4DJXA

Structure of bace bound to 5-(3-(5-chloropyridin-3-yl)phenyl)-5-cyclopropyl-2-imino-3-methylimidazolidin-4-one
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djxA02
5OYRA 5AH8A 5OZKA 5P1ZA 1D4YA 1NH0A 3EM6A 3URLA 5P33A 5EZXA 2XFKA 3PCZA 1F34A 5P76A 5P7WA 4BELA 4GB2A 1EBYA 4Y38A 5P5OA 4Y4AA 5P10A 2O4PA 2QMDA 2PH6A 5P75A 1CPIA 5P7NA 5P4AA 5I3YA 2JE4A 5OZEA 5CONA 5P55A 2Q11A 3GGVA 1YM2A 1BV9A 5P03A 1PFZA 2HC0A 5P88A 2R5QA 4I0HA 4GIDA 2G20A 2IQGA 4DJQA 5P28A 2AVMA 4YD6A 4GZFA 5P2MA 2OHTA 4LXKA 1C70A 1SGZA 2I4QA 4CPTA 3NLSA 5P8SA 4AZYA 3NU4A 5P0KA 4Y3MA 1LYAB 2PMAA 4OBJA 1FLHA 4XX4A 2IKOA 5P6YA 5P4TA 2R9BA 3TTPA 3NWXA 4Y9WA 3BGBA 2QK5A 5P3KA 3G70A 5JFPA 2Q63A 4Q5MA 4FLGA 4R5NA 3RSVA 4J0PA 2FXDA 4I0EA 5P16A 1BV7A 5P8LA 2XFJA 4DPIA 3BRAA 4BFBA 2WHHA 3FX5A 1EPNE 3SA3A 2AVOA 4QLHA 2QI5A 4HDBA 4YCYA 1HXWA 4I0GA 4GMIA 4B0QA 1APUE 1BXQA 3OU1A 4OBHA 4CP7A 1APTE 3PSUA 3QRSA 3LINA 5P2IA 5P6CA 4L7HA 2IRZA 5P81A 2I0AA 4Y53A 5F01A 2F3FA 5P05A 5P50A 3F9QA 3PM4A 2VS2A 5HDZA 3MSLA 1LF2A 4Y5NA 3PHVA 1FQXA 2P3BB 3UF3A 1AAQA 1G2KA 1D4JA 5P0PA 5P22A 3TKGA 4DJRA 5P4EA 1UPJA 3K1WA 3DM6A 5P7XA 4Y35A 5SY3A 3NXEA 3BXRA 1LEEA 2Q3KA 4B72A 4EJKA 1XN2A 3VFAA 5P3LA 5DR4A 1F7AA 2ZJNA 3OU3A 4HZTA 5P0IA 5P4GA 5P0SA 2VNMA 5HD0A 1SIVA 5P0EA 4FRIA 5P6HA 3UTLA 2BPZA 5KQYA 4Y5KA 3ZOVA 3PBZA 5JG1A 3OXWA 2AODA 3B80A 2ZJIA 4FRSA 4D89A 3UDRA 3IA9A 3OQKA 5P6RA 5P7RA 1T6EX 5OZRA 3I8WA 4F75A 4Z22A 5P5WA 3KT2A 5I3XA 5OYVA 4ZIPA 5KAOA 1K1UA 3ZPUA 3Q4BA 3NXNA 1YTGA 1KJ7A 2Z54A 5P2SA 1HSIA 3NDWA 4Y48A 5I3VA 1Q9PA 4MC6A 5ENKA 2A4FA 3S45A 4DJPA 3L3AA 2IS0A 3UDYA 2OHMA 2PC0A 4GJAA 1UH7A 5P34A 1K1TA 1N49A 2FNSA 2HB3A 3NUJA 4H3FA 2VIEA 5P48A 5P7TA 2Q54A 4Y5AA 5KQXA 5AH6A 4DQFA 3ZPSA 4LBTA 4Y3YA 5P6GA 3O99A 1D4LA 1YX9A 5P8PA 1HPSA 3HAWA 5P36A 4TRWA 2ANLA 5OZ2A 1EC2A 5P5BA 2BPXA 5P1WA 1K6PA 2PSUA 1HSGA 1LV1A 2B8LA 3IVHA 1PPME 1E80E 1ODYA 1FQ7A 4GYEA 4PHVA 3WB5A 3BGCA 2WEBA 4RYGA 3RVIA 