The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
194
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structure length |
194
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Chain Sequence |
b'TMGSGRIFQIPEETIKCQPFECPDHFYVIDAQDFGWNHPQAHIQLWWDKDADVFYLARVWKKSENTAVQAWGAVKSWANKIPVAWPHDGHQHEKGGGEQLKTQYADAGFSMLPDHATFPDGGNSVESGISELRDLMLEGRFKVFNTCEPFFEEFRLYHRDENGKIVKTNDDVLDATRYGYMMRRFARMMRDIRK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of p22 headful packaging nuclease.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Large terminase protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage p22
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
58
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| structure length |
194
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| sequence length |
194
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17289 | Terminase_6C | Terminase RNaseH-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WC9 A; 2WBN A; 4DKW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DXK A; 4CZE A; 2GWK A; 3VQ8 A; 3K9K A; 3KD5 E; 4CHY A; 1KCF A; 3O4N A; 3D45 A; 3PV8 A; 1GLB G; 1JCF A; 3SBG A; 3OYA A; 4A62 A; 4CFB A; 4BRP A; 4E7I A; 1S9G A; 1RBR A; 1S22 A; 4OPH A; 3VEX A; 4PKH A; 2QW9 A; 3TAE A; 3K5L A; 2GTD A; 2BH1 A; 4NCA A; 3C95 A; 2NRZ A; 3SV4 A; 2P1J A; 4HCB A; 3HO1 A; 5HRS A; 4LSL A; 3R8E A; 1C0G A; 4BC3 A; 3DLH A; 2FSN A; 1T05 A; 4FZY A; 2VG5 A; 1VSD A; 5FRN A; 3SUQ A; 4M3T A; 3VTI A; 1J5O A; 5EX5 A; 3A5O C; 3L3U A; 5HOO A; 3P4I A; 2ZJP L; 4JKG A; 4X66 K; 4DU1 A; 3CFO A; 3D2F A; 3VER A; 2AP1 A; 4UY8 O; 5GAE P; 2DFF A; 3ENB A; 3AO3 A; 5LL6 Z; 2JLE A; 5SWM A; 1JKH A; 3AA4 A; 4LH5 A; 3WQT A; 3T7Z A; 2LSN A; 2GX9 A; 1NMD A; 2O8F B; 1RDW X; 3OS0 A; 4N76 A; 4W5T A; 4W5R A; 1KQS M; 3EEQ A; 1XUP O; 1RBS A; 1VAZ A; 2HBK A; 1KXP A; 4WQ5 C; 3P39 A; 3SCX A; 3PIP L; 1ZBL A; 3I8B A; 4QCL A; 3VQ4 A; 5F0X A; 4O8U A; 5KQD A; 3QB0 A; 5HLF A; 1U2V B; 2BDP A; 3NGI A; 2OCE A; 1JJ2 M; 4HWI A; 4EP5 A; 3AVN A; 4B9U A; 3JAM O; 