The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
194
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structure length |
194
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Chain Sequence |
TMGSGRIFQIPEETIKCQPFECPDHFYVIDAQDFGWNHPQAHIQLWWDKDADVFYLARVWKKSENTAVQAWGAVKSWANKIPVAWPHDGHQHEKGGGEQLKTQYADAGFSMLPDHATFPDGGNSVESGISELRDLMLEGRFKVFNTCEPFFEEFRLYHRDENGKIVKTNDDVLDATRYGYMMRRFARMMRDIRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of p22 headful packaging nuclease.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterobacteria phage p22
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| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Large terminase protein
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| total genus |
58
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| structure length |
194
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| sequence length |
194
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17289 | Terminase_6C | Terminase RNaseH-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DKW A; 2WC9 A; 2WBN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XMQ K; 1K73 O; 3EY1 A; 4OKK A; 4FWK A; 3MXM A; 2NRT A; 4YY3 K; 4C8K A; 1K8A O; 4A57 A; 5H1S Q; 3LPU A; 4NXM K; 3MAQ A; 1CLQ A; 5AQJ A; 4DV7 K; 1LW2 A; 4Z4C A; 1C1C A; 4DG1 A; 3O9S A; 2KFN A; 3SAF A; 4DFP A; 3O9R A; 4IXC A; 3LDS A; 1T3V A; 2O8D B; 2I7P A; 5AZJ A; 3VA0 A; 3TAN A; 1NWK A; 5KQ8 A; 4EAH D; 4B1U B; 4NXN K; 5HP1 A; 4JKH A; 4JHD A; 1XI1 A; 3HPG A; 2YNH A; 3D45 A; 3KTQ A; 3QET A; 4CD3 A; 3KHY A; 1G15 A; 4FVU A; 4OGE A; 1BA0 A; 4DTS A; 1NGI A; 4FSV A; 4PA1 A; 1XWL A; 4FLT A; 3SUN A; 3DXM A; 4IO9 L; 1QSY A; 3WNH A; 4KTQ A; 2Q2R A; 2NRZ A; 4NCA A; 2W6L A; 3H3N O; 4YNQ A; 3QFU A; 1FXX A; 1RT3 A; 4DS5 A; 3D2E A; 4I2P A; 3DLR A; 4CBU A; 2A40 A; 3SK3 A; 1WUA A; 4BDY A; 1EO1 A; 2KKZ A; 4B08 A; 1SUQ A; 4DV2 K; 4FWM A; 4B3S K; 4F9O A; 2P9K B; 1NJY A; 4LF6 K; 4M42 A; 3SUO A; 3K2P A; 1JLG A; 4UQG A; 3THY A; 5HLF A; 3NGY A; 3QEV A; 5C0Y A; 4ISG A; 4B3R K; 3JAM O; 4B9N