4DKWA

Structure of p22 large terminase nuclease domain
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
194
structure length
194
Chain Sequence
b'TMGSGRIFQIPEETIKCQPFECPDHFYVIDAQDFGWNHPQAHIQLWWDKDADVFYLARVWKKSENTAVQAWGAVKSWANKIPVAWPHDGHQHEKGGGEQLKTQYADAGFSMLPDHATFPDGGNSVESGISELRDLMLEGRFKVFNTCEPFFEEFRLYHRDENGKIVKTNDDVLDATRYGYMMRRFARMMRDIRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of p22 headful packaging nuclease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Large terminase protein
source organism Enterobacteria phage p22
molecule tags Hydrolase
total genus 58
structure length 194
sequence length 194
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17289 Terminase_6C Terminase RNaseH-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.280 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dkwA00
2WC9A 2WBNA 4DKWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXKA 4CZEA 2GWKA 3VQ8A 3K9KA 3KD5E 4CHYA 1KCFA 3O4NA 3D45A 3PV8A 1GLBG 1JCFA 3SBGA 3OYAA 4A62A 4CFBA 4BRPA 4E7IA 1S9GA 1RBRA 1S22A 4OPHA 3VEXA 4PKHA 2QW9A 3TAEA 3K5LA 2GTDA 2BH1A 4NCAA 3C95A 2NRZA 3SV4A 2P1JA 4HCBA 3HO1A 5HRSA 4LSLA 3R8EA 1C0GA 4BC3A 3DLHA 2FSNA 1T05A 4FZYA 2VG5A 1VSDA 5FRNA 3SUQA 4M3TA 3VTIA 1J5OA 5EX5A 3A5OC 3L3UA 5HOOA 3P4IA 2ZJPL 4JKGA 4X66K 4DU1A 3CFOA 3D2FA 3VERA 2AP1A 4UY8O 5GAEP 2DFFA 3ENBA 3AO3A 5LL6Z 2JLEA 5SWMA 1JKHA 3AA4A 4LH5A 3WQTA 3T7ZA 2LSNA 2GX9A 1NMDA 2O8FB 1RDWX 3OS0A 4N76A 4W5TA 4W5RA 1KQSM 3EEQA 1XUPO 1RBSA 1VAZA 2HBKA 1KXPA 4WQ5C 3P39A 3SCXA 3PIPL 1ZBLA 3I8BA 4QCLA 3VQ4A 5F0XA 4O8UA 5KQDA 3QB0A 5HLFA 1U2VB 2BDPA 3NGIA 2OCEA 1JJ2M 4HWIA 4EP5A 3AVNA 4B9UA 3JAMO 2XRIA 1P8ZA 1X9SA 3THXA 3SUPA 3BZCA 4KB1A 1ZXOA 3GE1A 5ADXA 4CGFA 1RBVA 3DMJA 3LWLA 2HHXA 5AQMA 3NVKA 3DLBA 1NLVA 4B9TA 4C8NA 5CY4A 5BRHA 3KTQA 4B9SA 4B1VA 2YNIA 3HP6A 2W6LA 3E01A 1RTIA 4XH4A 3OTOK 1TUUA 3PX0A 5HRPA 4W5OA 2HW3A 4H0TB 4JHDB 4JD2A 2HHWA 3K58A 2E2NA 4K25A 3LPUA 4M3XA 1RDUA 3H46O 4DV2K 4CFDA 2Z1JA 1KVBA 3CJBA 4FW1A 3S3OA 2FBXA 3A8YA 1XHZA 2QXFA 4BC4A 3ATVA 2CH6A 1YUWA 1S9EA 4LFAK 5C2DA 3O6WA 4B9MA 