4DQBA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Aspartyl protease
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqbA00
3FKTA 5P3KA 4RYCA 3UQUA 5P7GA 4OBFA 2G24A 2AVVA 1SGUA 4Y3HA 3PLLA 4X2LA 2ZGAA 4J17A 4L1AB 1AVFA 5HE5A 3K1WA 5OYWA 5IVSA 2OHQA 2FGUA 5P1DA 2VIZA 5P1EA 3OUDB 4Y3LA 3OUAA 4FGXA 4RLDA 5OZ1A 2ZE1A 1QS8A 4QJ2A 3HD8A 2HS2A 4OBHA 1BWAA 3EKPA 2QI5A 5P5VA 4I8WA 1HTEA 4FM6A 2ZDZA 5P3QA 2QMPA 3EL5A 4Y3QA 3TKGA 4AMTA 3KFSA 3FNSA 1PSNA 2ANLA 4J1FA 2QHCA 3ZPTA 2R5PA 1HVRA 4Y9WA 5P6CA 2B42A 2I4VA 3IVHA 5P1WA 3L5EA 1EC1A 5P8EA 5P06A 5HVPA 5P3DA 1F7AA 1OEWA 4M8XA 5P47A 4BFBA 3UQRA 5HU0A 4YOBA 4FE6A 4TRYA 4YCTA 5P7HA 2HIZA 1IZHA 3KN0A 1F34A 1WKRA 5P6AA 2SAMA 2QI4A 4OBGA 1LEEA 4EQ0A 4Y4EA 5IE1A 1OD1A 3FSMA 3LPIA 5P35A 1EBKC 3FV3A 5P7YA 2Q64A 4XX4A 5DR7A 2OHMA 3S8IA 2QZWA 5P8NA 4EWOA 5P85A 1HPVA 1LV1A 3AUPA 4FM7A 1HPSA 2F80A 1T6GA 5P4TA 3T6IA 4Y3PA 4OBZB 1ZBGA 5P41A 5P0WA 3BUGA 5SY3A 1HVIA 2PSVA 5P3HA 4QGIA 5COOA 4DFGA 2RMPA 5P1OA 1YTGA 2FNSA 5P4IA 3K5CA 4Y3WA 2AZ9A 4Y5GA 3OUCA 2G94A 5ENMA 2JJIA 4NKKA 3QS1A 4PHVA 3O9LB 5ER2E 4D8CA 6UPJA 4DPIA 4UPJA 3QPJA 2OHTA 3DCKA 5P4XA 5OZDA 3TH9A 2NNKA 3OXWA 2VNNA 5P46A 2G27A 4H1EA 1A9MA 3NWXA 5P2BA 3LZSA 4AA8A 3VV6A 4LXKA 4RCEA 4CPWA 5P7UA 5APRE 5P3ZA 4Y4BA 5P8MA 1ZJ7A 2QU2A 4OD9A 4LXMA 5P7VA 1RNEA 1EC2A 2AVSA 2V00A 3IAWA 5SZ9A 4I0JA 5P51A 5P4GA 4ZSQA 3H0BA 5P38A 1FFIC 3CYXA 4H3FA 4OBKA 1QBTA 5TOLA 2CENA 1EC0A 4HA5A 4J54A 3QN8A 3BRAA 2XFKA 4I0HA 1ZSFA 5PEPA 3QI1A 4DJRA 2RENA 1XL5A 4GJ8A 5P1XA 4GJ5A 3VLBA 4PEPA 1W6IA 5P72A 5P89A 4DJOA 4TRZA 2OHNA 1A8GA 3OUBA 2O4PA 2G26A 3WZ6A 5P14A 1FB7A 3IXKA 4HE9A 1FEJC 2O4LA 8HVPA 1EC3A 5P4LA 2QHYA 5KQFA 5P19A 4Y5KA 5P57A 5DQCA 1FF0C 3OQFA 2A4FA 5OZVA 5P28A 3NDTA 5P2YA 4Y3YA 1GNNA 5P4QA 4Z2ZA 1KJHA 3URLA 2VIJA 3OY4A 4OBJA 2JXRA 3UDPA 4MC9A 2PYNA 3T7PA 5OZJA 3AIDA 5DR8A 2UXZA 3D91A 3ZKIA 5IVQA 2QD7A 3OADB 5P6NA 4I0EA 3CIDA 4RVJA 2WECA 5OYYA 4NJVA 5P6MA 1A94A 3LNKA 5BRYA 1MRWA 4J1KA 4A6BA 1GKTA 4NPUA 4Y5NA 2V11C 5P53A 4DJXA 4QJ8A 4KUPA 4B77A 4B1EA 1APUE 2VS2A 4EXHA 5HE4A 5P1LA 4TRWA 3QVIA 2BPVA 3UF3A 4J55A 2HM1A 5OZBA 2FS4A 5P36A 5P0ZA 2HPFA 3EL1A 3VF5A 3UDHA 2ZHVA 1LF3A 5P69A 2CEMA 3I7EA 4CMSA 1HIHA 5BWYA 4RCDA 5P6IA 4B70A 3QP0A 3TLHA 4DJQA 4H3GA 5P8VA 4BFDA 2AZCA 3APPA 1C70A 5OZ6A 2O4SA 2NXMA 2R5QA 3UDJA 2FGVA 4Q5MA 1KJGA 2PMAA 4S1GA 1PSAA 3U7SA 5P7IA 1IIQA 3OTSA 1EPME 2IEOA 4YE3A 5P63A 3OOTA 1HIVA 3O9BA 5OZ0A 1W5VA 2PK5A 3KYRA 1TSUA 1EPLE 2VA5A 4I11A 3APRE 5P2XA 1MSNA 1ME6A 3EL0A 2FIVA 5P3IA 4R8YA 4ZEAA 5AGZA 1SBGA 2CEJA 3TOGA 3VV8A 1LYWB 4K4QA 5P1KA 1HEFE 3O9IA 5P3WA 2P3AA 5P8AA 1D4YA 2XYFA 1ZTZA 5P3RA 5P4HA 3PGIA 5P5NA 3S54A 5DQ2A 4Y41A 5P04A 2IQGA 2QI1A 5P81A 5DGUA 3VV7A 3SLZA 5AH8A 3INHA 5P0NA 4I0ZA 3D1ZA 3Q4BA 5P45A 2ZHRA 5P61A 4Y47A 5COKA 4Y35A 4HDPA 1A8KA 5P0FA 2G20A 3OU1B 3HAWA 4GJ6A 2HC0A 3UQPA 3S43A 1WBKA 1YT9A 4DPFA 1QDMA 5P1QA 3UDNA 4I0GA 3CIBA 1HHPA 4RCFA 4J1HA 1UH7A 1APVE 1BDLA 1KJ4A 2AODA 4WTUA 1W5YA 3QAAA 4A4QA 1FKNA 5P80A 2QMGA 4FCOA 3QBFA 1BVGA 5P37A 5P3VA 5P8BA 3S2OA 2NMZA 5OZWA 5OZQA 3Q6YA 1FFFC 1FQXA 2BPXA 5P2IA 4U7QA 3NUJA 1WBMA 3S85A 4OC6A 1Z1RA 5P32A 5P5CA 3PWRA 5P4MA 2AVOA 2V12C 2PH8A 3UHLA 5OZ2A 4MC1A 1HOSA 4CP7A 3HVPA 5P3OA 5P62A 4JPCA 4NJSA 5AH9A 5JFUA 4NJTA 1AJXA 5P7QA 2J9JB 3SA9A 5P5ZA 3I25A 2JYSA 3HZCA 5BS4A 2IENA 5P2EA 1NPVA 1B6PA 3NR6A 4H3IA 5P09A 2AOIA 5P5MA 4Y4UA 1YM2A 3HVGA 4Y5CA 5P7BA 5P0XA 4Y3AA 4MC2A 1RV7A 3C9XA 3TOHA 2ZJLA 