The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
194
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structure length |
194
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Chain Sequence |
TMGSGRIFQIPEETIKCQPFECPDHFYVIDAQDFGWNHPQAHIQLWWDKDADVFYLARVWKKSENTAVQAWGAVKSWANKIPVAWPHDGHQHEKGGGEQLKTQYADAGFSMLPDHATFPDGGNSVESGISELRDLMLEGRFKVFNTCEPFFEEFRLYHRDENGKIVKTNDDVLDATRYGYMMRRFARMMRDIRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of p22 headful packaging nuclease.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterobacteria phage p22
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| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Large terminase protein
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| total genus |
58
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| structure length |
194
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| sequence length |
194
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17289 | Terminase_6C | Terminase RNaseH-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WBN A; 2WC9 A; 4DKW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L2V A; 3JS6 A; 1VHX A; 1JXB A; 3HP9 A; 4BC3 A; 3PY8 A; 4J2B A; 1YJW N; 1T03 A; 3NVK A; 2OTL N; 4JN4 A; 3F9M A; 2O8B A; 4M3Z A; 1UWB A; 3VF4 A; 1ZXO A; 1BIZ A; 4ILJ A; 3EEQ A; 4RW9 A; 1Q9Y A; 1C0T A; 2RN2 A; 3ZT3 A; 1FKP A; 1T6C A; 3QML A; 3GG4 A; 3I56 N; 4KO0 A; 3VQ9 A; 3PO5 A; 3MDQ A; 1RTI A; 2HHH K; 4JI2 K; 1NGF A; 3QER A; 5JS1 A; 4B08 A; 2KQ2 A; 1YTU A; 2JGU A; 3A5N C; 1JKH A; 3R8E A; 3TAG A; 4DTO A; 5KRT A; 3AVH A; 1TK0 A; 3O9U A; 4FCY A; 4DQI A; 4BQZ A; 1VQM N; 4WQ4 C; 3HJF A; 2E1Z A; 4EAH D; 5EU7 A; 3ULE B; 3SYZ A; 3WT0 A; 4GY2 B; 4IOX A; 4CJS A; 4MO5 A; 3HXM A; 4GV6 A; 3LWL A; 3J7A P; 1JLG A; 3T1Y K; 4HTU A; 4DSJ A; 3K9K A; 3ULE A; 4B3M K; 4QOZ B; 4ISG A; 4CEZ A; 5E26 A; 3OYM A; 1JXE A; 4BAC A; 5KGW A; 4AQY K; 2HBJ A; 3EKS A; 3SMP A; 4CGJ A; 1L3V A; 3CPW M; 4CFB A; 4AHU A; 1DTT A; 2D0C A; 1G99 A; 2Q0U A; 2Q97 A; 2F7T A; 3WEE A; 3ZT1 A; 3U9Z A; 4CJU A; 2V51 