4DLDA

Crystal structure of the gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with the antagonist (s)-2-amino-3-(2-(2-carboxyethyl)-5-chloro-4-nitrophenyl)propionic acid at 2.0 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
b'NRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and pharmacological characterization of phenylalanine-based AMPA receptor antagonists at kainate receptors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 80
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dldA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dldA02
1MY2A 1FW0A 3MJNA 2HCAA 3LSLA 5FHOA 1FTLA 3KGCA 4PQJA 4MF3A 4TLMB 2UVIA 4I9DA 5I57B 1MM6A 4ZZAA 1OQGA 1SW5A 4OERA 2Z8FA 4EXLA 5EHMA 4POWA 3VLUA 4XKNA 1B51A 4RJZA 1H44A 4TQUQ 2H98A 4U23A 5TPAA 1MQDA 2H4IA 1XC1A 3UN6A 1SI1A 1GTKA 2UVGA 3TTLA 4EQ7A 1LAHE 4PFUA 3O29A 1TFDA 3ODBA 5F1QA 4R2BA 1H45A 3VXCA 1OQHA 2ZYNA 1QVSA 3MVXA 1HSLA 4I1DA 4EQBA 5CRYA 1NNKA 4Q5TA 1ELJA 1ANFA 1RKMA 1Y1ZA 3TKDA 3TQLA 1MPCA 5TPAB 1CE2A 4EF2A 4F3GA 2A5SA 4IO4A 4MLVA 5CBRA 4F3BA 4XKQA 4Z7EA 1ZIUA 4DCYA 3A3CA 4AB5A 4IGTA 4LATA 1URDA 5AA4A 1XS5A 4YB5A 2V3TA 4F1VA 3CIJA 1SYHA 3PGFA 1MQHA 2Z22A 4ECFA 2Y7RA 3IL1B 3LR1A 2FYIA 2I48A 4LZ7A 1B4HA 2ZYKA 5CMKA 3T9VA 1WDNA 1LCFA 3ONMA 2ZNSA 4X48A 3KSJA 3O6HA 4ZE9A 3L6GA 3GXAA 5AA4B 1UTHA 5KDTA 3FATA 2GHAA 3MWBA 3HO7A 4GXAA 2DS9A 1TT1A 1B3EA 2X7PA 2XXYA 3KBRA 4PFTA 4R6HA 2OZZA 1A8EA 3IB0A 3USDA 2DVZA 1LAGE 4R74A 1PB7A 2DOJA 4U21A 3B6TA 2D5WA 3T93B 3FVKA 1D9YA 1OLAA 4PP0A 3LSWA 3CVGA 4RK2A 1OLCA 1UTHB 1IEJA 4F1UA 2O7UA 3H7MA 5KDTB 3UIFA 3MVYA 2M8CA 4XXUA 1FCKA 2FA7A 5CMBA 1ZJLA 4G68C 4JWYA 2V93A 3P7IA 3G3KA 4FATA 1POTA 1ZU0A 3OO6A 2O1LA 3TYHA 1PDAA 3RUMA 2XHDA 5DEXA 4XIGQ 