4DQ8A

Crystal structure of acetate kinase acka from mycobacterium marinum
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
380
structure length
373
Chain Sequence
b'NRVVLVLNSGSSSLKFQLVEPDSGMSRATGNIERIPDHDAALRRVFEILAEDDIDLQSCGLVAVGHRVVHGGKDFYEPTLLNDAVIGKLDELSPLAPLHNPPAVLCIRVARALLPDVPHIAVFDTAFFHQLPPAAATYAIDRELADVWKIRRYGFHGTSHEYVSQQAAEFLGKPIGDLNQIVLHLGNGASASAVAGGRPVETSMGLTPLEGLVMGTRSGDLDPGVIGYLWRTAKLGVDEIESMLNHRSGMLGLAGERDFRRLRAMIDDGDPAAELAYDVFIHRLRKYVGAYLAVLGHTDVVSFTAGIGEHDAAVRRDTLAGMAELGISLDERRNACPSGGARRISADDSPVTVLVIPTNEELAIARHCCSVLV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
source organism Mycobacterium marinum
molecule tags Transferase
total genus 124
structure length 373
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A02
4FOIA 4BR0A 1C0FA 2E20A 4DB3A 3ID8A 3VGMA 3R6MA 3CIPA 4K25A 4MLHA 1NGBA 1RDWX 1GLAG 1U6ZA 2D1KA 3ZX2A 3O6WA 2BTFA 3VGKA 4YDUA 1X9JA 4A2BA 1SQKA 3EKUA 2FSNA 2CGJA 2IIRA 3A5OC 5AQUA 5AQMA 4BC5A 4A62A 4DQ8A 4Y0WA 2QW9A 1RFQA 3IDHA 1KAXA 3MN6A 1YXQA 4BRLA 2IVPA 1J6ZA 3LL3A 4ISGA 2IVOA 3U9DA 3ULEB 3O1WA 3UKRB 3D7EO 1U2VB 2I7PA 3CQYA 2HF4A 5AZJB 3HI0A 4FWQA 4HTLA 3VEWA 1G99A 4FWRA 3ULEA 3UKRA 1U2VA 1YVNA 1BG3A 5AZJA 1KAZA 3M6GA 4EHUA 5AQNA 3WXLA 1MDUB 3ZX0A 3H46O 3VEXA 4BRFA 4J8FA 2PAVA 3CETA 3U8XA 4WQ4C 3AARA 4IXCA 2WUSA 2E2PA 4QS9A 2E2NA 3WXKA 2HF3A 1NGJA 5AQOA 4K42A 4BQZA 2QWPA 2ASPA 1NLVA 3I8BA 3W3DA 1LOTB 3A5MC 1QZ6A 1OKJA 4CZKA 4IO8A 1CZAN 4CZMA 1XUPO 5AQWA 1ATRA 3KVGA 4CZLA 2P9UA 3FFKB 2FLOA 5AQVA 5JLHA 3KHYA 4XH5A 5JICA 2Q31A 3WT0A 5AR0A 5AQJA 2YJEA 1HKCA 2FSKA 3FZFA 4BRHA 3MCPA 5F2RA 5AQPA 1HX1A 3R9PA 2NLXA 2A40A 4DHYA 2KHOA 1NBWA 3JXUA 1GLCG 1V4TA 2F9WA 3CJ7A 2W40A 4EAHD 2YI1A 3CJ1A 5EVZA 1YAGA 1T44A 3HSCA 4FPBA 1DGKN 4H5WA 4CZHA 3CJBA 1ZC6A 1TYQA 3I33A 5E84A 5KPZA 5BREA 1NGDA 2P9IB 4PL8A 3DXMB 1E4GT 1GLJO 3H1VX 4FSVA 5AQSA 4BQLA 3HZ6A 3FZHA 3UKUA 3EL2A 2P9IA 1DEJA 1ATSA 4FPAA 3DXMA 4BR4A 1QQNA 4PL7A 2VYPA 5B8HA 4L3QA 2ZGZA 5I9EB 1S22A 1WUAA 3KZBA 5EXWA 4BRQA 2VWBA 4E1JA 3MMVA 1TUYA 2E2OA 2CH6A 2NRHA 4FWMA 5AQXA 3SMSA 