B; 2AJQ A; 1HNZ K; 4B3S K; 2RF2 A; 3K2P A; 3U4L A; 4PY5 A; 4JAX A; 3ENO A; 3AO3 A; 4JKB A; 3WEE B; 1LAW A; 3U3Y A; 4FWS A; 1VRT A; 2E20 A; 1U45 A; 3CQX A; 3SBT A; 2QK9 A; 1YVU A; 2UXD K; 2V7Z A; 4FZX C; 4W5O A; 3J80 O; 1S5J A; 3AVI A; 4KHW A; 4DSK A; 3O1W A; 3Q7C A; 4H5R A; 4W5Q A; 3MN7 A; 4WF9 L; 3KJV A; 4O44 A; 3NHG A; 3ID8 A; 1K8A O; 3KWG A; 4DQQ A; 4M41 A; 4BG8 A; 5HRR A; 4OPK A; 1EWR A; 3VQB A; 3SAF A; 3LAK A; 4H0O A; 3VGK A; 3L2W A; 4E1N A; 3EY1 A; 5JLH A; 3T1H K; 4FJX A; 4IOA L; 5E84 A; 5EXW A; 2X78 A; 2Q36 A; 1Q82 O; 1BCO A; 3ID6 A; 4HWI A; 4GKK K; 2P9U B; 1XI1 A; 1U2V B; 1RT6 A; 1T8E A; 2GV9 A; 5AQX A; 1MA9 B; 4CIE A; 2PZS A; 2X6N A; 5AQY A; 1SS6 A; 3TWH A; 1LWF A; 3T3F A; 3D2E B; 4AIL C; 1B9F A; 1X1P A; 5I9E B; 3E1Y A; 3TAR A; 3V9W A; 2WTU A; 3HPO A; 1ZYQ A; 3E9O A; 4YOW A; 2F96 A; 3VQA A; 1ZBU A; 3P39 A; 3RMD A; 3C6A A; 4N5S A; 1RBR A; 4A2A A; 2QWN A; 3FZH A; 4RWT A; 3VQ6 A; 3L2U A; 3ZSY A; 3O3F A; 4JS4 A; 4FOE A; 5CY4 A; 3KWI A; 4CJ3 A; 4IFY A; 4BR0 A; 3VPZ A; 2D0P A; 2QTD A; 4YNQ A; 3CPE A; 3GBT A; 3OS1 A; 2FBV A; 3FFI A; 4Q5V A; 3OJU A; 3CFP A; 1SUQ A; 1GLJ O; 3AVL A; 1N8R O; 3AA4 A; 3C94 A; 2O8E A; 3WXL A; 2P9P A; 3QO9 A; 1IKW A; 3F5T A; 4DMN A; 4EP4 A; 2E2O A; 3HT3 A; 5JLF A; 1JLF A; 1OVQ A; 3WQT A; 1GLC G; 3M8P A; 3CC2 N; 3LDN A; 1HMV A; 4CEC A; 1L3S A; 1J5E K; 4KTW A; 3R9P A; 4FJJ A; 1X3M A; 3VA0 A; 4CJW A; 4DTP A; 1NGE A; 5ADX H; 1NGJ A; 4XH4 A; 4JNE A; 5AQS A; 4DV5 K; 2O8F A; 3K59 A; 3OTO K; 5GAH P; 1ZBF A; 3CQY A; 4WFA L; 1IV0 A; 1QS4 A; 1RT3 A; 3G6E N; 1KLN A; 2ZJQ L; 3K5N A; 5A2Q O; 2WON A; 1W2B M; 4M45 A; 3NH1 A; 2NRV A; 2ZM6 K; 2P9I A; 1BQM A; 4FW2 A; 3CJA A; 2P9L B; 1VSF A; 4BWJ A; 1TUY A; 2P9I B; 1IKX A; 5LJW A; 1GLL O; 3NGI A; 3VGM A; 3ZSV A; 1H1V A; 4DR5 K; 4OLB A; 3AA2 A; 3M8S A; 4LF8 K; 3OYN A; 5HRS A; 4O8K A; 1JL2 A; 3SUQ A; 4M3T A; 2WFB A; 5C2F A; 4BR2 A; 3DMJ A; 4KTZ A; 1LW0 A; 2BUP A; 4FWM A; 4BRE A; 3IG1 A; 3HOT A; 2EWS A; 1OH6 A; 1VQ4 N; 3SV4 A; 5FPN A; 4WFB L; 2YNG A; 4Y1D A; 3KLF A; 2HBK A; 3EZW A; 1YIJ N; 4B9S A; 4NYF A; 1HKG A; 1FJG K; 