3MW0A 5FHMA 3CSBA 1A7LA 5AE4A 4H0WA 4OXVA 2AL4A 3U94A 2B3FA 5L8DA 3K6VA 3ILTB 2AIXA 2XXVA 5H8FA 3GLBA 1LAFE 4QRZA 4YICA 4JSOA 4BLAA 5LOMA 2G29A 3TCGA 1P1OA 2NOOA 3K1PA 3FV1A 4PFWA 3TDJA 4AB6A 4F18A 5DEXB 4U4XA 2F78A 5HM4B 1MXWA 1A8FA 2PT1A 4RPOA 5CBSA 1P1QA 3MZ1A 4ND9A 4BDMA 3S9LC 3H6UA 4PETA 1R1NA 4AQ4A 3KN3A 3TPAA 4H5FA 1SW2A 4JBZA 3C33A 4U1OA 1N04A 3K02A 1A55A 4F39A 2XXIA 1D4NA 3F11A 3I6VA 5B7DA 1NL5A 2GRVA 3V83A 4JSDA 3O66A 1N84A 3PUVE 2ZNUA 2RKMA 1MRPA 2P0SA 4Q8RA 3RT6B 3C32A 1HSJA 3OD7A 4LP2B 1FQBA 3W9WA 1SBPA 1PB8A 3B7DA 1IZ1A 4IY5A 3FXQA 5H8SA 5JK4A 4K3FA 4R9FA 4ZS9A 4GF8A 5ELVA 1FTOA 4KI0E 1Z7ME 1MXVA 1MY3A 1US4A 3OSQA 4H8JA 4X9TA 4JWXA 1NFTA 3E3KA 4IO5A 4M1VA 4KCCA 3O2AA 1YAEA 2VGQA 3TZAA 1Y3NA 4OHNA 2I4CA 1AMFA 1N7WA 3PPOA 4GWOA 1B52A 5ICQA 4KD5A 1JVXA 1KWHA 3SKPA 4QSCA 1SVXB 2UVJA 3C4MA 1S50A 2DWIA 4BDOA 4F3SA 3UP9A 3PPPA 2OWSA 1FQCA 3QUJA 2XXUA 4ELOA 5DT6A 2F5XA 3VLVA 5AA2D 2ZYMA 3IO4A 3K6UA 3HHGA 4P11A 4G68A 3KFMA 3PPNA 5DVFA 4JXIA 1N3XA 2I4BA 1M5EA 3K6WA 3BKIB 4R6YA 2QMXA 1H76A 4HTGA 2Y7IA 2VD3A 4WEPA 3S9NC 3IOTA 2O7IA 4NF4A 3FJMA 2ANJA 2Q9TA 2LAOA 4ZEKA 4R75A 4O3AA 2Q88A 3O9PA 2XX9A 3BBRA 4R9GA 5HBCA 4Z0IA 4G68B 4WXJA 1AOVA 4ESWA 2OWTA 3CRBA 3N26A 4H8IA 1MG1A 2P2AA 1B3LA 4Q0CA 4ZDMA 3U1OA 3CG1A 3VFJA 2I0BA 4LA9A 1Y4CA 4KPTA 5AA3A 4NF4B 1DPEA 1YTVA 3PUYE 2ALUA 1I69A 3HCQA 5CC2A 2DE3A 5DTBA 5FTHA 4U4SA 1JW5A 5TP9A 3KEIA 3VLWA 3RPWA 3RY3A 4KFQA 1IXCA 4UACA 2B65A 4RPNA 2PVUA 3PMWA 3A09A 4G8HA 2W7YA 3OOAA 4EDPA 1RYOA 1ATGA 3TAJA 2GH9A 3E9XA 1S7YA 2X26A 3IORA 3BFTA 2F97A 3RGYA 1PBQA 4RXLA 4G77A 3SEWA 3B6QA 5JTYA 4OEUA 4GQOA 2F34A 3PUXE 4TLLB 4NF6A 5TP9B 2PYYA 3IB2A 1A99A 4DLDA 1A40A 3EHUA 1LB9A 1A54A 1JNFA 2XD3A 1JW4A 1NNPA 2VOZA 2XD2A 