2XRI A; 1P8Z A; 1X9S A; 3THX A; 3SUP A; 3BZC A; 4KB1 A; 1ZXO A; 3GE1 A; 5ADX A; 4CGF A; 1RBV A; 3DMJ A; 3LWL A; 2HHX A; 5AQM A; 3NVK A; 3DLB A; 1NLV A; 4B9T A; 4C8N A; 5CY4 A; 5BRH A; 3KTQ A; 4B9S A; 4B1V A; 2YNI A; 3HP6 A; 2W6L A; 3E01 A; 1RTI A; 4XH4 A; 3OTO K; 1TUU A; 3PX0 A; 5HRP A; 4W5O A; 2HW3 A; 4H0T B; 4JHD B; 4JD2 A; 2HHW A; 3K58 A; 2E2N A; 4K25 A; 3LPU A; 4M3X A; 1RDU A; 3H46 O; 4DV2 K; 4CFD A; 2Z1J A; 1KVB A; 3CJB A; 4FW1 A; 3S3O A; 2FBX A; 3A8Y A; 1XHZ A; 2QXF A; 4BC4 A; 3ATV A; 2CH6 A; 1YUW A; 1S9E A; 4LFA K; 5C2D A; 3O6W A; 4B9M A; 4FZZ A; 1A5X A; 3NDK A; 1L3S A; 4OGE A; 1K8K B; 4K0K K; 4BC2 A; 2P9I B; 2HHH K; 1LV5 A; 1VK0 A; 3EN9 A; 2O8D A; 5DM6 L; 1IG9 A; 4PA1 A; 1NJX A; 1T7P A; 4E7J A; 1RGI A; 1VQ9 N; 2G8W A; 4JI7 K; 3TR8 A; 4Z4F A; 4LC9 B; 4U7B A; 3M8R A; 3HBT A; 1N8R O; 1XNQ K; 4H03 B; 4JKH A; 4LF9 K; 5M1P A; 1J53 A; 3GBT A; 2ZJR L; 4FWO A; 1KAX A; 4DFP A; 2QWN A; 3LDO A; 3T1H K; 3O9U A; 5KPZ A; 4CHZ A; 3MXM A; 4JRQ A; 4FLY A; 1ZC6 A; 4DLG A; 4G1Q A; 5M1Q A; 3I56 N; 4B1U B; 1JLE A; 4FJK A; 1MWM A; 3TSU A; 3NH1 A; 2IOC A; 1S1T A; 5ADX H; 1N33 K; 2F96 A; 5AQX A; 3V81 A; 3ZX3 A; 3BF3 A; 4H5W A; 4MDA A; 4K8X A; 3UKR B; 4ID5 A; 1G15 A; 4CF2 A; 1QQN A; 3AVG A; 3U8X A; 3CXC M; 2A3Z A; 4CZF A; 3SK3 A; 4CIG A; 5KI6 A; 3FZH A; 1ASW A; 3DRP A; 3HL8 A; 3ZSQ A; 3IUC A; 3VES A; 4CK2 A; 3SQ0 A; 3SAH A; 1REV A; 4PL7 A; 2HBM A; 4JI6 K; 1NKB A; 3J81 O; 4J2E A; 4BVO A; 1IBM K; 1JXE A; 3HTV A; 4CJT A; 2HVI A; 3CMA N; 4AQY K; 1JL1 A; 2DPN A; 3SQ1 A; 4OKE A; 2HND A; 2W40 A; 3MX2 A; 5AQI A; 1E4F T; 3UIQ A; 1ZBI A; 3D2E A; 3D6R A; 3PX4 A; 3ULE A; 3O4Q A; 1Q9X A; 4XEI A; 4FOE A; 4ISF A; 2G8U A; 4GVE A; 5JVG L; 1SZ2 A; 2XY8 A; 3I0R A; 1NOY A; 2QEX N; 1TVR A; 3AVL A; 1C1A A; 3O4W A; 5E41 A; 4W5Q A; 1TYQ B; 2GBZ A; 2I7P A; 4CI6 A; 3C0B A; 3M8P A; 1RT5 A; 4WQ4 A; 4GKK K; 1Z26 A; 2YV0 X; 4KTZ A; 2PAV A; 1TAQ A; 5H1S Q; 3RMD A; 3ZSY A; 3ZYY X; 5J2Q A; 3T1Y K; 2P9K A; 4B3M K; 2P9U A; 3QLH A; 2IDO A; 1IJJ A; 1CZA N; 1QTM A; 3OYM A; 4AHT A; 3UE5 A; 4FWS A; 4DWI A; 4JK7 A; 