4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Mus musculus
publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
3DMXA 2LCBA 4I7OA 4I7TA 1L98A 1CTWA 5LZMA 3COCA 1T8FA 3QAKA 4G71B 4NC3A 3S3BB 3CDTA 1PXSA 2RBOA 240LA 1S53A 1L99A 3HH6A 3CDQA 3OE6A 1L02A 230LA 2Y03A 123LA 2NTHA 1E0PA 4JR8A 4HWLA 259LA 1L97A 3SBAA 1L90A 1L61A 1LYFA 2O4WA 2RBNA 4XTNA 3WQJA 1XJIA 4EJ4A 1ZWNA 138LA 1L72A 3ODUA 118LA 4EXMA 1L58A 5AX1A 3D4SA 3GUIA 4ARMB 4BV0A 1L96A 4YXAC 4GBRA 2ANXA 3QJVB 1C6QA 3QBLA 5JJNA 4EKPA 3FI5A 1JQUA 1LWKA 2NTWA 1L73A 4K5YA 2YCWA 1OWZA 1L33A 4PK0A 176LA 4DJHA 1P2LA 2VT4A 2OU8A 4QRYA 5G36A 146LA 1QUHA 2F2QA 3QBGA 1CV0A 3ZEVA 211LA 127LA 1C6HA 4DKLA 2RBSA 3RZEA 3VGAA 1P36A 4GRVA 3C9MA 4XXJA 258LA 4EPFA 3QBKA 1LYIA 1G1VA 2X72A 1L59A 147LA 1C6GA 2QPEB 236LA 2B73A 5H2NA 3G3VA 1QUGA 3HH5A 2RBPA 1LYDA 1M0KA 2OU9A 159LA 205LA 3AYNA 1CV1A 178LA 1L43A 1PQOA 245LA 1L57A 3GULA 3PXOA 1QS9A 4LDEA 2Z6BA 231LA 3SN6R 5G53A 2F93A 3VVKA 3HAOA 1L0MA 1JV7A 3DQBA 241LA 4XTLA 1DYDA 4YX7C 1L63A 175LA 1L70A 234LA 2A4TA 1D2YA 2HPYA 1CVKA 1L10A 1T8GA 3UTVA 2OEAX 1IXFA 1QSQA 5B34A 1PQIA 2NTUA 1KY1A 249LA 5ITEA 260LA 1QHJA 3HTBA 4BEYA 5B6YA 3QJQB 1AT9A 1QT7A 3QDCA 122LA 3GUJA 1C3WA 3DN1A 2LZMA 1C6AA 2JAFA 1L41A 253LA 3NSBA 3VW7A 1L60A 4GBRB 4I7NA 4ARLA 4GPOA 1L06A 1L77A 1KG9A 228LA 1GZMA 1P7SA 4MBSA 4I7SA 4AQNA 1QTCA 250LA 2OE4X 2PEDA 1QTBA 145LA 1P8HA 163LA 1L17A 215LA 1L94A 200LA 103LA 3C82A 197LA 4S0WA 3DMVA 1QKPA 1G1WA 2YCYA 3REYA 2RB0X 1TN5A 2I20A 5A45A 1L37A 4W56A 1L69A 5B6XA 1CX6A 1P3NA 1L75A 2HULA 183LA 1T8AA 165LA 3EH4B 1SX2A 1C6PA 4EKQA 1L27A 3UONA 3P0GA 209LA 4OV0A 1L45A 3HH3A 3SBBC 1G0JA 3S3DB 262LA 227LA 1C6JA 1KMEA 1VJMA 171LA 1L0KA 1DYGA 1LW9A 248LA 3FA0A 1JV6A 1C61A 3NYAA 1QUDA 1L9HA 4J4QA 1OV7A 1P2RA 4W57A 4E97A 3C8RA 119LA 5H2LA 2WJKA 1L30A 4BWBA 243LA 256LA 110LA 1JGJA 5B0WA 1KS3A 1L36A 1LLHA 3HASA 1Q5IA 1P8UA 4IAPA 1PY6A 3HANA 2B72A 1LGWA 