3E13X 3G3GA 2HEUA 3UA8A 3ZSFA 1US5A 4F3PA 2F7CA 2Q2CA 4U1ZA 2ZYOA 1IITA 1MS7A 4OYVA 5I59A 4R72A 3KJTA 2UYFA 3RNNA 5IKBA 4FORA 4PFYA 3PUZE 5JTYB 3EN3A 1VFEA 3JZJA 3UORA 3LSXA 2RCAA 4U2RA 5CM6A 4NF6B 2PMSA 2GHBA 4FECA 3C9HA 4F31B 1OMPA 4IB2A 2F7AA 2ABHA 4R6KA 2DP8A 4RNSA 4KYEA 3V89B 1MY1A 1EZOA 3TEPA 3O28A 1XVXA 3OEKA 5I59B 3U8QA 2ONSA 5AA1A 3H6WA 3PD9A 1MY4A 3TTMA 4LQ5A 5ICTA 2DQVA 5I84A 2Q8JA 1QUKA 4FE8A 2R9JA 1PBPA 1WVJA 3N6UA 3N94A 3KN7A 1B6HA 4F29A 1FTJA 2OLBA 4I62A 2D3IA 1AIVA 3MPKA 4NWCA 2QS2A 4RA1A 4OZ9A 3RQTA 1ZLQA 3G3HA 4QFPA 3IAZA 3R7XA 3ILUB 5I2NA 4LUBA 1Q1KA 1DPPA 1TWYA 3DP8A 3OXNA 1LFHA 3RTFB 2OK2A 3M3LA 1EZPA 4FEDA 2XXHA 1EH3A 4WKMA 3RTWB 1FQDA 4R73A 1QULA 1EZ9A 1IQ7A 1MXUA 1O64A 2F35A 5K2XA 3SEXA 1UQWA 3PMVA 5I2NB 5CMCA 1B46A 1B7HA 3L6HA 1ZTYA 4MH5A 3OEMA 3H4ZA 1LLSA 1P1NA 1BP5A 2QS4A 5HPQA 2CMOA 1USYH 1N76A 2E0SA 3N5LA 3QK6A 1JVYA 3VVEA 3K01A 2O84X 1DMBA 1B1HA 3IOWA 3E4RA 3ZS6A 1SI0A 1B1XA 1R9QA 3QAXA 2QMWA 1O7TA 3SERA 4KYDA 3C31A 4N6PA 1M5BA 4WEDA 2CZLA 5J1DA 4GFRA 3GBBA 3CFLA 2H25A 1Y3PA 4OFOA 2HAUA 3DM0A 3IOUA 4NWDA 3IX1A 3JV9A 3T66A 1NNTA 4XKRA 2OBGA 3CI8A 5H8NA 4F22A 2DVCA 3OELA 1MM7A 3TCFA 4YKKA 4OEVA 1B3GA 1B40A 3G3JA 5FHNA 4H6DA 2ZMBA 1B4ZA 3Q25A 3UK4A 1BKAA 3O97A 4E0WA 2IA4A 1URSA 3FZVA 4PE5B 3PV0E 1Y3QA 1POY1 3MC2A 1TXFA 3EF7A 3O6IA 3WAEA 4H65A 5BWJA 2V3UA 1B5JA 3G3IA 1DTZA 1N3WA 1TFAA 4DZ1A 5H8NB 1H43A 3Q27A 2Y84A 1L5TA 2H9BA 3PU5A 2VD2A 2V84A 3O6GA 3FJGA 4IO6A 5CI5A 3MAMA 2RINA 3TODA 1LFIA 1B7ZA 2HZKA 3C36A 4O3CA 3TUSA 3PUWE 2Y7PA 4DXBA 3TELA 3TMGA 1D9VA 5JEIA 3LUYA 3SEVA 4OETA 4N13A 2F36A 3OO9A 4Q30B 3R26A 3R6UA 4U22A 4E0XA 3FGSA 3MBPA 4HS7A 1B32A 5H8QA 3C34A 4F2QA 1JEVA 1J1NA 3CG3A 3SDFA 3EQ1A 4I8CA 1SDXA 2AL5A 3GZGA 