4FZZA 1A5XA 3NDKA 1L3SA 4OGEA 1K8KB 4K0KK 4BC2A 2P9IB 2HHHK 1LV5A 1VK0A 3EN9A 2O8DA 5DM6L 1IG9A 4PA1A 1NJXA 1T7PA 4E7JA 1RGIA 1VQ9N 2G8WA 4JI7K 3TR8A 4Z4FA 4LC9B 4U7BA 3M8RA 3HBTA 1N8RO 1XNQK 4H03B 4JKHA 4LF9K 5M1PA 1J53A 3GBTA 2ZJRL 4FWOA 1KAXA 4DFPA 2QWNA 3LDOA 3T1HK 3O9UA 5KPZA 4CHZA 3MXMA 4JRQA 4FLYA 1ZC6A 4DLGA 4G1QA 5M1QA 3I56N 4B1UB 1JLEA 4FJKA 1MWMA 3TSUA 3NH1A 2IOCA 1S1TA 5ADXH 1N33K 2F96A 5AQXA 3V81A 3ZX3A 3BF3A 4H5WA 4MDAA 4K8XA 3UKRB 4ID5A 1G15A 4CF2A 1QQNA 3AVGA 3U8XA 3CXCM 2A3ZA 4CZFA 3SK3A 4CIGA 5KI6A 3FZHA 1ASWA 3DRPA 3HL8A 3ZSQA 3IUCA 3VESA 4CK2A 3SQ0A 3SAHA 1REVA 4PL7A 2HBMA 4JI6K 1NKBA 3J81O 4J2EA 4BVOA 1IBMK 1JXEA 3HTVA 4CJTA 2HVIA 3CMAN 4AQYK 1JL1A 2DPNA 3SQ1A 4OKEA 2HNDA 2W40A 3MX2A 5AQIA 1E4FT 3UIQA 1ZBIA 3D2EA 3D6RA 3PX4A 3ULEA 3O4QA 1Q9XA 4XEIA 4FOEA 4ISFA 2G8UA 4GVEA 5JVGL 1SZ2A 2XY8A 3I0RA 1NOYA 2QEXN 1TVRA 3AVLA 1C1AA 3O4WA 5E41A 4W5QA 1TYQB 2GBZA 2I7PA 4CI6A 3C0BA 3M8PA 1RT5A 4WQ4A 4GKKK 1Z26A 2YV0X 4KTZA 2PAVA 1TAQA 5H1SQ 3RMDA 3ZSYA 3ZYYX 5J2QA 3T1YK 2P9KA 4B3MK 2P9UA 3QLHA 2IDOA 1IJJA 1CZAN 1QTMA 3OYMA 4AHTA 3UE5A 4FWSA 4DWIA 4JK7A 1Z05A 4DR3K 1QZ5A 4KRFA 2HOEA 2W41A 2P9SB 1KAYA 3THVA 3CQYA 1GLAG 4FM1A 1RT4A 3OYLA 1KRPA 3MMVA 1BU6O 3IFRA 1IBKK 2ASOA 3R1XA 3LAMA 4OKKA 3MX5A 4FW2A 4KHSA 1N6QA 2YHBA 1E3MA 1VQLN 5I9EB 1EWQA 2ASPA 3L2UA 3VA0A 3OBYA 5JS2A 1TGOA 5E84A 4CK1A 4DR5K 4IEEA 1X9WA 4CZMA 2E20A 4FJNA 4BQZA 4DFJA 3J7AP 1NGEA 3AVIA 1HPZA 3OYJA 4BRCA 4B1YB 5EXWA 3VEZA 2WONA 2PYLA 3VGKA 4Z0UA 1NJYA 2P9NA 4IG0A 3PIOL 4NCGA 4B3TK 1BQMA 4M7XA 4BR9A 2P5GA 3NGYA 3CFRA 3VN5A 3QFPA 4M41A 1W97L 1Q8IA 3ZLJA 3A0IX 3SPZA 3AV9A 2YHYA 2UU9K 4FLTA 4ID1A 2QKKA 3CJAA 3UKUB 3WNHA 5KTQA 3FZKA 1D9DA 5JICA 4MO5A 2YNGA 2CGKA 1W2BM 2KZZA 4OPKA 4OGCA 4DS5A 3RRGA 5GIOA 3L8BA 1N34K 4C8OA 1YTAA 3V9WA 2D1KA 4A57A 5FDLA 4BDZA 4R79A 1ASVA 1TL3A 4C1NI 1SS6A 4KO0A 4F4KA 1TV6A 3QERA 3RTVA 3O3HA 3ENHA 3RR7A 3LP0A 2XHBA 1UA1A 3NE6A 1IG8A 4CGDA 1NGFA 3DXMB 3DLGA 3L2WA 2E8AA 3NF7A 2HMIA 3C65A 3DOLA 3AVAA 3DOKA 1YI2N 5CYQA 3ZT1A 4DR7K 2QKBA 4CJ3A 4KPYA 4JRPA 3BF1A 3L4QA 3CFPA 1RDBA 5AZIB 1C0UA 