173LA 1EPYA 1GU8A 2Q9DA 189LA 3SB8A 1L83A 4EIYA 254LA 3C7WA 4AMJA 2CUUA 2I1XA 5DYSA 104LA 128LA 3ZPRA 2B6XA 2M3GA 1D3JA 1L04A 1L95A 3CODA 3NS0A 244LA 1L31A 1L47A 3HARA 5C1MA 2Y00A 5EN0A 1G0MA 3C7YA 5AWZA 2ZZLA 1L29A 3LZMA 1L05A 4W52A 2I21A 242LA 5ITCA 1OVJA 1F50A 2RAZX 4X1HA 1XJTA 3GUKA 1ZURA 1L79A 4I7MA 4FPDA 4BUOA 1CU2A 1L86A 3HAPA 2B6TA 2OE7X 1PQDA 4G7RB 1C6TA 1KW7A 1Q5JA 2OE9X 1C66A 3DN2A 4FAAB 1BRXA 1L91A 1C69A 4MQTA 2QB0B 4KNFA 2RBRA 3FADA 1HZXA 1SSYA 2OTZX 1LN6A 1QUOA 4JQ6A 3PBLA 3QJRB 239LA 188LA 2B6YA 1FBKA 2R4RA 1LYHA 1L32A 2O7AA 3QJUB 2RB2X 1TLAA 5DHHA 2F32A 1C65A 1L82A 1MGYA 1C8SA 1M0MA 4L35A 5B6VA 1WTHA 238LA 3GUPA 3SB7A 1L74A 126LA 1C6MA 221LA 195LA 1P56A 1UCQA 5H2IA 1L40A 2Q9EA 4ZPUA 1VGOA 1L52A 4BVNA 4FA7B 3CAPA 3X3CA 3DN0A 3QJTB 4GP5B 4W55A 3NY8A 1P8IA 3PWHA 1L34A 1QT3A 4WW3A 4A4MA 3QAPA 1JFPA 1L64A 1L11A 4Y9HA 5G2AA 1QS5A 1L56A 4G70B 1QT5A 5AHYA 4ARPA 3HH4A 1SSWA 2KSBA 1C6FA 4JKVA 1L84A 114LA 3T45A 4GP8B 1CV6A 186LA 1DYBA 1C6EA 1LI2A 2QARC 1C6KA 3C83A 1L53A 1L16A 1C64A 4LZMA 218LA 1IW9A 2B6WA 2YCZA 4FBZA 4X32A 3DN4A 1C60A 1LPYA 1CU3A 5AZDA 3L2XA 4MD2A 4XT1A 3VI0A 184LA 1X0SA 1L21A 2LNLA 1CV5A 3HUKA 1C6LA 4G72B 2J4YA 1XIOA 2B74A 4MD1A 1T6HA 2I35A 3HWLA 112LA 4W54A 1PXRA 3RFMA 4BEZA 3GUOA 4PJZA 1S54A 1UAZA 1LYJA 4HYJA 4KLYA 1C62A 1QSBA 1CU5A 2B7XA 1CU6A 3EH3B 5H2JA 3SB9A 1L23A 3ABWA 1L13A 225LA 3K2RA 1FBBA 2B6ZA 1D9WA 6LZMA 177LA 1L22A 2KSYA 1L80A 2F95A 2OU0X 5I14A 4GYCA 1L68A 1R2NA 247LA 3C80A 4WAVA 1XJUA 158LA 4AMIA 3EH5B 5G2DA 3QJSB 3OE9A 131LA 1BRDA 113LA 1KNIA 1LI3A 4IAQA 251LA 169LA 1S8LA 1QTDA 1C63A 3V2WA 5J7AA 3S8GB 1L39A 1OYUA 1PQKA 5BR5A 2ANVA 3VG9A 1QTZA 1C6BA 1D3MA 1JTMA 1DYFA 5TGZA 1P46A 1G0GA 2Z55A 172LA 4QI1A 3DN3A 4EKRA 4W51A 2HUKA 1S51A 252LA 3NY9A 1P6YA 3L64A 1CWQA 1L00A 164LA 3HUQA 5A44A 1C6NA 1QT4A 4W53A 1O0AA 3C9LA 224LA 4XTOA 3UTYA 3PQRA 2B75A 156LA 1SX7A 3S3CB 1G06A 143LA 1E12A 206LA 2Y02A 5A8EA 1L01A 