1GR2A 3K1MA 3FUZA 1H3DA 4OENA 1D3KA 1MQJA 1OVTA 3TTKA 2XX8A 1B05A 2AYSA 2I58A 3SEUA 3RLFE 1VFDA 2O51A 1NH8A 4KQPA 1JEUA 3U93A 2DWAA 1CB6A 1JQFA 4FIMA 4ONYA 4YB6A 3Q29A 1JETA 3S4UA 3MUQA 4KR5A 3KSXA 3U72A 4EUOA 1LCTA 3G3FA 4C1UA 5H8QB 1Q35A 3VE1B 4GXSB 4TOZA 3FXRA 4P0IA 5DVIA 1XT8A 2RF1A 2E1SA 4NTLA 3PMXA 5FTIA 1O63A 1M5FA 1OVBA 3VVFA 4EQ9A 4QFOA 3SETA 4BDRA 4DDDA 2YPNA 4ZECA 3MP6A 3A3UA 4NE4A 4IO7A 4DXCA 3TCHA 2I3WA 4DE8A 3IJOB 4QSDA 5I58A 3TFLA 2VHAA 3EHSA 4HW8A 1NH7A 1IXIA 4UA8A 5I56A 1MXYA 2RC7A 3CFXA 3S9MC 4O3BA 1WODA 1NKXA 2DXRA 1MH3A 1Z7NE 3QIMA 1QW0A 4ZZEA 4DCXA 3Q26A 3LC8A 1NMUA 2HQ0A 2ESNA 4RYAA 2HXWA 3MQ9A 3K0VA 5F7VA 4YKIA 4LVQA 3THIA 2B3BA 1UTBA 3U92A 3FJ7A 4GL0A 4YKPA 2XXQA 3SESA 2V25A 1IXGA 5I58B 4OMBA 5ISUA 1II5A 5H8HA 1LGBC 2DWJA 2QSXA 1FTMA 5I56B 3I5OA 1Y4TA 3GBAA 2NXOA 4H5GA 4OVJA 1IUDA 1UIUA 4ZEDA 4RY1A 3TTNA 3FXUA 3BFUA 4YKJA 3W15C 2H99A 4ISUA 4ZEBA 4NF8A 1LSTA 2F8DA 2R6GE 2QL3A 1MDQA 2Q89A 1P1UA 2XXTA 4X1BA 4NF5A 2Q2AA 5CMMA 3H06B 1UTBB 2UVHA 1MXXA 4ZEIA 2V3QA 1SW4A 3VVDA 3MP8A 3I3VA 1B7UA 3KOSA 5H8HB 3MVZA 4NMYA 4YZZA 5ITPA 3CFZA 4BDNA 4YU0A 1B3HA 1Y9UA 1BLFA 2OCUA 1AL3A 1MQIA 5DVJA 2O69A 3KOTA 2VP1A 4NF8B 3EPEA 1ZMGA 2Z8EA 4ZEFA 3PPQA 3ECRA 1VE4A 1GVCA 2D21A 1GGGA 1MQGA 4NF5B 1B3FA 5K2YA 1LAXA 2R71A 5EHSA 4KHZE 4C1TA 3N6TA 1MPBA 3K00A 3ZKKA 4POXA 3ZKLA 4YAHX 3UGWA 2Z23A 4ZE8A 1LFGA 1FTKA 4OTEA 1MY0A 4XTCQ 2REJA 2I49A 2HFBA 2QS3A 2NWJA 3IR1A 4EXKA 3IJXB 3K2DA 2ONKE 4F1YA 5EYFA 3FD3A 3HN0A 4KYSA 3VDFA 2REGA 3OO7A 3CR9A 4IGRA 5BUUA 1LB8A 5L9MA 4LZ5A 4BDQA 1ZKBA 1SYIA 4L17A 4DIGA 3K6XA 1QJMA 4XKPA 2G93A 4GLIA 3RT8A 4FEBA 3MZ9A 3DLNA 1QKAA 3H6TA 2P1SA 1GV8A 3HV1A 1Y1MA 3QUFA 3IOVA 4F2OA 1RYXA 1B0HA 1XHYA 3LSFB 3JYRA 1EU8A 1IXHA 