4DQ8A

Crystal structure of acetate kinase acka from mycobacterium marinum
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
380
structure length
373
Chain Sequence
NRVVLVLNSGSSSLKFQLVEPDSGMSRATGNIERIPDHDAALRRVFEILAEDDIDLQSCGLVAVGHRVVHGGKDFYEPTLLNDAVIGKLDELSPLAPLHNPPAVLCIRVARALLPDVPHIAVFDTAFFHQLPPAAATYAIDRELADVWKIRRYGFHGTSHEYVSQQAAEFLGKPIGDLNQIVLHLGNGASASAVAGGRPVETSMGLTPLEGLVMGTRSGDLDPGVIGYLWRTAKLGVDEIESMLNHRSGMLGLAGERDFRRLRAMIDDGDPAAELAYDVFIHRLRKYVGAYLAVLGHTDVVSFTAGIGEHDAAVRRDTLAGMAELGISLDERRNACPSGGARRISADDSPVTVLVIPTNEELAIARHCCSVLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium marinum
molecule keywords Acetate kinase
total genus 124
structure length 373
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A02
4BRKA 4DCHA 5EX5A 4FO0A 3ENHA 4IJNA 4KBOA 1NLVA 3SJHA 3VEWA 4BC2A 4YDUA 1X9JA 4H0OA 2VYPA 4ISFA 4FWNA 2CGKA 2P9UA 4Y0WA 5BPNA 1DKGD 3VERA 2YJFA 3D7EO 1HKCA 4H5WA 3L4IA 3UKUB 2Q97A 2V52B 3BF3A 5AFUH 3R8EA 4IWVA 2OANA 1T6CA 3SMSA 1Y64A 3MCPA 3LDLA 1DGKN 3ULEA 1K8KA 3ZX2A 3C7NB 4K41A 3LDOA 3ZETA 3MN9A 2EWSA 3MN7A 3BF1A 3W3DA 2FF6A 3FZMA 4EIAA 5KPTA 5KPZA 4H5VA 1C0FA 3WEEB 3LL3A 4H03B 1HLUA 5KQ8A 4WQ5C 1NGGA 4QS7A 3A5NC 1E4FT 3CJCA 5AR0A 4WQ4C 1BOTO 2VWBA 3TPQA 4BRHA 4CZHA 3VGLA 4BC4A 4I6MA 1H1VA 3O1WA 2IVPA 4O5FA 5AQMA 5BN8A 4XH4A 4AM7A 1IJJA 2FLOA 3FZKA 3QMLA 4JHDB 4BGAA 4PKGA 4YDUC 3W0LA 1HKGA 4GY2B 2ASPA 3R6MA 3BEXA 3DXKB 4MO5A 4PKHA 4BVOA 3LM9A 5E26A 1GLLO 3WXKA 4H5NA 4BR7A 3ZX3A 4BRCA 5LJVA 4BRPA 5AQKA 3CI5A 1BO5O 1HUXA 2GWKA 3O6WA 2D0PA 4JN4A 3S41A 3GE1A 4FWQA 3D2FA 2P9KB 3L6QA 3D2EA 4C23A 4IO8A 4HWIA 2QWNA 4FWLA 2P9PA 2A5XA 3ID8A 3GL1A 2FXUA 4FOIA 5ADXH 4PL8A 4MLHA 4H0TB 3H1VX 4BRAA 3EO3A 3QFPA 1BG3A 4BR5A 3LDPA 2P9IB 2YI1A 4CD3A 5AZIA 3B8AX 3M1FA 1NGBA 2QWOA 2A40A 2HF4A 4BRNA 4AM6A 1P8ZA 4XH5A 3A0IX 4A2AA 4JNEA 5AQRA 3FZFA 1NGHA 2A6AA 2IVNA 2QWRA 2F9WA 1XQSC 3UE5A 3JS6A 5AFUA 5BRDA 2P9UB 1RFQA 1GLEG 5AQHA 5KPRA 2ZGYA 3DXMB 1ATSA 3ZX0A 5LY3A 1QZ5A 3IMXA 2W41A 4XH1A 2E2OA 4H0XB 2P9SA 3CJBA 4K43A 4BRIA 1NGAA 2HMPA 3LM2A 3ZEUA 2D0OA 