A; 4K25 A; 1JXE A; 3L2V A; 2Z1J A; 4M63 C; 4WQ4 A; 1VQM N; 3K9K A; 1GOB A; 4KB0 A; 2Q0U A; 4BRO A; 5BPN A; 1VSI A; 1QZ6 A; 2G8V A; 3CXC M; 2A3Z A; 1NOZ A; 1VSD A; 1ZBL A; 1S3X A; 2VGM A; 3PUF A; 2O8F A; 4IEE A; 4H5V A; 3TU5 A; 1QE1 A; 3ZSQ A; 3K5O A; 4ZHR A; 3LPT A; 2UU9 K; 1QZ5 A; 2Q97 A; 3OY9 A; 3MCA B; 3KK3 A; 4E3S A; 3Q7B A; 4WQ5 C; 4BE1 A; 3OYL A; 2CH5 A; 4JN4 A; 1EXQ A; 5EU7 A; 1D9F A; 5AQZ A; 2ZF5 O; 3KIO A; 2NRV A; 4DUZ K; 4CGG A; 1Y64 A; 3PX4 A; 3L8B A; 5HL7 L; 3CCU N; 4HCB A; 3TSQ A; 1SL0 A; 2R7Y A; 1L3V A; 4KPY A; 4CER A; 3QES A; 4IDH A; 1VQ4 N; 3SJH A; 3H1V X; 3LM2 A; 1N8R O; 1ZBF A; 4FK2 A; 4W5N A; 3HST B; 2FSK A; 4FJ8 A; 3WEE A; 4Z4I A; 4NLC A; 3GL1 A; 4JS4 A; 1JCG A; 3KJV A; 5AQO A; 4LC9 B; 2E2Q A; 2BUP A; 2ZJQ L; 2YV0 X; 1DGK N; 1ZBH A; 4DTX A; 1Q8I A; 1KVB A; 5J2N A; 1ATN A; 3ZT2 A; 5GIP A; 3VGM A; 4GV6 A; 3J81 O; 1A5X A; 4H5N A; 5EY4 A; 1IBM K; 3VQ4 A; 3VQD A; 2OCE A; 2I5J A; 3J7Y P; 2D5R A; 4ZTJ A; 4CZJ A; 1UWB A; 3KD1 E; 5AQL A; 1HKB A; 3DLG A; 3IKM A; 4BDZ A; 4KHQ A; 3CME N; 3ZLJ A; 1GLF O; 2RKI A; 1RBV A; 1NGE A; 1D4X A; 1QQN A; 4A62 A; 4FYD A; 4I2Q A; 2HHH K; 3QNO A; 5ADX A; 3RVC A; 4DF4 A; 1NK0 A; 4FWR A; 3CD6 N; 3MXI A; 1BWF O; 2HOE A; 4IO8 A; 3VEX A; 1SKS A; 4BRQ A; 4FJ5 A; 2F96 A; 1KC8 O; 1V4S A; 5C42 A; 1T7P A; 4DQP A; 1TKX A; 1VK0 A; 2HBJ A; 2IAJ A; 4YDU A; 3GBT A; 4OPK A; 4E1M A; 1WSG A; 4CIE A; 1ITG A; 1NNE A; 1NMN A; 4FZX C; 4YOY A; 1N34 K; 4LFB K; 4JV5 K; 2QTD A; 3EEQ A; 4JKD A; 4XEI A; 1KAZ A; 3R9P A; 4BQZ A; 2DFH A; 3K59 A; 1I39 A; 4FW2 A; 2X74 A; 2BGG A; 1BIU A; 2F9T A; 1XHZ A; 2P9U B; 3IDH A; 3RSE B; 1SKR A; 4V19 S; 2A42 A; 2FBT A; 1RDA A; 1HNW K; 2O8D A; 4MQ3 A; 1U45 A; 1R0A A; 4NCB A; 2YHY A; 3O4W A; 3O4Q A; 3C7N B; 1QVG M; 4H8K A; 2DTU A; 3QO9 A; 1JXB A; 1KCF A; 3O9T A; 1HKG A; 3CJC A; 4M41 A; 4AHT A; 4KH6 A; 3IUC A; 4BRG A; 3NH0 A; 3DXM B; 3WNF A; 4IZ9 A; 4C8M A; 4AH9 A; 2QKK A; 4JI0 K; 2VWK A; 1QS4 A; 3MEE A; 5J2M A; 3OJS A; 3DOL A; 4JI6 K; 3T19 A; 2X78 A; 1RT7 A; 1V4T A; 1ATR A; 1L3T A; 1TV6 A; 1KVC A; 1RDW X; 4BR5 A; 5AQY A; 4AHV A; 