4DLDA

Crystal structure of the gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with the antagonist (s)-2-amino-3-(2-(2-carboxyethyl)-5-chloro-4-nitrophenyl)propionic acid at 2.0 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
NRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
publication title Structural and pharmacological characterization of phenylalanine-based AMPA receptor antagonists at kainate receptors
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 80
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dldA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dldA02
5DVIA 4RA1A 4JBZA 1B32A 1TWYA 2PMSA 4XKQA 1N3WA 5F1QA 3C32A 4R9FA 1URSA 1IEJA 5L9OA 3EF7A 3UORA 4QHQA 4GRKA 1DPPA 2QS4A 3HO7A 1MQGA 5AA2B 1OQGA 3ONMA 4P0IA 3N6UA 4NEDA 3M3KA 1B58A 3ZS6A 3DP4A 2Z23A 2ONKE 3MVZA 4IGTA 4ELPA 4YKPA 4KI0E 1P1WA 4AB5A 2DXYA 3RTFB 4RK2A 3KOTA 2IA4A 1LAHE 4F3SA 3VV5A 2ABHA 1CB6A 2I48A 1NNFA 2RCAA 3TCFA 1AL3A 2QMWA 3W9VA 1P1OA 3PMWA 3IORA 3GBAA 1Q1KA 2UVGA 1IXCA 2CMOA 1LAGE 5B7DA 5JTYA 3BBRA 1NMUA 1B4ZA 2P1SA 1BKAA 5H8FA 3T9VA 1FTLA 1R9QA 3JV9A 5DEXA 1IXHA 1EZ9A 1WVJA 1XVYA 3CSGA 4QSEA 5K2XA 3G3HA 3MP6A 3K2DA 1URGA 4QFOA 4OZ9A 1VFEA 3WAEA 3KSXA 4F2QA 1BIYA 5TPAA 3TTRA 3MZ1A 3T66A 3THIA 2X7QA 1A7LA 3LSWA 5I58A 3PUYE 4G8HA 2XXRA 3LC8A 2OCUA 5ISUA 3FXRA 1A99A 1FQFA 1SQYA 3V5AA 3M3LA 4YU0A 1LCTA 5CMKA 2THIA 3C33A 4O3AA 2I3WA 1ZKBA 4OFLA 3Q27A 1RKMA 2R71A 5I59A 5I57A 4BDMA 3QIMA 4FEDA 1NH7A 4IB2A 1N7WA 1UTBA 1A8EA 4KQPA 3P7IA 4OWDA 4R6KA 4DE8A 3ZSFA 4ECFA 3T9XB 2A5TA 1HSEA 3IOUA 4PP0A 2ONSA 1JVYA 3ZKLA 1FTOA 1H76A 1QW0A 1ZU0A 3UN6A 2BJJX 1LBCA 4ESXA 5I2KA 2Q2CA 2I58A 3T93B 1US4A 3OO9A 5DTBA 2Q89A 2WKYA 1B4HA 1XVXA 1NFTA 2QS3A 2O84X 3HN0A 