2HF3A 1V4SA 2CGLA 4K25A 1WOQA 1X3NA 1JCEA 4FSVA 1G99A 3F9MA 4IXCA 5FPMA 2E88A 3C0BA 5AZJB 1GLCG 1E4GT 3HZ6A 4B1WB 4CZLA 4M7YA 4A62A 2UYTA 2GWJA 4ISEA 3QICA 3RSEA 3ZETB 5AQGA 4DB3A 4F9OA 1ZBSA 3I33A 2Q2RA 1U2VB 1ESVA 3FE1A 4BR2A 3WT0A 2E8AA 3FGUA 4B9QA 1GLDG 1MA9B 5FPNA 3R9PA 4CZMA 5F0XA 1U6ZA 2I7NA 4BGBA 2D1KA 4FWRA 3AY9A 3QB0A 5AQIA 2I7PA 3VF6A 5FPDA 4H5RA 2AP1A 4JAXA 3CJAA 1HPMA 1YAGA 3CIPA 2YHYA 3VETA 3OHRA 3QDKA 2D4WA 2CH5A 3H6EA 2P9LB 1TUUA 5F2RA 2QWPA 2NRHA 5BRHA 5BR9A 1BUPA 4CBXA 4H0VB 5BRFA 3AAQA 4FPAA 3IDHA 3VF2A 3HSCA 5AQOA 3J8AA 3L0QA 5AQTA 3DJCA 3MN6A 5AQUA 3VGKA 4BRMA 4PL7A 3QFUA 4EFHA 2IIRA 3C7NA 3KHYA 3WQTA 1S3XA 2H3GX 4CI6A 4CZIA 2W40A 3EKUA 1XUPO 4BREA 3O80A 1KAXA 4FWKA 4BR4A 4B1ZA 4IZ9A 1QQOA 5ADXA 5JLFA 4WYBA 5AQJA 3HM8A 2NZTA 3I8BA 5ELZA 3KVGA 2GEMA 3CJ9A 4NO7A 3MDQA 2ITMA 1OKJA 3JXUA 2PAVA 2GTDA 3EZWA 3O4WA 4EAHD 1MDUB 4L3QA 3H3NO 2P9PB 2E2PA 5E84A 3MMVA 2FSJA 3AARA 1QQMA 1QHAA 2AA4A 3H46O 1NGFA 2P9NB 4RTFD 4CZJA 5KQDA 3LDNA 4GNIA 1C0GA 2E20A 3CQYA 4FOEA 3SMPA 4FPBA 1TYQA 3EKSA 3BUZB 5BREA 2ZGZA 4JHDA 4BR0A 5AZIB 5AQPA 1NBWA 3DXKA 3A5LC 2KHOA 5BN9A 5TKYA 4BC5A 4H5TA 3ATUA 4FWOA 1YXQA 2ZWHA 4JD2A 1NGIA 4Z94A 5AQXA 4BVPA 1SZ2A 5AQWA 3VESA 2ASMA 4PKIA 2ZF5O 4BQLA 4BRDA 4H0PA 1HX1A 5EXWA 5JLHA 2QWQA 1ZC6A 3UKRB 1HKBA 3IUCA 2YHWA 2NLXA 1IG8A 2P9SB 5EOYA 3WXLA 2DPNA 1NGCA 2Q1NA 1V4TA 2BTFA 2FF3B 2WUSA 4FWSA 3WXIA 3O08A 5EVZA 3CHWA 2Q31A 1Q18A 3FR0A 3U4LA 3O8MA 2F9TA 3WXJA 4QS9A 1BU6O 2FSNA 2QW9A 4WQ4A 4CJ7A 4B1VA 3U8XA 4XEIA 4K42A 5AQSA 1BWFO 4M63C 3ULEB 1K8KB 2IVOA 3HTVA 4CZKA 3VEVA 5AQLA 4E1JA 3FZHA 3A8YA 1YVNA 4BRGA 3CJ1A 5AQVA 1EQYA 1MWKA 2BUPA 2HOEA 4RCHA 4BG8A 5AQYA 4HTLA 3CETA 2YCHA 3DXMA 4M7XA 2V7YA 1SQKA 1BDGA 3H1QA 5AQFA 4O8KA 5AQZA 5AQQA 5B8HA 3DWLA 1YUWA 4MLEA 4FWMA 3H45C 1BA1A 2A42A 5JMVA 1NWKA 3VEZA 2YHXA 1SAZA 4LC9B 4BRQA 5AZJA 4I6MB 1CZAN 3ATVA 4CBWA 5AQNA 4NB4A 1GLBG 3MN5A 3U9DA 3UKUA 4A2BA 5LJWA 4B1YB 4BR9A 3BP8A 1MWMA 2E1ZA 3VEXA 2QWLA 2QWMA 4B1UB 1BA0A 1U2VA 4FWPA 1KAZA 3KZBA 4DQ8A 2CGJA 2J4RA 3FFKB 3M3ZA 1NMDA 2PBDA 3CJ7A 