4EJ8A 5P4SA 3UPJA 3CYWA 3NWQA 1BDQA 5P6HA 4YCKA 4DQCA 3EL4A 5P5XA 4ZSRA 5P6UA 2FLEA 3LPKA 1B5FA 5P8JA 3FNUA 4HDBA 3S53A 1D4HA 4YBIA 3UDKA 2B7FA 4LL3A 1VIKA 4D88A 5P2WA 2OHSA 2FDDA 5P2UA 1IBQA 3BGCA 5P4EA 5P6BA 1HTFA 5P2RA 5OZ8A 3OOZA 5P1VA 4ER2E 5P3NA 1D4KA 3ZKMA 5HCOA 1BAIA 2I4QA 4XX3A 5I70A 1K2CA 3EM3A 1CMSA 5P4ZA 2RKGA 3UDRA 4ZSMA 1TCWA 1D4IA 2QNPA 5P5JA 2B8LA 2WEZA 1YM4A 5P8QA 5P5OA 3OHFA 1B11A 1E80E 2G69A 4Y3DA 5P0VA 1T6EX 1E5OE 1MTBA 7HVPA 3D1YA 5DQ5A 3OWNA 2Q55A 2JJJA 1HIIA 3QROA 2OHPA 5P67A 4ZLSA 1NSOA 2BKTA 4FIVA 3ZLQA 2PH6A 1MSMA 3BUHA 2QP8A 2PC0A 5P39A 5P4YA 2P4JA 4GMIA 3NSHA 3G70A 5P2SA 3OXXA 2ZJJA 2V0ZC 2WF0A 4DJWA 5P3FA 3PBDA 2G1OA 3ECGA 5OZSA 2Q15A 3MSKA 3BUFA 3FIVA 1XN3A 3WB4A 2G1SA 2JE4A 5JFPA 2AOGA 4J0YA 2QK5A 2R38A 3JVYA 2ZHUA 1IVQA 4CPQA 4GJAA 1PROA 1AAQA 3IXOA 5P4BA 2WF4A 3PMUA 3GGXA 4R5NA 1FQ8A 2XFJA 5P7JA 5P33A 3ER3E 4Y6MA 5P4OA 4Y3MA 3EXOA 5DR0A 5P6GA 2FDPA 4DJVA 2NNPA 4F74A 5P2NA 5P5SA 1DPJA 2G1NA 5P50A 4EP2A 2IRZA 3SPKA 4Y56A 2I1AA 3RTNA 4EPJA 1ENTE 2VNMA 3EKVA 5P3GA 4Y54A 3PWMA 5OYSA 3UCBA 2VJ9A 4FAEA 2VA7A 1VIJA 2V13A 3I6OA 3SACA 3OQ7A 2QI7A 3NYGA 4Y5AA 4WY1A 5P4PA 5SY2A 4QJ7A 3VF3A 5P1HA 1KJFA 1HPOA 1LYAA 2P3BA 2G22A 3CKTA 5OZXA 5OZUA 4DVFA 2PWCA 5P0KA 1MTRA 5P26A 3URJA 3OQKA 2R43A 1HTGA 4I8ZA 5OZAA 4Y5MA 1QBUA 3GI0A 5HDUA 4Y45A 1Z8CA 5P7KA 9HVPA 2HS1A 5P2TA 5HD0A 3BHEA 3UDYA 3DJKA 3K5FA 5P5BA 3KT5A 4CKUA 2AQUA 3L3AA 1PPLE 1OHRA 5CLMA 5P40A 5P0JA 5P5WA 2OHKA 4Y51A 1FIVA 1BV7A 5P8OA 3SM1A 5P8TA 4L7HA 2P8HA 5EZXA 5P6EA 1Q9PA 3VSXA 5P12A 1M0BA 3KDCA 4Y3NA 3DCRA 3SAAA 1TSQA 3INFA 5P5DA 5P4VA 3R0WA 4GJDA 4TVGA 3MXEA 5DR1A 4ZPEA 3PI0A 5P2AA 4Q1XA 4Y4WA 5P0EA 5I3XA 5P1ZA 4GB2A 4R92A 5AH7A 5AHCA 5P44A 