1O64A 1N04A 4NF4A 3FIRA 4BDLA 1ELJA 1B5JA 4KR5A 2GH9A 5TP9A 2ALUA 3MC2A 3RNNA 1ZLQA 2VP1A 1H3DA 1Y3QA 1D3KA 1UQWA 3PU5A 3LSXA 1B1XA 1R6ZA 1A8FA 1VSOA 4H5GA 2HZKA 4ZE9A 4U4SA 2F7BA 4ZDMA 5DT6A 3H3GA 3UP9A 3TTNA 3R7XA 5H8QA 4GWOA 3TCGA 3ILUB 4JDFA 4OYVA 4IGRA 2A5SA 5I56B 1EH3A 1PB8A 4NWCA 4OEVA 3D4GA 1XC1A 2OBGA 1VR5A 1A55A 2RC9A 1Y3PA 1QKBA 2PT2A 4F3GA 3UA8A 3FJ7A 2REJA 4NF5B 2HXWA 3G7WA 4IO7A 1JEVA 1LB9A 2VHAA 4DCXA 3KGCA 5FHOA 5CMMA 1ZJLA 2DQVA 5TU0A 3RPWA 4ZEFA 1JNFA 2AYSA 3RUMA 4M1VA 4YB7A 5EHSA 4DXCA 1MRPA 1MH3A 2DWAA 1OVBA 4OMBA 2ZMBA 4OFOA 1MQHA 3FASA 3O2AA 3SEYA 3OXNA 3EHSA 2XXTA 4XTCQ 4GQOA 1GGGA 1LFHA 3MP8A 1PB9A 4JSOA 4ZS9A 1B40A 2O1LA 1SDXA 3FD3A 1FW0A 3VLWA 3TODA 3KFMA 2QL3A 3MAMA 5H8HA 4NTLA 1LAFE 4H65A 1JW5A 3KN3A 4ND9A 2DSFA 3JZJA 4OXVA 3UK4A 4ZEBA 4L17A 3SEXA 4EUOA 4LZ5A 5AA3A 2XXIA 5H8FB 4MLQA 1B3EA 1B6HA 3ZKKA 3CRBA 5FTIA 3KN7A 5KDTA 1OLAA 2DWHA 5DEXB 1I69A 1MPBA 3KG2A 4GLIA 3SEVA 4OEUA 3BFTA 4LUBA 1LFIA 4RPNA 3RT6B 2AL4A 5JEIA 3ILTB 4F39A 1YTVA 5DYHA 1AIVA 3PD8A 4H8JA 3FV2A 1O7TA 3EHUA 2O51A 4HW8A 4OTEA 1H43A 1QUIA 3K6WA 2FA7A 5HM4B 5I58B 3G3GA 4C1TA 2OLBA 1B1HA 3N94A 4N13A 3B6TA 2F97A 4OVJA 4OERA 1NNKA 5FHNA 1DPEA 1N0TA 5EHMA 5AA1A 5CC2A 3IOTA 5I2NB 3K02A 1ZBMA 2OZZA 4I1DA 4F1YA 1VE4A 1GV8A 2ZYOA 3G3IA 4LQ5A 3U94A 5KZTA 4F3PA 4UACA 2RINA 3VVFA 4XXUA 4WEDA 2O7IA 1S50A 1JEUA 1I6AA 1B9JA 4R6HA 4NWDA 4YICA 5EYFA 2A5TB 2DVCA 1B7HA 3VXBA 2UXAA 1MQJA 2QSXA 3OELA 4NF6B 3Q28A 4P0GA 1TT1A 2KLFA 1B52A 1QVSA 4U1OA 3RTWB 5H8NB 5AA4B 1DSNA 4F3BA 2F7CA 2I4BA 2ESNA 1FQAA 2HEUA 2IEEA 2AL5A 5I2KB 2XD2A 1BP5A 3OO6A 4EF2A 4X1BA 4JXIA 4F18A 1EU8A 3IO6A 2XXHA 2Q2AA 1M5FA 1RYXA 4U4XA 1LCFA 4LVQA 5TP9B 1B46A 4JWYA 1TFDA 4FATA 3PV0E 4H67A 2UVJA 3DM0A 3FVNA 