2XX7A 2O6AA 2I6EA 1B5HA 5L9SA 3IK6B 4FAJA 2THIA 3H6VA 1PEBA 1YCJA 2I3VA 3KN8A 3B6WA 3T9XB 1I6BA 3HPIA 5A5XA 3LBSA 1B0LA 2YJPA 1JW1A 5TU0A 4LZ8A 4MLQA 3OSRA 4GOTA 2QJEA 1R6ZA 4JWOA 4P0GA 5DYHA 1I6QA 3DP4A 4F19A 3OENA 2DYXA 1VSOA 3OO8A 2NVUB 1YPNA 3QYTA 1ZBMA 4R2FA 3TTRA 3T96B 3MZBA 3T9HB 5IAIA 5I2KA 2PX1A 3MP1A 4G8MA 3FVGA 3T9UA 1DSNA 2QPQA 1QKBA 5ITOA 4ELRA 5A5XB 2DWHA 4IO2A 4OFJA 4GL8A 3HSTA 4GD5A 4N07A 1DOTA 5L9OA 2FNCA 4H1XA 4DXUA 3TQWA 2O68A 3PD8A 4IY6A 2PBWA 3DP6A 4JDFA 4LQ2A 4RK9A 1N7XA 1B58A 4G2ZA 1F9BA 3DELB 3M8UA 4HCWA 5I2KB 2ZNTA 3W9VA 1QUIA 3S2VA 3H3GA 4FJPA 4M4GA 4GVOA 2ZXTA 4HCYA 2Z8DA 3V8XB 2A5TA 1FQFA 2KLFA 1N0TA 5H8FB 1UIVA 3FASA 1USYE 2DE2A 4X1DA 4GIZA 2WKYA 4KCDA 2Y7KA 2UYEA 1MPDA 1BIYA 3SEYA 2XXPA 3S9EA 4OQOA 1LBCA 3G7WA 2PT2A 4YMBA 1QUJA 4G8NA 1NNFA 3CSGA 4EF1A 3D4GA 2OJTA 5B70A 1R9LA 4ELPA 2A5TB 2RC8A 3VV5A 2XXWA 4NEDA 2F7BA 3KG2A 4MFIA 1FQAA 4YB7A 1I6AA 3FV2A 2XXXA 2GFEA 4QF9A 1T0KA 2YLNA 3OMBA 1URGA 4THIA 1S9TA 3IB1A 1SD3A 1B9JA 1LBBA 1IIWA 5M2VA 2Y7WA 4G4PA 1SW1A 4QFNA 3K1NA 4H67A 1B5IA 1VR5A 2O1MA 4GRKA 1BTJA 1P99A 2QS1A 4JB7A 1HSEA 2X7QA 2DXYA 2NUVA 4IO3A 1XOCA 1OIBA 1MH4A 3KJ7A 2RCBA 3K4UA 3PPRA 1FQEA 1B2HA 3QXMA 5KCJA 2ONRA 2UXAA 3IO6A 4ELQA 2DSFA 1SQYA 3H03A 3QSLA 4OWDA 5AA2A 3MVWA 2F6PA 3FVNA 1AH5A 2RC9A 2QRYA 3C35A 3KZGA 4QHQA 2F6GA 2I0CA 3M3KA 4ESXA 3D4CA 2XXRA 1M5CA 3WAFA 1PB9A 3AXFA 3M3FA 3FIRA 1XVYA 3Q28A 1MDP1 3V5AA 3RN8A 5KCJB 1M5DA 4OESA 4YMAA 2BJJX 5AA2B 2HZLA 1PC3A 5I57A 1MXZA 4OFLA 1DTGA 2DE4A 3MPLA 4QFLA 4QFKA 4C0RA 4QSEA 2IEEA 4LONB 3EHTA 5KZTA 4MBPA 3T22A 2H5YA 3FVOA 3HHFA 3VXBA 1P1WA 2HAVA 4BDLA 1Y20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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