4DQ8A

Crystal structure of acetate kinase acka from mycobacterium marinum
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
380
structure length
373
Chain Sequence
NRVVLVLNSGSSSLKFQLVEPDSGMSRATGNIERIPDHDAALRRVFEILAEDDIDLQSCGLVAVGHRVVHGGKDFYEPTLLNDAVIGKLDELSPLAPLHNPPAVLCIRVARALLPDVPHIAVFDTAFFHQLPPAAATYAIDRELADVWKIRRYGFHGTSHEYVSQQAAEFLGKPIGDLNQIVLHLGNGASASAVAGGRPVETSMGLTPLEGLVMGTRSGDLDPGVIGYLWRTAKLGVDEIESMLNHRSGMLGLAGERDFRRLRAMIDDGDPAAELAYDVFIHRLRKYVGAYLAVLGHTDVVSFTAGIGEHDAAVRRDTLAGMAELGISLDERRNACPSGGARRISADDSPVTVLVIPTNEELAIARHCCSVLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium marinum
total genus 124
structure length 373
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A02
1SZ2A 3WXJA 2YHXA 4AM6A 4BVPA 1HKGA 3CJAA 2F9WA 1SQKA 2PBDA 1BA1A 3QFUA 4O8KA 5ADXA 3ULEA 4WQ5A 5BPMA 5AQHA 3FZKA 4FWRA 1KAYA 2P9NA 4BR5A 4YDUC 5F1XA 4BC5A 2A3ZA 1IG8A 1ATRA 3ZX0A 3MN5A 4B1YB 4B1ZA 4EFHA 5AZIA 1BWFO 3A8YA 4BROA 2FLOA 4H0OA 3D2EB 2QXLA 5JLHA 5AQGA 4LC9B 3A5NC 2P9SA 3H46O 3VF4A 1P8ZA 5AQXA 4FL9A 3MCPA 3S41A 2F9TA 5AQOA 5JMVA 1NGBA 2P9UB 1BU6O 5AQUA 3I8BA 2ZF5O 3D7EO 4CBXA 3FGUA 5EOYA 3VPZA 3FZFA 4IXCA 2Q0RA 2OANA 5FPEA 1Z6RA 4GY2B 3U8XA 4XH4A 2P9IB 2GWJA 1TUYA 2IVNA 4BREA 5AQQA 2YCHA 1S22A 4A62A 2GUPA 4BRHA 1Q18A 1GLBG 2YJEA 1BOTO 1NGGA 1NMDA 3LDLA 2IIRA 1U2VA 2UYTA 3DXMB 1NBWA 2ZGZA 1QQOA 2E2NA 2V7YA 2Q0UA 5AQJA 3ZEUA 1NLVA 3KHYA 5LJWA 3CIPA 3IDHA 2PAVA 1BG3A 5CE3A 4JHDA 3RSEA 1CZAN 4H5RA 1YVNA 4A2AA 4CZMA 4MO5A 3BEXA 3M6GA 4I6MB 2YHYA 4BRQA 4FWQA 2QM1A 3L4IA 1T6DA 4XH5A 2A41A 3AAQA 4C23A 4BC3A 4H5WA 3BUZB 3KZBA 4CZEA 1MA9B 4H0PA 4MLEA 3D2FA 3FR0A 2NRHA 3QMLA 1Y64A 4DCHA 5AQMA 2D0OA 1KAZA 4NO7A 3VEYA 4IJNA 3KVGA 4K43A 2FF3B 2I7NA 1GLAG 1YAGA 1QQNA 1ATNA 3R9PA 1WOQA 3R6MA 4H0XB 4HTLA 2A42A 4BVOA 5BN8A 5AQLA 5AQPA 3VESA 3VERA 4B9QA 5JLFA 5BRDA 5LY3A 1V4SA 4QS9A 1HKBA 3VGMA 3QB0A 3QFPA 4DHYA 3VEWA 4QS8A 4B1UB 2Q31A 3HZ6A 5AQTA 4BQZA 5LJVA 2YJFA 4FWOA 2P9KA 3CJ9A 1C0FA 5EVZA 5AFUA 3DAWA 4IJAA 2FSKA 2ZGYA 3J8AA 3C7NB 2E8AA 1K8KB 3MN9A 4ISGA 5EY4A 4H0TB 