4PZWA 2RKFA 3KMXA 5DQCA 2HS1A 5B18A 1C6XA 3O9EA 4FRKA 5P6ZA 5OZUA 5P45A 4Q1NA 3GI4A 1QBUA 3INFA 1HSHA 3NDXA 1ZBGA 2IGXA 3Q5HA 5OYZA 3KFNA 4DQHA 5P2NA 5P56A 5P84A 4OBFA 1HIIA 1XS7D 2R38A 3D20A 2NNPA 4J1HA 4X7IA 3T7QA 1EPQE 5P1LA 3S56A 3CIDA 1EPLE 4Y3TA 5P67A 3GW5A 4J55A 2BPWA 2VA5A 4U8WA 8HVPA 2H6SA 4AA9A 2XYEA 4MC1A 3UCBA 5HDVA 5OZYA 1D4IA 5P85A 5P12A 4Q1WA 1FQ5A 3R0WA 3Q70A 4L7GA 5P7DA 1HTRB 4XKXA 1W6HA 1T7KA 4GJ8A 3S54A 4IVSA 3NDUA 4K9HA 4XX3A 1RL8A 5HCTA 2WEAA 4Q1YA 2ZJJA 1IZHA 2WF3A 3QROA 1ZTZA 5P79A 5P47A 3PWWA 1FF0C 3S8IA 5P7AA 5P5HA 2WEDA 4LHHA 3S43B 5P2WA 3SO9A 2O40A 4FL8A 5P3HA 3QRMA 3OWNA 1T7JA 5P6TA 5OZ5A 5AHCA 5P4KA 3UFNA 5P7PA 5C9DA 5AGZA 4D8CA 1APWE 3QIHA 5P4LA 3APPA 1HIHA 4YOBA 5P0TA 1D4KA 3NDTA 3PMUA 1HIVA 4K4QA 3HW1A 1BVGA 3BVAA 1HVHA 4HVPA 5P46A 1A8KA 5DPZA 1YT9A 4YD5A 1MT8A 1BIMA 4GJ6A 5J25A 3FSMA 3OUDB 3TKWA 3T3CA 3KFSA 4PZXA 1LF4A 5P0CA 4DQGA 3KN0A 4Y5EA 3HBOA 4Y5MA 4A6BA 2IL2A 3PI5A 2BPVA 2PK6A 4DQEA 4YD4A 3SLZA 4CMSA 3QVIA 1M4HA 4I1CA 5P3YA 4OBGA 2WF2A 3EXOA 5P2OA 2O4KA 3KM4A 3QBHA 3CKTA 3PGIA 4ZSPA 4B1DA 2Q15A 1C6ZA 2BB9A 1D4HA 3MSKA 5P13A 5DGWA 1BDRA 5P0UA 5P3TA 1IVPA 1UH8A 5DR1A 5P5IA 2VNNA 3CIBA 4ZSQA 1EBZA 4GJCA 5P32A 2WKZA 2CEMA 2QHCA 4R95A 3D1YA 1TSUA 3KF0A 1K6TA 5T4SA 3PB5A 1EC1A 4L1AA 3VYDA 1GNOA 4EJDA 4EHCA 2AZ9A 4ZSMA 5P0AA 5BS4A 1Z1RA 4EQJA 5P8CA 5OZVA 2OHUA 5P0XA 5P7FA 5P53A 4DQCA 5P0ZA 1XL5A 1E81E 2HAHA 2G27A 5OZ0A 5P71A 2IENA 3RTMA 4K4RA 2Z4OA 4B05A 5P4SA 5P24A 5P19A 5TOLA 1EPRE 1PPLE 1EBWA 2FMBA 5PEPA 1ZPAA 4F74A 5BRYA 4Y36A 4B78A 4YCKA 5P69A 1FEJC 1ODXA 3ZKGA 3K4VC 3ER5E 2NPHA 4U7QA 2QD7A 3LITA 2RKGA 4ZSRA 5P00A 5P1YA 2QMFA 2XFIA 3IXOA 4AMTA 5P8UA 4CPXA 1GVTA 3O9IA 2PH8A 1G6LA 2R5PA 3UHLA 6APRE 4OD9B 1AM5A 3TNEA 1NPAA 3IXKA 5P40A 1MERA 2AVSA 4Y4EA 2QD6A 5JFUA 3EKVA 4I0FA 5P1BA 1YM4A 2F3KA 5P8QA 4Y58A 3VYEA 2ER0E 5P09A 1UH9A 1BBSA 3ZKIA 2WEZA 5P68A 2FLEA 3R4BA 1EPPE 5P7JA 1DAZC 5P8FA 4NKKA 5P1QA 5P3QA 