4NLC A; 3VMF B; 4JKA A; 1EET A; 4O5F A; 4IDH A; 1VSJ A; 5LMN K; 3W3D A; 2AP1 A; 1JLB A; 3THY B; 4C8O A; 3QLH A; 5AQP A; 4EHU A; 3LAL A; 2ASO A; 4B9N A; 4E7H A; 2VWK A; 3NF7 A; 1NGI A; 2FBX A; 4MDA A; 1S9G A; 3CJ9 A; 5AR0 A; 1XUP O; 4PA1 A; 4CJE A; 5AFU H; 1HQE A; 2FBT A; 1HNX K; 2WBN A; 4K25 A; 1NJX A; 2GX9 A; 3OVN A; 1MU2 A; 4W5T A; 3DLR A; 4YOT A; 4BRK A; 3GL1 A; 1J53 A; 2HMP A; 2EHG A; 2GEL A; 2HVI A; 4RW8 A; 3B8A X; 1WN7 A; 4O0J A; 1JCE A; 5C2D A; 4EZ9 A; 3LDQ A; 5H1S Q; 4KHY A; 3A5M C; 3NH0 A; 4BRO A; 4CFD A; 5FRN A; 2DFE A; 1E3M A; 1RTJ A; 5BN9 A; 4QAG A; 1NMD A; 3G10 A; 4CVN E; 3PO4 A; 2D1K A; 1KAX A; 4Y1C A; 3CG7 A; 4BRF A; 5BR9 A; 3OYI A; 2NNW A; 4GKJ K; 3MEG A; 1QQC A; 3M3Z A; 2D0O A; 4BRI A; 2QXL A; 3BF1 A; 4JKE A; 3B6O A; 4FZY A; 3C95 A; 3CCM N; 4NB4 A; 2UUC K; 4IG3 A; 1VSM A; 4U67 L; 3R3L A; 1IBL K; 3RVC A; 5FPD A; 1JCG A; 3L2Q A; 1UOC A; 1XQS C; 1OH5 A; 1K9M O; 1ZBI A; 4OGE A; 2D4W A; 4FLV A; 1TAQ A; 4CBX A; 4AF1 A; 5JIC A; 1CXU A; 3HPG A; 1Q8I A; 3LP2 A; 3OY9 A; 4J2A A; 1NWK A; 4DTR A; 3SLC A; 2UYT A; 4BRM A; 3ZT0 A; 4N56 A; 4H8K A; 4FJ8 A; 1HKB A; 2ZE2 A; 3OYL A; 3MWT A; 1X9M A; 2YKN A; 3PX6 A; 4LSL A; 1EQY A; 3A8Y A; 3MEC A; 3THX B; 4DFP A; 3TPQ A; 2B5J A; 3I55 N; 4ELU A; 3MMV A; 4DFJ A; 4DV2 K; 3KLI A; 4FWP A; 3SV3 A; 4FM2 A; 3I33 A; 5AQF A; 2YNI A; 4BGA A; 1ZBS A; 2VQF K; 4JK9 A; 2A1R A; 4FVU A; 1LCU A; 5EVZ A; 4ZHR A; 4PKI A; 3P5J A; 4Z4H A; 2E4L A; 2O8B B; 2JWK A; 3MX5 A; 1C1C A; 2V7Y A; 4FK4 A; 2RKI A; 5AQT A; 2P9K B; 2HVH A; 3JYT A; 4BQL A; 3CC7 N; 3ASM A; 5AQW A; 3F9K A; 4FYD A; 2DY4 A; 4BDZ A; 1RGI A; 5KRS A; 4IO8 A; 4L8R B; 4H0X B; 2P9K A; 1K73 O; 3MCA B; 3D6R A; 2Q3S A; 2YCH A; 2FBY A; 4NLB A; 5AQR A; 1HNV A; 2XY8 A; 3VN5 A; 1HR0 K; 1KFD A; 5AQG A; 3K0S A; 1WSG A; 4XH1 A; 3D2F B; 4FOI A; 4W5R A; 3V9Z A; 2O8C B; 4JYA K; 5JS2 A; 3AVG A; 2P9N B; 2G8I A; 4CJV A; 1HYZ A; 4HHT A; 4JHD A; 2XY5 A; 1D9F A; 3CM5 A; 1GLB G; 4CJF A; 3TSP A; 2KKZ A; 5HRO A; 1ASW A; 4JI5 K; 2A6A A; 2YHB A; 2YHW A; 1P8Z A; 1NKB A; 5J2N A; 4KHU A; 3AVF A; 3J8A A; 1VQK N; 3AVA A; 4KHQ A; 1VQ5 N; 3W0L A; 5LMU K; 5C0Y A; 4JKF A; 3NF9 A; 2HST A; 4I6M B; 2J4R A; 5J2M A; 3DYA A; 4B9L A; 4DTJ A; 1RT4 A; 1ATR A; 4YDU C; 4JD2 A; 1ITG A; 4N41 A; 5FRO A; 1C6V A; 1IBM K; 4PQU A; 1A5V A; 2YHY A; 3KK1 A; 2FLO A; 5GIO A; 3R1X A; 3THV A; 3SPZ A; 2VG7 A; 1Q9X A; 3M6G A; 3AVN A; 4WQ5 C; 1UA0 A; 1QQN A; 4FWK A; 4C8N A; 4G1Q A; 1EO1 A; 2VQE K; 1KQS M; 3VQP A; 1C0G A; 5M1Q A; 1V4S A; 4IXC A; 4DS4 A; 3C6T A; 4DTX A; 3UE5 A; 3OYD A; 4JI0 K; 5EOY A; 2Y1J A; 2A41 A; 4K8X A; 1TK8 A; 1Z25 A; 3MN9 A; 4CD1 A; 3SMS A; 4DB3 A; 1U47 A; 3KLH A; 2NRR A; 3CER A; 1SKR A; 4OLA A; 2G8H A; 3NVM A; 1QHT A; 4F9O A; 3CD6 N; 1HNW K; 1YXQ A; 1HKC A; 4MFB A; 3DLH A; 4FWR A; 3O5B A; 4CZL A; 4X64 K; 5LL6 Z; 1VQP N; 4R79 A; 4DUZ K; 2XHB A; 4FSV A; 2P51 A; 2KZZ A; 1J9A A; 1KVC A; 1JCF A; 3VER A; 4CHO A; 3K5M A; 5J2Q A; 4FM1 A; 1G15 A; 1BHL A; 3SUN A; 1IG9 A; 4GV9 A; 3FR0 A; 4XH5 A; 4CZF A; 1K8K A; 4YY3 K; 4CJP A; 1TKX A; 1RDC A; 3D7E O; 3OHR A; 1J5O A; 3H1Q A; 1TAU A; 2YHA A; 3UKR B; 1QSL A; 1K8K B; 3QIP A; 2IGI A; 4IG0 A; 3VEN A; 4AHS A; 3OS2 A; 3DXM A; 1TUU A; 2PY5 A; 5HBM A; 2IVP A; 4CEO A; 4Z4E A; 4M7X A; 4IWV A; 5KQD A; 4LH4 A; 2F8S A; 4LF9 K; 3H6E A; 2HNZ A; 4B9M A; 5FRM A; 2IVO A; 3PUF A; 1VAZ A; 1NK4 A; 2YHX A; 3CME N; 3FZM A; 1DT9 A; 4J2D A; 4BRH A; 3OYF A; 3KLG A; 3CHW A; 3KK2 A; 4DR4 K; 4CEE A; 1S6P A; 1L3T A; 2UUA K; 1R0A A; 3O9R A; 4F8R A; 4O55 A; 3VF6 A; 4CZE A; 2YX6 A; 3ZYY X; 2E2Q A; 2E5L K; 4DR6 K; 1BCM A; 3CJB A; 2A42 A; 1P90 A; 3AVB A; 4A57 A; 3FGU A; 1D4X A; 3LDP A; 1FW6 A; 2H3G X; 3G71 N; 2QEX N; 2F9W A; 3KIO A; 2NRH A; 3SQ4 A; 3TSQ A; 3ZEU A; 3SNN A; 4AM7 A; 1NM1 A; 4MO4 A; 1TL1 A; 3MED A; 1RBV A; 3MXI A; 1X9W A; 1TYQ B; 1KCF A; 4JKG B; 4CGD A; 4GVE A; 3O1B A; 1U04 A; 2ASP A; 1VQN N; 3L6Q A; 1IG8 A; 2DTU A; 1ESV A; 4E1J A; 2FF6 A; 4EHT A; 4KAZ A; 2IVN A; 5CR4 A; 5AQO A; 4BR5 A; 4GVM A; 4FM0 A; 1RT7 A; 1WB9 A; 3O4Q A; 1BIS A; 2XO7 A; 3DLE A; 3QEX A; 4DU4 A; 4IKF A; 4M42 A; 4E0D A; 4DLE A; 3C7N A; 4RW4 A; 3L4Q A; 1YAG A; 1XWL A; 4IFE A; 4KKO A; 1NKC A; 4IJN A; 3AO5 A; 1BOT O; 2HHT A; 