3HI0A 1J6ZA 2QXLA 3A5MC 1NM1A 1GLAG 3GDQA 2VCPA 4RWTA 3G25A 3WEEA 3CERA 5BPMA 1JCGA 3D2FB 3P4IA 3H3OB 4BC3A 3O5BA 2E1YA 3D2EB 2E2NA 2P9LA 3IFRA 4B1XB 2A3ZA 4BG9A 3WUHA 1X3MA 2Q0UA 1TYQB 1NGEA 5JICA 3VOVA 1JCFA 1T44A 1ZXOA 4IJAA 3AAPA 1LCUA 3MK6A 5CE3A 2YJEA 1RDWX 3GOIA 3SK3A 4BRFA 1R59O 1D4XA 4JD2B 1QZ6A 2Q0RA 1ATRA 1DEJA 4CZEA 2V51B 4BRLA 2V7ZA 3EL2A 3CQXA 2E2QA 4J8FA 3GBTA 4QS8A 3LDQA 4BROA 1Z05A 1NGJA 5EY4A 1GLJO 3VEOA 3DAWA 1NGDA 3VEYA 5FPEA 2FSKA 4CZGA 2GUPA 1WUAA 2GELA 4MO4A 3TU5A 2P9KA 3VGMA 4CZFA 3HBTA 5BPLA 1T6DA 2P9NA 2A41A 3GG4A 1KAYA 2ASOA 3VF4A 3A5OC 3EN9A 1XC3A 3U9ZA 1S22A 3WQUA 3O1BA 3ZEUB 4DHYA 4EHTA 1ATNA 1TUYA 3SLCA 4FL9A 3ENOA 1QQNA 5F1XA 1HJOA 3FLCO 3FZLA 4WQ5A 2P9IA 1LOTB 2CH6A 2QM1A 1Z6RA 2Q36A 4CBUA 3RSEB 4BQZA 3VPZA 1KXPA 4ISGA 1RGIA 3QBWA 4EHUA 1GLFO 3M6GA 3QBXA 3VENA 4A61A 3UB5A 4CD1A 5I9EB 4H0YB 3UKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DCHA 5EX5A 4BE2A 3K9JA 3DRSA 4RW9A 4BC2A 1X9JA 1T3VA 2P9UA 2IS3A 4Y0WA 4CJWA 4OPKA 4JI4K 3VERA 3OBYA 1HKCA 3L4IA 3KWGA 3UKUB 1U47A 3DI6A 4W5TA 3ALYA 3KWIA 4FW1A 3MCPA 3LDLA 4DF4A 5FRNA 3ULEA 1K8KA 3ZX2A 3C7NB 3ZETA 2EWSA 4LF7K 3NMUA 1ITGA 1XMQK 1RBTA 5FROA 4DSFA 1VK0A 3OYLA 3WEEB 3LL3A 4KB0A 2XY6A 4JI8K 4CF1A 1NGGA 1BI4A 4QS7A 4NYFA 2KFNA 3DLGA 2LSNA 4WQ4C 3VQBA 4H8KA 4DV3K 4B9TA 1RTIA 3M8PA 3DYAA 4DSJA 5AQMA 1RDCA 4DS5A 3QMLA 3PIOL 2P1JA 1LWFA 1MU2A 1KD1O 3SYZA 3LM9A 2HBKA 4OGCA 3KK7A 4CEFA 4JI1K 4BRCA 3ZT4A 5LJVA 5M1OA 3V9WA 2BDPA 2WTUA 1BO5O 4NXMK 1CZ9A 5IT9O 4KHNA 2Z1IA 1VQNN 3D2EA 3V1OA 3AA3A 4HWIA 2QWNA 3LAKA 4FWLA 3L8BA 2P9PA 4CJVA 1JJ2M 3ID8A 2FXUA 3PSFA 5M1FA 3AVGA 4FOIA 3L2UA 4M3UA 4PL8A 4E1MA 3P5JA 3MX2A 4H0TB 3H1VX 4Z4HA 4DUZK 1BG3A 4BR5A 3AVFA 3DLRA 4OLBA 3DLEA 3M1FA 4CJRA 1NGBA 2QWOA 2A40A 1ASVA 2QTDA 4JK8A 4J2AA 3SPYA 3A0IX 4JNEA 4C1NI 1QE1A 4AHVA 5GIPA 2PFUA 2IVNA 3LZIA 5GAHP 1XQSC 4E7LA 3THVA 3OBWA 5BRDA 3S3OA 3PUFA 5AQHA 3DXMB 4PA1A 3OYDA 5LY3A 1QZ5A 2E2OA 3C6HA 1Q82O 4H0XB 4M3TA 3QNOA 3VQ6A 1VQMN 4CJEA 4CEZA 2YHAA 2E88A 5AZJB 3LWLA 3AO5A 3OYEA 3S9HA 1BCOA 4DTOA 2GWJA 