI0A 3NDTA 2I4XA 2FDPA 2G22A 5P0XA 2PQZA 5P2AA 4XXSA 2NXLA 4Z2ZA 2IENA 5HE4A 5P46A 5OZIA 1MT8A 1BDLA 2H6SA 5P6EA 4QJ2A 4Y3LA 5P09A 5OZTA 5OZDA 4B00A 1TW7A 3Q4BA 4J1EA 2ANLA 4YDGA 3SO9A 3T3CA 1SP5A 4HDBA 1EPNE 2QP8A 1YX9A 4J55A 5P8TA 4CPQA 3SA8A 5HDVA 2FMBA 1YTJA 3PRSA 5I3YA 4TVHA 1EAGA 4OC6A 5P45A 5OYYA 9HVPA 5P56A 4RGHA 4HDFA 3JVYA 3AIDA 4Y44A 4ACXA 4HA5A 1SMEA 4Y56A 2VNMA 4RCDA 2AOHA 4EWOA 4Y45A 4BEKA 4EHCA 4Y4EA 3DV5A 5P89A 5P6SA 5OZQA 3LZSA 4MC9A 4QGIA 5I70A 1B5FA 4Y5NA 4YD3A 3SKGA 1DMPA 5P4XA 4Y3QA 1E81E 1B6KA 3QIHA 5P2WA 1LF3A 1D4HA 2AOEA 5P0EA 1K6PA 4Y41A 5P0VA 2AZBA 1W5YA 4GJAA 4PZXA 4Y3PA 1HVLA 5P4KA 3R2FA 4YBIA 4Y3RA 4JPEA 3NU4A 3URIA 7HVPA 2WECA 3H5BA 3VFAA 4DQHA 1ODXA 3UCBA 4M8XA 4J1FA 3SA9A 4DPFA 1BXOA 1C70A 2R38A 3UQUA 2MIPA 5OZKA 3PI5A 2I4VA 2IQGA 5P5LA 5P5RA 2NR6A 5P0LA 5P0TA 1IIQA 2O4LA 1ZBGA 2R3TA 1ZLFA 5P8UA 3OQ7A 5P23A 4WY1A 4QJ7A 1ER8E 4EXHA 5SZ9A 5OYUA 4K4QA 3OXCA 3NDUA 3UQWA 5P17A 3R1GB 4Q1NA 3O9BA 4ZPGA 2F3FA 4S1GA 1XN2A 1T7KA 2F3EA 4APEA 5P4CA 4RYCA 5P8CA 3LZYA 1HTFA 1OEWA 2Z54A 3DOXA 3L38A 3Q5HA 4Y3TA 3EM6A 1W5VA 2VA6A 5P0ZA 2V11C 4LL3A 2ZJMA 2HC0A 1DP5A 5HVPA 5P79A 2QCIA 4CPXA 4AMTA 3UDMA 1ZPAA 3HVGA 3Q6YA 5P3AA 4AA9A 3UDYA 3N3IA 5EZZA 1CPIA 1IZDA 3GI5A 3B7VA 3DK1A 1DPJA 4B1EA 1K6VA 3VV8A 5I3XA 1E80E 4YOBA 1IVQA 1FQ5A 5P2TA 3BVAA 4FE6A 3IVHA 2QI6A 3D1XA 1GKTA 3DCKA 5P35A 1K1TA 2QI3A 4OBKA 1QBRA 1K2CA 2R3WA 5P7VA 2FNSA 1W6HA 3UHLA 5P60A 2IKUA 1EPQE 3S43B 2PMAA 3KFPA 4RCFA 2ZE1A 3OU1B 4YDFA 2IGXA 4FRSA 1PPLE 1GVVA 1AZ5A 3IAWA 5P2GA 2B8LA 1SIVA 1ODWA 5HE5A 4LBTA 5P3DA 1UPJA 5P5VA 3BUHA 1IZEA 2ZHSA 1Z8CA 2RMPA 3KDDA 1KZKA 2RENA 4ZPEA 2PSUA 5OZRA 5AH8A 4U7VA 3TTPA 4Y38A 5DQ2A 5SY2A 4Y5BA 4Y53A 2HS1A 3OU3A 1RNEA 1QDMA 3CIDA 1J71A 5BS4A 4BELA 3SABA 5HE7A 5P54A 4Z22A 3O9DA 5P2HA 3G70A 2OHPA 4YA8A 4B70A 2QMGA 4I0EA 5P0JA 3UQPA 1BWAA 3VV7A 1LYBA 3INDA 5SY3A 3DM6A 1NPAA 2WEDA 3DUYA 4CPTA 4DQGA 4RRNA 5P73A 1B6LA 5F01A 5OZ2A 3QN8A 1B6MA 1RPIA 1FMUA 3OADA 5P7QA 1AVFA 4HLAA 3RU1A 3NWXA 1HSGA 2FXEA 3TPLA 3LINA 4Y47A 4DJYA 1D4LA 3KDCA 3S7LA 5C9BA 2QU2A 1M0BA 3C9XA 5P0HA 2HAHA 1FQ7A 1GNNA 1T7IA 3BUGA 1EC0A 2PWCA 3G72A 5P0IA 5OZJA 1FF0C 5P36A 2P3DA 3CIBA 1ZP8A 2VKMA 2VIZA 2F8GA 3R0WA 1E5OE 2Q55A 5P6PA 1BIMA 4YCKA 5P47A 5P6TA 1OHRA 3EM4A 5P2JA 3L5FA 5P5UA 4Y5EA 5P2LA 4GJ9A 4DJRA 3INHA 2P83A 3ZOVA 1HHPA 1TSQA 3SAAA 3EKQA 4NPTA 4GJCA 2BPWA 3S54A 1LYWB 4ZLSA 3BXRA 3WZ7A 1SDTA 3DV1A 5JODA 2RKGA 3QP0A 5P2VA 3VV6A 5OYWA 5OZ0A 5ER2E 3HZCA 5P00A 5P51A 3TOHA 