3TTC A; 4OGC A; 1SKS A; 3CXC M; 3AGK A; 3AA3 A; 4E7J A; 4BRP A; 3SBG A; 2HHX A; 5SZT A; 3CFR A; 4F2S A; 1YUW A; 1GOC A; 5I3U A; 5IT9 O; 4CJL A; 4WQ4 A; 2Y1I A; 5GIP A; 2NUB A; 4Z4F A; 1DTQ A; 5BRH A; 3HST B; 1GOA A; 5ELZ A; 3AAR A; 3ZLJ A; 2QWR A; 5GAG P; 5M1O A; 4DV4 K; 3QNN A; 3S9H A; 1KVB A; 3A5O C; 4HTL A; 1RT5 A; 4IFV A; 1NK0 A; 1W0H A; 4CK3 A; 2HNY A; 2UU9 K; 3SK3 A; 3KK7 A; 1SL0 A; 4LC9 B; 4AHR A; 1KVA A; 3TAF A; 3SQ1 A; 3KK3 A; 3VQ7 A; 3CCS N; 1RDA A; 1BA1 A; 1LV5 A; 2O8D B; 3O3G A; 1X3N A; 2GEM A; 3HO1 A; 3VGL A; 3AVJ A; 3TAM A; 2D0B A; 4CHY A; 1RBT A; 1KFS A; 2O8D A; 4C8L A; 4XEI A; 4E89 A; 2O4G A; 1XHX A; 3VEY A; 1HYV A; 3M8R A; 2V52 B; 3MXJ A; 1MWM A; 2P1J A; 3MCP A; 5DM6 L; 4KB1 A; 2FC0 A; 3OYH A; 4PHT X; 2P9S B; 1NGB A; 4YOV A; 2G8K A; 1M90 O; 3DOK A; 4ZTJ A; 4OPA A; 2HHS A; 2FSJ A; 1QQO A; 2GWJ A; 1HX1 A; 2P9S A; 2W42 A; 4CGG A; 1HRH A; 3H3O B; 2P9U A; 2VGM A; 3NDK A; 4FLY A; 4AHT A; 4BR7 A; 3PIO L; 1N5Y A; 3NAE A; 4H4M A; 1QE1 A; 2HF3 A; 3ULD A; 3P38 A; 4M3R A; 4B9V A; 1SZ2 A; 3KZB A; 4EIA A; 1WAJ A; 3G25 A; 3F73 A; 3LL3 A; 3WXM B; 3D2E A; 4KFB A; 5AJ3 K; 4CZI A; 2DFH A; 2KLA A; 1RT2 A; 5BN8 A; 4XIU A; 4JRQ A; 3RWU A; 1YI2 N; 1RDW X; 2XRI A; 4FZZ A; 2ITM A; 3EZ5 A; 5AQZ A; 2CGL A; 4LFC K; 4CI6 A; 3UKU A; 3DJC A; 5BRE A; 1XMQ K; 3FFK B; 1NNE A; 4OKJ A; 4FVM A; 4WCE L; 3PIP L; 2E6L A; 3O9T A; 3RMB A; 4JV5 K; 3LM9 A; 1GLD G; 2WOM A; 3A2F A; 3CFO A; 1C1B A; 1LWE A; 1WLJ A; 4O8U A; 3GOI A; 4JLH A; 4Q0B A; 3T69 A; 4A61 A; 4K41 A; 3IAY A; 3CCQ N; 4CF8 A; 1NJI O; 1XNQ K; 1CXQ A; 3CJ1 A; 3CM6 A; 5DM7 L; 1D8Y A; 1JL1 A; 4A59 A; 3SI6 A; 4JI6 K; 2NRX A; 3P83 D; 2JWL A; 3CCE N; 4X62 K; 3G4S N; 3DRP A; 3AO2 A; 1VSI A; 3V81 A; 3RRG A; 1BDG A; 3NF6 A; 4BE0 A; 1QTM A; 1CZB A; 1O13 A; 2UUB K; 2A1S A; 2HBM A; 3TAQ A; 1SQK A; 1WSE A; 1REV A; 1ATN A; 3H1V X; 2P9P B; 2VWJ A; 4N47 A; 5CE3 A; 3MAQ A; 3CJ7 A; 4FK0 A; 1IH7 A; 1S1T A; 2RPI A; 3QFU A; 4H0P A; 3DLK A; 3RTV A; 1CZ9 A; 5BRD A; 1I39 A; 1QZ5 A; 4A5B A; 2KHO A; 1N6Q A; 2BE2 A; 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