1Z05 A; 4DR3 K; 1QZ5 A; 4KRF A; 2HOE A; 2W41 A; 2P9S B; 1KAY A; 3THV A; 3CQY A; 1GLA G; 4FM1 A; 1RT4 A; 3OYL A; 1KRP A; 3MMV A; 1BU6 O; 3IFR A; 1IBK K; 2ASO A; 3R1X A; 3LAM A; 4OKK A; 3MX5 A; 4FW2 A; 4KHS A; 1N6Q A; 2YHB A; 1E3M A; 1VQL N; 5I9E B; 1EWQ A; 2ASP A; 3L2U A; 3VA0 A; 3OBY A; 5JS2 A; 1TGO A; 5E84 A; 4CK1 A; 4DR5 K; 4IEE A; 1X9W A; 4CZM A; 2E20 A; 4FJN A; 4BQZ A; 4DFJ A; 3J7A P; 1NGE A; 3AVI A; 1HPZ A; 3OYJ A; 4BRC A; 4B1Y B; 5EXW A; 3VEZ A; 2WON A; 2PYL A; 3VGK A; 4Z0U A; 1NJY A; 2P9N A; 4IG0 A; 3PIO L; 4NCG A; 4B3T K; 1BQM A; 4M7X A; 4BR9 A; 2P5G A; 3NGY A; 3CFR A; 3VN5 A; 3QFP A; 4M41 A; 1W97 L; 1Q8I A; 3ZLJ A; 3A0I X; 3SPZ A; 3AV9 A; 2YHY A; 2UU9 K; 4FLT A; 4ID1 A; 2QKK A; 3CJA A; 3UKU B; 3WNH A; 5KTQ A; 3FZK A; 1D9D A; 5JIC A; 4MO5 A; 2YNG A; 2CGK A; 1W2B M; 2KZZ A; 4OPK A; 4OGC A; 4DS5 A; 3RRG A; 5GIO A; 3L8B A; 1N34 K; 4C8O A; 1YTA A; 3V9W A; 2D1K A; 4A57 A; 5FDL A; 4BDZ A; 4R79 A; 1ASV A; 1TL3 A; 4C1N I; 1SS6 A; 4KO0 A; 4F4K A; 1TV6 A; 3QER A; 3RTV A; 3O3H A; 3ENH A; 3RR7 A; 3LP0 A; 2XHB A; 1UA1 A; 3NE6 A; 1IG8 A; 4CGD A; 1NGF A; 3DXM B; 3DLG A; 3L2W A; 2E8A A; 3NF7 A; 2HMI A; 3C65 A; 3DOL A; 3AVA A; 3DOK A; 1YI2 N; 5CYQ A; 3ZT1 A; 4DR7 K; 2QKB A; 4CJ3 A; 4KPY A; 4JRP A; 3BF1 A; 3L4Q A; 3CFP A; 1RDB A; 5AZI B; 1C0U A; 4V19 S; 1EP4 A; 1D4X A; 2E5L K; 2P9L B; 1T8E A; 1YIT N; 4JKD A; 1FJG K; 3LDS A; 2YKM A; 4H5R A; 4WE1 A; 4DV4 K; 4FWR A; 1MA9 B; 1TAU A; 3O9T A; 4C8L A; 3DRR A; 3HK2 A; 1HJO A; 3CCU N; 4M42 A; 5EY4 A; 5CZ2 A; 2QWP A; 3EZ5 A; 3HT3 A; 5BR9 A; 4N41 A; 4XIU A; 3TAR A; 4FOI A; 1SL2 A; 3VQE A; 4CZL A; 3FFK B; 2ZGZ A; 4O8K A; 2KKZ A; 2YI1 A; 5BN9 A; 3NGZ A; 1ATN A; 4AM6 A; 4KH6 A; 4E1N A; 3MK6 A; 2NZT A; 4B1W B; 3OYG A; 4BVP A; 3NMU A; 4EIA A; 1E4G T; 5TKW A; 4DQ8 A; 2R7Y A; 4KKO A; 3TTC A; 4DV7 K; 3QIC A; 4IO8 A; 3ZX2 A; 4FLW A; 2RN2 A; 3ZCM A; 4BRF A; 2Z1H A; 3D2F B; 3TWH A; 4FJX A; 3L6Q A; 4HTL A; 4PL8 A; 1N5Y A; 1TUY A; 3SLC A; 4DR6 K; 1XMO K; 3ZEU A; 4YOW A; 3VEN A; 1X3N A; 3VQP A; 1LAW A; 3L0Q A; 3HXM A; 3PSI A; 4KHN A; 4CGG A; 4OLB