2BRDA 3UZAA 5B35A 1CV3A 220LA 1L65A 4N4YB 233LA 3X3BA 3KJ6A 102LA 3HT9A 125LA 191LA 181LA 1LYEA 4G7SB 2Z73A 1L09A 1C6CA 1DYAA 1S8JA 3UTXA 2L78A 1L54A 1BM1A 217LA 140LA 3DN6A 1D3NA 3DN8A 5H2KA 1SWYA 1L93A 2RH1A 1L71A 257LA 1QTVA 4N4WA 5B6ZA 1G0PA 201LA 1M0LA 1CU0A 1L14A 1P37A 1KGBA 5F8UA 1QT8A 5B6WA 1C68A 1L24A 1KW5A 4G7QB 1L15A 199LA 4EA3A 1NHBA 3QBIA 3DDLA 1L48A 3HU8A 1AP9A 2LC9A 1QKOA 1I6SA 1L44A 129LA 1T97A 1L07A 1L03A 1OVKA 3AYMA 1EHKB 3C8SA 1L62A 3SB6A 4PXKA 3VHZA 2RB1X 4EKSA 3DMZA 2B70A 196LA 1G0LA 1L89A 3HTGA 1L51A 1QTHA 5H2PA 157LA 5FJGA 2YDVA 4I7RA 1L35A 4ARQA 3F8VA 2OTYX 137LA 185LA 3F9LA 5LWEA 5H2OA 1CV4A 2EI4A 261LA 1K28A 219LA 4UHRA 2ZFEA 107LA 1H2SA 4HYXA 139LA 1L49A 1L81A 166LA 1U19A 1PQMA 1L50A 141LA 4W58A 5JJEA 2F47A 3HAQA 1L20A 2L6XA 5G28A 4I7PA 1B6IA 1CUPA 1L18A 2IGCA 3HDEA 4I7LA 1L38A 2AT9A 1L19A 1IW6A 3HT8A 1L42A 3CDRA 3EMLA 216LA 3V2YA 5H2HA 109LA 1L67A 167LA 223LA 3HTDA 5KKHA 3HU9A 4XT3A 3OE0A 237LA 4PXFA 3CDOA 151LA 2R4SA 1L28A 3HTFA 4YXCA 5G54A 2KS9A 4QIDA 1LGXA 1P5CA 1D2WA 1P64A 4ARJA 1DYEA 229LA 3C7ZA 1DZEA 1CUQA 1QT6A 108LA 1F88A 1L55A 4I7QA 1L76A 3JR6A 5G2CA 2YDOA 1KG8A 1G07A 1LWGA 198LA 168LA 1L92A 1C6IA 150LA 192LA 1DYCA 1XEPA 142LA 3HT7A 3OE8A 180LA 1CX7A 1ZYTA 3C8QA 3UZCA 3AM6A 1TN0A 1QM8A 255LA 3HUAA 210LA 4N6HA 3DNAA 5H2MA 5B2NA 3UTWA 5JJJA 1GUEA 3SB5A 2O79A 161LA 4W59A 1L26A 1JTNA 1L12A 2NTGA 160LA 4L6RA 1LYGA 1SWZA 2KSAA 4ARMA 4GP4B 1C67A 3UG9A 3GUNA 5ETZA 3HT6A 4ARQB 1H68A 2JAGA 235LA 3PDSA 1X0K1 5AHZA 1L0JA 4I7KA 2QPDB 130LA 4EPIA 2G87A 1C8RA 2YCXA 1OV5A 214LA 4LDOA 1OVHA 2HUMA 3CDVA 152LA 155LA 148LE 246LA 1S52A 1OWYA 1L46A 2WJLA 170LA 1G0QA 4I7JA 3BVDB 1F4ZA 4LDLA 3ZPQA 1C6DA 2RAYX 3S8FB 3OAXA 1L88A 1KY0A 3GUMA 2ZIYA 4DAJA 222LA 1BRRA 1G0KA 1L25A 1X0I1 1L85A 1L87A 226LA 212LA 1XMEB 2Y01A 4UG2A 213LA 162LA 2RBQA 3A7KA 5BR2A 115LA 3HDFA 1R84A 111LA 120LA 2Y04A 190LA 187LA 1LGUA 149LA 182LA 1PQJA 1D3FA 