2F9W A; 2UYT A; 3C95 A; 3CPE A; 3ZSZ A; 1WSE A; 4JK8 A; 4DFK A; 2W40 A; 3OS1 A; 1Q82 O; 3NFA A; 5T7B A; 5F1X A; 4J2E A; 4CZE A; 4B1Z A; 4B3O A; 3CCR N; 4E1N A; 3RTV A; 1OH5 A; 2V7Z A; 5FRN A; 3IFR A; 3THW B; 2OPQ A; 3FGU A; 2GEL A; 2GTD A; 2P9S B; 1Z26 A; 3OBY A; 3L0Q A; 1VSF A; 3A0I X; 3E1Y A; 4KHW A; 3NF8 A; 3FFK B; 3U4L A; 2HF3 A; 1KLN A; 3IG1 A; 4TSX A; 2FF6 A; 4NCG A; 4FW1 A; 3C6H A; 4GMJ B; 4M7Y A; 1QQC A; 1X9W A; 1D9D A; 3EO3 A; 4JKF A; 4BRF A; 1HJR A; 4GV9 A; 5E84 A; 1NU0 A; 3FFI A; 3UIQ A; 2GWJ A; 5EX5 A; 4N56 A; 1IKX A; 2ZM6 K; 1OH8 A; 4CJR A; 5JMV A; 4BR9 A; 3BDP A; 5AQS A; 1EKE A; 2NUB A; 3CJA A; 4WFB L; 4JLH A; 2HW3 A; 4JI3 K; 2WOM A; 1WOQ A; 4DR5 K; 1JL1 A; 1MU2 A; 4JI4 K; 2QKB A; 1Q9Y A; 4A2B A; 3LP3 A; 5KI6 A; 4Y0W A; 4CI6 A; 1N32 K; 1KVA A; 1S22 A; 2P9K A; 1NGG A; 1NKE A; 1C0M A; 3VEZ A; 3HOT A; 2E1Y A; 1SAZ A; 3DRR A; 4CJL A; 3HRG A; 3V81 A; 3VGK A; 2KHO A; 4WYB A; 1P90 A; 4CFD A; 4DV0 K; 5C12 A; 4PUO A; 5LMN K; 3WXK A; 1S5J A; 2QWP A; 4CEE A; 2ASM A; 2NRX A; 1WN7 A; 3J8A A; 3C0B A; 1VQN N; 3RRH A; 2XY5 A; 3AVM A; 2QWQ A; 4WQ5 A; 4RW4 A; 1MWM A; 3F2K A; 2ZQB A; 4BG8 A; 4I9L A; 1FKP A; 3UKR B; 2VG7 A; 3E01 A; 4HWI A; 3HVT A; 3KK2 A; 4ISE A; 1SZ2 A; 1Q7Y O; 5M1Q A; 3AVF A; 3QER A; 1HUX A; 3QIP A; 3LWL A; 1HRH A; 3ZYY X; 3MEG A; 4FZY A; 4KRE A; 3PO4 A; 3LM9 A; 2J4R A; 5I42 A; 1S1T A; 4JKB A; 3ID6 A; 3ZX2 A; 3QBX A; 1UAX A; 4H5R A; 3MWP A; 3ZET A; 3DRP A; 3QB0 A; 4BRH A; 1VQK N; 2ZGZ A; 4JK9 A; 4JD2 B; 4DCH A; 1T05 A; 1RBT A; 3P1G A; 1YUW A; 1BCM A; 4KHU A; 4LFA K; 3LL3 A; 4FLV A; 1BIS A; 1HX1 A; 2VG5 A; 3TAP A; 3MK6 A; 4DR2 K; 3FZF A; 4AF1 A; 4LH5 A; 4ELT A; 3UB5 A; 1S1W A; 4AIL C; 1WSJ A; 2HNZ A; 2NZT A; 3O08 A; 3SAG A; 4YOU A; 4OVL A; 3V1Q A; 4PKH A; 4Q0B A; 3F9M A; 3KLF A; 3VF4 A; 4QS9 A; 2NRH A; 1K9M O; 4RWT A; 1Y97 A; 4C8N A; 1MDU B; 4CEA A; 2IIR A; 1BQM A; 3HM8 A; 5M1P A; 3JSM A; 3BUZ B; 1S6P A; 4NO7 A; 3THX A; 4C8L A; 3MN5 A; 3GOI A; 1NOY A; 5F0X A; 2UXD K; 2KFZ A; 2F4V K; 3TR8 A; 5DK5 A; 2UXC K; 1Q18 A; 3QEP A; 2QK9 A; 5C24 A; 3EKU A; 3OBW A; 5C25 A; 3U9Z