5P1IA 3TL9A 1G6LA 5P1AA 3VYFA 5P13A 2Q54A 2IKUA 4K8SA 2WHHA 4YDGA 5OZFA 2G1YA 5P07A 5P8DA 2WEBA 5OZIA 2WEAA 5P0LA 1GVUA 4YBFA 3MXDA 3QRSA 5P6LA 3B80A 4RYGA 2QI6A 4Y39A 2NPHA 5P0CA 5P4DA 3NU3A 2WJOA 4J5JA 5P5YA 4GIDA 1MPPA 2O4NA 3EL9A 4NJUA 4Y48A 5P3CA 5P1GA 4X7IA 1LF4A 5HDVA 5P2KA 3Q70A 1IZDA 3I2LA 3I8WA 4K9HA 5CONA 5OYZA 4IVSA 7UPJA 3BXSA 2PSGA 4JECA 5P02A 5P4KA 1QRPE 3OAGA 1GNMA 5P5HA 4F73A 5I3VA 4OD9B 4IVTA 1HSGA 5P0IA 3OQAA 4PZXA 1PPKE 3G6ZA 5P8FA 5P7WA 5OZNA 4RGHA 3KF0A 5P3XA 5P34A 3RSXA 3PSGA 2I0DA 4HEGA 2AIDA 4N00A 5P1TA 2IKOA 3LITA 4MC6A 3EKQA 5P5AA 2WF1A 4GYEA 1MESA 5P59A 5OZYA 1FQ5A 5P7RA 5P0OA 4D83A 5P10A 4Y4AA 5P4UA 1RL8A 5KR2A 4YOAA 4XKXA 4E43A 1SMEA 5DQ1A 3ZPSA 3INDA 1U8GA 3GW5A 5OZ9A 5P2QA 3SA5A 5P6XA 4I10A 3CMSA 1EPPE 1EPRE 1N49A 1HSHA 2WEDA 2FDEA 3LZUA 4RRNA 1M43A 4RZ1A 5P1UA 5P74A 1HVJA 3OGQA 3TKWA 5P0TA 1MUIA 1NPAA 5P0QA 2IGXA 1G35A 3SA6A 2PQZA 3VYEA 3KM4A 4LP9A 3EKTA 2AOCA 3PWWA 4Y4TA 1J71A 5P25A 3WB5A 5P18A 4YD7A 2R8NA 2G21A 1LYBA 2NXLA 4RROA 5P0PA 4DQGA 3HLOA 4J1EA 2AOEA 2WL0A 4J1CA 2QCIA 5P1RA 3T11A 1YTHA 4DUSA 4B00A 1RQ9A 4ZIPA 1M4HA 3L59A 5P5UA 3EMYA 5EZZA 5P6OA 2H6TA 3OU3A 3R4BA 5P5LA 2ER0E 2R3WA 4FRSA 5P11A 3JVWA 3OK9A 2NTRA 5P7AA 3URIA 5KOQA 3L58A 4NPTA 1HXBA 2QAKA 2QNQA 5COPA 5P20A 3SKGA 1KZKA 2FXDA 2QMDA 1MERA 4Y37A 5P71A 2QZLA 1HVKA 4YD6A 2AVQA 1EEDP 3HW1A 3ZMGA 5OZLA 5P6RA 1DIFA 5P5KA 1KJ7A 5P3BA 2IS0A 3G72A 5P8GA 1PFZA 4Y3GA 4D85A 4JOOA 5P2JA 4ER4E 4Y3EA 1FGCC 1CPIA 4ACUA 4AZYA 1HPXA 4GJ9A 1FQ7A 2XFIA 1LYBB 1HVCA 5P2CA 4DQBA 3DK1A 3S7MA 2J9KA 1G0VA 4Y4XA 3NUOA 3O9HA 5P8IA 4I0FA 2FXEA 4FRIA 4DQFA 5P3TA 4DJUA 1FQ4A 2MIPA 2A1EA 1GVWA 5F00A 5P15A 4Y3XA 4Y3JA 3NU6A 4HDFA 5ISJA 1BV9A 4R95A 1PPME 5P31A 