A; 4KTW A; 4OKJ A; 3CJC A; 1HPM A; 1XC9 A; 4DFK A; 1C0T A; 3ZT4 A; 2Z1I A; 2HNZ A; 4JS5 A; 3HZ6 A; 3CET A; 4JI3 K; 4FZX C; 1YIJ N; 4FSV A; 3O1B A; 4CBU A; 3VQQ A; 4N56 A; 1RT2 A; 4NYN A; 3DLE A; 1EET A; 4CJ4 A; 4DTS A; 3K9J A; 5AQG A; 1HRH A; 4E1J A; 2KQ2 A; 3VF6 A; 3L4I A; 2CGL A; 1SKR A; 1Q7Y O; 4H0O A; 3NVM A; 3C94 A; 3F5T A; 1L3U A; 4JKA A; 3KZB A; 1C1B A; 4FPB A; 2ITM A; 3VMF B; 4CEQ A; 4DTN A; 4JI2 K; 3WXM B; 4OVL A; 4PY5 A; 4E0D A; 2ZF5 O; 1JLF A; 2FBT A; 4I2Q A; 1VQ4 N; 3Q7B A; 1LW2 A; 3AVC A; 2NUB A; 3KK2 A; 3L2Q A; 1IH7 A; 3CD6 N; 1UWB A; 2P51 A; 3T69 A; 1U04 A; 3TTF A; 2ZWH A; 1HMV A; 4CZK A; 4OO1 J; 1LOT B; 1QS4 A; 3AAP A; 4BRM A; 4KHU A; 1YXQ A; 3K0S A; 3AO4 A; 4RCH A; 1C0F A; 3OY9 A; 3LPT A; 2XY7 A; 3J8A A; 2F8S A; 1BI4 A; 4CZI A; 3MEE A; 1W0H A; 3MCP A; 4JS4 A; 2OTL N; 5LJW A; 2D5R A; 2UUC K; 4CBX A; 4JI0 K; 1CZB A; 3O8M A; 3G25 A; 3QBX A; 2O8E B; 2FC0 A; 3V1O A; 4WFB L; 1DKG D; 3TAN A; 5FLX O; 4NYF A; 4E1M A; 2D4W A; 1ZBH A; 2UXB K; 1BCM A; 3KD1 E; 2VCP A; 1IBL K; 1Y64 A; 4BDP A; 1HLU A; 2RE2 A; 3LZI A; 3WNF A; 3AAR A; 4F3T A; 3V1Q A; 4A61 A; 1RFQ A; 3HSC A; 1OH8 A; 1TKD A; 2GEL A; 4ILJ A; 1NJZ A; 3KHY A; 3WEE B; 3CPW M; 4DSE A; 3CJ9 A; 3ID8 A; 5HL7 L; 1NGI A; 2HF4 A; 3K5M A; 4CEZ A; 4CES A; 4B1X B; 2YHW A; 3LM2 A; 4GVM A; 3G0Z A; 5JMV A; 4CJS A; 2VWK A; 4IKF A; 4OX9 K; 2F4V K; 1BCO A; 3BY5 A; 4CEF A; 4LF6 K; 4YOR A; 3C6H A; 1JCE A; 1U47 A; 2HST A; 5M1K A; 5I42 A; 4YY3 K; 3AVK A; 3WT0 A; 2UYT A; 3BDP A; 1S1V A; 2Y1J A; 1VSK A; 5EU7 A; 1S1W A; 4FJM A; 1UA0 A; 4CED A; 2VG6 A; 4NLC A; 4J2B A; 5LMN K; 2NRH A; 3I33 A; 5KRS A; 5LMU K; 4BR7 A; 4DQS A; 1Q18 A; 4DV3 K; 1GLL O; 3CPE A; 4IDH A; 1VQN N; 2KFZ A; 3PO4 A; 3HI0 A; 1HJR A; 4IJN A; 3M8S A; 4BRD A; 3QES A; 3S9H A; 3DLR A; 2V7Z A; 5AQQ A; 4B9Q A; 1EWR A; 3CER A; 5AQH A; 5KRT A; 3MXI A; 5C0Y A; 5KQ8 A; 1RTD A; 3VQB A; 5C24 A; 1WLJ A; 1IKV A; 3IAY A; 3B6P A; 3CCV N; 3D2E B; 3ALY A; 1ZYQ A; 3ULE B; 3MXJ A; 4Q5V A; 1WSE A; 3CIP A; 1WAF A; 5EOY A; 2FBY A; 4BRL A; 3RR8 A; 1RTJ A; 3H1V X; 4H0V B; 1FXX A; 