A; 1E4F T; 2FSJ A; 4J2A A; 1S9G A; 2E2P A; 5BN8 A; 3SQ4 A; 2PAV A; 3EL2 A; 3AVN A; 3ZSO A; 1RBU A; 4CVN E; 4E7K A; 1WSH A; 4JKE A; 4E7I A; 3KK1 A; 1NGD A; 2P9N A; 4AHR A; 3O9U A; 5AQR A; 4IFE A; 2LSN A; 4U7B A; 3TAR A; 1HMV A; 1ESV A; 1TK5 A; 3CJ1 A; 5FDL A; 3LP0 A; 4DQ8 A; 3NCI A; 3AAP A; 1SS6 A; 4DTN A; 1UA0 A; 2ZJR L; 2VQF K; 3LP2 A; 3MX5 A; 1BDG A; 4CGH A; 1TL1 A; 3KWG A; 2EWS A; 4FJG A; 2BE2 A; 3OYC A; 4EFH A; 4DFJ A; 1BO5 O; 5M1O A; 3VQQ A; 3UKR A; 2YJE A; 1XHX A; 2HST A; 2PFU A; 3CJ9 A; 5M1N A; 1T03 A; 1E3M A; 1VSK A; 3O80 A; 5LJW A; 5CHI A; 4MLE A; 3U3G A; 2DY4 A; 3TSP A; 3VPZ A; 4JRP A; 1XMO K; 5TKW A; 4FM0 A; 4DQS A; 1M1K O; 4KB1 A; 3N4Q A; 3ZX0 A; 2E2O A; 1UOC A; 2PY5 A; 3KKR A; 1VSJ A; 2OPS A; 1NK4 A; 4DQQ A; 4NYF A; 5C2F A; 2O4I A; 3ZSV A; 1HYZ A; 3A5L C; 1NKB A; 4CK3 A; 3PV8 A; 5GAE P; 1EX4 A; 1RTD A; 3JXU A; 3TTD A; 4WQ4 C; 4CZH A; 2E8A A; 1B9F A; 1B9D A; 3DYA A; 4EIA A; 3VQ8 A; 1RT5 A; 4LSN A; 4EZ6 A; 3HPO A; 4CZG A; 3FZH A; 3VQE A; 2X6N A; 5AQX A; 4JAX A; 2ASO A; 1HNZ K; 4R79 A; 4C1N I; 1Z05 A; 3TAB A; 4I6M A; 4CJ3 A; 3MEC A; 4YOW A; 3PIO L; 4GKJ K; 4C23 A; 4OKJ A; 4DQI A; 1JJ2 M; 1REV A; 4AQY K; 4FZZ A; 1BIZ A; 3O5B A; 4X65 K; 1NKC A; 1VQL N; 5AQW A; 1TUY A; 3ZT4 A; 1IJJ A; 3CM5 A; 4L8R B; 3I0R A; 1WAF A; 3A2F A; 1VSH A; 1JCE A; 2XY6 A; 1S1X A; 4DQR A; 5JVH L; 4IJN A; 2E4L A; 4FJ7 A; 4WFA L; 2QEX N; 2E6L A; 1DT9 A; 5AZI B; 4M3U A; 4CK1 A; 2GWK A; 2OPR A; 3QFP A; 4CHN A; 1IH7 A; 3DI6 A; 2D0C A; 2Q1N A; 3ENB A; 2XY7 A; 3M8S A; 5FPD A; 3BEX A; 4BRN A; 2P9P B; 3DMJ A; 5SWM A; 3D7E O; 1SQK A; 4LF5 K; 5AJ3 K; 1YVU A; 4DF8 A; 3HVR A; 1T6D A; 4FLZ A; 1IG8 A; 3D2F B; 3OA9 A; 1BUP A; 5C2D A; 3QEI A; 3EKS A; 1JLB A; 1HJO A; 4ILH A; 1GLE G; 4R5P A; 4O5F A; 4BR7 A; 1S6Q A; 4DTJ A; 1WNS A; 4IFY A; 2QW9 A; 4GV3 A; 1ZYQ A; 1WBD A; 1LWF A; 3SPZ A; 3FR0 A; 4BDP A; 5CR4 A; 4XH5 A; 2KTQ A; 5GIO A; 3SUQ A; 4CJP A; 1EET A; 4NLB A; 3GG4 A; 4H5T A; 2E20 A; 3F73 A; 3C6T A; 3QEW A; 3RRG A; 3H6E A; 3SMS A; 4OO1 J; 3LAN A; 3NMU A; 3LDN A; 1JLC A; 3L2R A; 4DR1 K; 4BY9 C; 4LF7 K; 5F2R A; 