1QZ5A 4H0TB 2A6AA 2PBDA 5BRDA 4WQ4A 4Z94A 4H0OA 5AQQA 4CI6A 1NGIA 3LM9A 5JLFA 3BEXA 5E26A 3VPZA 3U4LA 3EO3A 4CZJA 4CBXA 2GELA 1EQYA 4BRMA 4FOEA 3LDPA 3C7NB 4DCHA 1GLBG 2V7YA 3EZWA 4BC4A 4BC2A 3A5LC 3CERA 3M3ZA 3C7NA 4RTFD 2F9TA 4H5RA 4H5NA 5AQZA 1TUUA 2A3ZA 1IG8A 3B8AX 2GWKA 1E4FT 4LC9B 5EX5A 4FWPA 5ELZA 4QS7A 2E1ZA 1JCFA 3A5NC 3A0IX 5LY3A 5KPRA 4H03B 4HWIA 4BR7A 2QWRA 2Q0UA 3L6QA 5BRFA 4CBWA 5BPNA 4IZ9A 3LDNA 3GBTA 1NGEA 2GEMA 4BRKA 5BPLA 4NB4A 3F9MA 3QICA 1K8KB 2HOEA 1HLUA 3ATUA 3LDLA 5TKYA 2AP1A 3P4IA 3VF4A 4BR5A 3EKSA 1X3MA 3EN9A 3IUCA 4H0XB 4WQ5A 1HJOA 1S3XA 4JN4A 1ESVA 1K8KA 3JS6A 1JCGA 3LDOA 3O5BA 3VF6A 2P9KB 3G25A 4FWOA 4K41A 4B9QA 4B1ZA 1KXPA 1NGAA 4I6MB 5AFUA 3R8EA 2A5XA 5AQLA 2P9KA 2Q36A 3O8MA 1BWFO 5JMVA 4I6MA 3QDKA 3QB0A 5BRHA 1GLFO 1HPMA 1Q18A 1WOQA 2GUPA 3DAWA 3O80A 4WYBA 4BG9A 4FWNA 4CJ7A 4H5VA 4FWSA 3VEOA 4CD3A 3VOVA 2Q2RA 2YHYA 3LM2A 2W41A 1V4SA 3CHWA 2QWOA 4JHDB 1KAYA 1NGFA 1BU6O 3TPQA 2CH5A 4BG8A 5CE3A 4RWTA 2V51B 5F0XA 4B1UB 1NM1A 2YCHA 3GE1A 2A41A 4JHDA 4O8KA 2FF6A 3QBWA 4NO7A 3VERA 4BREA 3GL1A 3VETA 4A61A 3BP8A 2QWLA 3O4WA 3QFUA 3VESA 3BF1A 4BC3A 5KQ8A 5LJWA 5AQRA 3DWLA 4FWKA 5ADXA 3CJCA 3VEZA 3CJ9A 2FF3B 4BRPA 1MWMA 2H3GX 1X3NA 3CQXA 4IJNA 1GLDG 5KQDA 1QQOA 3BF3A 2E8AA 4FL9A 4ISFA 3D2EB 2BUPA 5EOYA 3CI5A 2CGKA 1XQSC 3WXIA 4QS8A 3H45C 3OHRA 3WQTA 4CZGA 5AQIA 4CD1A 3D2EA 4H0YB 2QXLA 3M1FA 5AQKA 3L4IA 3AAQA 3FZMA 3ENHA 2D4WA 4ISEA 3VEVA 1BO5O 2YHWA 3SLCA 3MDQA 3QFPA 1BDGA 2QM1A 3ATVA 1QHAA 1YUWA 5KPTA 3ZEUB 1NGGA 4GY2B 5F1XA 2VCPA 2GTDA 2D0OA 3U9ZA 1H1VA 4CZFA 4F9OA 4BROA 2E1YA 4H5TA 4IJAA 2IVNA 3UE5A 2FXUA 3ZEUA 2E2QA 3O08A 1ZXOA 3ENOA 4MLEA 3VEYA 3DJCA 3VGLA 1JCEA 1MA9B 1SZ2A 5FPDA 3AAPA 1HUXA 2UYTA 1C0GA 1Z6RA 3LDQA 3QBXA 3SMPA 1IJJA 4CBUA 4AM7A 4JD2B 2Q1NA 3HM8A 5AQTA 1Z05A 4BVOA 3TU5A 2V52B 2P9PB 4MO4A 2YHXA 4BRCA 4H0PA 4JD2A 4M63C 4BRIA 5AQYA 2QWMA 4M7YA 3HBTA 3H1QA 3MK6A 3S41A 5BN9A 5BN8A 2P9PA 2ZGYA 2P9NB 1RGIA 1P8ZA 3VF2A 3GG4A 2V7ZA 4JAXA 2HMPA 2I7NA 2P9NA 4M7XA 3QMLA 4C23A 4XH1A 4EFHA 3UB5A 1R59O 3DXKB 2ZWHA 3BUZB 4BVPA 4RCHA 