1A5XA 4DB3A 4F9OA 3VQ7A 3WNFA 2Q2RA 1U2VB 4CIEA 4KTQA 1YJ9N 4G1QA 4B9SA 1GLDG 3SPZA 4DTSA 4DFJA 1SKSA 1B9FA 3VN5A 3AV9A 2HBMA 2O4GA 4H5RA 3NH1A 3CJAA 4BY9C 1YAGA 3VETA 4UY8O 3OHRA 3NVMA 3QDKA 2CH5A 1VSMA 1OH8A 1VRUA 3CM5A 3NBPA 4RW6A 1TK5A 4Q0BA 4CF9A 3T1AA 3CC2N 1RDDA 3TAMA 3HSCA 1SL0A 1TAUA 5AQUA 3DJCA 2IIRA 4JKAA 4CZIA 1WSFA 3P31A 2NRWA 4Z4CA 3I0SA 1KAXA 4BR4A 1C1AA 3CCQN 1S1TA 4M3RA 4CJUA 1RILA 3HK2A 3CFRA 2E6MA 3ZYYX 1NOZA 3M8SA 4TSXA 4IDHA 5ELZA 2FBTA 1IV0A 3CJ9A 3MDQA 3JXUA 2IGIA 1LW0A 3EZWA 3O4WA 1IBMK 3H3NO 3CCEN 5DK5A 3WNHA 4U67L 2HHQA 4CJFA 2XY5A 3AARA 1IKXA 1QQMA 3PX4A 3H46O 4CJPA 3T7ZA 2KZMA 3CQYA 4FXDA 4FPBA 4O55A 3THWA 3TAFA 2ZGZA 4JHDA 4BR0A 3QEVA 1KQSM 4OKJA 3KK2A 4DR5K 3DXKA 5TKYA 3ZT1A 3IRXA 4JD2A 4LFAK 4Z94A 5AQXA 2YV0X 5AQWA 3VESA 5J2MA 3SQ1A 4DQIA 1HX1A 5EXWA 4A57A 1T05A 4DTPA 2PYLA 4YOYA 2Q3SA 2NLXA 4I2QA 2JWLA 5EOYA 3ZSVA 3CG7A 3C95A 2ZQBA 4N76A 2BTFA 1XNRK 3WXIA 3O08A 3T1HK 3VA0A 1VQ8N 3FR0A 4DKWA 4CGGA 3O8MA 3KD1E 4QS9A 4OX9K 3ZCMA 1BU6O 1KFSA 5AQSA 4PHTX 4CFBA 3HTVA 1A5WA 1HYZA 1TV6A 5CZ2A 3QEIA 5K14A 4BRGA 1YIJN 3CJ1A 5AQVA 1MWKA 4DG1A 4KB1A 3OA9A 3QEPA 2B4JA 3TSPA 1HYVA 2YCHA 2JWKA 4AHUA 2V7YA 2PY5A 3QIOA 3NGYA 3P39A 3O3GA 1NKEA 4O8KA 3ZSOA 1VQPN 1NJXA 3THXB 3H45C 3C6UA 3CCMN 5JMVA 1NWKA 1I3AA 3SBGA 1RDBA 1CXUA 1SAZA 4LC9B 4AHRA 4JKEA 4IOCL 1T8EA 5J2NA 1CZAN 4CBWA 1QVFM 4IO9L 3MN5A 5HL7L 3BP8A 2E1ZA 3VEXA 3IKMA 1N6QA 1KAZA 3HXMA 3KZBA 2FBVA 2J4RA 1REVA 3EYZA 3J81O 3DOKA 1J6ZA 1KVBA 2QXLA 1X9MA 1GLAG 3LP0A 1VSIA 1VQ5N 4DQPA 2BGGA 3NF9A 2O4IA 2PZSA 1Q9YA 4BC3A 3O5BA 2E1YA 4FLTA 2E2NA 4FJNA 1HPZA 1NGEA 4IEIA 5JICA 4CK3A 1EXQA 4KHUA 1JCFA 2VGNA 4O44A 3AAPA 3CXCM 3DRPA 3MK6A 4OPAA 3IS9A 3T69A 1RDWX 3CMAN 4DR2K 3SBTA 1C1BA 5FLXO 5I42A 4RG8A 2D0CA 2G8KA 4DR1K 1DEJA 1VQ9N 2HHTA 2X78A 3EL2A 5I3UA 3U6FA 4J8FA 4QS8A 1S9GA 1W7AA 4BROA 3SCXA 2YKNA 3LALA 1GLJO 3DAWA 1NGDA 4LFBK 2GUPA 1WUAA 2GELA 4MO4A 4O8UA 3RVCA 3SV4A 3KLGA 1WBBA 4NCBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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