3UKRB 1JCEA 2WUSA 2CGLA 2D1KA 1HJOA 2QWQA 4DQ8A 4ISFA 3HI0A 5AQYA 3WXIA 1T6CA 3IMXA 1LOTB 5BN9A 3SK3A 4JNEA 3EZWA 4FO0A 2Q1NA 1BDGA 4BRFA 3BF3A 1QZ5A 2ASOA 3LL3A 4H03B 3QBXA 1E4GT 3JXUA 4BGAA 3MDQA 2QWOA 1LCUA 1TYQB 3D2EA 3H3OB 4XEIA 3VGLA 4CD1A 5FPDA 2P9LB 2H3GX 4FWNA 3EN9A 3SLCA 2CH6A 3AAPA 3ZETB 3L0QA 4M7YA 1DGKN 4DB3A 3M3ZA 2P9UA 4FPBA 4PL7A 4BG9A 2QWNA 3O1WA 1TUUA 2E1YA 2FSNA 5AQFA 5F0XA 5FPNA 4CBUA 4BRKA 3TPQA 1BO5O 1JCFA 2ITMA 4BR0A 2P9IA 3BF1A 2Q97A 1ATSA 2W41A 2E2QA 3W3DA 4B1WB 3LDQA 5E26A 4BRCA 1NGEA 1NM1A 5FPMA 2CGJA 4WQ5C 3EKSA 1DEJA 5KPZA 3WXLA 5KQDA 3DXMA 4M63C 3O4WA 5KPRA 3VEVA 1XUPO 1BUPA 2IVPA 5AZJB 5AQSA 3LM9A 4EIAA 4CZIA 1RDWX 1ZC6A 3VF6A 3H3NO 2Q2RA 3EL2A 3HM8A 4I6MA 4RCHA 3DXKB 5EX5A 1X3MA 3GL1A 3WUHA 2A5XA 3U9ZA 3LM2A 1KAXA 4HWIA 2NLXA 4BR2A 4CZLA 2IVOA 4BRLA 5BREA 4JD2B 1XQSC 3EKUA 1R59O 3WXKA 2QWMA 3OHRA 4QS7A 3O5BA 2AA4A 2FF6A 3MK6A 2QWPA 3F9MA 2A40A 3DJCA 4EAHD 4FPAA 4H0VB 1D4XA 4AM7A 4IZ9A 3FE1A 4K41A 1EQYA 2FSJA 4ISEA 4WQ4A 1GLJO 4BRPA 4IWVA 3GE1A 1GLLO 1G99A 2ZWHA 4MO4A 3VEOA 3WEEB 3FZHA 2BTFA 4MLHA 3GOIA 4B1VA 3CQXA 3AY9A 4PKHA 4H5NA 2Q36A 3IUCA 5AQIA 2E20A 1E4FT 3VETA 2HOEA 3C7NA 1K8KA 3UKRA 4BRIA 4BR9A 4Z94A 2GWKA 5KQ8A 3UKUB 1NGJA 2I7PA 3HBTA 3W0LA 3O6WA 4RWTA 4WYBA 4PKGA 1S3XA 3VF2A 3CJ7A 5KPTA 4BRDA 3TU5A 4BR4A 5AQVA 3ID8A 2P9PB 1X9JA 1BA0A 4FWMA 4H0YB 3O08A 3C0BA 2V52B 5BRFA 1DKGD 1TYQA 1XC3A 3A5LC 2E1ZA 3FZMA 3HTVA 2P9LA 2QW9A 4CZJA 5AQKA 5BRHA 3ZETA 3QICA 1OKJA 3SMPA 2QWLA 3CHWA 1J6ZA 1QHAA 3ENHA 5BR9A 3QBWA 3U4LA 4FOEA 4M7XA 3VENA 4A2BA 4EHTA 3QDKA 1WUAA 4E1JA 3GG4A 1HLUA 3ULEB 2D0PA 1MDUB 4BGBA 2GELA 5TKYA 1ESVA 4CZHA 3O80A 2HMPA 2P9NB 3B8AX 3ENOA 1NGCA 1V4TA 2V7ZA 4CBWA 5I9EB 1C0GA 2W40A 3MMVA 5AZIB 3WQUA 1JCGA 3ATVA 4JAXA 4PL8A 4BRGA 3MN6A 3JS6A 4CZGA 4BQLA 3O8MA 3H45C 5EXWA 2VYPA 2P9SB 3SMSA 4K25A 2E2PA 1HX1A 1HPMA 2DPNA 5AZJA 1NGAA 3LDPA 3O1BA 3WQTA 4BR7A 2J4RA 5BPNA 1HKCA 1RGIA 1YUWA 3R8EA 2FXUA 4GNIA 3DXKA 1GLDG 4KBOA 4CD3A 2NZTA 5AQZA 2VCPA 3FFKB 5JICA 3GBTA 3H1QA 3DWLA 3UE5A 4O5FA 4H5TA 3ZX2A 3ATUA 