5P0GA 3PEPA 4OBZB 2G1OA 1QDMA 2AZ8A 2ZJHA 3G6ZA 4FGXA 1W6IA 2ER9E 2H6TA 3BHEA 1OEXA 5P78A 5SXNA 2CEJA 3CYWA 5P6UA 1RQ9A 4LXAA 3ZKQA 3L58A 3D91A 5P8VA 1FMXA 3LIYA 3U6AA 5E5JA 1KJ4A 3OTSA 4HLAA 5KR2A 3JVYA 3R2FA 3T11A 3EL9A 5P4IA 4ZE6A 4OBKA 3VF5A 4Y3JA 3ZPTA 2F80A 5P0JA 4JP9A 3OXCA 1META 3SPKA 5P2DA 4BEKA 5ISKA 2SAMA 3O9LB 2BQVA 5KR1A 1LYWA 5P59A 3SKGA 1FFFC 5DGUA 5P2TA 3OXXA 2F3EA 3FIVA 2JJJA 4Y3EA 2WL0A 4FSLA 5P3XA 5P2JA 5KR0A 3S43A 5P1UA 1FKNA 4L6BA 5P4QA 2I4WA 4F73A 3O9CA 1K6VA 4NPTA 4Y4DA 5P3RA 1IDAA 5P8OA 2PYMA 3DCKA 3VYFA 3K5FA 3HDKA 1HEFE 4FM6A 1HTFA 4B70A 1BILA 1HPVA 3QPJA 2V12C 4KUPA 4DJOA 5P4PA 3EC0A 5SZ9A 3I2LA 2ZYEA 3S53A 5P1FA 2VIZA 3OUDA 4J0TA 3UQPA 4Y57A 3LZVA 4YD3A 4B00A 3HVGA 2NR6A 1YG9A 1B6KA 3BUGA 1GNMA 3OGPA 5OZXA 3UFLA 5P1AA 5HU1A 3S85A 1ER8E 5P38A 2VKMA 3NUOA 5P5QA 3ZL7A 5P6PA 4X2LA 1SMRA 2A1EA 5OYXA 1A9MA 5HCOA 4YDFA 2I0DA 3KDCA 3KDDA 5P6OA 5P0LA 5P80A 4QJ6A 1HTEA 5P49A 2R3TA 3L5EA 1DP5A 1TW7A 2VA7A 2B60A 3O9HA 5DR3A 4ER2E 5COKA 5P3PA 5DQ1A 1K2CA 5OZTA 4DI2A 3S2OA 2HS2A 2OAHA 4PPHA 2PQZA 2QZWA 3FNSA 2G94A 3VG1A 2P4JA 3OK9A 2QI1A 4M8XA 2AOCA 2QNNA 4DUSA 3UQRA 3OADB 1MUIA 1HBVA 2ZHUA 1FQ6A 2FDDA 4H3GA 1GNNA 3VSXA 1GVUA 4Y3FA 4XXSA 2G22A 5P27A 5P2CA 3LHGA 5P1TA 2ZHSA 2XYFA 1SDUA 2QNPA 3Q6YA 2AOGA 3H5BA 2AOEA 2HM1A 1TCXA 2BJUA 5P1DA 5P5EA 2AQUA 1MESA 3QS1A 4Y4BA 1FG6C 3IN3A 5P1GA 2EWYA 4Y39A 1W51A 5P6LA 3PLLA 4JPEA 4Y5BA 5P3WA 5P3OA 5P2QA 5P7CA 3RTHA 3DUYA 2QMPA 2QMGA 2O4LA 4Y44A 4B77A 1QBRA 5P63A 1EC0A 1J71A 1W50A 4Y3DA 5C9FA 2PWCA 3PRSA 1FG8C 5OZ3A 1MT9A 2QZXA 5IVTA 4HEGA 1HOSA 4CPWA 4EJLA 5P66A 3WB4A 1LS5A 5P3NA 4NJTA 5HDXA 4OBZA 1RPIA 3NU5A 1SBGA 5P3IA 1T6GA 5P4RA 4DJYA 2P8HA 5P1CA 4YDGA 1ZSRA 3O9GA 4Y51A 1XE5A 3JVWA 5P7ZA 5P1XA 4RLDA 4MC9A 1A94A 2FGUA 5OZNA 5P3CA 5P4JA 4S1GA 1GVVA 1AXAA 1ENTE 3HZCA 3TPPA 3ECGA 5IVRA 2ZHTA 2O4NA 1G35A 3D1XA 3BC4A 2WJOA 1K6CA 2WECA 5FIVA 1BVEA 6FIVA 3SACA 4Y43A 2O4SA 3O9LA 5OZCA 4EQ0A 5P1MA 