1MY4A 1Y3NA 4R72A 3E9XA 2RKMA 3N6TA 3VLVA 1YPNA 2E0SA 2PX1A 4NF5A 4M4GA 4F22A 4G68C 4RY1A 3O28A 5H8QB 3LBSA 4N07A 3HPIA 4R2BA 4MF3A 3RGYA 4O3CA 1PDAA 3A09A 2UYFA 1MY0A 4JB7A 4O3BA 3H6VA 1XOCA 3E4RA 3N5LA 2ZYMA 2ZXTA 1KWHA 2GFEA 3BKIB 4QFLA 4QSCA 3H4ZA 3FV1A 1PEBA 4F31B 2OK2A 1FTJA 1I6QA 1D4NA 4DXUA 4AQ4A 1D9VA 3F11A 3VXCA 4H0WA 4BDOA 2I0BA 3IOWA 4HCWA 4KPTA 4TLMB 4GL0A 5A5XA 4EQ7A 4TQUQ 2ZNSA 3PUVE 2R9JA 1O63A 2I3VA 1MPCA 5DVFA 5ICQA 1MDP1 1MS7A 1OLCA 4QFPA 3TTKA 1FQBA 4HTGA 4TOZA 3OMBA 4JWXA 3IK6B 1XS5A 3K6XA 3H6WA 3O6IA 4ZZEA 2OWTA 4FIMA 3SESA 3CFLA 1B3FA 2XXUA 2B3BA 2LAOA 3MWBA 5H8HB 1FQEA 2QJEA 4TLLB 3E3KA 2PT1A 4K3FA 5KDTB 3U8QA 3IB0A 1S9TA 1VFDA 4RYAA 2HFBA 3CI8A 1POTA 4N6PA 5I2NA 4DZ1A 5CRYA 3LSLA 3OOAA 4PFWA 2Y7PA 4U22A 1SYIA 5IKBA 2OWSA 1TFAA 3PPQA 3O9PA 3R26A 3HHFA 1DTGA 1OIBA 2XXVA 4Q5TA 4EXKA 3MBPA 2YLNA 3A3CA 2V3UA 4NF6A 3WAFA 1B05A 5IAIA 4POXA 3SEUA 3EHTA 3ODBA 4NF8A 5H8NA 1GTKA 5AA4A 4OENA 1P99A 2I6EA 3UIFA 4BDQA 2O1MA 4F1UA 3CFZA 4LZ8A 4G2ZA 3PUZE 4H5FA 1SI0A 1LAXA 3GBBA 3VVEA 4Q0CA 3S2VA 2F5XA 1T0KA 1MXUA 4GXSB 2YPNA 4AB6A 5ICTA 3IL1B 4G8NA 3V83A 4GD5A 2RF1A 3RN8A 2ONRA 1SW4A 4LP2B 1SW1A 3IX1A 1IUDA 2D5WA 3M8UA 4FORA 3MVXA 4YB6A 3RQTA 2F78A 1SI1A 3VVDA 3SDFA 3SERA 1MXXA 1A40A 1B3GA 3HCQA 2V84A 2I49A 4PFTA 3U1OA 4DXBA 3H6TA 3IB2A 4YMBA 3DP8A 3CFXA 1R9LA 3M3FA 4G8MA 5FHMA 1XT8A 4RK9A 1WDNA 1MXVA 3TFLA 3MPKA 1B2HA 3O6GA 3S9NC 1MDQA 4KCCA 4FECA 4MLVA 2R6GE 3MPLA 4YKJA 4LZ7A 4X1DA 1L5TA 3EQ1A 5CMBA 2H5YA 5CBSA 1MXZA 3R6UA 3C4MA 3PPRA 2D21A 4WEPA 4UA8A 3G3JA 2ZYKA 3MVWA 3OSQA 2REGA 1ZMGA 4WKMA 4ZE8A 3VDFA 3QUJA 5HBCA 5AE4A 3KEIA 3S4UA 4U21A 3VLUA 2V25A 2DWJA 4EDPA 4LATA 3K00A 4EXLA 2QMXA 4R75A 4GL8A 1N7XA 2HAVA 4QF9A 2F36A 2NXOA 3Q26A 4XKRA 