3C6A A; 2WBN A; 1TUU A; 4ID5 A; 4JKC A; 3CCS N; 3DWL A; 4JI5 K; 3QIC A; 4A61 A; 3RMD A; 5IT9 O; 1ZBU A; 4X64 K; 4FM1 A; 2E6M A; 4HCC A; 1TKZ A; 1TAQ A; 5ELZ A; 4A2A A; 3VET A; 1JKH A; 1L3U A; 4CJW A; 2QI2 A; 3QIN A; 3ISN C; 4CF2 A; 4OX9 K; 2PYL A; 3NAE A; 3AVI A; 3VER A; 4YDU C; 3SQ2 A; 2WUS A; 1XC9 A; 1NMD A; 2UUC K; 2HHV A; 1NGB A; 1IG9 A; 2P5G A; 3VOV A; 2A1S A; 3O6W A; 1SV5 A; 2IVO A; 5KGW A; 2RHK A; 4B1W B; 4K43 A; 3OYN A; 4N41 A; 1JCF A; 4YHH K; 2P1J A; 2CH6 A; 4CCH A; 1EP4 A; 1KFD A; 1N33 K; 2KZZ A; 3O3G A; 3CQY A; 2GX9 A; 1YJW N; 4Z4H A; 3KLG A; 4FLW A; 2NNW A; 2YHB A; 2HHQ A; 3OYD A; 2X6S A; 4O8U A; 1C0F A; 4DR6 K; 4I6M B; 3ALY A; 4CJV A; 4XIU A; 4JKA A; 2DPN A; 3O4N A; 1C1A A; 4DV6 K; 2HHW A; 1IKV A; 4ZTF A; 3I55 N; 4B9T A; 4OGC A; 3WXL A; 3M6G A; 3NGZ A; 1X3N A; 2F8T A; 1RCH A; 2VCP A; 1RT6 A; 3FZL A; 1ZBS A; 4QAG A; 5A2Q O; 4BC2 A; 1NK9 A; 3LDL A; 4CE9 A; 5BN9 A; 4DHY A; 3P39 A; 2OA8 A; 3BF1 A; 2ETJ A; 4BC4 A; 1X9M A; 2XY8 A; 3BZK A; 1GLD G; 5CE3 A; 4DSK A; 2OZS A; 4BRI A; 3BP8 A; 3ASM A; 2JGU A; 5AFU A; 5BR8 K; 4FJJ A; 4FXD A; 3M8P A; 4BRA A; 2KLA A; 1QQM A; 1I94 K; 3UKU A; 2VG6 A; 2FLO A; 3OW2 M; 1FJG K; 1IKW A; 4EHT A; 3RR7 A; 4MDB A; 3SV3 A; 1QTM A; 4FJN A; 1VQ7 N; 2RF2 A; 1NGH A; 2CGL A; 3GDQ A; 4B9M A; 4F3T A; 3N4P A; 4WCE L; 1UA1 A; 2V52 B; 1VSM A; 4B9V A; 3O3H A; 3S41 A; 3DXK A; 3AAQ A; 1RTI A; 1QHA A; 3LAL A; 4DR7 K; 4FJK A; 5HBM A; 3ZEU A; 3K9J A; 4CEF A; 2YKN A; 4PY5 A; 3DLB A; 1U2V A; 3VQB A; 3B8A X; 3S3N A; 1IBL K; 1HYS A; 4GW6 A; 4M7X A; 3DLE A; 3CI5 A; 3HPH A; 4BVP A; 2VGN A; 1E4G T; 4CES A; 1YAG A; 1KD1 O; 4NB4 A; 3CC7 N; 1XNR K; 2AA4 A; 5AQH A; 3U6F A; 4BRK A; 1U04 A; 4DSJ A; 3G25 A; 3E9P A; 1RTH A; 4X62 K; 4EHU A; 1TK8 A; 1HPM A; 3OYB A; 3NF7 A; 1D8Y A; 4QCL A; 4JNE A; 4CFC A; 4CZK A; 3FE1 A; 4I7F A; 3ZSY A; 4CJ4 A; 5JLH A; 5KRS A; 3QBW A; 3ULE B; 1YIT N; 3NF9 A; 1DLO A; 4OLB A; 1C6V A; 2HVI A; 4KHY A; 3TPQ A; 1K8K A; 1RDB A; 3L3U A; 4O4G A; 3ZCM A; 2O4G A; 3SZ2 A; 3NE6 A; 4M3R A; 5FPN A; 1RNH A; 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