4V19S 1EP4A 1D4XA 2E5LK 2P9LB 1T8EA 1YITN 4JKDA 1FJGK 3LDSA 2YKMA 4H5RA 4WE1A 4DV4K 4FWRA 1MA9B 1TAUA 3O9TA 4C8LA 3DRRA 3HK2A 1HJOA 3CCUN 4M42A 5EY4A 5CZ2A 2QWPA 3EZ5A 3HT3A 5BR9A 4N41A 4XIUA 3TARA 4FOIA 1SL2A 3VQEA 4CZLA 3FFKB 2ZGZA 4O8KA 2KKZA 2YI1A 5BN9A 3NGZA 1ATNA 4AM6A 4KH6A 4E1NA 3MK6A 2NZTA 4B1WB 3OYGA 4BVPA 3NMUA 4EIAA 1E4GT 5TKWA 4DQ8A 2R7YA 4KKOA 3TTCA 4DV7K 3QICA 4IO8A 3ZX2A 4FLWA 2RN2A 3ZCMA 4BRFA 2Z1HA 3D2FB 3TWHA 4FJXA 3L6QA 4HTLA 4PL8A 1N5YA 1TUYA 3SLCA 4DR6K 1XMOK 3ZEUA 4YOWA 3VENA 1X3NA 3VQPA 1LAWA 3L0QA 3HXMA 3PSIA 4KHNA 4CGGA 4OLBA 4KTWA 4OKJA 3CJCA 1HPMA 1XC9A 4DFKA 1C0TA 3ZT4A 2Z1IA 2HNZA 4JS5A 3HZ6A 3CETA 4JI3K 4FZXC 1YIJN 4FSVA 3O1BA 4CBUA 3VQQA 4N56A 1RT2A 4NYNA 3DLEA 1EETA 4CJ4A 4DTSA 3K9JA 5AQGA 1HRHA 4E1JA 2KQ2A 3VF6A 3L4IA 2CGLA 1SKRA 1Q7YO 4H0OA 3NVMA 3C94A 3F5TA 1L3UA 4JKAA 3KZBA 1C1BA 4FPBA 2ITMA 3VMFB 4CEQA 4DTNA 4JI2K 3WXMB 4OVLA 4PY5A 4E0DA 2ZF5O 1JLFA 2FBTA 4I2QA 1VQ4N 3Q7BA 1LW2A 3AVCA 2NUBA 3KK2A 3L2QA 1IH7A 3CD6N 1UWBA 2P51A 3T69A 1U04A 3TTFA 2ZWHA 1HMVA 4CZKA 4OO1J 1LOTB 1QS4A 3AAPA 4BRMA 4KHUA 1YXQA 3K0SA 3AO4A 4RCHA 1C0FA 3OY9A 3LPTA 2XY7A 3J8AA 2F8SA 1BI4A 4CZIA 3MEEA 1W0HA 3MCPA 4JS4A 2OTLN 5LJWA 2D5RA 2UUCK 4CBXA 4JI0K 1CZBA 3O8MA 3G25A 3QBXA 2O8EB 2FC0A 3V1OA 4WFBL 1DKGD 3TANA 5FLXO 4NYFA 4E1MA 2D4WA 1ZBHA 2UXBK 1BCMA 3KD1E 2VCPA 1IBLK 1Y64A 4BDPA 1HLUA 2RE2A 3LZIA 3WNFA 3AARA 4F3TA 3V1QA 4A61A 1RFQA 3HSCA 1OH8A 1TKDA 2GELA 4ILJA 1NJZA 3KHYA 3WEEB 3CPWM 4DSEA 3CJ9A 3ID8A 5HL7L 1NGIA 2HF4A 3K5MA 4CEZA 4CESA 4B1XB 2YHWA 3LM2A 4GVMA 3G0ZA 5JMVA 4CJSA 2VWKA 4IKFA 4OX9K 2F4VK 1BCOA 3BY5A 4CEFA 4LF6K 4YORA 3C6HA 1JCEA 1U47A 2HSTA 5M1KA 5I42A 4YY3K 3AVKA 3WT0A 2UYTA 3BDPA 1S1VA 2Y1JA 1VSKA 5EU7A 1S1WA 4FJMA 1UA0A 4CEDA 2VG6A 4NLCA 4J2BA 5LMNK 2NRHA 3I33A 5KRSA 5LMUK 4BR7A 4DQSA 1Q18A 4DV3K 1GLLO 3CPEA 4IDHA 1VQNN 2KFZA 3PO4A 3HI0A 1HJRA 4IJNA 3M8SA 4BRDA 3QESA 3S9HA 3DLRA 2V7ZA 5AQQA 4B9QA 1EWRA 3CERA 5AQHA 5KRTA 3MXIA 5C0YA 5KQ8A 1RTDA 3VQBA 5C24A 1WLJA 1IKVA 3IAYA 3B6PA 3CCVN 3D2EB 3ALYA 1ZYQA 3ULEB 3MXJA 4Q5VA 1WSEA 3CIPA 1WAFA 5EOYA 2FBYA 4BRLA 