4JD2A 3I33A 5F2RA 3VEZA 1U2VB 1NGDA 2A6AA 3IFRA 1GLCG 2GTDA 4FOIA 4FSVA 4L3QA 5ELZA 3A5MC 3ZX3A 3H6EA 1MWMA 4H5VA 5AQWA 3ZEUB 3UB5A 3CERA 4BRAA 3A0IX 3VEXA 3VGKA 1ZBSA 3LDNA 4JHDB 2CGKA 5AQRA 3RSEB 4A61A 3HSCA 3M1FA 5AR0A 1U6ZA 3CJCA 2E2OA 1X3NA 4FWPA 3VOVA 3SJHA 4FWLA 5AQNA 3WEEA 4B1XB 4FWSA 3FLCO 3L6QA 2EWSA 5B8HA 3CI5A 1YXQA 3FZLA 1NGHA 1QZ6A 3BP8A 3D2FB 4J8FA 3WT0A 4EHUA 3CJBA 3LDOA 2VWBA 5BPLA 1NWKA 1SAZA 4JN4A 1Z05A 3EO3A 4BC2A 4IO8A 4CI6A 4PKIA 5AFUH 3U9DA 3UKUA 4YDUA 4F9OA 1RFQA 3CJ1A 2D4WA 4FWKA 4NB4A 2ASMA 2BUPA 2QWRA 4XH1A 2V51B 3MN7A 4BG8A 4K42A 2GEMA 4BRNA 4CJ7A 1NGFA 3H1VX 1GLFO 1T44A 2AP1A 2P9PA 3P4IA 2CH5A 1GLEG 2YI1A 3CQYA 4CZKA 3AARA 2E88A 2P9KB 2HF3A 4Y0WA 4BC4A 1H1VA 5ADXH 1ZXOA 3GDQA 2KHOA 3CETA 4WQ4C 4RTFD 2YHWA 5E84A 4CZFA 2ASPA 1MWKA 2HF4A 4BRMA 1IJJA 1HUXA 1QQMA 3A5OC 1NGIA 3G25A 1KXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTOA 2YHXA 4AM6A 3Q7CA 2HHUA 4JS4A 2F9WA 3O3FA 2PBDA 3CFRA 3TARA 4O8KA 1UAXA 4WQ5A 3ULEA 4FJXA 4ILGB 3EZ5A 4I2PA 4JV5K 4BC5A 2A3ZA 1ATRA 3SBTA 3G71N 1XMOK 4K0KK 2NRXA 4RW6A 3NDKA 3S3NA 4DFJA 1BWFO 2IOCA 4BE1A 5M1OA 1CZ9A 4LC9B 3A5NC 1OH8A 5M1QA 3T69A 4HCBA 1U45A 3BZCA 3C6UA 5AQOA 1NGBA 1BU6O 5AQUA 3I8BA 2PYLA 3IG1A 3TANA 2OANA 5FPEA 2XY8A 1TUYA 4BREA 1BHLA 2EHGA 5FROA 1NKEA 2PYJA 2YCHA 1S22A 1HMVA 2VGMA 4BRHA 4EP4A 4DS4A 4ELUA 5C2DA 1BOTO 1W2BM 1NMDA 2IIRA 4IEIA 2OYQA 2ZGZA 4B3OA 4EP5A 4CE9A 1IBKK 3MWTA 5AQJA 1S1TA 3V81A 3RMAA 3IDHA 4F3OA 2O8DB 3K9KA 4IEEA 5J1EA 3M6GA 3LP1A 4FWQA 1HPZA 4IG0A 5HOOA 5LL6Z 4DSKA 4M3TA 5C15A 4CHQA 2A41A 1YTAA 4B08A 4FLZA 4IG3A 4M3XA 4EZ9A 3MXIA 3QMLA 5HRSA 5E41A 3VQ6A 1Q7YO 1KAZA 3KLEA 3L2QA 4HVJA 4IJNA 1K6YA 3CYMA 1N6QA 5JS1A 1RT6A 2I7NA 4DLGA 4AQYK 2O8BB 1GLAG 5C24A 3KLHA 4FJMA 2D5RA 3CQ8A 5BN8A 2W42A 5JLFA 1ASVA 1HKBA 3LZJA 4DTNA 4KH4A 2Q31A 3HZ6A 3DLBA 3CJ9A 1C0FA 4JI0K 5C12A 1NU0A 4ILHA 2ZGYA 3JAMO 1JLAA 4ISGA 3MN9A 3C94A 2QWQA 4FJ9A 4DQ8A 3A2FA 4ISFA 4ID5A 3WXIA 5GIPA 4OLBA 2W6KA 4DR2K 4N47A 3DI6A 3DM2A 4JNEA 3EZWA 4YORA 2VWKA 4Q5VA 3BF3A 3E9PA 1QZ5A 1GOCA 