5P4DA 1QRPE 2I4VA 3FV3A 5P2KA 3OOZA 2V11C 4DJVA 2HPEA 3INEA 1AIDA 5P7IA 1TSQA 1BDLA 2HB2A 2QI0A 1Z8CA 1NPWA 1BAIA 5F00A 4QJ7A 3INHA 5P2LA 2IEOA 5P5XA 5OZ4A 3LIXA 4EP3A 1SDVA 5AHAA 5P51A 5P4WA 4Y50A 5OZIA 4I0ZA 4J0VA 4Y4XA 3A2OA 5OZDA 5OZHA 4NPUA 1LYAA 2NMZA 1ZJ7A 2P3AA 1IVQA 4JECA 3UDNA 2FS4A 4OC6B 2MIPA 3EKYA 5DR7A 5P7UA 5HU0A 3AIDA 3LZYA 5OZPA 4B1EA 4Y56A 2HB4A 4RVJA 3I25A 5P86A 1HVRA 4RCEA 3WSJA 1BXOA 1IZIA 4Y3QA 3DV5A 1T7IA 3L38A 3DJKA 2G1RA 3TH9A 2Q5KA 2QAKA 2R43A 3ZKNA 3K5GA 5P0NA 5P7OA 3VCMA 3L5BA 1HWRA 2OHPA 5OZGA 4ACXA 4Y6MA 5ER2E 5P0VA 3N4LA 4APRE 3VLBA 5OZLA 5OZ8A 4EWOA 3VF3A 5P29A 3DCRA 2UY0A 2PSVA 3MSJA 3PBDA 1TCWA 1BWAA 2RSPA 5P15A 3VV7A 3DK1A 1CMSA 3PWMA 3IGBA 5P5JA 5P4YA 2QD8A 5P35A 4Y3RA 5P65A 3NR6A 3QN8A 3UQXA 1ODWA 2P3BA 1T3RA 4I0IA 3EM4A 4J0ZA 4GJDA 5OZAA 5P54A 4I8ZA 2AOJA 1A30A 3EKPA 4NJSA 5P0OA 2QP8A 4ZPFA 5P7EA 3OU4B 3OADA 5P1RA 5P3JA 3CICA 3PWRA 5OZ7A 5P6WA 2BBBA 5OYSA 4TVHA 2QU2A 2QNQA 5AH7A 5COPA 3EL0A 4ZPGA 1MRXA 1DPJA 5P7VA 5P2HA 2WF0A 5DR0A 4A4QA 1HVIA 1FQ8A 1XL2A 3OU1B 5P39A 3G72A 1SP5A 5P8DA 4GJBA 5P7SA 5DQ4A 5OZSA 1C6YA 4D85A 3CYXA 1ZPKA 1FIVA 2G69A 4APEA 1YTHA 3T7XA 5P3UA 1DMPA 4YCTA 2JYSA 2NXMA 1MEUA 4J1FA 5HDUA 1PPKE 4ER4E 5P5AA 3QRVA 2NNKA 5P2BA 5P3MA 5P5FA 1GVXA 3U71A 2V10C 2VA6A 4J0YA 3SKFA 5OZQA 1XE6A 1HXBA 2B42A 4EXGA 1KJHA 5P4UA 3SM2A 3SM1A 5APRE 3UQWA 3VFBA 4RRNA 3UDQA 5P5VA 4L7JA 3GI6A 5P3BA 1KJGA 2Q55A 5P5ZA 1MSNA 5OZBA 3O9FA 2R8NA 1WKRA 3KT5A 3SA8A 2PYNA 2J9JB 3OHFA 5HE4A 5ISJA 4FAEA 5P3AA 5COOA 4I8WA 5P74A 5P1OA 1GVWA 1YTJA 5P70A 5P7LA 3OAGB 3OXVA 4Y3WA 2G1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYR A;  5AH8 A;  5OZK A;  5P1Z A;  1D4Y A;  1NH0 A;  3EM6 A;  3URL A;  5P33 A;  5EZX A;  2XFK A;  3PCZ A;  1F34 A;  5P76 A;  5P7W A;  4BEL A;  4GB2 A;  1EBY A;  4Y38 A;  5P5O A;  4Y4A A;  5P10 A;  2O4P A;  2QMD A;  2PH6 A;  5P75 A;  1CPI A;  5P7N A;  5P4A A;  5I3Y A;  2JE4 A;  5OZE A;  5CON