3FATA 3SEWA 4IY6A 2RCBA 3HV1A 2B3FA 5A5XB 2H9BA 2DP8A 2P2AA 3K01A 2VD3A 1NKXA 3K4UA 5CBRA 3FVKA 4BDNA 4X48A 3B6QA 3SETA 4BLAA 1OQHA 1XHYA 2VOZA 2ANJA 4FJPA 4IO5A 2NOOA 4FEBA 2O6AA 2QRYA 1H44A 2Y7IA 4IO6A 2QPQA 3B6WA 5F7VA 5BUUA 3LR1A 3U93A 1Y4TA 4ELRA 3PPPA 2HCAA 1LLSA 5CI5A 2HAUA 2H98A 1S7YA 3K0VA 4R74A 1JQFA 4KYEA 1LSTA 3USDA 2Y7KA 4DLDA 3UGWA 4IO3A 4GOTA 1AH5A 1MH4A 5LOMA 1CE2A 3I5OA 2I0CA 1DOTA 3A3UA 2OJTA 1Y4CA 3C36A 3B7DA 1Z7NE 3CG3A 3TYHA 5L9MA 2XXWA 2Y84A 4ZEDA 1IQ7A 3TDJA 1FQDA 2NUVA 1NH8A 3MJNA 4YB5A 2V93A 4RXLA 3TQLA 2XXPA 2Y7RA 3QYTA 4Q8RA 1LBBA 3W9WA 2RC7A 4F2OA 3FXUA 1GR2A 4NF8B 4RJZA 2H25A 3DELB 2QS2A 4GF8A 3CIJA 3HSTA 4XKNA 2GRVA 2DWIA 1SVXB 2H99A 3H06B 2XX9A 2PVUA 1GVCA 3HHGA 3MZ9A 2G29A 4KYDA 3IAZA 3OO7A 2ZNUA 1US5A 2DYXA 4H1XA 1Z7ME 3KJ7A 3I6VA 2P0SA 2XD3A 1Y1MA 3FVOA 4GVOA 4C1UA 1SW2A 3C31A 3PD9A 4Q30B 3OO8A 2V3QA 5HPQA 3K6VA 2UVIA 5H8SA 2FNCA 2H4IA 1SD3A 1Y9UA 3CSBA 4DDDA 2F8DA 1RYOA 3TAJA 4YKIA 3MZBA 3PMVA 1SYHA 3EPEA 4THIA 3JYRA 3TELA 2G93A 3G3FA 2HQ0A 3FJGA 3CR9A 5K2YA 5CM6A 3G3KA 3O29A 3KBRA 2F35A 3RLFE 3OEMA 3T9UA 1B7ZA 1B7UA 4H6DA 2UVHA 2E1SA 3TTLA 4G68B 4I9DA 1MQDA 5KCJB 3DLNA 1A54A 3FUZA 4X9TA 4EQ9A 2AIXA 3KJTA 1J1NA 5ELVA 2F34A 3IR1A 1JVXA 1B5IA 3IO4A 3KZGA 3AXFA 3GLBA 3IJOB 3LSFB 2RC8A 2NWJA 1M5BA 3FXQA 4OHNA 3BFUA 4MBPA 3MP1A 1PC3A 5JK4A 3E13X 3Q29A 5M2VA 2X7PA 3TEPA 3H7MA 1LFGA 2ZYNA 4GFRA 3TMGA 1Y1ZA 4KFQA 1LB8A 1ZTYA 4XKPA 2FYIA 1DMBA 3OSRA 3TUSA 2B65A 1N84A 3RY3A 1B3HA 3KSJA 5L9SA 1ANFA 2Q8JA 1B5HA 3FZVA 1M5CA 5ITPA 1MY2A 1FQCA 2Y7WA 4LONB 1QKAA 2F6GA 4QRZA 1USYE 1HSJA 1BLFA 1MPDA 3OD7A 2V3TA 2XXQA 2PYYA 2Q9TA 4BDRA 4FE8A 1JW1A 3N26A 4OQOA 3PUWE 1UIUA 1M5DA 3I3VA 3PMXA 1MQIA 4KHZE 4OESA 2HZLA 2QS1A 1P1UA 3OENA 2F6PA 