3DKEX 3G3WA 3G3XA 3MBVA 3C81A 3RUNA 4IB4A 1LI6A 5DHGA 4IARA 144LA 232LA 4MQSA 1L08A 4OO9A 4TL3A 4X31A 5AX0A 1L66A 7LZMA 174LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZWBA 1CKGA 3COCA 3S3BB 1PXSA 1L99A 4DQ5A 3CDQA 3OE6A 1L97A 4OWAA 1GBZA 1G7LC 2O4WA 1ZWNA 138LA 3ODUA 4EXMA 5IHGA 4WM1A 5AX1A 1XGQC 1F10A 5FSTA 4YXAC 4GBRA 1C6QA 1JQUA 5KXKA 1OWZA 1L33A 4PK0A 176LA 5LVIA 4WL6A 1P2LA 2VT4A 4QRYA 1IY4A 211LA 2RBSA 4DD0A 2DKVA 3D3DA 1FLUA 3QBKA 1LYIA 147LA 3K3TA 1HFZA 4ETCA 3P68A 3CSQA 4CFPA 1JITA 1VATA 4XJGA 1MLCE 3A67Y 178LA 245LA 2EQLA 1LZCA 1L57A 4LDEA 1IC7Y 1LJIA 2F93A 2LHMA 2Y8PA 5F9XA 2XJWA 3WULA 5M1YA 1DYDA 5B34A 1PQIA 2NTUA 249LA 4D9ZA 1IR7A 1B7MA 260LA 1QUTA 2LYMA 1CKDA 2F4AA 4II8A 2LZMA 5ILCA 1LZ8A 2Z38A 1GF7A 4H92A 4I7NA 1LSNA 3B6LA 4AQNA 250LA 4DWXA 1L94A 200LA 2XTHA 5DL9A 1IOSA 1IORA 2C8PA 4S0WA 5LYZA 1QKPA 1G1WA 1AM7A 1JTPL 1L37A 2HULA 1LSBA 3EH4B 1KIRC 4OV0A 1L45A 1G0JA 4NSHA 2YBMA 1VJMA 1C61A 4LYTA 4WOAA 1OV7A 4W57A 4WLYA 3C8RA 3T6UA 4DDBA 4B4EA 5H2LA 2W1LA 110LA 3GXRA 1KS3A 3W6AA 2MEFA 1CKHA 2B72A 189LA 1IP1A 1BHZA 4EIYA 4GCFA 4UWUA 4AMJA 2CUUA 3ZPRA 2M3GA 1L04A 1L95A 3CODA 1L31A 3EO5A 5LAGA 2XQOA 3QY4A 1JISA 3N9EA 4TSCA 4DDCA 1ZVYB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L76 A;  3JR6 A;  5G2C A;  2YDO A;  1KG8 A;  1G07 A;  1LWG A;  198L A;  168L A;  1L92 A;  1C6I A;  150L A;  192L A;  1DYC A;  1XEP A;  142L A;  3HT7 A;  3OE8 A;  180L A;  1CX7 A;  1ZYT A;  3C8Q A;  3UZC A;  3AM6 A;  1TN0 A;  1QM8 A;  255L A;  3HUA A;  210L A;  4N6H A;  3DNA A;  5H2M A;  5B2N A;  3UTW A;  5JJJ A;  1GUE A;  3SB5 A;  2O79 A;  161L A;  4W59 A;  1L26 A;  1JTN A;  1L12 A;  2NTG A;  160L A;  4L6R A;  1LYG A;  1SWZ A;  2KSA A;  4ARM A;  4GP4 B;  1C67 A;  3UG9 A;  3GUN A;  5ETZ A;  3HT6 A;  4ARQ B;  1H68 A;  2JAG A;  235L A;  3PDS A;  1X0K 1;  5AHZ A;  1L0J A;  4I7K A;  2QPD B;  130L A;  4EPI A;  2G87 A;  1C8R A;  2YCX A;  1OV5 A;  214L