3RR8A 1RTJA 3H1VX 4H0VB 1FXXA 4IOCL 1LW0A 4LD0A 3EY1A 4O5BA 2G8FA 2F7TA 3SYZA 3CG7A 4NO7A 2IVPA 3ZT0A 2Z1GA 3QO9A 1DLOA 4AHVA 3P5JA 2F8TA 3EE9A 3VQCA 4LFBK 2VQEK 1JLGA 4FK0A 2G8IA 1VQ6N 4BR4A 3QNNA 3M5RA 2O8BB 3QIPA 2BTFA 5CE3A 3O9SA 3I0SA 3ZT2A 4JKBA 2E2QA 1D8YA 1ZBSA 1SV5A 2IVNA 3C7NA 3OYEA 1TKZA 3U9ZA 1VQON 4DSJA 4A2AA 3H3NO 2GUPA 2NRRA 1GOAA 1VQ5N 3RWUA 4KB0A 2B5JA 3OVNA 1NK7A 4JK9A 4JI1K 3OHRA 2X6NA 3N4PA 3ZETA 4YOXA 2XY6A 2HVHA 5CYMA 1G99A 4FJ9A 1NK0A 1U4BA 1WN7A 1NGHA 4DQRA 2FF6A 3ZSZA 2HHTA 3OW2M 3RRHA 4CK3A 3E66A 3CF5L 3HM8A 1NGCA 2V7YA 5GAGP 4R5PA 4M3ZA 3SMSA 4M63C 3MN9A 5A2QO 1OVQA 3BUZB 5MLCQ 1QVFM 2V52B 3A5MC 5AZJB 1TK0A 3VQ5A 4C8MA 4B8AB 3GG4A 3HJFA 1JXBA 1EO1A 2IS3A 4BWMA 2D0OA 3ULDA 1VSEA 1NGJA 2QWRA 3D7EO 5BREA 4F8RA 4Y1CA 2E2OA 3GDQA 4PQUA 5AQKA 3LDQA 2FSJA 4DMNA 3BZKA 2O8FA 4DHYA 5F1XA 5HRRA 3SBTA 4Z4EA 2IAJA 3ZT3A 1NK8A 1DT9A 3C6TA 4A5BA 2PY5A 1NK4A 4PKIA 3IG1A 2ZM6K 3TABA 4FLZA 4OPJA 1KFSA 4FK2A 3AO2A 3NBPA 4J2AA 1I94K 1IKXA 1MDUB 1Q9YA 1U2VA 2WBNA 5DM7L 4Z94A 3SPYA 4DTOA 1NK5A 4H5VA 4BE2A 2E1ZA 3L3VA 5FPMA 1T44A 2FSKA 1J5EK 3FLCO 1WNSA 3E1YA 3HYFA 3OYHA 1A5WA 3TTDA 2F9WA 2WUSA 5GINA 3CCLN 1VQ7N 3WNEA 1NOZA 3VGMA 3EZWA 3SAGA 5IT9O 1J6ZA 1O13A 2OA8A 3S41A 4Y1DA 1M1KO 3F9MA 1XQSC 2VQFK 4DF8A 4CIFA 3EE8A 2YJEA 4DFMA 2G8VA 2CGJA 4KI6A 1DTQA 3VF4A 3K2PA 2OZMA 5FPNA 5AR0A 3D0PA 4KH5A 4KBOA 3WQUA 3U3YA 3AVJA 4IFEA 4FJ7A 1RCHA 3SMPA 3AA2A 4YDUC 3I8DA 3NFAA 1W9HA 4CF9A 4JN4A 1NU0A 1X3MA 4KV8A 4CECA 4U67L 4M3RA 3OYNA 2QI2A 3TU5A 2A5XA 1K8KA 2B6AA 4KHQA 2HBLA 1TK5A 4DR4K 2P9IA 1DGKN 3E9PA 3F73A 3H08A 1NBWA 1KFDA 3KK1A 4LSNA 2O4GA 3SAFA 4KAZA 4CGIA 1GLEG 4OPAA 4DUZK 4DCHA 3W3DA 3S3MA 2HHQA 4A59A 1N32K 2DY4A 5FRMA 2NRVA 1J54A 4KREA 5C12A 2GV9A 5J1EA 4FXDA 4CIEA 4DG1A 3O9RA 4IJAA 5JS1A 4JNEA 4B9VA 2Q3SA 1HNZK 1D9FA 3CQXA 4I6MB 3V9ZA 3KK7A 4B3OA 4RWTA 4C23A 4EP4A 3MAQA 1R0AA 4YHHK 1WSHA 2DFEA 3HSTB 4BRQA 1BUPA 5T7BA 3KK3A 3CCRN 1VQKN 3FZMA 4MLHA 1OH7A 3IRXA 3O3GA 3MN5A 5D3GA 1XWLA 3UKRA 1NGAA 2YKNA 3HPHA 4GNIA 2E88A 4H4MA 1JLCA 4CEOA 2UUAK 5AQSA 2PFUA 3OS2A 1BA1A 2KLAA 2OYQA 2OPSA 