3O97A 5L8DA 4ZEKA 1EZOA 3CG1A 2F7AA 4U1ZA 1JETA 1WODA 4JSDA 4MH5A 4KCDA 4GIZA 1EZPA 2XXYA 1P1NA 4ZEIA 1IIWA 2O7UA 1YAEA 3VFJA 4YZZA 3MUQA 1IXIA 5B70A 4F1VA 4HCYA 3Q25A 1B0LA 3K1PA 1FTKA 3MVYA 3C35A 2DVZA 3V89B 1H45A 2Z8EA 3U92A 4I8CA 3LUYA 2VD2A 2M8CA 3SKPA 2Z8DA 4IO2A 4NE4A 1QJMA 1SW5A 4JWOA 3H03A 1PBPA 4PQJA 4OETA 3O66A 3H6UA 1MY1A 1UTHB 3V8XB 3L6HA 4F29A 2CZLA 4FAJA 1YCJA 5AA2A 4NMYA 4R6YA 1B51A 4RNSA 3FGSA 3TPAA 1PB7A 5I84A 1B0HA 4EF1A 1NNTA 2NVUB 2Z8FA 4ELOA 4DCYA 1MG1A 1TXFA 5CMCA 4YKKA 4KYSA 1D9YA 4G68A 1NL5A 4DIGA 2GHBA 3T96B 5KCJA 3PUXE 1MXYA 4ZZAA 2DXRA 2XX7A 3T22A 1AMFA 4QSDA 3PPOA 1MM7A 4C0RA 2O69A 3K1MA 4IY5A 2DE3A 4ISUA 5AA2D 5J1DA 2Q88A 4WXJA 2ZNTA 1P1QA 1USYH 4QFKA 2X26A 4R9GA 5BWJA 3KN8A 4IO4A 1B3LA 1N3XA 2DE4A 3QXMA 3TKDA 4U23A 3EN3A 2D3IA 2DS9A 4PETA 1OVTA 1SBPA 3W15C 1DTZA 3K6UA 3OEKA 4RPOA 1MM6A 5DVJA 1AOVA 3RT8A 3CVGA 3U72A 4EQBA 1IZ1A 2DE2A 3TCHA 1QUJA 5JTYB 1URDA 1QUKA 1OMPA 1PBQA 1Y20A 3MW0A 2XX8A 4ELQA 1MY3A 1JW4A 4G77A 3S9LC 1POY1 1HSLA 3IJXB 2UYEA 1II5A 5ITOA 3S9MC 3C9HA 3S9EA 3VE1B 5TPAB 1IITA 2XHDA 3FVGA 2YJPA 4U2RA 4F19A 4ONYA 3QUFA 4POWA 3TZAA 4HS7A 2O68A 3FJMA 4E0WA 4ZECA 3KOSA 4LQ2A 3QSLA 4KD5A 1N76A 3IB1A 3PPNA 3IOVA 2I4CA 4H8IA 3ECRA 4XIGQ 3TQWA 1UIVA 3TTMA 3L6GA 3DP6A 4E0XA 1Q35A 3O6HA 4I62A 4YAHX 5I59B 4Z7EA 5I57B 2VGQA 3K1NA 1NNPA 4R73A 1M5EA 4PFUA 3D4CA 4OFJA 1MXWA 3PGFA 1ATGA 4PE5B 2GHAA 1R1NA 3QK6A 1ZIUA 1UTBB 4QFNA 3QAXA 1LGBC 2XXXA 2PBWA 2DOJA 4P11A 1QULA 4MFIA 3C34A 4PFYA 4R2FA 3GXAA 1UTHA 1F9BA 1FCKA 3GZGA 4YMAA 4Z0IA 1IXGA 1BTJA 3T9HB 4ESWA 2Z22A 2W7YA 1FTMA 4G4PA 1I6BA 3MQ9A 4LA9A 4GXAA 5FTHA 5I56A 4NF4B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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