4IWVA 1NGCA 5AZIB 3W0LA 4KBOA 3ZETB 1DKGD 3DXKA 4PKHA 1MWKA 1LCUA 2P9LB 3FGUA 3GDQA 4FWLA 2ITMA 3A8YA 5AZIA 2ZF5O 3FE1A 3ZETA 5AQFA 3D2FB 3GOIA 2P9LA 4MO5A 1XC3A 1T6DA 1BOTO 5AFUH 3ZX3A 2P9UB 4BRNA 3D2FA 5EY4A 2A42A 3IMXA 2CGLA 4CZIA 3FZKA 3L0QA 4YDUC 5BR9A 3H6EA 4CZEA 3WXJA 4GNIA 2YJFA 1T6CA 3HTVA 4PKIA 2Q0RA 3H3OB 2AA4A 4AM6A 1Y64A 2P9SB 3FR0A 4XH4A 3RSEB 5AQHA 3SJHA 3WEEB 2EWSA 4BGAA 4B1VA 4JNEA 1BUPA 3J8AA 1ATNA 2P9SA 4FO0A 4K43A 3RSEA 5FPNA 3WQUA 2ASOA 2ASMA 1QQMA 1TYQB 4H0VB 1GLLO 3WEEA 1SAZA 3CJAA 2D0PA 1NGHA 1GLEG 3MN5A 3MN9A 3IFRA 4EHTA 4A2AA 2OANA 1BA0A 4BRAA 3H3NO 5LJVA 2NZTA 3UKUB 4XEIA 5ADXH 2QWQA 3WUHA 2J4RA 3VENA 2Q97A 3FLCO 1NWKA 4BRGA 4EIAA 1HKGA 3SK3A 3AY9A 1D4XA 4WQ5C 4BRDA 3O1BA 3C0BA 3MN7A 5AQGA 5BPMA 1ZBSA 4BR2A 4O5FA 5FPEA 4BGBA 2DPNA 4PKGA 2GWJA 4B1XB 1HKBA 4B1YB 1BA1A 2QWNA 4B1WB 5FPMA 3FZLA 4BR9A 2E88A 2FSJA 1NMDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8AO 4JK9A 4FOIA 4KH5A 4E7JA 3TR8A 2HB5A 4DB3A 1X1PA 2E20A 3L2WA 2P51A 4FJ9A 3ID8A 3M5RA 4FM0A 3R6MA 3CIPA 4FJNA 4MLHA 4DR1K 3HP6A 3ZSVA 3TAGA 1NMNA 3VGKA 1RILA 1X9JA 1S72N 3SQ0A 3EKUA 4WCEL 4BC5A 3AO5A 4DQ8A 3ISNC 4CGDA 4FJ7A 2QW9A 1Q8IA 4YOUA 3MN6A 1YXQA 3QINA 2IAJA 1J6ZA 3WNGA 3U9DA 3CCLN 3MXMA 3ZCMA 3CQYA 2D0AA 4Y1CA 3V9ZA 3VEWA 1L3TA 4BACA 2VWJA 1X9WA 1U2VA 4EP4A 4M3YA 3U3YA 1TK0A 3J7ZO 4EHUA 5C12A 4R5PA 3H46O 2YNIA 4J8FA 2PAVA 1RDCA 2WUSA 2E2PA 1NGJA 3TTCA 3P39A 4BQZA 2QWPA 1Q7YO 1IKVA 1UAXA 1CZ9A 1LOTB 3I8BA 4BWJA 1BQMA 4KH4A 4CJVA 3J7AP 1ATRA 1EXQA 5JICA 4NLBA 1KFSA 2UUBK 4RW4A 2YJEA 2YNFA 2KW4A 2FSKA 3VQAA 1TAQA 3EYZA 4RG8A 1HX1A 3OYFA 2KHOA 3CD6N 1KC8O 1RTHA 1GLCG 1V4TA 2W40A 1VQ7N 3CJ1A 5EVZA 3HSCA 4JKFA 4CEEA 1DGKN 1TYQA 4M41A 4KHYA 3HSTB 4HCBA 5A2QO 3DXMB 1ZBIA 1GLJO 3DOLA 4FSVA 2Z1IA 3G0ZA 1TK5A 3K57A 4B9LA 1RT4A 4OKEA 3K0SA 2P9IA 2OTLN 1ATSA 4BR4A 1ILYA 2VYPA 4L3QA 3PSFA 5I9EB 2ZJRL 3HPOA 3G71N 4N47A 5C10A 1BCOA 2VWBA 4E1JA 3MMVA 1TUYA 1KLMA 2E2OA 2NRHA 3F73A 1YJNN 3QO9A 4H0TB 4FM2A 4IOAL 3MECA 3O3GA 4C1NI 3KK3A 4WQ4A 3LPTA 4CGJA 4FJLA 3BEXA 3OYCA 5J2PA 3EO3A 4CZJA 