4FJLA 4CERA 4E19A 3KWGA 3DM2A 3THWA 3TPQA 4FL9A 1XI1A 4CJPA 1R59O 3TAGA 1VQ8N 4RW7A 3PLAA 4PHTX 3OYCA 4FWPA 1UAXA 1MU2A 3MN6A 3VF2A 3RSEB 2ZD1A 4ILHA 1UOCA 2RKIA 4O44A 1P90A 5BPLA 5AQFA 5M1OA 1ILYA 3VEVA 1OH6A 4FLVA 1BDGA 4RG8A 4IOAL 4BR5A 4BRNA 1IO2A 4BREA 2VWJA 1BIZA 1S6QA 1VSIA 1QHTA 3B8AX 1RILA 2DFHA 2P9PB 3Q7CA 4AF1A 1T6CA 2Q2RA 2Q31A 1QQOA 3DXKB 2O4IA 1NJWA 1X9MA 2FBVA 4JEPA 2OPQA 4GW6A 1I39A 3AA3A 4GY2B 3JSMA 4CZHA 1HUXA 4CE9A 1TYQA 4IDKA 5J2PA 1HNVA 1QQCA 2NNWA 1WSGA 2D0AA 4BR0A 3KLFA 4L3QA 2I7NA 4NXMK 4FWNA 4PWDA 1HNXK 5J2NA 3DYAA 2ATQA 2E6MA 1KSPA 2YHAA 3DLLL 4ILGB 3J7YP 3U4LA 1O1WA 3DRSA 3AVBA 3EKUA 3WXIA 4KHPK 4K42A 1RBTA 2HHSA 3KIOA 2E4LA 3MN7A 2P9SA 1NNEA 4DSKA 1X9JA 4FJ5A 3CYMA 4KFBA 3V9XA 2GWJA 3ATUA 3M6GA 4DSIA 3BP8A 2ZGYA 3WXLA 3QEXA 4DLEA 4JKGB 4QAGA 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 2WC9 A;  2WBN A;  4DKW A; 
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 3DXK A;  4CZE A;  2GWK A;  3VQ8 A;  3K9K A;  3KD5 E;  4CHY A;  1KCF A;  3O4N A;  3D45 A;  3PV8 A;  1GLB G;  1JCF A;  3SBG A;  3OYA A;  4A62 A;  4CFB A;  4BRP A;  4E7I A;  1S9G A;  1RBR A;  1S22 A;  4OPH A;  3VEX A;  4PKH A;  2QW9 A;  3TAE A;  3K5L A;  2GTD A;  2BH1 A;  4NCA A;  3C95 A;  2NRZ A;  3SV4 A;  2P1J A;  4HCB A;  3HO1 A;  5HRS A;  4LSL A;  3R8E A;  1C0G A;  4BC3 A;  3DLH A;  2FSN A;  1T05 A;  4FZY A;  2VG5 A;  1VSD A;  5FRN A;  3SUQ A;  4M3T A;  3VTI A;  1J5O A;  5EX5 A;  3A5O C;  3L3U A;  5HOO A;  3P4I A;  2ZJP L;  4JKG A;  4X66 K;  4DU1 A;  3CFO A;  3D2F A;  3VER A;  2AP1 A;  4UY8 O;  5GAE P;  2DFF A;  3ENB A;  3AO3 A;  5LL6 Z;  2JLE A;  5SWM A;  1JKH A;  3AA4 A;  4LH5 A;  3WQT A;  3T7Z A;  2LSN A;  2GX9 A;  1NMD A;  2O8F B;  1RDW X;  3OS0 A;  4N76 A;  4W5T A;  4W5R A;  1KQS M;  3EEQ A;  1XUP O;  1RBS A;  1VAZ A;  2HBK A;  1KXP A;  4WQ5 C;  3P39 A;  3SCX A;  3PIP L;  1ZBL A;  3I8B A;  4QCL A;  3VQ4 A;  5F0X A;  4O8U A;  5KQD A;  3QB0 A;  5HLF A;  1U2V B;  2BDP A;  3NGI A;  2OCE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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