5P6HA 1MESA 3NXEA 3VG1A 5P3ZA 3EC0A 4DJOA 3OU4A 3JVWA 5ENMA 3TKWA 5P5SA 2G1YA 1SGUA 3VF7A 3QI1A 1HXBA 2UY0A 5APRE 5P50A 4F74A 1AJVA 5P59A 1HVIA 1MEUA 2V00A 1HIIA 3RVIA 2BB9A 2G24A 4NJSA 4GYEA 2G69A 4GMIA 3OXXA 2OHMA 5KR8A 1HRNA 5OZBA 1B6JA 5P1ZA 2QHCA 5P63A 5P49A 3T7QA 4FM6A 4FSLA 3VEUA 4LAPA 2VA5A 4I11A 2OHKA 2Q15A 3EL5A 3ZPUA 3HAUA 4DV9A 5BWYA 3I6OA 4OBFA 3FV3A 1EBWA 2QAKA 4I0DA 4M8YA 4QJ6A 5ISJA 3LPIA 3TPRA 3LIXA 5P8LA 3EL1A 3U71A 4A6BA 4AUCA 4LXKA 3VLAA 5P1JA 3K4VA 2IEOA 2R9BA 3VFBA 1E82E 2O4KA 1YTIA 6FIVA 3VYDA 4RVXA 7UPJA 5AH7A 3G6ZA 3HD8A 3RTMA 2G1SA 3UDJA 1YTHA 5OZ7A 4PHVA 2Q5KA 3L5BA 5P7TA 4Y3XA 2BQVA 1K1UA 5P39A 2PH6A 4LC7A 1F34A 3WZ8A 2JJIA 5P1VA 3TL9A 1XL5A 3OHFA 3S8IA 3OQDA 4L7JA 5P1CA 3ZKGA 3VCMA 4RLDA 2I4DA 1ZSFA 4FAFA 4J17A 4Y4JA 5P2BA 4QJ9A 5OZAA 5P6ZA 4GJ8A 4OD9B 4RVIA 4Y5MA 3VSXA 1PSNA 4B05A 3MSJA 2QMPA 1EC1A 5P3YA 3HLOA 3QPJA 2XFKA 1YT9A 1IVPA 2I4WA 1FQ6A 1LYBB 5P3HA 5P0RA 4J1CA 5P3KA 2F81A 1FFIC 3MSKA 4Z50A 2WEZA 4WTUA 1EBKC 2NXMA 5DQ4A 4OBZA 2O4PA 4EQJA 3OOZA 1IBQA 1FKNA 4PYVA 5P7AA 3PWMA 3UFNA 2XYFA 4BFDA 5OYQA 5P5HA 5P7PA 3S85A 4RROA 3VUCA 5KQFA 4I1CA 5P7SA 3APPA 5AHBA 4YBFA 1HTRB 5OZ1A 5P8AA 5P5BA 5P10A 5P55A 5P8VA 4FM7A 1BV9A 5P3XA 4TRWA 3ZL7A 1UH8A 4ZSMA 3MSLA 4H1EA 1MERA 3IA9A 5P8IA 2PYMA 5P34A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SH9 A;  1EPM E;  2IRZ A;  1YM2 A;  5P1N A;  5P2D A;  5P4G A;  4QLH A;  4Y50 A;  3UDR A;  3EBZ A;  3O9G A;  1EC3 A;  3UTL A;  3BXS A;  5P83 A;  3NWQ A;  5P5T A;  5OZU A;  4FIV A;  5P5O A;  2WEA A;  1BV7 A;  1T3R A;  3KMY A;  5P2R A;  5P85 A;  5P2M A;  5AHC A;  1MUI A;  3BUF A;  3LIV A;  5P3C A;  5P7D A;  5P1M A;  2FDE A;  3ZPS A;  2P8H A;  3EXO A;  1HSI A;  4ZSR A;  1ZTZ A;  3K4V C;  3ZKN A;  3BVB A;  1C6X A;  5F00 A;  5P1A A;  5P1G A;  1HEF E;  5JFP A;  1LYW A;  3UDQ A;  1AXA A;  4MC6 A;  4DFG A;  1QBS A;  1YTG A;  5P0C A;  5P2Z A;  2PWR A;  4HZT A;  2ER6 E;  5P72 A;  3BGB A;  4OBJ A;  2QU3 A;  1W5X A;  4F75 A;  2ZJN A;  5P3W A;  1NPV A;  5P3E A;  1ZJ7 A;  2A4F A;  1C6Z A;  1JLD A;  3L5C A;  2BPV A;  2QNN A;  3DCR A;  3UQR A;  1M4H A;  4FM8 A;  5COO A;  3EL4 A;  5P76 A;  2I4U A;  3O9E A;  1APW E;  3K5C A;  5ISK A;  2ER9 E;  2ZJI A;  5P7Z A;  1NH0 A;  2JE4 A;  4RYG A;  5P6N A;  4Q5M A;  1LF4 A;  4Y36 A;  4Y5P A;  1FB7 A;  4ER4 E;  4I12 A;  4JOO A;  2SAM A;  2G1O A;  3CYX A;  3INE A;  5COP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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