A;  4LDO A;  1OVH A;  2HUM A;  3CDV A;  152L A;  155L A;  148L E;  246L A;  1S52 A;  1OWY A;  1L46 A;  2WJL A;  170L A;  1G0Q A;  4I7J A;  3BVD B;  1F4Z A;  4LDL A;  3ZPQ A;  1C6D A;  2RAY X;  3S8F B;  3OAX A;  1L88 A;  1KY0 A;  3GUM A;  2ZIY A;  4DAJ A;  222L A;  1BRR A;  1G0K A;  1L25 A;  1X0I 1;  1L85 A;  1L87 A;  226L A;  212L A;  1XME B;  2Y01 A;  4UG2 A;  213L A;  162L A;  2RBQ A;  3A7K A;  5BR2 A;  115L A;  3HDF A;  1R84 A;  111L A;  120L A;  2Y04 A;  190L A;  187L A;  1LGU A;  149L A;  182L A;  1PQJ A;  1D3F A;  3DKE X;  3G3W A;  3G3X A;  3MBV A;  3C81 A;  3RUN A;  4IB4 A;  1LI6 A;  5DHG A;  4IAR A;  144L A;  232L A;  4MQS A;  1L08 A;  4OO9 A;  4TL3 A;  4X31 A;  5AX0 A;  1L66 A;  7LZM A;  174L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1JTP L;  1L37 A;  2HUL A;  1LSB A;  3EH4 B;  1KIR C;  4OV0 A;  1L45 A;  1G0J A;  4NSH A;  2YBM A;  1VJM A;  1C61 A;  4LYT A;  4WOA A;  1OV7 A;  4W57 A;  4WLY A;  3C8R A;  3T6U A;  4DDB A;  4B4E A;  5H2L A;  2W1L A;  110L A;  3GXR A;  1KS3 A;  3W6A A;  2MEF A;  1CKH A;  2B72 A;  189L A;  1IP1 A;  1BHZ A;  4EIY A;  4GCF A;  4UWU A;  4AMJ A;  2CUU A;  3ZPR A;  2M3G A;  1L04 A;  1L95 A;  3COD A;  1L31 A;  3EO5 A;  5LAG A;  2XQO A;  3QY4 A;  1JIS A;  3N9E A;  4TSC A;  4DDC A;  1ZVY B;  1HFX A;  6LYT A;  1XJT A;  3GUK A;  208L A;  1L79 A;  4I7M A;  4BUO A;  1CU2 A;  1PQD A;  1IOQ A;  1GD6 A;  1HSW A;  1Q5J A;  3DN2 A;  1BRX A;  1C46 A;  2LYO A;  3FAD A;  1HZX A;  1SSY A;  1LN6 A;  1LYH A;  3AZ7 A;  5DHH A;  1OUB A;  1IWV A;  1LHK A;  3J6K A;  1C65 A;  3SB7 A;  1L74 A;  3CB7 A;  1WQQ A;  1P56 A;  5H2I A;  4ZPU A;  1EQ4 A;  3CAP A;  3DN0 A;  2DBT A;  1BB7 A;  3NY8 A;  1QT3 A;  1LMQ A;  1GE4 A;  4NG1 A;  1JFP A;  1NMM A;  3A6B Y;  3TXK A;  1QS5 A;  1SSW A;  1C6F A;  1UIA A;  4B1A A;  1TBY A;  3T45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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