A;  5P55 A;  2Q11 A;  3GGV A;  1YM2 A;  1BV9 A;  5P03 A;  1PFZ A;  2HC0 A;  5P88 A;  2R5Q A;  4I0H A;  4GID A;  2G20 A;  2IQG A;  4DJQ A;  5P28 A;  2AVM A;  4YD6 A;  4GZF A;  5P2M A;  2OHT A;  4LXK A;  1C70 A;  1SGZ A;  2I4Q A;  4CPT A;  3NLS A;  5P8S A;  4AZY A;  3NU4 A;  5P0K A;  4Y3M A;  1LYA B;  2PMA A;  4OBJ A;  1FLH A;  4XX4 A;  2IKO A;  5P6Y A;  5P4T A;  2R9B A;  3TTP A;  3NWX A;  4Y9W A;  3BGB A;  2QK5 A;  5P3K A;  3G70 A;  5JFP A;  2Q63 A;  4Q5M A;  4FLG A;  4R5N A;  3RSV A;  4J0P A;  2FXD A;  4I0E A;  5P16 A;  1BV7 A;  5P8L A;  2XFJ A;  4DPI A;  3BRA A;  4BFB A;  2WHH A;  3FX5 A;  1EPN E;  3SA3 A;  2AVO A;  4QLH A;  2QI5 A;  4HDB A;  4YCY A;  1HXW A;  4I0G A;  4GMI A;  4B0Q A;  1APU E;  1BXQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LYB A;  1GKT A;  5P6E A;  3NSH A;  5P02 A;  3GGX A;  5P87 A;  3L5C A;  4EJ8 A;  3S7M A;  3ZMG A;  4Z2Z A;  3IND A;  3O9D A;  5P2G A;  4D83 A;  4RCD A;  3OY4 A;  3PLD A;  3OQF A;  4Y5L A;  1DW6 C;  1FB7 A;  1IZD A;  4QJ9 A;  4YBI A;  3KYR A;  4PEP A;  3SQF A;  4FSE A;  4Y5P A;  5IS4 A;  3OUA A;  5ENM A;  3VEU A;  1FMB A;  3KFR A;  5OZ6 A;  1LYW B;  1APV E;  1PSN A;  1W5Y A;  4Y37 A;  3N3I A;  5HE7 A;  4ZPE A;  4QJA A;  2PK5 A;  4Y3Z A;  4EPJ A;  4H1E A;  2UPJ A;  1M43 A;  3S7L A;  2AZB A;  2P3D A;  4WTU A;  2R3W A;  1KZK A;  5P14 A;  5P42 A;  7HVP A;  1VIJ A;  5P6K A;  4RYC A;  3URJ A;  1QS8 A;  3VLA A;  5P17 A;  1XN3 A;  2G26 A;  2FDE A;  1E82 E;  4HA5 A;  5P5S A;  1WBM A;  4GJ9 A;  5P3V A;  6UPJ A;  4DPF A;  3SA6 A;  3K4V A;  2NTR A;  5P0Q A;  5IVQ A;  2OHS A;  3ZLQ A;  3O9B A;  3VSW A;  4Y3S A;  5P0F A;  2OHK A;  5P7B A;  5P20 A;  4Z4X A;  3NU6 A;  4UPJ A;  1TQF A;  5AH9 A;  1YTI A;  2VJ7 A;  4J5J A;  3PCW A;  5P5L A;  4TVG A;  2QI7 A;  5P4M A;  2ZGA A;  5P62 A;  1EED P;  4RRO A;  2REN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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