4IOC L; 1LW0 A; 4LD0 A; 3EY1 A; 4O5B A; 2G8F A; 2F7T A; 3SYZ A; 3CG7 A; 4NO7 A; 2IVP A; 3ZT0 A; 2Z1G A; 3QO9 A; 1DLO A; 4AHV A; 3P5J A; 2F8T A; 3EE9 A; 3VQC A; 4LFB K; 2VQE K; 1JLG A; 4FK0 A; 2G8I A; 1VQ6 N; 4BR4 A; 3QNN A; 3M5R A; 2O8B B; 3QIP A; 2BTF A; 5CE3 A; 3O9S A; 3I0S A; 3ZT2 A; 4JKB A; 2E2Q A; 1D8Y A; 1ZBS A; 1SV5 A; 2IVN A; 3C7N A; 3OYE A; 1TKZ A; 3U9Z A; 1VQO N; 4DSJ A; 4A2A A; 3H3N O; 2GUP A; 2NRR A; 1GOA A; 1VQ5 N; 3RWU A; 4KB0 A; 2B5J A; 3OVN A; 1NK7 A; 4JK9 A; 4JI1 K; 3OHR A; 2X6N A; 3N4P A; 3ZET A; 4YOX A; 2XY6 A; 2HVH A; 5CYM A; 1G99 A; 4FJ9 A; 1NK0 A; 1U4B A; 1WN7 A; 1NGH A; 4DQR A; 2FF6 A; 3ZSZ A; 2HHT A; 3OW2 M; 3RRH A; 4CK3 A; 3E66 A; 3CF5 L; 3HM8 A; 1NGC A; 2V7Y A; 5GAG P; 4R5P A; 4M3Z A; 3SMS A; 4M63 C; 3MN9 A; 5A2Q O; 1OVQ A; 3BUZ B; 5MLC Q; 1QVF M; 2V52 B; 3A5M C; 5AZJ B; 1TK0 A; 3VQ5 A; 4C8M A; 4B8A B; 3GG4 A; 3HJF A; 1JXB A; 1EO1 A; 2IS3 A; 4BWM A; 2D0O A; 3ULD A; 1VSE A; 1NGJ A; 2QWR A; 3D7E O; 5BRE A; 4F8R A; 4Y1C A; 2E2O A; 3GDQ A; 4PQU A; 5AQK A; 3LDQ A; 2FSJ A; 4DMN A; 3BZK A; 2O8F A; 4DHY A; 5F1X A; 5HRR A; 3SBT A; 4Z4E A; 2IAJ A; 3ZT3 A; 1NK8 A; 1DT9 A; 3C6T A; 4A5B A; 2PY5 A; 1NK4 A; 4PKI A; 3IG1 A; 2ZM6 K; 3TAB A; 4FLZ A; 4OPJ A; 1KFS A; 4FK2 A; 3AO2 A; 3NBP A; 4J2A A; 1I94 K; 1IKX A; 1MDU B; 1Q9Y A; 1U2V A; 2WBN A; 5DM7 L; 4Z94 A; 3SPY A; 4DTO A; 1NK5 A; 4H5V A; 4BE2 A; 2E1Z A; 3L3V A; 5FPM A; 1T44 A; 2FSK A; 1J5E K; 3FLC O; 1WNS A; 3E1Y A; 3HYF A; 3OYH A; 1A5W A; 3TTD A; 2F9W A; 2WUS A; 5GIN A; 3CCL N; 1VQ7 N; 3WNE A; 1NOZ A; 3VGM A; 3EZW A; 3SAG A; 5IT9 O; 1J6Z A; 1O13 A; 2OA8 A; 3S41 A; 4Y1D A; 1M1K O; 3F9M A; 1XQS C; 2VQF K; 4DF8 A; 4CIF A; 3EE8 A; 2YJE A; 4DFM A; 2G8V A; 2CGJ A; 4KI6 A; 1DTQ A; 3VF4 A; 3K2P A; 2OZM A; 5FPN A; 5AR0 A; 3D0P A; 4KH5 A; 4KBO A; 3WQU A; 3U3Y A; 3AVJ A; 4IFE A; 4FJ7 A; 1RCH A; 3SMP A; 3AA2 A; 4YDU C; 3I8D A; 3NFA A; 1W9H A; 4CF9 A; 4JN4 A; 1NU0 A; 1X3M A; 4KV8 A; 4CEC A; 4U67 L; 4M3R A; 3OYN A; 2QI2 A; 3TU5 A; 2A5X A; 1K8K A; 2B6A A; 4KHQ A; 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