1S9EA 4Z4GA 4M3RA 3OS2A 3DRPA 2UXDK 4DSJA 3LDPA 3S3NA 2O8EA 1HPZA 2V7YA 4FK4A 3CMEN 5GAHP 4Z0UA 1I3AA 2F9TA 3KK2A 3E9PA 4H5RA 4H5NA 3HXMA 5AQZA 1TUUA 4YORA 2E6LA 2HVIA 4DSIA 3J80O 4PUOA 1IG8A 2UXBK 2NRXA 2PY5A 3O3HA 3RR8A 5ELZA 1C1BA 4GKKK 2UUCK 2E1ZA 1RDUA 1JCFA 3MX2A 5KPRA 4CF0A 4KHSA 1HYVA 5BRFA 1JLFA 1EO1A 3V4IA 3GBTA 4CJ4A 1IBMK 2GEMA 5BPLA 1K8KB 5J2QA 1HLUA 5TKYA 3OTOK 1S3XA 4F2SA 3PSIA 1BIZA 1LWCA 1VQKN 4IOCL 4CJUA 3K59A 3DOKA 2P9KB 3S3MA 1TKTA 4FWOA 4B9QA 5DM7L 3R8EA 3ZT0A 2A5XA 2G8FA 3VQBA 5JMVA 1Z25A 3AA3A 3N4PA 3DAWA 3L2VA 1IKYA 1JLAA 4FWSA 3VEOA 4DQSA 3VOVA 4B9NA 4A57A 1W2BM 4DV3K 4NYFA 4JRPA 3MXIA 1JKHA 1KCFA 4B3OA 1NGFA 3CCSN 4B3SK 1NOZA 3TPQA 3Q7BA 4RWTA 3HO1A 3SQ4A 3SCXA 4B1UB 1NM1A 3GE1A 1QTMA 2A41A 4O8KA 3HJFA 1X9SA 4A61A 4DV2K 5KQ8A 3V1RA 5AQRA 3SPYA 4O4GA 4A5BA 1NJYA 1WBBA 3LP1A 1MWMA 3AVGA 3P38A 1X3NA 1VSKA 1GLDG 2IDOA 3BF3A 3AVMA 4JI4K 3D0PA 4B3TK 4Z4CA 5EOYA 2CGKA 4KHPK 4JLHA 3WXIA 4CZGA 5MLCQ 1HYSA 4DLEA 4CD1A 4H0YB 4M42A 3ZT4A 1QS4A 4E89A 4IO9L 1TL3A 1WLJA 3CM6A 3AAQA 3FZMA 3DLLL 3DYAA 4OGCA 2D4WA 1UA0A 2NUBA 2BE2A 4DFMA 5DMRA 3SLCA 2A1RA 4OPKA 4XIUA 1OH8A 3QFPA 3SZ2A 1C0MA 2HHWA 1BDGA 3ATVA 2WBNA 1QSLA 4LY7A 1S1UA 4YOYA 2GTDA 2D0OA 2E1YA 4O8UA 1YIJN 3M8QA 3UE5A 4W5RA 3ZEUA 2E2QA 4OGEA 2D0BA 3CG7A 2QKBA 1SL1A 3ENOA 3RR7A 4M3ZA 3R3LA 3VEYA 4E3SA 1HNWK 5CHIA 1TGOA 3CPWM 2UYTA 1Z6RA 3NH1A 3PX0A 4CBUA 1D9DA 1BHLA 3VA3A 4BVOA 4FK2A 3ZT1A 1O13A 4CFBA 1QVFM 4JD2A 3DM2A 4FZYA 5HP1A 3AGKA 3MK6A 3S41A 3CPEA 2P9PA 1NK9A 3NH0A 1Y97A 1RGIA 1WB9A 3CCUN 3ULDA 4JI0K 3E9LA 3SAGA 3LALA 3VF2A 2HHQA 1JXBA 4FLWA 4I2QA 2IC3A 3K2PA 5KRTA 3WXMB 1MU2A 4DF4A 3RRGA 2VGNA 4KHQA 1HNXK 4K0KK 2I7NA 4ZTJA 3MXJA 3CCVN 4B8AB 4M7XA 3MX5A 3KLIA 2IS3A 4GW6A 3V1QA 2DFFA 3QEXA 4CEFA 4IFEA 3LZIA 5JS1A 1R59O 3SV3A 1XNQK 4YOXA 1TL1A 3O9SA 3P31A 1DTQA 4J2BA 3HVTA 2RF2A 1HRHA 1NGCA 4CGIA 3DXKA 4DSEA 4CW7B 3FGUA 5I3UA 4CF9A 1GOAA 3A8YA 3TABA 1XNRK 5AZIA 4NYNA 5AQFA 1VQ8N 3VN5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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