3LL3A 4LSLA 4B3TK 1Z26A 4KHSA 4CJ5A 3SQ1A 4CD1A 3D2EA 1LCUA 3H3OB 3VGLA 4XEIA 1N36K 2P9LB 2H3GX 4FWNA 4DV5K 3CCVN 4AHTA 4O0IA 3OYGA 3ZETB 2YKMA 1WSIA 4YOVA 1EO1A 2O4IA 4FPBA 1B9FA 1RILA 2QWNA 4BG9A 1K9MO 5C0YA 3THWA 1YT3A 3NCIA 3LPTA 4KI4A 1NNEA 3SAGA 4BRKA 1BO5O 3O4QA 2P9IA 2EX3A 1ATSA 3J7YP 1JLEA 1ZBHA 4DF8A 1NM1A 4OPAA 4CVNE 4KHUA 3SV3A 1IV0A 5KPZA 3WXLA 1IKVA 5KQDA 1M1KO 4M63C 3CFPA 3HYFA 5KPRA 2A1RA 3V9WA 3TSQA 2IVPA 2BANA 3CG7A 4EIAA 4DKWA 3D45A 1RDWX 1ZC6A 4IFYA 3IRXA 4DU4A 1KLNA 3K2PA 1HRHA 3WUHA 4DWIA 4M3WA 3L4QA 4M3ZA 2A5XA 3LM2A 3HT3A 3VA3A 2KKZA 2PZSA 4N41A 3MEEA 4JKGB 2QWMA 3I55N 4QS7A 2QWPA 4EAHD 3ZSZA 4IOXA 3DLHA 1C6VA 4IZ9A 2P5OA 3JSMA 4K41A 2RKIA 2FSJA 3ZCMA 1I39A 4O8UA 2DY4A 4IWVA 4CESA 3NF9A 3OYBA 2HVIA 1G99A 2F4VK 1KSPA 4JI6K 2KQ2A 4FJNA 3J7ZO 3M8SA 2OTLN 1YF5L 3NHGA 4C8LA 3OJUA 2OCEA 5LMUK 2Q36A 1REVA 5DMRA 3IUCA 4CEFA 4CJQA 4H4MA 4A5BA 2E20A 3VETA 2HOEA 4AHSA 3OYFA 1K8KA 2ETJA 4JK8A 3B6PA 4W5RA 4Z94A 1K8AO 1J54A 3ZSYA 4DFKA 2BH1A 2OPQA 5TKWA 2I7PA 2HNYA 2UUCK 1TKXA 2G8IA 4WYBA 3L2WA 1S3XA 3QERA 3CJ7A 3QNOA 1LW2A 4FJJA 3ID8A 4RW7A 4NXMK 4FM1A 2WFBA 4OPKA 3C0BA 3K59A 3G0ZA 1KLMA 3OS0A 4PHTX 1G15A 5FLXO 3CD6N 4CZJA 4AHVA 2HW3A 1OKJA 3SMPA 3OYJA 1NMNA 3VQ4A 3ENHA 5BR9A 3E01A 1WSHA 3MXJA 2ZE2A 1QE1A 4IKFA 3IS9A 2I5JA 2HHTA 4CHZA 1HLUA 4TSXA 3CCSN 1RBSA 1D8YA 1ESVA 3HP6A 3EY1A 2HMPA 3RMCA 1BI4A 3ITHA 1V4TA 2HBMA 5I9EB 4FVUA 3WQUA 3L2UA 4JAXA 1RDAA 4PL8A 4CJUA 5JS2A 4CZGA 4BQLA 3H45C 3SAFA 1GOBA 2HHVA 1U47A 1Q81O 3WNGA 5I3UA 5DM6L 3QESA 1HX1A 2QK9A 1NGAA 3LDPA 4JI1K 3O3GA 4KB0A 3WQTA 4DV6K 2J4RA 3PX0A 4Q0BA 2NRTA 3QEWA 4FLVA 2QEXN 1WB9A 3DYAA 4FLTA 3AVMA 2HHQA 3VQQA 1FKPA 3I0SA 2YNIA 3ZX2A 2ATQA 4KB1A 1QVFM 2HNZA 5F2RA 1S9GA 4IDHA 3VEZA 3JYTA 3LZIA 1L5UA 4DR7K 1GLCG 2KZZA 4O4GA 1XHZA 1HNWK 1TK5A 3MWPA 2D0CA 4JHDB 1HNIA 3KLGA 3ULDA 3RSEB 4A61A 1NKBA 1S6QA 5AR0A 1U6ZA 2KLAA 1RCHA 4FWPA 3VOVA 4CJRA 3LP2A 4FVMA 1HR0K 5KGXA 3FLCO 4CJLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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