4RVXA 5P03A 1LZQA 4EJDA 3OU4A 5P7MA 2QMFA 4Y3FA 4TVHA 3ZKNA 4CPTA 1UH9A 3PCWA 1TW7A 5P4JA 5P0AA 1T7JA 3PVKA 5P6QA 3U6AA 5ISKA 2QI0A 1B6MA 4D89A 4RVIA 4B1DA 3NXEA 3WZ7A 3VYDA 2WF2A 2F3FA 5P16A 3L5CA 4J0PA 2Q5KA 1FQ6A 2I4UA 2WKZA 3EKXA 5P8HA 3EBZA 5I3WA 5OZGA 1ZSRA 4PYVA 4Y53A 1K6PA 1HVHA 3LIVA 3PB5A 2NR6A 1ZP8A 2QHZA 3LIXA 3NU4A 2AOJA 5P08A 1ODWA 3PCZA 5SXNA 4M8YA 5B18A 1K6TA 4CPUA 4DQEA 2ZYEA 2P3CA 3NLSA 3SA3A 5P2FA 3T7QA 3A2OA 3DV5A 5OZ3A 4B0QA 1G2KA 2VIEA 5P75A 3HDKA 2VA6A 1E81E 5HCTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FKT A;  5P3K A;  4RYC A;  3UQU A;  5P7G A;  4OBF A;  2G24 A;  2AVV A;  1SGU A;  4Y3H A;  3PLL A;  4X2L A;  2ZGA A;  4J17 A;  4L1A B;  1AVF A;  5HE5 A;  3K1W A;  5OYW A;  5IVS A;  2OHQ A;  2FGU A;  5P1D A;  2VIZ A;  5P1E A;  3OUD B;  4Y3L A;  3OUA A;  4FGX A;  4RLD A;  5OZ1 A;  2ZE1 A;  1QS8 A;  4QJ2 A;  3HD8 A;  2HS2 A;  4OBH A;  1BWA A;  3EKP A;  2QI5 A;  5P5V A;  4I8W A;  1HTE A;  4FM6 A;  2ZDZ A;  5P3Q A;  2QMP A;  3EL5 A;  4Y3Q A;  3TKG A;  4AMT A;  3KFS A;  3FNS A;  1PSN A;  2ANL A;  4J1F A;  2QHC A;  3ZPT A;  2R5P A;  1HVR A;  4Y9W A;  5P6C A;  2B42 A;  2I4V A;  3IVH A;  5P1W A;  3L5E A;  1EC1 A;  5P8E A;  5P06 A;  5HVP A;  5P3D A;  1F7A A;  1OEW A;  4M8X A;  5P47 A;  4BFB A;  3UQR A;  5HU0 A;  4YOB A;  4FE6 A;  4TRY A;  4YCT A;  5P7H A;  2HIZ A;  1IZH A;  3KN0 A;  1F34 A;  1WKR A;  5P6A A;  2SAM A;  2QI4 A;  4OBG A;  1LEE A;  4EQ0 A;  4Y4E A;  5IE1 A;  1OD1 A;  3FSM A;  3LPI A;  5P35 A;  1EBK C;  3FV3 A;  5P7Y A;  2Q64 A;  4XX4 A;  5DR7 A;  2OHM A;  3S8I A;  2QZW A;  5P8N A;  4EWO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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